2DSVA

Interactions of protective signalling factor with chitin-like polysaccharide: crystal structure of the complex between signalling protein from sheep (sps-40) and a hexasaccharide at 2.5a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Carbohydrate binding properties and carbohydrate induced conformational switch in sheep secretory glycoprotein (SPS-40): crystal structures of four complexes of SPS-40 with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dsvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dsvA01
2JEPA 4AIEA 3A6OA 4EK7A 2VRJA 2WLYA 2VCCA 5IDIA 1UR8A 3UERA 1M03A 1E6ZA 3WD0A 4GZIA 2WANA 1LL4A 2W5FA 1W1YA 3B9EA 2Q8XA 2YOCA 1V0NA 4WKAA 2NW0A 1C93A 4U5KA 2NT1A 6TAAA 3ZQ9A 1LLOA 3WF2A 1VEPA 1UG6A 3ZT5A 3CZ8A 2FGZA 1XV8A 4TXEA 3S2CA 2J25A 4D6GA 4EKJA 4L4OA 1A3HA 2JE8A 2WVVB 5A1AA 3GH4A 5A94A 1E71M 2ZUTA 3WDHA 4CVUA 3CUGA 2GFTA 1JI2A 3W0KA 1K9FA 4QLLA 1UKTA 2DT1A 5BROA 3NIYA 3T08A 4OKDA 4F66A 3RIKA 2WVSA 2BY1A 3FHQA 3SCUA 4PTWA 4UQCA 1CXEA 1R86A 2CERA 3AHYA 3RM8A 4P8VA 5CSUA 2VQUA 1VEOA 2J4GA 2XG9A 2ZE0A 3VIGA 3VU2A 3AHVA 1CDGA 4U3AA 4FF5A 3OLIA 5I5RA 9CGTA 3EDEA 3BLKA 2CPUA 2ZXBA 5LA0A 4P8XA 1QW9A 4UFHA 4GI9A 4OJYA 4PMYA 3APGA 3ZMRA 3AXIA 1ODUA 3M7SA 2VVSA 4FLOA 2PI6A 3MU7A 1GVYA 4PTXA 4BQ3A 3TONA 2PWGA 4MB4A 3W28A 4EANA 3NJ3A 2QPUA 3ZJ8A 5C71A 5GQBA 4QCEA 4P7OA 1JXKA 4DUXA 3PZVA 2J7CA 3ARZA 1CGVA 1K9EA 3EMZA 3A3HA 1ZB5A 3AIBA 4MNMA 1FP9A 2VVNA 4AEFA 3BXWA 1BLIA 1B0IA 1VEMA 5E0FA 1J0KA 3I3BA 3ARWA 3M07A 5M5DA 2ZUWA 4UQAA 1RPKA 4J3TA 1HIZA 3PZNA 1FA2A 3ZT7A 1XSIA 3MMUA 1LG2A 2DH2A 2V5CA 5ECUA 4V2XA 3PN8A 4HPGA 3EMQA 2X0YA 4JKMA 3BC9A 3VMNA 1U33A 2ZXDA 1LG1A 1V3IA 7TAAA 5CXPA 3W38A 4GI8A 1C90A 3WNOA 2EJ1A 4HA1A 2WPGA 1UWUA 2G3MA 1Q6EA 1FP8A 1B3WA 1B1YA 3B9DA 2WMJA 3HMCA 5I23A 3RCNA 1H0IA 4V28A 4GPNA 4W7UA 4JFWA 3FAWA 1FH7A 1JG9A 1OWQA 3W24A 1GZJA 3DYMA 4F9JA 1KCKA 3KE0A 1OGSA 3VGEA 3KZSA 4D6IA 3T0BA 3SCSA 1PEZA 5A6BD 1TA3B 1ZS2A 1WZAA 1G94A 2V3EA 2E4TA 2UY2A 5CSYA 4PCTA 2RGLA 4CCEA 2OWCA 3F5KA 2XJ7A 1XCWA 3BAJA 2YL8A 3W4RA 3SUSA 3WN6A 2PBGA 2D0HA 2GJXB 3VD9A 2O9RA 4CU8A 3O9NA 2E9BA 2Y8VA 2BVTA 5HPOA 2FHFA 1CXLA 1ESWA 3T2QA 1ITXA 5LA2A 4AMCA 1OD8A 3GBDA 3MMWA 4B3LA 3WNNA 5M17A 2GDUA 5I24A 2VT0A 4W85A 4WKHA 4YPJA 2ZICA 5E6ZA 4AY1A 1V6UA 2QHAA 2WW5A 4BCEA 4X9YA 1DTUA 4W84A 3CIVA 4U2YA 2VCBA 4AXNA 3AOFA 2WSPA 3M6DA 3SUVA 2CIPA 2MANA 1CWYA 3SUWA 3VGGA 2WLZA 4DWSA 3QHOA 4JHOA 1B3VA 3I3DA 2X1IA 1QBAA 1UKSA 1W9UA 2ZUUA 1V6WA 3E1F1 3UESA 4PYSA 1PX4A 1E70M 3K4AA 3ZSTA 3N04A 1VENA 1M04A 3A4XA 2GDVA 3TTQA 1KB3A 1GOQA 1P6WA 3LPPA 1AQMA 1I1XA 1GQJA 3RO8A 3I3EA 4W8BA 5I78A 2E40A 3GXFA 3PTKA 5FL0A 3POHA 4ZXLA 3U7BA 1UHVA 3L2LA 1GCYA 5CLTA 1XSKA 2XTKA 3PZGA 4Q22A 2YDSA 1ZU8A 2BVYA 1E0WA 4U2ZA 1JDAA 1J9YA 3WEZA 3AHZA 3WQVA 1BG9A 3VIFA 1XC6A 1LWJA 2BNJA 2YA0A 1WZKA 4D71A 1UH2A 3ARPA 1PPIA 1DWJM 1GJWA 3FN9A 4C7GA 1UUQA 3VOCA 2BY2A 3GBEA 3UR7A 2WMKA 5A6KA 2VO5A 3L4VA 3OGVA 4CUCA 3GNPA 3D5HA 4OOUA 1H4PA 2WWDA 4GZJA 3N11A 2G4FA 3WNPA 1JZ2A 2Y8KA 4GINA 7A3HA 1AMYA 1H5VA 3WELA 1WZMA 1JYNA 2OYLA 8A3HA 1KBBA 2DEPA 2ZUSA 3AICA 2XFRA 4WSKA 3WQ4A 2WHMA 3AIVA 3BCDA 5GPRA 5CQ1A 3AIRA 4M56A 5CPQA 2D1ZA 1H3GA 3EDFA 1J0JA 5JUVA 5A6JA 1BYCA 2NSXA 3T0DA 4Z2HA 5A95A 3UCQA 2YDRA 2ZX9A 4ACZA 4PEEA 1EQPA 1W3JA 2D2OA 2WMFA 1NWSA 4PMOA 4UFKA 1MW0A 1ISZA 3BAYA 5E70A 1JD9A 6A3HA 4IPNB 1C8XA 1KXVA 2EEXA 4AZCA 1QNPA 1EDGA 3WBEA 1XD0A 1O6IA 4GQRA 4UQEA 5I77A 2VTFA 5D9OA 3CH9A 1GOIA 1IV8A 1WDRA 4P7RA 3LMYA 1WZLA 1IZKA 5TD4A 1J10A 3GYCA 3MUY1 1QI3A 2PB1A 2VNCA 3N15A 3VIKA 5FKYA 3ARXA 1V3JA 1JGIA 3CPUA 1YQ2A 3OG2A 4OUEA 2WZHA 1R7AA 3VDHA 3GH7A 4M24A 5D4YA 4BQ5A 2ZUNA 2J7FA 3W37A 5FL1A 2YIHA 4HOZA 2WC7A 2DIJA 4KGJA 1ZBWA 3CO4A 3G6LA 1JNEA 2Z1KA 1WO2A 5LYRA 4AEEA 1XGZA 4GO8A 5EFDA 4W5UA 2ZXAA 4GXPA 3KWXA 1FHLA 4UOZA 1UQZA 3DYPA 4GQQA 5EB8A 3OBAA 4TX8A 4JFSA 3VUPA 3S6TA 1W9VA 3PZ9A 1JIBA 1PBGA 5F7UA 4X0NA 4XX6A 1E9LA 1MFVA 1NQ6A 1UYQA 1VJSA 4YN5A 4H7VA 4IPLA 3MS8A 4PMRA 1QVBA 3K8MA 4A4AA 2CBIA 3WL1A 3WQWA 1AQ0A 3WDRA 4CGTA 1L0PA 2JIWA 4HMDA 3VIOA 4EE9A 2XUCA 2XPKA 3N18A 3W6MA 3EDDA 3CGTA 2D20A 3JUGA 1BF2A 1VJZA 4QLKA 5I2UA 4DWSD 4LYRA 1W91A 1R8LA 1KGXA 4BS0A 2ZOXA 3CBWA 2CBVA 3WY1A 1UR9A 3FXYA 5EMYA 1I75A 3AMCA 2V5DA 3BSGA 3VTRA 4AZIA 2Z1SA 2QV4A 2JIEA 1C7SA 2ZX5A 3AMDA 5JBEA 1B2YA 1HT6A 1DWGM 1HX0A 2VI0A 2WM0A 3T2PA 4J3XA 4FLQA 3ZJ6A 4BF7A 3ARTA 2G8ZA 1QPKA 3CMGA 1EO5A 5GNYA 3OA5A 1MW2A 3N12A 5BXRA 2VUYA 1UD2A 4RL3A 1VFOA 5BYWA 4HMEA 4FK9A 3WL0A 1MXGA 2DGAA 1E3ZA 1JDDA 4W5ZA 1HKIA 4RE4A 1JAEA 2FHCA 4XUYA 3THDA 2WMHA 3NDYA 3VDCA 2XGIA 3MO4A 2Y4SA 4HZ7A 3ECQA 2V3DA 4XB3A 1X6LA 1PJ9A 1EQCA 1OIFA 1HJVA 5A8NA 1XD1A 1WCGA 3AXXA 3UETA 3N17A 4D6CA 2EPNA 4YHEA 2CEQA 1HKJA 2OSXA 1VBRA 3F5LA 1E40A 3WH8A 1EIBA 2J8GA 4LGXA 1W1VA 1LJYA 1AVAA 3VMPA 4OBRA 1K6AA 1PIGA 1JZ6A 1OBAA 5M3WA 1MQPA 3VDAA 1HF6A 3KEHA 1OT2A 5A6MA 4C7FA 5DFAA 3VIHA 4HOWA 1MW3A 2WZIA 4AISA 2E3ZA 3PTMA 3WNMA 1TVNA 1H11A 4DWSB 2CBUA 3CUHA 1HKKA 3SEPA 3WDQA 3W25A 3RJYA 1ZBKA 3A4AA 1JZ3A 4HTYA 4AD0A 3W27A 1NOUA 2D24A 1KGUA 1CIUA 1KBKA 2Y2WA 3VGDA 3L4YA 4MDPA 4H8UA 2VZSA 5AC5A 1HL8A 4D1IA 3OZOA 2X09A 4NZCA 4GO9A 3PBGA 1IZJA 3GH5A 3CZLA 2DDXA 4LXFA 1DP0A 3FHAA 3SCWA 1EOKA 1NP2A 1G0CA 3WQ5A 1W32A 3W6LA 1B3XA 1Q6FA 2W66A 2OSWA 4B3KA 5BRPA 1QHZA 2G3IA 3OLDA 3NSNA 1BGGA 1B31A 2E9LA 5E6YA 2YL6A 3ZJ7A 4JFTA 2ZUVA 3BGAA 2EPLX 5D9PA 3UG3A 2DSWA 1HL9A 1WDPA 2IUZA 1W2VA 2DT0A 1G5AA 2V38A 4KGLA 3W53A 4MNLA 1RH9A 1W1PA 2GJRA 3EDJA 1HNYA 3AMKA 1C92A 3FY1A 1QBBA 1UD5A 1W1TA 3WUFA 1W3LA 3WENA 2BHZA 2XVGA 4AD3A 1ITCA 2PWEA 4AZHA 3AFBA 2VC9A 4Z2JA 2WSKA 1QHOA 4UFIA 1KXQA 4HMCA 4PMUA 2J7BA 5A6LA 1CGUA 5ABHA 2YL5A 4GI6A 1B3ZA 3AISA 1R7OA 4AD4A 4AZGA 1QI5A 3AMGA 2VZVA 3N1AA 1WAWA 1LQ0A 3QHNA 4CN6A 5ABFA 1JFXA 2A3BA 1CENA 3SUUA 3N9KA 5BWFA 4H8VA 4P7LA 4ACZB 2XWDA 4KWUA 5LA1A 5BXSA 2E8ZA 1KQYA 1MYRA 1BFNA 4N0RA 4PN2A 1MQQA 1JZ5A 4ATLA 2W62A 3IAPA 4URIA 3TTSA 3MUAA 3RJXA 1OINA 3GNOA 1CPUA 3K46A 4D6HA 2OWXA 4TTGA 1UWTA 3PZUA 3BCFA 1E4IA 1BYAA 4W89A 1JD7A 1MFUA 1V3MA 1GQIA 4IUGA 2OWWA 3ARSA 1XH2A 3ZIZA 3MUIA 4E8DA 4CCCA 2W67A 5FCZA 1TUXA 5BXTA 2PBOA 1ISXA 1GPFA 2WCAA 5A3HA 2GK1A 3DHUA 1NOWA 5A2BA 4WJXA 1DHKA 1EDTA 2ZWZA 3UG5A 5JIWA 1GOKA 1SR0A 3VDBA 1E15A 4LYQA 1MVYA 1OSEA 3OB8A 1WB0A 3WEMA 1H09A 2UWFA 4CD6A 3K1DA 2HISA 1BGAA 1E0XA 1UR4A 1VRXA 4J3UA 3M46A 2WXDM 4WIWA 4W86A 4J3WA 1FH9A 3UEQA 4UCFA 3L4XA 1E1EA 1OIMA 4WSJA 2WHLA 4J3VA 1EA9C 4BA0A 2FH6A 3OLEA 2IXUA 2W91A 3ZSSA 2CETA 4UTFA 5CLWA 1TCMA 3VKKA 5DO8A 4L4PA 5E09A 3ARRA 2Y5EA 2TAAA 2X0HA 1OGBA 4PMDA 1XH0A 1CZ1A 2JFEX 5HDRA 1JZ8A 2OYKA 2DPEA 3GXMA 2CITA 2BXZA 4FLSA 1QNSA 1LWHA 1NARA 4WK9A 4AZBA 2WC4A 1UZ1A 4MAVA 5AC4A 1E55A 1QOXA 3AS2A 2GJPA 4C7DA 3AIWA 6CGTA 2C8NA 5CJ5A 2AOSA 1ZJBA 3WD2A 1HVXA 1UA3A 4ZE5A 1CGYA 3CZEA 1HJUA 4D6DA 4LQ1A 2WMIA 4FMVA 3J7HA 3NUKA 4UFMA 1O7AA 3IJ7A 4RE3A 4B9YA 3K4DA 1Z32X 1CXHA 4MDOA 3THCA 3WDPP 1FHDA 2YLAA 3MSGA 3B8SA 1JF5A 1MW1A 2IXVA 3WD4A 2PWHA 1ISWA 1BQCA 1V02E 4B15A 1CGXA 1ZJAA 2VX4A 1E4NA 1KWGA 1TFVA 1I1WA 1J0HA 4HU8A 7CGTA 1TZ7A 2VR4A 1HP4A 1KR1A 2WNWA 5I3DA 4GZEA 1UQYA 2VX6A 3ARVA 1HP5A 3VM5A 1RD6A 1V02A 1CGWA 4NRSA 1RP9A 4W7WA 2WVTA 3WDJA 1R87A 3MUZ1 3MSDA 1K9TA 4AZ6A 3OGSA 4R27A 3DC0A 4E8CA 1WDSA 5GNZA 1WNOA 2XM2A 1KQZA 2AAAA 4LX4A 1WPCA 3AS3A 3GTNA 4E2OA 2J79A 4U5IA 4KH2A 3WEOA 1QI2A 4UZSA 2GSJA 4TVCA 1SFSA 1WDQA 1R85A 2W63A 1G9HA 1PX3A 1WKYA 2VQTA 3WQ8A 2O9TA 2D3LA 2GUYA 1KCLA 1GW1A 4TUFA 4R5EA 2G3NA 3VD4A 3L4TA 3WH9A 4DWSC 1M7XA 1QNRA 2ZX6A 2WKLA 4WLCA 4AW7A 3U57A 3FW6A 1GONA 1SYTA 2OLHA 5D9NA 3RILA 1H41A 3CTTA 2CKSA 1PZ3A 1QI0A 1EXPA 2CNCA 2UY4A 4TTUA 2YL9A 4HZ6A 3ZOAA 4M82A 4NF7A 5D8WA 2X2YA 3VIMA 4P8WA 4D6EA 3ALFA 4BQ4A 2VJXA 3W82A 2QLYA 4JHZA 3LPGA 1CYGA 4IM4A 4CU7A 3RM4A 5IFTA 2BY3A 3WMCA 1V6YA 4MJ4A 4ACYA 1UD6A 3ARYA 3DECA 1Q6DA 2DSZA 1TA3A 4M81A 4H8HA 4J3SA 2YKKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2VL4 A;  4CN1 A;  3ARO A;  2OSY A;  3T0A A;  3W26 A;  3TOP A;  3GM8 A;  1V3L A;  3VIJ A;  5GNX A;  1F4A A;  2FDM A;  3RME A;  3WF1 A;  3NDZ A;  1VBU A;  1CLV A;  1JZ7 A;  1GUV A;  2XVK A;  2C0H A;  5JBF A;  1DWF M;  4KRU A;  2YBU A;  1DWI M;  4JKL A;  2CBJ A;  2GJX A;  3HU7 A;  2XVL A;  4CD4 A;  4NI3 A;  4XZW A;  2D22 A;  1V6X A;  3EBV A;  4H2C A;  5FOO A;  3WF0 A;  1TE1 A;  3AHX A;  2CHN A;  3NSM A;  1W2P A;  2XIB A;  1BYB A;  3O2L A;  2G41 A;  4PBG A;  4Q7N A;  3SCO A;  4AIO A;  5CPS A;  1UH4 A;  1A47 A;  3B9A A;  3ZJK A;  1LL7 A;  1JDC A;  3U5Y A;  2X05 A;  1GNX A;  4NSB A;  4GIA A;  2EBN A;  2YJQ A;  4OOZ A;  3ARU A;  3TTO A;  5I79 A;  1UD4 A;  3BH4 A;  1EH9 A;  2G3J A;  4J7R A;  3WF4 A;  3WUE A;  3QOM A;  5D9M A;  1QNQ A;  3WKZ A;  1E1F A;  5AYI A;  2JF7 A;  2B31 A;  2CES A;  4AC1 X;  3AXH A;  1M53 A;  1JYV A;  1JYX A;  4JCL A;  3QOK A;  4W87 A;  3AI0 A;  5ABF B;  1BAG A;  4WKF A;  1B9Z A;  3A47 A;  4MTV A;  1SMA A;  3VO0 A;  3SCP A;  4Z2G A;  3CUF A;  3TA9 A;  4OZO A;  4J28 A;  1V03 A;  2XGB A;  5CGM A;  1KFW A;  3K8K A;  1ISV A;  4V27 A;  1RP8 A;  1OM0 A;  3BAI A;  3SUT A;  4CD8 A;  1XYF A;  1MQR A;  3A4W A;  1QNO A;  3G6M A;  2XHY A;  3CZK A;  2DQX A;  3L2M A;  3RPM A;  1J12 A;  1UOK A;  5A6B A;  3WUB A;  1GHS A;  2XII A;  1L8N A;  1UR1 A;  4Z2I A;  2VR5 A;  3HJE A;  3AZT A;  3CHC A;  3MAN A;  5HPC A;  3AML A;  4OBS A;  4MB1 A;  1EHA A;  4AWE A;  1E0V A;  3GZA A;  4TVD A;  1QW8 A;  4EAM A;  2EQD A;  2XM1 A;  4JAW A;  4P7N A;  1LF1 A;  3BAX A;  2WB5 A;  4F79 A;  3PZO A;  2E0P A;  4PTV A;  4PUD A;  3ZM8 A;  4MB3 A;  3AJ7 A;  3VMO A;  2OYM A;  2GK1 B;  3U5U A;  3MV1 1;  1Q6C A;  1XHG A;  5IFP A;  2YBT A;  5BCA A;  2YLL A;  5ABE A;  1DWA M;  5CZK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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