2DSZA

Three dimensional structure of a goat signalling protein secreted during involution
Total Genus 121
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (2-8)TVIII1 (30-33)S5 (113-117)O2 (5-30)TI1 (8-11)3H4 (333-335)TI2 (9-12)AH1 (51-65)TI3 (10-13)TI4 (11-14)3H1 (16-18)TI14 (337-340)TI5 (26-29)TI6 (66-69)AH10 (350-360)S2 (32-41)S4 (70-76)AH2 (82-90)AH3 (92-109)S3 (44-46)TI7 (77-80)EMPTYAH4 (125-145)S6 (152-157)TI8 (122-125)AH5 (161-167)TIV5 (177-180)TIV6 (183-186)AH6 (170-175)3H3 (230-232)S7 (179-182)S9 (233-238)TIV8 (197-200)S10 (240-246)TIV7 (184-187)TI9 (189-192)S8 (194-195)O1 (192-194)S11 (255-260)TII1 (252-255)S15 (303-306)O3 (279-343)AH9 (310-323)TIV10 (212-215)TIV12 (290-293)TIV9 (208-212)AH7 (216-226)S12 (272-274)TII2 (269-272)S14 (295-300)TI12 (264-267)TIV11 (265-268)TIV13 (340-343)AH8 (275-282)TII3 (282-285)S13 (286-290)TI13 (291-294)TII'1 (300-303)TIV14 (341-344)S16 (327-331)TIV15 (347-350)3H2 (22-24)TI11 (210-214)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Signaling protein
publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dszA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dszA01
4AY1A 3UESA 3WD2A 3WNLA 5CLWA 1VFMA 3K4AA 4BQ2A 3WNKA 4UFKA 1UKOA 9CGTA 1BGAA 3ARZA 1V6UA 2E9BA 1QHZA 5A6BA 2BY0A 1BTCA 2WC4A 2E8YA 1CZ1A 3VGGA 2PWFA 2W67A 3ARPA 4M24A 1JXJA 1TCMA 1DWIM 3WDPP 2XVKA 2ZUTA 2V3GA 1BLIA 3S2CA 5BXTA 4TVUA 1B90A 4AZGA 1VENA 2CESA 4BQ3A 3F5JA 2VRQA 4R27A 4ZFMA 1E70M 5ECUA 1Q6CA 2W62A 4D1JA 3E1F1 2ZUWA 3U5UA 4J27A 4TTGA 2WHJA 1EDGA 2UWFA 2VI0A 4W89A 1I1WA 1NP0A 2IXVA 1VF8A 2WNWA 3WH5A 1WCGA 1GQLA 1EQPA 4XUYA 2DT2A 3AQUA 1HN1A 1V3JA 2WMIB 2XFYA 3N11A 3WIJA 3OGRA 1F4HA 2XVNA 1UR4A 1W9UA 1E6ZA 3VDAA 2V5CA 1HKMA 1C8QA 2J7HA 4GZIA 5JIPA 2E8ZA 3T2OA 3W26A 2PI6A 1MW0A 1MW3A 2NSXA 2BVDA 3CZ8A 1GVYA 4F9JA 3F5KA 1E5NA 5CQ1A 1C8YA 1G9HA 1MW1A 2ZX5A 3F4VA 3ZJKA 3TTQA 1G1YA 5JUVA 3SCUA 3KE0A 5HOSA 1XSKA 1E0WA 1CXKA 4HU8A 2NT1A 2YBTA 3VU2A 5CXPA 1UKPA 1J0ZA 3IAPA 5F7UA 3PZGA 5EMYA 1BG9A 3WF3A 1UR9A 3WNNA 3SCOA 1V6XA 1VJZA 2QPSA 4P7NA 1TR1A 1J10A 4AD0A 2FHBA 1MQRA 2X0HA 1JNEA 2QF8A 2WVTA 2TAAA 3O2LA 4IPLA 2WZEA 1JDDA 2CHNA 5JIWA 3WQWA 3AHTA 1UD3A 4JCMA 2WK2A 4PMXA 3RM9A 2WWCA 4ZE5A 2ZX9A 4QCEA 3WUBA 1NP2A 1B3YA 2ZWYA 1XH0A 1ZU8A 1C7SA 3IK2A 4V2XA 1JYWA 3HJEA 3B9EA 4U31A 4FLRA 1PEZA 1SMAA 4CU8A 1OD8A 2F61A 2J74A 1QI5A 1E72M 4U3CA 3PHAA 3B9AA 1C3FA 1K9EA 3WQVA 4JFWA 1CXIA 2BXYA 2F2HA 2WZHA 3MV01 1GOQA 1XD1A 2ZIDA 2ESCA 1J12A 5I79A 1TZ7A 3NSNA 4Z2GA 4WSJA 3BAWA 4CKQA 1UR1A 4P7RA 1B31A 3VO0A 5CSUA 3VIGA 1FFRA 5E0FA 1M53A 5IDIA 3PZ9A 1W1TA 1VFOA 1M03A 2DSWA 2XWDA 1BSIA 2WSKA 4HP5A 4B9YA 2VVSA 4TX8A 2WHMA 3ZO9A 4KRUA 1E9LA 3MMDA 1CIUA 3GBDA 4E4PA 2PWEA 2ZOXA 2D3LA 2WKGA 3VM7A 3LMYA 4ZXOA 3RPMA 4HOWA 3VIPA 4Z2LA 3WENA 1UYQA 4AZBA 4JKMA 1OT1A 5I24A 4V28A 4P8XA 1B9ZA 2YOCA 3SEPA 3MS8A 1OT2A 1WZAA 2GK1B 3T0AA 3IJ7A 3WL0A 2CBIA 3GXIA 3ZQ9A 4M80A 2J8GA 3BC9A 1H2JA 2WHKA 2E0PA 4PTXA 4ATDA 1KXVA 3OLDA 3VGHA 4ML4A 1BGGA 3I3DA 4ZEPA 3WEZA 4R5EA 4W85A 2GJRA 1TFVA 4URIA 1QI3A 2VURA 5E6ZA 1UWIA 3W27A 3WMSA 1HL9A 2BY3A 4PMYA 3W81A 5M03A 1UH4A 5A8MA 2E9LA 5EFDA 3A47A 3CUGA 1U2YA 2WVSA 1H09A 4U5IA 5BCAA 5A8OA 3VX1A 1C91A 3SUWA 4B3KA 4E8CA 3VIKA 1XSIA 3FNDA 3WEOA 1V0KA 4JZ5A 3N17A 2VCBA 2VL4A 3FAWA 2J8FA 3N15A 3SUUA 1LL7A 3JUGA 2WHLA 4UNIA 4MB3A 5A2BA 5I6SA 3D3AA 1FH7A 1BYCA 3AHXA 3VD7A 1RD6A 3M46A 4JFTA 3K4DA 4AYSA 1GW1A 4IISA 2YL5A 1TMQA 1LQ0A 2EPMX 5D4YA 1WB0A 2WMKA 1JZ7A 3W4RA 4PTWA 3AOFA 2XYLA 1EDQA 1OWQA 3NUKA 4MTVA 2G4FA 2ZXDA 3B8SA 1J11A 6CGTA 3WF2A 3SURA 3RM8A 3MUAA 2ZUVA 4FMVA 3WD0A 1CGTA 2ZXQA 2UY4A 4GI6A 3AIVA 1JL8A 3AMGA 2XTKA 4N0RA 2FGLA 3ALFA 3K8KA 2C8NA 1QI2A 2GDVA 3IANA 3ARTA 4CD5A 3K8MA 1TVPA 2A3AA 1H3GA 2UY5A 4HMCA 4PMQA 1JIBA 3THDA 4NZCA 4X0NA 4GZEA 5JH8A 2OLHA 1D2KA 3WEMA 2XSAA 2X0YA 4JFUA 4PMRA 4PMDA 1GOOA 1E6RA 1HKIA 4H41A 3N13A 3WF1A 1WDQA 1CXFA 2Y24A 1ITXA 2EO7A 3TTYA 3WMBA 3BH4A 2DH3A 3VD5A 1HIZA 3M07A 1UD8A 3N12A 2D24A 2VX6A 4OKDA 1EHAA 4OIFA 1JZ5A 3PZTA 4NRRA 2GJXB 2VX7A 2VCCA 3AXIA 3VIMA 1M04A 3MUZ1 4RE2A 1FFQA 3RDKA 4NRSA 2D0GA 1OGGA 4PUDA 4QLLA 2CBVA 3KZSA 4W7UA 4UFMA 1BVZA 2CBUA 4AD3A 1HP4A 1ISZA 1JZ4A 1NM9A 2YL9A 5D9NA 4MNMA 2CIPA 5TD4A 1LL4A 2NW0A 3TOPA 3QOKA 1BYAA 5CPTA 1CBGA 1RP9A 3GH5A 3POHA 1SFSA 3L4UA 4UQAA 2ZXBA 1JZ6A 2YLLA 4ZE4A 3VGDA 1H0IA 1CGVA 4JFVA 4WSKA 3RJXA 2DIEA 1PIFA 5D9PA 1FH9A 3LPOA 4OOUA 5M5DA 4KMQA 1NOFA 1UQZA 2OSXA 1GQIA 2OWXA 1JFHA 4JHZA 3AIUA 4AZIA 1E3ZA 1WZMA 1EIBA 1E73M 1W9PA 1FA2A 2XHYA 1C93A 1AQMA 1UHVA 2WCAA 1UZ1A 4MDOA 4XV0A 1GZJA 1V3HA 5A6LA 1ISYA 4OZOA 4CCDA 1JZ3A 2YLAA 2G3MA 1QNOA 2VT0A 4S3JA 3AXHA 1W1VA 2D20A 2J7GA 1V0MA 4W88A 4DUVA 2QMJA 2WPGA 1ZBWA 1ZBKA 1UUQA 1MQQA 1MYRA 1GPFA 1IZKA 3CMGA 4YHGA 3VUPA 1NOWA 2X1IA 2BNJA 1M7XA 3AJ7A 5BXRA 3FN9A 6TAAA 3ARXA 4NI3A 3OIHA 5AC5A 1JD7A 3CUHA 3DECA 3KL3A 3EDJA 4J7RA 2GUYA 4LGXA 4EANA 4WKAA 1CXLA 2CKRA 1W2PA 3ARVA 1CNVA 5AYBA 1LF1A 4JFSA 1EDTA 3GNOA 4ACZB 1V08A 3ZM8A 3N04A 3RCNA 3PZOA 4UOZA 3J7HA 1UKQA 1PIGA 5GNYA 3AYRA 2XJ7A 1O6IA 3OA5A 2FHCA 4LYPA 4PTVA 2OSYA 1GOMA 1OBAA 3U7BA 3VMNA 3NJ3A 3EBVA 1HKKA 3WNOA 4ACZA 2VOTA 4PSRA 2BHZA 1AMYA 4LQ1A 4J3XA 1ZJAA 3QHMA 4HZ8A 4H7VA 4BS0A 2WAGA 4AIUA 2WANA 1KR0A 3W6MA 4W7WA 1WP6A 1HP5A 1N82A 4LX4A 3EDKA 5D8WA 4DM2A 4D6FA 2VR5A 2EPNA 2YKKA 2RGLA 1VAHA 4P7OA 5CPQA 1GORA 2WLZA 2ZUNA 1WDPA 3NSMA 3NSXA 4U2YA 1E6SM 4CCEA 5A94A 2GSJA 4CN1A 4HMEA 2E9MA 3UEQA 1QI4A 2A3BA 1GOIA 2OYLA 1Q6EA 3EMZA 4IUGA 2BVTA 2DEPA 1UOKA 2D23A 2JEQA 2EPOA 4XB3A 4F9DA 1H11A 1NQ6A 3W53A 3T09A 4FLSA 1CLXA 3AMLA 4PRWA 4YN5A 1V0NA 1UG6A 1W9VA 4UFJA 5IFTA 4RL3A 3VDHA 4CD8A 1E6NA 4TVCA 1GQKA 4MJ2A 3W28A 3HMCA 2Y2WA 1MFUA 3ECQA 1RP8A 2GFTA 1W2VA 4GIAA 4JCLA 2WMIA 2JEPA 5LA1A 7A3HA 2XIIA 4HZ7A 3AICA 1BQCA 3LPGA 3GTNA 3WN6A 1XCWA 4W7VA 1KXTA 1K9FA 2X2YA 1G5AA 3VNYA 1HNYA 4B9ZA 3BAJA 4D6DA 2XPKA 4UFLA 5LYRA 4AD4A 1ZBCA 3VGBA 3AFBA 2XFFA 2XSBA 3FAXA 1XYFA 3HU7A 3WQ6A 1QHOA 3AHYA 3L4XA 1Q4NX 4J28A 3AIBA 4ACYA 1UH2A 3W37A 1W3JA 4BZYA 2WW5A 1KR1A 3M6DA 1V6WA 3VGEA 3CGTA 4AZCB 4AZHA 3ZJ6A 2DSVA 4BQ5A 2IUZA 3T0BA 2WVVB 4UR9A 4PCTA 1BAGA 3VKKA 3ZOAA 3VNZA 1DHKA 2WYSA 4Z2JA 5M3WA 1B3ZA 5EB8A 4AMCA 4UQCA 4DUWA 3NCOA 1E3XA 1WZKA 1PX8A 3SCNA 2DGAA 3WFZA 3BMWA 2VQTA 3OGSA 3T08A 4PTMA 2IXUA 2QMKA 1TVNA 2BFGA 3WBAA 3BAXA 1JI1A 5E9AA 4MAVA 4PBGA 5ABGA 1W3HA 1JNDA 2G3NA 3U7VA 2ZXAA 4JAWA 3CZGA 5DO8A 1WDSA 2VCAA 3RIKA 1J0YA 3NYDA 3DHUA 2VZVA 4JHOA 3AZRA 4MAZA 5DMYA 1OB0A 1MXGA 5BXPA 4F66A 4W87A 3F5LA 1JZ8A 5FL1A 5HPOA 1US2A 2W5FA 3CLWA 3EYPA 1NH6A 1CWYA 3AMKA 3L4VA 3MUY1 2WMHA 3MKKA 4WKHA 3VIJA 5DEZA 3W38A 5A8QA 4H2CA 1E5JA 1AQHA 3VIOA 4MB4A 4W93A 4CCCA 1O7AA 1HVQA 1OGSA 1CYGA 1J0JA 4K68A 3RMEA 3N9KA 4AW7A 3L4YA 1XYZA 2BVYA 1GJWA 1DWFM 1VIWA 5JBDA 4AIEA 1MXDA 5FIPA 2PWGA 5C71A 3WD3A 4LYQA 1E0XA 1GVIA 2XGIA 4GO9A 1E55A 1R7OA 1UKTA 2G3IA 2JFEX 5IFPA 2J62A 4W5UA 5DT7A 2VZSA 3LPPA 1EQCA 3W82A 1VFFA 3UERA 3PZIA 3PTMA 3A6OA 2VX4A 1HX0A 1GUVA 1BYDA 4HOZA 2GK1A 3TTOA 3CZEA 4HOXA 2C0HA 5GPRA 1H0GA 4Z2HA 4OBSA 4PN2A 3T2QA 4PUEA 3CH9A 1H49A 4DWSB 1DWGM 4MJ4A 1E4NA 5D8ZA 3AS0A 3WNMA 4HMDA 1KWGA 1E4LA 2XWEA 4Y7EA 2O9OA 3VTRA 1KFWA 3GH7A 2JF6A 3GXMA 4Z2IA 1QNSA 2FGZA 4OBRA 2GDUA 3BXWA 5A3HA 1LJYA 1B2YA 1JI2A 3QHOA 4XZBA 3VIFA 3SCPA 1XGZA 4HZ6A 2J47A 1HVXA 3MANA 4N42A 3GZAA 4BA0A 2CITA 2G3JA 2CBJA 1XD0A 1B30A 3EDEA 1M01A 4JKLA 3UCQA 1UA7A 4D71A 4MPKA 2WKLA 3CZJA 1ISXA 2UY3A 3SCRA 3WKZA 1XV8A 3PTKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1PX4 A;  2CXG A;  3ZR5 A;  3ARU A;  4D1I A;  3AYS A;  3L2M A;  1KQY A;  1B3W A;  3PZU A;  1UWS A;  3VMP A;  3MUI A;  2DT3 A;  1AVA A;  1HJS A;  1B1Y A;  3IJ9 A;  5A6K A;  3DHP A;  1QW9 A;  3KL0 A;  1I75 A;  1X1N A;  4D6G A;  3OG2 A;  1KCL A;  3WDH A;  4DUX A;  4M1R A;  3DYP A;  5IHS A;  1UD5 A;  1HKJ A;  1ODZ A;  3ZR6 A;  4B3L A;  3O9N A;  2CET A;  4KRT A;  5GNZ A;  4CN6 A;  4D6J A;  3OLE A;  2WWD A;  1UD4 A;  3VD3 A;  1W1Y A;  1NWU A;  1PJ9 A;  1E40 A;  1FP8 A;  5A2C A;  3SUS A;  3U57 A;  2VR4 A;  4AZ5 A;  2O9T A;  3ZSS A;  4MNL A;  2QLY A;  2OWW A;  4PCS A;  1FHD A;  1GHS A;  2F8Q A;  7CGT A;  1CPU A;  4M56 A;  4C7D A;  1RH9 A;  5CGM A;  4HTY A;  3BAK A;  1YHT A;  4M8U A;  3ZJ8 A;  4CGT A;  5ABF A;  4ZEN A;  3B9D A;  5CSY A;  1UR2 A;  1GNX A;  3GM8 A;  4DWS C;  3BLK A;  3ZT7 A;  1JAE A;  4AD1 A;  1VEM A;  1Z32 X;  1ZL1 A;  2WVU A;  2WC7 A;  3ARQ A;  1HXJ A;  2WZI A;  3OLI A;  3I3E A;  1XRV A;  2EBN A;  4AEE A;  1OGB A;  2A3E A;  1W3K A;  3MMU A;  4J3T A;  1SYT A;  5AC4 A;  5CZK A;  2X05 A;  1U30 A;  2AMG A;  2C7F A;  3UET A;  4AIO A;  1LG1 A;  1CEC A;  4JL1 A;  1LWH A;  4Q22 A;  2HVM A;  4EK7 A;  3L4T A;  3GYC A;  1LLO A;  3ARS A;  2WBG A;  1BF2 A;  4NF7 A;  4PMV A;  3ZST A;  3AIR A;  1HF6 A;  5C8B B;  4M82 A;  1H41 A;  3N18 A;  2YJQ A;  4H8H A;  5DFA A;  2XVG A;  1QNP A;  2DDX A;  4W8A A;  5KZ6 A;  3FW6 A;  1LL6 A;  3AS2 A;  1FH8 A;  1XSJ A;  1HJX A;  5EFF A;  4LYR A;  3MV1 1;  1ZS2 A;  2PWD A;  1FP9 A;  4OJY A;  1TG7 A;  3EDD A;  4KGL A;  4J3U A;  2ZUS A;  2WCG A;  3PN8 A;  3ZJ7 A;  3ARO A;  1HJU A;  5C70 A;  1JZ2 A;  1TA3 A;  2D3N A;  2JE8 A;  4MB5 A;  4F79 A;  5HPC A;  2CCR A;  3AIQ A;  3RIL A;  1UD6 A;  1UD2 A;  1DTU A;  1OM0 A;  2V3D A;  5JBE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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