2DSZA

Three dimensional structure of a goat signalling protein secreted during involution
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dszA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dszA01
2ZOXA 4QLKA 2BNJA 3VIGA 3T2PA 5FIPA 4AD0A 1EH9A 1FHDA 1VEPA 2DSZA 3WD4A 4HZ6A 3PZGA 1EDQA 2JE8A 3DYPA 1BGAA 3SUVA 2W5FA 1C91A 3BLPX 2BXZA 4PUDA 4UNIA 3MU7A 1KGXA 4AZBA 5BRQA 1CXFA 1PBGA 4ACYA 2EEXA 2Z1KA 1OD8A 3WQ8A 4WJXA 2DT1A 1UWSA 5A94A 7TAAA 5HBFA 1JGIA 4J3WA 2XIIA 2WMFA 1E6XM 3N12A 1XSJA 4PMZA 3N9KA 1NOUA 5FL0A 4P7OA 1WCGA 4E2OA 4MB1A 4ATLA 1GVIA 4FK9A 3WD2A 1Q6FA 3POCA 3CMJA 3AYSA 4UFJA 3VD7A 1LQ0A 3BGAA 3BCFA 3K1DA 2VQUA 4BQ4A 1X6NA 1TR1A 4HP5A 3GXDA 5D9OA 1W91A 1J11A 1WKYA 1JZ3A 1JXKA 3RJXA 3D3AA 2O9TA 1DTUA 3VM7A 2GDUA 4AEEA 3CZLA 3WBEA 4CVWA 3MUIA 3SEPA 2A3BA 1UD5A 1UD8A 3BLKA 5DF0A 1BYCA 4JIEA 1HJSA 1OIFA 3PZIA 2NT1A 4J3VA 2PI6A 2E9MA 2D3NA 3OLIA 3WELA 1JDDA 1MWOA 2XFRA 1TG7A 2ZUTA 4FMVA 2DDXA 3ZM8A 4H2CA 4OOUA 1J12A 3BMVA 4GI6A 4H8HA 3ZOAA 1E72M 1UR0A 2WHLA 5FCZA 4JFUA 3PZMA 7A3HA 4P7QA 1KGWA 2PBOA 3LPPA 1Q6GA 4CN4A 1JNDA 2ZUMA 4D6EA 4D6IA 5FKYA 1RD6A 4OOZA 3B8SA 1E0XA 3AHZA 3MV01 2ZXAA 4P8WA 1CGTA 3M07A 3VIKA 4AD5A 2XG9A 3VD9A 1FFQA 2A3HA 4OZOA 4AZCA 3NSMA 4CD8A 2Y5EA 5CGTA 3B9DA 4M80A 1S46A 2O9RA 4X9YA 4X0NA 1ZJAA 3VGGA 5D9MA 3WDHA 2XPKA 3MKKA 3PZNA 3WMBA 2ZX5A 2XSBA 3CHEA 1BG4A 4UOJA 4JL2A 4MJ4A 5E0FA 3CZEA 4E8CA 4YPJA 4HZ7A 1UKPA 5FD0A 1YQ2A 3ARTA 2EPMX 1PJ9A 5E6ZA 2WC7A 3A4AA 5A6KA 1KCKA 4Z2IA 1KQYA 3W81A 1Z32X 2DT0A 4J3XA 1U33A 2PBGA 5JUVA 1WE5A 3TTQA 3W24A 4AD3A 1AVAA 3MMUA 3ZT6A 2EQDA 3AXXA 4W84A 2WM0A 2PWGA 1UWTA 2YOCA 1V6VA 3VNYA 2D0GA 4ZE4A 3AYRA 1B2YA 2WMKA 1NARA 1MQPA 5CGMA 1V3MA 4U2YA 2CHNA 1OT1A 3KWXA 2CIPA 3CIVA 3E1F1 4GI8A 5EFDA 5AY7A 3U57A 3WQWA 2JEQA 5A6BA 3GNOA 1CXHA 2BS9A 1VFUA 2J8FA 3LPOA 2ZE0A 1W1PA 3VDHA 3HJEA 4HMEA 4NI3A 3GDBA 2VCAA 2CBUA 3EMCA 4QAWA 3EDJA 4R5EA 3PTKA 4MB5A 2J62A 5HXMA 1F4AA 2VURA 4W7UA 4PMDA 4U5KA 3OG2A 1TZ7A 2EPOA 4GQQA 2WSPA 1H0GA 2NT0A 1BSIA 4QCFA 1WPCA 5CPTA 4QLLA 1QHPA 1PZ3A 2A3EA 3GYCA 2YKKA 4PYSA 2DQXA 2PWFA 4EANA 1DP0A 2ZXDA 8A3HA 3W0KA 2OSXA 4HPGA 4CN1A 1W9PA 4W5ZA 3WDIA 1HKMA 2YBUA 4P7NA 1V08A 2FH6A 4D6HA 4YHGA 1C93A 5DO8A 4UQEA 1XV8A 3TOPA 4AZIA 4IISA 4V27A 3BCDA 2EJ1A 2YIHA 5C70A 2XVPA 1JYVA 1JIBA 4DWSB 1ISVA 1UWUA 4MNKA 4TX8A 1D7FA 1IT0A 3FW6A 4QCEA 1QVBA 3BAYA 4GO8A 4CU8A 3WEZA 2G8ZA 3FY1A 2D3LA 2XIBA 1VB9A 1GOMA 3WUFA 1VAHA 3PTQA 1UR4A 1G5AA 3BAJA 4OBRA 2Y8VA 4RE3A 5I2UA 2OYLA 4LGXA 3PN8A 4JCMA 3WH9A 4UQAA 2DSVA 3B9EA 2BFGA 1DWFM 1ISXA 4M82A 3K8LA 2FGLA 1VFFA 2WHKA 3L2LA 4YN5A 3AIBA 3TTOA 2X0HA 1BYBA 4Z2KA 5HPCA 4ML4A 5A1AA 1HKIA 2PB1A 3VIJA 2G4FA 4D71A 3GTNA 3WDRA 3WH7A 1QNPA 2DT3A 1GOKA 4UOQA 2ZUWA 2UWFA 1E6PA 1CZ1A 3BSHA 4PMVA 2WWDA 3I3EA 1TUXA 1EXPA 4LPCA 4XV0A 5I77A 3VMNA 4MJ2A 1QI2A 4XX6A 5BCAA 3ZSSA 3PZTA 3CGTA 1KR0A 1KXQA 4B3KA 1JFHA 3VO0A 3EDFA 3MSDA 1O7AA 2QMKA 5M17A 2XHYA 1CLXA 4JCLA 2DIJA 1OSEA 1LG2A 5HPOA 4JFSA 5A8PA 5A6AA 4HMCA 3NYDA 3W38A 1R7OA 1WDSA 3O2LA 4UQCA 3BAIA 1XH2A 4CCCA 2QMJA 4CKQA 4Z2HA 4WF7A 1E4NA 2WWCA 1E3XA 1ISYA 2UY4A 2V38A 2ZWYA 1K9DA 2PWHA 4GKLA 4NRSA 1K6AA 3KE0A 2WMGA 4DUVA 2VCBA 2WMJA 2YL6A 3TONA 1GVYA 4MNJA 4H7VA 2X09A 3QOMA 4QLJA 4TX6A 1HIZA 1UWRA 7CGTA 4PMOA 1HNYA 2IUZA 3CH9A 3BH4A 3IJ9A 1E0WA 1NWRA 2D0HA 5BXTA 1BYDA 1QNOA 1FHLA 1C90A 4P7RA 1JAKA 3CBWA 2D22A 3ARWA 4K68A 2FHCA 3WNLA 4AZHA 2GJXA 2NW0A 1CXIA 3ZJ7A 3AZTA 2VZOA 2EO7A 5E9AA 2X2YA 1LL6A 3VIPA 2BVTA 2GJPA 1BVNP 3U7BA 4DWSA 3VILA 2WW5A 5D8ZA 4F79A 1R7AA 1XH1A 5A8NA 1K9EA 2VRJA 3L4VA 3LPFA 4U2ZA 5M5DA 2FH8A 3MUY1 2VUYA 1GONA 4W8LA 2QLYA 1I1WA 1M03A 2GVYA 3PZ9A 4NF7A 2WMIB 1MFVA 3K8MA 2ESCA 4MNLA 1LWJA 1UWIA 2O9OA 4AZ5A 4AW7A 1H2JA 5GPRA 3OLDA 5DEZA 1E43A 1RP8A 2W91A 1AQMA 3SCQA 4UFHA 1Y7VA 1Q6DA 2Y4SA 1B3YA 1C8YA 4PMXA 1EGZA 3SUSA 1GNXA 1LF1A 5A3HA 1UKSA 5DFAA 1L8NA 4J27A 3U5YA 4HA1A 1PX8A 2PWEA 3NIYA 2J77A 2FHBA 5IXEA 1B3ZA 3GH7A 2WSKA 3GNPA 4PSRA 4CU6A 5A6SA 3VTRA 3WMSA 4JHZA 2OWXA 3ARXA 1E6RA 2YDQA 4XZBA 1M7XA 3GBEA 1OBAA 1JDCA 2E9LA 2WVTA 1CGUA 3SCOA 1V3IA 2O9PA 1NQ6A 2VT0A 3OZPA 4C7GA 2DEPA 2WKLA 3L4YA 1UR9A 1J0HA 1D2KA 2GJRA 2QPSA 5HNNA 4GO9A 4UFMA 4JFTA 4OJYA 1NWSA 4NRRA 5A2AA 1B9ZA 5A8MA 1JXJA 3WDJA 1V3LA 2VZTA 1UD3A 2QPUA 1J0JA 2Y8KA 1V0LA 4LQ1A 1CWYA 3AS3A 4ACZB 4FLOA 4EK7A 2WPGA 1QW8A 1NP0A 1HJVA 6A3HA 3GXMA 1RH9A 4XB3A 2CYGA 2WC3A 3HN3A 1QNQA 1V3HA 1V02A 4JKMA 3VOCA 3W53A 1P6WA 1E4LA 2VC9A 1IV8A 3VDAA 2EBNA 3VNZA 1AQHA 3FNDA 4V28A 3CZ8A 1BHGA 1ODZA 2YL5A 1EIBA 1V0NA 4W87A 4D1IA 1ZL1A 1BYAA 1PX4A 2ZUUA 3M7SA 4J3TA 2BY0A 1B1YA 2XJ7A 4W7VA 3WIJA 4QP0A 3WF0A 5CSUA 4AIOA 3AIWA 2WC4A 1QPKA 4A3YA 1U30A 2VX6A 1HJQA 5JH8A 1XSKA 4ZEPA 3L4XA 4GINA 1JF5A 1R86A 2J7DA 2EPNA 4CGTA 4KH2A 4KMQA 1OGGA 1ISWA 3WN6A 4JFWA 3AIEA 2X0YA 3OLGA 5M03A 4D6GA 1VBRA 4M56A 5DT7A 4E8DA 1G01A 1HT6A 1ECEA 1JF6A 2AMGA 4AMCA 1H11A 2CKRA 5A6BD 3WDPP 5ABEA 4PBGA 1DEDA 4PMYA 1VEMA 2ZX8A 3VGFA 1WB0A 4MB4A 4H04A 1HVQA 1ESWA 3RCNA 5BWFA 4RL3A 2VZVA 1WO2A 3RMEA 1V6XA 2V5CA 1KFWA 4P8UA 2VTFA 1BF2A 4D6JA 3OIHA 4JHOA 2VL4A 2E40A 3VIHA 4WSJA 3F5KA 3ZO9A 1K9TA 1UH4A 1UZ1A 4W8BA 3GNRA 1UWQA 2D1ZA 1LLOA 4EKJA 2JF6A 2JF7A 3KL5A 1ITXA 3WD3A 4KGLA 2D23A 3ZJ6A 3BXWA 4UOZA 1EHNA 3SCRA 2VQTA 3CO4A 4TVDA 3TA9A 3UESA 4A4AA 1CGWA 2WBGA 3CUFA 1UR8A 2J7EA 4J7RA 2PWDA 1GW1A 4EAMA 5EMYA 1E5JA 1ITCA 1OIMA 2XVKA 4LX4A 4BA0A 4PUEA 2JIWA 3WBAA 2Z1SA 1GOWA 2BVDA 1V0MA 6CGTA 4CD6A 1B90A 1WNOA 3S6TA 1UKQA 1PX3A 1SFSA 2XVNA 2WCSA 1FA2A 1ZBWA 4ACZA 4GXPA 2XM2A 5BYWA 1ZBVA 4WLCA 2CEQA 5CPSA 5I5RA 4BZYA 2E3ZA 5D9NA 2CBIA 5I24A 3WQ6A 1G9HA 1GZJA 2DSWA 3CHCA 1VFOA 1B31A 2MANA 4V2XA 3WNNA 1V6WA 2B31A 4J3UA 2VNCA 4Q22A 1KGUA 1OD0A 5AYBA 2J7HA 3VU2A 4NSBA 1QHOA 2D0FA 1XC6A 3APGA 2WVUA 1GCYA 1VBUA 1OGSA 2VRQA 1NOWA 3B9AA 4C7FA 1OCQA 3HMCA 4PMRA 4AWEA 3FXYA 1TVNA 1UA7A 5CLTA 1RPKA 1HL8A 4PSPA 3WNKA 5CJ5A 3LPGA 5A95A 1H4PA 2Q8XA 5I79A 3S2CA 2XWDA 4UTFA 1ZS2A 3W28A 1JZ4A 2CNCA 5AYIA 1MQQA 1CLVA 1CGVA 4B15A 2XGIA 1VENA 1JD9A 2GFTA 2CBJA 3RM4A 1O6IA 3OGVA 1PAMA 1HF6A 5ABGA 4JZ5A 4HPHA 4HTYA 3VVGA 4WSKA 3AHXA 3RDKA 4HA4A 3W27A 1SMDA 3L4ZA 4MPKA 5BXSA 3T0DA 1E6NA 1PIGA 1JDAA 2YJQA 1ZJBA 1V6UA 3UR7A 3EMQA 2QV4A 2XUCA 3GH4A 2OSWA 2CCRA 3WMCA 1V6YA 4MDPA 1UD6A 1G0CA 3M6DA 3K4DA 1US2A 2WYSA 1CECA 3CTTA 3AOFA 3LMYA 1FP8A 5BROA 5IDIA 3T2QA 3W6LA 3AIRA 4HMDA 1E3ZA 1U2YA 4D6CA 3THCA 1H09A 1QW9A 2GK1B 5IHRA 3NJ3A 1E15A 3PZVA 1OM0A 3NSNA 1V02E 1GQKA 1CXLA 1NWTA 4W8AA 2VZUA 2NSXA 2C8NA 2VZSA 2EPLX 1WP6A 1Q6CA 3AMDA 1QBAA 4M24A 1RP9A 2PF0A 4Q7NA 3CUGA 3UG3A 3DHPA 3GZAA 1CBGA 1UZ4A 3WH6A 3VX1A 1WZMA 3QHNA 4DWSD 4DWSC 1US3A 3QHMA 1QNRA 4X0VA 5AC4A 3VD4A 3F5JA 3O9NA 3ARVA 4XZWA 3AS2A 4GIAA 1DWIM 3CZGA 2J7GA 2AOSA 1UKTA 1DWJM 3TTSA 1IZJA 4DM1A 3SIMA 3VPLA 3ZQ9A 1E5NA 2BY1A 3A4WA 3CPUA 3UERA 1UHVA 5E6YA 4B9YA 3EDEA 5A8OA 1R8LA 3UG5A 4GI9A 3N13A 1DWHM 3AICA 3W37A 4QFUA 1XYFA 3IK2A 4AEFA 1TVPA 2CHOA 4WKAA 2J4GA 4AZ7A 4BQ5A 3WF4A 4NZCA 4UQBA 1KXTA 4JFVA 1G1YA 4B9ZA 2A3AA 4URIA 1MFUA 5LA2A 2J7BA 4ZFMA 5D8WA 1E4MM 2J74A 2WXDM 1E56A 1WZAA 3ARPA 3FHAA 3SCNA 1BG9A 5GQBA 2HVMA 3K8KA 5D9PA 4AZGA 3ZMRA 1W1YA 5HOSA 3WFLA 1CXEA 5DMYA 2YLAA 1LG1A 3MANA 4PMUA 4U33A 1W3JA 2BHZA 1UR2A 2BVYA 3N1AA 3MS8A 1EDGA 4AD2A 3ARQA 2WCGA 4AY1A 4CN6A 4PRWA 3D5HA 2CESA 1W9UA 3WQVA 1WDQA 1E70M 2VCCA 4OBSA 1TMQA 2DT2A 4CCDA 2OSYA 1JD7A 3A47A 1JYNA 3KL0A 4KRTA 3RJYA 1KB3A 4MAVA 1KR1A 2PC8A 3IAQA 2VVSA 1JAEA 5CXPA 4D1JA 4TVUA 5JBDA 5E09A 3BSGA 2V5DA 2X05A 1KWGA 5C8BB 3GXFA 2OYMA 4UFLA 3AZSA 4W89A 3W25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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