2DT0A

Crystal structure of the complex of goat signalling protein with the trimer of n-acetylglucosamine at 2.45a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt0A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt0A01
1VRXA 1GHSA 5CJ5A 2A3CA 4CU6A 1QNOA 1LL4A 4MAZA 3GNPA 2WMKA 4HPGA 3BGAA 1B2YA 3OLDA 2BFGA 1FH8A 2E9MA 1HL8A 4EAMA 2VVNA 4QLKA 3GH4A 5A2CA 8CGTA 4HP5A 3WNKA 3PZUA 3IANA 3IAPA 1HKJA 4CKQA 1CXEA 5JIPA 2QPSA 4FLQA 4PUEA 6CGTA 2WVVB 5I2UA 3IK2A 1HJWA 1W1PA 1J9YA 1KGUA 2WC7A 5I24A 2A3HA 3U57A 1CBGA 4AYSA 1NP2A 3MUAA 3DECA 1NWUA 1ISZA 2BY1A 2QMKA 1WDPA 1HKMA 2WC4A 3VD3A 3WQ6A 4J3TA 2WPGA 4QCEA 1TFVA 4ATWA 3PZVA 5GQBA 4UFJA 1QNSA 1CNVA 2GDUA 4AC1X 2X0YA 1J01A 2VCAA 3VDCA 2VQTA 1CPUA 3J7HA 3IJ7A 8A3HA 2ZX5A 3L4YA 2VR5A 3T0AA 3WQWA 1H2JA 2UY4A 1EO7A 4UQEA 1CLVA 1CLXA 3WDPP 1BGGA 9CGTA 2ZOXA 2GFTA 4PMDA 1MW1A 2YDRA 1UD2A 4B9YA 3QHMA 1Z32X 3WNMA 3ZR6A 3EDEA 2F61A 3WNPA 2G3NA 1PJ9A 3W6MA 5JH8A 2OWXA 2PWHA 4LYRA 2E9BA 1KB3A 1EHAA 2XGBA 3PTMA 1GOQA 4PMNA 2DH2A 1VBUA 3QGVA 3VIKA 1GOMA 3JUGA 5DT7A 3OB8A 1BYBA 1EOKA 4JKMA 4Z2HA 3CZGA 3WEMA 3CHFA 4P8XA 5A8OA 1KBKA 3CMJA 4AW7A 3AS3A 2IXVA 1EH9A 4AMCA 1OWQA 6TAAA 1HKKA 3A4XA 2Z1SA 3N04A 2EQDA 3BH4A 1VAHA 2DSZA 5A8QA 1M7XA 3N15A 3WDHA 1FP8A 1V08A 3W29A 4M24A 4DM1A 3WNOA 4PMYA 2NSXA 2XWEA 3ARRA 3AYSA 1BYDA 3CO4A 1HVXA 1EDGA 1ISXA 2JE8A 2W4XA 5D9NA 3ARSA 2VQUA 1KQZA 1R85A 3F5JA 1JZ6A 3VIMA 4WIWA 3M46A 4JFTA 2A3BA 3TTYA 3WF0A 2J75A 3SURA 1KGWA 4EE9A 1VEPA 3VX1A 4MADA 4QLJA 2WHKA 3IAQA 5D4YA 1CGVA 1LWJA 3ZT7A 4F8XA 2VMFA 3WD3A 3B9AA 4CN6A 4W87A 1K9TA 1UR9A 3SCOA 5IDIA 3SEPA 1O7AA 4JFUA 2OSWA 1UUQA 1LL7A 2VTFA 1W3KA 4WF7A 1V6VA 4HOZA 2VZVA 4WK9A 5I79A 3L2MA 1J11A 1QHZA 2W61A 5CSYA 1B31A 1W9BM 3NSMA 3OLIA 4XB3A 3ZSTA 2D22A 3KL0A 5CXPA 1B90A 3PZNA 3RO8A 3VNYA 3CZEA 1UWRA 2GK1A 1NQ6A 1ZS2A 2ZXDA 2JFEX 1W3HA 1KR1A 2JALA 2E9LA 5M5DA 3WF3A 1VIWA 1NP0A 4ACZA 5A69A 2OWCA 5FL0A 5A6JA 2CITA 4U5KA 4QLLA 3TP4A 4NI3A 3F5KA 2BVTA 3NJ3A 3WH6A 2GVYA 2WXDM 2OSYA 1KQYA 1E6PA 1DTUA 3HJEA 5HNNA 5EBAA 1GORA 3CUJA 4MNJA 2V3FA 2DSUA 3WQ8A 4HMEA 2CERA 4H8VA 1UA7A 2UY5A 4W85A 1E4NA 1NM9A 4AZ5A 4CU8A 1UKOA 3N1AA 2VZUA 4UQ9A 3W81A 2F8QA 1A3HA 1JZ8A 5A6BD 2XFFA 4J28A 1GNXA 1UD3A 2XSAA 4M80A 5BXPA 2VZSA 1B9ZA 1C8XA 2WLYA 1BHGA 2XFRA 4DWSB 1G94A 2QHAA 1E4MM 1VFUA 1EDTA 1VB9A 3MU7A 2BY3A 2VZTA 2WHMA 3KL5A 2OSXA 1KCKA 3AS0A 1PIGA 1W1YA 5HBFA 1KBBA 2J7DA 1I75A 3I3BA 2YBUA 1G9HA 1GQLA 4PMQA 3TOPA 4HOXA 3WQ4A 2W91A 3NSXA 4V28A 2EPNA 1UH3A 4KWUA 2UY2A 1JD7A 2XIBA 1M53A 3SIMA 1JAKA 4AIOA 2EPLX 5A94A 1BVZA 3WELA 3VIJA 5BWFA 5BXTA 2GK1B 3K4DA 3LPOA 1W3JA 1NH6A 1HJSA 5E6ZA 1XC6A 1MFVA 2VRJA 2EBNA 2BHYA 4U31A 2WSPA 4X0NA 1C90A 4ACZB 2AAAA 1XSKA 2G3MA 2YDSA 1UR4A 3MUIA 3WMSA 3PTKA 3K8KA 3T0BA 5M17A 2JIEA 1AMYA 2WVSA 1F4AA 1LQ0A 4W7VA 1OD0A 5FKYA 3U5UA 2RGMA 5A6AA 3VGFA 1V0NA 1C93A 1TVPA 1KR0A 2G3IA 4AZIA 3CMGA 4P7LA 4MAVA 1ZBKA 2VCBA 2D0GA 1TA3A 5BRPA 2FHFA 3CH9A 1ZJBA 2OWWA 3L4ZA 5TD4A 3O9NA 3WBAA 4E4PA 2J74A 4F79A 2W63A 2QV4A 3UERA 4JKKA 2XYLA 1ZB5A 3AHYA 1J18A 3OGRA 2DT3A 3UEQA 1SYTA 1BLIA 1JD9A 3SCNA 1FH7A 1ECEA 2DSKA 4JL2A 1BF2A 3OLGA 3EDJA 1H0GA 2DSWA 1UQZA 4OJYA 4XV0A 5A2AA 4LYPA 2V3DA 3EDKA 3THCA 2J77A 3EDFA 3UG3A 4L4OA 1AQ0A 3LMYA 4AY1A 1QW9A 3A6OA 4AZBA 1CGUA 1O6IA 1V6WA 4ZE4A 4D1IA 2WCSA 5KZ6A 4ZFMA 2WCAA 1UR2A 4H41A 2PBOA 3BCDA 4DUVA 1V03A 2XHYA 4V2XA 4E2OA 3WENA 1V6UA 4ACYA 2WZHA 2WVTA 3VIGA 2ESCA 1H1NA 4LYQA 2Y8KA 1QI5A 4M8UA 2Y5EA 2ZX7A 1H09A 3W24A 4F66A 1HJXA 2WWCA 5E0CA 3WH9A 2VX5A 1CXKA 1E6QM 1MVYA 1UD4A 3GXDA 2WMJA 3VNZA 5JBDA 3A4AA 4FF5A 3TTSA 1V3LA 3BMVA 1FA2A 4IPLA 1UD8A 2G4FA 5E09A 1E1FA 4AD0A 1D2KA 1E6XM 3T09A 4A3YA 6A3HA 3A47A 1JZ2A 4WSJA 3WD1A 1TA3B 2OYLA 4P8UA 4X9YA 1W9VA 1GHRA 4FK9A 4CCDA 4Y7EA 1KWKA 4D6FA 4EKJA 4B9ZA 2C8NA 5C8BB 4KMQA 3AS1A 1MQQA 1LG2A 2X05A 3UG5A 2WYSA 3ARUA 2ZUWA 4GXPA 2J7BA 4HMCA 2ZUMA 3CZJA 1E15A 3K8LA 1KGXA 1GOIA 1EXPA 4RL3A 2Y2WA 3ZM8A 4RE2A 1OGGA 1PIFA 2CBUA 1VFMA 1TCMA 3VKKA 3W37A 5I3DA 1WKYA 1M01A 2DSVA 2ZIDA 1H41A 4W7WA 1OINA 4UOZA 4PMOA 1TUXA 3APGA 3WF2A 2CBVA 1CXFA 1XCWA 1UWTA 4HA3A 4HU8A 1CXIA 4J3WA 4W8BA 1UKSA 3WL0A 4RE4A 2VO5A 3SUVA 2EXOA 1X1NA 1HL9A 1QI2A 4BQ2A 5D9PA 1WDQA 2BY0A 2FGZA 3RCNA 1OT2A 1UQYA 1JYNA 1I1WA 4RE3A 1W9UA 1GUVA 2XJ7A 1HIZA 4TXEA 3FNDA 1TE1A 4PN2A 1SFSA 5HPCA 3AZTA 4M1RA 4F9DA 4CUCA 1B1YA 1JNDA 1KXHA 1C8YA 2J7CA 2DQXA 2XVGA 5JBEA 3L4TA 2CIPA 4QDMA 1JYVA 2ZX8A 1JXJA 5AC4A 3VGBA 2YLAA 1W9XA 3LPPA 4Q7NA 1HP5A 3L4WA 2GUYA 1OGBA 3MMUA 4Q22A 2D0FA 4MDPA 1X6NA 3VGGA 5DF0A 1RP8A 3WDJA 5BRQA 4BQ4A 1JFXA 3PZQA 3MANA 4D6JA 3KZSA 3ARWA 3ZJ8A 1WCGA 3NSNA 5IHSA 5CGMA 1EIBA 2YLLA 5CLWA 2PWFA 3F4VA 5CPSA 3WMCA 4UZUA 1UH4A 3AMGA 1UD5A 4DM2A 4MTVA 4PTXA 4FLRA 3NUKA 1W1VA 3CHEA 4JL1A 4UQCA 2J8FA 5EFDA 2ZUSA 4A4AA 2ZUTA 5M3WA 2VT0A 5AY7A 4PSPA 2J25A 3VILA 1QHPA 2C0HA 3A3HA 4DUXA 3VMOA 4KGJA 4M82A 1BPLB 3BSHA 1GW1A 3AXHA 3W6LA 4MDOA 3W27A 1YHTA 4YN5A 4D6CA 1DWGM 1J12A 2YL8A 1ZU8A 3RM8A 2WMIB 4CD5A 4FLOA 2G8ZA 1MW0A 2QF8A 1GQJA 1NOFA 3AFBA 4GIAA 3W82A 3O2LA 4J7RA 2VZOA 1QI4A 2WLZA 2YL6A 3VD7A 4W93A 2IUZA 4AD4A 5A6SA 5HXMA 1PBGA 4UQDA 2GJRA 1OGSA 2E8YA 4NSBA 1CYGA 1JYWA 1N82A 3T2PA 1K9EA 5HDRA 1D7FA 1LLOA 1GOWA 3TA9A 1A47A 5AYIA 1B30A 2WM0A 2D2OA 2GSJA 4D6GA 1S46A 4GZJA 2NT0A 1MFUA 3AIVA 3L2LA 4HPHA 2E8ZA 3FY1A 1B0IA 1J0JA 1CGWA 4ZE5A 4U3CA 1EGZA 3FXYA 4D71A 1XV8A 5FD0A 2XM1A 1B3WA 3OIHA 4LXFA 1M03A 5CG0A 5CZKA 5CPQA 3BLKA 2JIWA 2X09A 3AZSA 1LWHA 1VFOA 3WF4A 5FCZA 2FHCA 1GPFA 5AC5A 1I1XA 1UD6A 3O6AA 1JIBA 4UFHA 4P8VA 3VMNA 4AZ7A 4J3SA 5BROA 4XUYA 4EK7A 5IFPA 4H8HA 1WZKA 1CECA 2RGLA 3AIQA 1DWIM 1AQMA 3ZIZA 3GH5A 3N18A 5D8ZA 4CCEA 3BMWA 2QPUA 5A3HA 1KCLA 5BCAA 3WD4A 3WMBA 3F5LA 4GZIA 4AZHA 1YQ2A 3ZJ7A 4F9JA 4HMDA 1KXVA 3VVGA 2O92A 1U2YA 2DIJA 3SCPA 4XZBA 3VOCA 3GBEA 3MO4A 4MNKA 4JKLA 4W84A 3VDAA 3PZIA 4PTMA 1G5AA 1XCXA 1R7AA 1L0PA 1WPCA 1Q6FA 2VRKA 5CGTA 3BAYA 3OA5A 2WK2A 3RJYA 1V0LA 1QNRA 7TAAA 3GNOA 1EOMA 3WH5A 1J10A 1UWQA 4UFLA 3NIYA 2OYMA 1C3FA 2EJ1A 1SR0A 1BG4A 4CN4A 4L4PA 1GVYA 3OGVA 3MMWA 3VD4A 3WL1A 3N13A 4YHEA 4BCEA 1OB0A 4PSRA 2D3LA 1LJYA 1JXKA 2W66A 2YJQA 2O9TA 1CENA 1OM0A 3I3EA 1PX4A 1QVBA 3D3AA 4M81A 2FGLA 2BY2A 4WKFA 3PZTA 3WDQA 3WEOA 1E0VA 3PN8A 2XG9A 1JZ7A 2VC9A 5ABFA 1R8LA 4E8CA 1C92A 4WLCA 2YBTA 4TVUA 1E3ZA 2GJPA 5CPTA 1XD1A 1B3ZA 3DHUA 3VGEA 1Y7VA 1QNQA 4TUFA 2W67A 4P7RA 1Q6EA 4HZ8A 1H0IA 1UH2A 2E0PA 5EFFA 3RDKA 4ZXOA 1WO2A 3ARYA 3UR7A 1OCQA 2CCRA 4K68A 3G6MA 4AZGA 3FHAA 2WAGA 5E70A 3W53A 2VOTA 4MPKA 2ZUVA 3CGTA 4ZEPA 1E6NA 3SCVA 2XSBA 1Q6GA 2XUCA 4PMRA 3GXFA 3T0DA 5I78A 1VJZA 2BXZA 2A3AA 1FFRA 1E1EA 3ZR5A 3VDBA 2HISA 1GVIA 3FW6A 3A4WA 3AIEA 1V02E 1X6LA 4E8DA 2XPKA 1E5NA 2CXGA 4TVCA 4CD8A 5GPRA 2EPOA 1ZJAA 1MYRA 2BVYA 1Q6CA 3AI0A 3THDA 5BXRA 3AISA 3PZMA 5LA2A 1WDSA 2ZUNA 1E40A 4AD2A 5M03A 4UQAA 4BA0A 1CEOA 1SMAA 3GH7A 1DWAM 4UTFA 3RILA 1JGIA 3TTQA 5A8MA 1OT1A 2WANA 2WMHA 4U2ZA 3BXWA 2J7HA 1V3HA 2ZXQA 5A6LA 1QI3A 2D24A 3QR3A 2X0HA 3RPMA 3VGHA 5CSUA 1BSIA 5JIWA 3S2CA 1QOXA 4NZCA 2J62A 1PX3A 4N0RA 5I77A 1WDRA 1HNYA 1UKTA 2CHOA 4MJ4A 3QHOA 4AIUA 1H11A 1W32A 2J7EA 4W89A 1HJUA 3N11A 4R27A 1UHVA 2D3NA 3OLEA 4QCFA 4GQQA 3ARTA 1E4IA 4P7NA 4C7GA 2CHNA 3OBAA 2VRQA 2BVDA 3VIOA 4CCCA 3VX0A 5GNXA 4H7VA 4MNLA 2YIHA 1VJSA 2J47A 1OD8A 1MW2A 2FDMA 3OGSA 2BV9A 1EDQA 4UR9A 2Y4SA 1XHGA 3OZOA 4JFWA 1CXLA 4MB1A 4N42A 5LA0A 4JHZA 3EMCA 3AHVA 4D72A 3ARVA 3AICA 2PWDA 5E9AA 3FAWA 1JL8A 3WD2A 3AHZA 1UWSA 1OIFA 3VUPA 3CPUA 1GJUA 3I3DA 3AJ7A 1C91A 1H5VA 4ATLA 5IXEA 4UOQA 2CKRA 4QP0A 2VX7A 3NCOA 2PC8A 4PTVA 4U33A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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