2DT1A

Crystal structure of the complex of goat signalling protein with tetrasaccharide at 2.09 a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt1A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt1A01
1LWHA 2YA0A 3CPUA 1EO7A 1LF1A 3L4YA 2G3NA 1DTUA 1N82A 2BY1A 3BGAA 2VTFA 1QI2A 2JIWA 3ALGA 2VOTA 3N1AA 4JFWA 3IANA 3AXHA 3ZR5A 1XSKA 2W91A 2PF0A 3A47A 2J7BA 3VIMA 2BHZA 2FGLA 1ZL1A 1B2YA 9CGTA 3ARYA 4IPLA 3WMBA 1GQIA 1EDGA 4DWSA 3HJEA 1JDAA 2DQXA 3AFBA 7CGTA 4MJ4A 2BHYA 5CGTA 2ZWZA 1V6VA 2DT1A 6CGTA 4PCSA 2DSVA 5I78A 2GDUA 1JXJA 4AD0A 2VRQA 4KGJA 2WXDM 5JH8A 1J10A 4HA1A 4H7VA 2XVLA 3WD2A 1UD5A 4W8BA 1F4HA 2CCRA 3FN9A 2OWCA 4NF7A 4ZEPA 1O7AA 4UR9A 3CLWA 1ZJBA 1DEDA 4UQBA 3T0DA 3AMDA 1G01A 2FGZA 2PWDA 1BSIA 4ACZB 3PZUA 3CUIA 1CYGA 2BY0A 5JIPA 5CLWA 3DYPA 1KBBA 1J11A 2D3NA 2GDVA 1E6ZA 1KBKA 2CBIA 1VF8A 2UY5A 5A8QA 3WEOA 3MMUA 3THCA 1FA2A 5CZKA 4HPGA 3AIBA 4PCTA 2G3MA 4AD1A 1GHRA 4JAWA 1XH1A 2O9OA 3KZSA 2BV9A 2GFTA 4A4AA 4JL2A 2DT0A 4RL3A 2X0YA 1NWSA 4W89A 1CTNA 1UKPA 1P6WA 4HU8A 1E1EA 4PMDA 2D22A 4GZJA 1FHLA 4AIUA 3AS2A 1DWAM 3WDQA 4CD7A 3T2QA 1L0PA 3KL0A 5A8OA 3CBWA 3W82A 5BWFA 4V28A 1W1YA 1AQMA 2IXUA 3BCFA 1Q6DA 1M01A 1CPUA 4WSJA 1GQJA 4IPNB 1K9EA 5HDRA 1SFSA 1ZS2A 1UWQA 3AMKA 2X8RA 1GOQA 3W4RA 5ABGA 4P7OA 4WK9A 3K1DA 2FH6A 4HZ7A 1TVNA 1BPLB 1CNVA 1UKOA 4HMDA 3B8SA 1V03A 4UQEA 4BQ4A 1WDSA 1V02A 5E0FA 4ZXLA 3IAQA 3BAKA 3MU7A 3IAPA 2WZEA 2VRJA 1HNYA 4S3JA 1XCWA 3POCA 2ZUNA 1Q6FA 1MXDA 3F5KA 3AYRA 4CN6A 2CPUA 1NWRA 5D9PA 3KEHA 1CLXA 2V3EA 2J7EA 2W63A 2YA1A 3A4XA 4J3VA 3WH8A 2UY3A 3IK2A 3UETA 1CGVA 2ZE0A 4J3SA 1E6QM 1EA9C 5I0DA 1F4AA 3NSXA 4UZUA 1PEZA 3POHA 4FLOA 4XUYA 2XFYA 1BVNP 1D2KA 1VJSA 4NI3A 3CUGA 1B3ZA 1BAGA 4MNMA 1U2YA 3GBDA 1TCMA 4CCDA 3WDJA 1PX4A 2WVVA 2EPLX 3ECQA 3SUSA 1R8LA 4HP5A 5I6SA 1WAWA 2NW0A 3PZ9A 3WQ8A 2J47A 1NWUA 4JFVA 1E71M 1W9XA 3KL5A 4BA0A 5A8PA 3NSNA 1CGUA 1GW1A 4PYSA 3WDIA 4PUEA 3VDCA 4MNKA 2E3ZA 1MW0A 4U3AA 4UFHA 3S6TA 1B9ZA 4OKDA 5FKYA 5LA1A 4QFUA 2ZX7A 2J75A 4GZEA 1BGGA 3M6DA 4JL1A 3VNYA 1UR8A 2J7FA 5I5RA 4F9JA 3NYDA 5A8MA 4AZCA 1OBAA 3WNLA 4AZBA 5EFDA 5AC5A 4GQQA 1C90A 2WYSA 1BGAA 3ZT6A 4DWSC 2GJXB 5BXSA 4JCLA 4B9YA 3AI0A 5LA0A 4IISA 2E0PA 3SCOA 1LL6A 1PX3A 3ALFA 4TTUA 3SUVA 4DUVA 1RPKA 2PWGA 4U2ZA 2FHBA 5F7UA 5FL1A 3PN8A 2WC3A 4PSRA 3MMWA 4HZ6A 2WZIA 4CCEA 1YQ2A 2WLZA 1QOXA 3BAXA 5CSUA 3PZQA 5I24A 1HL8A 4AD5A 1C8YA 2G4FA 2YBTA 3PBGA 4L4OA 2DT2A 3B9DA 1I1WA 4V27A 5D9OA 1WDRA 4H8UA 4JKKA 1GZJA 2X09A 2DDXA 1GJUA 2ZUWA 1MFUA 5A6SA 4L4PA 1ISVA 4OIFA 2UY2A 1H3GA 2YDSA 1Q6EA 2F2HA 3CZLA 3CO4A 4BF7A 1OSEA 3VGEA 1LWJA 3VD3A 5GNZA 4D6EA 3BAYA 5JBDA 3RDKA 2X05A 1BVZA 4NRSA 3ZJKA 1OB0A 2XVPA 2XVGA 3ZJ7A 5IXEA 2WHLA 1W1TA 1ODUA 3MV01 2VQTA 3WD4A 2XSAA 1H11A 5JBEA 5LA2A 1ITCA 1ESWA 1E6XM 2W67A 3WL0A 1RP9A 5GNYA 1NP2A 2UWFA 2VJXA 3EDEA 3GH7A 4ACYA 3K8MA 1H0GA 1W2VA 2ZUMA 1LL4A 1C92A 3GH5A 3PTQA 4UFIA 5HBFA 2GK1A 4PMXA 3QHOA 4QDMA 4UNIA 1Q6CA 2OYMA 3BAWA 3VIFA 2CNCA 1LG1A 3O6AA 4HOXA 2D0FA 3PZIA 1UH2A 4XB3A 5EMYA 5JIWA 5A1AA 1HP5A 2WVTA 1R7AA 1ISYA 1BG4A 2WMGA 4PRWA 4J3XA 1B90A 1JNEA 3ZIZA 1V0KA 2V5DA 4CVUA 3RM8A 3CUFA 2VURA 4AEEA 4HOZA 4PMZA 3ARWA 3CZJA 3UR7A 4W85A 2FDMA 3S2CA 2CETA 2PI6A 1R7OA 4M81A 1OD8A 1UWIA 3CUHA 2WMIB 3W6LA 4UOJA 4C7DA 3GNOA 3PHAA 1V3IA 2OSWA 2WMKA 2WAGA 2XVNA 2QF8A 4GXPA 5E6YA 3ARXA 3U7BA 4MADA 2WZHA 4FMVA 4UCFA 4JFUA 2ZX8A 2DSKA 1PBGA 3BXWA 1E15A 1V6WA 4MDOA 2WVSA 4D6JA 2WB5A 2WM0A 3VILA 1PAMA 5A6AA 1EOMA 7TAAA 3GNPA 1BF2A 3AIVA 1HP4A 2OWWA 3APGA 5FL0A 2X0HA 1VFFA 4B9ZA 1H49A 2VRKA 1E4IA 2X1IA 1J0YA 1K9FA 3FW6A 4P8XA 3WQVA 1FHDA 2BXZA 3WFLA 1QI4A 1FP9A 4EE9A 1KXHA 2W5FA 4YHGA 2YA2A 4D71A 1ZJAA 3NSMA 2VZUA 2QPUA 1UR1A 5ABEA 2QV4A 3SURA 2YIHA 2ZX9A 1H4PA 2E4TA 2XGBA 1UR2A 4TOQA 4CKQA 3WQ6A 2A3AA 2BFGA 3KL3A 1IZKA 1C7SA 2J78A 1XV8A 2XVKA 3EBVA 4PMUA 2OSYA 4TVUA 4BCEA 2XIBA 3GDBA 5HPCA 1G5AA 1V3KA 4P7NA 5DT7A 4W87A 3OGRA 5HNNA 3UEQA 3MUIA 3AZRA 4J27A 1C8XA 1B30A 1V3MA 5M5DA 4UFLA 4AD4A 3ARZA 1E56A 5A6JA 2VVSA 5BXTA 3ZT5A 5M3WA 1MQQA 1UUQA 3DC0A 3SCWA 5CPQA 1KB3A 2VCAA 1J0HA 1W9DM 3CHFA 2ZXDA 1KWKA 5GNXA 1U30A 4PMQA 3MUZ1 4RE3A 1CXEA 3W37A 1V6XA 2BY3A 4KMQA 5A6BD 1QI0A 4GKLA 4QCFA 2V3GA 3CZEA 4QAWA 3QOMA 5CG0A 1HVXA 4MB4A 4PTMA 1W3LA 3AIUA 1ISZA 1WZAA 4URIA 3E1F1 1ZBCA 2B31A 5BYWA 1J0ZA 1WPCA 2NT0A 2YL6A 1CIUA 3VU2A 1OT2A 1JD7A 1I1XA 1E4LA 1UWTA 1UQYA 3WUEA 1GQLA 1H0IA 4UZSA 1W9UA 2VNCA 3W29A 4U5IA 5HPOA 3WD1A 2WCGA 4C7FA 4UQDA 3MV11 3WQ4A 4UQCA 2Y8KA 3RJXA 1CXIA 3VIGA 5KEZA 1E40A 1DP0A 2E40A 1E0WA 3T2PA 3WH9A 2CXGA 1VRXA 4H2CA 4N42A 3SIMA 1BLIA 3U7VA 4UQ9A 2D0HA 4CUCA 3WD0A 1TA3A 2A3BA 2EEXA 1J01A 3L4TA 2JFEX 3TP4A 8A3HA 3T2OA 4E8CA 1EDTA 1KR1A 2Y2WA 2QMKA 1DWIM 4IM4A 4LPCA 1PJ9A 4W86A 4AYSA 5ABFA 2WCAA 1EHAA 1WDQA 2E8YA 3OLEA 2HISA 4N0RA 1JF5A 3EMQA 3W26A 3N11A 1J0JA 2J7HA 3VO0A 4R5EA 2C8NA 3WQWA 4PUDA 1R86A 5FIPA 5BCAA 1WDPA 3WUGA 1M03A 1EQCA 3LPFA 3WNMA 4DWSD 4GPNA 1XD0A 3KE0A 2W61A 2PWFA 2XJ7A 4AIEA 1UYQA 5EFFA 2QLYA 4MNLA 1C3FA 3ZMRA 4OOZA 2A3CA 1UH3A 2O92A 1V0MA 5CQ1A 1US3A 3O9NA 2VQUA 1BYDA 1Z32X 1XD1A 1V0NA 3OZPA 1E72M 1V3LA 3AHVA 3ZJ8A 1J12A 1GVYA 2WKGA 5A2CA 1B0IA 1VEPA 4D6DA 2YOCA 3CZKA 5E9AA 2Z1KA 4TVCA 1UKSA 1M53A 4BQ5A 3AXXA 4CD4A 4D1JA 5DMYA 3N15A 1CBGA 1KCKA 1E0XA 3CHCA 4U5KA 4UFMA 2EPMX 1ZBWA 3AHXA 1W1VA 1QW8A 3ZO9A 1S46A 3AHYA 2ZWYA 4C7GA 3ARVA 1UD3A 1HJXA 1WZKA 1FH7A 3WSUA 3WFZA 1HX0A 1NM9A 1QNOA 3EDKA 3VX1A 1PZ3A 2VZSA 3GXMA 3OLGA 1VB9A 1EIBA 5IHSA 3WMCA 3A4AA 3UG5A 3WF0A 3II1A 4W8AA 1E73M 4HTYA 3LPPA 3EMZA 3A6OA 3D3AA 4AZHA 4B15A 1CXFA 1OIFA 3SCRA 1JFHA 3G6LA 1E1FA 2E9LA 1JYWA 3ZM8A 2V3DA 3VMPA 2WHKA 1VENA 1W91A 4XV0A 4ZENA 3UCQA 4TXEA 1VAHA 1TE1A 5A95A 1UR4A 2EJ1A 1JZ7A 2G3IA 1J0IA 1JF6A 1QNPA 3NDZA 3TTSA 5I2UA 3U5UA 2W4XA 1V0LA 2VZVA 4M56A 3AZTA 3WDPP 5E0CA 3NUKA 1BYCA 3WMSA 2YDQA 1HT6A 1E6SM 2PWEA 2Z1SA 1MVYA 1GUVA 1RP8A 3VDBA 1CECA 1EOKA 2WWCA 4F9DA 1OGGA 3OZOA 3IJ7A 4M80A 4KWUA 2UY4A 3MSGA 4CD6A 3VIPA 1PPIA 3WDRA 1UD4A 2ZX6A 1GJWA 1EH9A 4DUXA 3HN3A 3OGVA 1V3HA 1UKTA 2ZUVA 2RGLA 4OOUA 2G8ZA 1AMYA 1NH6A 1QI5A 1KQZA 4PMRA 5ABHA 2J79A 1JYNA 1UWUA 2WWDA 3BCDA 3K4DA 6TAAA 1NOFA 3QOKA 3WNPA 1BTCA 1B3WA 2BY2A 3M46A 3ZOAA 1KFWA 1CZ1A 1HJVA 5AYIA 3IJ8A 5CJ5A 2CHNA 1MWOA 1WE5A 1ECEA 4Y7EA 4AZ6A 1GCYA 2YL9A 3AOFA 3BC9A 2J7GA 2NT1A 5GPRA 1Q4NX 5A6KA 4LYQA 3WUBA 1V6UA 2ZXBA 1US2A 5A2AA 3U57A 3D5HA 3TA9A 2WANA 1OT1A 1EO5A 2O9RA 4H8VA 1TG7A 5DT5A 4D6GA 1JDDA 3ZJ6A 1JZ3A 3FY1A 1TMQA 3DECA 2DT3A 5DO8A 3PZNA 1Q6GA 5IFPA 4ZE4A 1OIMA 2CKSA 3L2LA 1B3VA 8CGTA 4Z2IA 5I3DA 2CHOA 4ACZA 4Z2JA 4FLQA 3VX0A 3KWXA 4KGLA 3ARQA 4Z2HA 1G9HA 1H41A 1PX8A 2BVDA 3SCSA 1W9VA 3ZR6A 4AZ5A 3VIJA 3WIJA 1VEOA 1E3ZA 1H5VA 4JFSA 1MW2A 4P7QA 1KGWA 3L4XA 4D6CA 3GXIA 4CU7A 4Z2LA 2PBOA 3J7HA 4J7RA 3GYCA 3W27A 1FH8A 3BLKA 2V3FA 3VPLA 4A3YA 1BHGA 5C71A 2CERA 3RIKA 2W92A 2JIEA 5BROA 1X6NA 3N17A 1EQPA 4GO8A 1QNRA 1QBBA 3AYSA 4P8WA 4UQAA 4ZXOA 3BSGA 1RD6A 3NCOA 3M07A 2J62A 4QP0A 4QLLA 4MAVA 1VBRA 1ZU8A 3WKZA 3CUJA 3MSDA 1UG6A 2VZOA 1XC6A 3WY1A 3F5LA 2D20A 2A3HA 1KQYA 5D9MA 5LYRA 4WSKA 2VL4A 3PZGA 2WMHA 4V2XA 2J4GA 1UR0A 2OLHA 5AY7A 2QHAA 4DM2A 3HU7A 4PBGA 3AICA 3WEMA 4B3KA 4W7WA 3T0AA 2JF6A 4FLRA 4PTWA 2J74A 4CD5A 4DWSB 4J3TA 2EXOA 4CGTA 1WKYA 4OZOA 1ZBKA 1ZBVA 2YLLA 4WLCA 2JALA 5BXPA 1TZ7A 1JL8A 1IT0A 5ECUA 2CBVA 1UA3A 1B1YA 1JZ5A 1E5NA 3WNOA 1M7XA 1HJUA 1JXKA 3PTMA 4KRTA 5CLTA 3SCUA 1GPFA 1J9YA 1X6LA 2WC4A 3CGTA 1NOUA 4JZ5A 1QW9A 4DUWA 3VD4A 1OGBA 2OWXA 1LLOA 2F61A 2WC7A 1VFUA 2Y5EA 1QHPA 3SUUA 3WQ5A 3TTOA 2PB1A 1KWGA 4GIAA 4AD3A 1JZ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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