2DT1A

Crystal structure of the complex of goat signalling protein with tetrasaccharide at 2.09 a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt1A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt1A01
5C8BB 3BH4A 2FDMA 4W8BA 4PMZA 8A3HA 1X6NA 1C8XA 2FH8A 4J3UA 4PYSA 1Q4NX 3CBWA 3AS2A 1O6IA 5CJ5A 2CKSA 4CGTA 1TVPA 1UA3A 4TVDA 5BCAA 2YL8A 4D72A 2FHFA 3VNZA 3VTRA 3MKKA 4KH2A 1HF6A 3WF1A 1Z32X 1C90A 1UWRA 4WJXA 2VZVA 3VD4A 2BXYA 1HJXA 1ISXA 1YQ2A 2WB5A 2XM2A 2V5DA 3THCA 5BXSA 1KXHA 4QCFA 3DC0A 3GTNA 2JALA 2GJRA 4JAWA 5LA0A 3OA5A 1ODZA 2WW5A 4D71A 4GZIA 5A8QA 3VOCA 1BG9A 1JYWA 1V6VA 5ECUA 1QI0A 2OWXA 1UH3A 1CTNA 5KZ6A 1NWSA 5A6LA 4U3CA 2ESCA 1KWKA 3GYCA 3AROA 4PMVA 4TVUA 1JNEA 3W37A 4H2CA 1J0ZA 1QI4A 3GXIA 2DDXA 3KE0A 1TE1A 4HTYA 2G3JA 3SUWA 3RM4A 1EOMA 4URIA 4KMQA 4WF7A 1Y7VA 3CUHA 1Q6GA 2WMGA 4A3YA 4MPKA 4LYRA 5LA1A 1KGUA 1JF6A 4KGLA 3SCUA 3BGAA 1QNQA 3CHCA 2OYMA 3B9AA 2YDRA 2VR4A 4U5KA 4ZXLA 1IZKA 2CBIA 3VIJA 3VX0A 1E56A 1HP4A 4NRRA 1UD8A 2XWDA 3DYMA 3UETA 2ZUTA 1A3HA 2DGAA 1R85A 1ODUA 1JZ6A 1W3LA 4JKMA 1V3IA 3GXDA 2V3GA 3BC9A 2VCCA 5JUVA 2VRKA 2ZICA 4J7RA 1E6PA 3RJYA 1MVYA 1E3ZA 4MAZA 5CSUA 4WKFA 1X6LA 3WNOA 1JG9A 1W2PA 3L2MA 1TCMA 3GNPA 1ZB5A 2WBKA 4J3TA 1MW2A 3AIQA 4XB3A 3IJ7A 1CYGA 3KL0A 1E55A 3SCSA 5A8MA 1VENA 5CZKA 1JZ7A 4AY1A 7TAAA 1JZ8A 3WQWA 5A6KA 2VVNA 2CNCA 4CN4A 4EK7A 3RILA 2Y5EA 2PWHA 5CGMA 5JBFA 2GFTA 3WY1A 4RL3A 4QFUA 2PI6A 1WZKA 4MB4A 3U7BA 3B9DA 2DT2A 4GQQA 2QLYA 1OINA 3VX1A 3AZTA 3NJ3A 3ZT7A 1XSKA 3K4DA 3WF2A 1KR0A 1JDDA 3AXXA 1PPIA 2IXVA 1W9XA 5JIWA 1E43A 3OG2A 2FHBA 5E0FA 2C8NA 2W62A 4U5IA 1HJWA 2G3MA 2VURA 1QNSA 2WSKA 1UZ1A 2V5CA 5A94A 4OJYA 5E0CA 4HMEA 4D6DA 2WVUA 1QHOA 2CITA 3WBEA 3WQ6A 1G9HA 5CLTA 1HVQA 3EDKA 3VDAA 4OUEA 2D0HA 3CZLA 4OBRA 3N1AA 5M3WA 3AIUA 2EEXA 2RGLA 1ZBKA 4L4PA 4BQ3A 1KXQA 1PEZA 4B3LA 2XM1A 2BY2A 3MS8A 5CPTA 3E1F1 2WWCA 4YHGA 1LL6A 1B3WA 1BF2A 4UQEA 1MXDA 1Q6DA 4Y7EA 3IJ9A 1KR1A 3L4ZA 3FAXA 3MMDA 2ZX8A 2A3EA 3W25A 4AIUA 4F9JA 2WXDM 3AMDA 5HXMA 3W24A 3AIBA 4B16A 2YKKA 1L8NA 1DHKA 3T2OA 1X1NA 3VIHA 3A47A 4F9DA 4JL1A 4TXEA 4BS0A 3ZIZA 3IK2A 1AQMA 2VO5A 1TA3B 2D20A 2F8QA 1MQPA 1RP8A 5A6AA 3WEOA 1BYCA 4AWEA 2YJQA 1SR0A 2ZX5A 1XCWA 9CGTA 3WDQA 2ZXDA 1E0WA 1W9DM 1J0HA 1J18A 5GNZA 4AIOA 2WNWA 4CN6A 3QOKA 1EHAA 1JI2A 3POCA 2WHMA 3FY1A 1WAWA 4W7UA 1VEPA 2G41A 3ARWA 2WVVA 2XVPA 4P8UA 1W3KA 3CUIA 1PIFA 3VIOA 5CPSA 1B30A 3QGVA 2D3NA 1B90A 1D2KA 1B2YA 1V0NA 2X2YA 2YOCA 3J7HA 1V3KA 5A8OA 5I77A 4Z2KA 1QNOA 2ZUWA 3W82A 4H04A 4Z2HA 4CU6A 4HZ8A 4LPCA 4BF7A 1V08A 2E9LA 5HDRA 3AIRA 2WCSA 4DUXA 2UY4A 4ZXOA 3K8MA 1J0IA 1CZ1A 2GDVA 4W89A 1UWTA 5D4YA 2PWEA 3W26A 5HPCA 1DP0A 5D8WA 4AZCA 2VCBA 2YDSA 1CXKA 4MDPA 3N04A 1TZ7A 2J7CA 3LPOA 3PZVA 1RH9A 3MUIA 5I0DA 2Y8VA 3MSDA 3L4UA 2VL4A 1NWUA 2CBVA 2W61A 2WMJA 3CHFA 3DECA 4UOJA 3APGA 3WUGA 2VRQA 1H41A 2XGIA 1HL8A 5A69A 5HNNA 2D1ZA 1VFFA 4QAWA 3AHXA 3EDJA 1QNRA 3BXWA 3ALFA 2XUCA 1XH1A 3WNLA 2VC9A 1WZMA 1QHPA 2G4FA 4AD0A 1VJZA 2CHNA 1V03A 3W28A 1WO2A 5ABGA 5I5RA 1XGZA 1XYZA 3UESA 3VGBA 1TA3A 4ATDA 3WD0A 2QV4A 3T0BA 3AMCA 2ZXBA 4AD1A 3PN8A 4P8WA 3PZGA 1JZ3A 1QBAA 2D0FA 2J7BA 1FFQA 3ARXA 1FHLA 1E5NA 2YA2A 5A6BD 1GQJA 1OD0A 3AHZA 1JXKA 2XVNA 3AHVA 4D6HA 1CPUA 2Y2WA 4TX6A 4D6FA 3WQVA 1GHSA 1QI5A 1UKOA 5A8NA 3AS3A 3BAIA 4PMRA 4H8UA 2VR5A 5FL0A 1CWYA 3ARSA 3HJEA 4PCSA 4NSBA 1NOUA 4MTVA 2ZX6A 2WM0A 1PIGA 4AD3A 1B0IA 3KL5A 5E70A 2VX4A 2QHAA 1U2YA 1XCXA 2PBOA 4UFJA 4FLSA 1OCQA 1JAKA 2QPSA 1FHDA 2VZUA 4PMOA 5AY7A 1DEDA 1KXTA 2CBUA 4DM1A 4CUCA 3W29A 4AISA 2GJPA 4BZYA 3OIHA 1QW8A 1XRVA 2HVMA 5FIPA 1HIZA 1DWFM 2X8RA 3N15A 4N42A 1LF1A 1MFVA 3MV01 1EDTA 1CGXA 4ZFMA 3AIVA 3II1A 2W4XA 3CZKA 4E4PA 3I3BA 5A6SA 3M6DA 4JKLA 1GVYA 2VZOA 3AQUA 1BSIA 1H1NA 1V3LA 1JYNA 3FXYA 4ATLA 4WKAA 3WSUA 3ZJKA 1UD5A 1AQHA 3WNPA 1OB0A 3RCNA 1VFOA 1BQCA 4UR9A 1V3JA 3VDBA 1UH4A 1XD1A 5A6MA 3CIVA 5ABEA 1JIBA 4N0RA 1ITXA 1EQPA 1WZAA 5IHRA 1ZBWA 1B3YA 4JFTA 2E8ZA 4PN2A 1C7SA 4W87A 2EQDA 3RJXA 3DHPA 2BNJA 2D22A 1R87A 4BA0A 4UFIA 3CLWA 2X0HA 3BAYA 4K68A 3RPMA 4HA4A 3CO4A 1V6WA 3NDYA 3VGFA 3PZTA 2WC4A 3UG5A 4V2XA 1I1XA 3AYSA 4UCFA 3QOMA 1NM9A 4WSKA 2XFYA 2OWWA 6A3HA 2GDUA 2ZX9A 3ZSSA 2QMKA 4Q7NA 1BYBA 1HN1A 3OLEA 4D6GA 5A2AA 2PF0A 4PMYA 4FMVA 3GH5A 2YA0A 5CXPA 3GM8A 1U33A 5DMYA 3VGEA 1J11A 3SUTA 3ARUA 1BHGA 3ARYA 3GH7A 4PMQA 1HKJA 2ZWZA 3W38A 2UY2A 4XV0A 4ZENA 4OBSA 4KWUA 4W84A 2WMKA 3TP4A 1UR8A 4GINA 4UFHA 3ZT5A 4LYQA 3MSGA 3T2QA 3F5KA 3WH6A 1E4LA 5D9OA 3ZMRA 3AHTA 4NZCA 1XYFA 1W9UA 4D6EA 1HL9A 1WZLA 1K9FA 1G94A 1OIMA 3IANA 3BLPX 4M56A 1ISVA 1M7XA 1KBKA 1DWAM 1KGXA 3MMWA 1UG6A 2EPKX 5A6BA 5ABFB 4HMDA 2J7FA 1FH7A 4FLOA 3CH9A 1J0YA 3T0DA 2BV9A 3EDEA 1GVIA 1JYXA 4UOZA 5F7UA 1OSEA 4L4OA 1OBAA 3O6AA 2VUYA 3ALGA 1PBGA 2CETA 2CHOA 3ZJ6A 1H3GA 1B3ZA 2DEPA 3VMOA 1G1YA 1H2JA 1XD0A 2V3FA 3A4XA 1C8YA 4J27A 2PWGA 4PUDA 4E8DA 1GJUA 3WDJA 1WB0A 1JXJA 3WH5A 1Q6FA 4AZGA 3PZUA 4ZE4A 1VBRA 2Y4SA 1E70M 3KWXA 1E6RA 1KFWA 3FAWA 3WF0A 2PB1A 2YBTA 3D3AA 3MANA 1XHGA 3WD4A 3DHUA 3VIIA 2AOSA 1V6YA 2BXZA 4W85A 2WBGA 4PBGA 1UH2A 3NUKA 4UQDA 1CXLA 3CZEA 1CNVA 1BVNP 2VNCA 1VIWA 3CZ8A 5GQBA 4D6JA 3UEQA 1AMYA 2UWFA 3TTOA 1OT1A 5A2CA 5BWFA 1GOIA 4U33A 3VD5A 1GOMA 1VBUA 1PX8A 3FN9A 3PHAA 4U2YA 3IAPA 4OZOA 3FHAA 2VX6A 1LQ0A 3LPGA 1UD6A 4HOZA 2E4TA 4OOZA 4MDOA 1BGAA 2WVVB 1UR9A 1UOKA 4F8XA 2J8FA 4TX8A 1B9ZA 2J78A 4FF5A 1KQYA 1PZ2A 4AD5A 3K1DA 4XX6A 2C7FA 4CN1A 3AIEA 3WQ8A 2RGMA 3N18A 4AZHA 2EBNA 3QHMA 4AD2A 1V02A 3T2PA 4IPLA 1E6SM 4MNJA 1FOBA 2DH3A 1WKYA 1GHRA 2F2HA 2ZUNA 1ZJBA 1E72M 1WDPA 3WFLA 2YLLA 3AXIA 2JIWA 1NWTA 3CGTA 3PZMA 3UG3A 3U57A 1RP9A 2A3CA 3LPPA 2VMFA 5E6YA 3WQ4A 4UQ9A 1QI2A 2VCAA 3M07A 5ABFA 1UKQA 3CPUA 4AZCB 4W5ZA 1IT0A 4WKHA 5EBAA 1UR1A 1BFNA 2G3NA 3NSXA 1V02E 1I1WA 4JFSA 2O92A 4M29A 6CGTA 5TD4A 4J3XA 3W4RA 3SUSA 2E9MA 2D23A 1MQRA 4GO8A 5BXPA 4J3WA 2J74A 4X9YA 2D3LA 2WHKA 5M17A 4B15A 1FH9A 2ZWYA 4CCDA 4UZUA 1IZJA 1NWRA 5I23A 1BYAA 2YL5A 1PJ9A 1E6QM 1GOKA 4D6CA 3BMVA 5A1AA 3VD3A 1JAEA 4MB5A 3WQ5A 2PC8A 3WKZA 1DTUA 2VRJA 1ISYA 2WLYA 4S3JA 1M01A 2JFEX 3MO4A 1DWIM 1VFUA 4UQAA 3CMGA 2QMJA 2WMFA 4XZBA 3MU7A 4QP0A 3WF4A 1EQCA 2J62A 3WFZA 5LA2A 3WENA 5M03A 1MWOA 1W32A 1OM0A 2CCRA 1LL7A 5IHSA 1L0PA 4EANA 2ZX7A 3BAWA 3BMWA 3ARVA 4J3SA 1K6AA 3GXFA 1M53A 3VD7A 3GBEA 2GJXB 4YN5A 3S2CA 1KCKA 3SCRA 2VQUA 4W8LA 1HXJA 5FL1A 1GOQA 2DT1A 4JKKA 3M7SA 1JFXA 1W2VA 4P7LA 2JF6A 1D7FA 2XVLA 1GW1A 1H09A 1G01A 2BHYA 1RPKA 4WSJA 1GPFA 3AOFA 2NSXA 4C7FA 4P8XA 1XC6A 4PTMA 4UFKA 4U31A 4AZ5A 2IXUA 1ISZA 4PTXA 3CUFA 5M5DA 5HBFA 4CCCA 3ZQ9A 4QDMA 4M81A 3OLDA 5JIPA 4Z2IA 1UA7A 3VINA 2CEQA 2XTKA 3OZPA 4JHOA 2WHJA 3ARQA 1ZJAA 2JEQA 1E4IA 1HKKA 5AYIA 4Z2GA 3SCWA 1CXHA 3VIPA 2A3AA 1C93A 1CGVA 4WK9A 3WMCA 4AZ6A 3VIMA 2XJ7A 4HA1A 3AMGA 1B3XA 2PWDA 1UR4A 4BQ4A 3SCVA 3N17A 2GK1A 2XSAA 1ZU8A 1LLOA 1UWIA 4P7NA 5AYBA 1EIBA 1BTCA 1VEMA 4LQ1A 3PZOA 2J79A 1FFRA 1LWHA 1J12A 1CECA 3VO0A 3PZIA 4P7QA 2QF8A 3SEPA 1E6XM 2JF7A 4GI9A 1MW1A 2D0GA 4BQ5A 4HU8A 4DWSA 1XH2A 3BSGA 4BQ2A 3HU7A 3I3DA 3AIWA 1GUVA 2JE8A 3VD9A 3MUZ1 2BFGA 3VUPA 3L4WA 3ZT6A 3UR7A 1E0XA 5C70A 1ISWA 4PMDA 4J3VA 1AQ0A 1CENA 1SYTA 2WZIA 3THDA 4LX4A 3NDZA 3N11A 2OWCA 5BXTA 1GQIA 1RD6A 4EKJA 4X0NA 4ZE5A 1UWSA 4UQCA 2UY5A 2WHLA 4JFUA 2WAGA 3ZM8A 3WD3A 5D9NA 2ZUVA 2W92A 3IJ8A 1HJQA 2DSWA 1EA9C 2VOTA 3SCOA 4GQRA 2YA1A 2VZSA 1H0IA 2GJXA 1JD9A 3W81A 3A6OA 4AD4A 1ZL1A 5IDIA 3W6MA 1PX4A 3AXHA 1NH6A 4H41A 4PSPA 4AEEA 3AS0A 5I79A 3LPFA 1E0VA 1UR0A 4PRWA 4PMUA 3OGVA 4CD4A 4D6IA 2E40A 3PZQA 4U2ZA 2CXGA 3EMZA 2BVDA 4GI8A 1US2A 4HOXA 4JFVA 3RMEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2FGZ A;  2XIB A;  5GPR A;  3OZO A;  2YIH A;  1JFH A;  1F4A A;  4H7V A;  1EOK A;  3RO8 A;  2J77 A;  2DPE A;  4P7O A;  4PMN A;  1G0C A;  4W7V A;  1UD3 A;  1JL8 A;  2DSZ A;  1CXE A;  1XH0 A;  1VAH A;  5I3D A;  3VMN A;  2JEP A;  1NAR A;  3LMY A;  4TTG A;  1ESW A;  1KXV A;  3IAQ A;  2GVY A;  1KWG A;  4KGJ A;  1OGS A;  3WMS A;  3SIM A;  4LXF A;  1WP6 A;  2YDQ A;  1BPL B;  1HT6 A;  5BXR A;  3WUB A;  3TOP A;  3GXM A;  3BCD A;  2WK2 A;  3MUY 1;  2X05 A;  2E9B A;  1WPC A;  5JBD A;  2CER A;  3SCQ A;  5BRO A;  3G6M A;  1C8Q A;  4C7G A;  1ZS2 A;  3OGR A;  4CD6 A;  2FHC A;  5I6S A;  4PUE A;  1OGB A;  3ARP A;  1WNO A;  2A3H A;  2CKR A;  2WC7 A;  2WVT A;  2YLA A;  3AZS A;  3BCF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NLY A;  1R9Z A;  1WXY A;  2B7O A;  5I3F A;  3PR9 A;  3N29 A;  4WDT A;  4LUS A;  5CJ5 A;  3U9I A;  4PRT A;  1UA3 A;  2YL8 A;  2FHF A;  4NY2 A;  3VNZ A;  3THU A;  3C86 A;  3VTR A;  3MKK A;  1HF6 A;  3WF1 A;  1EP2 A;  4S1F A;  1QJW A;  1OJX A;  3SFK A;  3NQC A;  3THC A;  5BXS A;  3UR2 A;  2DG9 A;  1A0E A;  1V5X A;  2JAL A;  2GJR A;  4GYJ A;  4U84 A;  4D71 A;  4GZI A;  3GAK A;  3EXT A;  1BG9 A;  1JYW A;  1W5N A;  5ECU A;  4XVE A;  1P7T A;  3H9R B;  2IF4 A;  5KZ6 A;  5LSM A;  2ESC A;  1YTK A;  1R3R A;  3BLF A;  3ARO A;  3RXZ A;  3FVM A;  4QIS A;  4G7E A;  4GC4 A;  4H2C A;  1J0Z A;  3ENL A;  3U6W A;  5G4W A;  1QT1 A;  3EWZ A;  3FEQ A;  6PTD A;  4K7V A;  5AYZ A;  1AL8 A;  2G3J A;  3HA1 A;  2TYS A;  1PIN A;  4WF7 A;  4DLF A;  2J6X A;  1Q6G A;  2YW4 A;  2GQ3 A;  4Q4P A;  3NG3 A;  4NG3 A;  3WQF A;  3TTE A;  1NDW A;  1DJI A;  2Q6Z A;  2VR4 A;  1IZK A;  1EA0 A;  2WPB A;  1A3H A;  1R85 A;  3GIY A;  3IAC A;  1W3L A;  4JKM A;  4RPP A;  4IT1 A;  2P8C A;  1V3I A;  2CZV A;  5JUV A;  5E5C A;  2RHG A;  1E6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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