2DT2A

Crystal structure of the complex formed between goat signalling protein with pentasaccharide at 2.9a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt2A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt2A01
3GM8A 4ATWA 4PTXA 1DWHM 1Y7VA 2BXYA 2VRKA 3WL1A 1NARA 1CYGA 5CLWA 1NQ6A 4Z2KA 2X09A 3W53A 2DSKA 3FY1A 4QFUA 3ZJ7A 4UR9A 4YHGA 1KBBA 4JHOA 1B90A 1UH4A 3E1F1 1B3VA 2Q8XA 4TVCA 3CUGA 3AIVA 1V3IA 1EXPA 5BWFA 2OWCA 3NDYA 4KRTA 3WUGA 2E8YA 1SFSA 2WB5A 3WUBA 1QI5A 1MWOA 1B30A 3EMZA 4ZE5A 2CBVA 1BYBA 1CGVA 1V0NA 4HPHA 3OG2A 4AD5A 2JFEX 1UR1A 1HKIA 2E9LA 1H11A 2YJQA 1J18A 1A47A 1JGIA 1OGBA 4W7VA 3WMBA 4M82A 2ZUTA 4UOQA 3AHTA 5FL1A 1UOKA 2JEQA 2FGLA 1GQKA 4UQ9A 3WDJA 3A47A 1XHGA 1IT0A 4K68A 3ZIZA 4BQ3A 2VQUA 1BLIA 4ZXLA 3BAXA 1W2VA 1UUQA 2WLZA 1M01A 3SCTA 3CGTA 2WLYA 3S2CA 4FK9A 2XGBA 3GXMA 3AMDA 2J7HA 5FIPA 5I5RA 2X1IA 1GHRA 3KL5A 4PMRA 2WXDM 1JYVA 4CUCA 3ARQA 2Y24A 5IHSA 2WHMA 2VTFA 1RH9A 4HZ7A 3L4YA 2YDRA 3JUGA 3WMCA 4OZOA 3WDRA 2W61A 2EPNA 5JH8A 1HP4A 3EDJA 1D3CA 5BRQA 2G8ZA 1OIMA 3NCOA 3PZUA 2TAAA 3VPLA 2WMKA 3GH5A 3VUPA 1X6LA 1PX3A 3SCQA 2J7FA 4CVWA 2OYLA 3N15A 4W89A 1GVYA 4QDMA 1VFUA 1Q6CA 3GDBA 1UR8A 2QV4A 4S3JA 3EMQA 3OZOA 4H8UA 1GUVA 3AIBA 2W63A 4AIOA 4H8VA 1SMDA 1DWGM 2DT2A 2G3MA 1OT1A 3N1AA 4W7WA 4HOZA 1HX0A 3AXHA 1KR0A 3WL0A 4IISA 1UQZA 2XM2A 3CMJA 5JBEA 4TX6A 5CQ1A 4HA1A 1KGWA 3F5KA 5I78A 1V3HA 1TCMA 3BAIA 1C7TA 1M04A 4CCEA 1GOMA 1UWIA 3GXDA 4PMQA 1E1EA 4OJYA 1UKPA 1XCXA 3PTKA 4AXNA 3GH4A 4UQCA 1GQLA 2ZXBA 1OBAA 3TA9A 3W4RA 1PBGA 2F8QA 2O9RA 4DWSB 1XD1A 1UD5A 1UD8A 2VVSA 3M46A 1RD6A 2VZVA 4YHEA 3SURA 1DWJM 2CBIA 4D6DA 3CHDA 1UWQA 5A2BA 4WKFA 5A8NA 1JZ3A 5I2UA 1UR0A 3MV11 3CZLA 1JZ2A 2DSZA 3PN8A 1Q6DA 3W24A 1QI4A 1UR4A 7CGTA 3GXIA 4W86A 1WAWA 3LPOA 1G0CA 5A8OA 4V28A 5I0DA 4PMYA 4JFVA 1XH1A 3NIYA 3AHXA 3RMEA 1JI2A 1QW8A 4WF7A 4R27A 4PTMA 3WH5A 1B2YA 1AMYA 1JNDA 3SCOA 4HA4A 3W0KA 4D6EA 3GNPA 4Z2HA 3GXFA 4W5ZA 4AZ7A 5M3WA 2ZICA 3FXYA 1W3KA 2DSVA 2CITA 2J47A 3AIEA 2W4XA 1HP5A 3K8LA 1G94A 2PBGA 4J3TA 4RE4A 3TONA 3L2LA 4GQRA 1JI1A 2Z1KA 5LA0A 3RM9A 1J0ZA 1V3JA 4D1JA 1MFUA 5C70A 3QOKA 4AD3A 2AOSA 2WC3A 2CYGA 3WNLA 5BYWA 1H5VA 1UH2A 3CHEA 4UTFA 2EXOA 3SCSA 1CXLA 3OB8A 4WKHA 1EA9C 2OWXA 1NP0A 1KXQA 2XIIA 1DTUA 1W32A 3LPGA 1MQRA 3CUHA 2DIJA 4ZENA 3OIHA 2EPLX 5EB8A 2BVTA 3GZAA 2G3JA 3VKKA 1C92A 3VDHA 3AZRA 4UQEA 1UD6A 1SYTA 1W9DM 1HJUA 5E70A 1V6UA 2DEPA 4GINA 1HKJA 5A6AA 2YKKA 4ZEPA 2CEQA 1BG4A 4DM2A 2NT1A 1E40A 2WHJA 5HBFA 1DWFM 1HNYA 1FA2A 2O9OA 1HJVA 4A3YA 4UFMA 3BCFA 5I24A 3AS1A 2IXUA 1EOMA 3VGEA 1B3WA 4W85A 5A8PA 1OINA 3PZNA 1KXHA 2FH8A 2YA1A 3EYPA 3ZQ9A 1LF1A 3VIFA 4J3VA 3SCRA 2XVGA 3L4XA 4D72A 2XVNA 4HOXA 3WDPP 3M7SA 5ABFA 1W9UA 2A3BA 2C0HA 3VO0A 1UD3A 4GO9A 4YPJA 2DT3A 4J7RA 3T08A 3VDBA 1ECEA 1WB0A 1FH8A 1EHAA 1E6PA 3L4TA 3VDAA 4CN4A 1G5AA 4AZGA 3CUIA 4J3XA 1W3JA 2WYSA 3WD4A 2UY4A 1HIZA 3FNDA 1MYRA 1QI3A 1VBUA 2UY3A 2WZHA 1NWSA 1JZ7A 5EMYA 1CLVA 4LQ1A 2XFFA 4D1IA 3VMOA 1XGZA 1GCYA 1JYXA 3BSHA 1LG2A 2BY2A 4CCDA 3FHQA 1GW1A 3IANA 1D7FA 4TVUA 3TOPA 4NRRA 2WSPA 5E9AA 3MANA 1AQHA 3WDIA 3NSXA 2DSWA 3UESA 2GVYA 4N0RA 1GONA 5JBFA 3WH7A 3W27A 1JDAA 3VD4A 5CGMA 3ZM8A 2VCAA 2D0HA 4ATDA 4MJ4A 4BS0A 5I79A 4C7GA 1JF5A 4NI3A 1PIGA 1JL8A 1C8XA 1GORA 4LPCA 3QHMA 4Y7EA 3L4UA 1QW9A 4ACZB 4XB3A 3ZT6A 1UWRA 1JDCA 1OWQA 2A3CA 4FLSA 5M03A 3SCWA 2ZUMA 3VDCA 4A3HA 1UWSA 2PWFA 1XSKA 5AYBA 3OZPA 2WMIA 4EE9A 3G6LA 1CIUA 4OOZA 4CD6A 3LPFA 4X0VA 1QPKA 1LJYA 1EHNA 2W91A 1U2YA 5EFFA 2WW5A 3PZ9A 2J75A 3EDKA 4MAVA 3VIIA 2CERA 1E43A 2XFRA 4EK7A 1E55A 3POHA 3SCVA 1B3ZA 1XV8A 1ZJAA 3VD5A 2J77A 4AD4A 2QF8A 2WCGA 2X0HA 1EO7A 1ZB5A 2GJRA 2VRQA 1HVQA 1M53A 2WVVA 5JIWA 1OD8A 2PF0A 3AICA 4QCFA 4WKAA 3WDHA 1L0PA 4CGTA 4WIWA 3WFZA 2QPUA 3OGSA 3N18A 1US2A 1O7AA 5A6LA 4PCTA 1UR2A 4CD8A 3OGRA 2CBUA 3CO4A 3BLKA 3A4XA 5A6SA 3L4WA 2VJXA 3VM5A 3BSGA 2XPKA 3VM7A 1UKOA 1QI0A 4H7VA 4AIEA 2X05A 3BAYA 2VL4A 4JKLA 1UQYA 1JZ5A 4MJ2A 4FLRA 1R8LA 1Q6GA 1M03A 3OLGA 3VGFA 3UEQA 1X1NA 1V02A 2BVDA 4DUWA 1XSIA 2YDQA 1EQCA 1V6VA 2FHBA 5AY7A 2X0YA 4UOJA 4V2XA 3VX0A 2VZOA 3N13A 4PMVA 2OSXA 1KXVA 1VBRA 4JKMA 2VQTA 4D6CA 1F4AA 5HDRA 2YLLA 3WEOA 2C7FA 1BGGA 3CZJA 2VX7A 1EOKA 2D23A 1JD9A 2ZE0A 1CDGA 1H1NA 5D4YA 2ZX5A 3RIKA 4CKQA 2W92A 4FF5A 4HU0A 5BCAA 2G4FA 1V0KA 4PUEA 3WF3A 1E73M 4YN5A 2E40A 5A8QA 3RM8A 3MUIA 4L4PA 5CXPA 3SIMA 3BCDA 2HISA 5EFDA 3ZOAA 3N04A 1BVZA 1CGYA 3T2QA 1NOUA 1VAHA 4MPKA 4J3WA 5A6KA 1ODUA 7TAAA 4IPLA 2IXVA 3M07A 3EDEA 2QLYA 3VX1A 2WKGA 4MB3A 1KWKA 3VVGA 1ISWA 1EIBA 4J28A 4LYQA 4AY1A 4URIA 2WAGA 1KQYA 3T2OA 1UKTA 3DHPA 5BROA 1KB3A 2V5CA 3CTTA 5C8BB 3AXIA 3AZTA 1LL4A 5A69A 2OSWA 1ZS2A 3U5UA 2VC9A 2XGIA 1GOQA 1C8QA 1V6WA 1CGUA 1AQMA 1V3KA 3WDQA 4HMCA 3OGVA 1XRVA 1VIWA 4D71A 3MMWA 2CESA 2WBGA 2YOCA 1ZBCA 3M6DA 2VI0A 3CLWA 4X0NA 3NSMA 3IJ7A 4AZ6A 4DUXA 1I1XA 4PTWA 4M1RA 5BXTA 3NSNA 1KBKA 1JNEA 3VILA 2BFGA 2JF7A 4RE2A 1E9LA 1DWIM 1GHSA 3SCUA 2BXZA 3WF4A 4CU6A 4ACZA 1PJ9A 4PSRA 1XH0A 2VNCA 5HOSA 4CN1A 4PMZA 4GKLA 3KE0A 4U3AA 2J7CA 1E1FA 1UZ1A 1BVNP 2YLAA 1MW1A 4MDPA 1QNSA 1E6XM 2PBOA 3AXXA 1UG6A 1QHOA 4W84A 4AZ5A 3GTNA 3U7VA 1UWTA 4XZBA 2VRJA 3AFBA 4JFUA 1W9PA 2VVNA 2E0PA 3AS0A 1VEOA 1W9BM 1W2PA 1JF6A 3U5YA 1G9HA 1EH9A 3KL0A 2ZX7A 4PN2A 5JIPA 5BXPA 5ABFB 2XHYA 4WJXA 4GZJA 1R86A 1S46A 4GPNA 2Y2WA 1Q6EA 2EPOA 2VZTA 1UR9A 3WELA 4BQ4A 2VOTA 2UY2A 4W93A 2NT0A 5A94A 4LYRA 4P7OA 4P8XA 5AYIA 3I3EA 3AIRA 4PMDA 1J0IA 2WMJA 2FGZA 1QHPA 4HMEA 2VMFA 3VMPA 5CPSA 3AI0A 2BV9A 5HPCA 1UA3A 3N11A 4LXFA 3G6MA 3WD1A 2JIWA 4AC1X 4PUDA 2XWEA 2CKRA 2DQXA 5D8WA 1CXHA 2JF6A 3QHNA 4W8BA 2AAAA 1US3A 3WENA 1JFXA 2WC4A 5JUVA 1BG9A 3I3DA 1B1YA 3EMCA 4P7LA 1ISZA 1J12A 1H49A 1JZ6A 1MW2A 3TTSA 3MMDA 1BYAA 4GI8A 3O2LA 1KCKA 2EBNA 4RL3A 4MNMA 1GJWA 5D9PA 1E6RA 6CGTA 3HMCA 2VX5A 3PZQA 3N9KA 3TTQA 1UA7A 3PZIA 1CGWA 1A3HA 1M7XA 1FH9A 3U7BA 5BXSA 3W28A 5GNXA 4WSJA 4PYSA 1BGAA 5CLTA 4CVUA 1IV8A 3I3BA 4E8DA 3VMNA 2XJ7A 1CXFA 4BZYA 1BQCA 1BPLB 5D9MA 1KQZA 2OLHA 4PSPA 1WZKA 2WMIB 6TAAA 5A2AA 1E5JA 4M81A 4M80A 5E6YA 4AZCB 2J79A 3ARXA 4GZEA 2JALA 1HL9A 5IFPA 2WPGA 2ZUWA 4B3KA 4FMVA 2PWGA 1B31A 1TE1A 1KFWA 4HZ8A 1LWHA 1WPCA 2W5FA 4JCMA 4GI9A 5I6SA 3POCA 3CMGA 2WVVB 1L8NA 3PHAA 4U5IA 3NUKA 4F8XA 1E0XA 2J8GA 2BS9A 3ARUA 1QHZA 1UH3A 1TR1A 3WUEA 2PC8A 4DWSC 3AMCA 2D0FA 3ARWA 4UFLA 4D6JA 2ZUNA 4JFSA 1GVIA 3WQWA 2BNJA 3QGVA 4OBSA 5CPQA 3BGAA 1ITXA 1J11A 3SUSA 5GNYA 2D3LA 2PWDA 1GZJA 4OIFA 2D1ZA 3AMKA 5GNZA 3WNKA 2Y4SA 3MSDA 3THCA 3ZMRA 4U2ZA 3BXWA 4CU8A 4PEEA 1JAEA 1VEMA 4KWUA 5A6MA 3AOFA 1ODZA 4ATLA 3VD7A 4M8UA 2ZWYA 2B31A 3WBEA 1BSIA 4MB5A 2VX6A 3PBGA 1RP8A 4QP0A 1JZ8A 5BRPA 3W37A 2YL5A 3HJEA 2GSJA 4AD0A 3ARPA 4PMUA 4EKJA 1N82A 3RM4A 5ABHA 2YBUA 3TTOA 2BHZA 5CGTA 1JZ4A 2ZX9A 4B9YA 1HXJA 2GJXB 3VIPA 4FLQA 1K9EA 4AEEA 1UWUA 4JZ5A 5A6BA 1H4PA 1Q6FA 1CTNA 4H04A 5CPTA 3CHFA 1MQPA 4TTUA 3MO4A 1CEOA 1JDDA 3MMUA 3ARRA 1MXDA 4GQQA 5F7UA 2XSAA 2X2YA 3ARSA 1PX4A 2ZWZA 3BLPX 1V02E 4Z2IA 3THDA 3KL3A 4HU8A 1BF2A 2D3NA 9CGTA 3UG5A 2J4GA 1DEDA 4UFHA 5AC4A 1LL6A 3WUFA 2ZX6A 2VR4A 2BVYA 2V5DA 1H0GA 1EQPA 2WVTA 4KMQA 3ARTA 2O92A 3BAWA 2V3GA 1G1YA 1HKKA 5E09A 3AQUA 2CNCA 4X9YA 3CBWA 1W1YA 1W91A 3WH6A 3D5HA 1GOWA 1TFVA 1MFVA 2W66A 1AQ0A 4B3LA 1OM0A 2CPUA 5A3HA 2CXGA 1TVNA 4H2CA 1OB0A 2WNWA 1VB9A 4UQBA 4D6GA 3AS3A 2YL9A 1QNQA 3QHOA 3PZOA 4AW7A 4D6HA 1KXTA 3VNZA 4W5UA 3AHVA 2GDVA 3MV01 2BY1A 1BTCA 3UCQA 4IM4A 1E4LA 3AYSA 1KGXA 1LG1A 1C7SA 4P8VA 2WBKA 4P7NA 2VR5A 4UZUA 3N12A 1PZ2A 3ZSSA 1GNXA 1TG7A 1CPUA 1YQ2A 3WQ5A 5E6ZA 4GXPA 2DH2A 3SUWA 3VGHA 4CD7A 1YHTA 5LA1A 2ZUVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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