2ESCA

Crystal structure of a 40 kda protective signalling protein from bovine (spc-40) at 2.1 a resolution
Total Genus 116
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGGWRGTVGHHSPLFRGNSDGSSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSSTRVGAPISGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (2-8)TVIII1 (30-33)S5 (113-117)O1 (5-30)3H1 (11-13)3H7 (333-335)S2 (32-41)TI1 (8-11)EMPTYAH1 (51-61)3H2 (16-18)TI13 (337-340)TI2 (26-29)TVIII2 (64-67)AH10 (350-360)S4 (70-76)AH3 (92-109)S3 (44-46)3H4 (62-64)TI4 (77-80)AH2 (82-90)AH4 (125-143)S6 (152-157)TI5 (122-125)AH5 (161-167)3H5 (144-146)TIV4 (177-180)TIV5 (183-186)AH6 (170-175)3H6 (230-232)S7 (179-182)S9 (233-238)TIV6 (197-200)S10 (240-246)TI6 (189-192)S8 (194-195)TII2 (252-255)S14 (295-300)AH9 (310-323)TI11 (290-293)TI7 (204-207)TI8 (210-214)TII1 (207-210)AH7 (216-226)O2 (279-343)S12 (272-274)TII3 (269-272)S15 (303-307)S11 (255-260)TI9 (264-267)TI10 (265-268)TIV7 (340-343)AH8 (275-282)TII4 (282-285)S13 (286-290)TI12 (291-294)S16 (327-331)TIV9 (347-350)TIV8 (341-344)3H3 (22-24)TI3 (66-69)TIV3 (118-121)TII'1 (300-303)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Signaling protein
publication title Structure of a bovine secretory signalling glycoprotein (SPC-40) at 2.1 Angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 116
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2escA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2escA01
2WCAA 3N11A 3K4AA 4NI3A 3RPMA 1ISVA 2OWCA 3VMNA 4A3YA 1US3A 4UOQA 1GPFA 3WQ8A 3AROA 1OT2A 4XX6A 4LXFA 3VINA 4J7RA 1K9EA 3ZOAA 2JALA 3N17A 4AXNA 2QMKA 4MPKA 4E4PA 4W88A 1M03A 2CESA 2BY3A 4JKKA 4ACZB 1CGXA 4CU7A 5I77A 3VILA 1KXTA 4JIEA 1Q6GA 4D6CA 5E6YA 1UH3A 4BQ5A 2ZXDA 4D1IA 1W1PA 2ZX9A 3I3BA 1SR0A 1XYFA 1GHSA 1HN1A 2E3ZA 2Z1SA 3SUTA 3ZJ6A 2CBUA 2DT1A 2EPLX 1US2A 4CVWA 2CKRA 2GJXA 5CXPA 3OGVA 1HT6A 2G4FA 2WBGA 1CLXA 1QHOA 5DFAA 1ISYA 1BAGA 3MUAA 4PMDA 4P8WA 2XWDA 3ARUA 2VZUA 2C7FA 1W9XA 3T2QA 2OYKA 4FLSA 3BSGA 4GZIA 3U5YA 5DT5A 2CPUA 2WW5A 1V02A 3WH5A 2VRJA 3OB8A 2IUZA 1JZ8A 1OWQA 3LPFA 4OZOA 2VRKA 4J3XA 1RPKA 1CNVA 4OJYA 3PZNA 1OGSA 1ZJAA 4X0VA 1NP0A 2E9BA 1RH9A 5E70A 1UD5A 3AIUA 1QNPA 1OT1A 3A4XA 4PTWA 1Q6CA 3UG4A 2EPOA 5E0CA 1E4MM 4E2OA 5HXMA 2PBOA 3WD0A 1W2VA 4PSRA 3IAQA 4D6IA 4UFMA 2V3EA 4DWSB 1KCLA 1PIGA 4H7VA 1NARA 2W91A 3WELA 1UD2A 1GOOA 3DHPA 1EXPA 4UOJA 2VRQA 1QI3A 3MANA 1VENA 3UESA 1R7AA 3W6LA 1OGGA 4PMNA 3ARSA 1JGIA 4AZBA 5BRQA 3CBWA 1QOXA 1Z32X 3KL5A 3DHUA 3GXFA 2G41A 1LG2A 3U5UA 2WMFA 1ZS2A 3N9KA 5A6SA 1C8XA 4UFHA 2WMIB 5I24A 1MQQA 1DP0A 1VIWA 4WSJA 4UNIA 4TX8A 3VNYA 4AISA 2J7DA 2DIEA 4UFJA 2CXGA 2WWCA 4W87A 1UZ1A 3PZOA 3CH9A 3B9DA 1PAMA 3IANA 4JHOA 5FL1A 5D9MA 1LL4A 5I6SA 2Y8KA 1DHKA 4PRWA 3ZJKA 2G3JA 2D0HA 4L4PA 2WB5A 3WL0A 3ZM8A 2VTFA 2VMFA 4ZE4A 1BVNP 2ZX5A 2OWWA 4UFIA 4P7LA 1BYBA 2WMHA 2UY4A 1K6AA 3NUKA 4P8UA 1MW1A 2WVVB 4PSPA 3MMDA 3O9NA 1X6LA 3AIQA 1GONA 1LF1A 3M7SA 5F7UA 4MNKA 2J7BA 4D6JA 5CZKA 2YLLA 1QI4A 4GI9A 4AEEA 2BHUA 8A3HA 1MW3A 2V5CA 2BHZA 1V3JA 4TXEA 1E43A 3B9AA 1GVYA 2DH3A 1LL7A 1PX8A 4TOQA 1ISXA 3L2LA 1GJWA 2PWFA 5M5DA 3AISA 4RE4A 3WH7A 3BCDA 2AMGA 1W3JA 1E15A 1QW9A 4U31A 4HU8A 3L4VA 1CGUA 2VO5A 1NWSA 3N18A 1MWOA 1CXLA 4AIEA 1U33A 5BROA 3ALGA 1QHPA 3WF1A 1QI0A 4PMYA 3WSUA 2D20A 5FD0A 3ZSSA 1J18A 4P8VA 1LJYA 1E40A 4Z2GA 1O7AA 4HU0A 2EJ1A 4AIUA 2UY2A 1JD7A 3W25A 4CD7A 1KXQA 3VD9A 1OINA 5A6JA 3T2PA 4Q7NA 2ZX8A 4H2CA 2G3MA 1HJVA 3OG2A 3EYPA 2WZEA 4AD4A 1C91A 3WF0A 1JDAA 1EH9A 1W91A 3BC9A 7A3HA 2WK2A 3J7HA 3CUHA 1VFMA 4JFUA 2VX4A 3W81A 1W2PA 3VVGA 1MXGA 1TA3B 1A3HA 1VEPA 3SCNA 1ZBKA 1E9LA 1E55A 3WNPA 4PTVA 4M24A 3AOFA 4A4AA 5I5RA 3AMDA 1C7TA 1WB0A 1OD8A 1UWIA 3UEQA 4BZYA 4AEFA 4BQ2A 1JZ2A 2WWDA 3K8MA 1NP2A 4XUYA 3VU2A 2BXYA 5CPQA 1XH0A 1UWQA 4AZCB 1U2YA 3BAIA 3EMQA 3AQUA 3ZO9A 3AMKA 4Z2LA 4RE2A 5HBFA 3WNKA 5KEZA 1V0KA 1B3YA 2A3HA 2J7CA 4Z2KA 3VIGA 3CMGA 4MADA 4LPCA 3MMUA 4F9DA 4S3JA 4JFSA 4QP0A 2FHCA 3EDJA 3RILA 4AZ6A 4J3VA 2XVLA 2XSAA 1SMDA 3W0KA 5BXRA 1OSEA 3QGVA 5I79A 2ZUTA 3SCQA 1DWFM 4V2XA 4AY1A 3EDKA 2VJXA 5BRPA 1WP6A 1VFOA 2ZXBA 1V3KA 5JBDA 4D6GA 2FHBA 3HMCA 5AYIA 1BPLB 4W86A 2Y5EA 1JL8A 4WIWA 4ML4A 5DO8A 1UG6A 1UOKA 3VIKA 2GDVA 5EMYA 2BFGA 3RM8A 2JF7A 3W24A 4HA4A 5FIPA 1PPIA 2ZUSA 2FGZA 6CGTA 3FHAA 3F5KA 3ARZA 1BG9A 5AY7A 1W9BM 1NH6A 3WQWA 3BMVA 1WDSA 2XM1A 4ATDA 1G9HA 4MNJA 1RP8A 5BXSA 1MW2A 4GIAA 1V08A 3EBVA 4C7DA 1MFUA 5I23A 1WZKA 4YHEA 1PZ2A 1BQCA 1YQ2A 4D6EA 1XC6A 1OIFA 3NSNA 3UR7A 4RL3A 4D72A 1MQPA 4FLOA 1CZ1A 1WZMA 4U3CA 1ODUA 2WPGA 3VIPA 1V3HA 3KWXA 3UG5A 2DSWA 1FH7A 4QLKA 1XRVA 4CN6A 3ARVA 4RE3A 3WDPP 4DM2A 4AZHA 2BVTA 2X05A 5GPRA 1JI2A 3AIWA 1XHGA 1LG1A 2QPSA 4AW7A 3W53A 9CGTA 1CXIA 3AZSA 1QBBA 1JYVA 2V38A 3K8LA 1W3LA 5IDIA 4V28A 1W9UA 4WKAA 4AYSA 4XZWA 4BF7A 2PC8A 4HA3A 2Q8XA 2BV9A 4LQ1A 3W28A 4UTFA 3PZTA 4JL2A 5E9AA 2Z1KA 5E0FA 3BH4A 4NF7A 1OM0A 3ZT6A 3UERA 1HJSA 3W26A 2J8FA 5AC4A 1FH9A 1KFWA 1TG7A 3AZRA 3M46A 5A6MA 1E71M 4AZIA 1OBAA 2NT0A 1EQPA 3CHCA 3AMLA 3NSXA 2OWXA 3RDKA 3S2CA 2WHMA 4NZCA 2WYSA 4JKMA 1U30A 1CIUA 4FMVA 2GJRA 1HJWA 4GI8A 4CCEA 4A3HA 3VD5A 1UR1A 4MAZA 3OLGA 5HOSA 3WENA 1BSIA 3GNPA 3OIHA 3BAKA 3T08A 4DUWA 1SMAA 3WF2A 2J74A 5CPSA 4WKHA 1DWHM 1QNRA 3VD7A 5A2AA 4TVUA 1DEDA 2WNWA 2WKLA 2HISA 4D6HA 2YIHA 1JFHA 4OBSA 3FAXA 2XPKA 5ABFA 1KXVA 2XJ7A 2JIWA 2BXZA 4WSKA 1V6VA 1BYCA 3L4TA 1PBGA 4W8BA 4U3AA 1E1EA 1VB9A 2MANA 2XFFA 2BY0A 2HVMA 3LPPA 1E72M 4C7FA 1QHZA 2BY2A 4CVUA 2BVYA 4QFUA 1QNOA 4CKQA 5CGMA 3WD3A 1R85A 3VDHA 2CHNA 3BAXA 1PZ3A 1WO2A 2BVDA 2XG9A 1UD4A 1WZAA 1V02E 4CU6A 4S3KA 1VRXA 1TVPA 2CKSA 4JKLA 2J7GA 1W1TA 1FH8A 3QHNA 3TA9A 2VQUA 1UD3A 4B15A 1JYWA 2O92A 3CPUA 7TAAA 1PIFA 1J0JA 3A4AA 1ITXA 5DT7A 2WSKA 1TFVA 1G0CA 5D8ZA 4ZE5A 3OLDA 3MS8A 3N1AA 3MV01 1VBUA 4U2ZA 5CQ1A 2XIIA 1I75A 5D9PA 1D2KA 1QPKA 1HIZA 5BWFA 2QLYA 2GSJA 2W92A 1ZBCA 2J75A 5DF0A 2EO7A 2FHFA 6TAAA 2CBJA 4ACYA 1H41A 2G3IA 4AD3A 3OGRA 4D6DA 3WD2A 2YKKA 2V3DA 2Y2WA 4GO8A 2ZOXA 1V3LA 1TZ7A 3WNOA 1CGWA 5LA0A 1HF6A 2X09A 4PMUA 4UQEA 1IV8A 1S46A 4YPJA 5EB8A 1BVZA 1GOMA 5EFDA 3B9EA 1CGTA 4MTVA 2UY5A 1E5NA 2F8QA 7CGTA 1CDGA 4CD4A 3AIBA 2VCAA 1CPUA 1V3IA 1CECA 2YA1A 4TX6A 1B3WA 4LYQA 2QV4A 4CCDA 1BGAA 4U5IA 1C8YA 4CN1A 1GORA 3A4WA 4M1RA 3WBAA 3GBEA 1Y7VA 4UQAA 3WH8A 1V6XA 3BAWA 5CGTA 4GI6A 4N42A 1C92A 1J0YA 1AQ0A 2XM2A 4W7UA 1H49A 1HJUA 1EDTA 3T0AA 4F66A 3OGSA 1QBAA 3A47A 2XHYA 3WY1A 1ECEA 2CIPA 1E3ZA 3EDEA 2XVGA 3CTTA 1OCQA 1B0IA 3N13A 3EMCA 4UFKA 5CSUA 4QLLA 1M7XA 6A3HA 4E8DA 3WDQA 3PHAA 1EIBA 1JF6A 3GNRA 3WUGA 3WNMA 2DSVA 4W7WA 1XSKA 3WH9A 1QVBA 3VDBA 4XB3A 3GTNA 5JIWA 4HPGA 4MDOA 1FFQA 1F4HA 4J28A 5M03A 3WL1A 4GQQA 2C8NA 3GXIA 3VKKA 4UQBA 2WC3A 3TTOA 1G1YA 3WMSA 5KZ6A 4EK7A 4AD1A 1WDPA 1UKOA 2J7HA 5DMYA 1WCGA 4OIFA 4IUGA 5I78A 2V3GA 2IXUA 1UHVA 2EEXA 1GNXA 4HP5A 1W1VA 1CXFA 5BCAA 1X1NA 3VM5A 4HZ8A 3SURA 4M29A 1H5VA 4OBRA 2XVPA 1J0KA 4TTGA 2VR5A 2YL9A 2WC7A 2YL8A 4PUEA 3TONA 3WDHA 1R8LA 2FDMA 2GK1A 2WXDM 2ZE0A 4P7QA 3UCQA 1LWJA 3CZJA 4KH2A 3OLIA 1W32A 1GQIA 1ZBVA 2BY1A 1X6NA 3QR3A 2D23A 5E09A 1JFXA 3WBEA 4XV0A 3ARXA 1CTNA 3SCRA 1FA2A 1NOWA 5A8NA 1A47A 1H11A 2JFEX 4HZ7A 5ABHA 1CXHA 4BQ4A 4LGXA 4HMEA 3PZUA 3LPOA 2XYLA 3AIEA 4IISA 5C8BB 4UQDA 3GH5A 1VEMA 2WZIA 1VFUA 4JZ5A 5IFTA 4U5KA 1JNDA 1BLIA 1MYRA 2DDXA 2BNJA 3IK2A 2J78A 1KQYA 3ECQA 3W4RA 4V27A 3VGDA 3WEMA 1GHRA 2YA0A 2XGIA 3DYMA 1GCYA 1NWRA 1XGZA 4PN2A 1DWIM 1E73M 3FHQA 5D8WA 1E4LA 3GH7A 4N0RA 3VGGA 1H09A 3WNLA 4EANA 2W4XA 1KR0A 2GJXB 1J12A 1JXJA 5BYWA 3PTQA 3BGAA 1HJQA 2VCBA 3MUY1 1B3VA 1UQYA 4W7VA 1W1YA 1OIMA 2DEPA 4YHGA 1C8QA 2XIBA 3VD3A 2ZXAA 1KB3A 4HZ6A 3VM7A 2VQTA 3AICA 3APGA 4B16A 2PB1A 3PZMA 1VEOA 1AQHA 1JYNA 1HP4A 3W27A 4C7GA 3ARPA 1FOBA 2VZOA 3GXMA 1GVIA 1DTUA 3IJ7A 2XFYA 3AZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3POC A;  1UZ4 A;  3HU7 A;  3MSD A;  4MJ2 A;  4B3L A;  4ZFM A;  2GK1 B;  3A6O A;  1E0X A;  4CUC A;  4WKF A;  3VTR A;  1CBG A;  2CNC A;  8CGT A;  4JL1 A;  3ZT7 A;  1PX4 A;  3WUE A;  2QF8 A;  4IPN B;  1CXK A;  2XWE A;  1H2J A;  2W5F A;  1KR1 A;  3OLE A;  3UG3 A;  3VPL A;  3ARQ A;  1B9Z A;  3FY1 A;  3AHZ A;  4AWE A;  3RM9 A;  3CUG A;  3PTK A;  4MAV A;  4PMQ A;  3SCP A;  4MNL A;  3VIF A;  4BA0 A;  1J0I A;  1B30 A;  1G01 A;  4JCM A;  1Q6D A;  1UD6 A;  2ZUM A;  5IHS A;  3DYP A;  1FHL A;  1WDQ A;  1JI1 A;  1IT0 A;  3IJ9 A;  4M82 A;  4ZEP A;  2ZWZ A;  3BCF A;  1EOK A;  1VFF A;  3D3A A;  1HL9 A;  2XGB A;  2XVK A;  3EMZ A;  4JCL A;  1K9F A;  4GIN A;  3SUS A;  3CZK A;  1RD6 A;  3PZI A;  3AJ7 A;  3CZE A;  3WDR A;  1JNE A;  2ZX6 A;  3U7B A;  3IAP A;  5A8P A;  4D71 A;  1FHD A;  2W67 A;  5HNN A;  3BXW A;  1GOI A;  2O9O A;  4CN4 A;  3WF4 A;  1VJZ A;  2VC9 A;  3VII A;  2V5D A;  1JZ6 A;  2E4T A;  2WMJ A;  2J4G A;  4J3U A;  1W9P A;  3TP4 A;  4D1J A;  1KWK A;  5JBF A;  2E8Y A;  2FH8 A;  3L4Y A;  4PYS A;  3AHX A;  1B3Z A;  1MW0 A;  4AD2 A;  1TR1 A;  4X0N A;  2WVU A;  3VMO A;  4CCC A;  4OKD A;  1OGB A;  2ESC A;  3ART A;  3MU7 A;  2WAG A;  4GKL A;  3VOC A;  2Y24 A;  1ISW A;  3MUI A;  3T2O A;  1EDQ A;  1FP9 A;  2D0F A;  3ARY A;  3K4D A;  4TTU A;  4IPL A;  1EQC A;  1H0I A;  1UA7 A;  1WDR A;  3O6A A;  3VIH A;  1GOW A;  2ZXQ A;  4EAM A;  1R87 A;  4F9J A;  1GQK A;  2WZH A;  2YBT A;  1V3M A;  2DT2 A;  1UWS A;  1BFN A;  2PBG A;  3GM8 A;  1MQR A;  1PX3 A;  3T0B A;  3WDI A;  3NSM A;  3EDF A;  3VO0 A;  1KGX A;  1WAW A;  1HNY A;  5A8O A;  5HDR A;  2VR4 A;  4OOU A;  1J0H A;  3WQ4 A;  1UR8 A;  1XSJ A;  3TTQ A;  3CZ8 A;  2VT0 A;  4E8C A;  1AVA A;  1BTC A;  3VD4 A;  1KQZ A;  4MB4 A;  2G3N A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3S2M A;  3OLE A;  3NL6 A;  3QZE A;  3FY1 A;  1KCX A;  2PDF A;  1QK0 A;  1MDR A;  4MAV A;  4R7J A;  3EPO A;  3NPX A;  1VYS X;  2F6X A;  4EVZ A;  3E0W A;  3NTY A;  1UD6 A;  1JCX A;  2PSN A;  4B5W A;  4PC8 A;  4DAF A;  3H4W A;  4M82 A;  3ITG A;  2DQW A;  3P80 A;  4IIB A;  3AYT A;  3OOD A;  2ZWZ A;  1BXB A;  1HL9 A;  4GIN A;  4F48 A;  3SUS A;  1AK5 A;  3AJ7 A;  3MUX A;  5F2L A;  1QCW A;  2OR2 A;  2W67 A;  5CPN A;  3HPX A;  5CC6 A;  1FKG A;  4N4Q A;  4UDM A;  3TMQ A;  3WF4 A;  4OFC A;  3W7G A;  1DXE A;  3IHZ A;  4RV8 A;  1JZ6 A;  5DBT A;  4J3U A;  4PB5 A;  2DY3 A;  5JBF A;  1WKE A;  2FH8 A;  1FKR A;  4NYU A;  3S46 A;  1FKH A;  1KM6 A;  4A35 A;  2NVC A;  4O0K A;  4IMA A;  1OGB A;  4HHH A;  1FKF A;  2ESC A;  1FY6 A;  3URA A;  3T6C A;  2WAG A;  1ISW A;  3MUI A;  3EKZ A;  3SO7 A;  4ICC X;  1EF3 A;  4EPD C;  1PWL A;  3RLU A;  1FP9 A;  1VS1 A;  3NTP A;  1TZZ A;  3MW7 A;  3TCZ A;  1SFT A;  1WDR A;  3O6A A;  2F21 A;  3NXF A;  5HWC A;  4ZS6 A;  1UIP A;  3BW4 A;  2VD9 A;  4XKY A;  4HPJ A;  2ZXQ A;  4MFD A;  3U4F A;  1XYM A;  4EAM A;  3M5Z A;  4RLI A;  1GQK A;  2NLY A;  2K8I A;  4IGS A;  4DRH A;  5HWM A;  1BFN A;  2DZS A;  3GM8 A;  5D2V A;  1MQR A;  2NQZ A;  3T0B A;  3ZR4 A;  2A4A A;  4WHB A;  1KGX A;  1HNY A;  1MUM A;  4IXH A;  3KLL A;  1QK2 A;  3WQ4 A;  1UR8 A;  3VC5 A;  3TTQ A;  3CZ8 A;  3VNL A;  1AVA A;  4U10 A;  1BTC A;  3S2J A;  2NUW A;  4MB4 A;  2G3N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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