2FDMA

Crystal structure of the ternary complex of signalling glycoprotein frm sheep (sps-40)with hexasaccharide (nag6) and peptide trp-pro-trp at 3.0a resolution
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the ternary complex of signalling glycoprotein frm sheep (SPS-40) with hexasaccharide (NAG6) and peptide Trp-Pro-Trp at 3.0A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 116
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2fdmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2fdmA01
3TOPA 1MW3A 1E4MM 3WNOA 1J18A 2WWCA 1UKTA 5BYWA 1NWTA 1UWUA 1JF6A 1BLIA 4OOZA 1DWFM 1A47A 3KL3A 1B3WA 4D71A 3L4XA 4WSKA 2XYLA 3UETA 4KRUA 2VCBA 4FLOA 3VGEA 3VNYA 1JIBA 3SUSA 4ATLA 5BRQA 1ZL1A 3RJYA 5HXMA 5M3WA 1C8YA 3WDIA 1EHAA 2G8ZA 2DH2A 3K8KA 1US2A 1K9TA 4WKAA 2J7BA 3FW6A 4EKJA 4MNKA 4JHOA 2BHUA 1OGBA 3IANA 5IHRA 3SIMA 4QLKA 1VEMA 1TR1A 1JD9A 4IPNB 3QHOA 1UWSA 1CENA 3B9DA 1E5JA 3DC0A 4DWSB 1J12A 2Q8XA 1CGXA 5A8MA 1QNPA 3VGHA 4ACZA 1J0HA 1FH8A 4CUCA 3N18A 3RPMA 4AZGA 1DWJM 3ZT7A 4EANA 4RL3A 1KQYA 2FHFA 4LXFA 5ABHA 2VRJA 1W1VA 2G3MA 2GJRA 5I5RA 1BAGA 1B3XA 1V0LA 2GK1B 1ZBKA 2WMKA 3SUWA 2BY3A 1ESWA 2YBTA 3TA9A 3AHZA 4P7NA 3AI0A 2YA0A 1V3HA 2J74A 5A8NA 3AIWA 2XM2A 4UNIA 4AIUA 2WZHA 2YL5A 4F8XA 3WNLA 3PZQA 4QP0A 5A6JA 3NSMA 5BRPA 3CPUA 1VJZA 3UG3A 4MNJA 3BLPX 2DT3A 1IV8A 1HJVA 3VIMA 2XPKA 1UZ1A 3K8MA 5AYBA 2OWCA 1CGYA 4CVUA 1W2VA 2VZUA 5A6KA 4MB4A 3W0KA 2J7FA 4M56A 4CCEA 1FFRA 5GNXA 2ZWZA 4UFHA 1OM0A 4PMQA 4Z2KA 1V0KA 3WH9A 3ALFA 3AMLA 4RE3A 4UFKA 1L8NA 1GORA 3AXXA 1FP9A 4LPCA 5I6SA 1UWIA 2BV9A 1G0CA 1GOWA 3RM4A 4KMQA 2J8GA 1KB3A 3ZM8A 4LYPA 1I75A 1M7XA 3WEMA 3CMJA 4ACZB 5I77A 2WVSA 3SCOA 4D1JA 1GHSA 4XZBA 3CO4A 3WBAA 3AZRA 3BAWA 3GXDA 2WMIA 1W2PA 3K4DA 5I3DA 4CD7A 2XGBA 5CQ1A 1PJ9A 2O9OA 3FAXA 2PC8A 4AZ5A 4Z2IA 1QBBA 1U2YA 2W91A 4WSJA 1QNSA 2VRQA 3DYOA 3NIYA 2ZE0A 5HBFA 1H0IA 5CXPA 2HISA 2VZSA 3KL5A 1QNRA 1J0KA 1BFNA 1XD0A 2JIWA 3T09A 3OBAA 5M17A 3OGSA 3BAYA 2D0GA 4TXEA 4L4OA 5JBEA 4AD2A 7TAAA 4H41A 3WDRA 1NWSA 2NT0A 2DT1A 1JZ5A 1HXJA 5A69A 3MANA 3GM8A 3GXFA 1TVPA 1M53A 5DFAA 1JYXA 3EMCA 3UG4A 4XX6A 3NCOA 3BAIA 1V6WA 4P8WA 2UY3A 1JFXA 2ZXBA 3THCA 1EDQA 1C92A 1XH2A 1VBRA 5CGMA 3WN6A 1UD8A 1R8LA 1DWHM 3WNMA 2J75A 3RM8A 3AS0A 4QCEA 4MNMA 1HP5A 1V3JA 1LG1A 3BAJA 1JZ7A 3AHYA 1L0PA 1BSIA 3AHXA 5I0DA 3NYDA 4PYSA 4C7DA 2VC9A 4W8LA 2AMGA 4B9ZA 3GH7A 1D7FA 4BZYA 2WMIB 2QF8A 1LG2A 1H3GA 2V38A 1WNOA 3ZJ8A 3ARQA 1XSJA 2Y2WA 2W67A 4GQRA 1RPKA 3VKKA 2BY0A 4DWSC 3WD2A 2CBJA 4JCLA 1QI4A 5ECUA 3LPOA 4M81A 1OD8A 5A6BA 1GUVA 3A4WA 1UR0A 1E1FA 3RMEA 3B8SA 3VUPA 2QPUA 3WSUA 4AXNA 1S46A 3VDBA 1H11A 6A3HA 1RH9A 1C7TA 2QLYA 4H8UA 1XGZA 3UEQA 4UOZA 2VR5A 4AIOA 2WHMA 3TP4A 1UHVA 1PPIA 2Y8VA 3I3EA 3ZMRA 4B3KA 3VD3A 1NQ6A 3VDAA 5IFPA 1UZ4A 4CVWA 4MB3A 1CWYA 3MUZ1 1TMQA 1UD5A 3NDZA 3BSGA 1GQKA 1ZBVA 2QHAA 1E15A 1IT0A 4AISA 4W93A 3WF1A 3QOKA 3VDHA 4AD5A 2D20A 3PZUA 2JF6A 3WMCA 5ABFA 1C93A 1PX8A 1DHKA 2GUYA 1UQYA 5A3HA 1ECEA 2WPGA 3CZ8A 2E9MA 3WH5A 2WYSA 1X6NA 3TTOA 4X0VA 3WF3A 5E70A 1GOQA 2E9BA 4AWEA 1TZ7A 2D24A 3AJ7A 3IAQA 4PCTA 3VD9A 1V6UA 2CETA 4BQ5A 1NP0A 4Z2JA 1V0MA 1MW2A 2V5DA 3CZJA 3QGVA 2ZWYA 4UQDA 3AMKA 1V0NA 4MPKA 1MXGA 4JZ5A 3WUGA 2WZEA 3A4AA 1CXIA 1CTNA 2D2OA 3SCQA 1EIBA 3BH4A 1NOUA 1EO7A 1KXQA 3CBWA 3MU7A 4F9JA 2BVYA 3OIHA 4UFLA 4N42A 4GZEA 1GVIA 1UR8A 3VDCA 1E6RA 3WD1A 4W8AA 1HJWA 3F5LA 3WH7A 2WANA 1E4NA 4OJYA 2W92A 4OIFA 3CHFA 1V3KA 4UQCA 1D3CA 3ECQA 1BPLB 2VX4A 1JAKA 5LA0A 4CU6A 4CKQA 1MXDA 3PN8A 2E4TA 2XVNA 4H8VA 1MFUA 1B0IA 4PMOA 4JFSA 1FHDA 5EFDA 3II1A 3SCRA 1GVYA 1Q6FA 1J9YA 2BY1A 1B90A 3WIJA 3SCPA 4MAVA 1V03A 3N15A 3FXYA 4H04A 3AIBA 4X9YA 3CUJA 3W28A 4MDOA 1W1TA 1GZJA 2YOCA 2YKKA 4Q22A 1UD3A 1E6XM 1OBAA 2V3DA 2VNCA 1OIMA 1EDGA 4U33A 4ZEPA 5E0CA 1KWKA 3SCNA 5A8OA 3SUVA 1B31A 3MS8A 3WEZA 4BS0A 1ITXA 1QPKA 3CZGA 5ABEA 5A6SA 2G41A 4V2XA 5FL1A 1XRVA 1EOMA 4DM2A 4JL2A 1U30A 1ZU8A 1ZS2A 2VZTA 1DP0A 4AZCB 4M24A 2Y4SA 3MV11 1J10A 1G5AA 4YHEA 4WJXA 1EXPA 3VGDA 3WL1A 1CLXA 2QMJA 3GDBA 4TX8A 3GXMA 4GXPA 4W7WA 4W88A 3CTTA 1JZ4A 3WQVA 5HOSA 3WFLA 1FH9A 1ISWA 2IXVA 2VURA 2G3JA 3BCDA 7A3HA 2E3ZA 4LYRA 4PMYA 1UG6A 2J7CA 2DSZA 3BGAA 1W9DM 4OUEA 3WENA 1ODZA 1WCGA 2V3GA 4KGJA 2F8QA 1CPUA 2YA2A 1WDSA 1LJYA 2E40A 4U2ZA 2WSPA 4FLRA 4DUWA 3SCUA 1XSKA 4M8UA 4UQBA 2D3LA 1JDAA 1HF6A 4BQ2A 4QCFA 5A1AA 2OWWA 4H2CA 4QDMA 5CPQA 3HJEA 4GO8A 3WL0A 4JFUA 4D6EA 2BHYA 4B15A 3M7SA 1ISZA 6TAAA 1X1NA 4ZENA 3EMZA 3VO0A 4HA4A 4YN5A 5CLTA 1QI3A 2WWDA 4JHZA 5ABGA 4ATWA 3DHPA 1JZ6A 3AISA 2J7HA 4Y7EA 4E2OA 4MADA 2BXZA 2VX5A 5FD0A 1VJSA 5D9PA 1BTCA 1ISXA 4XZWA 3WEOA 1K9EA 3VIKA 4WIWA 1LL4A 5FCZA 3OLIA 2J7DA 1CXLA 2HVMA 1J0ZA 3ARRA 5AC5A 3W82A 2JIEA 5BCAA 2X05A 1PZ3A 3W81A 2V3FA 3CIVA 4UFMA 3VGGA 5FL0A 1KBBA 4KWUA 3CUGA 3ARTA 2OWXA 3PZOA 1CIUA 3WQ4A 5A8QA 3MSDA 3WELA 1OCQA 1NM9A 4E8CA 3PZVA 2VO5A 3GNPA 3SUTA 3BXWA 3K4AA 4JFWA 3PBGA 2Y24A 3VINA 1CGTA 3ZO9A 1CDGA 2X8RA 3NDYA 3DYMA 3ARWA 4JKKA 4AD4A 4PMUA 3N11A 3UR8A 2VL4A 1EQCA 4JKLA 4HPHA 3U5UA 4ZE5A 4KH2A 2BXYA 2GDUA 1JAEA 1W1YA 1O7AA 3WUEA 3UERA 1CBGA 5A6AA 1QW9A 4MJ4A 1CEOA 3W53A 4PMDA 1FA2A 5BXPA 3AS2A 4AZBA 2YJQA 1MQRA 1F4AA 2X1IA 4OZOA 2V3EA 3GNRA 2A3AA 4Z2LA 4UOJA 3VGBA 3KZSA 3ZSTA 1OT2A 4MDPA 2GJXB 4IM4A 1J01A 1HP4A 4NF7A 3PTMA 2EEXA 4XV0A 1VEOA 2WHLA 4UCFA 4M80A 2O92A 5BWFA 2A3BA 3AMCA 2WW5A 2ZXAA 3FHAA 2YL6A 4F79A 3BMWA 1CGVA 2EPLX 4GI6A 4U31A 3POCA 3W29A 2CITA 4WK9A 2DT0A 2WVVA 4HOZA 1OT1A 2EPNA 2FDMA 1CXEA 2ZUWA 2EJ1A 3VIHA 1CXKA 1LWHA 4PSPA 1D2KA 3SCTA 1WZLA 4WKFA 4AD3A 1PIFA 2C7FA 1OGSA 1H41A 2WKGA 3O6AA 2W61A 1SYTA 5I79A 5IFTA 4PBGA 1QI5A 4UFIA 1W9BM 4D6GA 1ITCA 4AD1A 4D6IA 1TVNA 1TG7A 4P7QA 3FY1A 3QR3A 1BYBA 4AZ6A 2BY2A 1HJQA 1LF1A 1QHPA 2WHKA 1BYCA 1CNVA 1C90A 2DIEA 3A47A 4U3CA 4QFUA 2WC3A 1Y7VA 4GI9A 3O2LA 5GNYA 3LPGA 1JYVA 1PX3A 2CESA 1XYZA 1UKSA 3PZNA 3MUY1 1GOKA 1KR0A 3WF2A 4TVUA 3ZJKA 1UR4A 1E73M 2VVNA 4NZCA 2UY5A 3EDEA 4X0NA 3WD4A 1SFSA 4M82A 3WH8A 1JI1A 2DDXA 3CZEA 1RP9A 3ZR6A 1E6NA 3AZSA 5DO8A 1KQZA 1JD7A 1F4HA 4BCEA 1UKQA 4BQ4A 2WCGA 5DF0A 3RJXA 2PWEA 3CUIA 4L4PA 2ZOXA 2VUYA 3ZIZA 1HKIA 1VB9A 2EBNA 4PN2A 3ZQ9A 5CSUA 1E55A 4HA1A 2WCSA 3CLWA 3TTQA 1JL8A 5JBDA 1QI2A 4HZ7A 3MMDA 2JEQA 3UG5A 3BCFA 3CH9A 3QHNA 4TTUA 3MMWA 3IJ8A 1UQZA 3L4VA 1E4LA 2WHJA 4PTWA 4J7RA 9CGTA 4TVDA 4GPNA 4FLSA 3WQ5A 1GNXA 2ZUSA 1CZ1A 1QI0A 3VIOA 1PAMA 2BHZA 4W86A 5CG0A 1DWIM 2RGLA 2YLAA 4OKDA 1PZ2A 3VU2A 1BHGA 1MVYA 1EO5A 1JFHA 5A2AA 1HX0A 1HL8A 3UCQA 2EXOA 2PWDA 3S6TA 3VMPA 8A3HA 3W37A 1EOKA 2Y5EA 3APGA 1UH2A 1VIWA 2BFGA 1KFWA 1R85A 2GFTA 1VFUA 2GVYA 1W3HA 4W7VA 1XCXA 1I1XA 6CGTA 5M03A 2VCAA 2XFYA 3VMNA 1HKJA 2WMHA 4P8UA 1E40A 3VM7A 2VJXA 1R86A 4U2YA 2W5FA 2WMGA 4GIAA 4PCSA 1I1WA 1E0VA 3EDKA 2JALA 4IISA 2WBGA 1BG9A 5FIPA 1JZ8A 2WZIA 3L4TA 2QMKA 5JIWA 2J78A 4W7UA 4GQQA 3L2MA 3BLKA 1E6SM 1IZJA 1VAHA 1HN1A 3AOFA 2CCRA 2EPOA 3WQ8A 3OZPA 4M29A 4GKLA 1W32A 2YLLA 4Q7NA 1Z32X 2D0FA 2PF0A 3L4UA 2ZUMA 1Q6CA 3MSGA 2ZUUA 4CCCA 1BVZA 2VCCA 1UA7A 1GQLA 3F5JA 2CYGA 2RGMA 1MQQA 1KGWA 5D9MA 1JXKA 4B9YA 5C71A 1C3FA 1R7OA 4C7GA 4J3UA 5F7UA 3WDQA 3GBEA 1OGGA 3ARSA 5KEZA 1JF5A 1UD4A 2XHYA 2QV4A 3U7VA 1B2YA 1VBUA 4F9DA 1GQIA 2XFRA 3GNOA 3CZKA 5E9AA 4B3LA 4PMRA 1QBAA 3VIGA 3WFZA 4OOUA 1ISYA 2FHCA 2CIPA 2C8NA 3WBEA 3RIKA 1LLOA 1RD6A 4PSRA 1K9FA 3RDKA 1VF8A 4BA0A 4UTFA 3LPFA 5IXEA 1UH3A 4AC1X 4B16A 3W6LA 1US3A 3AS1A 3ZT6A 4XUYA 1OINA 1E70M 4UZUA 1E6ZA 1WZMA 5HDRA 2PBOA 1B3VA 1JDCA 1E6QM 1E56A 1TA3A 3VGFA 3ZSSA 5JH8A 3M46A 2O9TA 1C7SA 1WZAA 4JIEA 4P7OA 4AW7A 3VX1A 1G01A 1E0XA 1V6VA 2XVGA 1JYWA 2PI6A 1OSEA 4JAWA 4HZ8A 5HPOA 2CKRA 2PBGA 1VEPA 3MO4A 3VIPA 2W66A 3NJ3A 4PUEA 4TUFA 2WLZA 2GJPA 5LA1A 3MV01 3EDDA 5BXSA 2ZIDA 2FH6A 3AXIA 3SCWA 3AROA 2GDVA 5D4YA 4WKHA 4GO9A 1HIZA 1W91A 2ZX9A 2ZUTA 2WMJA 4QLLA 5ABFB 3DYPA 3PTKA 1ZBCA 1E72M 4EE9A 5E6ZA 4MAZA 2NT1A 1BQCA 1V3IA 1W9PA 3WF4A 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 2PWH A;  2W63 A;  3WDJ A;  2OYK A;  3B9E A;  5EB8 A;  3WNK A;  4W85 A;  3W6M A;  3BMV A;  3AIV A;  1JND A;  3T08 A;  1H2J A;  4JL1 A;  2W4X A;  1V6X A;  3AXH A;  4HMC A;  1V6Y A;  4BF7 A;  4HOW A;  2ZX7 A;  2WB5 A;  4PMX A;  3VNZ A;  4ZXO A;  2Z1K A;  1GPF A;  1CGW A;  1C8X A;  3IJ7 A;  2DSW A;  3K1D A;  1H1N A;  3A6O A;  1V3L A;  3WD3 A;  3GZA A;  3AFB A;  3VIF A;  2DSV A;  3VII A;  1VFF A;  5I24 A;  1J11 A;  1VRX A;  4A3Y A;  5CJ5 A;  4R27 A;  2A3C A;  4AYS A;  1MWO A;  4RE2 A;  3HMC A;  3BAX A;  3CHE A;  1BYA A;  1WZK A;  3AMD A;  1OB0 A;  1W9U A;  1GOO A;  2IXU A;  1DWG M;  2JF7 A;  2WVU A;  2B31 A;  1DWA M;  3TON A;  1H4P A;  1VFM A;  4MB5 A;  2NSX A;  2J8F A;  1HJX A;  3AMG A;  3L4Z A;  3A4X A;  3N12 A;  3T2O A;  1WDR A;  4W5Z A;  3OZO A;  3K46 A;  3WNP A;  2AAA A;  1QHO A;  5D9N A;  4M1R A;  3VPL A;  2FGZ A;  1W3J A;  1J0Y A;  1ODU A;  1UYQ A;  3ZT5 A;  1U33 A;  4A4A A;  1K9D A;  1HL9 A;  1W3K A;  2DPE A;  4ZXL A;  5GNZ A;  4W84 A;  4E8D A;  2XIB A;  1FOB A;  3AIR A;  2WK2 A;  3SCV A;  1AQM A;  1XC6 A;  3AIU A;  2CKS A;  3ZOA A;  5DEZ A;  3KEH A;  1UKP A;  4Z2H A;  1MW1 A;  2DEP A;  3EMQ A;  2O9P A;  4W5U A;  2WCA A;  3AHV A;  4NRS A;  4WLC A;  4LX4 A;  5EMY A;  1PIG A;  1KXT A;  3AS3 A;  1OIF A;  1LQ0 A;  2CNC A;  2VR4 A;  1SR0 A;  3WNN A;  3T0A A;  4PTX A;  3POH A;  4QLJ A;  2GJX A;  4HP5 A;  4UQA A;  2XSB A;  4NSB A;  2YIH A;  1R7A A;  2DIJ A;  4JFT A;  1X6L A;  5CGT A;  3FND A;  4DWS A;  1K6A A;  8CGT A;  3PTQ A;  2F61 A;  1E43 A;  2D22 A;  3PZM A;  4CU8 A;  1QOX A;  3L4W A;  4H7V A;  1BF2 A;  1H5V A;  2XVK A;  2EPM X;  1MQP A;  5I78 A;  2MAN A;  3K8L A;  3RCN A;  2XM1 A;  3N17 A;  2GK1 A;  5JUV A;  3ARY A;  1HVQ A;  3OA5 A;  2ZXD A;  4NRR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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