2G8Z | Genus

Total Genus 118

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	361
structure length	361
Chain Sequence	YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__870803882689019__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__870803882689019__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2G8Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__870803882689019__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"870803882689019","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2G8Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__870803882689019__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein
publication title	Crystal structure of the ternary complex of signalling protein from sheep (SPS-40) with trimer and designed peptide at 2.5A resolution rcsb
molecule keywords	Chitinase-3-like protein 1
total genus	118
structure length	361
sequence length	361
ec nomenclature
pdb deposition date	2006-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	2g8zA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2g8zA01

4C7DA 1Q6FA 5BRQA 3BCDA 3GH5A 1SMAA 2DSZA 5A3HA 1BQCA 2XSAA 1BVNP 1KXVA 1M04A 2CEQA 4UOZA 1E15A 3AZSA 4HMEA 5CSUA 1B3YA 5A6MA 1QW9A 1JZ4A 1W2PA 4YHEA 5JH8A 3NJ3A 3ARVA 4J3TA 2OSYA 3FHQA 3VTRA 3WEOA 1J01A 6TAAA 1VEMA 1PX4A 1FOBA 5I2UA 4AZ5A 3AZTA 1Q6DA 3RPMA 1H41A 4MDOA 3WQ5A 2FH6A 2W67A 2XVLA 1GONA 1DWIM 2W61A 5HDRA 5BWFA 3QGVA 1E56A 3RIKA 2Z1SA 5GNZA 2XVGA 4M1RA 4FLQA 4L4OA 2GFTA 3VNZA 4WSKA 2X09A 2HVMA 1DP0A 2DGAA 2G41A 1X6NA 4W86A 3WBAA 3CHFA 3WD1A 1CECA 2V3EA 1HP4A 5HBFA 2PWDA 1WO2A 4CCEA 3A4XA 4BZYA 2VUYA 1GHSA 1KXHA 1R7AA 4LX4A 4EAMA 5CZKA 1GORA 3T2OA 2OYKA 5C8BB 1VENA 2J7BA 1MWOA 4KRTA 4OUEA 2WAGA 1SMDA 4KH2A 3CHDA 2OLHA 2JF7A 5GNXA 3WY1A 1WDSA 1EGZA 1VRXA 3DC0A 3EYPA 1W3KA 3FAXA 3N18A 4UOJA 4AZCB 3MUZ1 1ITCA 4HZ7A 1EQPA 1KGUA 3VVGA 1CXEA 4MNKA 2XM2A 2CBIA 2MANA 3LPPA 4PUDA 1JYXA 4W87A 1JDCA 3VGEA 1V6VA 1VFMA 1JI2A 2WCAA 2WMGA 3GXFA 4D6GA 4LYRA 1XSJA 4PMNA 3AIUA 3GXMA 4V27A 1J0HA 2WHLA 1V03A 1V3MA 3AXXA 1BYAA 1E0WA 3W6MA 5CSYA 4MNJA 2VT0A 1C93A 3ARPA 4H04A 1EO7A 3AMLA 2Y24A 1UWIA 1H49A 5A8PA 3N15A 3WDIA 1OD0A 5A6BA 4TXEA 1IT0A 4L4PA 3AROA 2XFFA 1E6ZA 3OLGA 1XCWA 1MFVA 2GSJA 1XSKA 2JIEA 1BTCA 3TTQA 3JUGA 1XD0A 2YLLA 4LYPA 4GO8A 3ZSTA 5A8QA 1KWKA 4PCSA 2WVTA 2DH2A 4F9DA 4WKFA 1W9BM 3AZRA 3DECA 4HTYA 4PTMA 3AYRA 3SCOA 4ACZB 2DEPA 1VFFA 2EPMX 3ZO9A 2WCSA 1BGGA 3RO8A 3FXYA 4J28A 1VEOA 5IFPA 1ZBCA 1MXDA 4PTVA 3THCA 4HMCA 3HJEA 4J3VA 3AHXA 5ABFB 3WNMA 2DQXA 3OB8A 2Y2WA 4DWSC 4U3AA 1B1YA 2ZWZA 2E9BA 1SR0A 4XV0A 1HL8A 1OB0A 1OT1A 4UOQA 4U2ZA 1UZ4A 1I1XA 3T2QA 3VD7A 1J12A 4R5EA 2G3JA 2VVNA 1BGAA 4W88A 3SIMA 4TOQA 2EPNA 3AYSA 2XGBA 4UZUA 3T0DA 4AMCA 3N12A 3MUIA 4OBSA 1MVYA 3DHPA 1NWTA 3WEZA 1JD7A 1HNYA 4TVUA 1QNOA 2NW0A 4CU6A 4Z2IA 4JHZA 1QOXA 3CHEA 4EKJA 3LPOA 5C70A 4NRRA 4E8CA 1AMYA 4AXNA 2DPEA 1UHVA 3BLPX 1QHOA 1B3VA 2FGZA 4RE4A 3OA5A 3PTMA 3SUVA 4MAVA 3VIIA 2OWXA 2WBGA 3SCWA 1G9HA 1BG4A 2YL8A 4BS0A 1M01A 2J7CA 4DWSD 4AC1X 1OT2A 2FHFA 4KWUA 3THDA 2DH3A 4QCEA 3NSMA 1B3XA 4E8DA 5CGMA 4U3CA 5AY7A 2DDXA 2VC9A 3GZAA 3PZVA 2J62A 1XYZA 4WJXA 3K8LA 3F5JA 3CO4A 3FN9A 3ZR6A 3WENA 4A3YA 2PWEA 2F61A 2ZX9A 2CESA 3HN3A 4HPGA 5HOSA 4H2CA 1ISXA 3WIJA 4PMXA 1VEPA 1CYGA 3MV11 1KR0A 3N11A 3ARXA 3LPFA 3UR8A 4AZ7A 3GNPA 1W3JA 1AQ0A 1LL7A 2QMJA 4B9YA 1L8NA 3ZT6A 2VR4A 3VDAA 3AMCA 4W5ZA 3AIVA 4XZBA 1TVPA 3MMDA 3PZ9A 1IZKA 3IJ9A 3CZ8A 3WDHA 5EBAA 1W9VA 1XH0A 1V0KA 3CPUA 4AIEA 3BAWA 4OZOA 1JAEA 3MMWA 4EE9A 3AIBA 4PTXA 1QNQA 2QV4A 4NSBA 2WB5A 3GTNA 2BY3A 1US2A 2O9PA 2HISA 1W1TA 1TE1A 5D9MA 5D9NA 2YKKA 1ESWA 4B3KA 2ZUMA 1QHZA 3KL5A 1OWQA 1GHRA 5BXTA 3TTSA 1ODZA 1C8QA 1C90A 3CH9A 4QAWA 5HPCA 2Y8KA 3LPGA 4CN6A 3ZT5A 2J7FA 3U5UA 2AAAA 5D8WA 4JFSA 3W53A 5FCZA 3WD4A 1KB3A 2VOTA 4J3UA 1UD3A 4M82A 1UWQA 4B3LA 3PTKA 3WF0A 4V28A 3UG5A 1B3WA 1GW1A 3TONA 2E0PA 2FH8A 3PZOA 3WNNA 4FMVA 1E1EA 2WVUA 3DHUA 3VIGA 2X0HA 4S3KA 4XB3A 1CXFA 4IPLA 1CBGA 1HP5A 3G6LA 1B31A 4OOUA 2E40A 1K6AA 2W91A 1BLIA 1Z32X 3K46A 3L4YA 3W24A 1CPUA 2JFEX 4UR9A 4HMDA 3VMPA 4J3SA 6CGTA 1B9ZA 3ARQA 1IV8A 2WM0A 2XFYA 3TTYA 1QVBA 1WNOA 1HJUA 2WZHA 1U30A 1MW2A 2BVDA 1ISYA 4AW7A 4F9JA 2Q8XA 1EA9C 3UETA 1J9YA 1OIFA 2GJRA 1K9FA 3IANA 3HMCA 2VX6A 4F66A 5IHSA 3RMEA 2XVNA 1BFNA 1UUQA 2BXZA 3WSUA 4FLOA 4PSPA 2VRQA 2J74A 5BYWA 3TTOA 3VM5A 4QLLA 2UY3A 2G8ZA 3OGVA 3ARRA 4JCMA 5HPOA 2ZWYA 1M7XA 2O9TA 3WF3A 1UH4A 1WCGA 3WF1A 2EPKX 3TP4A 3UERA 3WL1A 3NUKA 1W91A 4P8VA 4MDPA 3VMNA 4JL2A 2YLAA 1AQMA 2WKGA 1LL6A 2ZUSA 2BVYA 4J3XA 2GK1A 2ZIDA 1AVAA 2UWFA 5D4YA 2CBVA 1TUXA 3CUJA 3GH4A 3VIJA 3BMWA 1BG9A 2J77A 3U57A 3EMCA 4D6IA 4UQDA 1UKOA 4QLJA 4TVDA 5GNYA 1R7OA 2DT0A 2C0HA 1FHDA 3SUWA 1CGUA 2J8FA 1BVZA 1QNPA 3WQWA 5JIPA 1W3HA 3AIQA 1QBBA 2GJPA 3SEPA 2Y8VA 1ZS2A 3AMDA 4YHGA 3SUUA 5AC5A 1DWGM 1HJXA 4Q7NA 3K8MA 3ZR5A 2VRJA 1E6PA 1GOWA 2GVYA 4PMOA 1PX8A 3OGSA 1J18A 4MJ4A 3E1F1 1KXTA 1ISVA 3AFBA 2WNWA 1UH2A 4PCTA 2WMHA 2PF0A 5LA2A 2CKRA 1J11A 1GJWA 2Y5EA 4GPNA 2WMIA 1JYVA 5CXPA 4AZBA 3EBVA 1GJUA 5EFFA 3IAQA 3QR3A 3VD4A 2WMFA 4OJYA 5BCAA 4UQAA 2DSWA 1E6SM 2UY4A 4P7RA 1EO5A 3L4ZA 3W0KA 2AOSA 1B3ZA 4Z2LA 3IJ8A 3DYMA 1NOWA 1JZ2A 3AJ7A 3KZSA 7A3HA 2V38A 4A4AA 4GI9A 5ABHA 2F8QA 3AQUA 1ZJAA 3OZPA 2WXDM 3WFLA 3KWXA 2PBGA 1UD2A 4GZJA 4LYQA 4B15A 1XC6A 3ALFA 4CCDA 4JFWA 4UFIA 2YIHA 4GO9A 4RE3A 3W37A 4NI3A 5CPQA 4ZXLA 4ATWA 2WANA 3MANA 3W4RA 4JIEA 2CIPA 5A1AA 1UG6A 1UKTA 4LPCA 3WD3A 4W85A 4AZIA 5A8NA 3OIHA 4J3WA 4AD0A 3BXWA 1I75A 3AMKA 4IISA 2DIJA 4Q22A 3PZTA 1EDQA 2WSKA 3EDDA 1VJSA 1J0IA 1XHGA 1V02A 4WSJA 5A2AA 3AIWA 4MTVA 1WDQA 1E1FA 4HU0A 1MQPA 1O6IA 4U5IA 4GQRA 1OIMA 1E6RA 3VPLA 4Z2JA 1DEDA 1A3HA 2D24A 2BNJA 2XVKA 4DWSA 1WP6A 3GXDA 3VD9A 2C7FA 4CD4A 4UQBA 2EO7A 1RP9A 1F4AA 1JF5A 3VGGA 1JI1A 1QPKA 1BYCA 2DIEA 2EPLX 1JDDA 1SYTA 2VCAA 5LYRA 3KL0A 4P7OA 2GDVA 1TA3A 1V6WA 2J7EA 4HZ8A 5ABGA 1XH1A 3WDQA 3BH4A 4H8UA 2A3CA 5GQBA 4C7FA 1BYBA 2W4XA 1CLVA 4M81A 4X0VA 1MQRA 3AI0A 1XSIA 4NF7A 3OBAA 3BMVA 4AD1A 4LGXA 2IXUA 1X6LA 3WELA 1OGGA 1GQIA 3VD3A 3VX1A 3WFZA 2W66A 2YL6A 3K8KA 4PMZA 1VJZA 3T2PA 3WQVA 2UY5A 2VL4A 3CUGA 1Q6EA 2VCCA 2V5DA 2QPSA 2E9LA 5LA0A 4B16A 1HJWA 2VZOA 1BAGA 1BF2A 1JL8A 1NOFA 1HF6A 4JL1A 4OBRA 3GXIA 5CLWA 4PTWA 4Z2HA 1B0IA 3CTTA 3WUGA 4GINA 1XD1A 3AMGA 5BXSA 1VFOA 1IZJA 2CITA 2G4FA 3WDRA 3A47A 1VFUA 4ATLA 5A95A 1HJVA 3WD0A 4P8WA 4M80A 4P7QA 3AIRA 2O9RA 1TZ7A 2BXYA 3F5KA 3QHNA 1E4IA 4DM1A 2D1ZA 1UD4A 3CUFA 4RL3A 1PX3A 2GDUA 4UQCA 3ALGA 2J25A 3O9NA 3WF2A 4AD4A 3L2MA 1DWHM 1J0YA 2D20A 3WH9A 2WC7A 2WKLA 4CUCA 1V3HA 3VDBA 4Z2KA 4KGJA 1WKYA 1E3XA 2E4TA 1UD6A 1KXQA 3CUIA 2VMFA 1KFWA 4M24A 2D3NA 1KGWA 4BQ3A 2CKSA 1ECEA 1LQ0A 1G0CA 5EB8A 2XIIA 3ZJ6A 3N1AA 3A4AA 4JHOA 4CVUA 2YJQA 1DWFM 2ZUWA 1LLOA 3WF4A 1Y7VA 1V3JA 1UYQA 2CHOA 2YOCA 3VIPA 1E6QM 4GI6A 3AS1A 2W62A 1ISZA 1NARA 1UOKA 3GNOA 3W6LA 1HN1A 1NM9A 3VIKA 3PBGA 4QDMA 4OKDA 3ARSA 1OSEA 3UESA 5A94A 3SCVA 3VO0A 2WSPA 5FL0A 1H4PA 2J7HA 1ZU8A 1BYDA 2UY2A 4MJ2A 1ITXA 2FGLA 2VCBA 3RM8A 5A6SA 2XSBA 3AHYA 3CGTA 3ARYA 1UWSA 1L0PA 1M03A 2ZXBA 4TX6A 5TD4A 3ZM8A 3AHTA 1V6XA 3W38A 1HVXA 1LG2A 1TG7A 3BCFA 2YA0A 1E55A 2GK1B 2JF6A 2EQDA 2VNCA 1GPFA 3BAIA 3PZIA 1B30A 1VBUA 2XTKA 4QP0A 1EXPA 4D1IA 1W9PA 1C7TA 5E70A 5BXPA 3K4AA 1TVNA 4D6DA 2GJXA 1RH9A 3PZUA 4AEFA 1V0LA 5CPSA 4IUGA 5KEZA 3OZOA 5I77A 3CZLA 1WDRA 1G5AA 1HKIA 2D0FA 2CBJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2G8ZA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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