2O9OA

Crystal structure of the buffalo secretory signalling glycoprotein at 2.8 a resolution
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the buffalo secretory signalling glycoprotein at 2.8 A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 124
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2o9oA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9oA01
4AD0A 1WO2A 4AIUA 3MV11 3WFZA 1MW2A 1JZ2A 1V3LA 2BS9A 2CETA 2OLHA 1JL8A 3T2PA 1AQMA 2CBVA 3AZSA 3VIKA 1TVPA 1QHZA 1E4IA 2WHKA 5A3HA 1NP0A 4UQEA 3TTSA 4CN4A 1KXQA 4QLJA 1VEPA 3W81A 1JD9A 1UH4A 4QLLA 3WFLA 4M29A 4J3TA 3AFBA 2VZUA 1J11A 1XD1A 3GBEA 3W82A 2G3IA 1H0IA 2WZEA 1MQRA 4BQ2A 3AQUA 1PJ9A 3SUTA 3OLEA 3PZIA 5BWFA 5D9NA 4HU8A 3VIOA 4AEFA 3CBWA 5BXRA 1HP5A 3IANA 2JIEA 1V03A 5AYIA 3ZM8A 1J0IA 2YA0A 1R7OA 3L4TA 4Z2HA 1BG4A 1CLVA 4ZENA 4UFKA 3SCVA 2PBGA 1E55A 1JYVA 3N04A 4MNLA 4DWSC 2EPOA 1UKPA 2HISA 4PMUA 4W8AA 5GNZA 3UR7A 5A69A 4W7WA 3WF0A 1R87A 2XHYA 2VTFA 1OWQA 4Z2KA 1E4MM 3FAXA 4AEEA 1ZB5A 3LPFA 1UHVA 4HA3A 1KXTA 3VX1A 4MTVA 2GUYA 1CGXA 3EBVA 3N13A 4LYQA 3ZSSA 1E6NA 1HN1A 2YA2A 1EQCA 3N12A 1TE1A 1RD6A 4HZ7A 2YKKA 5A8NA 5AC5A 1VJZA 3BAWA 4W87A 1GOOA 1UR0A 1W9XA 4JKKA 4U5IA 3GH4A 2EXOA 3BMWA 2WCSA 2WMHA 3I3EA 3WDJA 1GW1A 4LYPA 3WH5A 2DH3A 3PZMA 3AIWA 3HMCA 2QF8A 2VCCA 3SCOA 2WLZA 1W3JA 1L8NA 1WAWA 3T2OA 1OSEA 1GHSA 5FL0A 1UD3A 2BHZA 5LA0A 1LL4A 1H11A 3W24A 3VX0A 1UR2A 2WMJA 1O7AA 2WLYA 1V08A 4AZHA 5A6JA 3D5HA 5JBDA 2F8QA 4QCEA 1UWQA 1V3MA 2D23A 1PIGA 3UESA 1DWFM 1Q6CA 3WDQA 5A8QA 1W2PA 1OCQA 2PWFA 3AHYA 4WLCA 3WF1A 3AHXA 4B15A 1HT6A 1V6YA 5C71A 4MNKA 4LXFA 2AAAA 4NF7A 3VDCA 1E1EA 3VO0A 5M3WA 4J27A 1WDSA 2J47A 1CXFA 5JIPA 5DEZA 2YL6A 1CTNA 3UG4A 3CHCA 1UH2A 4GZJA 1QNSA 5DFAA 3W0KA 2WYSA 1CDGA 3GM8A 1IT0A 3MMWA 3WUEA 2XGBA 3BAJA 5CSUA 4MB3A 4W7UA 3ALFA 1JZ3A 2BVYA 1UD2A 5I79A 1U33A 5CG0A 4CU6A 3CIVA 2WVTA 4M80A 3VD5A 9CGTA 4CN1A 4AD5A 5A6BD 1X6NA 3EYPA 5E0FA 1WZMA 4JAWA 3CZLA 4C7DA 3AXXA 3RPMA 2PI6A 1EDGA 3T08A 3ZR6A 3WD3A 4UTFA 3A4AA 2B31A 4W88A 3WN6A 3VOCA 3OB8A 3PHAA 2VVNA 1F4AA 2J8GA 4HZ6A 3WENA 3EDDA 5FOOA 1M04A 2ZOXA 3L4XA 5A8OA 2XTKA 3EDKA 3ARQA 4HMDA 2J79A 2A3HA 3DYMA 3WDPP 1CGWA 2J7HA 4F9DA 4V27A 4UQCA 1R85A 1OD8A 3M6DA 4M81A 2ZX9A 4UFLA 3WUFA 3QOMA 1E73M 1C92A 4FLQA 5HBFA 1BF2A 1PZ3A 6A3HA 3AOFA 3L4ZA 3MMDA 3MANA 3NDZA 1MXDA 1IZKA 1M03A 2X09A 2FHCA 4P7LA 1NQ6A 1NM9A 1OINA 2XSBA 4PMDA 1HKMA 2NSXA 2CBUA 3DC0A 3MSGA 4JFWA 4PMVA 5ECUA 1RP8A 3GXMA 3K46A 4J7RA 1B1YA 2D0FA 4BS0A 4LGXA 4P7RA 3ZJ6A 2OWXA 4A4AA 4TVUA 4W5ZA 7A3HA 2VVSA 2NT1A 2YL5A 4MAZA 5LA1A 1QNOA 4PTMA 1NOUA 4D1IA 1G1YA 2WHLA 5A6SA 3CMJA 3OGVA 4EAMA 1KCLA 4IPNB 4IUGA 3BAKA 1B3VA 1BVZA 1KCKA 3WQVA 1BVNP 2RGLA 1NWSA 4BQ4A 3WL1A 4ATWA 2OYLA 2XSAA 1N82A 4KWUA 3L2LA 4EK7A 1Q6DA 4U5KA 5CLWA 4B3KA 3N9KA 3NCOA 1EO7A 5M5DA 1G94A 3AHTA 4Z2IA 1VRXA 2VOTA 3VMOA 3WF4A 3W29A 4MB1A 5A8PA 3RIKA 3VGGA 2XFFA 4E4PA 4EANA 1KFWA 3WELA 1R86A 4GXPA 4L4PA 4F66A 2VI0A 1MW1A 4UFJA 2UWFA 2CCRA 1MFUA 3BAYA 2ESCA 2D22A 2WAGA 2CBJA 2VL4A 2XIBA 3BLPX 3KL0A 5JBFA 1I1XA 4IM4A 3PTQA 4UOZA 4CKQA 2QMJA 2HVMA 3VIPA 1J18A 1HJVA 3WD2A 4GO8A 3FW6A 1MYRA 3WIJA 3N15A 3POHA 1FH9A 2WVVA 1KGXA 1MXGA 5EFFA 4OIFA 2BY3A 1H41A 4WKAA 4HOWA 4GQQA 3FAWA 3SURA 1V6WA 4BQ5A 1DWGM 2WNWA 1XYZA 3MMUA 4HMEA 1Q6FA 2ZXBA 1FA2A 2Y8KA 2G3NA 2WXDM 3TTOA 3MV01 1W1YA 4KH2A 1GOQA 1E0WA 1KB3A 2A3AA 2W92A 4FLSA 3ZOAA 3WKZA 4WJXA 2CBIA 2MANA 1PX4A 4TXEA 3AYRA 2UY3A 3DECA 2DH2A 3WH8A 4KGJA 2EBNA 4LX4A 3N17A 1UUQA 1HNYA 4DWSD 3ARXA 1HJXA 1VF8A 1V3KA 3THCA 3VIIA 5GNYA 3WY1A 1SYTA 3FY1A 5I6SA 1S46A 2GJXA 3UG5A 4BA0A 3SIMA 5D9MA 1U30A 3K1DA 1MW0A 3UEQA 4BCEA 3M46A 3WL0A 3AIEA 2CHOA 1R7AA 3FHAA 2BFGA 1C90A 4M1RA 4AMCA 2DDXA 1H0GA 5E09A 3DHUA 3IJ9A 2CHNA 4LPCA 2BVDA 3WQ8A 2WVVB 3MU7A 3MUIA 4LQ1A 5BYWA 1K9DA 3QHMA 4FLRA 1FHLA 1TA3A 4D6DA 1NWRA 2J7CA 1ISVA 1BYDA 1HVXA 1UR9A 2TAAA 2DSVA 2QPUA 3AYSA 4AD1A 2VZSA 3B9DA 3AZRA 4P8UA 1GOIA 1E5JA 2Q8XA 3AICA 2WC4A 3CHFA 4PTVA 3ZQ9A 3VD9A 4H8HA 1GCYA 3SEPA 2E9BA 1XYFA 3VPLA 1TVNA 4U3AA 2DIEA 3QHNA 3GYCA 1EOKA 3II1A 3VIJA 1LQ0A 4C7GA 5GPRA 4RE2A 1GOMA 1J0HA 2GJXB 4QDMA 1SMAA 8CGTA 2FH8A 2FH6A 3K8MA 4MNMA 1H2JA 7TAAA 1ZBCA 3M07A 3EDJA 4HP5A 3WF3A 2ZUUA 3WD0A 2GDUA 5M03A 3ZO9A 3RM9A 2UY2A 4NZCA 2BVTA 3AJ7A 3BSGA 3TOPA 2JF6A 1AVAA 1BAGA 5ABFA 3ARUA 3ARWA 1PX8A 3RM8A 1M53A 2CIPA 5HDRA 3W4RA 1E71M 3VDHA 1JYWA 4PSRA 1GQKA 1TA3B 1ZU8A 4B16A 1ISWA 1G9HA 1AMYA 1W3KA 5HPOA 4KRUA 2Y2WA 1Z32X 2W62A 2WK2A 4B9ZA 1V6XA 1M01A 4D6GA 5DF0A 3PZ9A 1J0KA 3OIHA 3U7BA 1RPKA 5FD0A 3PN8A 4AD4A 3NJ3A 1JXJA 1C7SA 2V3GA 3WH6A 2VX5A 1B90A 1BGGA 1EOMA 2WKLA 4M24A 2W66A 1E1FA 3CUGA 3GZAA 2YIHA 3O2LA 4UQ9A 1WDQA 1W9UA 1J01A 2ZUTA 3PZTA 3TTYA 3WF2A 4D6IA 4AIOA 2VCAA 3ALGA 4NRRA 1FH7A 1RP9A 3MSDA 1HJSA 1EGZA 3UETA 3S6TA 1H09A 2VJXA 2PWDA 2XVLA 1LF1A 5DT7A 2FHFA 1VEOA 2ZICA 3WQ4A 2YL9A 3VDAA 4ZEPA 2CKRA 4PMRA 4OBSA 4CD8A 3WNPA 3RILA 1HKIA 2GJRA 4ML4A 4UCFA 4PMNA 2XVKA 3AIBA 5ABFB 1UWTA 3K4DA 1ZS2A 4Z2JA 1PBGA 3MUAA 4FK9A 5GQBA 4AZGA 1D7FA 3WBAA 4JHZA 1J10A 3SCUA 2EQDA 1WCGA 2QLYA 2ZUSA 4AD2A 2WC7A 1ZJBA 1GQLA 5E6YA 1UD4A 4CD4A 3MS8A 1EIBA 4E8CA 1E3XA 1K9FA 2EPNA 3DYPA 1EHNA 1XSIA 1BFNA 1CXHA 1QNRA 1UA7A 1QI4A 1FFQA 2ZWZA 1DWHM 3FHQA 4ZE4A 4JKLA 1PZ2A 2EEXA 2VR5A 1K6AA 4E8DA 1QHOA 3OZOA 3SCSA 2ZUNA 3GBDA 4XX6A 4X9YA 1UR8A 4NRSA 1CBGA 3TONA 3W26A 2WCGA 1Y7VA 4P8XA 1DWIM 2VT0A 4MNJA 2RGMA 4V28A 4UNIA 3MUY1 5JUVA 1JNEA 3SCWA 3GNPA 4WF7A 4J3UA 1C91A 4AC1X 3PZGA 3WNOA 1UYQA 1J0ZA 1E6SM 2D3LA 3IK2A 3RCNA 2YDQA 1SR0A 2EPLX 1MFVA 1TFVA 4JL2A 1BPLB 4GPNA 2DT3A 1Q4NX 5A1AA 3IAQA 4QFUA 5CZKA 3U7VA 1UQZA 2XM1A 1WNOA 2VQUA 1WP6A 1H4PA 3OG2A 3LMYA 3T0BA 1UD5A 1EDQA 5JBEA 4D1JA 2W63A 4WSJA 5ABEA 5GNXA 2OYKA 1XH2A 4D71A 1WDRA 4AZBA 3WMCA 1HL8A 3QOKA 3D3AA 4HA1A 1V3JA 3I3BA 1W9DM 4PCSA 3K4AA 4XV0A 3VIHA 5A6LA 1C8QA 2CKSA 5I3DA 2Y24A 2YDRA 4AD3A 1U2YA 4TOQA 1UKSA 4XZBA 1HKKA 2WVSA 5D9OA 3AS2A 2YDSA 5FCZA 1GQJA 2XVGA 3JUGA 3W53A 1J12A 3CZGA 3WNMA 4P8WA 2O9PA 4TVDA 2PWGA 3DHPA 2WC3A 1LWJA 4H2CA 3ZSTA 2UY4A 5CJ5A 3G6MA 1C93A 3B9AA 1Q6GA 4P7OA 1CZ1A 1JI1A 4EKJA 4Z2LA 1KGWA 1XSKA 3WH7A 1VJSA 3BMVA 3WH9A 4UZSA 4DM2A 1UQYA 3ZT7A 3L4YA 5D8ZA 2O9TA 1CXKA 3N11A 5KZ6A 1XHGA 2YOCA 3ARTA 3WQWA 4C7FA 2WM0A 3HU7A 5I77A 2VZTA 3BAIA 1JAKA 5C8BB 3CLWA 4M56A 1GONA 4JCMA 1FP8A 2W67A 4LYRA 3L4UA 1B3YA 4JFSA 4AZ6A 1NWTA 1VFMA 3FN9A 4MB4A 1HJQA 5CLTA 2WPGA 5C70A 3A47A 1US2A 3ZIZA 4CCCA 4A3YA 1E56A 5A6MA 4GI6A 1WKYA 1J0JA 2WWCA 2XG9A 4PTXA 1JFHA 5FKYA 2G3JA 3LPOA 3ARZA 3CUFA 4Q22A 4QP0A 4UFMA 3OGRA 4HOZA 4D6JA 3SCRA 3RJYA 4AZ5A 4XZWA 3GXIA 3QHOA 3F4VA 2VMFA 1HP4A 1VFUA 5BRQA 5EBAA 1JNDA 5CPSA 3PZVA 4V2XA 2ZUWA 3I3DA 1GNXA 4PUEA 3W6LA 4TX6A 3BCFA 3T0DA 4YN5A 1XSJA 3ARVA 3NSNA 4CCDA 1US3A 1F4HA 3W27A 1BYCA 2AOSA 1A47A 1EXPA 3VGEA 1XRVA 1KQYA 4UQBA 2VRKA 2IXVA 1QW8A 1E70M 1YQ2A 5FL1A 3KE0A 4R5EA 3VIGA 1V3IA 4W5UA 2J7FA 4RE3A 1V02A 4CUCA 1BTCA 1UG6A 4K68A 2DQXA 2J62A 2VZOA 1EQPA 1TUXA 3WUGA 1GUVA 3A6OA 2XVPA 2OSXA 3N1AA 4PCTA 4X0VA 3CO4A 1TR1A 2IUZA 1QBAA 2OSWA 1B30A 3AMDA 5D4YA 4N0RA 1VENA 2WHJA 2ZIDA 5IFPA 1ZBKA 2YA1A 3EDEA 4UQAA 3AMKA 4AZ7A 4PMZA 1XCWA 2VCBA 3VIFA 4AISA 2XGIA 2WZIA 4A3HA 3RMEA 2EPMX 3LPPA 1LG2A 4GI9A 5CGTA 1H1NA 1E0XA 1E5NA 2G8ZA 4TTUA 1V0LA 3AHZA 3VGFA 2PF0A 3AMGA 3AS0A 1V0KA 5IHSA 4NI3A 2VX7A 3WDIA 1LL6A 1QNPA 4MDOA 1V0MA 1V6VA 3NSMA 1CEOA 2VX6A 4JIEA 1W9BM 1LWHA 2E4TA 1CWYA 5A6KA 3BGAA 1C8XA 1BLIA 1VAHA 3MUZ1 1LG1A 1HJWA 5A94A 1EO5A 2VQTA 2ZX5A 5E6ZA 5I24A 3VKKA 5JIWA 4OOUA 2X0HA 2DGAA 3L2MA 1FH8A 4CVUA 4F8XA 1E6PA 3KL5A 2Z1SA 3NUKA 3NIYA 5EFDA 4BQ3A 3CZKA 3AIRA 4B3LA 1W3LA 1W2VA 3VDBA 1W3HA 2YL8A 1VFOA 3TTQA 3BLKA 4XUYA 3SUUA 1WDPA 3TA9A 4RE4A 2JFEX 5E9AA 3BXWA 2J8FA 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 1XGZ A;  1VBR A;  1CXL A;  3NYD A;  1JZ4 A;  2G4F A;  1IV8 A;  3OBA A;  2DIJ A;  2QV4 A;  1MWO A;  5CXP A;  2W4X A;  4GZI A;  2FGZ A;  2OYM A;  1CXI A;  2YBU A;  1HX0 A;  3W6M A;  2VRJ A;  1WZK A;  4ZXO A;  4GKL A;  1QHP A;  4DWS A;  4S3J A;  5BXT A;  3AML A;  1JZ5 A;  7CGT A;  1E0V A;  3ZR5 A;  5EMY A;  1HIZ A;  1SMD A;  4FMV A;  3CUI A;  4UR9 A;  2WMI A;  4JCL A;  1GZJ A;  3QR3 A;  4U33 A;  4Z2G A;  3MO4 A;  2ZX8 A;  1CYG A;  4GO9 A;  3VU2 A;  5DT5 A;  3PTM A;  4CCE A;  2GK1 B;  5JH8 A;  2FHB A;  1E9L A;  4W7V A;  3TP4 A;  1XH0 A;  2D24 A;  3THD A;  2F2H A;  3KWX A;  1GOK A;  2V3E A;  1X6L A;  3K8K A;  4S3K A;  3CZE A;  5BRP A;  4W93 A;  2E3Z A;  1OM0 A;  3FXY A;  1JF6 A;  1YHT A;  1EH9 A;  2PC8 A;  2Y8V A;  4TX8 A;  2XUC A;  2WVU A;  2VRQ A;  2WZH A;  2E40 A;  2OSY A;  3ZJ7 A;  2YJQ A;  1W9V A;  3ZMR A;  4HMC A;  3KL3 A;  2VX4 A;  1DWA M;  2J7B A;  2PBO A;  3UR8 A;  1J0Y A;  2D20 A;  4U2Y A;  3OA5 A;  4GIA A;  1JYN A;  2XJ7 A;  3RJX A;  2BHY A;  1A3H A;  3VGB A;  4DWS B;  2QHA A;  5IHR A; 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 1JDD A;  1ECE A;  2J25 A;  5AYB A;  3AHV A;  5A2C A;  3SCT A;  1LL7 A;  1ODU A;  2J4G A;  2WSK A;  4U3C A;  1OGG A;  6CGT A;  1TZ7 A;  2CXG A;  1EHA A;  1UKO A;  5A6A A;  3T09 A;  3E1F 1;  2X0Y A;  1JYX A;  3AI0 A;  3SCQ A;  1GOW A;  3ARP A;  2PWH A;  2NT0 A;  1QI3 A;  1NOW A;  1V0N A;  2ZWY A;  2WKG A;  5A8M A;  2NW0 A;  4H7V A;  1MQQ A;  1DED A;  2WAN A;  3WSU A;  3WNK A;  1DHK A;  5I78 A;  4IIS A;  4PMQ A;  3ZT5 A;  1LJY A;  3N18 A;  2VC9 A;  1BSI A;  1DTU A;  1TMQ A;  1KR0 A;  1FP9 A;  4KMQ A;  1W91 A;  1EDT A;  1CIU A;  2WMG A;  3F5J A;  4YHE A;  5CGM A;  1B31 A;  1B3Z A;  1WE5 A;  4KGL A;  2VNC A;  3UG3 A;  3VMN A;  3B9E A;  1WZL A;  1G0C A;  1MW3 A;  2BNJ A;  1OGS A;  2C7F A;  1AQ0 A;  3EDF A;  3EMC A;  3VD4 A;  4J3V A;  1KBK A;  3GNO A;  3VNY A;  5LYR A;  4H04 A;  2DSU A;  3CHE A;  3F5K A;  2GVY A;  2DSW A;  1CNV A;  3PZO A;  4JKM A;  4P8V A;  2QMK A;  2J7D A;  2CES A;  4W89 A;  3VGD A;  4L4O A;  8A3H A;  4MJ4 A;  4F79 A;  3ECQ A;  1NP2 A;  1HKJ A;  1DWJ M;  2AMG A;  4TTG A;  4OBR A;  1JI2 A;  1G5A A;  2VR4 A;  2DT1 A;  2GDV A;  4RL3 A;  4D72 A;  3AMC A;  3GH5 A;  4PEE A;  1QOX A;  1UZ1 A;  3OGS A;  1XV8 A;  4HTY A;  3BSH A;  4D6F A;  2X1I A;  1OIM A;  4UZU A;  2OWW A;  3U57 A;  3BC9 A;  2C0H A;  3WBE A;  4ACY A;  1NAR A;  4CD6 A;  3WMS A;  1WPC A;  4MAD A;  1UH3 A;  2V5D A;  4W86 A;  3WNN A;  2JE8 A;  4HU0 A;  5HNN A;  1KQZ A;  3GH7 A;  2Y4S A;  4J3S A;  2WMK A;  1HVQ A;  2VUY A;  2ZXA A;  5TD4 A;  3VMP A;  2JEP A;  1JZ8 A;  5AY7 A;  1NH6 A;  3VM5 A;  3A3H A;  4MJ2 A;  3NSX A;  3CH9 A;  5CQ1 A;  1QVB A;  4E2O A;  4NSB A;  4AWE A;  5AC4 A;  1UR4 A;  3U5Y A;  2ZXD A;  1C7T A;  4PSP A;  1BG9 A;  1ZBW A;  4BF7 A;  1CXE A;  1H5V A;  4ATD A;  2V38 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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