2OLHA

Crystal structure of a signalling protein (spg-40) complex with cellobiose at 2.78 a resolution
Total Genus 120
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
O4 (279-343)S1 (2-8)TVIII1 (30-33)S5 (113-117)O3 (5-30)3H1 (11-13)S2 (32-41)TI1 (8-11)AH1 (51-65)EMPTYTI12 (332-335)TI10 (264-267)3H2 (16-18)TI14 (337-340)TI2 (26-29)TI3 (66-69)AH10 (350-360)S4 (70-76)AH3 (92-109)S3 (44-46)TI4 (77-80)AH2 (82-90)AH4 (125-143)S6 (152-157)TIV3 (118-121)TIV5 (186-189)TI5 (122-125)AH5 (161-167)TI6 (143-146)TI7 (144-147)TIV4 (177-180)O1 (182-184)AH6 (170-175)3H4 (230-232)S7 (179-182)S9 (233-238)TIV7 (197-200)S8 (194-195)S11 (255-260)AH9 (310-323)AH7 (216-226)TIV8 (200-203)TIV13 (290-293)TIV9 (204-207)TI8 (207-210)TI9 (210-214)TIV11 (208-212)S10 (240-246)S12 (272-274)TII2 (269-272)S14 (295-300)TIV12 (265-268)TIV14 (340-343)AH8 (275-282)TII3 (282-285)S13 (286-290)TI11 (291-294)TII'1 (300-303)O2 (343-345)S16 (327-331)TI13 (333-336)TIV15 (347-350)3H3 (22-24)TII1 (252-255)S15 (303-307)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of a signalling protein (SPG-40) complex with cellobiose at 2.78 A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2olhA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2olhA01
2BVYA 2VNCA 2QPUA 2DSVA 3RCNA 4FLRA 1JD9A 2V3GA 3OGRA 2VI0A 1C3FA 4TX6A 1X6LA 1HP5A 3A6OA 4EANA 2DDXA 4HTYA 1Q6EA 1GHSA 3CHCA 2JALA 5M03A 2ZUNA 1CNVA 1OCQA 4W8LA 2QMKA 1M7XA 5A6SA 2UY3A 2ZUWA 3WFLA 1E0VA 3CH9A 1FA2A 2YOCA 3WSUA 2VCAA 2C0HA 4JZ5A 1CTNA 2WYSA 4AD1A 5GPRA 3WF1A 2QLYA 5D9MA 1BTCA 1GVIA 4TVUA 2UY5A 2VZUA 4QLJA 4PRWA 2W66A 3SCQA 1TCMA 1TZ7A 3WNNA 3J7HA 3WDIA 2W92A 2OSWA 3HMCA 2YDSA 4MADA 1OINA 4E8DA 3AISA 4CU8A 1TA3B 2XWEA 3WDPP 3OIHA 1E4NA 2XTKA 1DTUA 1ECEA 3W26A 1E6QM 5D8WA 4GO9A 3CUJA 1CGWA 4ACZA 5I23A 3AIRA 4YN5A 5A8MA 2ZICA 2X05A 1V08A 5JBEA 4OUEA 5D4YA 3VIGA 3ZJKA 1XCXA 1EHNA 5A6BD 2XPKA 2BXYA 1MW1A 1JAKA 3AHXA 3AOFA 3VINA 4V2XA 3W38A 1FP9A 1HIZA 4BQ3A 3EMQA 1QI2A 4QFUA 5AC5A 2D0HA 3VD5A 4RL3A 4B9YA 1V02A 3BAXA 5IHSA 2ZE0A 3WNOA 1GVYA 4GPNA 3N18A 3TTYA 3AS1A 3W6LA 3LPGA 1ISYA 3CHEA 1E43A 1H09A 5DF0A 5A6AA 4D6IA 3BSHA 1BVZA 1WZMA 2OLHA 5HNNA 2YL6A 3RJYA 1EO5A 3N12A 2UY4A 5LYRA 1JI2A 2PBGA 4B16A 1YQ2A 3UR7A 3WELA 1VRXA 3SUVA 3WUGA 1E4MM 1JZ7A 3K8KA 2VR5A 1OD0A 1OIFA 3CUFA 4RE2A 2A3CA 1KWGA 3RILA 3WNLA 1JIBA 1BG4A 2YL5A 3GNRA 3BAWA 2WZEA 1G1YA 2GJXA 1FH9A 1U30A 5A1AA 3WN6A 4AEFA 1JXJA 3ZSTA 4YHEA 4GQQA 1HX0A 3W4RA 3KWXA 4PMRA 1CZ1A 1E4IA 1EQPA 3VO0A 3AQUA 4JHZA 4TTGA 2IXUA 2EQDA 3O6AA 2ZX8A 4AIEA 1QVBA 4AZHA 3VM7A 1ZL1A 4GQRA 1VEOA 5A8QA 2WNWA 2VX5A 5BWFA 1UKQA 1E5JA 3ZR6A 1UR1A 2B31A 2XM2A 1AQMA 3WQWA 2VQUA 4MJ4A 5DT5A 1CDGA 2DSUA 1W2VA 1FP8A 1J10A 4UCFA 5EFFA 3SCRA 3AIVA 3AHYA 4KRTA 3SCOA 3L4VA 4TTUA 1J0IA 1NWTA 1BGGA 2YDRA 2W63A 3WMBA 3ARVA 1NP2A 1R85A 2XSAA 3WH7A 4B3LA 1CGVA 1RP9A 1PZ2A 1JZ8A 3WFZA 2OWXA 3GM8A 1Y7VA 4PCSA 3AS3A 2FH8A 1X6NA 1C8XA 3BC9A 2FHCA 2WHJA 3T2QA 1V3HA 3AXIA 4ML4A 2X8RA 1IZKA 1PBGA 1OGGA 3VD4A 2VR4A 1JFHA 4AY1A 1PPIA 3PZNA 3BAYA 1FHDA 4MTVA 3NDYA 1OT1A 2CBUA 3VGBA 5HDRA 1E3XA 2GDVA 5A8NA 4U3AA 3WQ8A 1MWOA 4AD0A 3LMYA 4AZ7A 2CNCA 4L4OA 4J3WA 2DT2A 2ZX6A 2VZSA 1W9VA 1QBAA 1SMDA 4MNLA 9CGTA 3VDHA 4PMYA 1OSEA 1QNQA 2VCCA 3UETA 5GQBA 3VD7A 3F4VA 1BYBA 4HOXA 2D22A 3GBEA 3DYPA 4Z2KA 1I1XA 5A8PA 2WLZA 1E72M 5M17A 2CETA 2XFYA 5D9NA 4J3SA 4HPGA 1JDDA 1MQRA 3VX0A 5D9PA 1UWUA 4KGJA 2A3EA 3KL0A 1JD7A 3WH8A 3RM4A 5E0CA 1QI0A 3RDKA 3W28A 2BY3A 1NP0A 1V03A 4XB3A 3ARYA 3GXFA 3WENA 4WSJA 1JZ6A 2GUYA 4IUGA 4WJXA 3VDBA 2VJXA 1PJ9A 2E3ZA 1QW8A 1XSJA 4XX6A 2WLYA 1H0GA 4M29A 5EFDA 4DUXA 1W3JA 5GNYA 4KMQA 4Z2LA 3CZEA 3G6LA 4UOZA 3IANA 1QI4A 3MMWA 3KL5A 2PI6A 3OGSA 4GKLA 4BF7A 1EIBA 1FH7A 1GUVA 1E6ZA 4W89A 1UR9A 1C8QA 1HT6A 3ZO9A 5A69A 2AAAA 2FGLA 1J9YA 2E9MA 2WWCA 3U7BA 2ZWZA 1BLIA 2DGAA 4X9YA 1SFSA 2XHYA 3VD3A 4UFIA 1OWQA 1E70M 1W9UA 2BVDA 2ZUTA 1GQJA 4M1RA 1N82A 5ABFA 3EDKA 4CD4A 4UNIA 4AZCB 4M56A 1LF1A 2OYMA 4J3UA 4U3CA 3VTRA 4AYSA 2WVUA 2O9RA 1F4AA 3GXIA 3OLDA 5JBFA 2ZOXA 4S3JA 4UQDA 2VURA 2VX6A 2J77A 3L2MA 1GORA 1VAHA 1J18A 2WSPA 3W53A 1E40A 4HU8A 2J7FA 3NDZA 4GXPA 2WWDA 1U2YA 4TXEA 3U7VA 3ZJ8A 3SUUA 4EK7A 4IPLA 4U2ZA 1O6IA 4LYQA 4PN2A 1J11A 4JFUA 1L0PA 1E71M 1JDAA 3AIWA 1BGAA 1MQPA 5DO8A 1CGXA 3N13A 4GZJA 3ARXA 4H04A 4JKKA 1DWIM 2CYGA 1PEZA 1QPKA 1NM9A 3A4WA 1UH4A 3MSDA 5FKYA 3DYMA 1JAEA 2CXGA 2J7CA 4D6FA 4FLSA 1E15A 1RPKA 2ZX5A 8CGTA 4FF5A 2Y24A 5E09A 2PC8A 2BY1A 3WD3A 1B3YA 4HZ8A 3CZKA 1HVQA 1BSIA 3BAKA 1X1NA 1E9LA 5I78A 1UD5A 3VOCA 1JDCA 1CXLA 1H49A 3FW6A 4AW7A 4DWSA 1LWJA 3WD1A 1JZ5A 1EXPA 1KQYA 1MXDA 5KZ6A 3AIEA 1XSKA 2YDQA 3PTMA 1J0JA 3W82A 1UH2A 5C71A 3ARZA 2G8ZA 4PMXA 1UHVA 1UZ4A 2PWDA 2WHLA 2V3FA 1GNXA 3ARTA 2J7GA 4CUCA 4E2OA 1OIMA 1EOKA 1XCWA 1G01A 1H41A 5IDIA 1B30A 2WCSA 1UD6A 1GJUA 3VKKA 4H8UA 4GO8A 2G3MA 3LPOA 1V3JA 1VFUA 5A2AA 3WMCA 1VJZA 4W88A 1HVXA 4OZOA 1NOWA 2E9LA 4W93A 2BNJA 1W9XA 1JZ4A 1H5VA 3PZGA 2CITA 4P7NA 2VUYA 3WDHA 5FL0A 3PZUA 1PIGA 3WBAA 3AS2A 2WMGA 3IAQA 3KZSA 3E1F1 3RO8A 3VNYA 1B1YA 4JL2A 2GDUA 2XM1A 3DC0A 2X1IA 2YL9A 5CXPA 1SR0A 1GZJA 4DUWA 4BQ5A 3NSMA 5BXPA 5A8OA 1EOMA 2WCGA 2Y5EA 1HP4A 1M01A 3IK2A 1E73M 4KRUA 2XWDA 4UOQA 1W3HA 4AIOA 1NWUA 2YIHA 3ARPA 1AQ0A 5BRQA 4ZE5A 2X2YA 1GONA 3KEHA 3WH9A 1UWTA 1HJXA 2WW5A 1EO7A 1H1NA 2BVTA 4J28A 4OOUA 2J7HA 4UQEA 2WVVA 2WCAA 1G94A 1QNRA 2YBTA 1CPUA 1US3A 3RJXA 1RD6A 1QNPA 1IV8A 4W84A 5CG0A 1ZBWA 2GSJA 4OJYA 1XD0A 3UG3A 2VO5A 4N0RA 3FHQA 4U5KA 3OBAA 1Q6CA 3GH4A 1UD3A 3TTOA 3JUGA 1B31A 4A3YA 2WXDM 1Q4NX 3WBEA 5A6LA 3CMJA 2CPUA 1W3KA 3GDBA 3W25A 1TR1A 2QPSA 4Z2GA 1ISXA 2XGIA 5ABEA 5D9OA 3N15A 1MW2A 1B3WA 2BV9A 1J01A 2Y4SA 3GNOA 1QW9A 2YBUA 1H2JA 1JYXA 1ODUA 2BHYA 3PZQA 1ZBKA 2WSKA 4AISA 1FHLA 1UD8A 2FHBA 2XIBA 3T2PA 4W5UA 2ZUSA 1HXJA 2WMJA 1E1EA 5BYWA 4AZBA 1CECA 3B9EA 3UR8A 1XC6A 4HMDA 3GH5A 1MFUA 2WC4A 1NARA 1VFFA 3AMDA 4GZEA 1UWSA 2XUCA 5EBAA 3LPFA 3VGFA 1BQCA 3GXMA 3GYCA 4UR9A 3HJEA 2V3EA 4YPJA 1K9TA 3FNDA 3PZ9A 1UQYA 2UY2A 3WF0A 4MNKA 2E8YA 1B3ZA 2V3DA 3NIYA 3WUBA 4QCEA 1FFRA 1UH3A 1JNEA 3B9DA 6A3HA 1LL7A 3CZLA 1CLVA 5A2CA 1UWQA 5CPSA 3VIIA 2D3NA 2J8FA 4AWEA 1E0WA 1E5NA 4URIA 3KL3A 5HXMA 3AZSA 1TA3A 4QLKA 1MW3A 1UKTA 3ECQA 5AYIA 1CXEA 3VM5A 1E4LA 1OGBA 2WM0A 2WBGA 1QOXA 1BG9A 2Y8KA 2GJPA 4A3HA 2J25A 4JCMA 3ZSSA 3WH5A 2ZX9A 2J8GA 3L2LA 3ZT6A 2RGMA 5I79A 1FH8A 3DHPA 2ZX7A 4J3VA 3MV11 1CLXA 4CVWA 4PSRA 4OBSA 3A4XA 5HBFA 3OLEA 4HMEA 1W9BM 4PUEA 1GOMA 2EJ1A 4NZCA 2J7EA 2EXOA 4V28A 3CHFA 2AMGA 4AD3A 3NJ3A 4JKMA 2DIEA 1LG1A 3GBDA 5CPQA 4DUVA 1TMQA 3FXYA 1GOOA 1MFVA 4HA3A 4J3XA 4IM4A 1MW0A 5CZKA 1V3LA 2XSBA 2OYLA 4GIAA 4HOZA 5E6YA 4D6HA 2GVYA 5IXEA 2D1ZA 3ALGA 4BZYA 3CZGA 8A3HA 4M82A 3GNPA 1KXTA 4MB4A 3EDJA 1NWRA 5CLTA 3OLIA 3WMSA 1KB3A 1VFMA 3AS0A 4UOJA 3CLWA 3TONA 4LYPA 4UTFA 2DH2A 4HZ6A 1WDSA 4D6JA 3WDRA 4UQ9A 3ZT7A 5DMYA 5GNZA 4D1JA 1OB0A 1O7AA 1HKIA 2V38A 4MDOA 1AMYA 1CGYA 2VRJA 1XH1A 3K4AA 1DWGM 4XUYA 2WZIA 3UEQA 1G9HA 1VB9A 2TAAA 4CD7A 4LPCA 4PEEA 1JYVA 3QHOA 3IJ8A 1TUXA 4Q7NA 1A3HA 3VUPA 1QBBA 1Q6FA 5I0DA 1VEMA 4AXNA 4P8VA 1W1YA 4W7WA 1JF5A 4P8XA 1CXKA 4W7VA 3WIJA 3A3HA 1NWSA 4W8AA 2VZTA 2C7FA 1W1PA 1V02E 1W9PA 2VCBA 3TA9A 1DWFM 1TVNA 4C7GA 1ZJBA 3SCWA 2V5DA 1GOKA 1EQCA 1VFOA 5A6MA 5CSYA 1LQ0A 3D3AA 3N1AA 2D23A 2W91A 4Z2IA 4BQ4A 1WDPA 5LA2A 3ZOAA 2JFEX 4IISA 2VRKA 3THDA 1QNOA 1GQKA 1J0YA 2WVSA 4H41A 3RM8A 4TX8A 1XD1A 4Q22A 4JL1A 4CKQA 1V6YA 2A3AA 3CZ8A 1KCLA 4P7OA 2WC3A 1M53A 4ZEPA 3BGAA 3POCA 3CBWA 4CD5A 1CIUA 2XVNA 3UCQA 3PZVA 1ISZA 4J27A 1GW1A 4MB3A 1JXKA 1UR8A 4CN4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3AXX A;  5CLW A;  2G3N A;  1JGI A;  1GQI A;  1QHP A;  1R86 A;  1DWJ M;  1CEO A;  1MXG A;  2Y2W A;  3A4A A;  4L4P A;  4QCF A;  1D2K A;  5A2B A;  1HJU A;  3F5L A;  3TOP A;  1QI5 A;  3MMD A;  4FLO A;  3AFB A;  1JL8 A;  1LL4 A;  5GNX A;  3ZM8 A;  4U5I A;  3MMU A;  4BS0 A;  2NT0 A;  1U33 A;  4ACY A;  5BCA A;  2XII A;  1NOF A;  2NW0 A;  1KCK A;  1KXH A;  4M80 A;  4J7R A;  5ABF B;  1VJS A;  1JND A;  4PMD A;  3GZA A;  4MJ2 A;  1OGS A;  4P7Q A;  1WZA A;  4W87 A;  5ECU A;  2Z1S A;  2D20 A;  3MUI A;  3VMO A;  3AJ7 A;  2PWE A;  4JKL A;  3VIK A;  2FGZ A;  3OZO A;  4F8X A;  4DM2 A;  3PTQ A;  4GZI A;  2XVG A;  5BXT A;  4WKA A;  2ZWY A;  2PF0 A;  2JF7 A;  3PZO A;  3I3E A;  3AMG A;  2XVP A;  4WLC A;  2X0Y A;  2EEX A;  4UFH A;  3K1D A;  1E6X M;  1KBB A;  4XZW A;  1V0M A;  4M81 A;  2ZID A;  4U31 A;  4M24 A;  4CN1 A;  3WF4 A;  1PX4 A;  1BYD A;  5BRP A;  3WQ4 A;  3WUE A;  5CSU A;  4FK9 A;  3N17 A;  2DQX A;  3ZMR A;  3BLK A;  3MUY 1;  1W9D M;  5FCZ A;  1Q6G A;  1CGT A;  2YA0 A;  4PMZ A;  3SCN A;  3ZIZ A;  4H2C A; 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 5AC4 A;  1TG7 A;  4W5Z A;  1CXH A;  1QHZ A;  1W1T A;  1JI1 A;  1XH0 A;  4FMV A;  3MAN A;  1XH2 A;  2CEQ A;  4ZFM A;  2VZO A;  1J0H A;  4R27 A;  1CXF A;  2WZH A;  5JH8 A;  4HP5 A;  4P8W A;  2CBV A;  4UQB A;  4F9J A;  3VNZ A;  2WVV B;  2HVM A;  3DHU A;  3U57 A;  3AIU A;  1WZK A;  4OKD A;  4C7F A;  4UFM A;  3BXW A;  4HOW A;  3BMV A;  3OB8 A;  1HL9 A;  3BMW A;  1R87 A;  2ZXQ A;  4QAW A;  1WP6 A;  3T0B A;  4D6D A;  4TVD A;  5HPC A;  1E0X A;  5DT7 A;  3T09 A;  3VIF A;  3ALF A;  2F61 A;  3S6T A;  3L4W A;  1UQZ A;  2OWW A;  3VU2 A;  4DWS C;  4MDP A;  1WNO A;  2VL4 A;  1GJW A;  3L4U A;  1WZL A;  1UD4 A;  3K4D A;  3T0A A;  1CEN A;  1HJV A;  1E55 A;  4U2Y A;  5A95 A;  4CGT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VDH A;  5AC5 A;  4JFK A;  2D0H A;  2FB2 A;  1XJB A;  3BAX A;  1GVY A;  3HFY A;  4GY0 A;  2VGF A;  2C71 A;  2YCE A;  3BMX A;  4ML9 A;  1E43 A;  3GC5 A;  3BSH A;  1SPQ A;  3TLL A;  2DZW A;  1WZM A;  2IMR A;  5HNN A;  2YL6 A;  3NXL A;  3U0H A;  2ZDR A;  3G1X A;  1JI2 A;  3OZY A;  1EJW C;  2ACU A;  3UA4 A;  3WUG A;  3RLU A;  1OD0 A;  4FNS A;  2V5B A;  3OYZ A;  2A3C A;  8XIM A;  3PK7 A;  1G1Y A;  2GJX A;  4BI7 A;  4ODL A;  5A1A A;  4AEF A;  1JQX A;  3ZST A;  4YHE A;  4NKC A;  3VE7 A;  4AWS A;  1HX0 A;  2VR2 A;  3KWX A;  1CZ1 A;  4I9J A;  5LIX X;  1E4I A;  2GGJ A;  1WXY A;  3O6A A;  1W1Z A;  4HYR A;  3KP0 A;  2PRM A;  4GQR A;  2HWG A;  4IMG A;  2EG8 A;  3R5E A;  3TC7 A;  2R24 A;  3CMF A;  1E5J A;  3E6E A;  3DU0 A;  2VQU A;  4JN6 A;  1RBO B;  1CDG A;  4MJM A;  2VFG A;  2DSU A;  4O1B A;  3AAL A;  1FP8 A;  3C56 A;  1TPB 1;  3AHY A;  4JX4 A;  1XLA A;  3SCO A;  2X7V A;  1SO3 A;  3OYX A;  1J0I A;  3TQP A;  2OX1 A;  1K6W A;  3WMB A;  1XID A;  4MUZ A;  3ARV A;  1NP2 A;  2P3Z A;  1EL3 A;  1R85 A;  4ILS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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