2PI6A

Crystal structure of the sheep signalling glycoprotein (sps-40) complex with 2-methyl-2-4-pentanediol at 1.65a resolution reveals specific binding characteristics of sps-40
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYTFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tryptophan as a three-way switch in regulating the function of the secretory signalling glycoprotein (SPS-40) from mammary glands: structure of SPS-40 complexed with 2-methylpentane-2,4-diol at 1.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 128
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2pi6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2pi6A01
3RM4A 3ZR5A 1DWAM 5DFAA 1NP2A 2WPGA 1PX8A 1R87A 2ZUVA 3BMVA 3VX0A 4H7VA 2YKKA 3AIWA 4WK9A 3GBEA 3I3DA 3WEOA 3ZM8A 1UHVA 1VENA 4ZENA 3PTMA 2NSXA 1XSIA 1H49A 3W27A 2FGLA 3ZJ8A 1Y7VA 1JF5A 2V3DA 4QFUA 4M81A 3L4YA 4DWSD 1N82A 4ZFMA 2EPMX 2X05A 4OBSA 2XJ7A 2OSYA 1CXFA 3RPMA 1DWIM 2W92A 2CITA 1PX3A 3F4VA 4B3KA 1AQMA 4DWSB 4WLCA 3BGAA 3VNYA 1PBGA 4MNLA 2WKGA 4L4OA 1CIUA 3ARRA 2E0PA 4AD4A 4BS0A 3CBWA 1E6XM 2VRKA 2E8YA 4UFJA 3OBAA 1UZ4A 1HJUA 5CXPA 3M46A 5DT7A 1Q6GA 5M3WA 2E9MA 3T2QA 3WH8A 1FH7A 4W93A 5IHSA 1UKPA 2A3CA 5A6MA 1XGZA 3CZGA 3WH9A 1AMYA 2ZUUA 1H4PA 4ACYA 4P8UA 1W2PA 4PMRA 3FHAA 1OSEA 2J62A 5D4YA 4MB4A 1XD1A 5D9OA 4WKHA 3PZOA 4UQBA 2G8ZA 1HP4A 3BH4A 3AZTA 3PBGA 3AZRA 3ZO9A 2CXGA 1ZB5A 1UR9A 2FDMA 1GOIA 1ISVA 2OWCA 3AXXA 1BHGA 3VVGA 5JH8A 2XIIA 2JE8A 3CUHA 1E4LA 3WD0A 3PZTA 1E0XA 4H41A 1G5AA 5A95A 5FOOA 3KEHA 1JZ5A 3F5JA 2W4XA 2PWHA 5EMYA 1GQJA 4PSRA 3DYOA 4J3XA 2WSPA 1GORA 1J0HA 4DUXA 3VM5A 1FFRA 1C92A 1DTUA 2QMKA 4GI9A 5KEZA 1QPKA 4P7NA 1P6WA 1J10A 2YOCA 4UFKA 1JI1A 4HPHA 4AD1A 1CGWA 2YBUA 4XZBA 2GVYA 1JFHA 5FL1A 4AEFA 1KQZA 2WLYA 3VMPA 3N18A 4CD4A 2WVSA 1QHZA 2DEPA 3ARQA 2Z1KA 3PTKA 2WNWA 5BROA 1FFQA 4PRWA 1KFWA 3AHVA 3ZMRA 5A8MA 2PB1A 3W81A 5ECUA 1G94A 4EK7A 4CUCA 3OGSA 2Q8XA 1KCKA 2CEQA 4GIAA 3ZIZA 4AD0A 1UA3A 4FK9A 5D9NA 4TOQA 3AI0A 2YIHA 4WSJA 4D6IA 2Y4SA 1CNVA 4NSBA 5EB8A 1CXHA 1A47A 2VX4A 5LA0A 4ML4A 3ARZA 3WQ6A 1GVIA 4UOJA 4CU6A 1NP0A 1ZBWA 2PWDA 1MFVA 2XSAA 1JAEA 3D5HA 3BCDA 3ZJ7A 3TTQA 1LQ0A 4N0RA 3APGA 3KL3A 4J7RA 2BV9A 3VDBA 3CPUA 3SCOA 1MW3A 2ZX8A 2VZSA 5AYBA 1VAHA 1V3KA 3WNLA 3N15A 2BVDA 3AOFA 1PPIA 3VIGA 3WMCA 2FH8A 4IPLA 1R85A 4MDOA 5I78A 2GUYA 1Q4NX 4PMXA 1E9LA 2V5DA 2VX7A 2QV4A 4TTGA 2QHAA 1M04A 4DM1A 2BY1A 1XC6A 4AZGA 3GXDA 2W63A 4AZ5A 1JZ8A 1C7TA 3NDYA 2EO7A 3CTTA 1GPFA 1LLOA 2G4FA 5BXRA 2E4TA 3GXMA 3AYRA 2PBGA 4JKKA 3UG5A 2Y8VA 3L4UA 4F8XA 3EYPA 5JBDA 1J0ZA 5IFPA 2VJXA 1MQQA 1KXHA 3CGTA 3QGVA 1OWQA 1MWOA 5A6BD 4DWSC 1HL8A 1U30A 3UETA 3GNOA 2VURA 4FLOA 3UG4A 4OKDA 1RD6A 3VIOA 1JL8A 1WZAA 1E4MM 3CMGA 5E6YA 2Y2WA 3IAPA 3DYMA 3F5KA 2ZICA 3RM8A 1U33A 2BHUA 2OLHA 4QDMA 2D20A 1K9TA 3A4AA 1E6ZA 4LPCA 5FKYA 2DT3A 4TX6A 1C91A 1KWKA 3ZQ9A 1GOKA 3WELA 1US2A 4J28A 3AMKA 3NCOA 2J75A 1VEMA 4CU8A 4FF5A 4A4AA 4P8WA 1ZS2A 3AMGA 2C8NA 1IZKA 3T2OA 3PZGA 1HKIA 2XGBA 1GOQA 1M7XA 3EDEA 3O6AA 4CD6A 1WAWA 4UR9A 2J78A 1WCGA 3WUEA 4BA0A 2HVMA 5HDRA 5I0DA 4Q7NA 1BYCA 3F5LA 1VBUA 3O9NA 4XV0A 4PYSA 3OB8A 3CUGA 2WMGA 1JNEA 3THCA 1KR0A 4CU7A 1TCMA 2D0HA 2CBUA 1CZ1A 4Z2HA 2JFEX 1W9DM 3VGEA 3II1A 3UG3A 1I1XA 2EPKX 5I79A 4CN1A 2F2HA 3TP4A 3WDPP 1B3VA 1W9PA 1JZ7A 4M1RA 5JBFA 3JUGA 4YHEA 2TAAA 3VDAA 5CGMA 2WKLA 3DYPA 3M07A 3VMNA 4P7LA 3WY1A 4KRUA 1J01A 2VR5A 4BZYA 4FLQA 3SUUA 4JKLA 1CXIA 4LXFA 4JKMA 4OBRA 2ZIDA 1QW8A 4UQEA 4D6FA 1V3JA 3PZQA 2D2OA 3OA5A 1NOUA 4JL2A 5DT5A 1J12A 2O9RA 5EFFA 2YDSA 1G0CA 2W62A 3WH6A 1CGXA 1W9UA 1JYVA 3NUKA 4JCLA 2WZEA 3NYDA 3HN3A 1K9DA 4F9DA 1E1EA 1ZBCA 1JYNA 1OD0A 1HKJA 1QNOA 3VGFA 5A6AA 3AQUA 1FOBA 4BQ3A 4PEEA 1V02A 5CPQA 1GQLA 3ECQA 2WZHA 3VIPA 4U2ZA 4K68A 3WBEA 4WKFA 3RCNA 2WMHA 5A8QA 2VT0A 3WNNA 4D6GA 3WEZA 1UH3A 1UOKA 3AS3A 1HJQA 2CPUA 3AYSA 1MXDA 1VJZA 1E5JA 2ZX6A 1HX0A 1WKYA 5C70A 1V6XA 1E3ZA 2WK2A 1XYZA 4HZ6A 2XG9A 4AC1X 4E4PA 4PMZA 4JIEA 1E6SM 1FA2A 3AS1A 3TTYA 4J3WA 1BAGA 1Q6DA 4F66A 5JIWA 3PZNA 4ZXOA 1W1PA 1B90A 1C90A 4BCEA 2PWFA 3VM7A 1ODZA 3OLEA 5M17A 5M03A 3SCPA 3EMCA 3DHPA 4PMOA 5EBAA 2CBIA 4JZ5A 4CCDA 1LWJA 1UWIA 2EJ1A 2JIWA 3BC9A 3NDZA 2D3NA 4HA1A 1V03A 1H41A 3DHUA 2DSWA 3WMBA 3VIJA 1E71M 4PMDA 3CHDA 1GW1A 5FCZA 2X1IA 4QAWA 1H5VA 4HPGA 3IANA 2EQDA 4NF7A 2YJQA 3VPLA 1S46A 3SCRA 1GJWA 2BVYA 3BSHA 4ATWA 3EDFA 3WFLA 1JZ2A 3AMCA 1TUXA 4GZIA 2BS9A 3WF0A 3AIEA 2BXYA 2XVPA 3ARUA 1CXEA 3VD7A 5HXMA 4IUGA 1E55A 1X6NA 2XPKA 5GNXA 1XH2A 1FHDA 2J77A 2GK1B 3L4WA 1FP9A 2UY3A 2VMFA 5HOSA 2V3FA 3RJYA 1CYGA 3AHXA 3VINA 3CUFA 4KGLA 5BYWA 4AXNA 3FW6A 1B30A 1ODUA 4J3UA 4A3HA 3CHFA 4YPJA 3FN9A 1UWQA 3WD1A 3ARXA 1UD6A 2XVLA 3CUJA 4J3TA 3MANA 2YL6A 3W4RA 4PMNA 3LPGA 2W66A 2D0GA 3HU7A 3VIFA 4UFLA 4EKJA 4OZOA 3E1F1 2VR4A 3HMCA 1JDDA 5GNYA 3W38A 2DIJA 1UKSA 2GSJA 2YL5A 3LPFA 2EEXA 4LYQA 1OGBA 2DQXA 1DHKA 4W7WA 1UKOA 1JYXA 4AD3A 3AICA 3K8LA 1JD7A 1ISXA 2WMIB 2WC4A 2JF6A 1V3LA 2Y24A 3L4ZA 5CSUA 5A6KA 1QI5A 1I75A 1UKTA 1BQCA 4JCMA 1M53A 2AMGA 3U7VA 2WCAA 4AEEA 1LG1A 1JZ6A 3G6LA 4ACZA 1XCXA 3WQWA 1VB9A 1GHRA 2EPLX 3A4WA 1NOFA 2ZUSA 3ZT6A 3AFBA 3CO4A 1EQPA 1TA3A 2J25A 1W2VA 3U7BA 3VUPA 2VRJA 4W86A 1EHNA 2WCGA 3ALGA 1Z32X 2DT2A 4GQRA 1EA9C 1WDPA 4UFMA 1SMAA 3UR8A 2IXUA 1GCYA 3UESA 1W3LA 5D8WA 4HP5A 5IDIA 1XSJA 3AIBA 2X8RA 2YL9A 1Q6FA 2VC9A 2XFFA 3MSDA 3CHCA 3SCSA 3SCTA 5ABEA 1C93A 1GOWA 3IAQA 2ZUWA 3NSNA 4HA4A 2BHZA 4MPKA 2O9OA 2YL8A 5D9PA 1VEPA 1EIBA 1B31A 2OSWA 4Q22A 3OGVA 2UY5A 3S6TA 5I77A 1J0JA 3VX1A 4XB3A 4MADA 1EGZA 2D24A 3AZSA 1DWJM 2FHFA 1JG9A 2F61A 4RL3A 2XGIA 1EHAA 4BQ4A 4EE9A 3T0DA 1JXJA 2WW5A 1J11A 4P8XA 1GQKA 1CDGA 1V0NA 3W26A 3WNOA 4W5ZA 3N04A 2WVVB 1G9HA 3WF3A 2CIPA 4TXEA 4PTWA 4LYRA 3QOKA 4MNMA 3IJ9A 5E0FA 4JFVA 2WHLA 3WSUA 4ATLA 4PCTA 2FHBA 1HKMA 3AISA 1PEZA 3SCNA 2D23A 2E3ZA 3WUBA 4QLJA 4H8HA 2A3BA 1VF8A 3AS2A 3SUSA 4HMDA 1GZJA 3FAWA 1HVQA 1HT6A 3GH4A 4MNKA 4D72A 4TVCA 1E70M 3M7SA 4HU0A 2J7EA 1UUQA 3LPOA 1J0IA 1CXKA 2ESCA 3BAXA 3VD9A 1ECEA 5A2CA 3VOCA 4DM2A 3WH7A 4CVUA 2GJRA 4C7DA 3AIVA 5A8OA 4Z2IA 2QPSA 4TX8A 1TVNA 1WDSA 1PX4A 4BF7A 4UTFA 4W87A 2WC3A 1VFOA 1V3MA 3WNPA 3L4TA 5A2BA 2BY2A 3B9AA 4FLSA 3VD3A 3VDHA 2VVNA 1E6QM 4U31A 1QBBA 1LWHA 4S3KA 2ZOXA 3GNRA 3N12A 1QBAA 4D6CA 4URIA 4TUFA 1GVYA 4HU8A 5CLTA 2VZVA 1GNXA 3FXYA 1PJ9A 3NSMA 1LF1A 4ZE5A 1W91A 3HJEA 1RH9A 5A8NA 3WF1A 1XHGA 3OZOA 1OINA 1UD3A 2CBJA 4M80A 2J74A 5A2AA 3GM8A 1J18A 2JIEA 2Y5EA 2XVNA 3IJ7A 2YA0A 2ZX5A 2CESA 4H8VA 3POHA 5FD0A 4AIEA 3PN8A 2WM0A 3AHTA 3VKKA 4PUEA 1DWHM 3BAJA 2G3IA 3MMDA 1JYWA 2WC7A 2WAGA 3DC0A 1TFVA 1ZL1A 3RMEA 4HTYA 5ABFA 1KGXA 1E56A 4GPNA 1JFXA 1QI2A 2VO5A 2VZTA 2Z1SA 3RO8A 3MKKA 3VGBA 2YDQA 2W67A 2F8QA 5DO8A 1UR4A 4JFUA 3MUZ1 1NM9A 5GQBA 3SUTA 1HN1A 1XD0A 1E4IA 5LA2A 3U5YA 4NRRA 1ISYA 4EANA 3WNMA 1KXTA 5A6BA 5CPTA 2EXOA 2D22A 4PBGA 2IXVA 2AAAA 4A3YA 1FH9A 1VEOA 4PTVA 1GONA 4P7OA 1MXGA 2WWDA 2ZUTA 3VGDA 1CLVA 1JNDA 2X2YA 1OGGA 5E70A 2J7GA 2X09A 3WF2A 1HJWA 2WZIA 4UQCA 4OOZA 3N13A 1UH4A 4PMQA 4MAZA 1LL7A 3ARVA 1R7AA 4HMCA 1WZLA 2YA1A 3DECA 5IHRA 2A3HA 3POCA 4AIUA 1E73M 4MJ2A 3CIVA 3FAXA 1QOXA 4JAWA 3AHZA 3VIMA 1R7OA 4Z2LA 1VBRA 2YDRA 4MTVA 4WSKA 4E8CA 2VZUA 1C8QA 2CCRA 3BAIA 1XYFA 3WIJA 4AZIA 2ZXBA 1JAKA 1EDTA 3SCUA 5A6JA 2PWGA 4GKLA 3RM9A 3G6MA 4BQ5A 1C3FA 2CKSA 1W3KA 1HJVA 4OJYA 4NI3A 5BXTA 5DF0A 3SURA 1K9FA 3OLIA 4AIOA 4HZ7A 3GXFA 4UQ9A 3B9DA 4QCEA 1MW0A 3RILA 3VIHA 1QNRA 1H0IA 2J7DA 4Y7EA 4PCSA 4P7QA 1PIGA 1B0IA 1CXLA 5D9MA 3WENA 4ATDA 2O92A 1H11A 2W5FA 4AISA 5JUVA 1AQ0A 3WNKA 4R27A 4LYPA 2XVKA 1E3XA 4CN4A 2BY3A 4W7UA 3K4AA 1JZ3A 4X0NA 1UWSA 4CCEA 1V6WA 1B2YA 1WDQA 3TONA 4UOQA 1QI4A 4J27A 2E8ZA 4UOZA 3QHMA 4C7GA 2J4GA 1J0KA 1K9EA 1W9VA 3VDCA 3CZKA 1RPKA 1QNQA 4MDPA 1XH1A 3BSGA 2OWXA 2PF0A 3PTQA 1OM0A 3SCVA 1CENA 4JHOA 4HOWA 1LG2A 1UZ1A 3A47A 3TTSA 2FGZA 2WBGA 4W5UA 4CCCA 4CD7A 2O9PA 2CBVA 1TE1A 1QI3A 1J0YA 3W6LA 3WD3A 3ZJKA 4W88A 3KE0A 2WXDM 1UQZA 2J47A 2ZUMA 2ZE0A 1NWRA 5E0CA 2DT0A 2VUYA 4ZEPA 1ISZA 3OLGA 3PZ9A 2VCBA 3ARPA 1FHLA 4PSPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1L6F A;  1GHS A;  4WJE A;  4YCP A;  3SY8 A;  1A7X A;  3ZLF A;  4TV5 A;  1FKG A;  2C91 A;  3LG3 A;  3AU6 A;  4QLL A;  3HTW A;  2DZV A;  1EJR C;  4MZ1 A;  1DKW A;  1HIZ A;  4E8D A;  1EP3 A;  1U1U A;  3R0K A;  2C1I A;  2VC6 A;  1ZJA A;  3GDL A;  2X1U A;  1WDR A;  2RGM A;  1Q6I A;  1KXQ A;  2R91 A;  4X60 A;  1F2J A;  3JYM A;  4MUZ A;  3C2E A;  1QVB A;  4DRN A;  4A22 A;  1BPL B;  4BJH A;  3FKK A;  4QG9 A;  3KL0 A;  1XYM A;  1K3U A;  2V30 A;  4A05 A;  5CJM A;  5JBE A;  2BZN A;  4FLR A;  2AL2 A;  3W25 A;  1OCN A;  5D2W A;  5EPD A;  5F2G A;  1N8I A;  4FXJ A;  4X63 A;  4IM4 A;  2QUU A;  4U5K A;  4M6U A;  2I56 A;  4DF2 A;  4XZH A;  2PUR A;  1WP6 A;  4WF7 A;  5A3H A;  1R3W A;  1TWS A;  4DF0 A;  3W82 A;  2VRQ A;  4RDV A;  3TNO A;  7TAA A;  3VO0 A;  4S3F A;  3WQG A;  1GEH A;  4MKV A;  1KFJ A;  4N42 A;  3W2K A;  1W32 A;  4HOZ A;  5G2W A;  3WUG A;  1JI2 A;  3B3D A;  3OLD A;  3WH0 A;  1NF0 A;  4GO8 A;  1RXO B;  3U5U A;  1EJV C;  5DXY A;  5AYY A;  2O7S A;  2J7F A;  1H09 A;  4IQE A;  2CNC A;  2OOG A;  7XIM A;  1H3G A;  2BY0 A;  3DBP A;  4H8N A;  1MRQ A;  1GK8 A;  4MB1 A;  1SFS A;  2YBV A;  4D8A A;  4KFO A;  4A21 A;  1LJY A;  1BVN P;  1ZBK A;  2XWD A;  4LUJ A;  4B3Z A;  4TTU A;  5CGT A;  1D3C A;  4MWA D;  3KBN A;  3LPP A;  3SRF A;  3LU2 A;  5TNV A;  3T4C A;  1S1P A;  3PVF A;  3GTN A;  1ZSX A;  2ZXQ A;  3F4C A;  3CTL A;  3T2P A;  3VOH A;  2PZ0 A;  5EKY A;  2VCC A;  3QFE A;  2F6K A;  4YTU A;  1O6I A;  4JHZ A;  4F0H A;  3PZV A;  4NZ3 A;  3THD A;  1VJI A;  5CAK A;  2QVH A;  3AHY A;  4WDW A;  1FCV A;  1Q1C A;  3FAP A;  1VFM A;  2GPT A;  1LT7 A;  5DRC A;  3GG8 A;  2X0Y A;  3H70 A;  1XG3 A;  5A5W A;  4KPL A;  1I60 A;  3DDM A;  2XIQ A;  4B3L A;  5BRB A;  6TAA A;  4NZF A;  1FKS A;  1G01 A;  2FKP A;  5RUB A;  4RNF A;  1TTP A;  5CG7 A;  4DJD D;  5HBF A;  4E8G A;  4YS1 A;  3PTD A;  2DH3 A;  4QRO A;  3OZY A;  3PSW A;  3TN6 A;  1UR3 M;  5C8B B;  2G3M A;  4F2U A;  3RLG A;  3SEP A;  5LA1 A;  2OEM A;  3NQB A;  3STF A;  1PWL A;  1FKX A;  1TX2 A;  2EJA A;  1SSG A;  1EXB A;  2CKR A;  3BOF A;  4M24 A;  1U79 A;  4EP8 C;  3OVQ A;  5DQP A;  1F76 A;  4Y9N A;  4GY7 A;  1BYA A;  3ORW A;  2J9X A;  1XLI A;  3RHG A;  3O5P A;  4S3D A;  3UD6 A;  5A94 A;  4PMU A;  1WNO A;  1JEZ A;  4WJX A;  2WJD A;  2DZB A;  2D0F A;  5A8P A;  4JDB A;  1E40 A;  4IPN B;  3VKC A;  4GZE A;  3CWN A;  3R13 A;  3MCO A;  4UR7 A;  3BO9 A;  2XWE A;  3AS0 A;  3VA8 A;  2Y8K A;  1FWH C;  4PTD A;  3V5C A;  4FOK A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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