2PI6A

Crystal structure of the sheep signalling glycoprotein (sps-40) complex with 2-methyl-2-4-pentanediol at 1.65a resolution reveals specific binding characteristics of sps-40
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYTFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tryptophan as a three-way switch in regulating the function of the secretory signalling glycoprotein (SPS-40) from mammary glands: structure of SPS-40 complexed with 2-methylpentane-2,4-diol at 1.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 128
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2pi6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2pi6A01
4MAVA 4AD5A 3K8LA 1VFFA 2OSXA 4JHOA 2VUYA 2EEXA 3VDBA 1DWHM 3F5LA 3A47A 2DSVA 3VGGA 4UFJA 3WH9A 4HZ8A 3GXFA 3AHTA 3AMKA 3AMLA 3ZMRA 2E0PA 3WUEA 1E6PA 3KL5A 5CG0A 2WVVA 2YBTA 4PTXA 4YHGA 1AQ0A 4BQ2A 1C8XA 5M5DA 4R27A 1E0VA 1KGXA 1QI5A 3CTTA 3MV11 3WF1A 3UG3A 3TTOA 4B3LA 4CD4A 5I79A 4JL1A 4RE4A 2D20A 4AIEA 3SCSA 2XTKA 3CZ8A 1D3CA 7CGTA 2VC9A 3PZIA 3SUVA 2Z1KA 3AOFA 3UERA 4GO8A 2WM0A 4TUFA 3WH7A 2YL5A 2QLYA 2V5DA 5A6AA 1M01A 1N82A 2Y8VA 1R85A 1JD7A 4OBSA 4TXEA 5HXMA 4KH2A 1E15A 3ZJ6A 1CZ1A 4NRSA 2NT0A 2D24A 1QNRA 1UA7A 2ZX7A 2PF0A 1NQ6A 1WNOA 1Y7VA 2WPGA 2VCBA 2CBUA 4XZBA 1GVYA 1UD2A 4GINA 4DWSD 1XSIA 2EJ1A 2YL9A 3W38A 3BCFA 1PEZA 5IFPA 2PC8A 1OGGA 1BYDA 1V3IA 4DWSA 1PZ3A 3RMEA 4CU8A 2DIEA 1K9EA 2VRKA 3GBEA 3CGTA 1W1TA 4TX8A 3ZJKA 2YBUA 1C90A 1M7XA 2YA2A 4IISA 4JHZA 1TA3A 1J0ZA 4H8HA 3WEZA 2GJPA 1KWKA 4D6FA 3W26A 1KCKA 3ARWA 3RIKA 1E56A 2NSXA 2D1ZA 1MQQA 3OBAA 4GQRA 1E40A 3SUTA 4V27A 4GIAA 4MB3A 4A4AA 1UWIA 4W5ZA 3GZAA 3VINA 4W7WA 4Y7EA 2BVYA 4CVUA 1TVPA 4PUEA 3ZR6A 3AS3A 1LWJA 3UETA 2X09A 3CHFA 2XHYA 2BXZA 3IJ7A 1TCMA 4JFVA 1IZJA 1LF1A 1H2JA 3MO4A 4IM4A 4ZXOA 4A3YA 4FMVA 5BXRA 2VX6A 2VX7A 4AY1A 1V02A 3L2LA 1E6NA 5M3WA 4HMEA 3QOMA 2DSWA 4J3UA 2WMIB 1MVYA 3GXDA 4NI3A 2CERA 1YQ2A 3WMCA 4X0NA 3OLEA 4AZ7A 4CD5A 4MJ2A 4JFWA 3AZRA 3QHOA 3VIHA 3N1AA 2W63A 3EDKA 1HJVA 2EPNA 4PSPA 5FKYA 3WUBA 4NF7A 2WZEA 5AYBA 5GNZA 1QNQA 3UR7A 3HMCA 4KGLA 3SCPA 3ZT5A 4Z2LA 2D0FA 4JKKA 3WNOA 1ZBWA 1JYNA 2JE8A 3QR3A 1VRXA 1UUQA 3WFLA 4ZEPA 4TTGA 2DQXA 3SUWA 4GPNA 3N13A 2TAAA 1ITXA 1EO7A 3WD0A 2CYGA 2WK2A 4UQEA 3ZM8A 1J0JA 1ZS2A 1V6XA 3WEMA 5A6LA 3DYOA 3AMCA 5FL1A 1LG2A 5A6MA 6TAAA 2FGLA 7A3HA 1RD6A 2GK1B 7TAAA 2PBGA 3U5YA 5I24A 2YDRA 4FLSA 1QNSA 2VZUA 1E71M 4J3WA 3VVGA 1I1WA 2WLYA 3KL3A 1W3HA 3AIUA 3RM8A 1VFUA 1OBAA 2ZX8A 1B0IA 4M56A 1TG7A 4P7OA 4NZCA 1FH8A 3VM7A 4H7VA 3T2PA 1WAWA 1OGSA 3MSDA 2WB5A 5IDIA 1LWHA 3VIMA 1E4MM 4P7NA 2GFTA 2DT1A 4UFKA 3RM9A 5M03A 1KFWA 3S6TA 3ARXA 1UZ4A 4ATWA 4B9ZA 2EQDA 3WNPA 5CZKA 1CEOA 2XFFA 3M7SA 4HMCA 3EMQA 2WHLA 3SEPA 4OOUA 3VD4A 1F4AA 4J28A 4E8DA 3AHZA 1V6VA 2XYLA 5DF0A 2BFGA 2J7BA 2ZXBA 1E3XA 2VURA 3U7VA 2Y24A 1TR1A 2YA0A 3AIWA 4R5EA 4FK9A 2ZX5A 2D0GA 5CJ5A 2CBIA 3IAQA 2OWXA 2Y2WA 2DT0A 2VCCA 3IANA 1PBGA 3SCRA 2F2HA 1CGYA 1AVAA 4BZYA 3ARSA 4HA4A 1EQCA 3UCQA 1V3KA 2J47A 1CDGA 4XX6A 3N17A 1XCXA 4HU8A 1OD8A 3WQ6A 2BHUA 1J10A 3T2OA 1SR0A 3L4XA 2X0HA 3T2QA 3OZOA 2ZXAA 2J7DA 5HDRA 2ZX9A 4ZE4A 4U5KA 1G5AA 1VF8A 1CWYA 5EFDA 4NRRA 4UFIA 2VZOA 2ZX6A 1XC6A 3ZR5A 2VCAA 2J8FA 2VX4A 2WVVB 3CUFA 2AMGA 3ZJ7A 1M03A 2Z1SA 4HOWA 4W8LA 1ISZA 1PIFA 1QNOA 3W37A 2V3FA 1ZU8A 5CSYA 4L4OA 1BGAA 1MW3A 5JIWA 2J8GA 2G41A 2VOTA 4E2OA 3WNMA 1XSJA 2V38A 4QCEA 3AXIA 3AIRA 3MUAA 3CZGA 4PMXA 4L4PA 3VIJA 2D23A 1WPCA 3K8MA 3MMWA 3OB8A 4PMRA 4CN1A 1WDQA 2YOCA 3E1F1 4U3CA 4TVDA 1J11A 3N15A 1UD5A 3LPGA 5GNXA 3B9DA 1Q6GA 4DUXA 3WQ4A 3B9AA 1KXTA 5I2UA 5A2BA 3W6MA 2BY0A 3FW6A 2XM2A 4CN4A 3WH6A 3F5KA 1V0KA 1V08A 3AICA 3L4WA 4JZ5A 4UQAA 2QMJA 3VDHA 1W9XA 4WF7A 3GH7A 4V28A 3TTSA 2CESA 4AD1A 2CETA 3MKKA 1VIWA 3EDEA 1K6AA 1TA3B 2WMIA 1ZBKA 3ZT6A 2YJQA 1VEMA 1OWQA 4FF5A 1CLXA 3WY1A 4H8VA 1WB0A 1JZ2A 3VMPA 1W1PA 1JGIA 5DT7A 4JKLA 4U31A 2WZHA 4W8AA 2VRJA 2YLAA 1V6WA 2J7GA 4EAMA 1Q6EA 1TMQA 2WHJA 3VD9A 1CBGA 4LPCA 3VGBA 5IFTA 2CNCA 1E4LA 3ALGA 4HU0A 4JCLA 1VENA 1EH9A 5IHSA 4TVUA 1XRVA 3WEOA 1UR9A 4XB3A 4KMQA 1FFRA 1W91A 3BCDA 1M04A 4LYRA 2J77A 1Q4NX 1W9UA 5A2AA 5D9OA 2OWCA 1GOWA 1PPIA 4J7RA 2YDSA 1JZ4A 1E6RA 1UD6A 3ZOAA 3W27A 5A6SA 1XH2A 1HJQA 1IT0A 1FHLA 4GXPA 1CPUA 3K4DA 1E1FA 1AQMA 2GK1A 4AZ6A 4AC1X 1CIUA 5JUVA 4LGXA 1R8LA 2J7FA 1BYCA 1GHSA 2WKGA 4CD8A 4DM2A 3L4VA 2EPMX 5ABGA 1CNVA 4NSBA 3GNOA 1U2YA 5I3DA 3WH5A 4D1JA 1CXLA 1G01A 1KR0A 3W81A 2WMGA 2YLLA 1EHNA 1XSKA 3ECQA 4D71A 1DWAM 1UWTA 3BMWA 3VPLA 3O9NA 1BVNP 3W24A 3MUIA 3VTRA 3KL0A 1UKPA 1BG4A 1W2PA 2VVNA 4F9DA 4D6CA 4AW7A 5KZ6A 3FXYA 4M29A 1J9YA 3DHPA 3ZSSA 6CGTA 1WCGA 4D6HA 1W9VA 1W2VA 1CENA 4HA3A 3CHEA 3W6LA 5C70A 4ML4A 4JIEA 2VQTA 1H11A 4ZXLA 2JIWA 1HXJA 2UY3A 1QVBA 2WHMA 1UH3A 3F5JA 1J0KA 4LX4A 1CGUA 4N0RA 1B9ZA 1VB9A 4IUGA 1W1YA 1MFUA 3GXMA 2FH8A 3SUUA 3W29A 1BYBA 2ZUWA 3A4AA 4JFSA 2WHKA 2BS9A 4ACYA 1V03A 1TVNA 4AXNA 2OLHA 3CZJA 1CTNA 1KB3A 5DT5A 5FL0A 4D6DA 2FH6A 1OCQA 1UD4A 2JFEX 1SYTA 4BQ5A 5JIPA 2WVTA 2WNWA 1LL4A 2XVKA 3MUZ1 1UD8A 3VD3A 4EK7A 1L0PA 4W86A 3WDHA 4BCEA 4LYPA 3APGA 2VJXA 1NOWA 4QCFA 3AMGA 1OINA 5I77A 1UKSA 1XH1A 1JZ8A 2BV9A 4XV0A 3ALFA 2XFYA 3WQVA 3ARQA 3T0DA 3AISA 3AYSA 4EANA 3WFZA 3PHAA 4JFTA 3BLKA 1UKQA 3MSGA 2WVSA 3SIMA 2WCSA 5D9MA 1QBAA 4H41A 3WQWA 3UG4A 1ECEA 3EBVA 1NOFA 3NUKA 1WO2A 2YA1A 1XCWA 2BY1A 4PMDA 1D2KA 1MW1A 1G94A 2V3EA 2DT3A 4XUYA 3VIIA 2EBNA 2A3CA 4CUCA 1ODZA 4AYSA 3VNZA 4P8UA 3D5HA 1W32A 3FAXA 2GDVA 1KXVA 3K1DA 1NWUA 2ZOXA 4WJXA 4CVWA 1KQYA 1GVIA 2XGIA 4AZ5A 2DSUA 1EA9C 3EMCA 1CXEA 2FDMA 1O7AA 3RJYA 2E9LA 1R87A 5LA1A 1NWSA 2J78A 3ARVA 3L4UA 1E72M 2CPUA 1P6WA 1VBUA 4AMCA 2W66A 3OGVA 3FY1A 4CCCA 2Y8KA 2JALA 3BAWA 1KXQA 4P8VA 3EDDA 1QNPA 2PWDA 1B2YA 3WNKA 1QW9A 2WMFA 1PIGA 4B3KA 4P7QA 3LPPA 1R7AA 3M46A 4PTWA 1OIMA 3CMGA 4ZE5A 2VRQA 1KR1A 2G3NA 3O6AA 1C7TA 1W1VA 4W89A 4MPKA 1AMYA 4MB4A 1V3JA 2JEPA 1TZ7A 3WD1A 5CGMA 1KXHA 1NP2A 1RP8A 2OYKA 2G3JA 1EHAA 2WANA 3W28A 1UQZA 4Z2KA 5CLWA 2XWDA 4CD6A 2QMKA 2ZWYA 1JNDA 2EPOA 3OLDA 4MJ4A 3POCA 3HJEA 4H8UA 1HJXA 1MWOA 1E6SM 1JDCA 4D6GA 4TVCA 2OSYA 3GXIA 3WNLA 1JI1A 2O9OA 4BF7A 5C71A 2VZSA 5AYIA 3AS0A 4HPHA 3KZSA 3WUGA 1Q6FA 3AS1A 2MANA 1JDDA 2XJ7A 3QOKA 4J3XA 2JF6A 2CEQA 1TE1A 2CCRA 2CKRA 3PZUA 2C8NA 2WSPA 3AZTA 1UR2A 4U3AA 2FHFA 1UR0A 2BVDA 3IJ9A 1WZLA 3D3AA 3QHMA 4HMDA 2WSKA 2G4FA 2VR4A 5GNYA 2VVSA 3WF0A 2QF8A 3WDJA 2DT2A 3POHA 2D0HA 1V6UA 4J3VA 3J7HA 3HN3A 4M80A 3RPMA 1JAEA 3UEQA 2XIBA 1FA2A 1FHDA 1C8YA 3MMUA 1OSEA 1QOXA 3G6MA 1MQPA 1ESWA 1YHTA 1QI4A 2RGMA 1MYRA 1B3VA 5E0FA 1BSIA 4GI8A 1U33A 2J7EA 3I3EA 4Z2GA 1EOMA 1CGWA 1BAGA 3W53A 3CHDA 3TTYA 4UQBA 4BA0A 4UQCA 5HNNA 4U33A 4UR9A 4M24A 4Z2HA 2D3LA 2RGLA 1NH6A 2PWGA 2ZICA 4WSJA 4GI9A 3RO8A 4U2YA 4YN5A 2ZIDA 2BY2A 4WLCA 5D9NA 1W3LA 2QPUA 5DEZA 1HF6A 4GO9A 3T09A 1CXIA 1JIBA 1HT6A 3CUIA 2J62A 2CHOA 1B1YA 3MMDA 1US2A 4W93A 1WE5A 1HL8A 1J12A 2PWHA 4UNIA 4HOXA 4CCEA 5I6SA 1H1NA 3AZSA 3EDFA 4WKAA 1JL8A 3GBDA 2BY3A 3AXXA 3NDYA 2PWEA 1GONA 5EMYA 5A6KA 3A3HA 3SUSA 3WL0A 2OYLA 3WKZA 4OKDA 3WUFA 1JNEA 4PCSA 4V2XA 2OWWA 4J3SA 3VIFA 2JF7A 1BGGA 2NW0A 4E4PA 4E8CA 4W7UA 1RH9A 5JBEA 1JZ7A 3BAYA 3PBGA 2G8ZA 3OGSA 3K8KA 2UY2A 5F7UA 1UZ1A 2XSAA 1H5VA 1NM9A 2GJXB 3U7BA 4WKFA 3SCTA 5A69A 4AZBA 2HISA 4PYSA 2WWCA 1H0GA 4EE9A 1LG1A 3CO4A 1GQJA 1GCYA 2VR5A 3II1A 5CQ1A 3NSMA 1JF6A 4QFUA 2JIEA 3L4TA 5ABFB 5AC4A 1B30A 2XVNA 1GPFA 3N18A 1GOOA 2WAGA 3DECA 1XYZA 3AHXA 3BMVA 1GZJA 1JZ6A 3GH4A 1X6NA 3VIPA 5JH8A 2WCGA 3PTQA 3VGDA 1ISVA 1J0YA 5BXSA 1DTUA 4IPLA 4W5UA 3A4XA 1ZB5A 3RJXA 5AC5A 1DEDA 1HJSA 1DWGM 2VNCA 1M53A 1PX4A 3RM4A 8CGTA 5A8PA 3ARTA 5LYRA 5HOSA 1HP4A 3QHNA 1JF5A 2IXUA 1F4HA 3VD5A 4W8BA 1E0XA 2GSJA 2J7CA 3N9KA 3ZIZA 4UFLA 4W84A 2NT1A 1PJ9A 4D6IA 4GZEA 3N04A 1W9PA 4UCFA 1MFVA 5I23A 1UH2A 2DSKA 3VIGA 4PMQA 1V6YA 1GORA 2EPLX 3I3DA 5HBFA 4OIFA 2UY4A 1GNXA 3OLGA 5LA2A 5EFFA 4GZJA 3OLIA 2QPSA 3T0AA 1HKMA 1J0HA 5A8QA 4TOQA 1MQRA 3ZSTA 1GQLA 1XHGA 1R86A 1HVQA 2G3MA 3PZVA 4AIOA 1EOKA 4HOZA 2XSBA 4ACZB 3T0BA 3VD7A 4HZ7A 3WIJA 4A3HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5H8M A;  2RUC A;  2OSX A;  5AEC A;  3LSB A;  3F5L A;  4QQ3 A;  1YDO A;  4NZF A;  4UFJ A;  3GXF A;  3WUE A;  3KL5 A;  1YPI A;  3P61 A;  4IQJ A;  3PK7 A;  5AHF A;  5T9C E;  3RR1 A;  4YHG A;  2RH9 A;  2PEV A;  2INF A;  3HG4 A;  1XLJ A;  4J1O A;  4R27 A;  4R9X A;  3F4W A;  3P84 A;  4G6C A;  3MV1 1;  4B3L A;  1AH3 A;  3TTO A;  4JL1 A;  2D20 A;  3SCS A;  3CZ8 A;  3PBM A;  1Z41 A;  3SUV A;  5LNW A;  1WQ5 A;  5AB3 A;  3BAR A;  5F4X A;  3UER A;  3U3H A;  2QLY A;  5A6A A;  3JW7 A;  2MPH A;  2Y8V A;  4IMD A;  2Z1V A;  1FUY A;  1I2P A;  4TXE A;  1JRB A;  4Q4Q A;  3RHG A;  1CZ1 A;  1DXI A;  1QNR A;  3R94 A;  2PF0 A;  5C9R A;  1NQ6 A;  4RDZ A;  1KNW A;  5DMM A;  3MCM A;  1XBZ A;  2ADA A;  4GY0 A;  3R11 A;  4I5U A;  4DWS D;  4BEU A;  1EP3 A;  1XSI A;  2EJ1 A;  1IEQ A;  3W38 A;  5DCE A;  4GKT A;  5IFP A;  1OGG A;  1BYD A;  4DZH A;  3RME A;  3CUZ A;  4L65 A;  3B4Y A;  1ONE A;  4LRT A;  3GG0 A;  1P4C A;  4Q8Q A;  5CZ0 A;  1W1T A;  2GUU A;  2IKI A;  3H4W A;  5AC6 A;  1YTK A;  5CPM A;  4JHZ A;  1WKE A;  3K5X A; 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 3SCO A;  5E6Z A;  3WMS A;  4C7D A;  1QHO A;  4M81 A;  1EJW C;  4XWU A;  1E73 M;  2X8R A;  3GC5 A;  3H8A A;  1HIZ A;  1F3T A;  3W1T A;  3QLL A;  4MTV A;  4M1B A;  4HPN A;  1YDY A;  3TSD A;  3O8A A;  2MLY A;  5I02 A;  2WMH A;  1XV8 A;  5D09 A;  3LPO A;  4C6O A;  4UFM A;  1I0B A;  4F66 A;  2XH7 A;  1V0N A;  2OZ0 A;  5D05 A;  2AKZ A;  2G3F A;  3QF0 A;  5LNS A;  3WLP A;  4XQ6 A;  4KER A;  3EKL A;  5TQL A;  1MXD A;  4Y9P A;  1TZ9 A;  1R3T A;  3GFZ A;  4WCJ A;  4YYF A;  1I1X A;  4DJF C;  2DW7 A;  1D7H A;  2Y62 A;  1OCB A;  3IS4 A;  2PDN A;  1EP2 A;  4DRS A;  1GGO A;  4KEM A;  3LXB A;  5CZT A;  1JYX A;  3CLM A;  3LM3 A;  1Z48 A;  5D38 A;  4CD7 A;  3L2M A;  5A8N A;  1ZCN A;  4IG2 B;  2WC7 A;  1JYW A;  1E4I A;  4HN8 A;  1E0W A;  5IRP A;  3CL7 A;  4Q7I A;  4UWM A;  1E43 A;  4CEX C;  3WLQ A;  1JQV A;  2IF4 A;  3NDZ A;  4WSK A;  1UUM A;  2IKJ A;  4UOQ A;  1RJP A;  1XFC A;  2J74 A;  3VC5 A;  3WDR A;  1H1Y A;  1TRD A;  5GVJ A;  4DXX A;  4QS5 A;  5CZJ A;  5A8M A;  3W7Q A;  4AZC A;  2BB0 A;  4XZM X;  3M64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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