2PI6A

Crystal structure of the sheep signalling glycoprotein (sps-40) complex with 2-methyl-2-4-pentanediol at 1.65a resolution reveals specific binding characteristics of sps-40
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYTFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tryptophan as a three-way switch in regulating the function of the secretory signalling glycoprotein (SPS-40) from mammary glands: structure of SPS-40 complexed with 2-methylpentane-2,4-diol at 1.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 128
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2pi6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2pi6A01
1CGUA 2V5CA 3OIHA 4WSJA 4HP5A 5A1AA 2W67A 1VBUA 2G3JA 3VDAA 3AS1A 2EPMX 1WNOA 3AHXA 5BXSA 3MUZ1 1XGZA 2EJ1A 2NT0A 1BF2A 3S2CA 4UNIA 4LYQA 2FHBA 4KRTA 2XFRA 5CXPA 5ABFB 4PTWA 3AZRA 1OIMA 5M17A 4JHOA 2VZSA 1BFNA 4HA1A 4D6IA 1WDRA 4E8CA 2XFFA 5E6ZA 4W8BA 4BZYA 4UQBA 3WIJA 3CZKA 3DC0A 1CXEA 1NWRA 4EAMA 3IANA 2VRJA 3RJXA 3EMZA 4RE3A 3VMNA 3ARXA 1EDGA 1UKOA 4TVCA 3W25A 1BGGA 1VFUA 2PWDA 3KL5A 1W9UA 3ZJ6A 3WF3A 4A4AA 1EHNA 2O9OA 1RPKA 1TVNA 3AHVA 3DHPA 4U3CA 4AZBA 5BYWA 1UD5A 2OWWA 1JNEA 4AZGA 1OM0A 1N82A 4X9YA 4B15A 1JD7A 1GOKA 1JDAA 3QHOA 4DWSB 1DWJM 3GXFA 2CERA 1GZJA 4JFWA 2E40A 1GOWA 2G4FA 1JD9A 2V3FA 1FHDA 2OYLA 4P7LA 1XSIA 3VNYA 4Z2IA 1KQYA 2PWEA 2WNWA 2VZOA 5AYBA 1H11A 4J3WA 1ZJAA 2EO7A 1DWIM 3UG5A 3MV01 2WSPA 1LL6A 2WM0A 4MDPA 4E2OA 2YOCA 1PZ2A 1CWYA 4P8WA 2YBTA 4M80A 4WF7A 1GQLA 3CZ8A 1VB9A 4ZXLA 3NCOA 1VEMA 1GHSA 3WN6A 1BGAA 1JZ2A 2XVNA 4HU0A 3KL0A 3NSXA 4H04A 1E43A 4EE9A 1C90A 4J3TA 3WFLA 1V3HA 4UFIA 3PTMA 4PSPA 4AEEA 3ARWA 1BG4A 1V3LA 3U57A 3WFZA 5JIPA 2UY2A 2UY3A 5M03A 2A3HA 5IFTA 3VIGA 3F5LA 3RIKA 4J7RA 2XWDA 2UWFA 1EA9C 1G0CA 3WNOA 3WD0A 3CHFA 3N18A 1BVNP 3WH7A 1J9YA 1ZJBA 3UESA 4OZOA 2YBUA 3AQUA 4YPJA 1GORA 2AAAA 3W38A 5A8QA 3KL3A 4PYSA 4CU8A 3I3BA 1ZU8A 1HIZA 1PAMA 1JAEA 3WF4A 2WC3A 1Q6CA 1OIFA 3K8MA 1BHGA 1ZBWA 1W3JA 1EHAA 4HZ7A 1RH9A 3WNPA 3EYPA 4L4OA 4S3JA 3W4RA 2XGIA 3EDEA 1LWHA 1WZAA 5CPSA 3ZJKA 3DYPA 4AC1X 3SIMA 2EQDA 3B9AA 1CXKA 4HA4A 3IJ9A 3B9EA 1C8QA 1WAWA 1FHLA 2BVTA 3L4ZA 1W9BM 2VL4A 1VEOA 1NM9A 3WH5A 4W5UA 1J0YA 3KZSA 1GCYA 1KCKA 1UZ4A 1RP8A 2PWHA 3A4AA 1HJWA 4PMNA 3QOMA 4PUEA 4NI3A 2BVYA 1OCQA 2WCAA 2XPKA 4IUGA 1JXKA 3O2LA 3JUGA 2X09A 1XCXA 3CUHA 4N42A 5BRPA 5AC5A 3BSHA 1EOKA 1UD2A 2DIJA 1J12A 2VO5A 2WVUA 2O9RA 1BTCA 2VZUA 1CGTA 4E8DA 4AIUA 3WUEA 2VRKA 3WDQA 4P8UA 1XSKA 3VD9A 2PC8A 1E6QM 2FH6A 1QNQA 1VAHA 4OBRA 2PWFA 3FNDA 1C8XA 5FIPA 2WMIA 4MNJA 1BYDA 2WSKA 1K9DA 3VMPA 5FD0A 4E4PA 2DH2A 3WD4A 1QHZA 1U30A 2CHNA 3WEZA 1H09A 2JEPA 4HU8A 4Q7NA 1I1XA 3CUJA 4W7VA 4WJXA 1UUQA 4ACZB 2GUYA 3SUTA 1QNPA 1DHKA 3WL1A 2GJRA 3BAWA 3CHCA 2J7CA 4JAWA 4M1RA 4B3KA 1KWKA 2VX5A 3ARVA 1L0PA 2Y8KA 4IM4A 3RPMA 3VGGA 5FCZA 3F5KA 1GW1A 1WB0A 2WCSA 1X6NA 1V0KA 1HJQA 4MJ4A 4FLRA 2WZHA 3ARQA 2Y24A 1R85A 2WWCA 1OSEA 1R87A 1AQ0A 2JE8A 1PX4A 2Z1KA 4AD2A 4QCFA 4OOUA 3T2PA 3WDIA 4CD8A 3NSMA 4D6JA 4GPNA 3GTNA 2VR5A 2HVMA 4JFSA 3BAXA 3QOKA 1UH4A 1MQQA 5EFFA 3MS8A 4PTXA 3RO8A 4OOZA 3IAQA 4GO8A 1HNYA 2FHFA 4FLSA 1UWRA 4MTVA 1KCLA 4AEFA 1JL8A 1SMDA 4JCLA 3WD2A 4U33A 1ISWA 3SCWA 1PIGA 3WMSA 1H1NA 3ZR6A 2Q8XA 1ECEA 2DT3A 3VDCA 3VGFA 3W26A 2VT0A 2TAAA 3KEHA 1R7AA 4MB4A 3BMWA 4DWSC 2D3LA 1FH7A 4NZCA 5A6SA 4A3HA 3F4VA 4CD4A 3ALFA 3UCQA 3ZT5A 4KMQA 1MW0A 2JF7A 1Z32X 3WMBA 2V3GA 3MUIA 1WKYA 1ODUA 3VD5A 4DWSA 1BAGA 2W4XA 2Z1SA 3AIEA 3NDZA 4UQDA 2VUYA 2JIEA 1HVXA 5A2BA 4LQ1A 4X0VA 2OSXA 1R86A 2J7GA 5F7UA 4D6CA 1HP5A 2JIWA 2GJXB 4ML4A 3WH6A 3VIFA 4U2ZA 3ZR5A 4CN6A 1O6IA 1UYQA 2ESCA 1E3ZA 1WZKA 3APGA 4MB5A 4AD0A 2G3IA 2J7BA 1V03A 5D9NA 1U2YA 3TTSA 3ZSSA 4DM1A 4U2YA 3AXXA 4CVWA 3OGVA 1ISXA 1QI2A 1CTNA 4AZ7A 3AISA 1KWGA 4CD6A 3AXIA 1TZ7A 1UD8A 5HPCA 5BXTA 2RGLA 3EDJA 2PWGA 3T0BA 3I3EA 1J0ZA 4IPNB 2WVVB 2XSAA 4CGTA 3TOPA 3ZT6A 4JCMA 1MFVA 1AVAA 5C71A 2XTKA 1EQCA 4ZE5A 1MQPA 1JYNA 1DWHM 2OSWA 1GUVA 2BV9A 3SCUA 2CBUA 3PZGA 4YN5A 1NARA 5A2AA 3T0DA 4TXEA 1HF6A 3ZT7A 1KXTA 2D0GA 1E6ZA 4P8VA 2Y5EA 2CCRA 5CQ1A 4PUDA 5I78A 5EFDA 1E0VA 4A3YA 2E8YA 1J11A 3U5UA 1I1WA 1UWTA 3N13A 1LF1A 1VIWA 3OLIA 4BQ2A 2WZIA 5HNNA 2XIIA 3VIHA 3HJEA 2G41A 4AIOA 1QW8A 1LWJA 1JNDA 4MADA 1MYRA 3ZJ7A 2W92A 1PIFA 4GQRA 2DSKA 5JIWA 1EDQA 5A6KA 1TMQA 2W66A 4EANA 6A3HA 1ITXA 3CHDA 3AMCA 3U7BA 1AMYA 1UD3A 4QLKA 3UETA 3WKZA 3WQ4A 1TA3B 2WMKA 4LPCA 1UA3A 2YDRA 4PCSA 3AFBA 1E70M 4U5IA 1J0IA 1W3KA 3A47A 2WAGA 3CPUA 1UH3A 2JALA 1CXFA 3HU7A 2YA2A 4AWEA 2VCBA 4GI8A 2E9LA 1BLIA 3BCFA 3CO4A 3UR8A 1HKMA 5BROA 2QLYA 2YL9A 2VCAA 1GHRA 1B3XA 2W5FA 3CUGA 5HDRA 3OLEA 2VOTA 1JI1A 3WNMA 4LYRA 4FLOA 4ATWA 1JZ7A 1HJUA 1I75A 1W2VA 3PZNA 2VCCA 2J62A 1H3GA 3GH4A 1P6WA 4B9YA 4DWSD 5D8ZA 3BAJA 1UA7A 2XSBA 5JBDA 2V5DA 4JL2A 3RM4A 3A4XA 2EPLX 5AY7A 2WHMA 3GH5A 3L4XA 1MWOA 2OLHA 1E6SM 1W91A 4D1IA 3PHAA 2E3ZA 3MMDA 4ACZA 2FH8A 1SYTA 1VFMA 5BWFA 4J28A 4P7OA 5D8WA 3WDHA 3GXIA 3VDHA 2VNCA 2YL5A 3BLPX 3PZUA 5ABGA 1W1TA 2JFEX 3BH4A 1BVZA 3W28A 1W1YA 4H2CA 2J8GA 4JKMA 4AD3A 4TOQA 1DTUA 1BG9A 4PMVA 1GQIA 3CLWA 4B9ZA 1NWTA 1M01A 1VEPA 4JFTA 2ZWZA 1B3YA 2OWCA 1EO7A 1BYBA 4PCTA 3S6TA 3N12A 3OBAA 3T0AA 3CZEA 1JZ5A 1UWSA 4WKHA 2OWXA 2AOSA 4D6GA 5DFAA 5I24A 4L4PA 1M7XA 3RM8A 3UG4A 1ZBCA 1HKKA 3CTTA 3AHTA 3GNOA 3WMCA 2BFGA 2D22A 1E4LA 3EBVA 4PMRA 1EOMA 1CPUA 3VIMA 1CIUA 3NIYA 3NDYA 2GDUA 1UKTA 5A6JA 2ZE0A 1W1VA 4HMDA 1OT2A 1HP4A 2J4GA 4OBSA 1EIBA 1HT6A 4R27A 2VZTA 1GQKA 5DO8A 4CD5A 1W9PA 1E0XA 3AMDA 2D23A 2GFTA 1PJ9A 1MQRA 5IXEA 4PRWA 1Y7VA 2VR4A 2J7DA 1WO2A 2E9MA 4UZUA 5CLTA 2D0FA 5DT5A 2PBGA 2VVNA 4DM2A 3WQVA 2WMFA 4PMYA 1ISZA 3MKKA 4H8VA 4NF7A 5D9OA 1M03A 1JAKA 4WSKA 1QVBA 1MW3A 3AYSA 4KRUA 2WYSA 3GH7A 5ECUA 5BRQA 4AZCA 2W61A 5LA0A 1XCWA 1XYZA 1JDDA 2J77A 5FL1A 3TTOA 4F79A 1FA2A 3VD7A 4UTFA 5IFPA 3AOFA 3WQWA 7TAAA 2DSWA 2YL6A 4H8UA 1B9ZA 2OYMA 4W87A 4XX6A 1UR8A 2DT1A 4M8UA 3GBEA 2XM2A 1ZS2A 1NOWA 3VM7A 1KBBA 1UR1A 3TTQA 5CGMA 3B8SA 3TONA 5DEZA 4OIFA 2E9BA 1QBBA 3OZOA 5D9PA 2ZXQA 3N1AA 2Y2WA 1H49A 1UR2A 4UFMA 1IZJA 2AMGA 2W63A 3OLDA 3ALGA 3ARRA 2WB5A 3ZSTA 1E4MM 3VD4A 4WLCA 4D72A 2CETA 4CVUA 3O6AA 2VX4A 1L8NA 1WCGA 3MMUA 3VGHA 1SR0A 2QF8A 2WWDA 3SUWA 1J01A 2O9PA 3GM8A 4PMXA 3NJ3A 2A3BA 2ZX8A 2MANA 1LG2A 1XD1A 2ZX6A 3AMGA 3EMQA 1E0WA 3GNPA 3AIQA 1YHTA 3PZTA 3L4YA 3MANA 2GK1B 3WQ8A 1OINA 3T08A 2WXDM 1ZBVA 3ARSA 1D2KA 4P8XA 1E1EA 1KQZA 3AS2A 3CUIA 1KGWA 2FHCA 3TTYA 3VVGA 2QMJA 4NRRA 1FP8A 3PZ9A 4GKLA 3K8KA 2BXYA 4DUVA 2QV4A 3MUY1 2VX6A 4BF7A 4JZ5A 1M53A 1U33A 3VNZA 4MJ2A 3RDKA 2EPNA 3OB8A 1BSIA 3VILA 3L4TA 4WKFA 2ZX7A 3WDPP 1KGUA 4MB1A 2D1ZA 5M3WA 1VRXA 1QBAA 4UQ9A 3W29A 1J0JA 3VPLA 2DEPA 3SUSA 3BAKA 4UR9A 1J0HA 1B3VA 1CGYA 4GZEA 5BXPA 1MW1A 5E09A 4CUCA 1VENA 1UWUA 1ZL1A 3TA9A 5CPTA 2A3EA 3D5HA 3U5YA 1OGGA 2E0PA 3LPFA 5DF0A 1QHPA 4Z2JA 1UR0A 3OGRA 4GZIA 2D20A 3VGEA 3CZGA 2ZX9A 4KGLA 4TVDA 4HMCA 3WF0A 1QHOA 2DIEA 2GJPA 4JIEA 4P7NA 4AXNA 4CU7A 2WLZA 5E0FA 2HISA 1GQJA 5A95A 1H0IA 3W6MA 4BQ4A 3N17A 3GXMA 1FOBA 3WENA 1GOQA 4BCEA 1KXQA 4D6EA 3K4DA 4H7VA 4C7GA 1WPCA 2XVPA 2VX7A 1BPLB 1CYGA 1PEZA 1H0GA 1WDSA 3FXYA 3VIPA 2J7HA 2WMJA 3VIKA 2J7FA 4PMQA 2D2OA 2CPUA 1CGVA 1KB3A 5HXMA 3K8LA 5CLWA 4PBGA 6CGTA 2ZUSA 4KGJA 2ZXBA 4AIEA 4BA0A 2DSUA 1GNXA 4TTUA 1NH6A 5ABFA 1D7FA 2ZWYA 3VKKA 3GNRA 5A6AA 1UOKA 2IXUA 1E55A 1XYFA 2WANA 3AYRA 3PZVA 2YDQA 4P7RA 4M81A 3WH9A 1GVIA 5I6SA 3LPPA 3AZTA 5BCAA 4MDOA 4FLQA 1VFOA 4M24A 5A8OA 1Q6FA 5HOSA 1JYXA 3FAWA 2DT0A 3CGTA 5A6LA 1HJSA 1QPKA 3WF1A 3PTKA 4FMVA 2WBKA 4PMOA 2GVYA 1CLVA 4FK9A 2BS9A 3OZPA 4GIAA 5GNZA 1G01A 4XV0A 1W9VA 3WUBA 3AJ7A 2ZOXA 1XD0A 1W1PA 4HOXA 2CKRA 3SUUA 2J47A 8A3HA 3BXWA 2W62A 1B3WA 4ZE4A 1E6PA 2DDXA 4AZIA 1PX8A 1XC6A 2DSZA 2XGBA 2RGMA 3HN3A 3W37A 1PX3A 4PN2A 1KBKA 1CXIA 1E6RA 2VTFA 1KXVA 1WP6A 3IAPA 3WH8A 4ZFMA 3A6OA 7CGTA 2J78A 3DECA 2G3NA 1B3ZA 2VVSA 3K4AA 3AICA 2J7EA 1E15A 1K6AA 3W0KA 1PZ3A 2WHLA 3LPGA 4HPHA 3MMWA 1HVQA 1C93A 2BXZA 1OWQA 3WL0A 1HL9A 4JHZA 3UEQA 3E1F1 1HX0A 2VC9A 3BAIA 3L4VA 1EXPA 4F8XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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