2PI6A

Crystal structure of the sheep signalling glycoprotein (sps-40) complex with 2-methyl-2-4-pentanediol at 1.65a resolution reveals specific binding characteristics of sps-40
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYTFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tryptophan as a three-way switch in regulating the function of the secretory signalling glycoprotein (SPS-40) from mammary glands: structure of SPS-40 complexed with 2-methylpentane-2,4-diol at 1.6 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 128
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2pi6A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2pi6A01
1V02E 4D6FA 2CHNA 5E09A 2XM1A 1JYXA 4CCCA 3WQ5A 3ARTA 2DEPA 2V3FA 3WH5A 1O7AA 1Q6DA 4UFMA 5LA1A 3IAQA 4DWSB 1QHZA 4A4AA 3SEPA 1ZBWA 2EPLX 2E9LA 1D3CA 5ECUA 1CXLA 4JKLA 4ATDA 1ODZA 5C8BB 1HIZA 3WH9A 3O6AA 4JHOA 1R86A 3ZO9A 1VEPA 4PSPA 3SCOA 3BAJA 1KXHA 3K1DA 1GQJA 2XVPA 2JF6A 3AIRA 2AMGA 3VIMA 1QVBA 4PCSA 3PZQA 4AMCA 1KFWA 3W53A 2BY3A 3BSHA 1BTCA 1DEDA 2CBVA 2FH6A 1E15A 1B3YA 2NSXA 3BMWA 1NQ6A 1CXKA 2E9MA 5LYRA 3DHPA 3N11A 4UQEA 5AYBA 3W29A 4R27A 5DT7A 5CLWA 1JZ4A 3ZR5A 1MQQA 5BXTA 1X6LA 4B3KA 1EOMA 3CHCA 5I79A 4DWSA 2RGLA 5FL1A 3RCNA 4PEEA 3PTKA 1GOWA 4B3LA 4UOJA 2ZE0A 1JFHA 1C3FA 2CBIA 3W28A 4J3UA 3MUY1 4UFHA 1QI5A 2E0PA 1TFVA 2D23A 1EIBA 3WQ8A 5FL0A 2GDUA 1JAKA 1VBRA 4MTVA 2OWXA 4Z2KA 2A3HA 1MW0A 3ARZA 1CGYA 2WVTA 5GPRA 3BGAA 1CXEA 2CESA 3M6DA 3EDJA 1GQKA 5C70A 1TCMA 2WWDA 5F7UA 4MB4A 1UWIA 4PRWA 5I6SA 1IZKA 4XX6A 2XSAA 3U5UA 4CU7A 4AD0A 4E2OA 2X09A 2O9OA 2XHYA 1GPFA 1ZB5A 5CGMA 1FP8A 2EPKX 1LWHA 2O92A 3PZMA 3WL0A 5M03A 3CMJA 2YJQA 2BHUA 2NW0A 3WF2A 1E6QM 1MFUA 3OBAA 5AYIA 4NF7A 4UQAA 2YL9A 1IZJA 2WCGA 4E4PA 2XFYA 3W27A 3WDIA 3D5HA 1E73M 1JZ8A 1BAGA 1CGTA 3CH9A 1JDDA 4AIUA 5D9OA 2D0FA 3VIPA 4A3YA 5BXSA 1YQ2A 2J7EA 3F5LA 5A6JA 3WSUA 4NRSA 2VQTA 1WDRA 4W84A 5D9PA 1CDGA 4EK7A 4D6EA 1EHAA 4W7VA 2EXOA 2UY3A 2WPGA 4PMVA 3MMDA 4DUXA 2ZUSA 3EDFA 4AWEA 4QLJA 3RO8A 1QI3A 4Z2JA 1TA3B 3TTOA 3WDHA 3CZ8A 1G01A 1MYRA 3CHFA 1FFQA 4CCEA 4WKFA 4ATLA 1MXDA 1BPLB 3ZSTA 2JFEX 1V3MA 1QNSA 2WBGA 1GHSA 2VR5A 1H3GA 1V3LA 1JIBA 4MNKA 1K9DA 2Y8KA 4HMDA 3NDYA 1GNXA 2Y5EA 2XUCA 3MANA 1RD6A 4CN1A 4IUGA 3RPMA 1SMAA 4CD6A 4GINA 1KR1A 3ZOAA 4Z2GA 4AD3A 1E4LA 4QCFA 4TOQA 1UR0A 1CXHA 2CERA 3BC9A 1ZJAA 3PHAA 2VRKA 4D6DA 1BGAA 1DWJM 1B30A 2C7FA 1X6NA 4UQCA 1VF8A 1TA3A 3PZGA 2ZUTA 2XSBA 3VTRA 4MNLA 4AD2A 1XRVA 3OZPA 6CGTA 5I78A 3CIVA 1EDTA 1V3IA 1LLOA 4OKDA 1SFSA 1GJWA 1C8XA 1ZBKA 3WEOA 1G0CA 1OBAA 3CGTA 2ESCA 3AZTA 3WL1A 3EMQA 3OZOA 1JXJA 3EMCA 1G94A 2WSKA 3AIWA 3FY1A 2EJ1A 4MB1A 3VGHA 4L4OA 1J0HA 3ZJKA 3WF1A 3PZOA 1CPUA 4PUEA 3WFZA 2YL5A 4EE9A 4JFTA 2CBJA 3GNOA 1HT6A 3MMWA 1JZ7A 1TR1A 2OYMA 2W4XA 3WBEA 5FIPA 4FF5A 1EO5A 3K8LA 3AZRA 3AMDA 4D1IA 1EA9C 4TUFA 2PC8A 4QP0A 3FN9A 3WH7A 3WMBA 4GI6A 4AXNA 1MW2A 1CGUA 3RJXA 3KEHA 4HZ6A 1XH1A 4WJXA 2Z1SA 2G3JA 2OYLA 4HOZA 4FLQA 1E0XA 3W6LA 5A8NA 3AMGA 1CBGA 4P8VA 2D24A 3AFBA 3EBVA 1U33A 2D3NA 2G3NA 4QLKA 4WF7A 1NP0A 1PX8A 4GXPA 1R7AA 2PF0A 2UY5A 2DH2A 4BZYA 3ALFA 1E4NA 4GO8A 3WEZA 3APGA 3K4DA 4MJ2A 1W2PA 1I1WA 1R85A 5CG0A 2QLYA 4AZIA 5BROA 5CZKA 1FHLA 3ARWA 4E8DA 3MS8A 4GQRA 2PWHA 2VCCA 3AXXA 1JAEA 1CNVA 2WM0A 1JD7A 1EXPA 2C0HA 4UQ9A 5GQBA 1VEMA 3PZIA 2E9BA 2WBKA 1CTNA 2Y24A 4ZFMA 4BCEA 1UD5A 2ZXAA 2UY4A 4OOZA 2EO7A 4Z2HA 5JH8A 1JZ2A 1E6NA 1WDPA 2J62A 4AIOA 1M03A 3WD2A 1JGIA 3RIKA 1AVAA 1WDQA 3WDRA 5D9NA 5CPQA 6TAAA 4HMEA 3EDEA 4U33A 1AQ0A 1MVYA 3GDBA 1J0KA 2XJ7A 1HP5A 3TOPA 4KWUA 4PMQA 4LPCA 3MV11 3U5YA 5A8PA 8A3HA 1OM0A 2WW5A 3CZEA 5E6ZA 1ISZA 2WXDM 4UR9A 1KQZA 3WIJA 1WZMA 2ZIDA 2FH8A 4LYPA 4D1JA 1UWQA 3SCNA 1KGUA 3BH4A 3N15A 1UZ4A 1E6SM 2XGIA 4XV0A 4TVDA 4C7FA 1PJ9A 3B9EA 1JDAA 3SIMA 2HISA 4W93A 3CZKA 4D6HA 4D6IA 1UZ1A 3ZJ8A 1AQMA 2WHLA 4V28A 3PZVA 1E4MM 3L4XA 1JZ6A 2WVUA 1HP4A 1LL4A 1CLVA 4AZ7A 4AD4A 5BRQA 3FW6A 1EHNA 4LQ1A 2Q8XA 5JBFA 1M7XA 4U3AA 4MDOA 1FH7A 1B1YA 4XZWA 4KGLA 4OUEA 2VJXA 1V3KA 3NJ3A 4M81A 2VUYA 2CPUA 2X2YA 3I3BA 1UKTA 1V3JA 2XFFA 2WHJA 2E40A 2XGBA 1JD9A 4AZ6A 2A3BA 2WC7A 3N17A 1TVPA 2VVNA 4W89A 1SR0A 4PYSA 1JYWA 5A8QA 4UZUA 3AYRA 2D22A 4GIAA 1K9TA 1C7TA 2YIHA 2E8YA 3QGVA 1CGWA 2XWDA 3VKKA 2FHFA 5A8MA 1XV8A 4PBGA 4CVWA 3L4WA 2BXZA 2YA0A 2BHZA 1H1NA 4E8CA 2QMJA 1VAHA 3VGDA 5CJ5A 4U2ZA 3WDJA 4JFWA 4JIEA 5CQ1A 1UQZA 3F5KA 4F66A 2CITA 4YN5A 4NSBA 3QR3A 5DMYA 2O9TA 3ARUA 3LPFA 5A6SA 1J18A 1UWRA 4M56A 1UKSA 1H49A 3BCDA 1UR2A 2XWEA 3RM4A 1A3HA 3MKKA 1E40A 1PAMA 1QHOA 3NSMA 1H4PA 4UCFA 4MDPA 3U7BA 4DM1A 5IFPA 3I3EA 1KBKA 4JAWA 5JUVA 3WF0A 1UH3A 2DSWA 1FP9A 3UG3A 2OLHA 2F8QA 3ARPA 2J4GA 5DEZA 3VIGA 2V3DA 1E3ZA 3AI0A 1CGVA 3MUZ1 4ZENA 3VOCA 1HL9A 3NYDA 4ZXOA 4HPGA 1XYFA 2FGLA 1OGBA 1WZAA 5A8OA 3N04A 3A4WA 4D72A 1H5VA 1E6XM 1B90A 3WFLA 4CD5A 3NSNA 4TTGA 2ZXDA 3AIEA 2WKGA 2DT3A 3NUKA 2F61A 1R7OA 1H11A 4HA4A 1QW9A 4PTMA 5GNYA 3NSXA 4WIWA 3LMYA 3ZT6A 2BFGA 4OOUA 2FHCA 1E43A 1VBUA 1H09A 3WQ4A 2EPNA 2F2HA 3VINA 5KEZA 1UR9A 4AY1A 1K6AA 4DUWA 1UR4A 4CU6A 4XZBA 3PZNA 1TVNA 4HU0A 4V27A 4V2XA 1W1VA 3GH7A 5A6LA 1BG9A 3ZM8A 2ZX8A 1MW1A 1ITXA 5ABFA 1XCWA 2WNWA 1ODUA 1W3JA 3WQ6A 1H2JA 4LX4A 4UOQA 2WHKA 2Z1KA 1TUXA 3FHAA 3N18A 4AEEA 1BGGA 5BCAA 1GORA 4BA0A 1Q6FA 2BHYA 1W2VA 2V5DA 4PTWA 5M5DA 4BS0A 5A69A 3FHQA 1UH2A 4PN2A 1E1FA 2AOSA 5A2AA 1CYGA 1K9FA 4YPJA 1NWUA 1WZLA 2DPEA 4HOXA 1VJZA 2FHBA 1K9EA 4EKJA 5A6BA 1J0YA 2JEPA 1VEOA 2VX7A 1JL8A 4X0VA 2VZVA 3AS3A 1C93A 2BVTA 3SCWA 3D3AA 4W5ZA 2VL4A 1TZ7A 3W24A 4UNIA 2D0HA 3AXIA 2ZX7A 2JALA 2WVVB 2A3AA 3VU2A 1DWIM 3ARRA 4PTXA 2VTFA 2GDVA 4M1RA 1OIMA 4CN6A 3OLDA 2XIBA 3AZSA 3KL0A 1OD8A 2WMJA 4IPLA 2DIJA 3IANA 1PZ2A 1XH0A 3L4VA 1HJVA 1C8YA 4KRUA 3EMZA 1W9DM 3CUGA 1EH9A 1PZ3A 3BLKA 3W6MA 3VMNA 3W4RA 3T2PA 3SURA 1Q6EA 3SCTA 1XD0A 1QOXA 1QHPA 1JG9A 3VD7A 1UHVA 3FAXA 3WY1A 4HP5A 1XCXA 1V6YA 2ZUVA 1HKIA 1BYAA 1V6UA 1Q6GA 4S3JA 2UWFA 1C91A 2WVVA 4H41A 1WNOA 1W9BM 2HVMA 3ZT5A 3SUVA 1CIUA 3A4AA 4LYQA 3MU7A 3IAPA 2VX6A 2XVGA 2W66A 1B2YA 3BCFA 2CKSA 3WUEA 1VJSA 4CD7A 5A94A 5E9AA 3EDKA 4H8VA 2MANA 3AISA 1UD3A 1JI2A 4UQBA 4GZIA 1E4IA 5A95A 2G4FA 1PX4A 3JUGA 4ZEPA 1CWYA 4WKHA 3UCQA 2BXYA 4MPKA 3IJ9A 1SYTA 3KL3A 3UR8A 3M7SA 1WO2A 3CUHA 1VIWA 1ZU8A 5GNXA 1TE1A 5M3WA 3TA9A 3DYPA 2WVSA 1NP2A 1RP9A 3AXHA 4W8BA 4LXFA 1EQPA 4AIEA 2VQUA 1UD6A 4ZE4A 2BY1A 2WK2A 1WPCA 2WMHA 1EOKA 3PZUA 1V3HA 1WDSA 1UKOA 2JIWA 2CXGA 1B31A 4CN4A 3VIOA 4KGJA 1LJYA 1BQCA 4TX6A 1B3ZA 3WNMA 1E56A 3ARVA 1QNRA 1L0PA 3T2QA 4S3KA 1VFMA 4U5KA 3U7VA 3OG2A 3VMPA 3II1A 1D7FA 2ZOXA 1E0VA 4CGTA 1HKMA 2DIEA 4DWSD 4M29A 1C8QA 1WCGA 2VCAA 3AIVA 2WLZA 3WF3A 1Q4NX 3VD3A 3WUBA 4W88A 4W7WA 3IJ7A 5I2UA 2ZX9A 3HJEA 1KWKA 3W26A 5D4YA 1SMDA 5CSUA 1V02A 1MXGA 1B3XA 1E72M 3WMSA 3K8KA 3QHMA 2X0YA 4AEFA 4N0RA 3WENA 3AIBA 2PB1A 4P8UA 4B9YA 4BF7A 4JFVA 1LWJA 5A6BD 1LL7A 1XYZA 4AD1A 2WCAA 2YL6A 2GFTA 2ZUNA 4HPHA 4LYRA 3VGFA 5I23A 3MSGA 3OLGA 4JCMA 4HZ7A 2PBGA 3PBGA 4IISA 1ECEA 1WZKA 5ABEA 4R5EA 2PBOA 2WZHA 1US3A 4AYSA 1F4HA 4JZ5A 1HX0A 2FGZA 2WZIA 4PTVA 2WHMA 3BAKA 1QNPA 3VGBA 3PZTA 5JBDA 3GBEA 2A3EA 1NOFA 3O2LA 4PSRA 2WLYA 4QFUA 2BS9A 3NDZA 4XB3A 1WKYA 3RMEA 1UD2A 2W61A 1FOBA 3A6OA 4UOZA 4TTUA 5FD0A 2OWWA 3L4ZA 2ZX6A 1CGXA 3THDA 3T09A 3K4AA 4W7UA 3GH4A 5CSYA 4W8LA 1MFVA 1KB3A 1OWQA 4AC1X 2YDRA 2WCSA 3AIUA 4AZBA 1EQCA 3TONA 4EAMA 2WWCA 3VM7A 2VRQA 1LQ0A 1UA7A 1UR1A 3GXDA 3SCPA 1ISVA 3POCA 3S6TA 1UD4A 3IK2A 2CHOA 2ZUUA 5EBAA 1V0MA 2CNCA 4J7RA 1GOKA 4DWSC 4D6JA 4WSJA 3TTQA 1HJSA 5HPCA 2J74A 2W92A 4CD8A 5D8WA 1NM9A 2XPKA 3AMCA 2XVLA 3M46A 4P7RA 2VZTA 1KBBA 2DH3A 1ISXA 2WSPA 3OLEA 2J7DA 3MO4A 3KL5A 3PZ9A 1GVYA 1V6WA 2J47A 5HDRA 5A2CA 2ZWYA 4GQQA 1DWGM 2WB5A 3CZJA 5LA0A 4ACYA 5HNNA 2VR4A 1MQPA 4K68A 4CKQA 4PMXA 1QI2A 2VZSA 4IPNB 5IDIA 1HKJA 3GXIA 2VC9A 2QF8A 1PIFA 3T0BA 3AROA 1B3VA 1QI4A 4OJYA 3VILA 1W1PA 1G9HA 2QPSA 4X0NA 4JKMA 2JE8A 5CGTA 2EPMX 3WELA 1OT2A 3VO0A 1M01A 1OD0A 3ARYA 4N42A 1W3KA 5I0DA 1HF6A 2XIIA 4P7NA 2BV9A 1JYVA 4H04A 4WKAA 3VD5A 5BRPA 4CD4A 4FLOA 1W3LA 1WAWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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