2PI6 | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	361
structure length	361
Chain Sequence	YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYTFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__285654672180181__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__285654672180181__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2PI6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__285654672180181__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"285654672180181","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2PI6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__285654672180181__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd6fbb989982d829558cef/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd6fbb989982d829558cef/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd6fbb989982d829558cef/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd6fbb989982d829558cef/pdb.gz): 110 ms

reading 361 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

361 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:360});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein
publication title	Tryptophan as a three-way switch in regulating the function of the secretory signalling glycoprotein (SPS-40) from mammary glands: structure of SPS-40 complexed with 2-methylpentane-2,4-diol at 1.6 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitinase-3-like protein 1
total genus	128
structure length	361
sequence length	361
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-04-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	2pi6A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2pi6A01

3EDKA 2ZUTA 5JIWA 5AYBA 3K8KA 3AJ7A 1M03A 1QI2A 3BC9A 4PBGA 2J4GA 2BHUA 4BF7A 2Q8XA 3SEPA 3AHTA 4CCCA 4CU7A 3DHPA 3VMNA 1GVIA 4LYQA 3N1AA 3NIYA 5BRPA 2CITA 3T2OA 1HVQA 1HT6A 1UWTA 4S3JA 1GOQA 1OSEA 2YIHA 1GONA 3AHYA 1LLOA 4Z2LA 1XSIA 4ACYA 2CBVA 1XC6A 3VNZA 4GO9A 1PZ3A 1PX4A 4ATDA 3KZSA 2GVYA 4MB4A 1HJXA 3WUBA 3KL0A 3L4ZA 1C7SA 5D9MA 1ITXA 1L0PA 3AYRA 4OOUA 4AZ6A 2WCAA 4UQDA 4Z2GA 2X2YA 2WMKA 1MQQA 1NP0A 2BVYA 1LL6A 2YA0A 4N42A 2VL4A 4UQBA 1CGVA 4RE4A 3W28A 4D6JA 3CUFA 3WL1A 2BY2A 5CPTA 1E0WA 1B3WA 4AD5A 3WDHA 2X0HA 2CEQA 2X0YA 4AIEA 2EPMX 1W1PA 3SCTA 1JDAA 2DIJA 1V08A 2EBNA 2YJQA 2G3MA 5FIPA 3NSXA 4JL2A 3VIKA 2EO7A 1WZKA 3ZT6A 4MTVA 3PZQA 3WQ6A 4LQ1A 2CNCA 2VCCA 5DF0A 3WF3A 3CMGA 4CD6A 5I2UA 1VFFA 4J3WA 3W38A 1WDQA 4D1JA 2BY1A 2ZXBA 3VU2A 1JAEA 2W62A 3AZRA 4H04A 1JXKA 5GNXA 3F4VA 2ZUUA 3AHVA 4P8XA 3UETA 3WF1A 1W9DM 4PN2A 1KB3A 3AI0A 3U5UA 1H4PA 2WHKA 5A6BA 3PZVA 4JIEA 1MW2A 2XVKA 4TVUA 3BAXA 2DT1A 1EO5A 5AYIA 1VAHA 2HVMA 4M81A 5IFPA 3K8MA 3AMCA 1PEZA 2E9BA 2O9OA 4CGTA 1A47A 2Y4SA 3WQ8A 2OSYA 2XVPA 5FL1A 3WDPP 1E73M 1VEPA 3OGVA 4PUDA 4PRWA 5I79A 3AMLA 4M80A 1GQJA 5AY7A 3LMYA 4UQAA 4E4PA 5BXRA 4D6HA 3SCPA 2NSXA 1OD0A 5FL0A 4W84A 2G3JA 4W93A 5E09A 3EDFA 1ODZA 1NP2A 2WCGA 8A3HA 4AXNA 3ZOAA 3FY1A 1W3HA 2FHFA 4D6GA 4W85A 3K4AA 1UG6A 1TVPA 2CHNA 3PZUA 4DWSC 2YLAA 4GO8A 4AC1X 4UFKA 3QOKA 1PIGA 4JKKA 1UZ4A 3EMZA 1E71M 5EBAA 2PBOA 3W37A 1G01A 1JZ3A 1Q6EA 3FW6A 3LPPA 1XRVA 3GXFA 3VGBA 3GBDA 5EMYA 1UKTA 4CD8A 4UQ9A 3W0KA 3AXXA 2VJXA 3WNLA 3U5YA 4C7GA 2UWFA 4U3CA 5AC5A 3BAYA 3WUGA 1JYVA 2WHJA 3VIGA 1B0IA 1CENA 2JIEA 4F8XA 4PMYA 5I0DA 3SIMA 3IAPA 3B9EA 4E2OA 1V3KA 3BXWA 2D2OA 3MO4A 1ESWA 1QW9A 2Y2WA 4JFWA 1JFXA 1BHGA 4DM1A 5DEZA 5D8WA 4MNLA 4M82A 4ZFMA 3WFZA 3TONA 1RP8A 1HJWA 3D5HA 3VGFA 1WB0A 4NRRA 4CKQA 3QHOA 3DYMA 3RCNA 2YA2A 1AQ0A 1Q6CA 2WVSA 4BQ4A 3BCFA 1J10A 3PN8A 3MV01 4U5IA 1ISWA 1J0HA 4PCSA 3UEQA 5BXSA 4H7VA 4P8WA 1E4NA 3AIQA 4LPCA 1IT0A 4P8VA 2J7DA 2ZUNA 4CD7A 4QCEA 3TTQA 3AMDA 3W53A 3VILA 3MU7A 1WO2A 2YL5A 4YPJA 1B9ZA 5A6SA 4CUCA 2DH3A 1LJYA 1JD9A 1UR2A 4U5KA 4AZ5A 2DGAA 1FP8A 4TX8A 1CZ1A 4FLOA 4PMOA 1JZ4A 2CXGA 1VENA 5ABFA 1OM0A 5A8MA 4TTUA 4DUVA 1XHGA 1JFHA 4J28A 2Y8VA 3T09A 1VEMA 1V6VA 4W7UA 1IV8A 2Z1KA 1FH9A 2RGLA 3ZT5A 4AD4A 2J8FA 4WSJA 2V3GA 2BFGA 2W5FA 2QLYA 1UD4A 2YKKA 4CU8A 2E40A 3PZ9A 1JYXA 2AOSA 3WNNA 4TUFA 3K8LA 2D3LA 2VX6A 2PI6A 2WZEA 4IUGA 1YHTA 3WDJA 2CCRA 4W8LA 3ARYA 1KXQA 4FK9A 1D7FA 1JI2A 4D6IA 2YBTA 3ZM8A 3WUEA 4C7FA 3ARTA 5A1AA 4U31A 1MFUA 4WJXA 3WEZA 5KZ6A 1XYFA 2G3IA 3AIVA 3AZSA 4OIFA 3GNOA 4J3TA 3ARXA 3IAQA 2XGIA 2E0PA 4FF5A 4W8AA 4PMUA 1BQCA 4J3XA 1E3ZA 4AZHA 1B3YA 1BG4A 3NYDA 1XV8A 4TX6A 4PYSA 1KWKA 4AMCA 3WNOA 2XM2A 1CBGA 1Q4NX 3PZNA 4AD0A 1HX0A 3UG5A 4J7RA 4OUEA 2VR5A 1XH2A 3FXYA 1QVBA 2CYGA 1C8XA 1CXIA 2WM0A 3IANA 3EDJA 3OA5A 2VRJA 3OZPA 4AIUA 5HBFA 1JZ7A 4UNIA 2A3AA 5BWFA 1H0IA 4WLCA 3OLIA 3VMOA 5E70A 1TCMA 3VDBA 4PMVA 1OT2A 1B90A 4BA0A 5IDIA 2WC4A 1KGWA 4PTXA 3HN3A 5TD4A 2J7EA 4GXPA 1VFMA 3OLEA 1BVZA 3M7SA 1GOKA 3UG4A 4B9ZA 5CSUA 1E40A 2WANA 1GJUA 1WDSA 1BYCA 3O6AA 2WHLA 4NI3A 1JIBA 1G1YA 2ZX7A 2BVTA 3AIWA 3T0DA 3WD1A 3CZKA 3BAWA 2JF7A 2GJRA 4OBRA 5JBEA 1TUXA 2WCSA 4F79A 3SCQA 2VVNA 1W9UA 4RE2A 4WK9A 3I3EA 1G5AA 1LL4A 3VVGA 1X6NA 1KXVA 2BY3A 3GXMA 2D0FA 3PTKA 1R8LA 4MAZA 1Q6GA 3AROA 5DO8A 2ZX8A 2ZUMA 4U3AA 5D4YA 1NOWA 3W6MA 1DEDA 1SMDA 2GK1B 1FFRA 2E8YA 1I75A 2YLLA 1OB0A 4XZBA 3MSDA 2QV4A 1B3ZA 1R7OA 1PX3A 4JFSA 3F5LA 3ARWA 1K9EA 5CJ5A 1VF8A 2DSKA 4IPLA 2J78A 2PWFA 3BGAA 2WLZA 4CCDA 1J01A 1J18A 1ZS2A 2DPEA 2C7FA 3ZT7A 3QHNA 4UQEA 2CETA 1LWHA 1GNXA 1DWFM 1D2KA 4HOWA 4GZJA 2YBUA 4OZOA 4DWSB 3U7VA 3WKZA 3VD5A 2NW0A 2E9MA 2G8ZA 2QPUA 3GBEA 2YOCA 1QNQA 4H8UA 1HJQA 1F4AA 3WL0A 1WZMA 2AAAA 3T0AA 1DP0A 1X1NA 3POCA 3ALGA 1FHLA 3WMBA 1VFUA 4H41A 5JH8A 1JYWA 2J62A 3K1DA 3CTTA 4D6DA 4LYRA 4PSPA 1W3JA 1GORA 1UWIA 1ISXA 4WIWA 1E5NA 5E0CA 3WENA 1QI5A 5A8PA 5CQ1A 2PC8A 4AIOA 4Z2KA 2DEPA 1AMYA 3WQWA 4UOZA 4JCLA 3GH7A 2Z1SA 3G6LA 2D23A 3N12A 2NT0A 4AZCB 1V0NA 2VT0A 3N17A 3BLKA 2WSKA 2VX7A 3VIOA 3AS2A 3GH5A 1GPFA 2YA1A 3AXIA 3TA9A 5E0FA 4D6CA 4UOJA 2DSZA 4P8UA 3L2MA 4P7QA 2G41A 5BROA 1A3HA 1OGBA 1LF1A 1GHRA 4P7OA 4F9DA 1E0VA 2G3NA 4WKHA 3VM5A 3VMPA 3BLPX 1TA3B 2W92A 3WELA 3TP4A 2VQTA 4MB5A 4AZIA 3L4VA 2J74A 1WKYA 5BXTA 4FLSA 3NDYA 5HNNA 2DSUA 2ZOXA 3ZJKA 3F5JA 3VKKA 4W7VA 3W27A 3SURA 1J0JA 2J25A 2YL9A 3CZEA 1E6ZA 4LX4A 3SUVA 2V3FA 4UFLA 5HPOA 4MDPA 1QOXA 4IPNB 1EDQA 1ECEA 2WMIB 3ZJ8A 4JFUA 1E55A 3IK2A 5FOOA 9CGTA 2WZHA 4F66A 3GM8A 1HF6A 2Y5EA 1OD8A 1K9DA 1WDPA 1UKQA 2XVNA 1NOFA 1UD2A 2GJXB 2VQUA 2J7BA 4PMZA 3W6LA 1EH9A 1DWHM 4UFIA 1UKOA 1QW8A 1UHVA 4ACZA 1HKMA 4A4AA 3EYPA 3A47A 4MADA 4B3LA 1JDDA 4HU8A 1WZLA 3RM4A 1EA9C 1J0ZA 4GI6A 2PWHA 2CHOA 5BYWA 4GQRA 1M01A 3SCNA 1J11A 3WH5A 1MQPA 5C71A 5BCAA 3MUY1 4MJ4A 2VCAA 3ARZA 1JZ8A 4N0RA 4BCEA 3CMJA 4R5EA 3VGGA 1BVNP 1EDGA 5CSYA 4CN6A 1H3GA 1MW3A 1GVYA 2BS9A 2WNWA 3ZR5A 1UQZA 4B9YA 4QCFA 1DTUA 1DWGM 1UQYA 2BXYA 4FMVA 1GQLA 1TFVA 4UQCA 2WWDA 1DHKA 1UA3A 6CGTA 1KGUA 2X05A 2OSWA 1GJWA 3NDZA 5D8ZA 2JF6A 1J12A 4QLKA 1BTCA 3AIEA 2F2HA 2D0HA 2ZUSA 4RL3A 3ZJ6A 3WUFA 3LPFA 3AMKA 3M07A 1KCLA 2VR4A 3FAWA 2OWWA 1UR8A 1CXKA 5LYRA 4AD3A 1OCQA 4KRTA 2ZXQA 1VBRA 1CYGA 4ATLA 4UCFA 1H2JA 1CXFA 2JEQA 5JIPA 2BY0A 1DWIM 1KXTA 2WPGA 1EDTA 1Z32X 1HP5A 4GZIA 2DT0A 2ZIDA 2FDMA 1LQ0A 4UR9A 2A3HA 4S3KA 5ABHA 4AISA 4BQ3A 3ARRA 2YDQA 4PUEA 4JZ5A 1JL8A 2WYSA 4TVCA 1EOMA 1H41A 1JNDA 1FH7A 2E4TA 1Q6DA 1JI1A 1HP4A 3VD7A 2ESCA 1TVNA 4B15A 2XYLA 1FA2A 1E6RA 3VX1A 5IHSA 4CU6A 1HVXA 3KEHA 2J77A 4L4OA 3AIUA 1PBGA 5CLTA 3F5KA 1N82A 2ZWYA 3PHAA 3AHZA 2DSVA 2FH8A 2XWEA 3MUAA 1J9YA 1HKJA 2V5CA 2CBUA 4ZENA 3W81A 3I3BA 1BPLB 3N11A 1US2A 4ZE5A 3VD3A 2W91A 4XUYA 3VD4A 4B3KA 2WZIA 1KQZA 3B9DA 2YL6A 3RPMA 1ISVA 2DH2A 1BSIA 3II1A 3K4DA 3UG3A 3GTNA 1X6LA 2VNCA 1WNOA 1VB9A 2ZUVA 2DT2A 3VGDA 2EEXA 3THDA 2J7FA 1HJUA 1UD5A 3CO4A 1MW0A 5I6SA 1WCGA 5DMYA 2YDSA 1PX8A 3TOPA 1HN1A 3AQUA 1QI3A 3RO8A 1R86A 2CERA 2WMHA 4GINA 1V0LA 4V27A 2J47A 3HMCA 3WD4A 4W87A 3GZAA 4HA1A 4PTWA 4QFUA 1V03A 1JG9A 4K68A 1CECA 1KR0A 4PCTA 3AS3A 3ARSA 4AWEA 5HXMA 4NF7A 1MW1A 4LXFA 4W5ZA 3ZJ7A 1E15A 3WMCA 5I23A 1WP6A 4UFJA 4E8DA 2GDUA 4NRSA 2ZXDA 4J27A 3BAJA 5LA0A 2JEPA 2WVVB 1GOIA 3IJ8A 2QF8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FVP A;  2RUR A;  3F4W A;  2RH9 A;  4TV5 A;  2DG9 A;  3AZT A;  3BQ6 A;  3LS9 A;  3UCC A;  3ZLH A;  2XG9 A;  1I1W A;  1KTC A;  2VZO A;  5LA1 A;  1V6W A;  4RZ6 A;  4S3A A;  4QDM A;  3W85 A;  2FZD A;  2FTP A;  2PWG A;  4DEF A;  2EHH A;  4BEQ A;  3H4X A;  3R0U A;  1G4T A;  3VKJ A;  2V5L A;  3LXA A;  1UR1 A;  3AXH A;  3M46 A;  5F1V A;  5DML A;  4H00 A;  4DWD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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2PI6A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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