2QF8A

Crystal structure of the complex of buffalo secretory glycoprotein with tetrasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Secretory Glycoprotein with Tetrasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2qf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2qf8A01
2G3MA 1ISZA 2WC4A 1CENA 2DSZA 3F5KA 1JD9A 3K1DA 4YHGA 1W1YA 5C70A 2XPKA 1ZU8A 3ZO9A 1B9ZA 2PBOA 3SCSA 1UR9A 2VNCA 1TZ7A 5BYWA 1C7TA 3I3EA 3WELA 4ATLA 1BVZA 3N15A 4MB4A 7A3HA 1US2A 2XSAA 1IV8A 3T2QA 2VZSA 1UKOA 4BQ3A 2JE8A 1BHGA 1E6RA 2WMJA 3HN3A 2Y5EA 4RE2A 2YDSA 4CCCA 3WQ5A 3WNPA 1B3ZA 3OA5A 1WZLA 4YHEA 2PBGA 3BAWA 2IXVA 3GM8A 1BPLB 4M80A 2G4FA 1H3GA 3N9KA 5HOSA 4J3UA 3OBAA 3AICA 5CPQA 2XHYA 4PSRA 1TA3B 3CHDA 1C92A 1JGIA 1UH4A 4L4OA 1PEZA 2WWDA 2D2OA 1XCWA 4TUFA 2BHZA 2X0HA 1UWSA 2D0FA 4OUEA 3VIPA 3VM7A 1V08A 2UY3A 1CTNA 3AHVA 5BRQA 2IUZA 4S3JA 4Q7NA 1HJSA 2AAAA 1JDCA 1JD7A 1MWOA 3IJ8A 3WL0A 2CITA 3WBAA 1TVNA 3FAXA 3WDQA 4LYPA 4MAZA 1OM0A 1NOWA 2VR4A 5I2UA 5D9PA 1GOWA 2O9OA 1E6PA 4EANA 4HOZA 2GVYA 3SUTA 1LLOA 5FL0A 1ODZA 4J28A 2JALA 2OSWA 4CVWA 1TE1A 1VB9A 1G5AA 2RGMA 2VJXA 4KGJA 3O6AA 4MDOA 1K9DA 3OZOA 1C8QA 3ZJKA 3T09A 4D6IA 3BAXA 2ZICA 4ZFMA 2Z1SA 3WDPP 1E1EA 4EKJA 5CJ5A 1CPUA 3WUEA 2O92A 4XZBA 4X0VA 4YN5A 2DT2A 2W66A 3AI0A 4LYQA 2DEPA 4UR9A 3RCNA 1KCKA 1FH9A 2WBGA 3PZVA 3WKZA 2DT3A 4M8UA 1MXDA 5BXPA 2GFTA 1Z32X 2XWEA 1GOIA 4AIOA 3A4WA 1B2YA 5DT7A 4WJXA 2YLLA 2X05A 3WNOA 1QNRA 2XJ7A 2E3ZA 1E4NA 1JZ6A 5CLWA 1KB3A 4UFJA 5HNNA 4NF7A 3BCDA 2WAGA 1R8LA 2WANA 3EMZA 2E8YA 1RP9A 1UKQA 4PUEA 5KEZA 1H49A 4D6EA 2W92A 1PPIA 3AYSA 2ZOXA 1OIFA 1CGUA 1HN1A 3ZSTA 2V3GA 4QLKA 5BRPA 1HVQA 2WHMA 4E4PA 1VFOA 2WC3A 3KEHA 3VMNA 1OIMA 4M1RA 2WVVA 1W9XA 3LMYA 3GNOA 4HA3A 4U2YA 4W7WA 5I5RA 1V6XA 2D24A 1WKYA 1ISWA 5EFDA 4IPNB 3ARUA 1QI0A 2RGLA 1BAGA 3T0AA 4M82A 4E8CA 2YA2A 1JXKA 4W7UA 3SCUA 4TXEA 1UG6A 3ZR5A 3VDAA 2BVDA 2JEQA 4AD5A 3B9EA 2VR5A 3GYCA 3PTMA 2DPEA 1CXFA 2E4TA 4AZCA 4GPNA 3POHA 3ZR6A 4TVCA 4W8BA 4GI8A 4UQDA 3GNRA 5CSYA 3ZT5A 3B8SA 4B16A 3OIHA 3U5YA 1HNYA 3OGRA 1JI1A 3K8LA 1VBRA 3WNNA 4U31A 3EDJA 1B30A 2J74A 3WF4A 3AHXA 4XB3A 5CG0A 1V0MA 2V3DA 1IT0A 4ATWA 1PBGA 2E8ZA 2OYKA 5I78A 4MDPA 1HKKA 1LWHA 1Q6FA 3VGBA 1Q6DA 2CHNA 1E72M 1QI5A 2CIPA 1ISVA 1H11A 1QVBA 2WXDM 3ZIZA 3PZNA 5FOOA 5CSUA 4JAWA 3MO4A 1V6VA 2ZX7A 1J12A 1V3JA 2PB1A 1W3HA 1BSIA 7CGTA 4MJ4A 3CZGA 2CXGA 1C93A 3W81A 3AS2A 1NQ6A 4PMZA 1MQQA 4V28A 1BFNA 6TAAA 3RDKA 3PZUA 2NT0A 4UQBA 3KE0A 5JUVA 3ALFA 4BS0A 4CVUA 1W9BM 3NYDA 1W1VA 4W89A 5A8NA 4KWUA 3W24A 1Q6CA 2BNJA 1DEDA 1UWQA 5C8BB 3CZ8A 2FGLA 3CGTA 4OBSA 4UFHA 2UY2A 1TUXA 1UWIA 3AXHA 2D3LA 3AYRA 3PZTA 4D71A 3ARZA 3UG3A 2XSBA 3W25A 1AQHA 3WFLA 1JZ8A 5A95A 4PMXA 1CLVA 3WMCA 4P8WA 4Q22A 2CBIA 1DWIM 1E3XA 1UHVA 3SCRA 3BH4A 3VNZA 1HKJA 1GONA 3ARTA 1W2PA 5AYBA 2HISA 1OWQA 2ZXAA 2J8FA 4TX6A 1E3ZA 2XGBA 5IFTA 1EO7A 1TG7A 1F4AA 3UETA 1LL6A 1UKTA 3AIUA 3L4XA 4QDMA 4PMDA 1QOXA 4CKQA 2OWWA 3N1AA 3OGSA 4AIEA 2C7FA 3M7SA 3AMGA 3AOFA 5I3DA 3WDRA 1MVYA 2JEPA 1GHRA 4J3XA 2YL8A 3UESA 5CGMA 1QNPA 4WSJA 1TA3A 1XH0A 4TX8A 4B3KA 4TTUA 4CCDA 3AIEA 2DT1A 3U7VA 3FHQA 3WY1A 4MB5A 5IDIA 2WK2A 4UOJA 4WLCA 1CWYA 2B31A 2J79A 2YOCA 3GNPA 4AEEA 4F9JA 4B9ZA 3HMCA 2XGIA 3WFZA 2WZIA 3AIBA 4B3LA 1QNQA 3GH7A 3AMDA 3D5HA 1BG4A 3MS8A 3OLEA 1UWUA 4GZEA 3WIJA 1LWJA 2OSXA 2XIIA 3DYPA 3W6LA 4CN6A 1R86A 5CXPA 3AIRA 4M29A 5HPCA 1XSJA 1A3HA 1VFMA 3W0KA 1DWHM 2EPOA 3VIJA 2PF0A 1GJWA 2J7FA 1CBGA 5M3WA 4UNIA 5A6BD 1GQKA 3VVGA 2J7BA 1NWTA 4ACZB 3PTQA 3BSGA 3ARPA 3AQUA 2EPMX 3WN6A 4W88A 4OZOA 2WCSA 4HOXA 5ABFB 3QOKA 1E70M 5AY7A 1HF6A 5D9OA 1BF2A 4ATDA 2J77A 2WKGA 4H04A 2YL5A 3QGVA 3E1F1 2QPSA 1G1YA 1QNSA 3D3AA 3ARYA 5I0DA 2J62A 3WBEA 2FDMA 1NH6A 2DQXA 3AMCA 3CZEA 4CU7A 1EO5A 3TTSA 1V3KA 2XTKA 4J3WA 3VMOA 1QHZA 2WMHA 2WM0A 2X09A 4V27A 5I24A 2BY2A 4CN4A 4DUVA 3LPOA 1B3VA 1IZKA 3J7HA 3WMBA 3QHNA 3SCOA 3WEMA 1NOUA 4BQ4A 4ZENA 1J0IA 1QNOA 3PBGA 1V6UA 2DIEA 2MANA 4MNMA 2GK1B 4WKHA 1RPKA 3VKKA 2DH2A 3II1A 3MV01 4KGLA 4PMUA 1CYGA 1M7XA 3AIVA 2WKLA 4JHZA 1R7OA 3BLPX 1ESWA 1GOQA 3FN9A 3LPGA 1JAEA 1CNVA 4CN1A 1CXHA 2WVUA 3W26A 3GZAA 4UFKA 2WHLA 5LA1A 4FMVA 4E8DA 1XYFA 3FW6A 2ZX6A 3CTTA 4BZYA 4S3KA 1G0CA 1GVYA 1HVXA 2ZE0A 1BG9A 1VAHA 3WH5A 4FLQA 1GQJA 5A2AA 2C8NA 4D72A 1ODUA 2J7GA 1JFXA 1SMAA 1UR4A 1L8NA 4D6HA 2VVNA 3CUFA 2WB5A 1UH2A 3FNDA 3SCPA 2WMIB 1WCGA 1CDGA 3TOPA 1M03A 5A94A 4H8VA 4EE9A 2NSXA 4AZHA 4AW7A 1JYWA 3WQVA 4P7LA 2D3NA 3WUGA 1JL8A 3RM9A 2GDUA 4AD0A 5DF0A 1J18A 1EXPA 4R5EA 4CGTA 3CHCA 4LX4A 3GXIA 3EMCA 3RM4A 5JH8A 5A6JA 5DMYA 3NCOA 1KCLA 4F66A 3PZMA 1OINA 4HPGA 3THCA 2GJPA 3WNLA 1QI2A 1VENA 3GH4A 3L4VA 3RJYA 2CETA 3WQ4A 1OT2A 3W28A 1HIZA 3LPFA 4PSPA 3OLIA 5BWFA 1B1YA 4DWSB 1HP4A 4D6JA 1G01A 1EA9C 4PEEA 1JG9A 2EJ1A 2ZUWA 4PCTA 1C90A 5JBFA 2ZX5A 1CZ1A 2EBNA 3DYMA 1V3MA 4H8HA 3WD2A 2D23A 3T08A 1GUVA 2JF7A 1OD8A 4H8UA 3W27A 1W32A 1K6AA 1DWJM 3O2LA 1NM9A 2XWDA 5A6MA 3L2MA 1U2YA 4GQRA 4P7NA 3F5LA 4U2ZA 3T0BA 2OYMA 2CBUA 1LL7A 3SCWA 5E9AA 1H2JA 1HT6A 1CLXA 4RE3A 1E5NA 3PTKA 1EDQA 3UG5A 5CPTA 5HPOA 4L4PA 4W93A 1JXJA 3AFBA 4XX6A 2IXUA 1PZ2A 1HX0A 3PHAA 3I3BA 1WDPA 3IAPA 1HJVA 2GJXB 1XV8A 4J3TA 2BY3A 1UOKA 5GQBA 5A6SA 3RIKA 4C7GA 4U5IA 5A8MA 2EPNA 2D0GA 1MXGA 1DWFM 2BVYA 1E73M 4QCEA 2BS9A 1HL9A 5E6YA 1JYXA 1M53A 3OGVA 2ZUUA 2WZHA 1QI4A 1XSIA 3W53A 4UZSA 3KZSA 2UWFA 3T0DA 1MW3A 5JBDA 2A3HA 3L4WA 1KQYA 1X6LA 2CYGA 3L4YA 5IFPA 1WP6A 1K9TA 4MTVA 1OGBA 4DWSC 4FLOA 1KWKA 4URIA 2CBJA 2OYLA 1MW2A 2V3EA 1XRVA 2YL6A 3AIQA 3WD1A 2ZUVA 3WF2A 2XUCA 3VX0A 1JZ5A 1UQYA 2QLYA 3W37A 2VZUA 3CHFA 2XVGA 3VD5A 2CESA 4HOWA 3BAKA 3GTNA 4LXFA 2VX7A 2W67A 2A3CA 1BYAA 1EH9A 1HKMA 4JIEA 4AZ7A 1GW1A 1V3HA 4E2OA 1QW9A 4W8LA 1E43A 4PTXA 1X6NA 4HTYA 1HJUA 1DHKA 5ABFA 2BVTA 3MU7A 3SEPA 4ZXOA 2W91A 4XV0A 4J3VA 3VPLA 1DWAM 4A4AA 1KR0A 4AY1A 4GO8A 1W9UA 3VIKA 1VEOA 3FAWA 4U5KA 5BROA 6A3HA 2XVPA 1EQCA 2CKRA 1O6IA 1EQPA 1MW0A 2EPKX 4MNJA 1B90A 3MUAA 4BQ2A 5A2CA 1UR0A 5E09A 2OSYA 3GBDA 3GBEA 3N13A 4CCEA 2VUYA 3MMUA 4F79A 3TP4A 2YDRA 1ITCA 1KXTA 4PCSA 5ABHA 1NP2A 5AC4A 4EAMA 1ZBKA 2X2YA 4Z2LA 4WKAA 4JHOA 1UKPA 2D1ZA 2O9PA 2XIBA 1XCXA 2WSPA 4P8VA 4PTMA 1R7AA 3SCNA 2VZTA 4QFUA 1V3LA 5M03A 1G94A 1QW8A 3U57A 4QCFA 3RJXA 3T2PA 3VIFA 1NWUA 1UD6A 1XC6A 1DP0A 3ARRA 3VGGA 3CO4A 2ZXQA 2VQTA 2WBKA 2EO7A 4W86A 7TAAA 4J7RA 3NUKA 1CGTA 1H1NA 1LG1A 1UZ4A 1E55A 1JAKA 4W5UA 2A3BA 2F61A 2YDQA 2VURA 6CGTA 3CUJA 3VD9A 1UWRA 1TMQA 4P8UA 1H5VA 1DWGM 1XSKA 2D22A 3WNMA 2J78A 3ARSA 2YA0A 3WUBA 3O9NA 3CMJA 5GNYA 2BV9A 1CGVA 3WL1A 2J7EA 1R85A 2O9RA 4CUCA 1QHOA 2WVSA 3NSMA 2X0YA 1PIFA 2JF6A 1HXJA 4FF5A 4ZEPA 3UR8A 2G3JA 1E6ZA 3VOCA 3N12A 1JIBA 3EBVA 2VRJA 3GXDA 5BXRA 3UERA 3VX1A 1KWGA 3UR7A 4Z2GA 3G6MA 4HU0A 2AMGA 2D0HA 1UWTA 2WZEA 2VCAA 1E0XA 3WF3A 3VIMA 1S46A 3SUUA 4OBRA 4MB1A 3POCA 3UEQA 1KQZA 1J0ZA 2DGAA 2ZXDA 1ISXA 3CBWA 4U33A 4D1IA 1J0HA 1NARA 2XM2A 4Z2KA 4JCLA 5CZKA 2JFEX 3M6DA 1ZB5A 2E9MA 2WMGA 1OD0A 2E9BA 1W1PA 3I3DA 4JFWA 3PZIA 2NT1A 5E0FA 5A6AA 4DWSA 1BVNP 1UUQA 4KMQA 5A6KA 1LQ0A 1OBAA 3CMGA 3K8MA 3N17A 4CU6A 3WEZA 3WMSA 3GXMA 2G3IA 2AOSA 1F4HA 1UKSA 2PWEA 4HA1A 4BCEA 1B0IA 3EDFA 1UD8A 2YBTA 5AYIA 1M04A 1GOOA 1XGZA 3N11A 1MFVA 2CKSA 3MSGA 1EHNA 1J11A 1ZJBA 3VIOA 2VQUA 3ZT7A 2WSKA 5A3HA 4JCMA 3W38A 1TCMA 3OB8A 3SUVA 2D20A 3NSNA 1V6WA 2Y8KA 5A8PA 1DTUA 3AMLA 3EYPA 1AVAA 4N42A 4HP5A 3VGFA 1BLIA 2EQDA 4W7VA 1WZAA 2XG9A 2CERA 4DM1A 4GO9A 9CGTA 2BXZA 2EEXA 3L4TA 2OLHA 4IISA 5GNZA 1ZBCA 4JFUA 3WH9A 2W5FA 1SYTA 2XFRA 1UD2A 2E0PA 4B9YA 3DHUA 4M56A 3QOMA 4PRWA 3BAJA 3DECA 2ZUTA 1W91A 3GDBA 1E40A 4W84A 5A8QA 1KGWA 2OWCA 1W9PA 2GJXA 1E71M 1EOMA 3OZPA 2C0HA 1KXHA 1QBBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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