2QF8A

Crystal structure of the complex of buffalo secretory glycoprotein with tetrasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Secretory Glycoprotein with Tetrasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2qf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2qf8A01
4JKLA 4NSBA 1B3WA 4HOZA 4AIEA 5I6SA 3VIHA 4GXPA 4IPNB 1ZJBA 2X05A 1KR1A 3TTSA 1CIUA 1AQHA 2EJ1A 2XGIA 4OBSA 4JHOA 1IT0A 3VMPA 1UWSA 2XYLA 2WC7A 5A2BA 3ARTA 3N17A 3II1A 2YA2A 4HA1A 4H41A 3U7VA 4W5ZA 3WD2A 1BSIA 3U57A 1HJSA 4TTUA 5D9PA 3WDRA 2ZXAA 8A3HA 3SCSA 1G1YA 3WQ5A 1QNQA 5C71A 2GSJA 1OGBA 3RDKA 3CHCA 1EO7A 4BCEA 2DT0A 2WAGA 1DWJM 1VIWA 3RJXA 1ITCA 3ARWA 4AZCA 1W9VA 5IDIA 3FXYA 1XSKA 2PWEA 3W37A 2E40A 4P8UA 2XJ7A 1UKTA 3GDBA 2J7BA 2VC9A 1XCXA 3S2CA 3OZPA 4GZIA 4E8CA 3WDQA 3T0BA 5M3WA 1YHTA 1B3VA 3VINA 2Y8KA 2EPMX 3WDJA 1RPKA 1MW1A 1ZU8A 1CYGA 2OWWA 1B9ZA 1TR1A 2FHFA 1SYTA 3K46A 3AHTA 2W92A 3BMWA 2ZX9A 1ISVA 3PZQA 2VQUA 4CU8A 5BRPA 3L2LA 1WZAA 2D22A 4FLOA 4JCLA 4DWSC 4MB3A 1I75A 4PMUA 4AMCA 5A6BA 1E40A 3SUWA 1GORA 3VD3A 4C7DA 1GJWA 2W62A 2BY2A 2ZUSA 4XX6A 4A4AA 4UQ9A 5FD0A 4MB5A 5CGTA 2DSVA 4V28A 1GQIA 4WSKA 3OZOA 1CGYA 1H1NA 1TA3A 3I3DA 2D1ZA 2PBOA 5CGMA 2GFTA 3SUUA 2RGMA 2VCBA 2V3EA 3A4AA 4W8LA 4P7RA 4V2XA 3VUPA 5BCAA 1GONA 1H41A 4PMZA 1QHZA 3MMWA 3ZT7A 4P8XA 2WBKA 1WAWA 5HPOA 5E6ZA 5KEZA 3N15A 5A8MA 4XB3A 4HA4A 3BAYA 2WVVB 5AYBA 1ZB5A 1WP6A 1GHRA 1ISZA 2GJXA 4U2ZA 4YHEA 4JFWA 3S6TA 4W89A 1B31A 3AI0A 4KRUA 4R27A 3VILA 1KXQA 2BNJA 4K68A 4CVUA 4W7WA 1L0PA 3L4XA 3BLPX 4U2YA 3QGVA 3N11A 3LMYA 4UFHA 3EDJA 2CEQA 1HF6A 4CU7A 2MANA 3NSMA 3WF2A 2DIJA 4A3HA 2OWXA 1GJUA 4JL1A 2ZUWA 1PAMA 1VB9A 5ECUA 3HMCA 4UR9A 3WH9A 4W85A 1J0IA 5A2CA 3VMNA 2E9LA 4PMXA 2JIWA 2X09A 1E5NA 4AD1A 5D9OA 1XRVA 4Q22A 2VZOA 1VENA 4AZCB 2V3GA 6A3HA 3G6LA 1US2A 3GBEA 3EDFA 2VRQA 2VX6A 3BAIA 2IXVA 5E70A 4Q7NA 5DF0A 1TVNA 2UY3A 2F2HA 2XSBA 2JE8A 1J11A 4GIAA 1GVYA 4JFSA 2WZIA 3VD9A 4RE2A 3VDCA 1LG2A 3ZR6A 1CXHA 3L4ZA 2VX4A 2EPKX 3VMOA 3CZEA 1FFRA 4MNJA 5GNYA 4ZENA 5FIPA 4Z2GA 3WH8A 1K9DA 2J7DA 3ZM8A 3CZJA 3VO0A 1E0VA 3T09A 3ARQA 1JZ6A 4JFUA 3LPPA 3W29A 1GOMA 4UFLA 3PTMA 2WLZA 3AMCA 3ZT5A 3WFZA 3WNMA 3WF0A 3L4TA 1CDGA 1TA3B 4S3JA 3WD1A 3AS0A 2TAAA 2OYMA 2BXYA 4BZYA 1GOOA 3SUTA 2EBNA 2JEPA 2YA1A 4X9YA 3ARRA 3OG2A 1JF6A 5CPQA 3CH9A 2WB5A 1HNYA 5E09A 5E0CA 2G3IA 1LLOA 1XV8A 1UR1A 1GVIA 4H7VA 5FL1A 4D71A 1US3A 3A3HA 4AZ6A 2QPSA 2BV9A 3D5HA 2CBJA 2J78A 2GJXB 4JIEA 4EE9A 3QHNA 1UR2A 2J7FA 3ZOAA 3GM8A 2J74A 5A6KA 3CUIA 4C7FA 2BXZA 5I2UA 2J79A 3BAJA 2EPNA 1JXKA 1QHPA 2BVDA 5I77A 1O6IA 5JH8A 4U3AA 4CU6A 3M07A 6TAAA 2X1IA 2VOTA 1B0IA 3FNDA 1J01A 1ZJAA 2VT0A 3SCPA 4CCCA 4HP5A 4U31A 3CZLA 2W66A 3NYDA 4PUEA 1AVAA 4CKQA 1QOXA 4C7GA 1MQPA 1DHKA 4GZJA 5C8BB 3U5YA 3A4WA 3GXFA 3UR8A 3WNOA 1FH8A 3PZUA 4B9YA 1VFUA 5CLTA 2GDUA 1W9PA 2WCSA 1V6UA 4DUVA 3U5UA 3F5KA 4QP0A 5A6LA 1NWTA 1W1PA 4HU0A 4Z2JA 1UWQA 1TZ7A 1UH3A 4GI8A 3IJ9A 2J4GA 4TVDA 4W5UA 4PMYA 1E4LA 5FCZA 4P8VA 4JKMA 1X6LA 2Y5EA 2OWCA 2VJXA 1KFWA 1TCMA 1XGZA 4TVCA 3ZO9A 1W3LA 3G6MA 2O9PA 1BFNA 3ARUA 3CUJA 3SCOA 4PMDA 2PWFA 2WSKA 2J47A 1JD7A 1JIBA 4H8HA 1GHSA 4S3KA 5A69A 3WQ8A 1PIGA 3NSXA 2VURA 1OT1A 3VIIA 4MNKA 2CCRA 5JUVA 2CPUA 3DC0A 4TX6A 3AQUA 3SCWA 4B3LA 5A3HA 4KRTA 1TG7A 4ATWA 4JCMA 1PX3A 1UYQA 1R7AA 3DYMA 4TXEA 3B9EA 1YQ2A 1E56A 2FHCA 1TUXA 1JFXA 2J7HA 3UG5A 1VJSA 3AYSA 3MMUA 4ACZA 4AZ5A 4PRWA 1XD0A 1CGXA 4W88A 3VPLA 1EOMA 3AIUA 3AOFA 1JZ3A 1UKPA 1G94A 2VR4A 4PTXA 4YHGA 3EDDA 4E8DA 1NOUA 4JFTA 4PMVA 3WH5A 4CVWA 3UG3A 4OOUA 5AC4A 4W87A 4DM2A 4NRSA 3SCTA 2DDXA 1NWUA 2DH3A 3UERA 4KWUA 4PTWA 1W32A 4BQ2A 4CD4A 1BTCA 2IUZA 1V0MA 2A3EA 2XM2A 1UD3A 3SUSA 1JZ4A 4J3TA 1KXHA 1JZ7A 4F66A 1E6NA 5M17A 3AHYA 4P7NA 5D9MA 1MWOA 4F9DA 1ITXA 2CETA 3WIJA 2J7CA 4PN2A 1WCGA 2DSWA 1HKMA 2DEPA 3I3EA 2BHZA 2V5DA 4PCTA 5HNNA 1K6AA 3PZTA 1JFHA 1V0LA 4WJXA 5DT5A 4UTFA 4MTVA 1PBGA 3L4UA 1XSJA 3THCA 1KBKA 2AMGA 3AMGA 1V02A 4PMRA 3WL1A 3A47A 1XD1A 5ABFA 2CESA 2JALA 1V3MA 4ZE5A 1KGWA 1BVNP 5ABGA 3OLIA 3WQVA 4PEEA 1UZ4A 1GOKA 5A6MA 2QMKA 2WVTA 3POHA 3EYPA 4OZOA 4RE4A 1UZ1A 2WNWA 1V0KA 1HP4A 3CUFA 4L4PA 4AXNA 3KE0A 3PZNA 3AXHA 1RD6A 3SCQA 1O7AA 4U33A 2WC4A 2XVNA 1J10A 3WY1A 5FKYA 1JNDA 2PC8A 3ARSA 1NWSA 2VL4A 1W1VA 3M7SA 1EHAA 3ZMRA 1QW8A 1DEDA 2G3NA 1C8QA 2WMHA 4MB1A 2BHYA 3UETA 1C8XA 3KZSA 2DT2A 5IFTA 3PZMA 1V02E 4UCFA 3WN6A 3DHPA 4ACZB 1C8YA 2FGZA 2YDSA 3ZJ8A 1W91A 1R87A 3WEMA 1GCYA 1XH2A 4FK9A 5ABHA 1Q4NX 3MSDA 1KQZA 3AIVA 3ZIZA 3GZAA 1NOFA 2CYGA 1JI2A 1Q6EA 2PBGA 5A8PA 1UKOA 1QVBA 5BYWA 3WH6A 1W1YA 1UWRA 5CJ5A 2W61A 1VRXA 1H0IA 4AIOA 3POCA 1MXGA 1HJUA 2CHNA 2YDQA 5CXPA 1HN1A 4J3XA 2ZXDA 5EB8A 2VX7A 5A6SA 3AS2A 4LYPA 1LJYA 1B30A 2WXDM 3E1F1 4LYRA 1J12A 2D0GA 4DWSD 4GINA 4V27A 2F61A 3EMZA 3CHFA 3GNOA 1JDCA 3W0KA 1LF1A 4PMNA 2YL8A 1QW9A 2Y2WA 2XVLA 3OLGA 1BYCA 1MFUA 3AFBA 5EFDA 1HIZA 1WDRA 1L8NA 4HZ8A 2XUCA 4ZE4A 3AS3A 4J3UA 3WD0A 1JF5A 2G41A 1NM9A 1JGIA 5ABFB 4J28A 4ZXOA 2JF7A 4BQ4A 1BVZA 3VNYA 2XGBA 2QF8A 3VIPA 3BLKA 2VVSA 3BMVA 4L4OA 3EMQA 4GI9A 2WCAA 2C8NA 3ARXA 2OSWA 1JZ8A 1VF8A 3SIMA 2ZXBA 1QI2A 1V3LA 3WDPP 3GXMA 4J3SA 2V3DA 4NRRA 1IZJA 3WEOA 3ZR5A 2CITA 3GH5A 4LGXA 1NH6A 3F5LA 3WMBA 4AD5A 1AQMA 1C93A 1J18A 2W5FA 4P7LA 3TA9A 1ZBVA 2ZWYA 1CXEA 2VI0A 1V3HA 3WDHA 1BG4A 1UD4A 2WZEA 3D3AA 4XUYA 1EGZA 4KGLA 3GTNA 2ZUUA 1HJWA 4H2CA 1E3ZA 4M29A 1MW3A 3W81A 1CECA 1FP9A 1H49A 5TD4A 5A6AA 3FHAA 2D24A 1EO5A 1FHLA 3PTQA 2DSKA 2WW5A 3W28A 1OINA 4TVUA 4EKJA 1E0WA 4Y7EA 4B9ZA 1X6NA 2DT1A 3CLWA 3WKZA 3WUFA 3UESA 2XM1A 3KL0A 2XVPA 1VFMA 3WFLA 1JZ2A 1OT2A 3WF4A 1JZ5A 1JAKA 2WMFA 1G9HA 1H4PA 2J75A 1H5VA 2ZUVA 3VDHA 1CNVA 2J7EA 1Q6DA 2ZWZA 2WPGA 3LPOA 3PTKA 7A3HA 4AZIA 2ZXQA 2Q8XA 1MW0A 3HJEA 1QBBA 1VAHA 1OM0A 3CZ8A 3MKKA 1HJVA 1VFFA 1BYBA 2WHKA 3VIGA 3ZT6A 1LQ0A 1CEOA 2JFEX 3RPMA 2D0FA 4M24A 1V6YA 4F79A 3U7BA 4Z2KA 5LA2A 1E43A 4M8UA 3CUGA 1KB3A 3RO8A 4MDPA 3VNZA 3FHQA 3O9NA 3WUGA 3UG4A 1KQYA 2W67A 4UQAA 4CD7A 2OSYA 1E6XM 1Q6GA 4AD3A 3RMEA 4MAZA 5BXRA 3AJ7A 1D3CA 4QCFA 1PJ9A 1E5JA 2VQTA 3T0DA 1VEMA 4ATLA 1XH0A 1H0GA 3AIEA 4LXFA 1UUQA 5FL0A 1C92A 5DT7A 3AHXA 1GW1A 2D23A 1MQQA 1OGGA 3WH7A 3W82A 1QPKA 4ZEPA 1J9YA 1BF2A 1JI1A 2XG9A 2ZIDA 5A95A 2Z1SA 1XC6A 4UFMA 3CHEA 2PWGA 4HMEA 3SCVA 4GI6A 4CN6A 2PI6A 2XFYA 3WL0A 3CGTA 1C91A 3WF1A 1UWIA 3TP4A 4DUXA 3L2MA 1ISWA 4LPCA 1ZL1A 2YLAA 2ZICA 3NDZA 4QAWA 5E0FA 4PMQA 5CSUA 4OBRA 2YJQA 1GQJA 3B9DA 3F5JA 1KCLA 3AHZA 3EBVA 1ISYA 1JYVA 1QBAA 3VM7A 3LPGA 4CCDA 4HMDA 1GQKA 2JEQA 1K9FA 3VKKA 1BGGA 5BXTA 1TMQA 2YDRA 3OLDA 5IXEA 1EIBA 3VX0A 4B3KA 2YKKA 4KH2A 4FLSA 3EDKA 3N12A 1Q6FA 5CPSA 1UKSA 5BROA 5CSYA 4W8BA 4UZSA 2JF6A 1DWAM 4XZWA 4OKDA 5BXPA 1AMYA 1E15A 1B2YA 4M80A 2UY5A 1KWGA 3W6MA 2VUYA 3FY1A 1MW2A 3MUAA 3OGSA 1MVYA 3MSGA 1KCKA 2NT1A 1WB0A 4WF7A 2BY3A 2BVTA 3PN8A 3VGHA 4DUWA 2XVGA 2A3BA 3W4RA 1WDQA 1H3GA 3IJ7A 1S46A 1ZBCA 1PX4A 3TTYA 2YBTA 3MO4A 3VOCA 2VZVA 2QHAA 5HPCA 1I1WA 1R86A 3ECQA 3VTRA 3BCDA 4OUEA 4W7VA 1UR8A 4HU8A 1J0ZA 2FGLA 2YL9A 4HZ6A 3VIMA 5JBDA 2WMGA 3WENA 2EPLX 2WHLA 1F4HA 1K9EA 1GOWA 4AY1A 2Z1KA 3WD3A 4WK9A 2QV4A 5I3DA 4URIA 4AZHA 2CNCA 4DWSA 1CGTA 3VGEA 1QI5A 1GOQA 1G01A 1ODUA 3CMGA 1C90A 3VIFA 1UD2A 4EK7A 2EEXA 3W24A 3GH4A 1J0JA 2GK1A 2J62A 1HX0A 2ZUMA 3OBAA 4U3CA 4CCEA 3VD5A 2J25A 3PZGA 1FHDA 3IANA 4NZCA 2G3JA 1BQCA 1R8LA 1U2YA 1HVQA 1UOKA 2ESCA 1CGUA 2D3NA 3CZKA 4ML4A 2GDVA 4FMVA 2O92A 3NCOA 4ZFMA 1DWFM 1NQ6A 3GH7A 2E8ZA 4TUFA 1ECEA 4Z2LA 5DMYA 2E9BA 4ACYA 2Y4SA 2CERA 5LYRA 1SFSA 4D1JA 4UQBA 2GVYA 5A8NA 5AY7A 2Y8VA 1JG9A 5LA0A 2DQXA 4JL2A 1B3XA 5FOOA 2XWEA 1WZMA 2BY0A 1G0CA 1I1XA 3EMCA 4PUDA 1UG6A 4QLKA 3WD4A 3AIWA 2O9TA 2DIEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5M5D A;  2J7G A;  3W26 A;  1UWU A;  4PTM A;  1E1F A;  4TTG A;  4U5I A;  3ARO A;  3BAK A;  3OGR A;  4MAD A;  3W6L A;  4QFU A;  4LYQ A;  3GBD A;  4KGJ A;  4D6E A;  2WK2 A;  1VFO A;  1RH9 A;  4IUG A;  3MUY 1;  1MQR A;  5CPT A;  5IHR A;  3WEL A;  2W63 A;  4PBG A;  2VO5 A;  2CBV A;  2WZH A;  1UA7 A;  1UD5 A;  1HVX A;  5BRQ A;  3ZSS A;  4JHZ A;  2FDM A;  3MV1 1;  3O6A A;  1EDT A;  1UWT A;  2WVV A;  3O2L A;  2XFF A;  1NOW A;  1QI4 A;  4P7Q A;  1E72 M;  4IIS A;  3AIB A;  4EAN A;  4FLQ A;  3AIC A;  4NF7 A;  2PB1 A;  2B31 A;  2W91 A;  3BSG A;  4AC1 X;  1DWI M;  3GYC A;  1UR0 A;  1E4M M;  1N82 A;  1E6R A;  4P8W A;  3SCU A;  1JYW A;  3WSU A;  5EFF A;  1V3K A;  3DYP A;  4MNL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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