2QF8A

Crystal structure of the complex of buffalo secretory glycoprotein with tetrasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Secretory Glycoprotein with Tetrasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2qf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2qf8A01
1DWGM 3WEMA 5IXEA 3AFBA 4W87A 3WKZA 5AC4A 2ZX6A 2XVKA 3VGDA 1QNRA 5IFPA 4MNLA 1OD0A 2VRJA 1B3ZA 3EBVA 4V28A 1JDCA 1HKIA 4H04A 3EYPA 1R85A 5A2AA 3VILA 3CGTA 4KGJA 3VIJA 2XM2A 4AXNA 1B9ZA 3WH8A 3W27A 4LGXA 1B3VA 3AMLA 4AY1A 1JNEA 1GOMA 4HMCA 5AC5A 2OYMA 4GQRA 2JIEA 2B31A 2WW5A 3VIOA 2BS9A 2VO5A 1PIFA 3SCRA 2GJXB 9CGTA 1UWQA 4ZE4A 2WC4A 3IAQA 4HA3A 2JEQA 1A47A 5LA2A 3WL1A 1QHOA 1TVPA 2X09A 3T2OA 5GQBA 1OINA 3ARXA 2VJXA 3BAYA 1BFNA 4J27A 1E55A 3CTTA 1CDGA 2BY1A 6A3HA 3VMOA 1QBAA 3WDIA 2X05A 3SCUA 1OIFA 3AHZA 5A95A 2WCAA 1DTUA 3G6MA 2FHBA 2BHUA 5A2CA 1JYXA 1VJSA 3OGVA 2CESA 1W9VA 1Q6CA 4P8XA 1NWSA 4L4PA 1GQIA 2ZUTA 5D8WA 1JFXA 3CPUA 4TXEA 1K9EA 2J8FA 1EIBA 4U3CA 4HA4A 3WF2A 1WNOA 1MWOA 2ZX8A 2WZHA 2WVVB 1XSIA 2OWXA 4FLOA 4OJYA 3U7BA 3ZIZA 1VF8A 3VX0A 4HOZA 3AIRA 4W8LA 3EDJA 3PZOA 2WAGA 2X8RA 4J3XA 2GK1B 1FP9A 1DWIM 2WPGA 4TVDA 1G9HA 1IZKA 2Y8KA 3CUFA 2OSXA 4PSPA 3KEHA 1CXLA 4DM2A 3AIWA 1UH2A 3SUSA 4D1IA 1UR2A 2BY0A 3VGFA 2D24A 2HVMA 2WM0A 3BXWA 1B2YA 4RE4A 1WZKA 4W86A 3DC0A 1H11A 2EJ1A 1BLIA 3CIVA 2QF8A 1C8XA 1JI2A 1V3LA 5BCAA 1KB3A 1NWRA 2G3IA 1C7SA 1UKQA 4C7FA 2CHOA 1G1YA 5A6JA 1JXJA 4EK7A 5KZ6A 2QV4A 3IJ9A 4W7VA 1GW1A 1W1PA 1E72M 1CGVA 5A69A 4MB1A 2D0FA 2UY5A 4AZHA 1ESWA 5ABEA 2DIEA 3POCA 4P8UA 2OWWA 2DDXA 1W3KA 1PJ9A 1E40A 5M5DA 4PTXA 1W1VA 2HISA 4QLJA 1FOBA 5M3WA 1VENA 4PRWA 2VZSA 2D23A 1JAKA 1BAGA 1NOWA 2XFRA 3NYDA 3ZOAA 2A3CA 4TX8A 1R7AA 1H09A 1XHGA 4PMYA 1V3HA 1NARA 1FH7A 3NJ3A 2ZUNA 3OBAA 1VFMA 2CITA 3WSUA 4MJ2A 1ISVA 2EPKX 2OYKA 3RCNA 3VPLA 2J4GA 1JNDA 4M81A 2VRQA 1U33A 1OGBA 2CBUA 4MDOA 3DHPA 3POHA 4EKJA 4UQEA 4W5ZA 1J0IA 2J7GA 1H2JA 1HJSA 2D3LA 3WNMA 2JF6A 3VKKA 4D6CA 3O6AA 1NH6A 3D5HA 4PSRA 3VDCA 1G94A 4AIOA 1PBGA 1SMAA 3SCWA 2Q8XA 2X0HA 1MXGA 2CNCA 3RO8A 2VL4A 2G8ZA 2W62A 2A3BA 1C3FA 1B0IA 1XYFA 1BPLB 2G3NA 3L4TA 3SURA 5BXRA 2J62A 2WANA 1UA3A 1W9PA 1BTCA 4PMOA 3VOCA 1UD5A 2YL9A 3AHXA 4H8VA 2D1ZA 3N13A 2WSKA 4XB3A 3N9KA 2ZIDA 3SIMA 5A1AA 5KEZA 4A3HA 1KCLA 3IJ7A 3MS8A 2WVSA 2DSWA 1R87A 1EO5A 3ZJKA 1B3YA 1CXEA 1ZB5A 1VBRA 4UOQA 2E9LA 3I3DA 4BQ2A 1JDAA 2W4XA 2XVLA 4UFIA 3AZRA 1E0VA 4TUFA 1ZJBA 1RD6A 1MW3A 3UERA 4P7LA 4PBGA 1UKTA 1C92A 1FHLA 2ZX5A 4CN6A 4XX6A 1FFQA 2ZX7A 3QHOA 2E3ZA 4DWSD 4BS0A 1B31A 1UZ1A 1W2VA 2C8NA 3PZUA 4OIFA 3T09A 3PZQA 1VIWA 1C8QA 3DHUA 1VAHA 1CTNA 4P8VA 3A6OA 4X0VA 4AISA 2WHJA 3K4AA 3WH9A 3M07A 2Y2WA 1E4NA 2CCRA 4BA0A 1V08A 1KR0A 4MDPA 3BMVA 1VJZA 4M80A 3UG3A 1KWKA 3FHAA 1H5VA 4JFWA 4V27A 1KBBA 4D6FA 4R5EA 4FMVA 4N0RA 4E4PA 3MV01 5D9MA 1W9XA 3WMBA 1HVQA 2YA0A 1GONA 2J7DA 5GNYA 3VDHA 2W92A 3SCSA 1LL7A 3MMWA 2YLLA 5D9PA 1SFSA 4AD4A 4JFSA 4DM1A 4JKLA 1BYDA 2JIWA 4PMRA 3KL3A 2CKSA 2PI6A 2YDSA 2AOSA 1FFRA 2ZE0A 3QOKA 3VO0A 5HPOA 2J78A 3BLPX 1QVBA 3OZOA 4BZYA 5D9NA 2D22A 5A94A 1J0KA 1XC6A 4AW7A 4D6IA 2DQXA 3IJ8A 5JBDA 3AIVA 5FKYA 2EBNA 4JKMA 3TONA 1GOOA 2BY3A 1TVNA 1QI3A 3PTMA 1UD8A 1TG7A 4B9YA 3AMCA 1AQHA 1M53A 4CUCA 1BVZA 5EFFA 4OZOA 4GQQA 2CBIA 4M1RA 4UFHA 4F79A 4UFMA 3VIKA 3WD0A 2GSJA 2ZUWA 4WK9A 3A4AA 4OUEA 5FOOA 1NM9A 1DEDA 4WSKA 2ZOXA 1E6SM 1GQLA 3UETA 1JG9A 3HU7A 2ZICA 2QPUA 4OBRA 3VTRA 3CMJA 5A8PA 1UWSA 2FGLA 2VNCA 4ATWA 1JYWA 1V0NA 2XVGA 3EMZA 2GJXA 3MUAA 5A6MA 4A4AA 1F4HA 1J11A 4NI3A 3M46A 3ECQA 1UOKA 1E0XA 2DH3A 2NT0A 5ABHA 1KGWA 5JIWA 3GXDA 4UFJA 2NSXA 4ZFMA 2VI0A 3A4XA 5FCZA 4URIA 1BG4A 2XPKA 2OYLA 1GOQA 1LF1A 1PIGA 2CKRA 4HU0A 3PZNA 3DYMA 2XHYA 1W9DM 2PWGA 1BYCA 3ZMRA 1W3LA 5JBFA 1Q6FA 2WCSA 1UR4A 3VIGA 2DSUA 2VRKA 3W38A 2EO7A 2WZIA 3U5YA 4GINA 4LYPA 4UQCA 3TTQA 4MJ4A 2D20A 1HF6A 1VFUA 1CBGA 5JH8A 4HOWA 1UR9A 3I3BA 4HTYA 3W81A 4MTVA 3VD5A 3D3AA 2WVVA 1Q6EA 3UR7A 1MXDA 4W7UA 2BHYA 4H7VA 3RDKA 4H8UA 1W91A 3TTOA 1XH2A 2QLYA 3HMCA 3WNNA 2VVSA 4PTWA 1G0CA 2XWEA 5IFTA 4W85A 1XGZA 3WEOA 3NSMA 1HJQA 1GQKA 2GK1A 3CLWA 5E6ZA 1QBBA 4D1JA 4Z2KA 4BQ4A 2EPOA 2EEXA 1QPKA 1MW1A 4BQ5A 2PC8A 4CU8A 2CHNA 1EXPA 2J7CA 3WF3A 2VT0A 4ML4A 3SEPA 2VMFA 4OBSA 4U2YA 3ZR6A 2GVYA 1HXJA 1J0HA 2YIHA 5FD0A 3OLEA 1XH0A 4UQ9A 4AZ6A 2YA2A 1E4LA 3G6LA 3RM4A 3UG4A 4J3WA 5D8ZA 1GOKA 5I23A 1UG6A 3WNOA 3UR8A 3WF4A 2FHCA 4QLKA 4Z2IA 4CN1A 5BXTA 1UKOA 1W3HA 7CGTA 1OIMA 2V3EA 1BSIA 4QCFA 1B3XA 3ZT7A 4FK9A 1TR1A 1ISZA 3KWXA 3RJXA 1SYTA 3BSGA 2WBGA 4U2ZA 3TP4A 3T0BA 3CHFA 2WMHA 5CLWA 1HL9A 5BXPA 3UCQA 4PMUA 3OLGA 4PMZA 3DYPA 4IPLA 1BG9A 4QAWA 3APGA 3N11A 5E70A 1V3IA 4C7GA 2Z1SA 5JIPA 5FL1A 1EDQA 2CPUA 1MYRA 4IUGA 1EHAA 3A4WA 3T0AA 2ZUMA 2FH8A 1OD8A 4W8AA 3AS2A 1KGXA 4DWSA 3EMQA 4PN2A 4AWEA 1DP0A 1VB9A 2XSBA 2EPLX 1J0YA 4JHZA 5GNXA 3L2MA 4AD5A 5A6BD 3VD9A 2C0HA 3VD7A 4GPNA 3QGVA 4RE3A 3MMDA 1EOMA 3RJYA 1ZBCA 2UWFA 1VEOA 1K9TA 1I75A 2NT1A 2VC9A 3ZSTA 1MVYA 4HPGA 2WKLA 3W0KA 4QFUA 1FHDA 4AYSA 2CIPA 3L4YA 3AICA 4PTMA 2YBUA 5EBAA 3IK2A 1QW8A 4HPHA 4HZ7A 5E09A 3AROA 3CZLA 1EDGA 4ZE5A 2WLZA 4CD7A 3K8LA 1XYZA 1JZ8A 1W1TA 1PX8A 4IPNB 4HZ8A 3BCDA 3ZR5A 3PN8A 1UQYA 2OSYA 1D3CA 4D6DA 2PWFA 1NWTA 3PBGA 5AYIA 1KXVA 3WH5A 5DMYA 1PAMA 4QCEA 4S3JA 1MFVA 1ZS2A 1JZ2A 4DWSC 4B3LA 2CYGA 1WDPA 3GXMA 1E3XA 2E8YA 5CG0A 3W6LA 3ARYA 4CU6A 3WY1A 3DYOA 4HOXA 1ZBWA 3EDEA 5D4YA 5HDRA 2VR4A 4AD2A 3WQVA 1UKPA 1R7OA 5C8BB 3RM9A 1B90A 3OLIA 3ZSSA 3AYSA 1S46A 5I3DA 2F2HA 1QW9A 3VIMA 1OT1A 3PTQA 4D6JA 1HL8A 2WMIA 2WSPA 4HP5A 1FH9A 2DH2A 5A2BA 1UZ4A 1XD1A 3W26A 1UD4A 3WUEA 3WUGA 1OT2A 4GZEA 2J77A 3ARUA 1OCQA 3CMGA 3WF0A 4K68A 1BVNP 1V0KA 2VZTA 3VIIA 1UKSA 3ARSA 2WHKA 1UR8A 1E3ZA 5CPTA 2EQDA 4JCLA 2ESCA 4LXFA 5EMYA 3W28A 2D0HA 4UNIA 1W9BM 4RL3A 5ECUA 2XGIA 3AHVA 1ZL1A 3MV11 1JXKA 1V3KA 2ZWYA 4E8CA 1E9LA 4YN5A 5CPSA 2WYSA 3W29A 2PB1A 3ZJ7A 4MAZA 4GO9A 5LA1A 2WHLA 3K46A 5TD4A 1LWHA 3WNKA 3VD4A 5HBFA 1K9FA 3BAWA 2J7HA 4X0NA 1UD3A 5AYBA 4AZIA 4DWSB 3BC9A 4B9ZA 2JF7A 3EDKA 2WNWA 2DT2A 1WZMA 1CEOA 5C70A 2DT0A 3ARQA 1E5JA 4HMDA 3EMCA 1CGUA 4D6HA 2XUCA 2GDVA 7A3HA 1J9YA 4DUVA 4JHOA 4HA1A 1O6IA 3K4DA 4PMVA 2XGBA 4X9YA 3NDYA 3KL0A 3CBWA 2G3JA 4J3TA 3B9EA 2Z1KA 5I0DA 4MPKA 1X6LA 4PCSA 1WPCA 4IM4A 1JF6A 1JD9A 4N42A 1WDRA 2BXYA 3CZKA 2D0GA 2YL5A 1M03A 4CU7A 3UESA 3M7SA 4AD0A 1UWIA 4KWUA 3CHCA 3WQWA 2JFEX 5HOSA 5JBEA 4L4OA 2VVNA 1AVAA 3B9AA 5A6LA 4XZWA 2VCBA 1CXKA 2VX6A 3KE0A 3S6TA 2FGZA 1EQPA 2PWHA 4WIWA 2F8QA 1EGZA 4P8WA 4CVWA 1E73M 3VD3A 3BGAA 3O9NA 4S3KA 4M24A 3BLKA 3A47A 3W82A 1QNOA 3FHQA 5CQ1A 1UYQA 2VOTA 1GJUA 2IUZA 1LJYA 1QNPA 1YHTA 3W6MA 4W8BA 3AMKA 4C7DA 3HN3A 1N82A 2EPMX 4MB3A 2DPEA 4AZ5A 3VNYA 1CGYA 4JL2A 3SCOA 2WMKA 1XRVA 4JZ5A 1ECEA 4MNJA 2BVDA 3AHYA 1H0GA 6CGTA 3FAXA 1JDDA 1JZ4A 4TTGA 1ZBKA 4QLLA 3VMPA 4U3AA 4EANA 5A6BA 1GVIA 4UFLA 3TTYA 2DGAA 2PWDA 2WMIB 4ATDA 5E6YA 4Z2LA 3RMEA 1E43A 1QNSA 3WQ6A 2C7FA 3AIQA 4P7RA 3IANA 3QR3A 1ODZA 3AZTA 3OIHA 3A3HA 1UWUA 3IAPA 1US3A 4CD8A 4YHGA 3AIBA 3BAIA 1QHPA 5I78A 2X2YA 5GPRA 5CJ5A 4KRUA 3SCNA 1E6RA 3VX1A 4HU8A 3AJ7A 3AS0A 4WKHA 3HJEA 1E71M 1XV8A 3GZAA 5F7UA 3WDRA 1OB0A 3PZVA 4XUYA 2A3EA 2A3HA 5D9OA 4D6GA 3ARTA 4MNMA 2VCAA 1JGIA 2DIJA 2Y8VA 1UR1A 2ZWZA 1VRXA 1G5AA 2FDMA 3CHDA 4BQ3A 3QHMA 1PZ2A 3WELA 1CGWA 4WLCA 7TAAA 4PMDA 1MQPA 8A3HA 4JIEA 1NOUA 1WKYA 3VGBA 1CXFA 4LYQA 4W84A 1L0PA 1JIBA 2WXDM 1PX4A 1UA7A 5BXSA 1HJXA 1V6XA 4J3SA 2XIBA 1TZ7A 1AQMA 1V03A 1LQ0A 6TAAA 5FIPA 4J28A 4YHEA 1B1YA 2OLHA 1GQJA 4Z2GA 4AD3A 2E4TA 1GHSA 1R8LA 2YOCA 1M01A 4UFKA 1VFOA 1RPKA 3VMNA 3UG5A 2BXZA 4GI6A 3F5LA 4AEEA 3WD1A 4GO8A 1E1FA 1Y7VA 4LX4A 4CD6A 1CXHA 1U30A 5A6SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5JQ9 A;  2PDQ A;  2GJN A;  3GW3 A;  4BWL A;  2GDU A;  5M17 A;  1H41 A;  3FW6 A;  1EYE A;  3MW7 A;  4N4P A;  1HIZ A;  2FHF A;  3RX4 A;  4H8H A;  1B57 A;  4M56 A;  3LX9 A;  4G50 A;  4LEQ A;  4H9X A;  1K6W A;  3GH4 A;  1I2P A;  1F3W A;  4F0H A;  4GGB A;  4LYR A;  3IVU A;  3QQW A;  2CZ5 A;  1CI1 A;  1KM0 A;  1LT8 A;  2W61 A;  3BO9 A;  3BSH A;  3VE9 A;  1X8C A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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