2YBUA

Crystal structure of human acidic chitinase in complex with bisdionin f
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
AYQLTCYFTNWAQYRPGLGRFMPDDINPCLCTHLIYAFAGMQNNEITTIEWNDVTLYQAFNGLKNKNSQLKTLLAIGGWNFGTAPFTAMVSTPENRQTFITSVIKFLRQYEFDGLDFDWEYPGSRGSPPQDKHLFTVLVQEMREAFEQEAKQINKPRLMVTAAVAAGISNIQSGYEIPQLSQYLDYIHVMTYDLHGSWEGYTGENSPLYKYPTDTGSNAYLNVDYVMNYWKDNGAPAEKLIVGFPTYGHNFILSNPSNTGIGAPTSGAGPAGPYAKESGIWAYYEICTFLKNGATQGWDAPQEVPYAYQGNVWVGYDNIKSFDIKAQWLKHNKFGGAMVWAIDLDDFTGTFCNQGKFPLISTLKKALGLQSASCTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Analyzing airway inflammation with chemical biology: dissection of acidic mammalian chitinase function with a selective drug-like inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ACIDIC MAMMALIAN CHITINASE
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 129
structure length 376
sequence length 376
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2011-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2ybuA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ybuA01
1PBGA 5I5RA 5A6MA 1MW1A 2BXZA 3CZGA 3K8KA 4KRTA 2E0PA 1RPKA 3FAXA 4JHOA 2ZUUA 1MW3A 6CGTA 1HT6A 3ARZA 1W3HA 2DH2A 3WDQA 4MB5A 2V38A 3T0DA 5C70A 5CLTA 3MSGA 5EFFA 1V3KA 5KEZA 1JG9A 1JZ8A 1BTCA 4LGXA 3IJ7A 3WNMA 1UOKA 4JFVA 5BXSA 5I23A 5GQBA 1TA3A 1E4LA 2VMFA 6A3HA 2WC3A 4PN2A 2PF0A 1U2YA 1PX4A 3LMYA 1SYTA 2PWFA 1VEPA 5E70A 1Y7VA 1JYWA 5DFAA 5E0FA 4QCEA 1JDDA 1XCXA 3W53A 4X9YA 1LQ0A 1K9TA 1LF1A 3DYMA 3OLIA 2XVNA 4CU7A 3VIOA 1WB0A 1EHAA 3ZR5A 2QLYA 3MV01 4CD4A 4UR9A 2V3DA 3W6LA 5A2BA 1BLIA 1M53A 5GPRA 2E8ZA 3RM4A 2XFFA 2PB1A 3BSHA 4UFIA 2VRJA 3GZAA 1FH9A 1XSIA 3VTRA 5I77A 1V6WA 3SCVA 4Q7NA 4P7NA 1JD7A 3GXIA 4E8CA 2CBVA 5CXPA 2CCRA 1WP6A 2JFEX 2F8QA 5E0CA 2UY3A 1H0IA 1HKJA 1OSEA 3FHQA 3T09A 1OBAA 3NJ3A 4JFWA 1DWFM 1LLOA 5M17A 3VIJA 4JZ5A 4GINA 3AMCA 1VFMA 1R8LA 4CU8A 3UR7A 3W81A 3AMLA 1XGZA 4URIA 3KZSA 4PMNA 3WH6A 3FHAA 2CNCA 4PMZA 1TVNA 3AZSA 2FGZA 1JYNA 5CZKA 1Q6EA 3W25A 3WF2A 4V28A 2F61A 4R5EA 2UWFA 4J3UA 4QP0A 2BV9A 5A8OA 1FP9A 2O9RA 3ARVA 4PUDA 4D6JA 2FDMA 2YA1A 5D9MA 2WLZA 3AIEA 3ECQA 1UH3A 3WBAA 7TAAA 2CITA 2XVPA 2ZUMA 1GOWA 3QOMA 4PMUA 1CLVA 1VFOA 4EANA 2YL6A 2AAAA 2YDQA 2EPOA 4UCFA 3RM9A 1JZ6A 1HN1A 3NYDA 4JKMA 4M56A 1QHPA 5HXMA 4P8XA 3B8SA 4AZCB 1J0YA 2QV4A 1CXLA 2JEQA 4WJXA 3WD0A 3AJ7A 3BLKA 3VIKA 1FOBA 4IM4A 5BWFA 1UD6A 2VI0A 5E9AA 3W0KA 2XIBA 1BPLB 1QHZA 4H04A 2VCCA 1V3LA 2X2YA 1H4PA 5CGMA 3NDYA 4CCDA 3MMUA 5JUVA 2VRQA 5BCAA 4LQ1A 1GVYA 1JNDA 1J01A 5IDIA 1UG6A 2G3JA 3KWXA 4PEEA 4HMEA 1KGWA 9CGTA 2QHAA 2J78A 1LL6A 5BROA 1AQMA 1KBKA 4PYSA 3CO4A 2D2OA 2VC9A 1X6LA 1SFSA 2CPUA 5E6ZA 2VL4A 1ZB5A 4JL2A 3WD4A 2YIHA 3FY1A 4UFKA 4GO9A 1KBBA 4B15A 1V6XA 4F9DA 3BGAA 4D6IA 1GORA 3WUBA 3BAYA 1FP8A 4HU8A 2EQDA 2J7DA 4S3JA 2WYSA 2J75A 1QI0A 3MO4A 2WHMA 2ZX7A 1M04A 4EAMA 1GNXA 4AW7A 2VNCA 4GKLA 1E6NA 1VRXA 2WSKA 4MDPA 4KGLA 4PSRA 3VKKA 1UD5A 1OB0A 5DMYA 1UWRA 3AS2A 3VILA 1VJZA 3ZJKA 1PZ3A 3GM8A 5BXRA 1EDQA 4M80A 3ZO9A 1GOQA 1KCLA 2OLHA 4AD0A 1M01A 4PTMA 1US3A 1W9BM 2XWEA 2XGBA 3EDJA 3WD1A 3ZM8A 1V6YA 3NSNA 1CGUA 3WQ4A 2EPNA 1B2YA 2VZTA 1BYBA 2WCGA 3BC9A 3EDKA 1HJSA 2D0FA 3QR3A 4PTXA 2O9OA 4OOZA 1NWTA 4DWSB 3MMWA 4V27A 2W61A 2QMKA 2BS9A 5A95A 3MS8A 3W82A 4JKLA 5D9NA 4AZ5A 1FHLA 1CECA 2FHBA 4WKFA 2V5CA 5ECUA 2GJPA 3MSDA 1J11A 1ZBCA 4X0NA 5F7UA 1JGIA 2DIEA 1NOWA 2YOCA 1ODZA 3SCSA 5JH8A 3OB8A 3CIVA 1CGWA 2AMGA 2GFTA 3AOFA 4UQ9A 3U7BA 1UWTA 1E56A 2WLYA 4U33A 3W24A 2IUZA 1E15A 3CPUA 2PWEA 1LL7A 2BHYA 4JFTA 3VOCA 4U31A 2D1ZA 3UG3A 3N17A 1ISYA 1JF6A 4FK9A 3VGDA 5CG0A 3GXFA 3EDEA 4GZIA 1NH6A 1ISVA 2XWDA 1W9PA 1N82A 1BVZA 1S46A 4KWUA 4D6HA 4C7DA 2Y2WA 4W5ZA 3WF0A 1SR0A 2F2HA 1ODUA 3UG5A 4Y7EA 2C0HA 1FFQA 2ZWYA 2ZOXA 3ZSTA 3PHAA 1E72M 3M46A 2AOSA 3WL1A 1V0KA 1ISXA 3BCDA 3GNOA 4KRUA 4DM1A 3IAQA 3MUIA 1WKYA 3PBGA 3VIGA 3FNDA 2RGLA 1UR4A 4WLCA 1UUQA 4UQBA 1LWJA 1Z32X 4AIOA 2XIIA 5AYBA 5AY7A 2WPGA 1V3JA 1WPCA 2WMIA 4WKAA 1UH2A 4F8XA 1GOMA 1J9YA 3D5HA 4TXEA 2YDRA 3RILA 1H41A 4E2OA 2BNJA 2EXOA 2XVGA 1EGZA 5I3DA 1HKIA 4W89A 1LWHA 2PI6A 2WVVB 1OINA 2X0YA 3CZJA 2O9PA 3AHTA 3II1A 3VO0A 3VDAA 2BFGA 2ZIDA 3LPGA 3VMOA 2CIPA 1JL8A 3ARRA 4AZHA 1HXJA 5EMYA 1QI2A 4GQRA 4TVUA 3TONA 3D3AA 1W2VA 1RH9A 3WQ8A 2YKKA 1YQ2A 4MAVA 1F4AA 4MJ4A 1W32A 3ZIZA 1UR0A 1UR8A 2XPKA 2BY3A 1C93A 1JAEA 2A3HA 1QW8A 1OCQA 5LA0A 3CMJA 4OIFA 3RPMA 1HP5A 2QPSA 2Y8VA 3T2OA 5I24A 1BHGA 4ZENA 3MUY1 2TAAA 2GK1B 3BAIA 4J3WA 3UR8A 3W6MA 3DECA 1IT0A 1UKPA 4GO8A 1B9ZA 3WDPP 4TVCA 1OT2A 3GNRA 1A47A 1CLXA 1LJYA 1JD9A 3VIHA 1NWUA 3L4WA 3RJXA 3TA9A 3AS1A 8CGTA 2XG9A 3AI0A 2J7FA 4GI9A 2G3MA 5IFTA 1MWOA 3TTYA 1UWUA 1X6NA 1W3KA 1UZ4A 2ESCA 2YDSA 3SURA 4E8DA 4AZ6A 4Z2GA 4ATDA 1EH9A 1UR9A 1PX8A 2OSWA 4B9YA 3KL0A 3QHOA 1ZL1A 4W8BA 3EMCA 4ZFMA 2VCAA 5BRPA 1AQHA 3AHZA 3GYCA 1V0NA 3OLGA 1H2JA 2VR4A 1VAHA 4ACZB 2WVVA 5FOOA 1BG4A 4W8LA 1O6IA 3THCA 4BQ3A 1E55A 1EQCA 3N13A 4OBSA 3VD4A 3N04A 4HTYA 2D0GA 2GVYA 4M1RA 1XHGA 2J7BA 2X05A 5A6BD 4H2CA 3VIMA 4HPHA 1D2KA 2GUYA 4ZE5A 3SCWA 2PBOA 2ZX8A 3POCA 4R27A 4J3SA 3CMGA 1V3MA 4D6FA 2VVSA 3MUAA 2E40A 5C8BB 4L4OA 3A47A 2WC4A 3U7VA 4D72A 1C7TA 3CGTA 1C91A 1UD2A 1QHOA 3SUUA 3BAWA 3WDJA 3TTSA 1ZJAA 1B0IA 3JUGA 1VENA 2HVMA 3U57A 2NT1A 2NT0A 3WENA 1HX0A 1FHDA 4N0RA 2XSBA 2YBTA 3M6DA 1W9VA 4Q22A 2GDVA 5A6SA 2W62A 3WIJA 4MJ2A 3NUKA 1JXJA 1CXKA 1HF6A 2JALA 2CHNA 4J7RA 1UZ1A 2XFYA 3A4AA 4RE4A 3CZLA 3WEOA 2Y24A 4UFLA 3WSUA 5ABHA 3BAXA 1ITCA 1E6ZA 1GONA 1KR0A 3G6LA 1EQPA 3I3DA 4TOQA 1JI2A 1H49A 1UKOA 2E9LA 4B3LA 4J3VA 1OM0A 2WAGA 3L4TA 2NSXA 2EPKX 1GJWA 5DF0A 2DDXA 1OWQA 1BYDA 1QVBA 3O6AA 4U2YA 2XVLA 2B31A 3RCNA 4PMYA 1HJWA 3WF4A 2WZHA 1TG7A 2FHCA 3ZJ7A 3CH9A 1WZAA 1E71M 1H5VA 1JIBA 1G1YA 4CVUA 3W26A 4LPCA 1QI4A 4CCEA 3VGFA 2X1IA 4DUVA 3SCQA 1E0VA 1NOUA 3BCFA 1CGVA 1H0GA 1WE5A 1JZ3A 4MADA 3M7SA 1KWKA 3ARQA 3QHMA 1KQZA 4X0VA 1CZ1A 3W4RA 1W3JA 1W1VA 2WCAA 4CD7A 5GNYA 1HJVA 2J47A 2ZXQA 1OIMA 1AQ0A 2OYKA 2VURA 1V08A 1E3XA 1CGTA 4L4PA 1VEOA 1JZ4A 2VJXA 4FLRA 1E4NA 1LL4A 3AQUA 4HU0A 3VIIA 3NCOA 4Z2JA 5DEZA 1D3CA 1R87A 1WAWA 2WMGA 4CD5A 1E0WA 1GJUA 2WMJA 2Y4SA 3K8LA 2W63A 4UZUA 1VFFA 2XGIA 4H8VA 4AZ7A 2X0HA 1EA9C 1IZKA 4AMCA 3AIVA 4LYQA 3WMSA 1JAKA 1DWAM 5ABFB 1OGBA 1BF2A 4RE2A 3WD2A 1CGXA 1Q4NX 5A3HA 4NRRA 4M24A 3FW6A 4CN6A 2DSZA 5A2CA 4BZYA 1NP2A 1VF8A 4NZCA 1R7OA 3K1DA 5LA1A 4XB3A 4Z2KA 1C7SA 1NARA 4D1IA 1TMQA 4PMQA 4A3HA 1PIGA 4GZJA 1Q6GA 5IHRA 5A8PA 8A3HA 1HKKA 2J8FA 4HZ8A 4M81A 1KXVA 3VIFA 3ZJ8A 3PZIA 4HOZA 3RO8A 3K4DA 5FL0A 5A6AA 3VPLA 1A3HA 2E3ZA 3IJ8A 1XH2A 3L2MA 1VFUA 3VU2A 1GHSA 2A3BA 2CERA 1JNEA 1TE1A 4UFMA 1UKSA 2G3IA 1CXHA 1HJQA 3SCNA 5CSUA 3W28A 2WVSA 2WK2A 3ARTA 2V3EA 1E6RA 2QF8A 3K8MA 3PZMA 5I79A 2HISA 3WUEA 2OWWA 2DQXA 3F5KA 2QMJA 5M3WA 3L4YA 3PZTA 1K9DA 2WB5A 1G5AA 3VIPA 1UR2A 4EK7A 3SCPA 3UG4A 3OZPA 4RE3A 1FH8A 3SUSA 4ACYA 1C8XA 1XD1A 2VVNA 2J7EA 2VX7A 4J28A 3GXMA 4ML4A 1TFVA 1E1EA 5JBDA 1DHKA 5D8ZA 4UQDA 4NRSA 3AXXA 3WEMA 2CKRA 2MANA 4YHEA 4TX8A 4XZBA 4FF5A 5DT5A 4W85A 5ABFA 5JBFA 1MW2A 2XFRA 1HL9A 4C7GA 1XRVA 1KR1A 3WNLA 1VBUA 7A3HA 3LPOA 3ZQ9A 3OGVA 3WH5A 1XH1A 1ZBWA 3OLDA 4AD2A 1AMYA 1DP0A 1ZJBA 1H09A 5GNXA 5A1AA 3ZJ6A 3FAWA 2EEXA 4W7VA 1PJ9A 5E6YA 3SCTA 4WKHA 4AZCA 1E5JA 4AZIA 4HOXA 1ISWA 3ZT6A 4AIEA 1UWIA 3MU7A 3OGSA 3MV11 1BYCA 5KZ6A 4DM2A 1UD8A 2EBNA 1F4HA 2BVDA 4B3KA 2CXGA 4HPGA 4OZOA 4EKJA 2VRKA 4DUWA 4XUYA 1V3IA 1UKTA 3AXHA 4XX6A 1DEDA 4H7VA 4BQ4A 2YJQA 4MDOA 3BAJA 1GUVA 4LXFA 3WMBA 3IANA 1UHVA 2ZX6A 5JIWA 2ZUTA 3PTMA 3TTQA 3W27A 1J10A 1HIZA 1NM9A 1UR1A 2D3LA 2W66A 3CZEA 2VX4A 2VUYA 2JF6A 1CIUA 1V6UA 1QNOA 1IZJA 4FMVA 2VT0A 5EBAA 2D23A 6TAAA 1WDPA 1ECEA 3I3BA 5CPSA 1U30A 1UQZA 3OG2A 3SIMA 5BXPA 1J0KA 1AVAA 2YBUA 2A3EA 5D9PA 2PWDA 2WHLA 1TZ7A 4EE9A 4JHZA 3WBEA 1WDQA 1RP8A 1UA7A 1P6WA 2CESA 1KCKA 4YPJA 3WDIA 4OOUA 3N11A 1DWJM 1HP4A 4LYPA 3GBEA 2VCBA 2XJ7A 1B30A 1MXDA 1CPUA 1QBAA 2GDUA 1QI3A 2J79A 4IUGA 3THDA 1WO2A 1V02E 5A6JA 1NWSA 1E6PA 2DT2A 1W1PA 4N42A 2WMFA 1H11A 4DWSA 1PX3A 1HVXA 2DIJA 3AISA 4ZE4A 2WM0A 3AS0A 5CJ5A 1DWHM 3VD7A 4PMOA 3PTQA 4HZ6A 1ZBVA 2WSPA 2V3FA 3DYOA 5FIPA 4QAWA 2E9MA 4DWSC 1BQCA 1CXEA 2PC8A 4CUCA 4P8WA 2FH6A 3VVGA 2CBUA 1MQPA 1B3WA 4MPKA 4AD4A 4PMXA 3N12A 3VD3A 2BXYA 1VB9A 1TCMA 1CENA 4E4PA 1E0XA 4HP5A 1Q6CA 4P8VA 3AFBA 3WUFA 3WD3A 4F66A 1V6VA 2PWHA 3W38A 1JF5A 4HA4A 4JFUA 4K68A 3VDCA 3EDFA 4TVDA 4JL1A 1LG1A 1B3YA 4U3AA 2DT3A 4PCSA 4CKQA 3WL0A 1BSIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1CYG A;  3RIK A;  2JE8 A;  1TVP A;  4WSJ A;  1QW9 A;  3F5J A;  3CHD A;  3EDD A;  3AXI A;  1GQI A;  1QOX A;  3A6O A;  4CU6 A;  4IPL A;  3AZR A;  1ISZ A;  1KXQ A;  3ARY A;  5D4Y A;  1KWG A;  3GBD A;  2YLL A;  3B9E A;  3IK2 A;  3MAN A;  3BLP X;  2OYL A;  2WMH A;  1CDG A;  4U3C A;  1ZBK A;  2XHY A;  4NSB A;  1JFH A;  4UQC A;  3F4V A;  1PPI A;  2J4G A;  2G41 A;  4M82 A;  3VDB A;  1VJS A;  3L2L A;  3OA5 A;  3AHY A;  3LPF A;  1W91 A;  1EOM A;  4W86 A;  2FGL A;  4W7U A;  5D9O A;  3AIQ A;  1QBB A;  3AZT A;  5CGT A;  4TTU A;  2GJX A;  1XD0 A;  1GOO A;  2D0H A;  2XSA A;  4JIE A;  1WZK A;  3IJ9 A;  5TD4 A;  3ALF A;  4PTV A;  1H3G A;  3WN6 A;  1Q6F A;  3WQW A;  4QLL A;  4Z2H A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1J5T A;  3UU0 A;  2MF9 A;  3GUW A;  4F0S A;  4BY3 A;  1TVN A;  3W1A A;  1Q6E A;  3LQL A;  1R0M A;  3PAO A;  2UWF A;  3MDW A;  5DCB A;  5KTL A;  1FP9 A;  1DYS A;  2PGE A;  4FP1 A;  4PUD A;  4CQA A;  4DZ2 A;  5D9M A;  1K1D A;  3QXB A;  4HHL A;  3QC0 A;  1XIE A;  3C56 A;  1GOW A;  4DRO A;  2FLI A;  3LB0 A;  4RV8 A;  2AAA A;  1EGV A;  1XI3 A;  4UCF A;  3RM9 A;  1R38 A;  3NYD A;  1P4C A;  5DML A;  1OC7 A;  3LCI A;  2BOG X;  3CWO X;  3FKK A;  3B8S A;  4AZC B;  1CXL A;  2ACS A;  4L1G A;  1UUM A;  1W1I E;  3BLK A;  4LC8 A;  1WBJ A;  1FOB A;  3NZQ A;  3NQ6 A;  2R1P A;  3ES8 A;  1EXB A;  3W0K A;  2XIB A;  1V3L A;  5E9X A;  2PV3 A;  5CGM A;  4WY0 B;  5BCA A;  1JJK A;  1V79 A;  4LQ1 A;  4NT0 A;  3FA3 A;  1H61 A;  3LNP A;  3TYD A;  1Y5X A;  1J01 A;  3I7Q A;  2G3J A;  4NI8 A;  9CGT A;  2QHA A;  4S3E A;  4LV4 A;  1G69 A;  3U48 A;  1F73 A;  2D2J A;  2M2A A;  4ENL A;  2D2O A;  4E2B A;  4IT6 A;  3WFA A;  3KOY A;  5E6Z A;  1H7X A;  1DQX A;  4ITZ A;  2A7R A;  4PL2 A;  3N4A A;  3IVS A;  4GO9 A;  4RXG A;  3S3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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