3ALFA

Crystal structure of class v chitinase from nicotiana tobaccum
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
348
structure length
348
Chain Sequence
QNVKGGYWFKDSGLALNNIDSTLFTHLFCAFADLNPQLNQLIISPENQDSFRQFTSTVQRKNPSVKTFLSIAGGRANSTAYGIMARQPNSRKSFIDSSIRLARQLGFHGLDLDWEYPLSAADMTNLGTLLNEWRTAINTEARNSGRAALLLTAAVSNSPRVNGLNYPVESLARNLDWINLMAYDFYGPNWSPSQTNSHAQLFDPVNHVSGSDGINAWIQAGVPTKKLVLGIPFYGYAWRLVNANIHGLRAPAAGKSNVGAVDDGSMTYNRIRDYIVESRATTVYNATIVGDYCYSGSNWISYDDTQTVRNKVNYVKGRGLLGYFAWHVAGDQNWGLSRTASQTWGVSF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Nicotiana tabacum
publication title Crystal structure and mode of action of a class V chitinase from Nicotiana tabacum
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase, class V
total genus 127
structure length 348
sequence length 348
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2010-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 3alfA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3alfA01
4LYPA 3CMJA 1JD9A 3VD9A 1JG9A 1RH9A 2XFRA 4C7GA 3ARQA 3MU7A 4L4PA 1ZS2A 2GJXB 4GKLA 1FP8A 1G0CA 1KWKA 1E9LA 1MFUA 3ZR5A 1RP9A 3OG2A 2J7DA 3RJXA 2PBOA 5FD0A 4GPNA 2CBVA 2XVLA 2VMFA 3U5YA 2W5FA 1HJUA 4UOJA 2BXZA 4AZBA 5BRQA 4AZ6A 1E15A 1UD5A 1Q6CA 1UWUA 1H5VA 1QBAA 2V38A 5E9AA 2YL6A 1GORA 1JFHA 5LA2A 3AJ7A 4BF7A 1PZ2A 2HVMA 3PZUA 5IFTA 4YN5A 3ZQ9A 2GDVA 3M07A 5DEZA 1PZ3A 3GZAA 4UQ9A 1IZKA 2C7FA 3SUVA 1HXJA 3OGVA 1JI1A 2VRKA 3SCNA 1SYTA 3WQVA 3PZIA 4CGTA 2WPGA 2XVNA 4CU6A 3N11A 4HPGA 3GNRA 1LQ0A 5CXPA 1ZBKA 4UQAA 3FN9A 3WNLA 1HKJA 3KL3A 3T2QA 1OGGA 1NOFA 3WMSA 2ZWYA 3LMYA 2O9PA 4NRSA 4AZGA 2EPKX 1CTNA 4AZCA 1WO2A 1BYDA 2XFYA 3LPGA 3VM7A 4CUCA 3WH6A 4W93A 1TR1A 1F4HA 4PMRA 4JKMA 2YDQA 2OYKA 1AQ0A 4HTYA 3PZQA 4MNJA 2UY2A 7CGTA 1EO5A 4KRTA 4U3CA 2W91A 1XRVA 4XB3A 2CETA 3AZSA 5BRPA 2JEQA 3WDJA 4U3AA 4H8VA 1JI2A 1OIFA 2JIWA 3SCSA 1TVPA 3RCNA 4ZEPA 4WKFA 2VTFA 3W25A 5IXEA 4IM4A 2YA2A 2W61A 2YLAA 4DM1A 4CN1A 3F5LA 4J7RA 1QOXA 4Z2HA 3WEZA 1UD2A 2WVVB 5DT5A 5E0FA 3WQ4A 1L8NA 4AISA 1V6VA 3NSNA 1WDPA 5BXSA 3RIKA 7TAAA 3TTQA 1ISYA 1HKMA 4WKHA 1VFFA 3AIVA 4E8DA 5A6SA 3RM9A 5A3HA 3A3HA 1BYBA 4PN2A 4AD5A 4MDPA 4MAVA 2DSVA 2XPKA 1WCGA 2JF7A 5BWFA 2OWWA 4Q22A 2UY5A 3DYMA 1JF6A 5BROA 3OLEA 5EFFA 1JNDA 1JZ8A 2BY3A 2X0HA 5A6MA 4MTVA 1W1YA 1V08A 2CITA 1KGXA 2WWCA 3L4VA 1KXQA 1BVNP 4HA1A 4BQ4A 3K4DA 5E70A 3SCOA 3VD4A 3VDCA 4ACZA 3ZT7A 1WDQA 4OJYA 1UWSA 1CGWA 4R27A 3AHTA 1W2VA 2EXOA 3QR3A 2AOSA 2OLHA 3U7VA 2D2OA 3PZTA 3D3AA 5I24A 1FFRA 3WUFA 2J4GA 3CIVA 3S6TA 4QLJA 1TZ7A 1XCWA 4H7VA 4CVUA 4X0NA 1MW2A 1H49A 1UWTA 3CH9A 4HA4A 4YHGA 4TX8A 1MXDA 3AXIA 1A3HA 2J7BA 3IJ9A 5LA0A 1D7FA 1B90A 2J8FA 1EQPA 5FIPA 2XIBA 4MB3A 1M7XA 2W66A 4WKAA 1V3IA 3SUSA 3CO4A 3L4TA 2CBUA 4D72A 4D6FA 1GOMA 4W87A 3VNYA 3NIYA 3IAQA 1NQ6A 1CXFA 1HJSA 4WSKA 1QPKA 1B1YA 3VMOA 1QI4A 1SMAA 2V3EA 4AZHA 2QV4A 3PBGA 5BXPA 1UR8A 3GXFA 1PEZA 9CGTA 3PN8A 3ZIZA 2A3AA 4N0RA 2VOTA 3GDBA 3O6AA 5DO8A 2WVUA 1OB0A 4PUEA 2PWFA 1OINA 3ARXA 4EE9A 3UERA 2GFTA 1V02A 3AIUA 4BQ2A 3II1A 1YQ2A 2TAAA 3BAJA 1TCMA 1GJUA 1E56A 4EK7A 2YLLA 4NI3A 5EBAA 1B2YA 4Z2JA 2GK1A 4X0VA 4GIAA 4UQDA 3PTKA 1BYAA 2B31A 1VFMA 1HL8A 1KXHA 3K46A 2WMIA 1TFVA 3UG5A 4KMQA 2BFGA 2PB1A 1Q6EA 1J18A 3WFLA 4QAWA 1L0PA 3AMKA 1OD0A 5BCAA 3N12A 3GBEA 3LPPA 4XV0A 4A4AA 4JKKA 4W88A 1UZ1A 1UR9A 3ZJ7A 2PWHA 3WF3A 1GOKA 2WNWA 3M46A 3MMDA 5I0DA 4UOQA 1WZLA 3UESA 3AS1A 3K4AA 3W4RA 2X8RA 1CLXA 2VUYA 7A3HA 4C7FA 3ZM8A 1J01A 5A6AA 2D0FA 4PMOA 1XC6A 1J0IA 3N17A 2ZWZA 3T08A 2V5DA 1MW0A 3K8KA 1GOWA 1XSJA 3WMCA 3A4AA 2MANA 2GJRA 5D8WA 4TUFA 1LWHA 3JUGA 4JFTA 1LL4A 3CHCA 4S3JA 1ISXA 4U33A 2WYSA 1W1TA 4PMNA 5A6LA 3VM5A 1B9ZA 4A3HA 2EPMX 1VIWA 2FHFA 5GQBA 4GO9A 4LGXA 2J7CA 4BA0A 1XD0A 1DHKA 3L4YA 1MFVA 1BTCA 2ZUNA 3T0AA 2A3CA 3IJ8A 3QOMA 2VL4A 1QI0A 1E4NA 3KE0A 3VIFA 2EO7A 5EB8A 4J3TA 2XM1A 2F2HA 4AZCB 4AD4A 1BHGA 2VZVA 3VDAA 1N82A 4U5KA 5CSYA 1AMYA 3VVGA 1US3A 4CVWA 2E9MA 2XHYA 4MJ2A 4W89A 1CXHA 1SR0A 3AZRA 4N42A 1XYZA 1KQYA 4QLLA 1K6AA 3WFZA 4MDOA 1RD6A 3WD3A 5A94A 1HJVA 5AYBA 1E3ZA 5I23A 4HU0A 3PTMA 1OGBA 1WP6A 3FAXA 4Z2IA 2YKKA 3APGA 2DT3A 1HVQA 2RGLA 2VX7A 2WSKA 2FGLA 4D6JA 2XSAA 3W53A 2OSYA 4PSRA 1OSEA 4MJ4A 5IHRA 1UH4A 2D0GA 5KEZA 5D8ZA 1WDRA 1DP0A 2E3ZA 2VX6A 4KGJA 1JGIA 1CGTA 5JBFA 2WCGA 3KL5A 5ABGA 1U2YA 3UG3A 4UNIA 4AZ7A 1B3YA 3FW6A 4DWSD 4QCEA 1E40A 1UZ4A 1HJQA 3BC9A 4LX4A 1AVAA 1EGZA 4UFMA 2WHMA 1XH2A 2WZIA 2YL8A 4JCLA 5D9OA 4AZIA 1YHTA 4TTGA 4NSBA 2NW0A 4ZE4A 3SCPA 1V0KA 4CCEA 1H09A 1E6NA 2OYMA 3SCWA 3W27A 1MQRA 1R85A 3T2OA 4AD1A 1CGXA 4K68A 4JFWA 5A1AA 1E73M 3WH9A 2QMJA 1V6UA 1GHRA 1KCLA 3MS8A 3VGDA 4J28A 5IHSA 2WMJA 2G3IA 5E09A 3VTRA 1XYFA 1G94A 4PTVA 1UKQA 4PMVA 1NWTA 1PAMA 4J3XA 2UWFA 3GXMA 4FLRA 3VIHA 4JFSA 1TA3A 4D6EA 3WUEA 2BV9A 4AD0A 4UQEA 2YL9A 3UG4A 1QBBA 1M53A 2WZEA 3MMUA 3SUWA 3WNMA 4RE2A 1UWIA 2ESCA 3MUY1 4ZE5A 1UG6A 5AYIA 4GZJA 2J62A 2YJQA 1U33A 3VD3A 4ACZB 2W4XA 1NP0A 4UQCA 3BCFA 1J11A 5A6JA 2YDRA 3OZPA 4AMCA 2WMHA 4XUYA 5M03A 4YHEA 4FMVA 4HOZA 4D71A 1O6IA 3WBEA 4FF5A 1NOUA 3AS3A 1HF6A 1KXVA 1EHNA 3RPMA 4PRWA 1G01A 3BLKA 2ZX5A 2X2YA 3WQ8A 2BHZA 3GM8A 3ZMRA 3ARVA 2G8ZA 1HT6A 1OGSA 3PZ9A 3TOPA 1B0IA 3CUFA 1ITCA 2BNJA 5CPTA 4JFVA 3W37A 1B3XA 1X6LA 1V0LA 5A2AA 4Y7EA 1UD4A 3MANA 4MB1A 3VIMA 1W3LA 2C8NA 2ZX9A 3T09A 1GQLA 1V02E 4HZ7A 3WDRA 1FH9A 1WDSA 2IUZA 1NARA 3TA9A 4CCDA 4S3KA 4V27A 2DT2A 1EDGA 5JIPA 1P6WA 1XGZA 4HZ8A 5ABHA 4NZCA 2OWXA 1KGWA 2J25A 2V3GA 4LYQA 3VIKA 4E2OA 3WEOA 1J0ZA 1R7OA 3AOFA 2BS9A 2WWDA 1EDTA 2G4FA 4MAZA 3PZMA 1WNOA 3VIIA 1BQCA 3EDFA 1B3ZA 2VNCA 5C71A 2FH6A 1VEOA 3WH7A 1C92A 3QHOA 4RE3A 5CJ5A 2E9BA 5HXMA 1UH3A 1CXLA 1IZJA 2WMFA 3FHAA 2D0HA 2WK2A 4HMCA 1C8QA 2PWGA 3I3EA 1B31A 1J9YA 3W26A 4W8AA 1LF1A 3OBAA 1GQIA 1R87A 1XSIA 3TP4A 3ZOAA 4KRUA 1KWGA 4M24A 1TVNA 3NUKA 4B16A 2XGIA 1PX8A 3FNDA 3CUIA 3WIJA 4P7OA 2WMIB 1W9UA 3SCQA 1Z32X 1GQKA 2XYLA 3KEHA 2WHKA 4QFUA 5I2UA 4OIFA 4V2XA 3BAYA 1EIBA 4GI6A 1JZ4A 2Y24A 3CHEA 3AI0A 2OWCA 4FLQA 5E6ZA 1PJ9A 4M80A 1KB3A 1QW8A 2V3FA 3UCQA 5AC5A 4JZ5A 3VX0A 1NP2A 3AIBA 4JL1A 3IANA 3OB8A 4DM2A 2VVNA 3VOCA 4J3UA 3ZSTA 1ZJAA 1E1FA 4DUVA 1UWQA 1EOMA 2C0HA 1ZU8A 2CHNA 3BAXA 3PZVA 1X6NA 2E8YA 3MKKA 1E4LA 2IXVA 3AHVA 1EOKA 1GQJA 3IK2A 2D23A 2ZOXA 3BAIA 4HOXA 4QDMA 2GVYA 3NSMA 1QNSA 1VFOA 1DWFM 2WC3A 3ZJ8A 2WCAA 2DT1A 3PHAA 5DT7A 2XJ7A 1ESWA 3QHMA 4AXNA 2QF8A 3WD2A 5CQ1A 3L4ZA 3TTYA 3W6LA 3ZJKA 3NDYA 3WD0A 1UR1A 3BH4A 4EANA 1OWQA 1UKOA 5A6BD 1QHOA 1QNPA 2PBGA 2D22A 3EMCA 5BXRA 2WLYA 1KGUA 3AIRA 3WNOA 2Y2WA 3CTTA 2D3LA 1Q6GA 2BXYA 1NWRA 2YL5A 1JAKA 3RM4A 4PMZA 2DSKA 3ALGA 2G41A 5A8QA 3DYOA 4F9DA 1DTUA 3B9AA 3BXWA 2O92A 3RMEA 2WHJA 1GW1A 2JF6A 1QVBA 4ZXOA 3ARRA 2E40A 1CGVA 4X9YA 1ISVA 3SUTA 1GVYA 3SEPA 4DWSA 2DIJA 1LG2A 1V3HA 3LPFA 3ARSA 2VO5A 3BAKA 1B3WA 3VGFA 3TTOA 4HZ6A 4U5IA 3MUAA 1XV8A 2QPUA 4MPKA 4A3YA 4CU8A 1KBBA 3AICA 2EJ1A 1ODUA 4W7UA 3BCDA 1FA2A 4JKLA 3CZKA 2DPEA 3AYSA 4PCSA 1UD3A 1JZ3A 3PZGA 5ABFB 5C8BB 1O7AA 4GXPA 5D9NA 2A3BA 5CSUA 1XHGA 3FHQA 4M1RA 2ZXBA 3CPUA 1HKIA 1RP8A 3AIEA 5DFAA 5GNXA 2O9RA 1K9FA 1QI2A 2A3EA 3N18A 3EMZA 4XX6A 4PTXA 1E5JA 5I5RA 4U2YA 2UY4A 1EO7A 1ZJBA 5GNZA 2J7FA 4J27A 5CGMA 3BMWA 1HX0A 2GSJA 2CERA 3RO8A 4PMUA 4UTFA 4UZSA 5HBFA 1ZL1A 1HP4A 5HPCA 1UKPA 5JUVA 3G6MA 3GNOA 1TA3B 3N9KA 1JD7A 3EDEA 4H04A 4TVUA 3WSUA 3SURA 2FHCA 1C8YA 5A6KA 4EKJA 3BSGA 4AD2A 4DWSC 4B9ZA 1QNOA 4ATWA 2J77A 1WZMA 1OT2A 1W2PA 2WM0A 2J7EA 4CD7A 2HISA 1J0KA 3WD4A 2BY1A 3WUBA 2XUCA 3WF0A 3MSDA 2J8GA 1UQYA 4MADA 5F7UA 1TE1A 4WF7A 5CLWA 4RE4A 2VURA 5HNNA 3RJYA 2XSBA 1NWSA 1CENA 2W62A 2W67A 1FOBA 4W5UA 4PSPA 1BVZA 4D6HA 2XWEA 4KH2A 5DF0A 3B9DA 1CGYA 1GOIA 5DMYA 2WSPA 2BVDA 1H0IA 4MB4A 4D1JA 4P7RA 2X1IA 4UFJA 1H2JA 2CXGA 2WCSA 3WN6A 5ABEA 1XH1A 3N15A 1VF8A 1CYGA 2ZUVA 1G5AA 1M04A 3VGEA 2OSXA 3W82A 1CXIA 1QI5A 2JEPA 4D6GA 2CESA 2Y5EA 2CPUA 3N04A 4UCFA 2DEPA 1LG1A 3ZJ6A 3L2MA 3EMQA 1C3FA 4UZUA 2FHBA 1HJXA 3RDKA 2VRQA 1ISWA 2CHOA 3ARZA 1VFUA 2F61A 2ZICA 1E0WA 1V6WA 4JHZA 1E6SM 1E6XM 5C70A 2EPOA 3PZOA 1CPUA 2WMKA 3FXYA 4W8LA 4J3VA 3L2LA 1K9TA 4TXEA 3GXIA 3SCTA 2VR4A 1CLVA 2JE8A 1CIUA 4P8WA 1H4PA 5M17A 1AQHA 4FLOA 3O2LA 3ARTA 2DSZA 2QLYA 1DWGM 5FCZA 3NSXA 2FGZA 2VJXA 3POCA 5I6SA 1UQZA 2Z1SA 4F8XA 3WNKA 4P8XA 2PI6A 1EQCA 3M6DA 3OA5A 4M29A 5HDRA 3WL0A 3DC0A 4IPNB 1E0XA 2CBJA 4C7DA 2WVTA 4OOUA 2VCAA 1VEPA 5ECUA 2VQTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DUW A;  4IUG A;  2DDX A;  3NDZ A;  4WSJ A;  3WKZ A;  4ZEN A;  5I77 A;  4P7L A;  4JL2 A;  4RL3 A;  1J10 A;  1BG4 A;  3T0B A;  2GUY A;  5GNY A;  1FHL A;  3BAW A;  4TVD A;  4UQB A;  2J74 A;  1IT0 A;  1WPC A;  4H8U A;  2CYG A;  2WKG A;  2GJP A;  1BAG A;  2WVS A;  1MW1 A;  1CWY A;  1E6Q M;  2BY0 A;  4BZY A;  1CNV A;  1EHA A;  2XTK A;  4AZ5 A;  2VCB A;  3WDH A;  3CZL A;  1UA3 A;  2CKS A;  4CD4 A;  3ECQ A;  4E8C A;  1E6Z A;  1JZ6 A;  3VUP A;  3GNP A;  1BFN A;  1V6Y A;  1HL9 A;  4JCM A;  1MW3 A;  5FOO A;  3GXD A;  3ZT6 A;  6TAA A;  1QW9 A;  2ZUT A;  2DH3 A;  3AMD A;  5M5D A;  2E4T A;  4WJX A;  4B3K A;  1V3L A;  2WMG A;  1JYX A;  1PBG A;  3WQ6 A;  1JYV A;  1J0H A;  3OLG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4GIE A;  4XB3 A;  2R9R A;  2CET A;  1SO4 A;  2JEQ A;  3NQD A;  3WDJ A;  4ADT A;  3B8V A;  2CWX A;  1PXG A;  2J27 A;  1OIF A;  1XIB A;  4INF A;  3SCS A;  4FOJ A;  3RCN A;  4ZEP A;  3GR8 A;  3QR0 A;  1WOB A;  1YMY A;  3XIN A;  2HE5 A;  2PDK A;  3A24 A;  2YCJ A;  4M6Q A;  1M1B A;  4GQB A;  3F5L A;  1E51 A;  4LBS A;  4R3U A;  4AIB A;  1UD2 A;  3O1N A;  4LUY A;  5D04 C;  3TUU A;  4WJ8 A;  3WQ4 A;  4AIS A;  1V6V A;  4Y2W A;  4REQ A;  4S39 A;  3GC4 A;  4QJ4 B;  2F6K A;  3RIK A;  2NQH A;  3UF8 A;  1HKM A;  4WKH A;  1F6K A;  3A3H A;  3EKG A;  3N19 B;  1TPF A;  3S9Z A;  4AD5 A;  3LOT A;  1WCG A;  4NAE A;  1Z48 A;  5BWF A;  1T99 A;  1U83 A;  3DYM A;  1HQT A;  1RD5 A;  1JND A;  2AGT A;  5EFF A;  3TW7 A;  3SGZ A;  5FSD C;  1DXE A;  1FWJ C;  2CIT A;  2G50 A;  2PZN A;  3EWC A;  3L4V A;  3BW4 A;  3SCO A;  2CU0 A;  3VD4 A;  1R5Y A;  3KTX A;  4IQJ A;  2POD A;  3EWB X;  3NPW A;  2DZS A;  1IF2 A;  2AOS A;  1TPE A;  3BPW A;  2D2O A;  3D3A A;  5EA9 A;  2D2G A;  1EBH A;  2PTX A;  4H8N A;  5K7J A;  2VUN A;  3HMJ G; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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