3CHF | Genus

Total Genus 144

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	144
sequence length	395
structure length	395
Chain Sequence	ASSGYRSVVYFVNWAIYGRNHNPQDLPVERLTHVLYAFANVRPETGEVYMTDSWADIEKHYPGDSWSDTGNNVYGCIKQLYLLKKQNRNLKVLLSIGGWTYSPNFAPAASTDAGRKNFAKTAVKLLQDLGFDGLDIDWEYPENDQQANDFVLLLKEVRTALDSYSAANAGGQHFLLTVASPAGPDKIKVLHLKDMDQQLDFWNLMAYDYAGSFSSLSGHQANVYNDTSNPLSTPFNTQTALDLYRAGGVPANKIVLGMPLYGRSFANTDGPGKPYNGVGQGSWENGVWDYKALPQAGATEHVLPDIMASYSYDATNKFLISYDNPQVANLKSGYIKSLGLGGAMWWDSSSDKTGSDSLITTVVNALGGTGVFEQSQNELDYPVSQYDNLRNGMQT

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9896608586656366__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9896608586656366__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3CHF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9896608586656366__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9896608586656366","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3CHF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9896608586656366__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfe852f4111f19cfca5e318/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfe852f4111f19cfca5e318/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Aspergillus fumigatus
publication title	Structure-based dissection of the natural product cyclopentapeptide chitinase inhibitor argifin. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitinase
total genus	144
structure length	395
sequence length	395
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2008-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	3chfA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3chfA01

1H0IA 1VEOA 1TCMA 3S2CA 1LWJA 1MW2A 3VIGA 1GOWA 4CUCA 1HJQA 2FH8A 1C8XA 2VO5A 1B3YA 5DT7A 3W26A 4PBGA 1JD7A 1JFXA 2E8ZA 3AMDA 3T0DA 1KBBA 2BY1A 3N1AA 2NSXA 1V6XA 1E0VA 4MNKA 4AZBA 3GH7A 1K9TA 2V3EA 3UCQA 1QPKA 5ABFA 2FGLA 1UD5A 3W27A 2BXZA 2YL6A 1QNOA 4J7RA 5C8BB 3VD3A 1GJWA 1L0PA 2VX6A 2G8ZA 3LPPA 4AZCA 4CD4A 1BYAA 2PWGA 2XM2A 3FW6A 3D3AA 3A3HA 2D22A 2O9PA 4H8UA 2ZX8A 4AY1A 2WMIA 2EPMX 4J3WA 4NZCA 4ZEPA 1FHDA 1TZ7A 4QP0A 1E6ZA 4U5IA 2VCBA 1HVQA 1E6XM 2J7DA 1ZB5A 1C3FA 3THCA 1KBKA 1C90A 1KCKA 3W82A 5ABGA 2ZE0A 1ZS2A 3AIVA 4J3SA 3KZSA 3L4WA 1JNEA 3BLKA 2IXVA 3VGHA 3IANA 1JIBA 3WBEA 4E2OA 2VRKA 4W85A 5HPOA 3SEPA 4Z2JA 1QVBA 1XH0A 1UQYA 1KXQA 5CJ5A 3W4RA 3CIVA 5A2BA 5I6SA 1G0CA 3BSHA 2QLYA 1V3LA 4AWEA 4UQAA 4ZXLA 1NH6A 4GQQA 3M46A 3CHDA 4PSPA 2DDXA 3PZTA 1GOQA 4AD0A 4F9JA 1H0GA 2G41A 3WF0A 3MKKA 2VC9A 2J79A 5HNNA 5D9PA 3E1F1 2OWWA 3AXIA 2CHOA 4U3CA 3VDAA 1XSJA 1GQIA 1HNYA 4CN1A 1E9LA 1MFUA 1OB0A 4OBSA 3SIMA 3CPUA 2EPNA 2J7FA 2C0HA 4LYQA 3CZJA 3F5KA 3VILA 3VIKA 1UH3A 2ZUNA 4MNLA 4W86A 4AIOA 1E5JA 4ATLA 5FIPA 4UOZA 2EBNA 3ARWA 2DSKA 4YPJA 4MPKA 3CUFA 1ITCA 2D24A 2DT2A 3RIKA 3CZKA 3PZGA 4PMYA 3WQ4A 1K9DA 3BSGA 4D6FA 1N82A 4KMQA 7A3HA 4UFMA 1UWTA 5BRQA 1J0KA 4ZFMA 4J27A 1Y7VA 4UOJA 3WMBA 3ARRA 1VJSA 2VI0A 5A6AA 3ZJ7A 3OBAA 3SCVA 1EIBA 3AHYA 3J7HA 5D8ZA 1Q4NX 2WVVA 3AYSA 3FAWA 3TTSA 1JFHA 1TVPA 1CXIA 4P7LA 3EDFA 3VIFA 4QCFA 5EMYA 3MV11 1W91A 3VX0A 1F4AA 4AZHA 1BAGA 1CGYA 1GONA 2XHYA 2GUYA 1JI1A 1BGAA 2JALA 3SCWA 3F4VA 1LG1A 1ZJBA 1BTCA 2YLLA 4AEFA 2OSXA 4OKDA 3VMOA 1LL4A 1B90A 3MUZ1 1WNOA 1E15A 3SCNA 3ZR6A 3LMYA 5D9OA 1CDGA 1TR1A 1BLIA 2CYGA 3AHTA 3POHA 4FK9A 2ZUSA 1FH8A 3QHMA 3WNPA 1EGZA 3MMWA 1X6LA 3RPMA 3WH8A 4NF7A 1VFUA 2VZVA 3RMEA 2F2HA 4HU0A 1UG6A 3DC0A 4W5ZA 4V27A 3SCRA 3ARYA 1B3ZA 3PTQA 5E6ZA 5DF0A 3RJYA 1BFNA 1BSIA 2ZX9A 3SCTA 2D23A 2E3ZA 1J01A 2QF8A 4OBRA 3BAYA 1UR9A 3MMDA 1D3CA 1QNQA 1LF1A 3OLGA 1TUXA 4BQ3A 1O6IA 2YDRA 5FOOA 3OB8A 2WMHA 4LPCA 1MYRA 2V5DA 5A6LA 4FLOA 1JYWA 1E4LA 2PWEA 1V3IA 3WD3A 2GDUA 2VVSA 3BC9A 4K68A 4R5EA 1MXDA 1DTUA 2XSBA 4CU7A 1VBRA 1LWHA 1UKOA 2VX7A 1CIUA 2MANA 3WQ8A 1B3VA 1TVNA 3WQ5A 3VGBA 3GXIA 2XVKA 3ZT7A 1UQZA 2YKKA 3RM8A 2BV9A 4JFTA 5A6SA 1E0XA 4Z2GA 3MUY1 4CN4A 2XFRA 4W8AA 4PTVA 4ZXOA 2OLHA 4MB1A 2YL9A 1NP0A 1BYDA 2PWDA 1LG2A 3AS2A 3PTMA 4TOQA 3AZTA 1E6RA 1VJZA 4J28A 1GNXA 1X6NA 4MTVA 4IUGA 1H09A 3ARUA 3CZ8A 2DPEA 1UKPA 2PWFA 4IPLA 3WF2A 4W93A 1W9VA 3AIQA 3W29A 3O9NA 3BXWA 2XVGA 2CITA 2GJXA 3OGRA 4IM4A 1QI3A 1VRXA 1HT6A 1E73M 4WSKA 1A47A 1PBGA 3IAQA 2WSKA 3CZGA 1R86A 1CLVA 1W9DM 2VRJA 2YA0A 5DMYA 4MJ4A 1M53A 1UH2A 4TTGA 4UNIA 4LXFA 3AXXA 3G6MA 3M6DA 4H8HA 1JZ8A 1ISVA 1VF8A 3MS8A 1QHPA 3SCUA 2DIJA 3O2LA 1BYCA 1CXHA 1UOKA 4PTWA 2XGBA 3TTQA 2GDVA 4DWSC 5EB8A 1OM0A 5FKYA 1JNDA 2VOTA 3ZOAA 1HKKA 4GKLA 5A95A 5A94A 3I3EA 4H04A 3VD7A 3WF3A 4EK7A 1E4MM 1VAHA 4P8UA 2XWDA 3QHOA 4CD5A 2YBTA 4ACYA 1KXTA 5HXMA 2Y2WA 3ARSA 2QPSA 2VCAA 1XH1A 5EBAA 1ODZA 4QDMA 4PMRA 4MNMA 4AZIA 3NSNA 4HPGA 4A3HA 1PZ3A 1CYGA 1JGIA 3HJEA 3B9DA 1QHZA 2WC7A 2VCCA 3BCDA 1IZKA 4HA3A 1EO5A 4MDPA 3EDKA 5A6MA 3PZUA 5TD4A 2VT0A 8CGTA 1J0YA 1US2A 2AOSA 1QHOA 2YIHA 3ZM8A 2X05A 5BXRA 1LQ0A 5HOSA 3VIHA 2FH6A 1Q6EA 2ZUTA 2WANA 2YDSA 4PMQA 4JHZA 3OZOA 4RL3A 1W1PA 3FN9A 1O7AA 1J12A 4R27A 2BY2A 2WBKA 3WBAA 4UQBA 4JHOA 4W84A 2YL8A 3WD4A 4W87A 1HKMA 3WEOA 3QOKA 2BY3A 1GOMA 1V3JA 4CD7A 4BQ4A 2D1ZA 2D0GA 1W3KA 2O9OA 4UQEA 3OZPA 2FHFA 1VFMA 4W7VA 1XHGA 1W9UA 4X0VA 1V08A 4EE9A 1TA3B 5A3HA 2DIEA 5M3WA 3OGSA 4PMZA 1GPFA 2GFTA 4BF7A 3RDKA 3MANA 3MU7A 3N12A 3WH6A 2OYKA 1OT1A 1JF5A 1CXKA 2CBJA 1XSKA 1W9PA 1GQKA 3S6TA 2E40A 1QI5A 1KWKA 1PAMA 2ZX6A 1PX8A 1XC6A 3WD2A 5LA2A 3VIMA 1JL8A 1TMQA 5E0CA 5LA0A 3T08A 4WJXA 1R87A 1AQHA 3AI0A 3DYMA 3OG2A 1HP4A 2G3IA 3A4XA 3MSDA 3U5YA 2EEXA 3PHAA 1JZ5A 4GZEA 5FL1A 3BCFA 2ZXQA 3U7BA 4JL2A 4LX4A 4ATWA 1OSEA 2DH3A 3AMLA 3VNZA 2XPKA 1NOFA 4GIAA 3EDJA 1UKSA 3VX1A 1MWOA 1QI2A 1HN1A 1H2JA 2G3MA 3WMCA 4CU8A 4AD4A 3OGVA 5I5RA 1JF6A 3RILA 1JZ3A 3O6AA 5GNYA 4D72A 4QLLA 3VDHA 1E6SM 2WCGA 2GSJA 3AZRA 3AHXA 1NP2A 1R7OA 4QLKA 2VZUA 3QHNA 1JDAA 1HVXA 1NQ6A 3GH5A 4URIA 5ECUA 3VGGA 3MMUA 2JIWA 4BZYA 3N15A 4B3LA 4M24A 5JH8A 3JUGA 1QW8A 4M56A 2DT3A 1B2YA 2W66A 1DWGM 3WY1A 1KGXA 3NCOA 2CKSA 3WD0A 2PI6A 1CGUA 1G94A 2V3DA 3RM9A 1HJVA 2Y8KA 5I78A 4FLRA 2CXGA 3VKKA 4PUEA 1P6WA 5BXTA 4DUVA 2D3NA 1HXJA 4W7UA 3HMCA 3WH9A 5E09A 2DEPA 5A6BA 1XV8A 1EH9A 3AJ7A 2VJXA 4WIWA 3W6LA 5ABEA 3W38A 4GZIA 4XB3A 1DHKA 3CTTA 3GNPA 1MVYA 2EPKX 1KCLA 1UKTA 4ML4A 2GVYA 2J7GA 4DUWA 4M1RA 1KR0A 5F7UA 1HKJA 1EHAA 3IK2A 1UD4A 4D6JA 1TE1A 2CESA 3CUIA 3LPGA 1RP9A 3WUBA 2YBUA 1JAKA 3K46A 3WUGA 1HL9A 4UFKA 4Y7EA 5GNZA 2J78A 4GPNA 1MXGA 1MQRA 4NRRA 1ZL1A 4PMDA 3WF1A 2CBVA 1K6AA 3W28A 1G5AA 3A4AA 3DYPA 1E40A 1HX0A 2BHYA 1GHRA 4GZJA 3WN6A 1W3JA 3K4AA 1UWRA 3AROA 2XVLA 4X0NA 4DM1A 3NUKA 4UFJA 1PEZA 2W91A 4P8WA 1CGXA 2WB5A 5CQ1A 1C7SA 3WFZA 4PMNA 2BXYA 4JAWA 2F8QA 1DWAM 3D5HA 1GOIA 2J7BA 1E5NA 4IPNB 3ALFA 4JKLA 1CLXA 1E6NA 5A8NA 2WWDA 3N04A 2WHKA 4GXPA 2W5FA 4PCSA 4A4AA 1J0JA 3AMKA 4S3JA 4WKFA 2X0HA 4D6CA 4XUYA 1HP5A 4PN2A 1PX4A 4GO8A 4JFVA 2DSUA 1HJXA 3WDJA 3VOCA 3WUEA 1WDSA 2NT0A 3BMWA 3IJ7A 2YA1A 1WZAA 3GTNA 3VUPA 4MB4A 3RO8A 2FHBA 1X1NA 5M5DA 3CZLA 4N0RA 4OOZA 4JFUA 5IFPA 3SCQA 1DWIM 1WCGA 1V3HA 3WQWA 3GDBA 3U57A 5CPQA 4MDOA 3SUWA 1JZ6A 4W89A 3A47A 1UWSA 4GQRA 1UD8A 4S3KA 1WZMA 4B3KA 3HN3A 3POCA 4Z2LA 2VZTA 2C7FA 3WF4A 2HISA 2XFFA 3ZR5A 2WAGA 1KFWA 8A3HA 3WH5A 4IISA 5CLTA 3NYDA 1QOXA 4J3TA 4Q7NA 1UR4A 1FP8A 2XJ7A 4AYSA 1UR8A 3K4DA 4OOUA 1VEPA 4JFSA 4F8XA 1UZ1A 4TXEA 3ZQ9A 2CBIA 4F9DA 7CGTA 1UHVA 2WLZA 1WDQA 5E6YA 3TONA 3VIPA 1SYTA 4TTUA 5AY7A 3VD5A 4L4PA 5CPSA 2XIBA 4HPHA 3VGDA 2ZUUA 1OIFA 2FGZA 3A4WA 1IT0A 1CGTA 2J47A 4TVDA 2X1IA 1J18A 3GZAA 4KWUA 3NSXA 2DSZA 3GNRA 5FCZA 3W0KA 4HOXA 4HTYA 2FDMA 1ODUA 2QMKA 4CCEA 2J74A 4FLQA 4M29A 4NSBA 1M03A 4MJ2A 1PJ9A 1GVIA 1DWJM 2PBGA 3VNYA 5A8QA 2ZX7A 1UYQA 1MQPA 3UERA 4H2CA 3UESA 3ZMRA 1W1VA 2ZX5A 2RGLA 3WDPP 3CO4A 4B9YA 2E9MA 4J3XA 1TA3A 2JIEA 4RE2A 4PMUA 4M81A 5CLWA 3L4XA 4GINA 3PZMA 5CSYA 1MFVA 3OLEA 3PZOA 4JL1A 3W53A 4UQDA 1B3XA 5KEZA 5M03A 1HJUA 2ESCA 3L2MA 3BAJA 1CNVA 1G01A 2PBOA 1W3LA 3NSMA 3T09A 1YQ2A 1W1TA 1PX3A 5LA1A 1RH9A 4HZ6A 5BXPA 4PRWA 1H41A 5CXPA 3VMPA 4CVUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CHFA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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