3RM8 | Genus

Total Genus 133

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	377
structure length	377
Chain Sequence	YQLTCYFTNWAQYRPGLGRFMPDDINPCLCTHLIYAFAGMQNNEITTIEWNDVTLYQAFNGLKNKNSQLKTLLAIGGWNFGTAPFTAMVSTPENRQTFITSVIKFLRQYEFDGLDFDWEYPGSRGSPPQDKHLFTVLVQEMREAFEQEAKQINKPRLMVTAAVAAGISNIQSGYEIPQLSQYLDYIHVMTYDLHGSWEGYTGENSPLYKYPTDTGSNAYLNVDYVMNYWKDNGAPAEKLIVGFPTYGHNFILSNPSNTGIGAPTSGAGPAGPYAKESGIWAYYEICTFLKNGATQGWDAPQEVPYAYQGNVWVGYDNVKSFDIKAQWLKHNKFGGAMVWAIDLDDFTGTFCNQGKFPLISTLKKALGLQSASCTAPA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__480693644788326__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__480693644788326__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RM8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__480693644788326__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"480693644788326","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RM8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__480693644788326__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Identification and Characterization of Acidic Mammalian Chitinase Inhibitors pubmed rcsb
molecule keywords	Acidic mammalian chitinase
total genus	133
structure length	377
sequence length	377
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2011-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	3rm8A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3rm8A01

1WCGA 4KRUA 4XV0A 4UFLA 2JFEX 3WQWA 2DPEA 2D0HA 4RE3A 2DGAA 2V5DA 3CBWA 3NSXA 2BHUA 2UY4A 4QDMA 3EDKA 4DWSC 1LQ0A 2J7CA 1E4MM 4D72A 4AMCA 2JEQA 9CGTA 3POHA 2VR5A 4EANA 1H1NA 1JDCA 1UR1A 2PWFA 2C0HA 2E9MA 4PCTA 5ABGA 4PMOA 1UA7A 2WKLA 1JD9A 4P8XA 3ZJ7A 4BS0A 3CUJA 4YN5A 4XZBA 2WANA 2GJRA 4TVDA 2YA0A 4TTUA 2TAAA 3HU7A 1JFHA 4HZ6A 4QP0A 1EHAA 4IISA 3SCWA 3WF0A 3MKKA 4PMDA 1WZKA 2VT0A 1VEMA 1GNXA 3ZQ9A 1GONA 5D8ZA 1BFNA 3SUVA 4WKFA 1DWIM 2DH3A 2G3JA 1NP0A 3OBAA 5E6ZA 2WPGA 5FOOA 1PBGA 1NOWA 3KE0A 1WDSA 1TZ7A 1TA3A 3ALFA 3NCOA 1BQCA 2VX7A 3PZVA 1E6PA 2Q8XA 5KZ6A 2DSVA 2XHYA 6A3HA 3WELA 1QW8A 3BCFA 3WDHA 5D9NA 2VZSA 4CD8A 2QPUA 4XZWA 5D4YA 3M7SA 1ODZA 1LF1A 1UWIA 1CWYA 2VO5A 3LPOA 4CU6A 4JFTA 2NT0A 4J3VA 5A69A 1V6VA 1LL7A 2ZICA 1UR8A 4DWSD 5A8OA 2BFGA 1K9FA 4LQ1A 1TR1A 2J7DA 2PBOA 4DUXA 3AS2A 1HP5A 1EQCA 3JUGA 4P8VA 1R7AA 3SCTA 4YPJA 4RE2A 2XVKA 2J8GA 2A3AA 4W85A 5M03A 3AHZA 1E1EA 2E9BA 2E8ZA 5E6YA 4GPNA 1JIBA 1KBBA 1MQQA 4L4OA 3K8MA 3AIBA 4PYSA 3WUFA 1E5JA 1KCKA 2FGZA 3NDZA 5CZKA 1WE5A 3DHUA 3WDQA 1RPKA 2JEPA 2VCAA 2WCSA 1JFXA 2CESA 3VD5A 2CBJA 4E8CA 4GZJA 1CEOA 5I23A 4JL2A 4LGXA 4MDPA 4CCEA 3KWXA 2OSWA 1KGXA 4OIFA 5DFAA 3EMCA 2A3EA 3AS0A 3EDFA 4MNJA 1JDAA 2YIHA 3GXMA 2VQTA 1CIUA 1LLOA 3EBVA 4H8HA 5LA1A 1TA3B 1XSJA 1KR0A 3GDBA 1BGAA 4UZUA 2HVMA 4OOUA 5I77A 1E3ZA 3B9AA 4AY1A 2BY3A 2OWXA 4AZGA 2XSAA 1R86A 3FY1A 3VX1A 1OM0A 4PMRA 1PX8A 3EYPA 2EEXA 4GZEA 3VIFA 3VIHA 2J7GA 2WSPA 1QNPA 4M80A 1V3LA 2DEPA 4ACZB 2W4XA 3GTNA 4CCCA 3CMJA 4CUCA 5A2CA 4UQ9A 2QPSA 4FLOA 3GH4A 2YOCA 2NT1A 1MVYA 3WNOA 1ZU8A 1W2VA 4KRTA 3G6LA 2DT0A 3GXDA 2UWFA 1V0MA 1GQLA 4Q7NA 1BTCA 1H4PA 1KXHA 1J0ZA 2A3HA 4B9YA 3OLDA 4PTWA 1UWTA 1TVNA 1E0XA 1E6XM 1CYGA 3A4WA 2J47A 4ZXLA 2J25A 2O9RA 3S6TA 4D6DA 2XVGA 4HP5A 4U33A 2PBGA 3AHYA 4LPCA 3WMCA 3AHXA 1UR4A 1VBRA 4RE4A 4WF7A 4J3SA 2EXOA 1CDGA 1DP0A 4M82A 2VQUA 1EDGA 3PZ9A 2HISA 5A2BA 4TVUA 2ZUUA 4Z2HA 2Y24A 1I1XA 2ZXQA 1H11A 2V3EA 1BHGA 2DT1A 1CXEA 4L4PA 3BAIA 2F8QA 3CZEA 1GVYA 4D1IA 2FH8A 1W1YA 1XSKA 1ZBWA 1TFVA 4U2ZA 5E0CA 3CUGA 5DT5A 1LJYA 1TMQA 4JHOA 2JIEA 1H0GA 2WC4A 1HKIA 1H2JA 4GO8A 3MSDA 2VVSA 4ACYA 5F7UA 2V3GA 2EJ1A 1AVAA 1XH2A 4H04A 2J7EA 2X2YA 3CZKA 5ECUA 5CGTA 2AAAA 4M1RA 1JGIA 1W9VA 1KGUA 1L8NA 2CHNA 1V3IA 3W27A 3WQVA 2J7HA 1UKSA 4ATLA 1B3ZA 4FK9A 3LPGA 2XWEA 2V5CA 3GYCA 1FFRA 4PUEA 4AZ5A 3TTOA 2WVUA 3GH7A 1B3VA 1JXKA 4DUVA 2CKRA 3ZJ6A 1ZB5A 1UYQA 3S2CA 3VDAA 1JZ5A 3WFZA 4BQ3A 3K1DA 3VIOA 1IV8A 4CN4A 4W84A 4GO9A 7TAAA 3DYOA 2WVSA 3W6MA 3U57A 1I1WA 5A3HA 1KWGA 4UFJA 4NRRA 1HP4A 4PMQA 2ZIDA 4GKLA 1GHRA 2YDRA 3VGHA 3PBGA 1KXTA 1V0KA 1D7FA 4M24A 1OGSA 5I6SA 1EIBA 3W0KA 3WH7A 3AXHA 3AIQA 2CETA 1C90A 1M53A 4KGJA 2ZX7A 2WKGA 2CBUA 1QHPA 1XGZA 1NWRA 4TOQA 1QHOA 5M3WA 5JUVA 3IJ9A 4XX6A 3RM4A 3AXXA 1U2YA 1UH4A 2WWCA 2VZUA 4AD0A 3DHPA 3AOFA 3UR7A 3CPUA 2CKSA 4JFSA 3T0BA 3K46A 1AMYA 1CPUA 2WWDA 3T2OA 4GQRA 2GSJA 4Z2JA 4CU7A 3NYDA 4UOQA 3A4XA 3DYPA 1L0PA 2UY5A 4PTXA 5A6BA 1B9ZA 3WD4A 4GQQA 2ZX9A 3F5KA 1OT2A 1E4NA 1XH1A 2XUCA 2WM0A 4HOXA 1S46A 1CGUA 4P7NA 1CBGA 3LPPA 4P7LA 3DECA 1HKKA 5JIPA 5M17A 5BXRA 3RM8A 2EPNA 3GBEA 4QLJA 3RM9A 4MJ4A 2EPOA 4OKDA 1HJXA 1NQ6A 5CPTA 2PC8A 1W9BM 5AY7A 1ZJAA 2WXDM 1E1FA 3VU2A 2XG9A 4AZ7A 1GOWA 1QW9A 1RH9A 3I3BA 1I75A 1XV8A 1GUVA 1VBUA 1W3KA 2YDQA 4Z2LA 4QFUA 1M7XA 1JZ7A 3HMCA 4W87A 2PWGA 4B9ZA 4PN2A 4ML4A 6CGTA 1QNSA 1CNVA 4IUGA 2BVYA 3ARZA 2J74A 3GXIA 1V6XA 4BZYA 5A8PA 4HMEA 4HPGA 1D3CA 4W5ZA 1W3LA 3AS1A 1V6YA 4MTVA 3ARQA 2VJXA 1UD5A 1BF2A 2BNJA 4U31A 4D6IA 4UNIA 2FHBA 1WNOA 4CD6A 1XYFA 3ECQA 5HXMA 4JKKA 4TVCA 1V08A 1BSIA 4TX8A 5A1AA 2EPLX 1QI3A 4AD1A 4ATWA 3ZM8A 3VD3A 1OIMA 4D71A 3BAJA 3VNZA 1F4HA 1CECA 5BWFA 3SCVA 2VRJA 5IXEA 1HVQA 2IXVA 4B15A 1LWHA 1J0YA 4AZ6A 2C7FA 1W9XA 3L4WA 2AMGA 3SEPA 2CBVA 3BLPX 4QLKA 1JNDA 5CLTA 2GUYA 1V3JA 4H7VA 4UQEA 1Q6GA 4LYRA 1E6QM 4A3YA 5AYIA 1WPCA 1QI4A 3PZUA 3B9EA 1EQPA 2WMIB 2J8FA 4AD4A 3AMKA 5A6BD 4AZCA 1M01A 4DWSA 1HJUA 3ZO9A 4HA3A 2YLLA 1W2PA 4W86A 3VIJA 2CITA 2EPKX 1W9DM 5I79A 2GJXB 3UCQA 5JBDA 1SMDA 3EDEA 4JCLA 3UG4A 1GVIA 1KGWA 3AI0A 4D6JA 2J7BA 2J75A 3BC9A 4BA0A 1E6NA 2EBNA 1BGGA 1V0LA 1YHTA 4N42A 3VD7A 2WK2A 3MUIA 3OGVA 1BG9A 3SUTA 4MB3A 4K68A 3BMWA 3AYRA 1U30A 3CH9A 2D3NA 1NOFA 1E15A 5BROA 4GI8A 2C8NA 4FLSA 5EMYA 4PMXA 3T08A 2E40A 2WAGA 1E4LA 5CGMA 5GNXA 1MFUA 3MUAA 3OIHA 3N12A 3KL0A 2XM2A 3K8LA 5DT7A 1PIFA 1QI0A 1W91A 3L4TA 3NUKA 2V3DA 3BH4A 1MXGA 2E3ZA 3MMUA 2FDMA 1B31A 3W25A 5E09A 2G3IA 1QBAA 4AWEA 1FA2A 2QMKA 4F8XA 5C8BB 3AROA 3VD9A 4C7DA 1G5AA 4D1JA 4Z2IA 2WYSA 4OZOA 2GDUA 1OCQA 3RJYA 3IANA 2QHAA 1ZL1A 1ECEA 2D1ZA 2EO7A 5EFFA 1WB0A 4PSPA 1B3XA 1A3HA 1XYZA 3NSMA 3MMWA 3PZQA 5GQBA 1SFSA 3AFBA 1FP8A 1TUXA 1XCXA 1EOKA 3CIVA 4J27A 1DWHM 3NJ3A 2G4FA 5CPSA 5FCZA 2E0PA 4V2XA 2WZHA 3VDCA 4H8VA 5IDIA 4CU8A 2WHLA 1V3KA 4MAZA 4S3KA 1UKQA 3BXWA 2GFTA 3MUY1 2CYGA 2D2OA 4W88A 3WNMA 4AD3A 3W26A 3WQ8A 1FFQA 1UWSA 2XFRA 3ARVA 3VGFA 2D3LA 4R5EA 3AIUA 2VX6A 4A4AA 5CXPA 4TXEA 2W63A 1BYBA 1B30A 4FLQA 2VR4A 3GXFA 4JAWA 4PMYA 1CGWA 2ZUTA 3CZ8A 5A6JA 2JF7A 5BXSA 1ZS2A 3FW6A 2ESCA 2WSKA 3PZIA 3OGRA 1US2A 3WBAA 2BS9A 3L4ZA 5JBEA 5GNZA 1NH6A 4WKAA 1PPIA 3KL5A 2W61A 1HF6A 4AXNA 1GZJA 3N9KA 1J11A 2DT2A 2XTKA 4CKQA 3I3DA 4MB5A 1X6NA 1KQZA 1QI2A 1BVZA 3EMZA 3AMDA 1GCYA 5FD0A 3A3HA 3CUIA 1FHDA 1G1YA 3AICA 1KCLA 4GZIA 1C7SA 4JFUA 1ZJBA 1BYCA 2WZEA 3TTSA 1V02A 3UG3A 4ZEPA 4CGTA 3UETA 5FIPA 1J0IA 3TOPA 2O9TA 3VGGA 1K9DA 2BY0A 2XGIA 4J3UA 1FH8A 1MQRA 4DM2A 2VL4A 4WSJA 3T09A 3PZTA 1SR0A 3ARWA 5KEZA 5E9AA 1EO5A 3TONA 1HJWA 4JKMA 2X0YA 3CUFA 4LX4A 2ZX8A 2WHKA 1EHNA 4UCFA 1DTUA 2ZXDA 1HJVA 3VILA 1CZ1A 3O2LA 1G01A 1MXDA 1E9LA 4P7RA 2PWEA 2DH2A 4AIOA 3F5JA 3VIPA 2WC3A 4NZCA 1N82A 3SCRA 3VPLA 1C7TA 5FL1A 4OOZA 3T0DA 1OIFA 5LYRA 2ZXBA 2YL9A 3AIVA 1C93A 3MUZ1 4BCEA 2VZOA 3IJ7A 4EK7A 1W3HA 3OZPA 3GNRA 4CN1A 4P8WA 1DWAM 1UQYA 3K8KA 1ISZA 1J10A 3WF3A 1VFUA 2BVTA 4PCSA 1B3YA 1KR1A 1V3HA 1GQIA 1DWFM 3AIEA 5CSYA 2E4TA 1EDTA 4HU8A 1WZLA 1H41A 3AHVA 3L2LA 2XIBA 2XPKA 1NARA 4WIWA 3EDDA 4Y7EA 2XWDA 3O6AA 4Z2KA 2WMGA 4GI6A 1Q4NX 1KQYA 5ABFA 4UFIA 3PTMA 3WD0A 4OBRA 3MV11 1R7OA 3HN3A 1JXJA 3ZT5A 2YJQA 1WDRA 3VD4A 2D24A 1JYVA 5FL0A 2Y4SA 1V3MA 3W28A 2OYLA 3VM5A 2UY2A 2PI6A 1A47A 4YHEA 4CD5A 5AC5A 1MW2A 2DDXA 2F61A 2J77A 4V27A 2J7FA 2XM1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3WLK X;  3AYS A;  2W9M A;  1J96 A;  2ZA2 A;  3UD6 A;  3RX4 A;  3N2B A;  4UC5 A;  3C4U A;  4M6V A;  4ODK A;  3FHQ A;  4S38 A;  3MW7 A;  4YXG A;  1J0J A;  4GAC A;  5F2I A;  2G96 A;  4O52 A;  2X16 A;  2P0I A;  4JYS A;  2PPN A;  4HTY A;  1V6T A;  4GWE A;  4GC4 A;  1PWM A;  3CC1 A;  3DFO A;  3LRL A;  5FEX A;  1CXH A;  3B97 A;  4GUI A;  1JDF A;  1BRL A;  3HGO A;  6XIM A;  1RCX B;  1Y8B A;  3CAQ A;  3INP A;  3IIX A;  2PMQ A;  3ZLG A;  4UTI A;  5CSS A;  1HXV A;  1K3U A;  4J3X A;  4DNM A;  4EAM A;  4MAD A;  4NAF A;  1Q7Q A;  3G2G A;  3DX5 A;  1U5H A;  3S2L A;  1D7H A;  1F3T A;  2KE0 A;  1OD0 A;  1EXB A;  3H53 A;  4LS1 A;  3W7G A;  1A5B A;  3O0K A;  4IT1 A;  3KCL A;  2W66 A;  4W9Q A;  2NVD A;  4AC7 C;  1Q6F A;  4PUU A;  3FFS A;  3RO8 A;  2AKM A;  5FF2 A;  4HZM A;  2W62 A;  2NLY A;  3PR9 A;  1RD5 A;  1SYT A;  2CLL A;  3WBW A;  3ART A;  3NQM A;  1TTI A;  4GQB A;  3V0T A;  3GNP A;  5MF5 A;  5E9X A;  3EEZ A;  3VMO A;  2CER A;  4AZB A;  5BRP A;  1HVX A;  4JFK A;  4GKT A;  4JIQ A;  1CGX A;  1OT1 A;  4HN4 A;  1YEY A;  3FN9 A;  1W9U A;  1VEP A;  4LUS A;  4KET A;  5LNU A;  1Q6Q A;  5G4W A;  1PO9 A;  1KXV A;  3ALG A;  3CL6 A;  4UR8 A;  2VDI A;  2FMO A;  1HT6 A;  3R8G A;  4BQ2 A;  2O0T A;  2F9R A;  1UD3 A;  2RGL A;  3Q4D A;  1Y0O A;  4LVA A;  1THF D;  3DYM A;  3H24 A;  3ERP A;  3OQE A;  1J5S A;  3H55 A;  1F4A A;  2ZA1 A;  2PLM A;  3VII A;  1MO0 A;  1AW1 A;  5AC6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RM8A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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