3RM9 | Genus

Total Genus 129

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	129
sequence length	377
structure length	377
Chain Sequence	YQLTCYFTNWAQYRPGLGRFMPDDINPCLCTHLIYAFAGMQNNEITTIEWNDVTLYQAFNGLKNKNSQLKTLLAIGGWNFGTAPFTAMVSTPENRQTFITSVIKFLRQYEFDGLDFDWEYPGSRGSPPQDKHLFTVLVQEMREAFEQEAKQINKPRLMVTAAVAAGISNIQSGYEIPQLSQYLDYIHVMTYDLHGSWEGYTGENSPLYKYPTDTGSNAYLNVDYVMNYWKDNGAPAEKLIVGFPTYGHNFILSNPSNTGIGAPTSGAGPAGPYAKESGIWAYYEICTFLKNGATQGWDAPQEVPYAYQGNVWVGYDNVKSFDIKAQWLKHNKFGGAMVWAIDLDDFTGTFCNQGKFPLISTLKKALGLQSASCTAPA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5357869867073206__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5357869867073206__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RM9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5357869867073206__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5357869867073206","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RM9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5357869867073206__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d02aae5be45aaff67f4ef03/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d02aae5be45aaff67f4ef03/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Identification and Characterization of Acidic Mammalian Chitinase Inhibitors pubmed rcsb
molecule keywords	Acidic mammalian chitinase
total genus	129
structure length	377
sequence length	377
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2011-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	3rm9A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3rm9A01

2BY0A 2JEPA 3DC0A 4UTFA 4WSJA 4Z2IA 3UG3A 4AEFA 1H0GA 3CHFA 4AW7A 1E3ZA 1DWHM 3VX1A 2V3GA 2FHFA 5E6YA 3ARXA 1QNRA 3VPLA 5CQ1A 4CCCA 3N13A 5A6LA 4CCDA 1U30A 3W26A 1HX0A 2XM2A 3MSGA 3GH5A 3T2PA 2J7BA 3A3HA 4OBSA 1KXQA 1BYAA 1E6NA 2XM1A 4JCMA 3ZT7A 4WKFA 2W61A 1FFQA 4D6CA 1EHNA 2JE8A 5I23A 2FGZA 3MSDA 2QF8A 4W5ZA 4ZENA 1ZBWA 1EDTA 3WD4A 1JYXA 1E0WA 1UQZA 2CYGA 2CIPA 2ZIDA 3WEMA 4UFIA 3A4XA 1B3YA 1JZ3A 3WUGA 2ZUWA 1PJ9A 4F66A 1ZU8A 4U5KA 3MUIA 4X0VA 4TOQA 3T2OA 1OD8A 3K8KA 1HIZA 1XD1A 1X6LA 3W82A 4JKLA 2DSWA 2V3FA 3K8LA 3L2MA 1OT2A 3CUIA 1GHSA 4CD8A 2JIWA 2O9TA 1WAWA 2W63A 4MB1A 4FLSA 4JFTA 5A6MA 3II1A 4OBRA 1QPKA 4OZOA 3ARTA 4B16A 2A3BA 3AOFA 2WKLA 3GDBA 1B1YA 3TTYA 2GUYA 5DT7A 2YA2A 4ZXOA 3WQWA 3THDA 4AZIA 2D23A 3GNOA 1XRVA 3VMOA 3CZKA 2DSZA 4D6DA 1TG7A 3GM8A 5DO8A 4AZBA 5I78A 2HVMA 1JYNA 5LA1A 3POCA 5ABHA 1UWIA 2VZSA 1N82A 1SR0A 3MANA 4CD6A 1WPCA 1EO5A 1BG4A 3MS8A 3WENA 1E6XM 3BAIA 1UWQA 4TVUA 4AD2A 1CWYA 4MB4A 1F4AA 4LX4A 3IAPA 1CXKA 4J3XA 4M80A 4UZSA 3ZM8A 3WNNA 4UFMA 1FFRA 2WZIA 3CUGA 4N42A 3SUUA 2CHOA 3UG4A 3NUKA 4DWSB 7CGTA 4J3WA 3OGRA 4JHOA 3BXWA 2QMJA 2X05A 5JBEA 3B9DA 3CZ8A 2RGMA 3ZR6A 2FH8A 3WF3A 1XSKA 2J7DA 3VU2A 1K9FA 8A3HA 4W7WA 1K6AA 1V3MA 1LL7A 3EDEA 1TA3B 4W7VA 4JFVA 3LPPA 2J74A 1VENA 1MFVA 4HOWA 3PZNA 2XUCA 3SIMA 5CSUA 3ZJKA 1NP2A 3GXIA 5A2CA 5I2UA 1WO2A 1CGUA 3W25A 4HTYA 2JALA 1LLOA 2ZWZA 5BXRA 5HXMA 2Y24A 1W3JA 5DF0A 2DSUA 1XC6A 4KGLA 4AC1X 3VIFA 4M56A 1UA3A 4D6HA 1UKTA 4PCSA 2W91A 5CPTA 4R27A 2A3HA 2OLHA 3TA9A 4CD5A 3ZSSA 3I3DA 4ATWA 2ZICA 1HVQA 2WVVA 4PTMA 4TX6A 5ABFA 1E5JA 4A3HA 4F9JA 3A47A 4GKLA 1E0VA 2DH3A 4OOZA 5IHSA 3QR3A 1G94A 1I1XA 3VM5A 4J3VA 3I3BA 1J0IA 1US2A 3EMCA 2D0GA 2WC3A 3ZR5A 3WUEA 4GZJA 3D5HA 1CXLA 1V6YA 4TTUA 2E40A 3NSMA 1UZ4A 1S46A 2WSPA 4CVWA 1RD6A 4AZ6A 1KGUA 2WANA 1K9DA 1DEDA 2XIIA 1QNSA 2G3NA 1UD4A 1GONA 4WF7A 4QDMA 1J12A 1QNPA 4JL2A 2O9RA 2X1IA 2YLLA 2YOCA 5CXPA 4IUGA 4WK9A 1JF6A 3GXDA 3SCOA 3WD3A 3FHAA 4XUYA 4NF7A 2VOTA 5CSYA 4EK7A 1IZKA 1E70M 1NQ6A 2W5FA 4X0NA 2PWGA 1HVXA 1UD8A 1R85A 1O7AA 1Q6DA 1PEZA 3AMLA 1UD5A 4ACZA 4P8XA 3AS3A 5IHRA 1EOKA 1OT1A 1UD2A 3AHYA 6CGTA 3L4TA 4W5UA 4C7DA 4QLJA 2VURA 3ZMRA 2ZUTA 5CLWA 1CBGA 1OIMA 5E0CA 4W7UA 3BMVA 1GOQA 2J8GA 1MW1A 1Q6EA 1UKSA 1MFUA 5EFDA 4ZEPA 3PZVA 4FLQA 5C71A 4Y7EA 2G3JA 1V08A 2GDUA 3SURA 4HA1A 3L4UA 1U33A 4KMQA 1XSJA 2CKSA 2NT0A 4OJYA 5I3DA 1VF8A 3OZOA 2V38A 2ZXQA 4W84A 1UD3A 1Z32X 3BAWA 4CGTA 4CN4A 3CMJA 3SCVA 1UHVA 1UUQA 5EBAA 4AWEA 2VR5A 1WDPA 1W2PA 3RO8A 1CXEA 5EFFA 2O9PA 7A3HA 2J4GA 1HKIA 1W1VA 3G6MA 4GO8A 2WK2A 3CLWA 4D6JA 3W53A 2WKGA 4KGJA 2VX6A 5HDRA 1PZ2A 1SYTA 1RP9A 2YL8A 1KR1A 4XV0A 5AYIA 1UWTA 3UESA 2VRKA 1BFNA 1EOMA 2YA0A 1KR0A 2WMGA 4OUEA 2VCBA 1D2KA 4PBGA 1XH2A 2VVNA 1EGZA 3BH4A 4UNIA 5BXPA 4JKKA 2YDQA 4BF7A 4CU6A 2UWFA 2QMKA 4HPGA 2GFTA 1Q4NX 2Y5EA 2GDVA 1W3KA 2WVVB 2VZOA 4YN5A 5DMYA 1V3IA 4UFKA 4HOZA 5IFTA 2WHMA 1HF6A 1XSIA 5F7UA 1P6WA 2CNCA 3KEHA 1H2JA 1JZ5A 4TXEA 1CZ1A 3WDPP 3SCNA 2XFFA 1B3WA 1V3KA 1GCYA 5IXEA 3CZEA 3AQUA 1FOBA 2ZOXA 3RMEA 2A3EA 1R87A 3VM7A 3WNMA 1DWFM 2WMIB 3W38A 1OBAA 5D8WA 5AY7A 2VRQA 1BGGA 1KXTA 1ZJBA 4X9YA 3AFBA 3WQVA 3VDHA 9CGTA 3N15A 2F61A 1UR9A 2X09A 1SMDA 1E71M 1VFMA 1V6VA 2D24A 4PCTA 2E8YA 1DTUA 3ZOAA 4U2YA 1QHOA 2PBOA 4H41A 1C3FA 1NOUA 2D0HA 1XCWA 2XFRA 1CGXA 2CCRA 3SUWA 2DDXA 5CPQA 1C90A 1GVYA 1RP8A 2WZEA 2NSXA 1KB3A 1ZJAA 3BGAA 1JL8A 1ISXA 1GUVA 2WB5A 1UKOA 1HP5A 5E6ZA 2ZX9A 1UWUA 3KL3A 5CGTA 3MUZ1 2WZHA 1QI2A 5I24A 1VFUA 1V0LA 1PIGA 3AXXA 4KRUA 1V03A 4AZ5A 3HJEA 2CBJA 4PTVA 1EH9A 1OGBA 4W85A 3WFLA 3J7HA 4CUCA 1WZKA 1VEPA 4UQDA 5DT5A 1BHGA 4AZGA 3OA5A 3UERA 1KXVA 1LL6A 4QAWA 1EIBA 3SUSA 3B9EA 1H5VA 1G0CA 1PX4A 1VFOA 2EPLX 1C93A 4WSKA 4BS0A 4URIA 1H11A 5HPCA 2Y8KA 1V02E 3WL0A 3NYDA 1G9HA 2VR4A 2XVGA 4AMCA 2XVNA 4TTGA 1G1YA 1H0IA 1TUXA 5GNXA 4M24A 2WYSA 2TAAA 1EDGA 1B2YA 2WAGA 4HZ6A 5E0FA 1E1FA 2VZVA 4GO9A 3WDRA 4MAVA 2OWXA 2VX4A 1J9YA 1HL8A 1M01A 4F8XA 3VIHA 1E72M 4EAMA 3ARWA 2XVKA 3RIKA 1JZ2A 1GQKA 2DH2A 2PC8A 2AOSA 2IXUA 1E4IA 1TVNA 1WKYA 1JGIA 1VB9A 4UOQA 3WH5A 1EXPA 3QOKA 3VIJA 3PZIA 3VUPA 2WWDA 4B3LA 3AMGA 4RE3A 4U5IA 1EDQA 1C7SA 4QCEA 3QHOA 3UG5A 2BS9A 2WMFA 3VIKA 4GZEA 1B3ZA 1XCXA 3VOCA 1BYCA 3WH8A 2ZX8A 2GVYA 4M81A 3OGSA 1TE1A 5JIPA 2WVSA 3FHQA 4DWSD 1DHKA 1OD0A 3VGHA 2PF0A 4U2ZA 2VNCA 2J8FA 1JZ7A 1KGWA 2X0YA 1WZLA 2VMFA 4UZUA 5A6BA 4TUFA 2YJQA 1VEMA 1FH8A 4QP0A 4QLKA 1HKKA 4WKHA 3VDCA 3UEQA 2WSKA 5I77A 2QV4A 1UKQA 2V5DA 1B0IA 1HJQA 3KE0A 4JZ5A 1UR1A 4W93A 4BQ4A 2OWWA 5A6BD 3SCPA 4JHZA 3AZSA 3L4YA 2D3NA 4B9YA 1VBUA 1B3VA 3TP4A 5A6AA 4HOXA 1OSEA 1LG1A 1FA2A 1HXJA 4PMZA 2CPUA 4PMNA 4AEEA 6TAAA 3WSUA 2D2OA 5FKYA 2WBKA 1ECEA 2W62A 2E8ZA 3N12A 5FIPA 3LPGA 1DP0A 4D1IA 2DGAA 3WKZA 4GQRA 1GHRA 1QVBA 2E9LA 1GOKA 4PMQA 4F79A 2BNJA 5D9PA 4MB5A 4H04A 2V3DA 5LA2A 3WBAA 1GOIA 5EB8A 4Q22A 1ITXA 2YLAA 1JI2A 3F4VA 2ZUNA 4PMVA 3DYOA 4IM4A 2ZUVA 1BLIA 4B15A 3MUAA 1CECA 2W67A 3BAYA 3WNKA 3VD7A 2E3ZA 2XSBA 3SUTA 1J0ZA 2OYLA 4Z2KA 1EA9C 2AMGA 2ZXAA 3EMQA 3F5KA 1BYBA 1BTCA 4D71A 3MU7A 5DFAA 4UFHA 3NSNA 4D6GA 3VGGA 4P8VA 1V6WA 2JEQA 4TX8A 2XJ7A 1HN1A 1E15A 2AAAA 4C7FA 4MADA 4V2XA 5AC4A 4LPCA 1J10A 4YHEA 1H1NA 4JKMA 5FD0A 5BYWA 4ML4A 4M1RA 3SCTA 1UOKA 4CU8A 3HU7A 5TD4A 2BHUA 4AISA 1OM0A 3CH9A 5FOOA 2D3LA 1KXHA 4MPKA 4D1JA 1VFFA 1KWGA 3WDQA 1A3HA 4XX6A 1HT6A 1CTNA 3K8MA 3VIGA 3T08A 1NH6A 3B8SA 2BHZA 1AQ0A 2DQXA 2VX5A 3EDFA 3VMNA 3A6OA 4HMCA 1ZB5A 3NDZA 3F5JA 3ARSA 1J18A 1MQQA 1V3HA 2J77A 5A2AA 1TFVA 2WCAA 1MQPA 1AQMA 3WQ4A 3HN3A 3ZSTA 4UQBA 1KCKA 3MV01 3SCUA 3MV11 2VRJA 4UFLA 1NWSA 4XZWA 3ZQ9A 1M53A 3IK2A 2G41A 3L4XA 3AIUA 3FXYA 3WBEA 2WW5A 2YA1A 4U3AA 2DPEA 3PZTA 3M6DA 1VEOA 3WUBA 1E43A 4JCLA 1QBBA 1HJSA 2J47A 3MMUA 2CETA 4ZFMA 1LL4A 4PSRA 3L4VA 1KBKA 2A3CA 5GPRA 3PZMA 1QI0A 1QI3A 1V6XA 1RH9A 4MNLA 1XHGA 2D22A 4FLRA 1E4NA 2O9OA 4B3KA 3VIIA 1Q6CA 4J3UA 5CZKA 4EANA 2WWCA 1U2YA 1JYWA 2WVUA 1SFSA 1JFXA 3KL0A 4ATDA 1JZ8A 1WB0A 3BAJA 3L4ZA 1HKMA 2J7EA 2X2YA 3BC9A 2VT0A 3ZJ8A 3BAXA 3NCOA 1E0XA 3VGDA 1DWIM 1HJUA 2G8ZA 4AYSA 2VUYA 1UYQA 1L8NA 3ARVA 4J3TA 4CCEA 5HNNA 2WPGA 3BLPX 3U5UA 3RPMA 1XYZA 3AZRA 1CXHA 3GYCA 1PBGA 3CO4A 3ZIZA 4HMEA 4LYQA 1GZJA 5A8MA 4U33A 2WHJA 2J7GA 3WDIA 2BY1A 3SCQA 5E70A 2UY5A 2ZWYA 1ZBVA 1GOMA 4UCFA 1KQZA 3QGVA 1JNDA 2DT1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3RM9A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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