4MNK | Genus

Total Genus 122

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	344
structure length	342
Chain Sequence	ALKVGFWPAYSVSEFPPSKINSRLFTHLYYAFAELNAPTFEVRVPPGSEKTAEDFTPTVRRLNPSVKTLISIGGGGSEVRDNFAKLNSDASARQRFVKSSIALARRYGFHGLDLDYEYPEPQLEMENFVKLVSELTAAIREEARTSGKPRLLLTEAVYFHQKLFPWEVVTEYPVQFIAAGLDWVNVMAYDFHGSWENFTGAPAALRDSKFTASVGIESFLAAGMPPEKLVLGIPLFGRSWLLKNNNEVGIGAPAVGAGPVDGALSFSEIQNFIRGGAREVFDTTTVSAYAYKDNVWVGYDNQQSVALKVQYAKEKRLGGYFFWSVNQDIDAILPKIASDTWG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__380857208476703__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__380857208476703__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4MNK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__380857208476703__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"380857208476703","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4MNK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__380857208476703__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d007abb58d5532c5c8ee13d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d007abb58d5532c5c8ee13d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d007abb58d5532c5c8ee13d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d007abb58d5532c5c8ee13d/pdb.gz): 470 ms

reading 342 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

342 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:341});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Cycas revoluta
publication title	Crystal Structure of GH18 Chitinase from Cycad, Cycas revoluta rcsb
molecule keywords	Chitinase A
total genus	122
structure length	342
sequence length	344
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2013-09-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	4mnkA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4mnkA01

4AZCA 4UTFA 2WXDM 1LWJA 1V03A 2BXYA 2DQXA 1EIBA 3WD0A 1JAKA 1CPUA 1HJWA 1W32A 2Z1KA 3PN8A 3RDKA 2VRQA 3G6LA 2X8RA 1E6NA 1JXJA 1GW1A 3AHZA 2C7FA 5AY7A 2BHUA 1CXKA 3WUEA 3RIKA 3AICA 1I75A 3W27A 5CXPA 5I77A 3GNRA 3DHPA 2XSBA 3CZJA 4OIFA 2VURA 2JEQA 3LPFA 3RM4A 2VZSA 4P7OA 2DT1A 1E43A 1GVIA 4NSBA 1QOXA 1W3LA 2G3JA 4UQBA 3GDBA 4A3HA 1UD2A 5GNYA 4W7UA 4AWEA 5BWFA 3B9DA 1GJUA 4B9YA 3I3BA 3GXIA 1IT0A 3OIHA 4WKFA 1O6IA 3PZ9A 1RP9A 3BLKA 4ACYA 1GQLA 2WMHA 2YLAA 2VQUA 4R27A 3IANA 3VIKA 3VMNA 3M6DA 3WD4A 2O9RA 4Z2IA 1KXVA 3ARUA 2PWDA 1VFUA 2OLHA 4C7DA 1UHVA 1JD9A 3FHAA 1B9ZA 1V02A 3ZT7A 1NOWA 3N13A 4J3SA 1GQJA 1GHRA 3TTOA 5AC5A 1F4AA 2W91A 4YN5A 4PMQA 3SCTA 2VX4A 1H4PA 1UWIA 2XVGA 3PZVA 1W1VA 4WIWA 1QHZA 2J74A 5HPCA 1AMYA 3AOFA 2E9MA 1UH4A 3PBGA 1E55A 1WNOA 3PZIA 1DWHM 1F4HA 1E3ZA 2WVUA 4W5ZA 2V3FA 4HMDA 1BTCA 4N0RA 3VM7A 3SUUA 5HNNA 2VZOA 3GH5A 2ZWZA 4CVUA 3CMJA 1US2A 3D5HA 4J27A 3N15A 1CWYA 1HJVA 1ZL1A 2VX6A 4W86A 2DH3A 3AHTA 4BQ5A 1K9EA 4GPNA 3T09A 3PZOA 3TP4A 1HVXA 4E4PA 4CUCA 2ZWYA 5D9OA 3RILA 1JNEA 4V28A 1WPCA 1UR2A 2ZUTA 1G0CA 2W61A 2FGLA 3AMDA 2V5CA 3RPMA 1RD6A 1K9DA 1VEOA 2DPEA 4UNIA 1UKTA 3AS2A 4AD3A 1EXPA 1OD0A 1US3A 3ALFA 3TA9A 1U2YA 3K8MA 3CZEA 4J28A 4NF7A 3POHA 4H04A 1GQKA 4UFJA 5BRPA 4HU8A 2CHNA 1WKYA 1VRXA 2QF8A 1J0ZA 2XIBA 4CGTA 1GOMA 3SUVA 4DWSB 2MANA 2EBNA 4CD5A 2J7EA 3L2MA 1X1NA 4PBGA 3AS1A 4UOZA 1PAMA 2XGBA 5D8WA 4MB5A 1EDGA 2WB5A 4Z2LA 3MU7A 1GOIA 4GXPA 4GI6A 4MB4A 1S46A 2EPNA 2F8QA 2J7HA 3K46A 1UYQA 4TTUA 4F9JA 3MKKA 5A69A 3DYOA 2EO7A 2VZVA 1RH9A 2WNWA 3AS0A 2CBVA 4P7NA 3SCVA 3MUY1 4HP5A 1MVYA 1H0GA 4NRSA 1GCYA 2A3AA 3BAKA 1IZJA 3A4AA 3AI0A 4LYQA 4ZENA 1J12A 1W9BM 2YDRA 5D9NA 1KGUA 3WDPP 1UR4A 2WMJA 4P8WA 3RCNA 4Q7NA 2VI0A 2CIPA 2XVNA 5A6SA 1HJQA 2NT1A 1I1XA 4L4PA 1H49A 3WF1A 4FMVA 1LL4A 2W63A 2CXGA 4M81A 4DUXA 2WANA 3SURA 5CGTA 4W85A 4D71A 4WSJA 1BGAA 1HJXA 1VAHA 4EKJA 2YL9A 3NUKA 2IUZA 1KCLA 1J18A 1G94A 3ARTA 3WIJA 1OD8A 1PX3A 2Q8XA 2YKKA 4S3JA 4YPJA 2Y2WA 1CLXA 2PBGA 4M1RA 4ZXLA 2UWFA 1J0KA 2WAGA 3ARYA 4MADA 5E09A 3FXYA 2O92A 5JBEA 3WY1A 2WSPA 1UKQA 4D72A 2GK1B 1EHAA 5IXEA 2WZHA 2WLZA 3IJ8A 1JFXA 3U5UA 2XUCA 2J47A 1V6WA 1KR1A 2GUYA 1H1NA 2G3IA 2FHFA 2YA1A 3TONA 2CETA 2PF0A 1ISVA 1BPLB 1HKMA 2ZUMA 3WF2A 3UR8A 2ZX7A 4TVDA 1ISZA 2D1ZA 1WDPA 4PRWA 3WMBA 3MS8A 4AD1A 1XRVA 4OOZA 1JZ5A 1JL8A 1ZBCA 2XIIA 3DHUA 2YIHA 3PZUA 4JHOA 1XYFA 2CBIA 3VIFA 1KXHA 1KXTA 2FGZA 4GO8A 5EMYA 3WH8A 4CVWA 2D22A 4Y7EA 2UY2A 2WCGA 3GNOA 1MQQA 4UCFA 3T2QA 4ATDA 3VIHA 4EE9A 4OKDA 1JDCA 2AAAA 1BLIA 1TA3A 4PYSA 1DP0A 3KZSA 3UG3A 2ZOXA 3AMGA 1E4NA 1C92A 3T0BA 1ECEA 3BAYA 4GZJA 4AZHA 3OLEA 2PWHA 4ATLA 1CNVA 1J0YA 3ARQA 4GI8A 1HF6A 3MMUA 3W6LA 1VFMA 1KQZA 3K1DA 2DT0A 2XFFA 1AVAA 3S6TA 4MNMA 2V3EA 5CZKA 4CN6A 1H11A 4MNLA 4PMXA 2IXVA 2G4FA 3N1AA 1UWQA 1E15A 5ECUA 3APGA 3T2PA 4X0NA 1H41A 2FHBA 1XH1A 1KWGA 3D3AA 1BYCA 2EJ1A 2GDUA 5ABHA 2W66A 3AIWA 4H8HA 2GSJA 3WSUA 4JFVA 2BS9A 3F5LA 1VJSA 4RE3A 2A3BA 1N82A 4BS0A 1WE5A 6TAAA 1NQ6A 1OCQA 1JG9A 3GNPA 4P8XA 1QBAA 4DM1A 8CGTA 2E9LA 2YDSA 3GTNA 1G01A 1C90A 5BYWA 3QHOA 2DSUA 3L4XA 3W53A 1OSEA 4HOWA 2J7GA 3N11A 2BXZA 3CHDA 1VIWA 4LPCA 5AC4A 2G41A 2WBGA 1E6ZA 1W2PA 1FH7A 4EAMA 4UFMA 5JIWA 2DIJA 4B3KA 2ZUSA 1OGSA 2RGLA 4UQ9A 3DC0A 4D1JA 3OB8A 3UEQA 1W3HA 2OWCA 3F5JA 1ISXA 1HN1A 2J62A 3WDHA 1CENA 2BY3A 2V5DA 1LG2A 1E4LA 1CLVA 2WWDA 3HU7A 3BSHA 2QMKA 3BAJA 1WP6A 2WCSA 1E6PA 2CKRA 4JKLA 2ZXDA 1V6YA 4PEEA 3VO0A 1VEPA 4AEEA 4BQ3A 2GFTA 3AMCA 5D9MA 1KCKA 2J75A 1YQ2A 1VBUA 2CITA 1J0JA 1DEDA 4JCLA 5I79A 1L0PA 1VFFA 1PJ9A 2VR4A 1MFVA 2PWFA 4IPLA 1TFVA 2WPGA 1CXEA 4M80A 3NCOA 1C93A 2UY5A 2DH2A 1FHLA 3WEMA 3U57A 3MV01 4GZIA 2VMFA 4WSKA 5JUVA 3FAXA 1KQYA 1C91A 3ARZA 2UY4A 3QR3A 2VCAA 1B2YA 2DT2A 2WMIA 1QVBA 3RO8A 2XVLA 1UZ1A 2QMJA 1Q6CA 4AIOA 1GQIA 1UWSA 5A8PA 4D6CA 5IFPA 1H2JA 4AMCA 1O7AA 1UOKA 1Q4NX 1L8NA 4B15A 3RM9A 1W9DM 4PMNA 4PMVA 2ZE0A 2WK2A 1E6SM 4PMUA 1EO5A 3U7VA 3GXDA 4WLCA 3N12A 3GH7A 2VO5A 3M07A 1PIFA 3OZPA 3W81A 3W4RA 2BV9A 1HIZA 4HMEA 4DUWA 3VD5A 2J79A 1JZ8A 2Y24A 4NRRA 4TTGA 4JIEA 4U3AA 1WDSA 1JZ2A 1Q6GA 1R87A 4WJXA 3OLDA 4PCTA 2VQTA 3VIGA 1XC6A 1B90A 2VVSA 3WNMA 2CERA 5A95A 4ML4A 4M24A 1I1WA 5I0DA 2J4GA 2YA0A 1NWRA 1H0IA 3WN6A 5A1AA 5C71A 1A47A 5DF0A 4UOJA 3CUIA 3TOPA 1W1YA 3WD3A 4UFKA 3WQ5A 1BG4A 3BLPX 4CN1A 2WKLA 4MJ4A 3KEHA 3AYRA 1E56A 2J8GA 3ARWA 1AQHA 4D6HA 3HN3A 1JZ7A 2XTKA 4N42A 1V3HA 1HVQA 4U5KA 1HP4A 4XZBA 5FKYA 1NARA 1MW0A 3AS3A 3VGDA 1UR0A 3WQ4A 4W93A 4W8AA 1K9TA 4KGJA 2W67A 3AJ7A 2F61A 3U5YA 4UFHA 4AY1A 1V6UA 4OJYA 2ZUNA 1W3KA 4MAVA 5D4YA 4XUYA 2X05A 3W28A 4OOUA 1QW8A 3KL3A 4TOQA 4JL2A 2XFYA 2XM1A 1E73M 5ABGA 1JI1A 5M03A 1V02E 3VIOA 3T0DA 3FW6A 3CLWA 4E2OA 9CGTA 3EDJA 4YHGA 1QI0A 3WBAA 3CUFA 1ISYA 1MW2A 1XD0A 3ARSA 1V3LA 3T0AA 4AXNA 4CU6A 4GKLA 4UQAA 5IFTA 3ARRA 1XH0A 2YBTA 1M7XA 5FOOA 4QLLA 4W7WA 2C0HA 1FP8A 1E5NA 5DEZA 3DYMA 1U30A 3WEZA 5A8OA 3WENA 1QNSA 1KFWA 4XZWA 5EFFA 3THDA 3VD7A 2BFGA 2CESA 3CZ8A 1V3MA 1UUQA 4JCMA 4PTMA 3W37A 2VZUA 3AHVA 3W6MA 1U33A 1UD6A 2D23A 2ZXAA 1V0KA 4PMYA 2JALA 3WNLA 4HU0A 1XSKA 2DSKA 4PMZA 3AHXA 1UKPA 3WELA 3ZIZA 4QDMA 4CCDA 1C7SA 1E5JA 5I24A 3NDZA 3VINA 2BVYA 1KBKA 4AZBA 3VX0A 1GUVA 4EK7A 3QHNA 1BAGA 1GPFA 1CECA 1LG1A 1JYVA 4WK9A 3MANA 4DWSD 3NIYA 3QHMA 3AHYA 2ZUWA 2CHOA 1W3JA 4RE2A 3GBEA 4JZ5A 4KH2A 3UG4A 4P7QA 3ZO9A 1JYWA 4H7VA 3ZJ8A 3CTTA 3AQUA 4D6EA 2Y5EA 3VILA 5BROA 3SUSA 1KGWA 1MQPA 3AYSA 4KMQA 4CCCA 1BQCA 4ZE4A 3CGTA 4EANA 1BVZA 2A3EA 1OB0A 3HJEA 4JKMA 4W8BA 2WWCA 1UWTA 1HKJA 5BXPA 3AIQA 3AIVA 4D6FA 2J7BA 1LJYA 3LPPA 4J3XA 3SUWA 3K8LA 4GINA 2ZUVA 3AXIA 1QHPA 1KXQA 2GJXA 3PZTA 3ALGA 1BGGA 4QFUA 5GQBA 1UWUA 4W87A 3WEOA 1PZ2A 3ZMRA 3ZR5A 1JZ4A 1EDQA 4FF5A 3AXHA 4ZFMA 3NYDA 1CGYA 2XG9A 4ACZA 3B9AA 3VM5A 1B31A 5D9PA 1VF8A 1NM9A 5C8BB 1BFNA 1E1FA 3SCRA 1ZBWA 1DWIM 3ZM8A 1OIMA 1W9VA 1E6RA 3MSGA 1JGIA 3CPUA 3AZRA 1B3XA 2TAAA 2ZX5A 5M3WA 1JYNA 1CTNA 4IPNB 1GJWA 1G5AA 1M53A 6CGTA 4MNKA 4L4OA 1WO2A 1NP0A 2XGIA 1WDQA 3W25A 1R85A 1J10A 1W2VA 1JFHA 4H8VA 4CU7A 5C70A 5A8NA 5HBFA 1TCMA 3SCUA 3WH7A 1FFRA 3MO4A 5KZ6A 5DO8A 3AFBA 3BC9A 5CJ5A 1DHKA 1QI2A 1MW3A 3M46A 2VRJA 4PUEA 5DMYA 2CYGA 3ZQ9A 3SCNA 1HX0A 3UR7A 3BAXA 5CSUA 5IDIA 4KWUA 2NW0A 1TA3B 2WC4A 1HJUA 1LL6A 4AEFA 3KE0A 1EGZA 3K4DA 2B31A 1ZB5A 3WDQA 2W92A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2WBK A;  3WMC A;  1QNQ A;  2XWE A;  3IK2 A;  5AYB A;  4DUV A;  3JUG A;  2E3Z A;  1HNY A;  4JAW A;  4LYR A;  1JZ6 A;  2WKG A;  3BMW A;  3CUH A;  1NWU A;  1GOQ A;  1XGZ A;  4UQD A;  3VKK A;  3L4U A;  1Q6D A;  1V0L A;  3W24 A;  3WUB A;  3QOK A;  1FOB A;  3WD1 A;  3VGF A;  2XPK A;  2BY0 A;  4RE4 A;  3BAI A;  2VRK A;  7CGT A;  2VTF A;  2G8Z A;  4M82 A;  3KL5 A;  2F2H A;  5ABF B;  5A6B A;  2WC3 A;  4PMO A;  4H2C A;  3KL0 A;  1Q6F A;  3OG2 A;  1OGG A;  2QV4 A;  3BAW A;  3A6O A;  5IHS A;  1JAE A;  1AQM A;  4MB3 A;  2AOS A;  1FHD A;  3GH4 A;  1CGV A;  3QGV A;  3CHC A;  5DFA A;  1C8Y A;  3N9K A;  5I2U A;  1LLO A;  1WB0 A;  4TX8 A;  3SIM A;  2WVT A;  3OLI A;  4MJ2 A;  1E6X M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4MNKA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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