4MPKA

Crystal structure of the complex of buffalo signaling protein spb-40 with n-acetylglucosamine at 2.65 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of buffalo signaling protein SPB-40 with N-acetylglucosamine at 2.65 A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mpkA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mpkA01
3WEOA 4AD3A 2EXOA 1J9YA 2WNWA 1NOFA 3CHCA 1WZAA 1G9HA 3THCA 1HNYA 4XB3A 1ZU8A 1NP0A 5D4YA 1E73M 3WH7A 1BVZA 2XIIA 4PCSA 1GJUA 1GOIA 1UD5A 1PJ9A 2BHUA 2BVDA 2WBGA 1HJQA 1AVAA 3LPOA 4A3YA 3UR7A 5JH8A 1JI1A 3NSMA 4AZGA 4CU8A 3LPPA 4LYPA 4BQ3A 3OB8A 4PMDA 4FF5A 1MQRA 2J75A 4KRUA 2YLLA 3BC9A 2EPKX 3OGVA 3O2LA 3BAWA 3TTYA 4CD7A 1MXGA 3OG2A 6CGTA 4M29A 5IFTA 4WF7A 3THDA 2PWFA 1UQYA 3MUAA 3A6OA 4AZ7A 4PMOA 4AIOA 2WW5A 1WP6A 2CIPA 2W62A 3K46A 3FAXA 3TP4A 2YA2A 4J28A 2WCSA 4M82A 5ABFA 5E0CA 2WSKA 1LWHA 4JKLA 2F8QA 3W25A 3LMYA 3K4AA 1TFVA 3ZQ9A 1WE5A 1WKYA 4FK9A 2O9PA 2WVVA 1DWGM 1QI0A 3CZEA 4TX6A 1UWTA 2X05A 3NJ3A 4JFUA 2YLAA 4ZE4A 1E6PA 2WMIB 2W61A 1NQ6A 2J78A 5DFAA 1E4NA 5A8PA 4OBSA 1GOOA 1QBAA 1PX3A 1B9ZA 1WB0A 3BSGA 1J0YA 2XHYA 4ACZB 1HKKA 1SMDA 3AFBA 2GK1B 2DPEA 4E4PA 2VQTA 4JKMA 4MJ2A 3II1A 2ZX5A 1JNDA 4AC1X 1WDQA 3EYPA 4F8XA 5HPCA 1FP8A 2PI6A 4UFIA 3VIKA 1E15A 5AC5A 3APGA 1FP9A 1JYNA 1QPKA 3BLPX 4BQ2A 1OCQA 4BQ5A 1E6ZA 1ZBVA 1Q6GA 2J4GA 3ZMRA 1BSIA 4B15A 1LJYA 1HXJA 1MFUA 4MB4A 2VZTA 1CDGA 2X1IA 5IXEA 1FA2A 1GORA 5CPSA 2VOTA 3GXIA 4AD2A 2DT1A 2VUYA 3A47A 3SCVA 3WY1A 2FGLA 3WD0A 1W9UA 1W3KA 1D7FA 2GVYA 2DSUA 3KE0A 4DUWA 4MJ4A 3GYCA 2JFEX 4IPLA 4BQ4A 3WF1A 3CPUA 3MANA 1Q6DA 4QLJA 2W91A 5JBEA 4WK9A 3B9DA 1VRXA 3WDRA 3LPGA 2A3AA 1EDGA 1OGBA 4MB3A 4NRRA 1J0JA 4JIEA 4P7RA 3AMGA 4F79A 4CVWA 4ZXLA 2D24A 2HVMA 2E0PA 3MKKA 1WDPA 1V6UA 5A8QA 3UG5A 4U2ZA 2D3LA 3W81A 3K8KA 4V27A 3L4XA 1XH1A 4HU0A 1R87A 3W6MA 2QPSA 3POHA 3CTTA 2ZWZA 4R27A 1MQPA 3FXYA 4Q7NA 3N13A 2RGMA 2ZUNA 2Y5EA 1B1YA 1UD4A 1KQZA 1SMAA 1IZJA 1JAKA 4AEEA 3CZJA 5BWFA 2J62A 2ZX7A 4ZE5A 1B3XA 2W5FA 4PMXA 4DM2A 1GHRA 1OM0A 2E9MA 3CHDA 4D6HA 1SFSA 2QMKA 3DHPA 4TVUA 4D6DA 4Y7EA 3RIKA 3ARZA 2NT1A 4JFWA 3ARPA 2OYMA 3PZMA 3F5JA 3VIPA 2VCAA 1QNQA 2CYGA 1ISXA 1KCKA 3ZT5A 4HMCA 1VBUA 2YOCA 2A3BA 5BYWA 3F5LA 2DGAA 5A6MA 2J79A 1N82A 4Z2IA 4AZCB 2VI0A 3L4WA 3MU7A 4UZUA 1BTCA 4UQ9A 5FCZA 3PZ9A 3BAKA 3AXHA 4PTMA 4XZBA 3TOPA 2WVTA 3A4AA 3AZRA 5C8BB 2VT0A 3WMSA 4HPHA 1UD3A 4KMQA 5EFFA 1EO7A 4CD5A 1V6XA 1WZLA 3VIHA 1X6NA 3RO8A 3EBVA 2ZWYA 4J3UA 1YHTA 1EQCA 3ZT7A 4UQBA 4ATDA 3QOMA 1V02A 4BF7A 1UR9A 1ZB5A 2WVUA 4EANA 4NSBA 2XPKA 2E8ZA 5HBFA 4AXNA 2DIEA 1IT0A 3L2MA 4U5KA 4CUCA 3MSGA 4QCEA 2XSBA 1K9FA 3TTOA 1R7OA 3WBEA 4AWEA 4H8HA 1UA3A 3I3EA 3A4XA 1AQ0A 1UR1A 4URIA 2V3GA 1U33A 4J3SA 3W4RA 5F7UA 2VURA 1W1YA 2WKLA 3AQUA 2GFTA 4WIWA 4PTWA 1E9LA 3AIRA 3PZQA 3CHEA 2D22A 2ZX8A 5E0FA 2WMIA 2WMGA 2DSVA 3BLKA 1H0IA 2WVSA 4FLOA 1MW0A 3SUUA 3WNNA 3LPFA 3GNRA 4YHGA 3VKKA 3N9KA 4ACZA 2CHNA 3WQ8A 5JIWA 1J10A 2GK1A 1HX0A 1HJVA 5BROA 4BS0A 4MB1A 1C7TA 1L8NA 4D6IA 3NSXA 4AYSA 1LG1A 4TTUA 2BY0A 2ZUWA 3WELA 3WQ4A 3RMEA 1XH2A 4LPCA 4H7VA 2DH2A 3KL5A 5DMYA 5JIPA 5DO8A 4QLLA 3WENA 3SEPA 1ISWA 2JIWA 3MMUA 4Z2KA 1DWJM 2WMFA 1JYWA 4U3AA 3T08A 2XSAA 4PCTA 2EJ1A 1CGUA 2DQXA 2WLZA 2F61A 2VTFA 4TXEA 1CGYA 1UZ1A 1HL8A 3WDIA 3M46A 4P8UA 1K9DA 3CZKA 1KR0A 1W3HA 3VOCA 2E9LA 3N18A 4MNJA 2NT0A 1Y7VA 5I6SA 2VRKA 1LL6A 1GOMA 2JEPA 5FD0A 5D9PA 1G5AA 2G8ZA 2W66A 4HA3A 1GCYA 5BXSA 1ZS2A 1UOKA 5M03A 1C93A 3WNPA 2J7EA 1VFMA 1H11A 5FKYA 5BXPA 5I24A 4AW7A 1E0WA 3A4WA 4X0VA 1C91A 2IXVA 3ARYA 1BYDA 1BG9A 2OYLA 3AIQA 2GDVA 3RILA 2WC3A 3W0KA 5ABHA 1TE1A 2XVKA 1E43A 1XSJA 2G41A 5BRQA 4WSKA 1JFXA 1HVQA 3AYSA 1OSEA 3BAJA 4DM1A 4YHEA 1E70M 1JL8A 3OLEA 7CGTA 3RM9A 2CBJA 3VGBA 3UCQA 1QVBA 1GQIA 2BXZA 3VU2A 3VDBA 3EDFA 4V28A 5A8MA 3SCSA 3ARQA 1E5NA 3DYPA 1VFOA 3CUIA 5FL0A 3ZO9A 1ISYA 4TX8A 1BYCA 4RE2A 2W92A 3VD7A 4PMNA 4GO8A 1VF8A 2FH6A 3TONA 4E8DA 5KZ6A 1R86A 3CIVA 1OGSA 2A3EA 1UQZA 4Z2LA 1IV8A 1FH9A 3ZJ6A 3WEZA 2ZUTA 4QP0A 1RD6A 4AD4A 1VFUA 4W7WA 6A3HA 4OOZA 1GQKA 4GZJA 3FNDA 5D8ZA 4AZBA 3W82A 4AY1A 2WSPA 1OWQA 2WC4A 4P8WA 1UKQA 3VGDA 1E4LA 3CZLA 2XVGA 4AZCA 1VEOA 4M8UA 3AS3A 2VR5A 3EDEA 2WAGA 2Q8XA 3TA9A 2DIJA 3WD4A 3OLDA 4W5ZA 3G6MA 4UZSA 1MWOA 1H0GA 5JBDA 4IISA 4DUXA 3VGGA 4MTVA 1MVYA 2VZUA 4W93A 1D3CA 3TTQA 3T09A 4AD0A 3VIJA 2GDUA 2QLYA 4AZ6A 1E4MM 3QHNA 3ARTA 5CSUA 1E71M 4RE3A 3GNPA 4PSRA 3ZJ8A 1X1NA 5CLTA 2J8FA 1GUVA 1W2VA 2CBIA 3CH9A 2XM2A 1US2A 4HOXA 4W8LA 4BA0A 1FFQA 3OGRA 1CLVA 4PMVA 2CBUA 3GH5A 4JL1A 4XUYA 4W7UA 4ZEPA 1ZJBA 2FHCA 1YQ2A 3OZOA 5DT7A 1KXVA 1UKTA 1PZ2A 2PWHA 1JF6A 5HPOA 1O6IA 3WIJA 1H2JA 2XG9A 2IUZA 2VQUA 5A94A 1V6YA 3W24A 1JD9A 2C8NA 1HJSA 4TVDA 4WLCA 3W6LA 3CZGA 4HZ8A 4EE9A 3WQWA 1E6SM 1C8QA 4GO9A 1E5JA 4ATWA 3WF4A 1PPIA 2J7CA 3VIMA 8CGTA 2Z1SA 1W9XA 1WCGA 2WK2A 4PMZA 2VCCA 5GNZA 1HIZA 4QLKA 3BGAA 4JKKA 4JAWA 4OBRA 3SCNA 1OIFA 2J7GA 3NIYA 1RP9A 3RPMA 3L4ZA 2PB1A 4UFMA 1GQJA 3S2CA 4HU8A 3IJ9A 4M1RA 3W37A 5M17A 4QAWA 2CITA 5E09A 2DDXA 1OBAA 2V38A 1C92A 1UWQA 5AY7A 1JI2A 3ARVA 2VVSA 5AYIA 3CO4A 4HOZA 1UKSA 1DWAM 1WZKA 5EBAA 3WL0A 4CD4A 3GM8A 4D6FA 2ZXDA 5DEZA 3IJ8A 4V2XA 3WUBA 1CENA 3BAIA 1EOMA 2CKRA 1UR0A 1G94A 3PN8A 2GSJA 1QI4A 3PTQA 3CUGA 4ZFMA 4R5EA 7A3HA 1A47A 2ZUMA 4C7DA 5AC4A 2O9RA 4JCMA 4E2OA 3BMVA 4PRWA 1CWYA 1V6WA 3OLGA 4ATLA 1W91A 4GQQA 2UWFA 3BCDA 5GPRA 3OIHA 1H41A 3RM4A 1BLIA 4GPNA 5A8OA 5D9NA 1G0CA 2XWEA 1R8LA 3I3BA 1EIBA 2YIHA 1TR1A 1B90A 1RH9A 2ZXAA 5EFDA 4W89A 3PZIA 3MMWA 3OZPA 3VIFA 3OA5A 3EMCA 4AZ5A 4CD6A 2AAAA 1U30A 1BAGA 3VM7A 4KH2A 2X0YA 2WMKA 3FY1A 1KR1A 4J3TA 1NP2A 1D2KA 1A3HA 4PBGA 5ABEA 3SCWA 2YL9A 1ZBKA 1ZBCA 3PBGA 1JZ6A 4BZYA 5BXRA 1W32A 4AD5A 3VD4A 3GXDA 1TCMA 4GXPA 1UH2A 3CUJA 3ZT6A 4C7FA 2WWCA 3SCQA 2XYLA 1W3LA 2J77A 3WMBA 5M3WA 3K8MA 1PIGA 4CU6A 2ZUSA 2BY1A 1ESWA 2CESA 4FLSA 3ZSSA 5TD4A 3VTRA 1JNEA 1VAHA 1LQ0A 4CCDA 4CN1A 2DH3A 4A4AA 3F5KA 4MPKA 1K9TA 2DT3A 4DWSD 2WMJA 3VD3A 4MADA 2G3NA 1OINA 3L4TA 4ZENA 3F4VA 3CHFA 1I1XA 1V3LA 2QHAA 1H4PA 2VZVA 3QR3A 1HL9A 2WKGA 3T0BA 3MUIA 2WMHA 1OT1A 4JHOA 2HISA 3AIWA 3ECQA 2WYSA 1HP5A 4H04A 1M04A 2VZOA 1HJXA 4B9YA 1QI3A 3HN3A 3UG3A 1PIFA 4MNKA 3DYMA 4MDPA 2WHKA 1TVPA 4PTVA 4UQAA 1NH6A 4X0NA 1QHZA 4ACYA 2EEXA 3T0AA 3VD9A 4UFHA 3BH4A 2VCBA 4WSJA 3AS2A 5A6JA 1LG2A 1QW8A 1I75A 5A1AA 3N17A 4U33A 2WZHA 1WDSA 1ODUA 1F4AA 3AOFA 2UY4A 1E4IA 2BVYA 1UWSA 1KXQA 2ZIDA 3NYDA 2J8GA 3FW6A 3AYRA 4RL3A 4D72A 1E3ZA 3J7HA 3WQ5A 3WH9A 1G1YA 3ZOAA 3PTKA 3POCA 1AMYA 5C71A 3D5HA 1EO5A 3HJEA 2FGZA 1K6AA 3VUPA 4ZXOA 4QFUA 3GTNA 3BAXA 4LXFA 1JZ5A 1KQYA 2J7HA 3JUGA 4W5UA 3VDHA 3GBEA 3WF3A 3VIOA 3OBAA 5A2BA 2WWDA 3RDKA 4XX6A 1AQHA 5A6KA 3NSNA 1BG4A 1JF5A 4XZWA 3UERA 2VC9A 1DWIM 2YBTA 3AIBA 4UFLA 4CKQA 1PX8A 1HKIA 5IDIA 3WNMA 1V0NA 4HA4A 4LQ1A 4HMEA 1UHVA 3B9AA 1QI2A 3VNYA 2G3JA 4WJXA 4XV0A 4AEFA 4L4OA 4S3KA 2DSWA 4CVUA 1WPCA 5CPQA 1RP8A 5LYRA 1VENA 2VL4A 5BXTA 5DF0A 2ZICA 2XGIA 3WNLA 2BFGA 4U5IA 3VM5A 3T2OA 4KRTA 3SUSA 2A3CA 4EK7A 2QMJA 5A6AA 2VO5A 1OB0A 2YL5A 2BHYA 2E8YA 2JF6A 3GZAA 3EDDA 1CPUA 1CBGA 1E0XA 2JF7A 4PEEA 2ZUVA 4ML4A 3K8LA 4JFVA 1J0ZA 4K68A 1UWIA 4W8BA 4QDMA 3CZ8A 1JAEA 1PZ3A 2W4XA 1NOWA 2BS9A 2DSKA 2J47A 5LA0A 3KZSA 1B31A 4Q22A 3SUWA 4DWSB 1O7AA 2G3IA 4CN4A 1TVNA 1TG7A 3EDJA 3W29A 3PTMA 3WQVA 1EHAA 1DWFM 3BCFA 1VEPA 1CTNA 1KGWA 1BYBA 3QGVA 1W1VA 1E6NA 1OD8A 2OWXA 3U57A 4WKHA 1W9DM 3TTSA 1I1WA 4UNIA 2XVPA 3L4YA 4TUFA 5FOOA 3VIIA 1TMQA 3WKZA 2ZXQA 1VB9A 3AIUA 3T2QA 5D9MA 3U7VA 3PHAA 1QOXA 1PBGA 2OSWA 1OGGA 3W38A 3AI0A 1BF2A 3EMQA 1CNVA 1NOUA 4PSPA 3L2LA 1KBKA 1WZMA 3N15A 3VGEA 1E0VA 1IZKA 2PF0A 1CXHA 1GZJA 3IANA 3WDQA 2J7BA 4LYRA 1C8XA 4H2CA 2UY5A 2XUCA 1C3FA 1ODZA 4JL2A 3UEQA 2AOSA 4UQCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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