4MTVA

Crystal structure of the complex of buffalo signalling glycoprotein with pentasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Signalling Glycoprotein with pentasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mtvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mtvA01
1IV8A 5EFFA 1B31A 1JFXA 2WMFA 1SYTA 2VX4A 2ZX5A 1KWKA 1FHLA 3ZT5A 4UNIA 3VVGA 3CMJA 1E3ZA 5IFTA 1CXFA 2YOCA 2Z1KA 1VB9A 4UQAA 1C91A 1D2KA 4PRWA 1JAEA 3AHXA 3A3HA 4PYSA 4CVUA 3WDHA 1DWJM 2VX5A 3CMGA 3AYSA 4TTUA 1DWHM 4JKKA 5A1AA 1V02E 1PX3A 3BMWA 4QFUA 2WAGA 3QHMA 2YDRA 2WKLA 3VIFA 2BHYA 3VOCA 5ABGA 3U5UA 3OG2A 3ARZA 4UFJA 4H2CA 4CCCA 1ZB5A 3OB8A 1UR0A 1H5VA 5E0FA 3MSGA 3ECQA 3L4TA 4IUGA 2CIPA 3NYDA 4E8CA 5I78A 1UKQA 5E0CA 5ABEA 1IZJA 2OWWA 3W24A 3TTSA 3VX1A 1HKKA 4HMEA 4P8UA 2A3HA 1W32A 2PWGA 3AMDA 1TG7A 3WDPP 4PTWA 2IUZA 3MV11 4CGTA 1VFOA 2FDMA 1V3IA 4S3KA 3EBVA 3AIWA 4JFTA 2CHNA 1OWQA 1G9HA 4J3XA 3UESA 4QAWA 2ZWZA 1OIFA 3GBDA 3EDKA 1RPKA 1EQPA 1FFRA 1ZU8A 3VIHA 1UQYA 5BXPA 3UERA 4BF7A 3AIRA 5KZ6A 3GXFA 2PBGA 4KWUA 1JI1A 1CGWA 5A2BA 4GQRA 2G3IA 3EDEA 3O2LA 2EJ1A 2E40A 2DH2A 2CESA 4BQ5A 1BAGA 4HZ6A 2CYGA 3TOPA 4D6DA 1C8QA 1HL9A 3W28A 5F7UA 1KQYA 2W62A 3T2PA 2V5CA 4MB4A 4PCSA 5DT7A 3T2QA 4RL3A 4CN1A 1ODUA 5HBFA 2WLYA 2NT0A 2BY1A 3VD4A 3WQWA 4P7NA 2VMFA 1Q4NX 5A3HA 1FH8A 3PBGA 3KEHA 5AC5A 3SUUA 4GQQA 4UCFA 1EH9A 1UH3A 3TTQA 3VMOA 4B16A 1E6XM 2DEPA 3GNPA 3K8KA 1AQHA 4GI8A 6TAAA 3A4XA 4MAVA 1CXHA 2BXYA 4LQ1A 4MNKA 4XV0A 3DYPA 1YQ2A 1HIZA 3AIVA 2GK1A 4XZBA 5CPSA 1Q6EA 4GZJA 2GUYA 1Z32X 4U5IA 3T0AA 3VGHA 1E40A 7TAAA 2E0PA 3VGEA 1XSIA 3ZR5A 3LPGA 2J79A 2B31A 1AQMA 3SCUA 1TVPA 1E6ZA 4CCEA 5A6MA 2VQTA 4TVUA 3MMUA 3VTRA 1HVQA 3PZIA 2E9BA 3VIKA 1WDSA 1MQQA 1OD8A 2PF0A 3NSMA 3WDQA 1J01A 2J7DA 1C3FA 1MW1A 1HKJA 3L4XA 4HTYA 4ML4A 3OGSA 4CVWA 3LPFA 2HVMA 3WDRA 1D3CA 3E1F1 3WF0A 3AS0A 3WDJA 5A8NA 2PB1A 3AJ7A 3TONA 1OBAA 4WIWA 4CU6A 1HJVA 1V3JA 2XSBA 1LLOA 3RIKA 1UR8A 1HX0A 2EPMX 3VM5A 3OLDA 3PTMA 4HOWA 3BAWA 2YL8A 2J7HA 2W66A 2WMHA 3W82A 1E4MM 2J7BA 3GDBA 3KZSA 1W1TA 4J3UA 2VTFA 1J9YA 1XC6A 5JBEA 2X0YA 2DQXA 3EDDA 3DYMA 2YA0A 4TVDA 1CPUA 5CGTA 1JZ7A 1GPFA 1CGVA 3WF2A 1V6WA 4M24A 5LA0A 3RMEA 2YDSA 3BCDA 2WHKA 2OWXA 3ARRA 1WPCA 4J3SA 1UQZA 4UFIA 2Y8KA 1J10A 5D8WA 1UWUA 1QOXA 1XD0A 4PMZA 2DIEA 1JAKA 3HU7A 2CBVA 1GUVA 4AYSA 3KL5A 4AZIA 4A4AA 2WNWA 2J4GA 1PAMA 5A69A 4AXNA 5IHRA 1CXEA 1NARA 5EB8A 1QNOA 2VT0A 4W5ZA 3RDKA 1VBRA 4LXFA 3RO8A 4JKMA 4AZ6A 3IK2A 1GZJA 5GNZA 3BAKA 5ECUA 4HU0A 1PJ9A 2W4XA 2JF7A 2A3EA 3PZNA 1WZLA 4N0RA 5HNNA 1UWSA 2GDVA 4AEEA 3SUVA 2EPLX 2UY5A 1MW3A 2YL9A 1WE5A 5TD4A 3AOFA 1LL6A 3ARXA 1DHKA 2V38A 3ZR6A 4Y7EA 1VRXA 4W7UA 1UOKA 3CPUA 3B9EA 3VGDA 3TA9A 3AHZA 3N12A 3MUY1 4HZ8A 4PMVA 5CSUA 1E55A 1GQJA 4PBGA 3MO4A 2DT0A 1WZKA 4AWEA 1H09A 3WH7A 1TA3B 3WDIA 2DSZA 4PUDA 3VDCA 1MVYA 4LYQA 5CGMA 4J7RA 3PZVA 4J3TA 4D72A 5CJ5A 2XTKA 5AYIA 3UR7A 1CNVA 1AMYA 1V6VA 3CTTA 1BG4A 1GJWA 3M7SA 2DSVA 3CZKA 2JE8A 3BC9A 3WBEA 1UD5A 5M17A 1UWQA 1QPKA 5CSYA 2VVSA 2GJPA 2FGZA 5GQBA 3OZOA 4P7LA 4KRUA 4JL2A 4H8UA 1KQZA 1RP8A 3N15A 4F9JA 4Z2IA 1EQCA 1W9VA 1C7TA 1CEOA 1VFUA 3WMSA 2EQDA 5JBDA 4XX6A 2AAAA 4M82A 5C70A 1J0KA 2XYLA 1KXTA 3QGVA 3BSGA 1C8YA 1WCGA 5A6BD 3MUAA 2WM0A 1TFVA 1ESWA 3ZJ8A 1J12A 2MANA 6CGTA 3L4WA 4BZYA 1CXLA 1GHSA 1VJZA 2WHLA 1JZ3A 3CHEA 2G8ZA 3KL3A 3IANA 2D1ZA 1RD6A 2WPGA 5M5DA 1WZMA 4OKDA 5JIPA 2QPUA 2W5FA 2BS9A 4DWSA 4HZ7A 4TOQA 1J0HA 2C0HA 1XYZA 2XM1A 5CZKA 3RILA 3WFLA 1OSEA 4PMOA 1QNPA 3U57A 5A6SA 2CEQA 1W9UA 4WKAA 4JIEA 5LYRA 3UR8A 2ZUTA 3WMBA 4U5KA 1CIUA 2JIWA 4GI9A 2X1IA 1JGIA 4MDPA 2G4FA 3AMKA 4W93A 4JHOA 4JCMA 3VU2A 5CPTA 2OYKA 3SCPA 1JYVA 4OIFA 2XIBA 1D7FA 4L4OA 1XCXA 2V3FA 3NUKA 2JALA 3VD5A 2X2YA 4A3HA 5I79A 1FP9A 3BAYA 1B3VA 1HXJA 2QLYA 1NWUA 2D23A 2VZUA 3AHTA 1KBKA 4PTMA 3FNDA 2CBIA 4UZUA 2EXOA 3ARQA 2WHMA 1HT6A 2W61A 3WEZA 1GOWA 1KR1A 2VZTA 3BAJA 5DEZA 2J47A 3SURA 4X0VA 2IXVA 1HKMA 5DF0A 2D24A 1FOBA 2BFGA 2VI0A 4D1JA 2VRKA 5LA2A 3NSXA 3BGAA 1W9BM 1J0ZA 3SCWA 4H8HA 3WD0A 1FH7A 2VR4A 2FH6A 2DIJA 1CGYA 1HN1A 3F5LA 2ZXAA 1ITXA 1JZ2A 1C7SA 2AOSA 5E6YA 1VEPA 4OOZA 1HJXA 2O9PA 2V3GA 2ZXBA 4AY1A 5D9MA 1GQKA 1QNRA 4W85A 4FLSA 5D8ZA 1B1YA 2EO7A 3F5JA 1UD4A 3VDAA 1EIBA 1MXDA 2WANA 1BYDA 4QCFA 5I5RA 2VCCA 3ARTA 5AY7A 5ABFB 1KCKA 3CGTA 3SEPA 4DUVA 1BYAA 3OLGA 1SR0A 3VNZA 1DWGM 1NP0A 4GKLA 1UKPA 1TUXA 1MFVA 2X8RA 1EA9C 1TR1A 3VIGA 3GH5A 1H11A 2G3NA 1FA2A 3W37A 1ECEA 4ZE5A 2WVTA 4UFHA 4W8AA 1KGXA 3WIJA 1X6NA 3AI0A 2XWDA 4CKQA 5A6BA 3PN8A 1GQIA 4D6GA 2ZUMA 2IXUA 4HPGA 2OWCA 4NRSA 2WC3A 4W5UA 3OGRA 1V6XA 1KGUA 1UR4A 4PSRA 5I2UA 4UZSA 1UR1A 3CHCA 1JYNA 4D6CA 3GM8A 1C90A 1MYRA 3BLPX 1IT0A 3FAXA 3ZJ7A 1JZ5A 1CGUA 2WCAA 2Y24A 3CHFA 2CERA 1OIMA 1V03A 1B2YA 4JHZA 1WDQA 3WUBA 3VD9A 3W53A 4ACZB 2E8YA 2QV4A 2X09A 4P7QA 2WMIA 4U31A 4GIAA 8CGTA 4UQBA 3WBAA 1UHVA 1J0JA 4JFSA 3MMDA 1A47A 2D22A 4GI6A 1JD7A 1EO5A 4ACZA 5E09A 3W81A 1U30A 1W3KA 4GO8A 3AS3A 1ZS2A 4AD0A 1CGXA 1GJUA 2VOTA 1W1YA 4AW7A 5I77A 3KL0A 3K4AA 3WF1A 3EDJA 2VQUA 3GYCA 1B90A 3VIIA 1BVZA 3T2OA 1HP5A 1UD2A 3TTOA 3VGFA 3W25A 1W9PA 3ZT6A 1V0KA 1HJQA 3WEOA 4TX6A 2ZUVA 3CH9A 1UD8A 1JZ4A 2X05A 4HP5A 5DFAA 1DWAM 3DECA 4PMRA 2CITA 4CD8A 4ZEPA 4P8XA 2F2HA 4H41A 1ISZA 3ALGA 1HF6A 1MWOA 4CN4A 3W0KA 5M3WA 3HJEA 1ZBWA 4JCLA 1LWHA 2WWDA 5D4YA 3IJ9A 1OGSA 4EAMA 2GK1B 1VBUA 2DPEA 2D3LA 1LQ0A 2FHFA 2VCAA 2WVSA 4W7WA 3WNNA 4TTGA 2WZEA 3APGA 4D6EA 1GONA 1QHPA 1XGZA 4J3VA 4MJ2A 4RE2A 4J28A 1EXPA 1WNOA 4AD5A 2C8NA 1XRVA 3PZGA 3ZMRA 1KXHA 3I3BA 3K8MA 1QW9A 2ZX8A 4PCTA 3WUFA 1GOKA 3VIMA 3VKKA 1UWTA 1XCWA 1ZJAA 1UKSA 2W92A 5A8MA 1NOFA 3ARVA 3PZOA 2NSXA 3J7HA 2WCSA 5E70A 1UD6A 3MV01 1JFHA 1PIGA 2YBUA 4W8LA 3WQ5A 1LL4A 3S6TA 4EANA 1R8LA 4OZOA 3RJYA 1VFFA 1F4AA 4X9YA 3AIUA 2OSYA 1JNEA 4E2OA 1GVIA 1TVNA 3W26A 3DYOA 5CXPA 1XH2A 4OBRA 1ISWA 1MFUA 2WSPA 1M53A 2NW0A 5D9OA 4D71A 2PWHA 4URIA 4DM2A 1JYXA 5JH8A 4NZCA 2WC4A 4YHEA 1CZ1A 3L4ZA 2VR5A 4M1RA 1GOIA 4C7GA 2CKRA 5FIPA 3ZT7A 1W9DM 2WZHA 4FF5A 5FD0A 3UETA 2WHJA 3ZSTA 2YL5A 1PX8A 3K1DA 5CLTA 4DUWA 1I75A 2D0HA 2UY4A 1WZAA 4CU8A 1QHZA 2YL6A 2V5DA 3NDZA 1H2JA 3L4VA 3TP4A 4MB3A 3WMCA 4HMCA 2GSJA 1VFMA 5JIWA 3GXMA 1JYWA 5FL0A 2BY0A 4TVCA 1CXKA 4JZ5A 4C7DA 1LL7A 5I6SA 4OOUA 3SCTA 2WMKA 1KXQA 4IISA 3VX0A 3AROA 1FP8A 3AQUA 2D20A 4PMDA 3U7VA 1LG1A 4ZXLA 3T08A 5D9NA 3U7BA 5EFDA 3WNOA 5EBAA 4JKLA 4GXPA 3O6AA 1VIWA 1EO7A 4WF7A 4CD6A 3GXIA 4PTXA 3PZMA 1M03A 4HA4A 4MNLA 5BCAA 3VGGA 4ATLA 4UQEA 4AZGA 3N13A 2ZX7A 4OUEA 5FOOA 4PMYA 1NH6A 3I3EA 1BTCA 4WK9A 4TX8A 2EPKX 4AZCA 1TMQA 2XVGA 2E9MA 1UKOA 1LJYA 4AC1X 2DGAA 4V28A 1NWRA 3D3AA 3BAIA 1K9TA 3AYRA 5BXRA 4XB3A 3VDHA 4Q7NA 5EMYA 3WQVA 5HOSA 2ZUSA 1W3LA 4DM1A 3F4VA 2GDUA 3WFZA 4GZEA 5KEZA 1NP2A 3MUZ1 5A6KA 3T0DA 3CUFA 3GXDA 2WVVA 4RE4A 1KB3A 1ZL1A 2C7FA 1EDQA 2FGLA 3S2CA 1XH1A 1N82A 1E15A 2J74A 1E6SM 1PEZA 1CBGA 4QLKA 4AMCA 1DP0A 1WAWA 2BVYA 1QVBA 2GFTA 4AD1A 1NWTA 3WN6A 4PMXA 1NWSA 3WELA 3WY1A 1Y7VA 1E0XA 4KGLA 1BG9A 1UWRA 2BVTA 2WCGA 1EOKA 1B9ZA 3SCNA 3WENA 1Q6CA 5AYBA 3MKKA 1PIFA 3SUTA 3OA5A 3EDFA 1PPIA 4AZ5A 3N17A 3MUIA 3RCNA 1UKTA 4DWSB 3ARYA 1QI2A 4JFUA 4B9ZA 5BROA 3PZTA 1H49A 4FMVA 1JF6A 1E0VA 4ZENA 4PTVA 2XVNA 1X6LA 1Q6GA 4B3KA 4BQ2A 3AIQA 3GH7A 1B3WA 1GQLA 2ESCA 1CTNA 4BQ3A 2W91A 5E6ZA 1J18A 3EYPA 1V0NA 2J25A 5DO8A 5CLWA 4WKFA 1OT2A 3PTKA 5C8BB 1K9EA 4BQ4A 3BXWA 2XIIA 1B3ZA 1UZ4A 4FLQA 5IXEA 2Y4SA 2ZUNA 3WL1A 2J7FA 3VILA 2J78A 3ZM8A 3A4WA 1WP6A 2TAAA 2HISA 3N1AA 5LA1A 4L4PA 3WEMA 4ZE4A 3AS1A 3AZRA 1VF8A 3RJXA 4QCEA 5CQ1A 1V6UA 2XSAA 1GW1A 4WKHA 3OGVA 1G1YA 4MDOA 2CBUA 2ZUUA 1QNQA 3NSNA 3CO4A 3KE0A 3PTQA 1JXJA 2BY2A 1XHGA 2YDQA 3QHNA 4B15A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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