4P8VA

The crystal structures of ykl-39 in the presence of chitooligosaccharides (glcnac2) were solved to resolutions of 1.5 angstrom
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
molecule tags Sugar binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 134
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8vA01
4JFUA 5BYWA 2MANA 2J8GA 5A6BD 3VD3A 4F66A 1EHNA 5I23A 2EPNA 3AIEA 3L2LA 1TG7A 4U33A 4LX4A 3MUIA 2JF6A 1C8XA 1HP4A 2CHNA 5E0CA 1C7SA 1JFXA 1XD0A 1GPFA 5HBFA 4OJYA 1R8LA 4HMDA 5E70A 4Z2LA 1MYRA 4AYSA 1OGGA 3G6MA 2WMGA 1ZJBA 2GDUA 1WKYA 2IXVA 5F7UA 4QLLA 2WVTA 1QHOA 4J28A 3MSGA 1Q6GA 2E8YA 4AIUA 1VEMA 3SCTA 2XWDA 3T08A 3WFLA 2BV9A 1BYDA 1HT6A 1QOXA 3NCOA 3W53A 4CN6A 4TTUA 1NWTA 3WEOA 2XUCA 2ZX8A 1JYWA 4D6IA 3VMOA 1JG9A 2J7GA 6CGTA 3HN3A 4YN5A 5GQBA 3EDDA 1B3YA 5I2UA 4P7QA 5CGTA 3RM9A 1CTNA 4WJXA 4AZIA 3GZAA 4WIWA 4BQ4A 1MQQA 2XM2A 4HA1A 2CPUA 5CJ5A 5JIWA 1UQYA 4M1RA 1GVIA 4CU6A 2VZTA 4P8WA 1LLOA 4H8UA 4V2XA 1HJVA 4AZGA 4HOWA 3WQ6A 4UOZA 1W1TA 3UERA 4AEEA 1JI1A 3JUGA 2WNWA 4U31A 3VNYA 1E4IA 1XC6A 3DYMA 4AMCA 4ML4A 1WO2A 1RPKA 2NSXA 3VGGA 1UG6A 1GQKA 3WL0A 2XHYA 2DEPA 2DIJA 3GH5A 1E6NA 4YHEA 3O9NA 3EYPA 3N13A 1UWUA 2D23A 5A8NA 5DF0A 2D24A 4JFVA 3AROA 3CHEA 1U2YA 4JHZA 1EXPA 2JF7A 2UY3A 8CGTA 1HN1A 1LWHA 5CLWA 2BY3A 2C0HA 3CHFA 3RPMA 4WLCA 4GZIA 1E43A 2WC4A 4MPKA 2BY1A 2PWHA 4JZ5A 1NP2A 3BAJA 1QI3A 4CGTA 3AYRA 4Z2JA 1QPKA 3WNNA 2CXGA 1WDSA 3ARWA 3AS2A 3AHXA 3WDRA 1GCYA 3APGA 1G5AA 1E5NA 1J0JA 3CBWA 1UD8A 2WHJA 1FH8A 3VNZA 3FAXA 3AHZA 3F5LA 5FKYA 4AD2A 1XYZA 3I3DA 5D8WA 1FH7A 2WLZA 1NARA 2WCSA 2ZOXA 3OLEA 1J9YA 1E56A 3M07A 4B15A 4HA4A 1VEPA 1J0YA 4CCCA 3VTRA 1C90A 1VBUA 1PEZA 2CNCA 3FNDA 1XRVA 1JZ3A 3VUPA 4U5IA 1CGYA 1V08A 4GIAA 3F5KA 1OT1A 3ARPA 2JEPA 2VX4A 3TA9A 2F61A 1UKOA 5HPOA 3WH5A 4DWSD 1JAEA 2D0FA 1HJSA 4E4PA 1ZBWA 1JZ5A 2VOTA 1K6AA 1E6PA 4UQ9A 3WMBA 1CEOA 4TOQA 4PMXA 4LPCA 2ZXQA 4MB5A 1Q6DA 2J79A 2J7CA 3W6LA 2EQDA 4IISA 3UR7A 2A3CA 2VJXA 2YBTA 5A8QA 3B9AA 2EJ1A 2ZXBA 3PZQA 5AC5A 4URIA 1VJSA 1KWGA 2WMIB 1EA9C 5ABFB 2BY2A 4CD8A 2QHAA 3CUGA 2GUYA 3SCUA 4AZ6A 1CXLA 1QHPA 5ABGA 2OSXA 2E8ZA 3AXIA 1FFQA 3MMDA 2J62A 3SUSA 3WNOA 1UUQA 2FHFA 3A4XA 1UR1A 2XTKA 1V6VA 1UR4A 3W82A 3RM8A 4R5EA 1KXTA 1BHGA 4HZ7A 4PMRA 2FGLA 3EBVA 4A3YA 1V3JA 3HMCA 3WH7A 3CGTA 3K46A 1DWGM 5AYBA 5GNZA 4W88A 3RDKA 4KGJA 5KZ6A 2YLAA 3WUFA 1JI2A 4PCTA 5A2CA 1AQMA 4J3UA 3MV11 4TX8A 2DT1A 3SCOA 2DQXA 3VPLA 3WFZA 4Z2IA 1ZS2A 2W4XA 4J7RA 1R85A 3L2MA 3GNPA 3BXWA 2NT1A 2CITA 3W27A 2G3JA 1R87A 2PC8A 1JXKA 3LPPA 1BAGA 1C8YA 1NWSA 1EGZA 2VZOA 3AIQA 3RMEA 4HMCA 4BQ3A 3PHAA 1B1YA 2AOSA 3W38A 5GNXA 2CBUA 1JF6A 3WD0A 4MJ4A 4PTXA 2WW5A 3EDJA 3MUZ1 3VGEA 3CZ8A 2VZUA 5DT7A 2EO7A 3OIHA 4QCEA 1U33A 5JBEA 1HX0A 1JZ2A 5CG0A 4OZOA 1ZL1A 1B0IA 2XVKA 3PTKA 4MDOA 2X05A 4CN1A 3VD9A 4AW7A 1BG4A 3WQ8A 1BYCA 2XGBA 3AXXA 1R7OA 3CUFA 7TAAA 3T0BA 1XSKA 4W8BA 4EK7A 2X09A 3VILA 1TA3B 1VRXA 1HKIA 3VIFA 1B3VA 1C8QA 3SCWA 1CLXA 3IAPA 3BMWA 1UD2A 5D8ZA 4V27A 5BWFA 1UKSA 1CNVA 3WDPP 4AD3A 1KGUA 4KRUA 8A3HA 1QBAA 2NT0A 1DP0A 2ZX6A 1UWRA 1W1YA 3VM5A 1CXFA 2GDVA 4JKKA 1E73M 1XHGA 3KL3A 1MVYA 1FOBA 3BLPX 3KE0A 1HJWA 1V6YA 2GJXA 5IXEA 1CXEA 3W81A 1OB0A 2IXUA 2ZX9A 3O2LA 1LG2A 1CGTA 3DHUA 5I78A 5DO8A 1E72M 2VZSA 1NOUA 3ZIZA 3OZPA 4CKQA 1IV8A 3ALFA 3IJ7A 3GNOA 2WMFA 1G01A 1PX3A 1BQCA 3AI0A 4PTVA 2GFTA 4GI6A 1TVPA 2V3EA 2VCBA 1OINA 4MB4A 3GTNA 4BA0A 4QAWA 2W62A 1E3ZA 1KGXA 1PBGA 3DECA 4OOUA 3S2CA 1HF6A 2WC3A 4AD1A 2GVYA 4AZ7A 1OGSA 2XGIA 4E8CA 1WAWA 1MQPA 1FHLA 2XFFA 2JE8A 4ATDA 5IDIA 1NP0A 2Y24A 2YBUA 2EBNA 1DHKA 1EH9A 5JBFA 2OSWA 2ESCA 3AXHA 4PMDA 2CESA 4EAMA 1PZ2A 2QF8A 5BXSA 4N0RA 1UR9A 4H04A 1RD6A 2BVDA 4AD0A 2CETA 2VRQA 2Y2WA 5E09A 2ZIDA 1DWHM 2CBJA 5BROA 3WDIA 5I6SA 5C8BB 1UQZA 1C3FA 2WSKA 2CCRA 3ZJ6A 4PMUA 2VO5A 2ZUNA 4UQCA 2E0PA 4AD5A 3TONA 3OGVA 3RO8A 4BZYA 1UH2A 5ABFA 3VD4A 1GORA 3D5HA 3CUHA 3CUJA 2J25A 4M29A 4LGXA 2DIEA 1IZKA 4QLKA 1G9HA 2OLHA 3VDAA 2PWFA 2A3HA 2XPKA 2JIWA 3THCA 1CBGA 3RIKA 1BVZA 1F4HA 4ACZB 4B16A 2FDMA 1JYNA 4J3VA 1GQIA 1TZ7A 5ABEA 5D9MA 5A2BA 1HL8A 5CPSA 1RH9A 2PBOA 4UOJA 1GOKA 2EPOA 4WSJA 1MW1A 3OGRA 4PCSA 5BCAA 2FGZA 1R86A 3UG5A 1UYQA 2Z1KA 1JDDA 2CBVA 3M46A 4UZUA 4D6JA 1Q4NX 1U30A 2W63A 1O7AA 1A3HA 9CGTA 2WHKA 3VX1A 2D0HA 2HVMA 1W3JA 2E9LA 1GOIA 4LYRA 3VVGA 5EMYA 1PJ9A 3POHA 2ZXDA 4KRTA 3II1A 1LWJA 1V6WA 3CHDA 4JL2A 5EB8A 4F8XA 4CCDA 2CKSA 1QNSA 1E0WA 3WIJA 2BHYA 3FN9A 1HJXA 3WD3A 4M82A 4LXFA 2EPLX 4JIEA 1PAMA 4CD4A 4RL3A 2VI0A 1Q6CA 1AVAA 1HL9A 5HXMA 2G41A 1WZMA 5IHRA 4HPGA 1CGVA 3AMGA 1WDRA 2ZX7A 3OLGA 4RE4A 4W8AA 2W67A 4W5ZA 3EMZA 1B3WA 5KEZA 1BPLB 3AZTA 4B3KA 1XV8A 5BXRA 5HDRA 1QW8A 1JL8A 3VIIA 3BAXA 1XH0A 4W85A 2GK1B 1GUVA 3T0AA 2XSAA 4MB1A 1TVNA 5FOOA 2PBGA 1W2VA 3ZMRA 1V0LA 4XX6A 5BRQA 1TA3A 2WCAA 2JALA 4LQ1A 4RE2A 1PZ3A 3S6TA 1JIBA 1WPCA 1VIWA 3PZ9A 1DWFM 3BC9A 2Q8XA 1HVXA 2UY4A 2FHCA 4L4PA 3PTQA 3PN8A 3ARSA 4D72A 4TVDA 3WNMA 4J3XA 4U3AA 4U3CA 1J0ZA 1VFOA 2FH8A 3GNRA 1KXQA 2DDXA 2WM0A 1W91A 1V3LA 3GBEA 3AIWA 4WKFA 3T2OA 2ZUUA 3CO4A 3MV01 1MFUA 7CGTA 2W66A 1TMQA 3N11A 5I24A 1B31A 1Q6FA 3DHPA 3LMYA 1ZBVA 3VX0A 5LA1A 4QFUA 1GVYA 2J7FA 4S3KA 1EDQA 5A6JA 3ZT7A 3RJXA 4QLJA 4JAWA 1MFVA 5IFTA 1CGWA 2WAGA 4UFJA 4P8XA 1CIUA 3VKKA 4Z2GA 3QOKA 3T2QA 2BHUA 4D6CA 3WSUA 1EOMA 4GPNA 4X0NA 3VINA 3AHYA 1ITXA 1SMAA 3U7BA 2J78A 3WNKA 1E0XA 1V3MA 2GJXB 2EPMX 1CECA 1UZ4A 4PEEA 3WY1A 3VGHA 4CVUA 4K68A 3KL5A 5ABHA 2BVYA 3CZJA 5EFDA 3KEHA 3TTYA 2JFEX 1FH9A 2Y5EA 3NJ3A 4UNIA 5A6BA 1W9DM 5E9AA 1CGXA 1ISYA 4W8LA 1E3XA 3NIYA 4H2CA 2WVSA 3WQVA 3UCQA 5C70A 1GJWA 1JD7A 4DM2A 6TAAA 1K9FA 2VR4A 2VUYA 2C7FA 4ACYA 1CENA 4OUEA 5A8MA 2YDSA 1HIZA 2VZVA 1WZAA 2VTFA 1W3HA 2O92A 4WF7A 1YHTA 1GONA 5FCZA 4GZEA 3W6MA 1MW0A 1HJUA 2WMJA 3BCDA 1E1EA 1JYVA 3CH9A 1G0CA 3QR3A 3CPUA 1HKMA 3WD1A 5JBDA 5EBAA 2EEXA 4TVCA 5CLTA 1W9XA 1V0NA 4ACZA 3BSHA 4CD7A 1UH3A 3ZJ7A 4WKHA 4NZCA 4DWSC 4N42A 3LPFA 4F9DA 1E5JA 1RP8A 1XCWA 1W9UA 3WQ4A 1KBKA 2ZUMA 1M04A 4U2ZA 4J3TA 3VGBA 4HA3A 3BAKA 5A8OA 3SUVA 3A4WA 1PIGA 3AMKA 2OWCA 1CYGA 3B9EA 3WQ5A 2ZX5A 4AXNA 1EQPA 4R27A 5A6MA 3IANA 1E4MM 3M7SA 3K4DA 2J8FA 4OBSA 3VIHA 2XIBA 2EXOA 1V6XA 1AMYA 3N12A 4AZCB 1JXJA 2YL5A 2RGMA 2G3MA 3SCQA 3AIRA 1ISWA 2A3BA 1OD0A 3KL0A 3VDBA 1V02E 4QCFA 3FY1A 2X0YA 4P8VA 3WMSA 2DH3A 1UD5A 1OIMA 2WVUA 4H8HA 5TD4A 1OM0A 4D1JA 1UA3A 3B8SA 1PPIA 5FD0A 4UQAA 4UQEA 1KXHA 1C93A 5CXPA 1Q6EA 3ARXA 3I3EA 5FL1A 1HNYA 2F2HA 2X2YA 2BY0A 4YHGA 4BS0A 3ARYA 2VQUA 2WB5A 4IUGA 1BF2A 2XVGA 1W9BM 3ZT5A 3BAIA 2FHBA 3AISA 1ZBCA 4GQRA 4EE9A 1UKTA 3CMJA 4J3WA 1GOQA 3OGSA 1MXGA 1FP8A 2WMHA 4J3SA 1JYXA 1BTCA 1ITCA 3ARVA 2CYGA 2GK1A 3OLDA 3KZSA 1G94A 2BFGA 2WZHA 1A47A 1GHSA 1P6WA 2FH6A 2UWFA 4PMQA 1BYAA 4H7VA 3SUUA 3SURA 3AIVA 3AMLA 4M56A 3WBEA 1J0HA 3GXDA 3L4UA 1VFMA 3CTTA 1EDGA 1K9EA 1V02A 4Q7NA 4B9ZA 4PTWA 1BGGA 3SUTA 1OWQA 1JNEA 3MUY1 4KGLA 3VIOA 1BFNA 4MDPA 4P7OA 3TOPA 1E6RA 1ODUA 6A3HA 4HZ8A 2WMKA 4PMVA 1NWUA 5DFAA 3WEMA 3GH4A 5GPRA 1KB3A 1LF1A 4W86A 4C7DA 4CD5A 3N9KA 2VCCA 3CZGA 4FLRA 1UH4A 2W61A 1D2KA 4HU0A 2PF0A 3AICA 3G6LA 1WNOA 4CU8A 1N82A 1UKQA 4NSBA 3F5JA 1VEOA 2DH2A 3ARQA 1G1YA 3VIMA 3WF1A 3WNLA 3MS8A 4IPNB 1H3GA 5AY7A 1UWTA 3VMPA 1UOKA 2WZIA 4LYQA 2V3FA 1X6LA 1J18A 3PZIA 2WANA 4XUYA 2WBGA 1VFFA 2OSYA 1E9LA 4HU8A 2YL8A 3HJEA 3BAYA 3DC0A 1SYTA 4B3LA 4ATWA 3BGAA 3WL1A 4GI9A 4NRSA 2ZUTA 3WNPA 2YJQA 2Y8VA 3CZLA 1EDTA 1ISZA 1QI4A 3ARZA 3GM8A 3ZQ9A 4V28A 4HTYA 1QI0A 2WVVB 4UQBA 3CZEA 2DT2A 1QHZA 1OT2A 2D3NA 4D6HA 1B2YA 1JNDA 4M81A 1KCKA 4U5KA 3GDBA 2ZWZA 2JEQA 3FHAA 4DM1A 4W87A 5CPTA 4KMQA 1UA7A 1AQ0A 4F9JA 1UR0A 1UZ1A 3B9DA 3AIUA 1DTUA 5JIPA 2XG9A 2WSPA 4UFKA 2E40A 1GHRA 4ZXLA 4NI3A 4A3HA 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 3PZU A;  1FA2 A;  2J4G A;  3SCV A;  1R7A A;  2O9O A;  4HOZ A;  1VAH A;  4X0V A;  4P7R A;  4MTV A;  1VF8 A;  2ZUV A;  4QP0 A;  2RGL A;  1H09 A;  2VX5 A;  3D3A A;  1JD9 A;  1WDQ A;  3L4T A;  5D4Y A;  1OD8 A;  4PMZ A;  4GO9 A;  5HOS A;  3QHO A;  2PI6 A;  2UY5 A;  1KR0 A;  2VRK A;  3AHT A;  3CLW A;  3WF2 A;  1ZBK A;  5A6S A;  1GOO A;  1IT0 A;  2PB1 A;  4W7U A;  2QPU A;  3AFB A;  5CQ1 A;  1BSI A;  1J11 A;  3WUE A;  5A3H A;  1QW9 A;  2QMJ A;  3T0D A;  1H0G A;  2XSB A;  4UFH A;  1UR8 A;  2E9B A;  1ESW A;  5M3W A;  3W28 A;  2WK2 A;  1V03 A;  4CUC A;  1L0P A;  3QOM A;  1NWR A;  2ZXA A;  3VD5 A;  3VGD A;  2DSK A;  3U5U A;  1E71 M;  3N1A A;  3SUW A;  5DMY A;  3AHV A;  3WMC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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