4P8XA

The crystal structures of ykl-39 in the presence of chitooligosaccharides (glcnac6) were solved to resolutions of 2.48 angstrom
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
molecule tags Sugar binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 126
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8xA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8xA01
2EPMX 3ZJKA 2BY0A 3I3BA 1VIWA 1BVZA 2ZX9A 5DO8A 3WUFA 2D24A 1K9FA 2DSVA 3MV11 1KR1A 2WC7A 2X0YA 3WD1A 1V6YA 4S3JA 2XGIA 4QCEA 4UOQA 1ITCA 3N9KA 5IHRA 4F9DA 2YJQA 3THDA 2GJXA 1UD3A 1XCXA 2YL9A 3MUZ1 4HMDA 5ABGA 4CU6A 2BXYA 4P8WA 1GCYA 3FHAA 3ZMRA 4D6CA 4CKQA 1TFVA 3WUBA 1HJVA 2ZXBA 3AIEA 3LPPA 1JFHA 6TAAA 4KRTA 4D6FA 2EBNA 3O6AA 3WENA 1NWSA 2WWCA 4W88A 5FCZA 3WY1A 5ECUA 3WNKA 1J10A 3RM4A 1CXHA 4Q7NA 2CCRA 4M29A 2Q8XA 3UERA 3VGEA 3PBGA 3SUVA 1HN1A 1OD8A 1E70M 1UR8A 4WKHA 2GUYA 2E9BA 3CIVA 1MW2A 2JE8A 2W91A 4GQRA 4XZWA 1VFUA 1C8YA 2YDQA 3AZRA 2VCAA 4A3YA 1EA9C 3ARWA 3KL5A 2XIBA 3FAWA 1UWUA 3WH6A 4U31A 4R5EA 4WKAA 1BLIA 4UQCA 4E8CA 1FA2A 5A8NA 1OBAA 3F5KA 5HNNA 4CD8A 1E4LA 2C0HA 3DHPA 3OGSA 3I3EA 4AZHA 4X9YA 4JKMA 1C3FA 5KEZA 2PC8A 1EOKA 4QLJA 4PN2A 3WNOA 4XZBA 1PAMA 4FLOA 4IPLA 4HA4A 2VZUA 5ABEA 2W67A 2WLYA 1H11A 1UWRA 1PZ2A 4C7DA 4J27A 4F66A 4CU7A 3CUIA 3VD9A 2BVDA 2OWWA 2CERA 4D1IA 1PBGA 3TOPA 4PTWA 2E9MA 5GQBA 1KQYA 2BS9A 3MMDA 5JH8A 5A6JA 1OINA 2VX6A 2XVPA 4MDPA 2BNJA 3GM8A 2CBUA 3T2OA 5AYBA 1UWIA 4JFWA 4RE2A 4PRWA 3ZR5A 1ZBWA 2NT1A 2XUCA 1CPUA 2W62A 1H1NA 1V02A 3WFZA 4AC1X 2DIJA 1RD6A 1TVPA 4J3TA 2CNCA 3WF1A 3AMKA 3LPFA 1N82A 1H3GA 1X6NA 1EO5A 1NOWA 3AI0A 3WQ8A 1TG7A 1MFVA 1WCGA 3BAWA 1VENA 4JFSA 4MNJA 2Z1SA 4UQAA 1GHRA 4W8LA 3CHEA 3VIMA 3PZIA 5CPTA 3W82A 4AD1A 1SMAA 2J7FA 5A2AA 4YHEA 3CO4A 1MQQA 2Y5EA 3RM8A 2ZXAA 5A2CA 1W2VA 5DEZA 3VIGA 2HVMA 3A4WA 3A6OA 5GNXA 1JZ2A 3KZSA 4B3KA 4WK9A 3UESA 5I24A 2DEPA 1M7XA 2J47A 1VJZA 2W63A 2XVNA 2XM2A 2J25A 4QLKA 1UH4A 3T2PA 1JGIA 4LYQA 2BY2A 5A8QA 4UQ9A 4GKLA 2J77A 1EXPA 4AWEA 3AXXA 3QR3A 1OSEA 3ARUA 1G1YA 4BA0A 1VJSA 5LA2A 3RJYA 2E40A 4JCLA 2F61A 4P7RA 3UR8A 3JUGA 4W8BA 5BRPA 2GVYA 1GPFA 1J0ZA 1JD7A 3N12A 5D9NA 1BG4A 1Q6FA 3VGFA 1LWJA 1QVBA 3GNOA 3WBEA 2OSWA 1ZJAA 2XWEA 3K8MA 1UD8A 1EH9A 1QI3A 3CZLA 1PJ9A 4F79A 1OB0A 2EXOA 1DWAM 5D8ZA 4AZIA 3VU2A 1UKQA 2C7FA 1KCKA 3VM7A 3VIKA 2XWDA 1WZLA 1QHPA 2YL6A 1DWIM 1B3YA 2ZWZA 4MNLA 2F8QA 4AD0A 1W1VA 2QPSA 5A6AA 2VUYA 1QHOA 4CVUA 5HOSA 3HJEA 5LYRA 3VX0A 3AICA 1CGTA 1CXKA 4HU0A 2PB1A 2G3MA 2J7GA 3CZKA 2AOSA 1ISZA 4MNKA 1QNOA 2JEQA 2XYLA 3AS2A 1OIMA 4Z2KA 4W93A 3AMDA 4HMCA 4Q22A 5BYWA 1K9TA 3KE0A 5BXSA 1BGAA 4CU8A 3AMLA 3VOCA 1FH8A 2YKKA 1B3ZA 4Y7EA 3SCWA 3SUUA 2BVTA 4GPNA 1GVYA 4BQ2A 1JZ8A 3WUEA 2D2OA 1VBRA 4AIUA 3PHAA 4UFKA 5AC5A 2WVVA 4XUYA 1JL8A 2VCBA 2WWDA 3N1AA 3NSXA 2FHFA 1KXQA 2BV9A 4LXFA 4MPKA 2D3NA 1EIBA 2DDXA 1CXLA 4ZXLA 4E2OA 2WBGA 8CGTA 1XYZA 1JD9A 4ATWA 1XD1A 1LJYA 3CBWA 1GOWA 3KEHA 1OGBA 2F2HA 3E1F1 4GI8A 3AZSA 3L4ZA 2X09A 5CZKA 4PTXA 1W1YA 3VKKA 1HT6A 2XG9A 2BVYA 3OGRA 1TA3B 2VR4A 3ZJ6A 3WN6A 1QOXA 1EHNA 1XC6A 1VF8A 1WDQA 3K4AA 1NWRA 1LLOA 1G0CA 2WPGA 1KB3A 1M53A 1HVXA 3N04A 2RGMA 4D72A 3RO8A 3BLKA 2DIEA 3S6TA 3GNRA 4XV0A 3OBAA 4N0RA 4NRSA 4J3XA 1X6LA 4CD6A 1VEOA 4M1RA 1EOMA 2V5DA 5M5DA 4W7WA 3VMNA 3T09A 2PWEA 4QCFA 2FGZA 3W29A 3WH8A 2Y8KA 3BCDA 1PEZA 1JZ7A 3ZSSA 1E6PA 1CTNA 2XFFA 4PTMA 1CYGA 4BQ4A 3POHA 2PBOA 4HOXA 4B3LA 4IISA 1JDAA 2GJPA 2YA2A 1Q6EA 5HXMA 3AFBA 1Y7VA 1R86A 1QNPA 2X05A 2DT2A 4PMXA 4JAWA 3QGVA 3BAJA 1U33A 5CQ1A 2EPKX 2VZTA 3AHZA 5CLTA 2JF7A 4AISA 3W6LA 3NJ3A 4PEEA 5DMYA 1G94A 4FF5A 1UWSA 1CZ1A 1ESWA 4OZOA 3GXMA 1H4PA 3L4WA 2J7HA 3WFLA 2W92A 1J0HA 4AMCA 4F8XA 3L4UA 1O6IA 1GOIA 1UH3A 2PWFA 4W86A 3SEPA 3WD4A 1CWYA 3WQ4A 1XHGA 3VIPA 1E1FA 4AYSA 1NH6A 3BAYA 1E6SM 3UETA 4DWSB 4XX6A 4MB4A 4OOUA 4EKJA 4UQDA 2WMIB 1XH2A 4GXPA 2YA1A 4UFMA 4D6IA 2Y8VA 4J3VA 3EYPA 2J79A 2ZUUA 1U30A 2W66A 2WM0A 2EJ1A 2XJ7A 3W37A 2E3ZA 3WF4A 2DH2A 3LPGA 1JYVA 2JF6A 4U3CA 1E56A 3L2MA 1XH0A 3U5UA 1NWTA 2VI0A 1YQ2A 2YIHA 4CUCA 1UD2A 1ISVA 1CEOA 1R87A 1C90A 2ZUTA 2WVTA 2XPKA 1WAWA 1QI0A 1DHKA 2DT1A 1W1TA 4U5KA 3W0KA 2FHBA 2DGAA 1I1WA 1V3LA 1KWKA 3VGGA 3WEOA 2EPLX 1V08A 2W61A 1E0XA 1JF5A 4GI6A 1NOFA 1HJXA 3WMCA 1ISWA 1RPKA 5EBAA 3PZNA 3AXHA 3VGBA 4Z2IA 2WZIA 2CPUA 4PMRA 3M46A 3W26A 2FH6A 3WDHA 5AY7A 4H04A 1I1XA 2QF8A 3SCNA 3PZOA 1O7AA 2XTKA 3PTQA 3CZ8A 1M04A 1MW1A 5KZ6A 3T0BA 2JEPA 2UY3A 1B3XA 1B2YA 1W9UA 1AMYA 5E9AA 3ZT7A 1GJWA 3BC9A 3DYOA 2ZWYA 2PWHA 3S2CA 1C8XA 1QW9A 1DTUA 3WF3A 4J3UA 5CGTA 3K4DA 3WD2A 4DUXA 3SCSA 1J0IA 1XSIA 1JZ5A 2RGLA 1IZKA 1JAEA 3WSUA 1WNOA 5GNZA 3UG5A 5BCAA 2VVNA 2WLZA 4P8UA 1W2PA 4U2ZA 1R7OA 5LA0A 2D20A 3T0DA 4FLQA 2YDSA 1ZB5A 4AZ5A 3IANA 1FHLA 3WL0A 1OCQA 2QV4A 1BQCA 2ESCA 1E6NA 1V6UA 2G3NA 3TTOA 1DWJM 1BFNA 1WDRA 4GZEA 1CGWA 2VJXA 3ZQ9A 2BFGA 1JG9A 3AIQA 3VIHA 4HOWA 2D0FA 4TXEA 2VC9A 1QBBA 3O2LA 4GIAA 4TVUA 2GJRA 4PMVA 4CN6A 4DWSD 1V03A 5GPRA 1A3HA 1V3JA 3AOFA 1FFQA 4HZ6A 2J4GA 1UZ4A 3EMQA 1TMQA 5CPQA 1JIBA 4PBGA 4CGTA 1BTCA 3IJ8A 1TCMA 1FP9A 1HXJA 3QHNA 1P6WA 1E3ZA 3DYPA 4LYRA 3T2QA 4MAVA 1BYBA 5EFDA 1XSKA 1UR9A 3CTTA 3U7VA 1JDDA 4GZJA 5BXPA 4HPHA 4YN5A 3TTYA 3K8LA 5FIPA 1FHDA 3BAKA 3MS8A 3AMCA 2BY1A 1GHSA 1XV8A 2D0HA 4BF7A 8A3HA 2WMJA 1GW1A 4UFJA 1R85A 3VVGA 1BYCA 1SR0A 1B30A 5F7UA 1OT2A 4OBRA 4P7NA 4ACZA 4TVDA 4HZ7A 1HP4A 1PX4A 1RH9A 1HL8A 3RIKA 2GJXB 1BF2A 3K8KA 3MMWA 3PZUA 2WC4A 4LPCA 3AHXA 1SMDA 5DF0A 3WD0A 1H5VA 1E5JA 1PPIA 1W91A 5DT5A 4ZXOA 1OGSA 2DSWA 2GK1A 2ZUVA 1AQMA 4M81A 3VDHA 3AHYA 1BPLB 4AZCA 1G01A 4P7LA 2ZUNA 2CBJA 1K9DA 1V0MA 2WHJA 1MFUA 4KMQA 5I3DA 2NSXA 3W81A 3VM5A 2ZIDA 1OIFA 3BGAA 3PTKA 3VIOA 3G6MA 1XSJA 3VGDA 1DP0A 5DFAA 2VZVA 3TP4A 3NUKA 3J7HA 3FNDA 3T08A 1VBUA 1CXEA 1VRXA 2WANA 5CPSA 3I3DA 1VFMA 1OWQA 1TZ7A 3ARQA 2WHMA 3KL0A 4KRUA 1DWFM 4IUGA 4U3AA 2VURA 2J74A 3CZJA 1B3WA 5E0CA 4HA1A 1JAKA 3QHOA 3THCA 3ARZA 2CYGA 5AC4A 2XFYA 2Y4SA 2WYSA 3VPLA 3WDJA 3AHVA 3CH9A 3TTSA 2J7DA 3EDJA 5A3HA 1MYRA 2IXUA 1LG2A 1KGWA 4A4AA 3VDCA 3WDIA 1B90A 2FDMA 1CENA 2WZHA 3CHCA 4X0NA 1F4HA 1I75A 1J18A 1F4AA 5A6BA 4H7VA 2ZUSA 4UFLA 1X1NA 4OKDA 4UZUA 1LWHA 1E71M 2VRJA 2J78A 2X8RA 4V2XA 2ZX6A 2WCAA 4JKLA 3AXIA 2DPEA 2WB5A 4EAMA 4GQQA 4MTVA 1NQ6A 1MW0A 3LPOA 2VVSA 2E0PA 2FGLA 2VX5A 4UFHA 2WW5A 3N11A 3A4XA 1GOQA 1H49A 2J7EA 1LL4A 1BHGA 2V3DA 4PMUA 2G41A 4AW7A 3ZJ7A 3PZMA 1FH7A 2PF0A 3DHUA 2YL8A 4B16A 5JBDA 4PTVA 4M8UA 1GNXA 3KWXA 5JBFA 3VINA 2E9LA 4HPGA 3AIBA 4MB1A 4CCEA 2CESA 5I79A 3MV01 1W3HA 5JIWA 3WF2A 4E8DA 1HF6A 3VIIA 4ATDA 3RCNA 3F5JA 1UWQA 2O9TA 2W4XA 4PSRA 3AISA 1ODUA 3PZGA 1UKPA 4AZGA 3AIUA 3CGTA 1C93A 1PIGA 2YDRA 1J9YA 3O9NA 2OSYA 4TTGA 1LQ0A 2EO7A 4D1JA 1NM9A 1V6WA 3CUJA 1JYNA 1HKIA 1HJQA 5M03A 1QNSA 4JL2A 1V02E 1H09A 2X2YA 4AZBA 4W7UA 1UA3A 4UTFA 2J8GA 3OG2A 1WDSA 2WHKA 3GNPA 1KCLA 3NYDA 5CG0A 1XGZA 3GH5A 5E09A 4A3HA 1W3JA 3W6MA 3L4VA 2EEXA 1DWHM 2V5CA 1TE1A 4AD3A 4KGJA 4WIWA 1R7AA 2UY4A 2CKRA 2AMGA 4URIA 1HJSA 4L4PA 3RJXA 1NARA 1EQCA 4AEFA 2QLYA 3WH9A 4JKKA 2UWFA 1V0KA 5EB8A 3WUGA 3IJ7A 3MSGA 4PMOA 5E0FA 1C91A 4Z2LA 2ZUMA 4M80A 4CCCA 1HKMA 3OB8A 1TVNA 1US3A 1J11A 1Q6CA 5A2BA 3SCUA 1MQPA 4PUDA 1J0KA 2AAAA 3CLWA 1NP2A 2YLAA 2WCGA 1BVNP 3AIVA 4V28A 3NDYA 3QOMA 3NDZA 2CXGA 2TAAA 3M6DA 3HU7A 3EBVA 4M56A 4UOJA 3VD7A 5BRQA 3VD5A 4BZYA 1ISXA 1D2KA 1GORA 1QNRA 2ZOXA 2J7BA 5HBFA 4JZ5A 4CD5A 1BYDA 2JALA 2G8ZA 3AS1A 4MJ2A 4PMNA 2A3AA 1K6AA 1E1EA 5ABFA 3WQVA 3SCOA 1US2A 1BAGA 2XFRA 3L4XA 4EK7A 2OWXA 1UD5A 1FH9A 2VNCA 4CVWA 2CEQA 1M03A 3AZTA 3VIJA 2X1IA 1V0LA 3WIJA 1CIUA 4H8HA 3IAQA 2QMJA 3AIRA 3AYSA 3W4RA 3VGHA 1UR1A 4QP0A 1CXFA 3ARXA 5E6YA 2ZXQA 3WL1A 3GH7A 4D6EA 3BMWA 3PZQA 5D8WA 3DYMA 4QFUA 5TD4A 3OZOA 4UQBA 2XIIA 2G4FA 2WK2A 3GZAA 2CHNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1AMY A;  2I1O A;  1GJW A;  3BC9 A;  3DYO A;  4ZO8 A;  1NTH A;  1VGA A;  4F2T A;  1XLL A;  2QCD A;  3BG5 A;  1LOS A;  1AOD A;  3VAV A;  4FXF A;  4ODL A;  1YRR A;  3SCS A;  2CLP A;  1J0I A;  1XSI A;  1RHC A;  1IZK A;  5GNZ A;  4ICM A;  1RD5 A;  4Q8U A;  3TSB A;  1XS2 A;  4NUW A;  2MPH A;  1R7O A;  5LA0 A;  3ES7 A;  2D20 A;  2PDC A;  3T0D A;  1ZB5 A;  3TRO A;  5TNV A;  4I9M A;  3WL0 A;  1PKY A;  3NZG A;  2OQY A;  2QV4 A;  1BQC A;  2ESC A;  4D8Z A;  1P5Q A;  4NZ1 A;  3OHM B;  4H9Z A;  2G3N A;  3LCF A;  3IPW A;  3PK7 A;  1XIF A;  2V0T A;  1FHU A;  1H51 A;  3LHY A;  3ZQ9 A;  4LH8 A;  1V93 A;  2ZRW A;  3VIH A;  3E0L A;  4TXE A;  1QBB A;  4BJH A;  1XWY A;  2NQL A;  3RCY A;  4L61 A;  3FXG A;  1LBF A;  3AOF A;  1T40 A;  3F03 K;  4IJB A;  7ODC A;  3QYS A;  5FEX A;  3TYA A;  2ISD A;  4PBG A;  2P8B A;  3UNT A;  1RXO B;  3DFP A;  5FAG A;  3T4W A;  1OK4 A;  1FP9 A;  4OBT A;  2QCL A;  4LV9 A;  1ZUA X;  5FI8 A;  4LYR A;  3T2Q A;  1UR9 A;  2I9U A;  3U7V A;  1LDC A;  5BXP A;  1VFT A;  3K8L A;  5FIP A;  4AVF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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