4PTMA

Crystal structure of chitinase d from serratia proteamaculans in complex with n-acetyl glucosamine, a hydrolyzed product of hexasaccharide at 1.7 angstrom resolution
Total Genus 127
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
398
structure length
397
Chain Sequence
AHAASYLSVGYFNGGGDVTAGPGGDINKLDVTQITHLNYSFGLIYNDEKQETNPALKDPSRLHQIYLSPKVADLQLLPVLRKQNPELKVLLSVGGWGARGFSGAAATAESRAVFIRSVQQVIKQYHLDGIDLDWEYPVNGAWGLVESQPADRANFTLLLAELHKALDKGKLLTIAVGANVKSPQEWVDVKGIAPYLDYINLMTYDMAYGTQYFNSNLYDSKQWPTVAAADRYSANFVVDNYLAAGLKPAQLNLGIGFYGRVPKRATEPGIDWDKADAAKNPVTQPYFTARETAVFKAMGLDLTKDSYFKYNDIVSKLLNDPQRRFTAHWDSDAQVPYLTMKSAEGKPLFAISYENPRSVALKADYIKSKGLGGAMFWEYGADDNNRLAHQLAESLGI
50100150200250300350300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TI2 (34-37)3H1 (43-45)TI6 (65-68)EMPTYTI5 (48-51)TI4 (47-50)S2 (53-62)3H2 (71-74)TI7 (75-78)TII1 (78-81)S3 (81-83)TI8 (76-79)AH1 (95-101)AH3 (126-143)S5 (147-151)TI10 (102-105)3H4 (158-161)S4 (106-112)AH2 (119-123)TVIII1 (161-164)AH4 (168-183)TIV5 (231-234)S6 (189-194)AH5 (198-204)TIV4 (214-217)AH6 (207-210)3H5 (211-213)O3 (224-226)TI16 (349-352)S12 (353-359)TI17 (360-363)S7 (216-219)TIV6 (234-237)AH9 (328-335)O2 (220-222)TI14 (335-338)TII'1 (226-229)TIV7 (238-241)S13 (365-370)TIV8 (239-242)3H6 (246-248)TIV10 (348-351)TI11 (289-292)TIV9 (292-295)AH8 (307-316)TI12 (319-322)TI13 (320-323)S10 (325-327)TI15 (338-341)S11 (343-348)S14 (391-395)AH10 (374-387)3H10 (397-399)S1 (24-30)TI1 (30-33)TI9 (85-88)TII2 (113-116)TIV1 (152-155)TIV2 (154-157)TII3 (185-188)AH7 (252-262)3H7 (266-268)3H8 (281-283)S8 (269-274)3H9 (295-297)TI3 (35-38)3H3 (88-94)S9 (276-278)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia proteamaculans
publication title Crystal Structure of Chitinase D from Serratia proteamaculans in complex with N-acetyl glucosamine, a hydrolyzed product of hexasaccharide at 1.7 Angstrom resolution
rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase family 18
total genus 127
structure length 397
sequence length 398
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2014-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ptmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ptmA01
3AYSA 3OZPA 5E0FA 4QLKA 4JZ5A 4M56A 4HU8A 2VCAA 4E2OA 4J3WA 4TX8A 4PCTA 4QCEA 2XJ7A 4B15A 4H41A 1GHRA 3PZNA 1J0JA 3ECQA 5A2AA 3AYRA 3UG5A 3A4WA 2VR5A 5A8NA 1B3YA 3WY1A 4J28A 4LQ1A 2WVVA 3KZSA 2EBNA 1CGVA 3EDDA 5E09A 2BY3A 4X0VA 2VTFA 3W6MA 2NT0A 4NZCA 1FH9A 3BCDA 4CU6A 4PMVA 3RM9A 1FA2A 3CZJA 3WD0A 2V5DA 2ZX7A 4BF7A 2PWGA 2VZVA 5A6KA 1HX0A 1OSEA 5AYBA 2VT0A 4QDMA 2WZHA 3CMJA 5DMYA 1ZBCA 4CKQA 2IXUA 2YDQA 5BRQA 4DM2A 2VI0A 3PZGA 1H5VA 2A3HA 5DFAA 4GQRA 2CXGA 1TG7A 4D6JA 2VZTA 2VURA 2WMIA 3PTQA 2XHYA 1W9BM 2GK1A 1PEZA 2VC9A 1UD4A 2CBIA 1V02E 5KZ6A 2DSWA 1K9FA 2QF8A 4AZCA 1BFNA 5EFDA 1KXQA 3NSXA 3AS0A 4QAWA 4UCFA 3UCQA 3L2MA 1Q6EA 1UOKA 1V6VA 1JNEA 2WBKA 3AQUA 5A6MA 3AIVA 1UR9A 1LF1A 3WUBA 2J7HA 1GNXA 4AIOA 1X6NA 4P7NA 4OUEA 4FLQA 1XCXA 1BVZA 2E4TA 1YQ2A 1ZJAA 4WLCA 3ARZA 1EH9A 3ALFA 1QI5A 3FAWA 4C7GA 4CD5A 4CCDA 1Q6GA 3T2PA 1KCLA 3TTOA 1JYVA 1KXVA 4AZIA 4BQ4A 4MPKA 1G0CA 3W37A 4R27A 1PIFA 1XD1A 4PMDA 3W28A 1V08A 4V2XA 1CIUA 3II1A 3ARVA 4XV0A 4NSBA 3WF3A 4W88A 1CZ1A 1CBGA 1QI3A 2WVUA 2D3LA 5CPTA 4UFIA 1V03A 1GOQA 2WMGA 1QI2A 4CCCA 5FL1A 1QHZA 2DT0A 4J3XA 4UFMA 5D9PA 1Q6CA 4OBRA 2VZUA 1XCWA 4ATLA 3PN8A 1MFUA 3VD3A 3TTYA 3L4VA 1BGAA 3SUVA 2V38A 3VO0A 2GFTA 1R7OA 3AIUA 4WK9A 5M03A 2J25A 4OKDA 2YKKA 3AHTA 4GXPA 3VM7A 3WD4A 2WSKA 1JAKA 1UD5A 4V27A 5D9NA 3D5HA 3U57A 1A47A 3BAWA 2EPLX 5CXPA 5I6SA 4UFJA 3ARSA 1E6XM 2ZWYA 3LPOA 4RE3A 4HOZA 4AYSA 1JYWA 1JL8A 1EOKA 2ZUWA 3W0KA 1L0PA 4S3KA 1OM0A 1R7AA 4LYRA 2JF6A 1O6IA 4V28A 1JFHA 2PWFA 4MNJA 4TX6A 1EQPA 2EQDA 3J7HA 1TE1A 3WQWA 1JGIA 1KB3A 3VNZA 1TA3B 4AZHA 4MDPA 1C90A 2IUZA 1G5AA 5LYRA 4JHZA 3WDQA 4JFSA 3S2CA 3CHFA 3K8KA 1SR0A 4CUCA 2OWWA 4A4AA 3SCVA 3WL1A 1KGWA 2GJXB 1PJ9A 2D20A 3HU7A 5KEZA 1J10A 1FH7A 4ZXLA 4HU0A 1KCKA 4W8BA 1MFVA 5A8OA 3OLDA 5A6JA 1GQIA 3FXYA 1KFWA 5I78A 1V02A 3W25A 2DSUA 2DT3A 1JZ2A 4PTXA 3MUIA 4UNIA 1E15A 3PZTA 3HMCA 3B9EA 2D2OA 3IANA 2CBVA 2VRQA 1HL8A 2DH2A 1K9EA 3AXIA 1V3LA 2WCGA 2QPSA 1N82A 4Q22A 4UQDA 1FHDA 1OT2A 3LPPA 1XH1A 1AQHA 1CXIA 4E8DA 5A6BD 5EBAA 2IXVA 4IUGA 4M82A 1HKMA 3VIMA 1UR4A 4LYPA 4AD2A 1GQJA 1WZAA 3TOPA 1EO5A 4FLSA 3I3EA 3WDPP 4UQAA 2E0PA 3ARXA 2WWDA 4B16A 3VMOA 1V6XA 4QP0A 3WFLA 2CITA 1UR0A 2W67A 4WSKA 4FLRA 5BCAA 3WF4A 4Z2LA 3OLIA 3AS1A 3UG3A 1V6UA 1DWHM 4D6FA 2YL5A 1IT0A 1NP0A 4ATDA 2YLAA 3B9DA 4XX6A 3K1DA 3MUZ1 2X0YA 3VM5A 3BAXA 1VBRA 1GUVA 3GTNA 2G3NA 1G1YA 1O7AA 3AHYA 4M8UA 3A47A 3AI0A 3ZQ9A 4LXFA 3WBEA 2J77A 3SEPA 2WVVB 5D9OA 4JL2A 4YHGA 4ACZA 4ZE4A 1W3HA 5D9MA 4J27A 3VGGA 4M80A 3AIEA 1JD9A 5CJ5A 2DSZA 4J7RA 5CLWA 1UH2A 1PAMA 4P7LA 3B9AA 5FIPA 4PYSA 1LL7A 1RPKA 3IJ7A 5BWFA 1CPUA 4YN5A 1AMYA 2EPOA 3WH8A 1JIBA 4P7RA 4NRRA 5EMYA 2WVTA 2D1ZA 5ABHA 1ISVA 1A3HA 2WMIB 2GK1B 4M24A 1V6YA 3WH6A 2WLYA 3SUTA 1MQRA 1D7FA 1MWOA 4AZCB 2XYLA 1P6WA 4OOUA 3ZJ6A 2EXOA 2OYMA 5CGTA 4ML4A 1X1NA 1X6LA 3NUKA 1CDGA 2PWDA 1J0ZA 4AZ5A 2ZUVA 4B9YA 4XZBA 2W92A 1E56A 3T09A 2ZX8A 3ZOAA 8CGTA 1V3IA 5HOSA 3OGSA 1UR1A 3BXWA 3GYCA 4U2ZA 2YDRA 4ZFMA 4BCEA 1PZ2A 5HXMA 2WNWA 1OD0A 1J0KA 4HMDA 1UZ1A 3PZMA 5IHRA 3WH5A 1JDAA 2BHYA 2YBUA 4DWSC 3TTQA 1LL6A 4QCFA 2YDSA 1VJSA 2D0HA 3KL0A 1HJXA 5BROA 2WW5A 5I0DA 3FW6A 1W91A 1GOWA 4PMNA 1W9UA 3CUHA 5CSUA 3U5YA 4Z2GA 1XSIA 3CPUA 4M81A 4H04A 4AC1X 4CGTA 2G3IA 2VMFA 2Z1SA 1W9XA 1RP8A 1B31A 1LQ0A 1QHPA 2HVMA 5A69A 3VD5A 3RDKA 3DC0A 2TAAA 4RL3A 4Y7EA 1CXEA 1GQLA 1JF5A 3WELA 2QPUA 4CN1A 3JUGA 2YJQA 1M03A 3GXMA 1PX8A 2X05A 3RM8A 2RGLA 1CEOA 1W2VA 1XD0A 5A6BA 1DWJM 1W1VA 2XUCA 1MQQA 3VILA 1ITXA 1ZB5A 1JD7A 1ISZA 4CD4A 2DDXA 3PZ9A 1C8QA 1B0IA 1WZMA 3CIVA 3WQ8A 4D6EA 1GQKA 1DWAM 2XWEA 4PMOA 3T2OA 1E0XA 3EDKA 1E0WA 1TUXA 4DWSA 3MO4A 1ODUA 3N13A 2OYKA 1VIWA 1CXFA 4QLJA 4MNMA 1HJUA 4BQ2A 3OZOA 5I5RA 4CN6A 2ZXQA 2MANA 2J75A 3W53A 1SYTA 2O9RA 2WK2A 1D2KA 4W93A 4D1JA 2UY4A 2CKSA 1AQMA 3FAXA 2G4FA 1W9VA 1NOUA 3GH7A 2YL6A 4PTVA 4D6IA 2V3EA 2D3NA 2EPNA 1WB0A 1E0VA 2X8RA 3M07A 3F5KA 2ESCA 5CGMA 4H2CA 3VDCA 2CERA 3A6OA 3F5JA 1QI0A 3PZVA 1EDQA 3RJXA 3BCFA 1KBKA 1FHLA 2BXZA 2E40A 4UFHA 5IFPA 2VVSA 2J7GA 2ZUSA 1K9TA 5A94A 4PMZA 1KR0A 1ITCA 3WNOA 1FOBA 1VEPA 4JAWA 1J0IA 5M3WA 1I75A 3VD9A 2J74A 5IFTA 2QV4A 1CGWA 3AZTA 4UOJA 1V3KA 2VZSA 3PZIA 3MANA 3BSGA 3NIYA 1G9HA 1VAHA 2QLYA 4JKLA 1VFUA 4HOWA 1ESWA 1JYNA 5A6AA 3CLWA 1JFXA 4KMQA 1CXKA 1V0KA 1OWQA 7CGTA 2VQUA 3VIHA 1PBGA 4D71A 4GO8A 2VL4A 3CUGA 1JAEA 2D0FA 3UR7A 3TTSA 1UQZA 3AFBA 4IPLA 3UG4A 1W3LA 1VENA 3SCTA 3GH4A 1UD3A 3U7VA 3EDJA 3CHEA 2CESA 4MAZA 1D3CA 4W8AA 4W87A 1OIFA 3RILA 5BXTA 3AROA 3FY1A 2DQXA 4AZBA 3RCNA 4JHOA 1DTUA 1AVAA 4GZIA 1NOFA 4L4OA 2UY5A 1GHSA 2BNJA 4OOZA 3SCNA 1JG9A 2DH3A 3WUFA 2J7DA 4ACZB 1NM9A 1UWQA 4E8CA 4URIA 5DO8A 7TAAA 2OWXA 3AMLA 1H49A 3L4XA 1CNVA 1QBAA 3QHMA 1UKOA 1CLVA 2WSPA 3OGRA 1UKQA 4H8VA 3AZSA 1IZJA 1W1PA 5LA2A 4MADA 1BLIA 1LG1A 4W7VA 4MJ4A 2JALA 1WKYA 2EJ1A 3CGTA 2CIPA 3VIOA 2Y8VA 3PZOA 5AC5A 1HVQA 1H2JA 2BV9A 2DPEA 4YPJA 4AW7A 4U3AA 1J18A 2A3BA 5C71A 2Q8XA 3AS3A 1NARA 3VOCA 3QOKA 4AEEA 5JBEA 2X09A 3GXFA 4UQEA 1VB9A 3HJEA 3M46A 5F7UA 1EDGA 2WMHA 2WXDM 1UD6A 4CU7A 1UR2A 1VRXA 3BAKA 2EEXA 2GSJA 2WPGA 4HMEA 8A3HA 2AMGA 1V3HA 3DYOA 1EO7A 1W3KA 3W81A 4P8WA 1WDPA 1XSKA 1UWTA 3WH7A 4X0NA 3NJ3A 3A4AA 4AD4A 1XV8A 4WF7A 2VVNA 3SUWA 1GORA 3NSMA 4EKJA 3GBEA 4U3CA 4MNLA 3MMDA 1HKIA 3GZAA 4P8XA 1ODZA 1E6RA 4TTGA 2A3CA 2CKRA 3SCPA 1ZJBA 4D72A 4JL1A 5A95A 2O9PA 3FHAA 3CBWA 1V3MA 2UY2A 2DSVA 3QHOA 4UQCA 3NDYA 2XIBA 1CXLA 4JKMA 2G3JA 4MB4A 4HMCA 3SURA 4CD8A 1KWKA 1VF8A 2WC7A 4A3HA 1H0GA 1BQCA 1V0LA 4ZENA 5JIWA 5A1AA 3VKKA 1QOXA 2BY2A 1UWIA 4L4PA 1BSIA 1BF2A 4AISA 1UWRA 4TOQA 2XG9A 1W9DM 3K4AA 4MB1A 3CMGA 1NQ6A 3WN6A 3L4ZA 2D0GA 3ARPA 5ABGA 4AY1A 1B3XA 1W32A 4EE9A 4HZ8A 1XSJA 3QGVA 1HJVA 4MAVA 3A4XA 2ZX5A 1SMAA 2J79A 2FHFA 1QVBA 3VINA 4EANA 5A6LA 3K4DA 1W2PA 1LL4A 2VX4A 2GDVA 3VGHA 4F66A 1ZU8A 4X9YA 2XVLA 1HP5A 2WHLA 4UQBA 2XIIA 4U5KA 2FHBA 4DWSB 3PBGA 2GDUA 1C93A 1W1TA 1UKSA 4AXNA 1FFRA 4PMUA 1E6SM 4UOZA 2WCSA 2CEQA 4JIEA 1RD6A 4PUEA 3MMWA 3VTRA 2PBGA 4D6HA 2PBOA 3VIIA 1H09A 5HPOA 1OD8A 3IJ8A 1RP9A 5A2BA 4DWSD 2J7EA 4HA3A 1E55A 2F61A 3MV11 3ARRA 3BAIA 4DUWA 1PIGA 3APGA 3VMNA 1UD2A 3S6TA 2WMKA 4A3YA 2BFGA 1B30A 3TONA 2YL9A 1VFFA 3WNMA 4FMVA 4J3VA 4GI6A 3WUGA 3AICA 5DT7A 4HTYA 3AHXA 2ZIDA 3KL5A 4MB5A 3PTMA 1MW2A 4PBGA 3F5LA 2JIEA 4HP5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2OLH A;  1J9Y A;  3AIS A;  4TTU A;  4UQ9 A;  3OIH A;  3VUP A;  1B2Y A;  1UH3 A;  1R86 A;  2VRJ A;  2OSW A;  1B3W A;  4PN2 A;  4U33 A;  3ZO9 A;  1MYR A;  3WDR A;  3UER A;  2ZUM A;  3LPG A;  3AIR A;  2WBG A;  1UKP A;  1E3X A;  4BS0 A;  3AMK A;  1JZ4 A;  2CHO A;  3N18 A;  2ZUT A;  2ZXA A;  2Y8K A;  4KH2 A;  1E6Q M;  3WDJ A;  1TZ7 A;  3RME A;  1TFV A;  2J62 A;  1XGZ A;  1WDR A;  1EDT A;  3FN9 A;  2XGI A;  3N04 A;  2UY3 A;  2J7C A;  3CUJ A;  1U2Y A;  3T0A A;  1XH2 A;  1JI2 A;  2ZXD A;  3SUU A;  2BY0 A;  3CUI A;  4GQQ A;  3NSN A;  3KL3 A;  4ATW A;  1TR1 A;  2J7B A;  3RO8 A;  2VNC A;  1TA3 A;  4C7F A;  3W38 A;  4JFT A;  2AAA A;  3ARU A;  5JBF A;  1GOM A;  3OB8 A;  4KWU A;  5M5D A;  3GM8 A;  2UWF A;  2VZO A;  3VNY A;  1M7X A;  3WF0 A;  4AD0 A;  1LLO A;  4WKA A;  5I23 A;  5E9A A;  2GJX A;  3AMC A;  1DP0 A;  3SCS A;  1E1F A;  1ZL1 A;  1HVX A;  1E1E A;  4PCS A;  3L4U A;  2ZOX A;  2B31 A;  1C7S A;  1UWS A;  1M53 A;  2NSX A;  4AZ6 A;  3WEM A;  3QOM A;  1OBA A;  3BAJ A;  3WDH A;  4PSP A;  3RJY A;  4D6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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