4Q7NA

Crystal structure of the complex of buffalo signalling protein spb-40 with 4-n-trimethylaminobutyraldehyde at 1.79 angstrom resolution
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Signalling protein SPB-40 with 4-N-trimethylaminobutyraldehyde at 1.79 Angstrom Resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 129
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4q7nA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4q7nA01
2WVTA 5M5DA 1FH9A 4MJ2A 2E8ZA 4W8AA 2DSVA 4PTVA 3VMOA 2DT0A 5IXEA 1QNPA 2EEXA 3WF3A 2VURA 3IAPA 3O6AA 2VX5A 4OBRA 1UD2A 3WFLA 5A95A 1D3CA 4F9JA 1KBKA 3VMPA 5A2BA 2PF0A 5C70A 5D9MA 3QHOA 1KR0A 1QI5A 1VRXA 3TTSA 1CLVA 1E4IA 1E55A 4CUCA 2J8FA 2VI0A 3ARUA 4FLSA 2Q8XA 1R87A 1UD3A 3CIVA 5E09A 3A3HA 4PMNA 4PMYA 1UH3A 2NW0A 1BYDA 3WH6A 4CU7A 1M03A 3AI0A 1RH9A 3AMCA 2IUZA 2XG9A 2XJ7A 1LJYA 5DEZA 2VX6A 4ZE4A 1BGAA 1X6LA 4M24A 3NSMA 2GJXA 1PX8A 3AZSA 5JBEA 1OGGA 4ZEPA 3SCRA 2ZXAA 4CN6A 5I3DA 2G3MA 3WQ5A 3AIBA 4JCLA 2WHJA 1DWHM 1M04A 1AVAA 3PTKA 4BCEA 9CGTA 1HN1A 2FHBA 2XUCA 3ARXA 1WZKA 4M8UA 4JAWA 3MV01 3MANA 3TP4A 2VC9A 1EO7A 2YBTA 1J10A 4TVDA 5I79A 4MNLA 4ATWA 4DWSA 3AMLA 1V0NA 1TVNA 4HTYA 2VRJA 3VKKA 3QHMA 1FH7A 3VD9A 1KR1A 5ABEA 1ZJBA 1CGWA 4JFTA 5CPTA 3VO0A 4CN1A 2WBKA 1MW3A 3TTQA 3PZOA 4AISA 3BMVA 4GXPA 1UH4A 1XSIA 1LG1A 4IPNB 1TG7A 3ZJ7A 5FOOA 1CWYA 3BAKA 5AYIA 2EPOA 2X0HA 5D9PA 2XVLA 1H4PA 4LXFA 2E9LA 1V08A 4H7VA 2XTKA 3EDKA 5ABFA 4HA4A 1AMYA 1V6UA 3BCFA 1ISYA 4NRSA 4CD6A 2BV9A 1V0KA 3PN8A 2VR4A 3OZOA 5D9OA 2O9TA 4TVCA 5E0CA 2BVYA 1NM9A 1JNEA 1QHOA 2Y8KA 3SEPA 1G94A 1KBBA 4PMDA 3D5HA 3WUFA 3WNKA 3PZTA 3GM8A 3WD1A 1TA3B 4BF7A 5A6MA 1JG9A 1DEDA 3A4XA 1E0VA 3SUSA 2PB1A 2G41A 3MSGA 1HVXA 4F9DA 1E9LA 2CKRA 3N17A 2BVDA 1CZ1A 1B1YA 1PZ3A 2YA2A 3OLEA 1HKJA 3SUTA 5TD4A 4UFIA 1QI4A 2WSKA 4AEEA 3FAXA 4ZXLA 4UNIA 2ZICA 2DEPA 2BY0A 4LYRA 1DHKA 1WPCA 5E70A 4EAMA 2V3DA 3AS0A 4WJXA 2ZXQA 3VDCA 5A8MA 5A6SA 4PMQA 1A3HA 4CU8A 1OD8A 1J0HA 1OGBA 2CERA 4UQDA 2IXVA 1VEPA 1VFUA 1MWOA 2E0PA 1XD0A 4N42A 1UKOA 4A4AA 1CDGA 1GVIA 1BVZA 1NP0A 4HP5A 1OIMA 5HNNA 3WF2A 2A3EA 3W81A 4EE9A 1EDGA 2CESA 2VX7A 2J62A 7CGTA 2ZOXA 3GYCA 1ZS2A 2QF8A 2PWFA 2PWDA 1W2PA 5ECUA 3RIKA 2WMFA 1MVYA 3APGA 1ZU8A 1CEOA 1ODUA 1TVPA 3WNPA 2Y24A 4PYSA 4PMOA 5EB8A 3AHVA 4AIEA 5D4YA 2PBOA 1EGZA 5E0FA 1ZBWA 1CGXA 4FMVA 3ARVA 1ISVA 4NRRA 1W3JA 2W62A 4Q7NA 2YBUA 2AAAA 5BWFA 3VILA 5A6BA 3ZIZA 3WDQA 2ZX7A 3SCPA 1DWIM 2PI6A 1VBRA 1EIBA 1W1TA 4HOZA 4U5KA 5A8PA 5F7UA 1V0LA 2UWFA 1CLXA 3L4XA 3ZSTA 4XX6A 2YKKA 4OOUA 5DF0A 2Y4SA 2JE8A 5HBFA 1AQHA 1K9DA 2WK2A 1E15A 3W82A 1XYZA 2J7FA 1UKSA 4Z2HA 1VJZA 4AMCA 1UOKA 2X2YA 4DWSD 1ZBCA 1B30A 3VMNA 2O9RA 3AICA 3ARYA 4IPLA 3RCNA 4AZCA 4BS0A 3QGVA 1JZ8A 3N15A 2UY3A 2OYMA 4AD1A 4GPNA 4Y7EA 4HOWA 2VRKA 1ZBVA 3PTQA 5BYWA 3MU7A 2WVVB 4TTGA 1E0XA 4F66A 1BFNA 4QP0A 3W38A 1JD9A 1MYRA 3WF0A 2YA0A 2WMIB 1H1NA 5DO8A 3FHQA 4H2CA 5JBDA 2WCSA 2AMGA 3SCUA 4ACYA 3OLDA 3UR7A 3MMUA 4YHGA 5EFFA 1NOWA 3WQWA 3L4TA 3SIMA 1BAGA 3IANA 2XM2A 2YL9A 4V2XA 5FKYA 1HNYA 2G3IA 3L4ZA 2E9MA 2GJPA 4NZCA 1V3JA 1KXTA 5M3WA 1W91A 2V3FA 2WXDM 2A3AA 1QNRA 1CXLA 5C71A 3IK2A 2CITA 1VF8A 2PWHA 3ZT6A 1EHNA 4PEEA 4HA1A 2DDXA 2ZUUA 5A6JA 2OWWA 5BXSA 1ZJAA 1OWQA 4U3CA 3VM5A 2EPMX 2JEPA 1NWTA 5I24A 4HA3A 3VIMA 3BXWA 2DPEA 3CHCA 4HU8A 4E4PA 4HMCA 1E73M 5ABHA 3WDHA 2D3NA 1WDPA 4AW7A 4URIA 3L2MA 1ODZA 4U33A 1FP9A 4MDPA 5E6YA 2DT3A 4JL2A 1E6QM 1EXPA 1QBAA 1VFMA 3CZLA 4W86A 1C8YA 1K9FA 1XH1A 3VOCA 1E56A 1WE5A 1E71M 3GXFA 2JIWA 1GQLA 4BQ5A 1GHRA 2JFEX 1JF6A 1VEOA 3WDIA 1ISZA 4H41A 3IAQA 4MB4A 4AD5A 2V5DA 3LPGA 2G4FA 2ZE0A 4R5EA 1E0WA 3A47A 1C3FA 3MMWA 4RE4A 4YPJA 4TVUA 1E6ZA 3HN3A 5CJ5A 2EPKX 4RL3A 3CO4A 4C7DA 2EBNA 3QHNA 3T2PA 1V02A 3DYPA 1JZ3A 1QI3A 1JF5A 1NWRA 5A6BD 2XSBA 3ZQ9A 1RP8A 2XVGA 1GJUA 1JFHA 3UG3A 1UR2A 5HXMA 2GJRA 1J18A 6TAAA 4AD0A 4RE3A 1PIGA 1JYNA 1IV8A 2D20A 2W61A 1Q4NX 4HMEA 4PBGA 1QI2A 4S3JA 3WDRA 1ECEA 3MMDA 5HDRA 4MB1A 4H8HA 4B9YA 3FY1A 1NP2A 5KEZA 4AD2A 3ALGA 3W6MA 4OOZA 4UOZA 1V6XA 5A6AA 2GK1B 4UQEA 2OWXA 2J4GA 2J8GA 1H3GA 3WDJA 2FHCA 3ZJ8A 3BLKA 3TOPA 5I2UA 4PN2A 1W9UA 4WF7A 1HKIA 4W5UA 1UD8A 3HMCA 4JHZA 1UWRA 1E6RA 1B0IA 3WQ4A 1WAWA 3VU2A 3S2CA 3AIRA 4B9ZA 2J47A 3CUJA 3WQ6A 5BRQA 2WC3A 2DGAA 4TUFA 1PX4A 3G6MA 1FHLA 1J9YA 5FL1A 1NWSA 3I3BA 3N9KA 3WMCA 2WMGA 1WNOA 1G9HA 2CBUA 4V27A 2XWEA 4ACZA 3W0KA 4JFUA 1E6XM 3GBDA 3WKZA 2WHMA 2X0YA 2PWEA 4D6IA 1ZBKA 3FW6A 1B3YA 3NCOA 4UFLA 4PCTA 1NWUA 1A47A 1LL7A 3SCOA 1UR0A 3T08A 1ZB5A 7A3HA 1JIBA 5EFDA 2VVNA 1B31A 1UR9A 2J7BA 1E1FA 3AHZA 2NSXA 5CLTA 2FGZA 1CGUA 3BMWA 1B3ZA 3DHUA 4D6HA 3PZQA 3MV11 3W24A 1BYCA 2WAGA 3OBAA 1HJVA 1J11A 4YHEA 1R7AA 1WZMA 3AXIA 2F2HA 1UZ4A 2WMHA 3GNPA 1PZ2A 4J3UA 2YDSA 1WZAA 3WNNA 4CCCA 1BHGA 3RM8A 3CLWA 5JIWA 4MNKA 1MW1A 4M1RA 2XYLA 3J7HA 4KRTA 4Z2GA 4P8UA 3VVGA 2BXYA 2VO5A 1H41A 4HZ7A 3CZGA 1M01A 4PMRA 2Y5EA 1UA3A 1XGZA 4UQCA 2VZOA 3WUGA 1Q6CA 3L4WA 3LPOA 1KFWA 4IM4A 2WLZA 2CBVA 1MQPA 3W27A 1TA3A 4PRWA 3DYMA 5I0DA 1QW8A 1JGIA 3W28A 4P8WA 4PMXA 4FF5A 2YL8A 4UZUA 5A6LA 3WQVA 3WD0A 1O6IA 2V5CA 1E1EA 1HP5A 2WYSA 1WDQA 1F4HA 2X05A 4D71A 4E2OA 1JZ4A 1E6SM 1D7FA 1GUVA 5AC4A 1Q6EA 2IXUA 1I75A 2WCGA 2ZWZA 2VMFA 3VGEA 4DM2A 2AOSA 3PHAA 2A3BA 4X9YA 1WP6A 1HVQA 4UFJA 5DT5A 5HOSA 1BTCA 1V6YA 3NSXA 3DECA 1HJQA 1KB3A 2WM0A 4B16A 2VUYA 1QPKA 5CXPA 3T2OA 4AEFA 1FH8A 1TR1A 2XVPA 2BNJA 2X1IA 4GO8A 1GOWA 4ZENA 1QOXA 2FGLA 4FK9A 5LA2A 1J0ZA 1UUQA 2GDUA 5AC5A 3UG5A 5I6SA 2ZX9A 5M03A 4M80A 3SUWA 1ISXA 1JNDA 5FD0A 3MS8A 4D6CA 2G3JA 4DUWA 3VD4A 2V3EA 2GJXB 1HKMA 1BQCA 3WEZA 1CBGA 1US2A 3II1A 1VAHA 1XCWA 1UR4A 2VZSA 1LL4A 4GQRA 4P7RA 1FOBA 1Y7VA 2WZHA 1MW2A 2XGIA 5ABGA 2EJ1A 1OT1A 2WWCA 4W89A 1KXQA 1HJWA 1W32A 4J27A 4S3KA 1US3A 4Q22A 1MQRA 1KWKA 3BSGA 3T0AA 3VGGA 3ARWA 3EYPA 1PEZA 2ZX6A 3F5JA 1OSEA 2TAAA 1UQYA 1OIFA 1GORA 2XHYA 3THCA 2WCAA 2WHKA 3K8MA 4BZYA 2ZUNA 4M29A 1W1PA 5CSYA 1H0IA 4JZ5A 3WUBA 5E9AA 1B3WA 4J7RA 2JALA 2A3CA 1YHTA 1C7TA 3CHFA 3CBWA 2CBJA 2W91A 3D3AA 4WSJA 2UY5A 5BXTA 3ZJ6A 1VBUA 3JUGA 4D72A 4AC1X 2GUYA 4P7NA 3KL0A 1AQ0A 4U31A 4J3VA 3NUKA 5A1AA 4AXNA 3GXMA 5D8WA 3U5YA 4D6EA 1VIWA 1FA2A 3WF4A 1JAEA 2QMKA 1CTNA 1UQZA 3RO8A 1JAKA 1ITCA 1FP8A 2BVTA 5BXPA 1BYBA 1OB0A 2DIEA 1WZLA 3UG4A 1H2JA 3CUGA 4ATDA 4J3XA 3RDKA 4OZOA 1GNXA 1WDSA 3BAWA 4PTWA 3GBEA 4PSPA 1E4NA 2WVUA 3U5UA 4X0VA 4KWUA 3EDDA 3QOMA 5EBAA 1EHAA 4KMQA 4UZSA 3VPLA 1B9ZA 4AZHA 1JFXA 2BXZA 1PIFA 5BXRA 3AXHA 2ZWYA 4LYQA 4LX4A 1E72M 3UEQA 3WH9A 1JDDA 1JXKA 4JKMA 5FIPA 5M17A 3GDBA 3K1DA 1E40A 2D3LA 4D1JA 1GOMA 1B2YA 2VCCA 5AYBA 1LWJA 1KCLA 2J75A 1UKQA 3FXYA 1DP0A 1XHGA 3WD4A 2J7HA 1HT6A 2WZEA 1OINA 2C7FA 1JDAA 4P7OA 3AIEA 1UKTA 1UG6A 1UD5A 3A4WA 2OWCA 1SYTA 4FLQA 2W5FA 2DSWA 4M81A 1EO5A 1R85A 2J7CA 1BPLB 1CPUA 2BHYA 2FDMA 2J7GA 4QLLA 3I3EA 4PMZA 4LGXA 4CD5A 2W4XA 3MUZ1 2QLYA 4FLOA 4A3HA 2FH8A 3EBVA 4GIAA 1DWAM 3M7SA 3VINA 4W93A 3VD5A 3B9EA 4D6GA 3NJ3A 3BAXA 3SCNA 1CIUA 4PCSA 2YOCA 1H11A 3CMGA 4AYSA 3KEHA 2GVYA 4HPHA 1BYAA 1CNVA 2DSKA 3K8KA 3VGFA 4W87A 4UQAA 4K68A 4GI6A 1UWQA 5IDIA 2OSWA 3ECQA 4WK9A 1B90A 1C90A 4CGTA 1XD1A 1JYXA 1NOFA 4B15A 1PJ9A 3WMSA 3WY1A 2GDVA 1UR8A 2J7DA 1W3KA 4DWSC 2ZIDA 5I77A 2EPNA 3AIUA 1G1YA 3VDAA 3N1AA 2Y8VA 1JZ2A 8A3HA 3NSNA 3WMBA 4KGJA 4H04A 4CD8A 1L8NA 3OZPA 5JUVA 1JYVA 3WD3A 1EQPA 1W9PA 2WNWA 2G8ZA 1QNSA 1W9DM 2EXOA 4PUEA 3BGAA 3BLPX 1GVYA 4TX8A 4XZWA 3L4YA 3W26A 4AD3A 3CUHA 4CKQA 4D1IA 2VVSA 3WD2A 3EMZA 4TTUA 4QCEA 2CYGA 4IISA 4QCFA 5FL0A 1U30A 4W84A 2O92A 3OLGA 1XRVA 3QOKA 4IUGA 1KCKA 2XVKA 3AQUA 4J3TA 3AXXA 3ZSSA 1C91A 4OUEA 1Q6FA 1V3LA 1VJSA 3VNYA 1XH0A 5LYRA 3IJ7A 3VGHA 4EKJA 4UQ9A 1HIZA 8CGTA 4TOQA 3CZ8A 4KRUA 3B8SA 1I1XA 3WH8A 2GK1A 4MDOA 1JZ5A 4W7UA 4BA0A 3CZEA 3FNDA 1K9EA 4Z2KA 3N04A 5GNZA 3W53A 3TTYA 1XYFA 3AIWA 5GNYA 1V0MA 1I1WA 4CD4A 1V03A 1JDCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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