4URI | Genus

Total Genus 125

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	336
structure length	336
Chain Sequence	AIKGGYWYSGSGLAVSDINPSHFTHLFCAFADLDPNTNKLTISSSNAAAFSTFTQTVRAKNPSVKTLLSIGGGGGRALAAVFANMASQASRRKSFIDSSIQLARRNNFHGLDLDWEYPSSDIDKTNFASLIREWRAAVATESSTSGTPALLLSAAVGGSDQITPLKYYPGEAIANNLDWVNVMTYDLYTSDSYPTLTQPPAPLFYPRGIFSADEGITKWIQSGVPESKLALGLPFYGFKWRLSDPNNHGLFAPATQGLGAVKYKDIVNTGGQVEFDSTYVTNYRFKGTDWYGYDDTQSISAKVAYAKQRGLFGYFAWHIEQDSNWALSETASRAWG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__455726953732925__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__455726953732925__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4URI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__455726953732925__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"455726953732925","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4URI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__455726953732925__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00b970127ba3e1f221bf42/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00b970127ba3e1f221bf42/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00b970127ba3e1f221bf42/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00b970127ba3e1f221bf42/pdb.gz): 344 ms

reading 336 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

336 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:335});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Structural Basis for Carbohydrate Binding Properties of a Plant Chitinase-Like Agglutinin with Conserved Catalytic Machinery. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CHITINASE-RELATED AGGLUTININ
total genus	125
structure length	336
sequence length	336
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-06-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	4uriA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4uriA01

2CYGA 2XVKA 4C7GA 5AC4A 3PZVA 2WHMA 3WNNA 4PMZA 4W8LA 3WF4A 2XFFA 3B9DA 1UD3A 2D0HA 3CGTA 5BCAA 1MW0A 2XVNA 3RO8A 1GQKA 1OBAA 1CTNA 2IUZA 4JIEA 3ARSA 3LPOA 4D6JA 3OIHA 4Z2KA 1W32A 1BYDA 1V3JA 2ZX6A 1EHAA 3AHYA 1M53A 4OKDA 2Y2WA 2VURA 3WFLA 3WQVA 3KWXA 4B15A 4OBSA 3W53A 5D9MA 3AROA 1VENA 1UWIA 4Q7NA 2HVMA 2QMJA 2D20A 4UOQA 4U33A 3CO4A 2WKLA 4D6HA 5M5DA 1J11A 1GQLA 3AHTA 3L4TA 1EO7A 3U57A 3VD5A 1OWQA 4PMOA 3SCQA 2CETA 4AYSA 1XYFA 4FLQA 3APGA 3PZIA 1HP5A 1K9DA 5JIPA 3AHVA 3NJ3A 4P8XA 5A6BA 3GXMA 4YHGA 3B9AA 2Y8VA 1H2JA 4M81A 2B31A 1W1VA 2ZWZA 4CU7A 3U7BA 3W37A 1S46A 2OLHA 3W28A 4MAVA 2BNJA 3U7VA 2BFGA 3D5HA 2ZX5A 1GPFA 4D6FA 3OLIA 2WMKA 2VUYA 1HVQA 1J18A 2D2OA 2VZUA 5E0CA 1ITXA 3L2MA 4U2YA 4CU6A 3GXFA 1FH7A 5IXEA 1KQYA 2J25A 2DH3A 2OYLA 3KL0A 4HTYA 1YHTA 2WZEA 2WB5A 3AIRA 3LPGA 4LQ1A 1CEOA 1XYZA 1FFQA 1GZJA 3RM8A 2WVTA 1MW2A 2ZIDA 4DWSD 1PX4A 2WVVA 2J7FA 1I1WA 3TONA 4HA4A 3L4YA 2O92A 1GNXA 1IV8A 3CHDA 3ZMRA 4AIEA 1G0CA 1J01A 1M7XA 3CZKA 3PN8A 7A3HA 2W91A 4YPJA 2JF6A 5IFTA 3T2PA 1JD7A 1E43A 3PTQA 1BYBA 1O7AA 1BVZA 3SCOA 1EGZA 1TE1A 4OUEA 2FGLA 4P8UA 3WD3A 1QHZA 1XH2A 3PZ9A 3WDQA 2GJRA 4X9YA 3AZRA 2VX7A 3MUZ1 2QHAA 4IPLA 3WDJA 1ZJBA 5CGTA 4GO8A 5CGMA 4Z2HA 2WCAA 3FN9A 4UFJA 4BA0A 2WMGA 2PWDA 1MFVA 4PMXA 4URIA 6CGTA 1CZ1A 5JBEA 4UFKA 2UY3A 2O9PA 1H11A 4MAZA 3VX1A 4H41A 1E70M 3ARPA 2J7EA 2XVPA 1UUQA 2VOTA 1GOOA 3LPPA 3WD2A 1ZBWA 2WK2A 1V02E 2WSPA 4QLJA 3VIGA 2ZUWA 4HPGA 1HNYA 3T2QA 3F5KA 1EDTA 1PX8A 3OLDA 4HA3A 4MPKA 3KEHA 4FLSA 1CIUA 1KFWA 1GOWA 4J3XA 2A3BA 1EQCA 2XGIA 2CCRA 1V08A 1EA9C 3ALGA 4U3AA 4PSRA 3TP4A 2BXYA 2JALA 4H8VA 3W24A 1ZL1A 1JI2A 1KXHA 4D6DA 4TX6A 3SCTA 4PCTA 5A6MA 2BXZA 3WY1A 4W86A 2VX5A 1SMAA 5D9NA 4F8XA 3TOPA 1KR0A 4LYQA 1UR2A 1CLXA 3PZNA 1V3HA 3PZTA 1UR1A 3SURA 1BGAA 1QI3A 4PYSA 2ZUUA 2XTKA 1HKIA 3VIPA 1GOKA 1K9FA 3AS3A 2ZUMA 4J3VA 4QLKA 1FFRA 4H04A 2D23A 4JKMA 4D6CA 3VD9A 1E4IA 1W3KA 1R7AA 1JNEA 3GYCA 1B0IA 5HOSA 1SR0A 1NWRA 2BS9A 2VZVA 4AZBA 1C3FA 4MNMA 3KL3A 3CPUA 2FGZA 3IJ9A 1W9XA 1UD2A 1ODZA 1UKOA 2YIHA 2V38A 1GOMA 2X0YA 2FHBA 4HP5A 1UR8A 2J74A 2D0GA 1BFNA 4MJ2A 3FW6A 2WPGA 4YHEA 3ARYA 1ISWA 1MW1A 1QPKA 3VILA 3CIVA 4D1IA 4F9JA 4AY1A 4GZIA 4WKHA 1VJZA 4M24A 4XX6A 4CKQA 1E56A 1MVYA 3KZSA 3WD0A 2YDRA 4L4OA 3ZT7A 1E4LA 5I24A 3WD1A 3RIKA 4AD1A 1LL6A 1JAEA 3UETA 2QMKA 1ESWA 3AMGA 3WUBA 4BS0A 4AD3A 3IJ7A 2E9BA 4PMQA 3WQ5A 1KR1A 3WNOA 2YLAA 3CUIA 4KGJA 1E6PA 5A8OA 1TCMA 3OZPA 1OD8A 1C8XA 2JIEA 2XUCA 4WK9A 1WDRA 4TTUA 1BLIA 2CBVA 4JL1A 3SUUA 5D8ZA 4AISA 3AZTA 1JZ8A 5I5RA 3U5YA 2DSKA 2WC3A 2WVVB 4MB5A 2BY3A 2VVSA 3NSNA 1H3GA 5FIPA 1HN1A 4S3JA 1X6NA 3GTNA 5I0DA 4UZUA 1E4MM 2PWHA 2WC7A 3QGVA 1E6XM 1AVAA 1E3XA 1NWUA 1ZU8A 2J4GA 4CD5A 4D1JA 3PZQA 4M8UA 2E0PA 3VDAA 5A6JA 1KGUA 4OOZA 1MFUA 4KRUA 3BAYA 2VJXA 1J0ZA 1NOWA 1CBGA 4QCEA 3N9KA 1W1YA 1V6WA 2ZUTA 4DWSC 2PBGA 3K8KA 2VL4A 3SIMA 2GUYA 1IZKA 5A2AA 3EDFA 2WHKA 2X09A 4AZCA 1BG4A 5CLWA 2CEQA 1UOKA 3A3HA 2MANA 3WMBA 1OGGA 4P7NA 1NQ6A 4Q22A 1GONA 4HZ8A 3VIMA 1HL9A 2JEPA 4CD6A 1JFHA 3IAQA 3KE0A 1C93A 3ZJKA 4Z2LA 4JL2A 1D3CA 2ZXAA 4ACYA 1V0KA 1WE5A 3O6AA 3CUJA 2OYKA 4ATDA 3WEZA 6A3HA 3U5UA 4KH2A 2J7GA 1IZJA 3WMSA 4AD0A 1E5NA 5BXSA 4FMVA 2VTFA 4E4PA 2A3HA 3WBAA 3WH5A 1FH9A 5ABEA 1ISYA 1CNVA 1R87A 4M56A 1JXKA 5GQBA 2F61A 2VX6A 3N04A 1WP6A 1OIMA 1WAWA 5JBFA 1M04A 1MQQA 3GDBA 1ISXA 2AAAA 3AIQA 3AXHA 4NRRA 9CGTA 3UG4A 2W67A 5A6KA 2UWFA 3WH6A 2EO7A 5HDRA 4U3CA 4HOZA 4WJXA 4CVUA 1OCQA 3AOFA 4N0RA 1TMQA 3EMCA 3THCA 1UWUA 5DT7A 2Y24A 1J0KA 1JZ2A 1HJWA 3BMVA 1AQHA 2WYSA 3RM4A 1UZ4A 4W84A 4B16A 1NH6A 2XPKA 3BLKA 3MMDA 4GINA 2YA2A 3PZMA 4DM2A 1EHNA 4WKFA 3MUY1 1LWHA 1W3JA 4M29A 5BYWA 3WNMA 4Z2GA 1BHGA 3ZR5A 2OWCA 4J28A 2WKGA 3WKZA 1L0PA 2ZUVA 4QCFA 5A2CA 3MMWA 1QI4A 1BG9A 4PCSA 1HJVA 1HT6A 2BVYA 3DHUA 1TVPA 1VFUA 2CKRA 2WANA 2V3EA 1D2KA 2E8ZA 3ZSSA 2AOSA 3NDYA 1CGYA 1JDAA 4FLOA 2GDUA 1OGSA 1NOFA 1QI5A 3VGGA 2UY2A 2CBIA 4ACZA 2EPKX 2ZXBA 3WF2A 4HA1A 1FP9A 3VMNA 4GI8A 4AEFA 4ZXLA 2XHYA 3WELA 1V3LA 5CLTA 4JKLA 1UHVA 1HKKA 3K4DA 1BYCA 2Y5EA 3SCUA 3EDKA 1V6XA 5A8NA 1QNPA 3AS1A 3WF3A 3SCNA 4TXEA 1QNRA 3BC9A 4K68A 4DUXA 1UYQA 1FA2A 2ZUSA 1VEOA 2ZUNA 3I3EA 4XB3A 2ZOXA 2J47A 1JG9A 2E9MA 2UY5A 2YJQA 3EDDA 1V0LA 4PTXA 1HJXA 3VIHA 3VNYA 2G3JA 1KCLA 1RP8A 4CD8A 1H0IA 3GNRA 4UFLA 4UZSA 4EE9A 1GQJA 4LXFA 1JF5A 3VPLA 3PBGA 4OZOA 4AZCB 2WBGA 1E71M 2BY1A 1E1FA 2J7BA 3VGEA 2WLYA 5DMYA 1TUXA 3BAXA 3VIKA 4HU0A 1DWJM 1X1NA 3UR7A 4BQ2A 4F66A 4JZ5A 1WKYA 2XJ7A 4TUFA 4UFMA 4ZE4A 4B3KA 3CUGA 2W4XA 3GNOA 2PC8A 4KRTA 1M01A 2VZSA 1E0VA 2QF8A 4PN2A 3SUTA 2G8ZA 2CKSA 4P7LA 4NZCA 2OSWA 1WZMA 2BHUA 3RCNA 5I79A 1JZ7A 1KXVA 1E1EA 4LPCA 3WIJA 3VD4A 2G41A 2XM2A 1BQCA 3AYRA 3G6LA 1CGUA 4HU8A 1CXEA 2OSXA 3AMCA 5IFPA 1BSIA 3GZAA 1UA7A 3OBAA 2TAAA 5BROA 1B3YA 1DWAM 2YA0A 1UWQA 3CUHA 4GI9A 1MXDA 3ARRA 1TA3A 1GJWA 5AYIA 1Q6DA 4JKKA 2F2HA 2WMFA 3T08A 4UFIA 2JIWA 3CTTA 3GBDA 4NSBA 1CWYA 1XH1A 2WVUA 4GO9A 4HMDA 3QHMA 3K1DA 1JXJA 4XZWA 3BCFA 2D0FA 4D6IA 2WLZA 1XD1A 3ARXA 4UOZA 4W7VA 3PHAA 2VX4A 4EK7A 2WWCA 3UR8A 1HKMA 1QBBA 1V6VA 2WAGA 5EMYA 4CVWA 4RE3A 1JAKA 5LA2A 4WSJA 2W92A 1MQRA 1A3HA 5GNZA 5IHRA 1JZ5A 4UQDA 3SCVA 1RPKA 2QPSA 1V3MA 2E8YA 4MNLA 4WSKA 2YA1A 4FLRA 1C90A 1JDCA 4ACZB 2XSAA 5HPOA 5JIWA 1JYNA 2V3GA 5FL1A 5M17A 2WNWA 4ZENA 1B90A 5DFAA 4E2OA 1J0YA 1UKTA 2WHLA 4W5UA 3JUGA 3GNPA 3CMJA 2Y8KA 3OGRA 1QOXA 2C7FA 4DUVA 3WEOA 2J62A 2GFTA 2VI0A 1E72M 5TD4A 1R85A 1ODUA 3T09A 2WMIA 4BZYA 5FD0A 3AIWA 1BTCA 4IM4A 3I3BA 2PWEA 4X0NA 1W2PA 3WDPP 3W25A 3NYDA 3DYOA 1V6UA 4TOQA 1EOMA 5GNXA 1E55A 1GHRA 3GXIA 4J27A 1OD0A 4A4AA 4AZ6A 3FXYA 6TAAA 1HX0A 5BRQA 4LX4A 1J12A 1GOIA 4HOWA 3ZIZA 1GUVA 4PMYA 3BSGA 3A47A 1FH8A 5ABFA 1UKQA 1BPLB 4GIAA 2WMJA 3K8MA 4GZJA 4Z2IA 2CITA 1WDQA 1DP0A 1XCWA 4AZ7A 3POHA 1JI1A 3VNZA 3MSGA 3ARVA 1GOQA 3AFBA 4ATWA 3ZJ8A 2AMGA 1UQYA 2D24A 2FHFA 3HJEA 5CZKA 3GBEA 4AWEA 3UESA 4OJYA 3NIYA 2HISA 3WEMA 1GJUA 4JHOA 3WF1A 1OT2A 2VCAA 1UR0A 3OGSA 2DDXA 2XFYA 2PI6A 2FH6A 4FF5A 3WUFA 5LA1A 1PJ9A 1VEMA 3VUPA 2BY2A 5CPSA 2BVTA 3WQ4A 2VMFA 1WDSA 3KL5A 4AZ5A 3NDZA 2DIEA 5A6SA 4GZEA 4UQCA 4PTWA 3MS8A 3EYPA 1DWIM 4MADA 2Z1KA 5E09A 1CGXA 5EFFA 2IXVA 1UH3A 4MDOA 3E1F1 3W26A 4UOJA 1K9TA 2YLLA 3PTKA 4W7WA 1CXIA 3MUIA 3IK2A 4V28A 4H7VA 1TA3B 2DGAA 4U31A 3AHZA 5DEZA 4MJ4A 3RPMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1E40 A;  3BSH A;  1VFM A;  1OIF A;  5I3D A;  2O9T A;  5I77 A;  1JYW A;  2YL8 A;  4V2X A;  2FDM A;  3ZOA A;  4KGL A;  2ZX9 A;  4PMU A;  3VD7 A;  1JF6 A;  4WKA A;  2VQU A;  5I2U A;  1ZB5 A;  3HMC A;  3OLE A;  1ISV A;  4W93 A;  3L4X A;  5A6B D;  3VMO A;  3N17 A;  3VDH A;  4AZI A;  1BGG A;  3WN6 A;  4AW7 A;  1ZS2 A;  1JD9 A;  5M3W A;  4UCF A;  4LGX A;  4UNI A;  4PBG A;  1BAG A;  1H1N A;  3QR3 A;  2BHY A;  2A3A A;  3AMD A;  4HMC A;  5ECU A;  2VCC A;  1V6Y A;  1J10 A;  3VII A;  2EPL X;  4F79 A;  1JYX A;  3DYP A;  5KZ6 A;  4GPN A;  4UQA A;  2O9O A;  2EPO A;  3WL0 A;  1V3I A;  2XVG A;  4OIF A;  1J0I A;  3TTO A;  4P8W A;  4CN4 A;  1E6S M;  1CYG A;  4EAM A;  1B31 A;  3ZM8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4URIA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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