4WKH | Genus

Total Genus 133

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	133
sequence length	369
structure length	368
Chain Sequence	AKLVCYFTNWAQYRQGEARFLPKDLDPSLCTHLIYAFAGMTNHQLSTTENDETLYQEFNGLKKMNPKLKTLLAIGGWNFGTQKFTDMVATANNRQTFVNSAIRFLRKYSFDGLDLDWEYPGSQGSPAVDKERFTTLVQDLANAFQQEAQTSGKERLLLSAAVPAGQTYVDAGYEVDKIAQNLDFVNLMAYDFHGSWEKVTGHNSPLYKRQEESGAAASLNVDAAVQQWLQKGTPASKLILGMPTYGRSFTLASSSDTRVGAPATGSGTPGPFTKEGGMLAYYEVCSWKGATKQRIQDQKVPYIFRDNQWVGFDDVESFKTKVSYLKQKGLGGAMVWALDLDDFAGFSCNQGRYPLIQTLRQELSLVPR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__571134673585331__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__571134673585331__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4WKH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__571134673585331__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"571134673585331","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4WKH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__571134673585331__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	New insights into the enzymatic mechanism of human chitotriosidase (CHIT1) catalytic domain by atomic resolution X-ray diffraction and hybrid QM/MM. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitotriosidase-1
total genus	133
structure length	368
sequence length	369
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2014-10-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	4wkhA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4wkhA01

3ZT7A 4PMYA 2ZUNA 4R5EA 2YKKA 3CHCA 3NDZA 1Z32X 3MSDA 5DO8A 2W91A 1W1YA 2OSXA 1GUVA 1E71M 3VGEA 3VDHA 2A3CA 1H3GA 4W88A 3SCNA 4H7VA 2CPUA 4AMCA 3HN3A 2GFTA 1WZKA 1WP6A 1WDPA 2E8YA 1JD7A 5I3DA 3CHFA 4BZYA 3ARQA 2GJPA 5D9MA 3BCFA 2E9LA 1UZ4A 4PTXA 1Q6EA 1UR2A 2VNCA 4PBGA 3WMBA 3WNOA 4UR9A 3WF0A 3RJXA 3GNOA 4WKAA 1KWGA 4P7LA 1UD3A 1RH9A 5DF0A 4AD2A 4LQ1A 3M07A 1B3XA 1JL8A 4PTWA 1LL7A 1QBBA 3LMYA 5M03A 4PN2A 3VO0A 1JZ3A 1WPCA 4MNKA 3RO8A 4BQ4A 2XJ7A 1BQCA 2XFYA 1W1TA 1XSKA 3WF3A 2NW0A 6CGTA 2RGLA 1B3YA 3F5LA 2CETA 4X9YA 3PZ9A 4AXNA 4MJ2A 4D6DA 1BGGA 3NSNA 2J77A 1H09A 1HKIA 1LL6A 1OT1A 3LPOA 2BNJA 5FD0A 2YBTA 1ODZA 3VM5A 2HISA 1UD4A 3OG2A 3VIKA 4E2OA 1B1YA 1DWHM 3ARUA 3UCQA 5BXSA 3WUEA 1R8LA 4KWUA 1GPFA 3AHZA 1EIBA 4GZIA 2F61A 5FCZA 5E0CA 1JYNA 1XD1A 5A6SA 4S3JA 3NSXA 3UG3A 4WJXA 2D3LA 3N17A 4OOZA 3CUGA 5A2AA 3WUBA 3ALFA 1LQ0A 6TAAA 2ZXBA 1W3KA 3PZGA 3RM9A 3AYSA 3POHA 3T0AA 5BRPA 1CXEA 3WFLA 3OIHA 1P6WA 3B9AA 2G3NA 4DWSC 1G9HA 3SUTA 1CGWA 3CGTA 1VFFA 4P7OA 1PIGA 3WD0A 1KCLA 1K9FA 1QNSA 1XGZA 3IAQA 4JAWA 3SCRA 5BWFA 2ZXDA 2FDMA 3WF1A 3O9NA 1JDAA 1TMQA 2QMJA 1ZB5A 1D3CA 1Y7VA 1UH3A 5A6AA 4P8WA 1OM0A 4J7RA 3RM8A 5A6JA 2WM0A 1B31A 1JYVA 2D0FA 3BAWA 1OINA 4M24A 2DSZA 1J0HA 3NYDA 4UOZA 5CG0A 1OGBA 3BMWA 2J7DA 2O9OA 5BXPA 1CTNA 3SCPA 4PCSA 2WMIB 1QI4A 3JUGA 8CGTA 5DEZA 3IJ8A 3II1A 4UOQA 1VIWA 2JIEA 5EBAA 1XCWA 1HX0A 1M53A 3MMWA 3ARTA 2VJXA 4HOXA 3MUAA 1V02A 2EJ1A 5BXRA 2Y8VA 4TX6A 1IZKA 2VMFA 2BXZA 1W9XA 1KWKA 3AICA 1G0CA 1UOKA 4UZUA 3ZJ7A 1KQYA 3L4WA 3RDKA 4CVWA 3AHYA 4LGXA 4D6EA 4Z2KA 1DEDA 5E09A 3TONA 1UWRA 2D20A 1E6ZA 3GH7A 1W9DM 2AAAA 3CLWA 3FXYA 2BHZA 4OBSA 4BQ3A 3TTSA 1UG6A 5IFPA 5E9AA 3W25A 3VMOA 3M7SA 1AQMA 3VX0A 3IANA 3TTOA 1CLXA 1HL9A 1MVYA 3NJ3A 4GI9A 1CGVA 2BY0A 3VGBA 4ATDA 2VR4A 1C8XA 4MB4A 3CUJA 4XV0A 3SUWA 1UWQA 2PBOA 2ZUSA 1XH0A 1V3IA 1FA2A 4YPJA 2QPSA 2CBUA 1JZ5A 1GOKA 3BH4A 1CPUA 1OWQA 2JF7A 1JF6A 5JIWA 4UFHA 1U30A 4QP0A 3VDAA 3T0BA 1H0IA 1NOWA 4QLJA 3AMDA 4ACZB 2PF0A 4Y7EA 1E15A 3RJYA 5HPCA 2DIJA 5I5RA 1W3HA 2GSJA 1GOWA 2XSBA 1QHPA 5A8NA 3GDBA 5GPRA 2VX7A 3KEHA 2QHAA 4P8XA 1B0IA 1TVNA 1XD0A 4F8XA 4CUCA 3K1DA 5IDIA 2FHBA 2QF8A 5A8PA 3LPPA 1UR8A 4CCEA 3WD2A 3K8KA 3FHAA 1MQPA 1MQQA 2W4XA 3KL0A 4HA3A 4MNJA 4W86A 3W28A 1KXQA 1CXHA 1E6PA 4QCEA 3A47A 3AIBA 4KMQA 3BC9A 3UG4A 3WDRA 2YA2A 1EO7A 3GH5A 4M29A 5EMYA 1J01A 3QGVA 2WMIA 1E55A 3BLKA 5AYIA 3VX1A 1E6RA 2V3GA 2YL5A 2OYMA 2VRQA 1C8QA 1KGXA 1GNXA 2XWDA 3QR3A 4W8AA 1RP9A 2ZWYA 1JYXA 4U5KA 4PMXA 2ZIDA 1V6UA 3SCVA 1E73M 4ZENA 1M04A 3AIEA 4GPNA 3AHXA 3OBAA 3WD4A 1E40A 3W38A 1LJYA 3PN8A 4NI3A 2V5DA 3AHVA 2OWWA 3W26A 4PMDA 3WEMA 1LLOA 4FF5A 4LYPA 4XZBA 2ZWZA 1BYDA 1FH7A 1EHNA 3FY1A 2YLLA 1NWRA 4MB1A 4XX6A 1KBKA 4V28A 4Z2LA 2FH6A 2W62A 1JI2A 2W67A 3WF2A 3KL3A 1WZAA 4AZGA 2YBUA 3GYCA 2XM1A 1KXVA 4IM4A 4HPHA 1ZJBA 1OGGA 1BHGA 2WVVB 1ECEA 1E4NA 2WHMA 3EMZA 1J11A 3FN9A 5M17A 3A3HA 4PEEA 1PZ3A 4FLSA 4CGTA 4ACZA 4H2CA 4A3YA 1OSEA 4U3AA 2XHYA 1E4MM 2VX4A 1Q6CA 2WC7A 2RGMA 1FP9A 4UFJA 2BY2A 3NUKA 4J3XA 3WQVA 1UD2A 1X6LA 4WLCA 2WNWA 3EDFA 4BCEA 3T2OA 1QW9A 4HZ6A 1JFXA 3J7HA 3ZJ6A 4L4PA 1LG1A 1KXHA 5EFDA 3AI0A 3OLDA 1H11A 4J3VA 4HOZA 1UA3A 4JKLA 1HP5A 5EFFA 3VU2A 3KZSA 1HNYA 4B3LA 4JIEA 1H4PA 4W5ZA 2PWDA 5LA1A 1RD6A 1E5JA 2XUCA 2WSKA 3PBGA 3ZT6A 1KGUA 2ESCA 4W84A 2DT1A 3AYRA 3GXFA 3IJ9A 4PMRA 3SUSA 4J27A 2FH8A 3EDDA 3T2QA 4ZE5A 3ZJ8A 4MJ4A 2CNCA 1UQZA 4QAWA 4W93A 2OLHA 4PTMA 1RPKA 2JFEX 3VKKA 1H2JA 2WCSA 3TTQA 3VD4A 3VGFA 1JDCA 1TCMA 4PMUA 4FLOA 1G5AA 2BV9A 3AJ7A 3BAKA 1HT6A 3ARVA 1QI2A 1QI0A 4D6IA 2A3EA 1UQYA 2ZOXA 1ZBCA 1B3ZA 3EDJA 1Q6DA 3WH9A 3W0KA 1E6SM 1EQPA 3VIPA 5I77A 4B16A 3VINA 1JAEA 1B3VA 1BG4A 4FLRA 3BAXA 1J0ZA 5A6BA 2X0HA 1LF1A 2WANA 3L4UA 4UQCA 3WELA 1HJXA 1HKMA 3OLGA 2YL8A 3CUFA 3QHOA 4HMDA 2WVVA 5CJ5A 3UR8A 3UEQA 2ZX9A 4AIOA 3DYPA 1QHOA 2WWCA 1EGZA 2WVUA 3VD5A 2VZSA 3M46A 1GOMA 2J62A 4B9YA 5A95A 1GVIA 2CITA 1QVBA 2EXOA 3WEOA 1JXJA 4UNIA 3WH8A 5A8MA 3VIMA 4U2YA 3WQ4A 3NCOA 1DWFM 1HF6A 4D6CA 4AZIA 1MW0A 2DT2A 1K9EA 5JH8A 2J7GA 3AMCA 1GW1A 3B9DA 5E6ZA 3D5HA 3IAPA 2DT0A 2G8ZA 4FMVA 1TG7A 2WHJA 4DUVA 1OIFA 1BFNA 1JDDA 3MS8A 4RE3A 4TOQA 4CU7A 2WC3A 3VMNA 1F4HA 4HA1A 1H5VA 3W6LA 2Y2WA 1W91A 2EPOA 4IPNB 2NSXA 3GNPA 1MYRA 1B30A 5A1AA 2EQDA 3WENA 4CN1A 3GXMA 2PWGA 2CBIA 3AHTA 1BSIA 3SUUA 2DSVA 2WW5A 3AQUA 3W4RA 3EBVA 1BPLB 2QV4A 4UQAA 4B3KA 2XWEA 1UKSA 4CN4A 3RMEA 4Z2GA 3VIHA 1E6QM 2MANA 1KBBA 3WQ5A 4AZCB 4X0VA 1WB0A 1V3JA 1WZMA 1F4AA 3VILA 4H8UA 4MTVA 2WVTA 3ZT5A 2ZX6A 1QHZA 1JIBA 4OBRA 2WHKA 2E40A 3PZNA 2GUYA 4CD8A 4ZE4A 5LYRA 3LPGA 1PJ9A 4BQ2A 3WMCA 4AWEA 1ISVA 1NWTA 5BROA 1HN1A 5DMYA 3VD9A 4GIAA 4PMQA 2Q8XA 1EDGA 4DUXA 4EE9A 1VAHA 3L4XA 3SURA 2PI6A 3VNZA 2Y24A 2VZVA 4ATWA 3N15A 2XGIA 3CH9A 2VCCA 5JBEA 2WMFA 1E4IA 3WL1A 1A3HA 4CVUA 3WIJA 4A4AA 3ZJKA 4AD1A 1V08A 3VTRA 5LA0A 3EMCA 4W8BA 4NRSA 4PMVA 5I79A 3EYPA 2GDUA 4XUYA 3GXDA 3IK2A 1ZS2A 1BG9A 3FW6A 2QPUA 3AROA 3WY1A 1CXFA 2F8QA 5HNNA 3LPFA 3CTTA 3SCOA 5I6SA 1PEZA 3WD3A 1UWUA 3BSHA 3AS1A 1V6YA 3CO4A 3AS0A 4MPKA 3T2PA 1J18A 1CENA 2BHUA 1UH2A 1R7OA 2O9RA 3VIFA 1PAMA 1OD0A 1DHKA 1XYZA 4D1JA 2D22A 4HMCA 4IISA 4MB5A 3WDPP 3PTKA 1XYFA 1J0YA 3MMUA 2D1ZA 4TUFA 1XH2A 4PUEA 4AC1X 3L4YA 2XM2A 4D71A 1FP8A 2UY4A 1R7AA 1ZJAA 2IUZA 5M3WA 3PZMA 3DC0A 1VBRA 3W53A 3K4DA 4H41A 1XSIA 5FIPA 2D24A 1KB3A 5DFAA 4AZCA 2J4GA 3AOFA 1V0MA 4WKFA 5E0FA 2BVDA 1JYWA 3ZSTA 1E6XM 3ZOAA 3CPUA 3CUIA 1W9BM 4TVUA 3SCQA 4PMOA 1NP0A 1UD8A 3WBAA 2XFFA 5D8ZA 3WNKA 3AXXA 3UESA 3PTMA 4PSRA 4URIA 2XPKA 1GOIA 2E8ZA 3E1F1 4HP5A 2J7FA 2WMGA 1KQZA 2OWCA 2XIBA 4WSJA 1C93A 4CD5A 1WZLA 2WZIA 4AYSA 2O9PA 1ZBWA 3ARPA 1C7SA 3MU7A 4H8VA 1NOUA 3I3BA 1K9TA 4UQ9A 2E4TA 4E4PA 2WSPA 2YA0A 4N0RA 3GM8A 1DWJM 1GOOA 4DWSD 4ZXLA 4P7RA 3APGA 1EDQA 1NP2A 2Y8KA 1ISYA 1C92A 3WNMA 4WF7A 4TXEA 1FOBA 2YDSA 4E8CA 1NWUA 3WD1A 3VPLA 2VVSA 4J3TA 4EAMA 4JHOA 5CPTA 3GBEA 2BVYA 3M6DA 5CGTA 4UTFA 2VZTA 2J7EA 4JZ5A 4CN6A 2PB1A 4DM2A 1SR0A 2UY5A 3RCNA 4ZEPA 4LX4A 2E9BA 3ZR6A 2XVGA 2DQXA 3BXWA 2J79A 1WDQA 1I1WA 5AC5A 4AD3A 4GI6A 4D6FA 3OGRA 2W92A 2G4FA 1FFRA 2EPMX 2XVNA 1US3A 1XCXA 3WDIA 5CGMA 4JKMA 4YHEA 4WIWA 4PCTA 1VEOA 2VTFA 2DGAA 1JFHA 2ZX5A 5JIPA 2D3NA 2G41A 4LPCA 3OLEA 1J0KA 1B2YA 3UERA 1L8NA 2J75A 5A6LA 1WCGA 5CPSA 4AD4A 3WNLA 2HVMA 1JZ7A 1QOXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1AQH A;  1WNO A;  3RM4 A;  5HOS A;  3ZR5 A;  5FL1 A;  3L4V A;  1MW3 A;  1LL4 A;  1NOF A;  4ZXO A;  2ZX8 A;  2CBV A;  2QMK A;  4JCM A;  4W85 A;  1E72 M;  5A6M A;  1HIZ A;  1QPK A;  3VIO A;  3WQ6 A;  5I0D A;  4WSK A;  2WZH A;  3VOC A;  4FK9 A;  1JGI A;  2VI0 A;  2J47 A;  2Y5E A;  3DEC A;  4W87 A;  4AY1 A;  1TVP A;  4N42 A;  4AIU A;  2W61 A;  2JEQ A;  1GQK A;  2VCB A;  4P7Q A;  3U7V A;  2X05 A;  1V3L A;  1E70 M;  4V2X A;  1EXP A;  5A94 A;  2FGL A;  1ISZ A;  1ZBK A;  3BAJ A;  1V6V A;  2O92 A;  1EHA A;  3PZT A;  1DP0 A;  2YL9 A;  2FHC A;  1JI1 A;  3EDE A;  2X1I A;  3BLP X;  3DYO A;  3AMG A;  1ISX A;  1O7A A;  2DDX A;  1O6I A;  2W63 A;  3ECQ A;  4UOJ A;  4AEF A;  3I3E A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4WKHA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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