4AY1A

Human ykl-39 is a pseudo-chitinase with retained chitooligosaccharide binding properties
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
AYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTAGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITRLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Human Ykl-39 is a Pseudo-Chitinase with Retained Chitooligosaccharide-Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords CHITINASE-3-LIKE PROTEIN 2
total genus 130
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ay1A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ay1A01
1FHDA 1CECA 5EB8A 4OZOA 3UESA 1WCGA 3WQ5A 1HL8A 1KXQA 1UH2A 2OYLA 1GOMA 1FFRA 1UA7A 2J62A 1TR1A 2GSJA 1H11A 5CLWA 1W1PA 4UQEA 3NSXA 4HA4A 3WUFA 1AQ0A 2BHYA 4EANA 1W9BM 1QNPA 1W9UA 1OSEA 3O9NA 1MFVA 2YL9A 5A94A 3ZJ6A 3OGVA 4JCLA 2JIEA 1EO5A 3ZT5A 5I6SA 2VCBA 1A47A 3AISA 1W9VA 3PZIA 5CQ1A 2VL4A 2WMJA 1CXIA 2V5DA 4D6GA 1TA3B 3BH4A 1UH4A 1NH6A 4M56A 5A8PA 2EBNA 4DM1A 2CEQA 4PMUA 3AXXA 2VZOA 4YN5A 3VMPA 1HJVA 1WDQA 4H8VA 3WF4A 1HL9A 2YIHA 4MDPA 1OCQA 3B9DA 1JF6A 2X8RA 5HPOA 2GJPA 1UOKA 4F9DA 1HT6A 3MSGA 4PCTA 5A8QA 3W6MA 4U2ZA 3ZSSA 4YHGA 1GPFA 1B2YA 1W1TA 1FA2A 3W24A 3CHDA 4WKFA 3WUEA 2VVSA 3N18A 1ZBKA 4J3XA 3K8MA 1I75A 3WL1A 1J0ZA 2XM2A 4ZE5A 3TTSA 3LMYA 3ZT6A 1FH8A 1VBUA 1LLOA 2FDMA 3MO4A 1WKYA 4CU8A 2O9OA 5D9MA 1J10A 1VEOA 1MXGA 4CGTA 1BVNP 3AMKA 4GZIA 2E4TA 1K9DA 2XVLA 4M24A 3NUKA 1J0IA 1CGXA 5E6ZA 1CIUA 1NP0A 3I3DA 3UG4A 4D1IA 1J01A 2JF7A 1JZ3A 1UWTA 3NSMA 4MB5A 4ATDA 1D7FA 4IPLA 2ZX6A 1HX0A 5M03A 4TTUA 3EDKA 1UKSA 3AMLA 2YJQA 3WD4A 1V6UA 3EDEA 4HOWA 4MTVA 2WWDA 2D20A 1QHZA 1UWIA 1V03A 3RJYA 1CEOA 2O92A 1CDGA 1ITXA 1R7OA 4HZ7A 1JDDA 3E1F1 4P7NA 1VB9A 1HJSA 4QFUA 3NYDA 4QLJA 2YA2A 2OSXA 4TUFA 2D0HA 4W5UA 4LYRA 2XVPA 4GIAA 5A6AA 1H4PA 1IZJA 3T08A 2YLAA 3WH7A 2YA1A 4P7RA 2QPSA 3WD0A 4HU8A 2X1IA 5I2UA 4ACZB 2BY3A 2XG9A 2DIEA 1PBGA 3WDPP 1XCWA 3T0AA 1CENA 2VZVA 3FHAA 4AD1A 1F4HA 2J8FA 4Y7EA 2YDQA 4D6DA 3SCOA 1VRXA 2ZUSA 5JUVA 3W81A 3SCSA 1XV8A 1QW8A 4LYPA 3SUWA 3MUAA 4LXFA 4ZEPA 4TTGA 5JBFA 2XSBA 1CZ1A 5LA0A 3AHXA 4D71A 2UWFA 4Z2LA 1V02E 4AISA 2CBIA 1UD6A 2Y2WA 4TVUA 2BVYA 3W29A 4RE3A 4FLQA 3AIVA 4CCDA 2CBJA 1CXEA 3GZAA 3WMBA 4HTYA 1W9PA 3W53A 2YOCA 3VGBA 2WCAA 3G6LA 1E4IA 1F4AA 1KB3A 4HMDA 1C8XA 4CU7A 5A6JA 1J0YA 3WNOA 5E0CA 4KGLA 2W63A 3FAWA 2ZIDA 2W92A 3WNKA 3N12A 5E70A 1MVYA 1Q6FA 1VFUA 3L4YA 4MJ4A 3IJ7A 2EEXA 3K8LA 4KRUA 3M7SA 1XSKA 3WQ4A 4F9JA 1G9HA 1AVAA 4UQAA 2WZEA 1IZKA 3WNLA 1MW2A 1H3GA 2W66A 2D22A 1JD9A 3J7HA 2WM0A 5ABHA 4N0RA 4C7GA 3OG2A 2E3ZA 2WAGA 1GQJA 4HA3A 3WY1A 4W8AA 5CZKA 3ARPA 2NT1A 4WSJA 4UZSA 2WHJA 4J3SA 2WSPA 3CZGA 1W2PA 4RE4A 3T0DA 3CUFA 3KL0A 4PTXA 2WB5A 1EOKA 1CLXA 1BYAA 1JI2A 3VM7A 1BGAA 1V08A 2WCSA 4AZ6A 1JXJA 3BAJA 4W7WA 2JIWA 3F4VA 2ZUWA 4GI9A 4E2OA 1UD3A 4NRSA 2DSKA 1LL4A 2WMGA 2F8QA 1BGGA 4PBGA 2VNCA 3DYOA 1HVQA 2O9RA 2XFYA 1JGIA 2DSWA 1E56A 4D6JA 2BXZA 2VRKA 3BMVA 2A3EA 2VOTA 5CGTA 1MW1A 3SURA 3VIHA 2WWCA 1QOXA 4N42A 3WENA 2X0HA 2WKLA 4PTMA 4AWEA 4DWSB 2Y24A 1O6IA 2Y8KA 4NI3A 2DGAA 4U3CA 4BQ2A 4J27A 5D9NA 4D72A 3NJ3A 1Q6CA 1QI0A 2YDSA 2DH3A 3WMSA 2E8ZA 1QBBA 3OZPA 4BF7A 3PZNA 3UERA 4CD8A 5A1AA 3VD7A 3AXIA 4W85A 4CVWA 2VT0A 1ZJAA 3L4XA 5BXPA 2G8ZA 2JEPA 2J7DA 2PC8A 1QNRA 1KR0A 3SUTA 2J47A 3HJEA 1GOOA 1E73M 2BVTA 3WEOA 1W32A 3VX0A 4PMRA 1LG2A 2PI6A 3CGTA 2GK1A 4L4PA 3WF3A 1E6XM 3ZSTA 1EDGA 4UFJA 4H8HA 4WLCA 1VJZA 5CSYA 4E4PA 1V3KA 2ZWYA 1WZAA 1LWJA 4C7DA 1JDCA 2C8NA 4WIWA 1SMDA 4MNJA 4D6CA 3SCPA 3ARSA 1WB0A 2C7FA 5ABGA 2QMKA 2RGLA 3VKKA 4X0NA 1ODZA 3VGDA 4AZIA 1CPUA 4P7LA 4GQQA 1E3ZA 3F5KA 3BAWA 4Q22A 2WZIA 3HN3A 3APGA 4BCEA 1V02A 4J28A 2MANA 4D6IA 3CHCA 1E71M 1E15A 2EO7A 3WDQA 4AD4A 3WKZA 3BGAA 4OUEA 1LL7A 1AMYA 2WPGA 3AYRA 2V3GA 1I1XA 4A3HA 4BQ4A 3GH4A 3NDZA 3EMZA 2VX4A 3D3AA 3F5JA 2GVYA 3RIKA 1ZB5A 5D9PA 2YA0A 2XWDA 1JAKA 1VJSA 3VIGA 4GZEA 3N04A 4PMYA 1KWKA 3GYCA 1PJ9A 3FW6A 3OLIA 1UD8A 4H8UA 1NOWA 4TVDA 1BYBA 4PRWA 1K9FA 2CCRA 4FLSA 3JUGA 4AYSA 2XM1A 2V3FA 3BAKA 3OLEA 1WZKA 3N13A 2GDUA 1FH7A 2D3NA 3K4DA 1GOQA 1C3FA 4P8UA 2BY0A 4URIA 4JHOA 4AZCB 1XC6A 4F8XA 5A6LA 1YHTA 2ZX9A 5DT5A 1GORA 5LA1A 1V0KA 3VUPA 5FD0A 3BAIA 1CGYA 3WMCA 3BXWA 2W4XA 3AFBA 3LPFA 3NDYA 2QV4A 4CUCA 1EQCA 1TUXA 1NQ6A 3HU7A 1W91A 4A4AA 3IK2A 1AQMA 1V3IA 1WE5A 1HN1A 1Q4NX 4KGJA 5JIWA 4UR9A 2Y4SA 1TVPA 3AHVA 1KQZA 4NZCA 1XCXA 5IFPA 2W61A 5C70A 1V3HA 1U2YA 1BFNA 4UZUA 4PTVA 3L4ZA 1E5JA 1HP5A 5ECUA 3DHUA 1C90A 3VD3A 5IHSA 1KWGA 3VDAA 3UEQA 4OJYA 1B0IA 3DHPA 3WEZA 1GOKA 3QGVA 3WUBA 3MMWA 1H0IA 3AXHA 2UY5A 1H2JA 1WAWA 2WC3A 4UQ9A 3SCQA 3SCRA 1Q6GA 1MW3A 1H0GA 3AI0A 4CD7A 1BYCA 1E0WA 3WD1A 1BQCA 4BS0A 1UWRA 3ARYA 2A3CA 3ZJKA 1HJXA 5FIPA 5KEZA 2VURA 3SUVA 1R87A 2W67A 4QP0A 3RO8A 1EDQA 4B9ZA 3T2QA 4AIUA 2G41A 1W9DM 4MB3A 2GJXA 3VX1A 1Y7VA 2ZUMA 1TFVA 1XH1A 2J7GA 2ZXAA 1G5AA 3W28A 1PPIA 1B3XA 1LWHA 2GDVA 1OGGA 2FH8A 2VX6A 2YBTA 2XIBA 2BY2A 1TMQA 3RPMA 1TCMA 4UOQA 4AW7A 4DM2A 2CXGA 3DYPA 1BG4A 1QHOA 2J77A 4GI8A 4PMNA 4P7OA 5I79A 5HOSA 1OGSA 5GQBA 4CD6A 2X05A 1DHKA 4Q7NA 5DF0A 2Z1SA 2D2OA 4P8XA 2W5FA 1GVYA 4GO8A 3CZ8A 1WP6A 2XIIA 2XWEA 1HVXA 2CBUA 2CBVA 1TE1A 3WDHA 3N11A 3GH5A 4RE2A 5DT7A 2VCCA 1E6SM 1JG9A 2WNWA 4KRTA 5E0FA 1G1YA 5JH8A 3WDJA 1TZ7A 1BYDA 5AYBA 1EO7A 5IXEA 2DPEA 1QI2A 4M81A 3MKKA 1L0PA 2ZX5A 3GBDA 1OBAA 1JZ6A 1XSIA 3GTNA 2CKRA 2XVGA 3AZSA 3GXDA 1KGWA 4OBSA 5EBAA 1OIMA 1E4MM 4UQBA 4JIEA 4XZBA 5IFTA 1O7AA 4M80A 2Y8VA 3AQUA 1RP8A 3B9EA 4IPNB 4DUXA 3VINA 4JFSA 3PBGA 4AZCA 1J18A 1LG1A 1QNSA 1XGZA 1KFWA 3U5UA 4ACYA 5I78A 3CMJA 4YPJA 4AZBA 2BY1A 3AS2A 2DSUA 3GXFA 2OWXA 1UKOA 3KZSA 3T2OA 2OSWA 4U31A 3T09A 2WVUA 3BSGA 2D23A 4QCEA 1UZ1A 4XUYA 4HZ8A 1ISYA 1XRVA 4TOQA 5BYWA 2XGIA 4PUEA 1B90A 5I24A 2YLLA 1HNYA 1IV8A 5LA2A 5A6SA 5BROA 4FLOA 3VGHA 5M5DA 3VMNA 2GK1B 3OGRA 4PSRA 1VFOA 4IUGA 3OIHA 1DWFM 1ISWA 4FMVA 1WO2A 4CN1A 3VDHA 2VR5A 4CD4A 2FGLA 3MV01 3K1DA 1UR4A 5CLTA 3A6OA 3PN8A 3CH9A 3VIMA 1G0CA 3AMDA 2BS9A 4TXEA 2XYLA 3T0BA 4CN4A 1J0KA 1DWHM 2DT1A 1DEDA 5C71A 3N15A 3WSUA 2G3JA 3T2PA 1KCLA 4TVCA 4JFUA 4PUDA 3ZT7A 1FOBA 5DMYA 3AHZA 2EPLX 5GNXA 3SEPA 1EXPA 3NSNA 1M01A 1E72M 1PIGA 4PMXA 1FH9A 1K6AA 1W2VA 4CCEA 3PTKA 1JFHA 4W93A 4RL3A 2A3HA 3CUIA 3WDIA 3WF1A 1VEMA 3N17A 2EPNA 4AEFA 2WLZA 4ATLA 1PIFA 3M46A 3WH6A 3FNDA 1E6PA 1M53A 3GDBA 1CYGA 3VIPA 3CTTA 3KE0A 4AIEA 2AMGA 5CPSA 2DDXA 1Z32X 4J3VA 4FLRA 1NWTA 1ZU8A 4PEEA 4QLKA 1HXJA 4PSPA 4P7QA 3W26A 3A4WA 7TAAA 2AOSA 1GJWA 3WH5A 4HP5A 3OLDA 4AD2A 5BWFA 3ARXA 1J11A 3W38A 2EPOA 3ZJ8A 3WNMA 2VO5A 1UKPA 4E8DA 3VMOA 2J7HA 1Q6DA 4UFMA 1GOIA 1B3ZA 2TAAA 4IISA 1W3LA 3OB8A 3RM4A 5GNZA 1OD8A 4H7VA 5A6BD 2VZUA 1JAEA 3POCA 3AS1A 3VM5A 2WXDM 3VU2A 2CNCA 3CPUA 4JFTA 2G3NA 4R27A 3ZOAA 2WMIA 3WFLA 2QLYA 1XHGA 2RGMA 3DYMA 2W62A 1CGUA 1TVNA 2E40A 2G3IA 3GXMA 2BFGA 1H5VA 1QHPA 4NRRA 5A8NA 1H1NA 1PX8A 4HMCA 3VDBA 1JZ8A 4XV0A 1CWYA 1ZBVA 4C7FA 1V0MA 1UR9A 3RDKA 1DWGM 4J3UA 1JZ7A 1EGZA 5LYRA 4ZENA 5JIPA 3ARWA 4M8UA 4JHZA 2XFRA 1KXHA 3WDRA 3GM8A 4CKQA 4CU6A 1E9LA 2J7BA 1ZBWA 1B3WA 1E6QM 1UH3A 1UQYA 1B1YA 2FHCA 1US2A 3VD5A 2VZTA 5F7UA 4GKLA 2OWCA 2ZICA 4HU0A 3VGGA 3D5HA 2J79A 2DQXA 1RPKA 1FP8A 1P6WA 3RM8A 3EDJA 1K9EA 4MAVA 1HF6A 3UETA 1VIWA 1E1EA 1BTCA 2E0PA 1V3JA 2UY4A 4B15A 5BRQA 2WANA 5ABFB 3WF2A 3UG3A 1U30A 1UD4A 1WNOA 3WL0A 1GW1A 3ARZA 4MB4A 1VFMA 1HKIA 1L8NA 2QPUA 4LX4A 3UR7A 4UFKA 1XSJA 4YHEA 5DEZA 4ML4A 1LJYA 3RILA 3L4VA 3WN6A 2GJXB 2WW5A 4M1RA 3EBVA 2V3DA 4LGXA 4PTWA 5D4YA 4U2YA 5AY7A 3VVGA 4AZ5A 3MU7A 1G94A 2ZUVA 2CERA 2XVNA 1ISXA 1V3LA 1UQZA 4W5ZA 1E40A 1SFSA 2HVMA 5BCAA 2VI0A 2A3BA 2WVVB 3UR8A 1KCKA 2UY3A 2FHBA 5D8ZA 3M6DA 2VVNA 3S6TA 4GXPA 4Z2HA 3ZQ9A 1JDAA 1MFUA 1W3JA 2WHLA 4XB3A 5JBEA 4JKLA 7A3HA 3SCNA 3QR3A 5A2BA 4S3KA 2Z1KA 2JF6A 2IUZA 3KEHA 5A2AA 2PWGA 5AC5A 4J7RA 5A3HA 5FCZA 1UHVA 1EH9A 3EMCA 3PZTA 4BZYA 4WJXA 5M17A 4PMVA 4W7VA 1H09A 1CXFA 1C7TA 1OT2A 1JFXA 1GONA 3UCQA 5BRPA 1CNVA 1CBGA 5A8OA 2NSXA 1DP0A 2XGBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1JL8 A;  3QHN A;  1C93 A;  3WUG A;  1MQP A;  1JNE A;  3U7V A;  3DEC A;  1HJU A;  1C8Q A;  5FL0 A;  1E6N A;  3WQ6 A;  2O9P A;  3WEM A;  2CIT A;  1GQI A;  3W25 A;  1R8L A;  3FN9 A;  3PTQ A;  1BHG A;  1J0J A;  4GO9 A;  5I23 A;  2NW0 A;  1V6X A;  2FH6 A;  2PWE A;  4F79 A;  3WD3 A;  2AAA A;  3I3B A;  3AYS A;  3TON A;  2J8G A;  1CXL A;  5I3D A;  2QMJ A;  4PMO A;  4L4O A;  1RH9 A;  2VCA A;  2EXO A;  3MS8 A;  4JFW A;  2PBG A;  3TTQ A;  1OB0 A;  3SUS A;  4TX6 A;  1S46 A;  1ISZ A;  3ART A;  3EYP A;  4MPK A;  3BSH A;  3TTY A;  1CLV A;  4MAD A;  4B9Y A;  2Q8X A;  4D6H A;  1PZ2 A;  4Z2J A;  1QI5 A;  3LPO A;  4AC1 X;  3O6A A;  3AZT A;  1W3K A;  2J7C A;  1H41 A;  4ATW A;  1LF1 A;  4W7U A;  2CES A;  4U5K A;  4B3K A;  3IAN A;  1ECE A;  5I77 A;  3IJ9 A;  3W6L A;  2EQD A;  3A47 A;  3GNR A;  3WBE A;  4AMC A;  1ISV A;  5A8M A;  1ESW A;  2YDR A;  2J74 A;  3MAN A;  2ZXQ A;  1QVB A;  1NOU A;  2DIJ A;  3FXY A;  2CKS A;  3VD4 A;  5GNY A;  4JL2 A;  1SMA A;  1GQK A;  1NP2 A;  3PZG A;  1PEZ A;  1B31 A;  1PZ3 A;  1UR8 A;  3PHA A;  4R5E A;  5CSU A;  1MW0 A;  2D0F A;  3TOP A;  2G3M A;  1GUV A;  4MJ2 A;  4CVU A;  3HMC A;  3PZ9 A;  1MXD A;  1XYZ A;  1OGB A;  3A4X A;  5CXP A;  3ARU A;  5A6K A;  4HZ6 A;  2EPK X;  4GZJ A;  3NCO A;  4MB1 A;  3U7B A;  1X1N A;  1VEN A;  2IXU A;  4D1J A;  2VTF A;  4UTF A;  1EOM A;  2FHF A;  1WZM A;  1WDP A;  5CPQ A;  3M07 A;  4NSB A;  1E0X A;  1ZBC A;  1E4N A;  1N82 A;  2XVK A;  2VX5 A;  3QHO A;  1B3Y A;  1BVZ A;  1J9Y A;  4DWS A;  2OYK A;  2CPU A;  2D3L A;  2VUY A;  1D2K A;  2CET A;  4DWS C;  1M03 A;  1WDS A;  1XD1 A;  2YL8 A;  4W8B A;  1GCY A;  3RM9 A;  3K46 A;  3VD9 A;  1XD0 A;  3OA5 A;  5D9O A;  4QCF A;  2YL6 A;  1V0N A;  5TD4 A;  3AJ7 A;  1I1W A;  2BHZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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