4AY1A

Human ykl-39 is a pseudo-chitinase with retained chitooligosaccharide binding properties
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
AYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTAGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITRLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHITINASE-3-LIKE PROTEIN 2
publication title Human Ykl-39 is a Pseudo-Chitinase with Retained Chitooligosaccharide-Binding Properties.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 130
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ay1A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ay1A01
4HOWA 3ALGA 2ZUNA 3TTQA 1R87A 2D3LA 3TOPA 1QPKA 2MANA 1B31A 4AC1X 2DT1A 2DDXA 1GOIA 2Z1KA 3AHTA 4PCTA 2HISA 3AZSA 1C7TA 1JXKA 3WQVA 2VOTA 1MQPA 2CHOA 3A4AA 3U7VA 1HJUA 5CGMA 5BXRA 2D3NA 3O9NA 2WKLA 1J9YA 4TX8A 4EK7A 1GJUA 2VTFA 2BVTA 3WDRA 3N18A 3VVGA 3EMQA 4N42A 4D6JA 4OOZA 4F9DA 4QAWA 1E4LA 4HPGA 1NWSA 3VTRA 3WY1A 5I3DA 1JYVA 3WF4A 1KGUA 3TTYA 1U30A 2QHAA 4PMQA 1UWIA 2AMGA 1C91A 1V0MA 4E4PA 4ZFMA 2DH3A 1KCKA 1EGZA 3D3AA 4E8DA 1XRVA 2VT0A 1B3XA 2XWEA 1W91A 2OYMA 3RM9A 4HTYA 3LPPA 1ZBKA 5LA0A 1FOBA 1CDGA 5A3HA 3NDZA 2WM0A 4UQDA 3SUWA 3KE0A 4X9YA 3MMWA 5I78A 2QMJA 1JYXA 5CLWA 1KQZA 1NWRA 3PBGA 3OGSA 5JBFA 1QBAA 2YLLA 2XIIA 2J8FA 1W9DM 3ARYA 1WO2A 5JBDA 1PX8A 1W3LA 3A47A 1PPIA 1US3A 3PZTA 2XM2A 2JEPA 4C7FA 1VAHA 2GDVA 4P8UA 2YLAA 4PBGA 5AY7A 4AZ5A 1YQ2A 2C8NA 4RE4A 1B3ZA 5A6AA 1QW9A 2ZIDA 2GFTA 4H41A 2BHZA 1CTNA 1DTUA 4P7NA 3WF2A 4L4OA 4AD2A 1V6UA 1VFUA 1ECEA 3K1DA 2WNWA 2WMFA 3K8MA 3PZUA 3BCFA 1H4PA 3VPLA 4AD1A 4LGXA 2GJRA 3VDBA 3NCOA 4HOZA 1KCLA 1KGWA 2YL6A 3WBAA 3AMKA 3LPOA 3CPUA 3WNPA 2CCRA 1CEOA 2G3MA 1B3WA 4AD4A 4EKJA 1XSIA 2IXUA 4CUCA 3PN8A 5KEZA 2XFYA 3T0BA 5CPTA 1E15A 5GQBA 1GOQA 1M04A 2CERA 1NQ6A 5C70A 5FL0A 1MW3A 2WLZA 3BMVA 4NF7A 3PZVA 4BQ2A 4U2ZA 5CG0A 2XYLA 2FGZA 4U3CA 3BC9A 1L8NA 2QLYA 2OLHA 1HF6A 1Z32X 3ZR5A 2XPKA 5BRPA 4KH2A 2VZTA 2CHNA 4C7DA 1EDTA 4UOJA 1E5NA 1HX0A 2ZUUA 1R8LA 5BROA 3AIEA 1E9LA 2F2HA 5EFDA 1HJWA 1BVNP 1J0HA 1HVXA 1NP2A 4OBRA 2Y2WA 5BWFA 2WVSA 4CD5A 1QNQA 1SR0A 1VF8A 4J3TA 5JIWA 3U57A 4AIUA 4J3XA 5FD0A 1JZ5A 1ODZA 4BQ5A 1V6VA 1XHGA 4CU6A 1JNEA 4UOZA 4M80A 4GZJA 4D1JA 3QHMA 4ACYA 2EO7A 4ATLA 1NARA 1BHGA 1XD0A 4R27A 4QLJA 3GNRA 2OWXA 1OBAA 1BPLB 3AI0A 5A6SA 1F4HA 4Q7NA 1FA2A 3IJ8A 3CMJA 3UERA 1H41A 4TTUA 3WUEA 1MWOA 4JHZA 1B3VA 1H3GA 3BAYA 1CENA 2DH2A 2WSPA 3W38A 4FK9A 3JUGA 1UQYA 3WDHA 5GNZA 4PN2A 2UY2A 3KL3A 4LXFA 1W3KA 3K4AA 4Z2IA 1E0WA 1ZS2A 2IXVA 3CBWA 1CGTA 2CETA 2DPEA 3NJ3A 4P7QA 4D6FA 4W5UA 3SUSA 1GUVA 2J75A 2E9LA 3AHXA 2VZVA 5DT7A 2ZUMA 3GNPA 4U5KA 4PRWA 1K9TA 2EBNA 4RL3A 1BYDA 1DWJM 4GO9A 4AW7A 2J77A 3J7HA 4UFIA 3N9KA 4PEEA 4GQQA 3HN3A 2YOCA 1J10A 3U7BA 5TD4A 3VIIA 9CGTA 1D7FA 4AIOA 5AC4A 1JNDA 3WDPP 3VIPA 3RJXA 3ARZA 3OLGA 5AYIA 4UQBA 3VDHA 2J74A 1SMAA 1W2PA 4JIEA 3UR8A 1ITCA 4TOQA 3ZJKA 3W29A 1DWHM 3PZIA 4HZ6A 2WLYA 4ZE4A 2EQDA 4AZ6A 2A3EA 5EMYA 2D24A 1E43A 3OB8A 3VD4A 2OSXA 4FLOA 1Q6EA 3TTOA 2CIPA 3SCVA 4CCDA 1M03A 2PC8A 1MW1A 1E6ZA 3UCQA 1Q6CA 1XGZA 5FIPA 1JIBA 3VD9A 3WNMA 3POHA 2VX5A 1AQ0A 3BXWA 2J79A 1GHSA 5ABGA 4GI9A 1UR9A 5D8WA 3SUVA 1F4AA 2WCAA 4BF7A 2X0YA 1TE1A 1NOFA 4JFVA 4UNIA 1H49A 1E4NA 3EDJA 3ARTA 1UD5A 1U2YA 1P6WA 2F61A 4S3KA 4LX4A 2VVNA 1UG6A 3WSUA 5A8MA 3MU7A 3ARQA 3SUUA 1BYBA 2VQUA 3K46A 1O7AA 3KWXA 1MXDA 1BLIA 2VX6A 5LA1A 4D72A 2XHYA 4PMNA 4MDPA 1FP8A 4W93A 4MDOA 1XV8A 4HA3A 4FF5A 2WAGA 1Q4NX 3BSGA 2VVSA 4PMOA 4R5EA 1W9XA 3CZEA 1XCWA 3WIJA 3VOCA 4J28A 1JF5A 1V0NA 3WQ6A 4KMQA 2WXDM 3ARXA 4HZ8A 4Z2KA 3WFZA 1E6XM 5C71A 2WVVB 4PUEA 4PMDA 1UR2A 3GH5A 2YKKA 2XVKA 4F9JA 3KZSA 3E1F1 5CPSA 3VGFA 4UQ9A 3K8LA 1G5AA 4GQRA 3A6OA 1HL8A 1WDSA 1E55A 1J11A 4M8UA 1C92A 3UG4A 1BQCA 5D9NA 1V3JA 5A6BD 1D2KA 1V0KA 8A3HA 2Y8VA 4ATWA 2X09A 2W62A 3WNOA 1CZ1A 4XV0A 2WMHA 4A3HA 2O9RA 2WMKA 1BG4A 4IISA 3N04A 2VR4A 3BGAA 4Z2LA 4CD6A 1NWTA 1TZ7A 5DO8A 3L4UA 3AQUA 4PTXA 1OIMA 1BG9A 1QNRA 4DM2A 3FW6A 2ZX6A 1G0CA 3I3BA 3BCDA 1JZ8A 2GJPA 4PSPA 3CHEA 2NSXA 1K9FA 3ZSTA 1C8YA 4XZWA 3DECA 3S6TA 3K4DA 1GQIA 4IM4A 2PWHA 4JKMA 1EIBA 4UFKA 1G01A 1BAGA 1CXEA 4UR9A 4WSKA 3N15A 4H8VA 3ARUA 1MQRA 1G9HA 1H5VA 3N12A 4QCEA 2VMFA 5DFAA 4AD5A 1E6RA 5A2BA 1PX4A 2O9PA 5D9OA 3WN6A 3W37A 3AIUA 4PMYA 4F8XA 2CKSA 3F5KA 2XTKA 4URIA 5HXMA 4H8HA 1QHOA 1ZL1A 1ITXA 5ECUA 2CXGA 2WANA 1LL6A 2GDUA 4MJ4A 1QI0A 2W91A 4J3UA 4MADA 1GPFA 4IUGA 1W1PA 4P7OA 1JFXA 4GI8A 1ZBWA 1HKJA 2V5DA 4KGLA 1SMDA 3CUFA 1KXTA 1UKSA 3WEOA 3PZOA 3VIOA 3CIVA 4B15A 3AS1A 3B9EA 1EQCA 4JKKA 4M29A 2UWFA 3L2MA 4QLLA 1HXJA 1GOOA 3CZLA 2YBUA 1J0YA 2WB5A 3OIHA 2CBVA 4XUYA 3RMEA 1ISVA 3T2PA 2GVYA 2X1IA 4AMCA 2YA1A 4FMVA 1PBGA 2EPOA 1XC6A 2GJXB 4W5ZA 3AICA 3GYCA 3GBEA 2ZXBA 1JAEA 3OZOA 3UG3A 1JDAA 3WH6A 1E1FA 4HU8A 1NWUA 4JFTA 1VJZA 5ABEA 3GXMA 4PMRA 3FAWA 1KR1A 4PSRA 4OJYA 1GVIA 1I1XA 3N17A 3AMLA 3VD7A 2VO5A 3WD2A 3PZ9A 2DSWA 2XJ7A 4Q22A 2VRQA 3SCPA 1WE5A 3QOKA 2J78A 3DC0A 1KWGA 2A3HA 1X1NA 3AOFA 3AJ7A 3CO4A 5E9AA 2D1ZA 4DWSA 2DT0A 1W9PA 2Y24A 3MSGA 3UESA 4IPNB 4PMXA 3ARSA 2J7GA 1HN1A 3O2LA 1KXVA 3BMWA 4HPHA 3ZJ6A 3F5JA 2F8QA 1OGSA 1V02A 1OGGA 1JFHA 4D1IA 5A8OA 5LA2A 3EDDA 2EPKX 5FKYA 1VFMA 4LYRA 1ZBVA 2WMJA 2OWCA 1GONA 4H2CA 4W84A 1WDQA 1KQYA 5GNXA 1VIWA 4CN1A 2VX7A 1V6XA 1YHTA 1FFRA 1VEMA 2PBGA 5A6KA 2JFEX 2QF8A 2YL5A 3ZJ8A 3WD0A 3WH8A 2G3NA 3CMGA 1GHRA 1PJ9A 3MUIA 3PHAA 4PYSA 5A8NA 2E9BA 3WNNA 3WF3A 4XX6A 3MMUA 4AEFA 3SCNA 2BXYA 1IZJA 4D6DA 3GM8A 1WZMA 1TG7A 3WQ8A 1HL9A 2ESCA 1LJYA 3MS8A 3OLIA 1OIFA 2XG9A 5ABFA 2J7HA 4CN6A 1UH2A 1E73M 2DSKA 3CUGA 5M5DA 2GK1A 4MB3A 5AC5A 4GI6A 5D9MA 2TAAA 3ZIZA 2BVDA 1VJSA 1CNVA 3SIMA 3F5LA 1U33A 3HJEA 2EPMX 1E6NA 1UWQA 2G4FA 1QOXA 1L0PA 2X05A 3ZT7A 2G41A 4WF7A 1KBKA 1CECA 4P7LA 5CQ1A 3BAJA 5BYWA 1JXJA 4MAZA 4PCSA 1WNOA 2ZUSA 2PWGA 5CPQA 5M3WA 3T2OA 4WKHA 4Y7EA 1AMYA 2CBIA 3B9AA 4W7WA 2V38A 1WZAA 3WF1A 1EDQA 3CUIA 3WUFA 3WH9A 4AZBA 1E1EA 1UWUA 1GQJA 3B9DA 1VENA 3AIVA 2FHBA 1OINA 2YA0A 3NSXA 4DWSC 4OIFA 1XSJA 1JZ4A 3NIYA 4WKAA 3GZAA 1X6NA 3OZPA 5AYBA 2FHFA 4F79A 3MO4A 5IHSA 5BXSA 4LYPA 1FH7A 4S3JA 2AOSA 3G6MA 3L4YA 4HMDA 4UOQA 1W9VA 2WHMA 1MXGA 2DGAA 1V3IA 5DMYA 1XYZA 3U5YA 2BNJA 2W92A 1WB0A 7TAAA 3AS2A 2VX4A 1HVQA 3CLWA 1OD8A 3WNKA 1EH9A 3BLPX 4W8LA 4CD8A 1C90A 2BHYA 3RM8A 3WQ4A 4YHGA 4NRSA 4TVUA 2FH8A 1A3HA 4NI3A 4MJ2A 3ALFA 3VNZA 2VZOA 2G3IA 2QMKA 2W67A 4U3AA 4ZXOA 3CH9A 2BY2A 2YJQA 1NH6A 1WZKA 5I77A 3SCSA 1CXHA 1XYFA 2WHJA 6CGTA 2X2YA 2OYLA 3ZT6A 3GNOA 5HPCA 5I5RA 3AIBA 4WJXA 2OSWA 3VD5A 1NM9A 4U5IA 3THDA 1CXLA 2J7DA 2J47A 3WL0A 3AMGA 1C93A 4D6IA 4ZEPA 3RCNA 1WPCA 1CXIA 4WIWA 3EMZA 1XH0A 4Z2JA 5IDIA 3AXXA 1BTCA 2VI0A 4UQEA 1JF6A 3NSNA 3W26A 3NUKA 1WAWA 3B8SA 3BH4A 3M7SA 4HOXA 4B16A 3NSMA 1TCMA 2UY5A 1JAKA 2ZOXA 3VMOA 1NOWA 1XH1A 2DSVA 4MNMA 3TA9A 1ZJBA 2V3DA 4W88A 3CUJA 1HKKA 1Q6FA 3MV11 1JL8A 2V3EA 4ATDA 1QNSA 3PZQA 3BAXA 4TVCA 1C7SA 1VBRA 5F7UA 1E3ZA 1B1YA 1UKPA 1HJQA 5C8BB 1QHZA 4EANA 3AZRA 4N0RA 3BAWA 3RO8A 4UZUA 3D5HA 3W28A 4XB3A 5IFPA 5E09A 3MV01 4ACZA 2DSUA 5E6ZA 1EXPA 3MMDA 5M03A 3ZSSA 3SUTA 3ARWA 5JUVA 3WMBA 1BF2A 1QI2A 3IAPA 2A3BA 3W82A 2WC3A 3FXYA 4J27A 1ESWA 1E6SM 1W2VA 2ZXAA 3AIWA 2VCCA 1B90A 1WDRA 2E3ZA 5DEZA 4TVDA 3VIGA 3CGTA 2WC7A 4J7RA 4KGJA 4RE2A 4NSBA 5A2AA 3WEZA 3VGEA 3AMCA 3W4RA 4W87A 1JZ2A 1VEPA 4NZCA 1QW8A 1B2YA 1JDCA 4H04A 4V2XA 1FHDA 2XUCA 1E56A 1H1NA 4UFLA 1UWTA 2J7BA 3ZM8A 3CZ8A 3CHDA 1H09A 3NDYA 4YPJA 5I0DA 1IV8A 4AZIA 2D20A 1JG9A 2J4GA 5BRQA 1OB0A 2WMIA 1TA3A 1CGUA 1KB3A 2B31A 4JFWA 2J7CA 2JF7A 3WUBA 4GZIA 3QHOA 4BQ3A 1BGGA 1CLVA 1H0GA 3WDQA 4OZOA 1Y7VA 2XVNA 3BAKA 2CITA 3WD3A 1O6IA 3GH4A 1JYNA 4J3WA 1W3JA 1W9BM 4JFUA 1JGIA 2XIBA 3OLDA 1V02E 6TAAA 4ZENA 5FL1A 2PI6A 1ISZA 3IJ7A 4J3VA 1TUXA 4MNLA 4AD3A 3W81A 3CZGA 4P7RA 1W1YA 5I6SA 3OLEA 4DWSD 1ZB5A 2VNCA 3EBVA 1JDDA 1HIZA 4P8WA 4M56A 1MYRA 1XSKA 5KZ6A 1GCYA 4FLRA 4CD7A 5A6LA 2VURA 3WNLA 2XM1A 4BCEA 1LLOA 1V6YA 5I23A 1ISYA 2VUYA 1R85A 5IHRA 2JIEA 3N11A 2D23A 2WBGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LRK A;  1RJP A;  4JDB A;  3OQE A;  3ALG A;  3TTQ A;  3THQ A;  3B05 A;  5HNT A;  3T6C A;  2MAN A;  5HUA A;  1KM5 A;  4GUJ A;  2RAG A;  4IMC A;  1B31 A;  1XLL A;  2BSL A;  2DT1 A;  1G6C A;  2TPS A;  2ZYF A;  2DIK A;  2PDK A;  1UML A;  3BLD A;  2HIS A;  1JXK A;  2IS7 A;  3V3W A;  2NVC A;  4CEU C;  2CHO A;  2ZC8 A;  3W1L A;  1O4U A;  1LCO A;  2YFO A;  1HJU A;  5CGM A;  1RZM A;  1DYS A;  2ISV A;  3SN4 A;  4YS1 A;  1J9Y A;  1GJU A;  3WDR A;  3O5I A;  2PWV A;  5BW6 A;  1E1C A;  3THU A;  3ANY A;  1VCF A;  2HK0 A;  3WF4 A;  2A4A A;  4E4P A;  1ZRQ A;  5FSD C;  4XAK A;  3D3A A;  4E8D A;  4PE8 A;  1XRV A;  5CEW A;  3HPA A;  4U86 A;  2XWE A;  1L6G A;  1TKK A;  1I60 A;  4AG0 A;  5LA0 A;  1FOB A;  3B4Y A;  2WM0 A;  3GKF A;  4FNR A;  3F1Q A;  3LTY A;  3MMW A;  3QSR A;  4O15 A;  1NWR A;  1VBJ A;  4ZPW R;  2YLL A;  3CIX A;  1P0D A;  1JPH A;  1WV2 A;  1R3V A;  3JRK A;  4LVD A;  3W1X A;  2NV2 A;  3AXM A;  1W3L A;  1KA9 F;  3HFT A;  4C60 A;  2GDV A;  1ZTV A;  4P8U A;  2YLA A;  4PBG A;  1ZY9 A;  3R12 A;  2BOD X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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