4LGXA

Structure of chitinase d from serratia proteamaculans revealed an unusually constrained substrate binding site
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
398
structure length
397
Chain Sequence
AHAASYLSVGYFNGGGDVTAGPGGDINKLDVTQITHLNYSFGLIYNDEKQETNPALKDPSRLHQIYLSPKVADLQLLPVLRKQNPELKVLLSVGGWGARGFSGAAATAESRAVFIRSVQQVIKQYHLDGIDLDWEYPVNGAWGLVESQPADRANFTLLLAELHKALDKGKLLTIAVGANVKSPQEWVDVKGIAPYLDYINLMTYDMAYGTQYFNSNLYDSKQWPTVAAADRYSANFVVDNYLAAGLKPAQLNLGIGFYGRVPKRATEPGIDWDKADAAKNPVTQPYFTARETAVFKAMGLDLTKDSYFKYNDIVSKLLNDPQRRFTAHWDSDAQVPYLTMKSAEGKPLFAISYENPRSVALKADYIKSKGLGGAMFWEYGADDNNRLAHQLAESLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inverse relationship between chitobiase and transglycosylation activities of chitinase-D from Serratia proteamaculans revealed by mutational and biophysical analyses.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia proteamaculans
molecule keywords Glycoside hydrolase family 18
total genus 128
structure length 397
sequence length 398
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2013-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4lgxA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4lgxA01
4WKHA 2WLYA 2QF8A 4JKMA 1OGGA 2J7EA 5EFDA 1NWRA 4ACYA 2WANA 1LL6A 3FHAA 4DM2A 2VZVA 1MW0A 2V3DA 4ACZA 3CUFA 4IM4A 1UZ1A 1VB9A 1CXEA 2XWDA 3MUZ1 3ALFA 2CBUA 2E9MA 5LA1A 4PMZA 4W89A 2PBGA 2WC4A 3N12A 4UTFA 4M8UA 1SMDA 3THDA 1VEPA 3LMYA 4JFUA 2WMKA 4JCLA 4CD7A 3IJ8A 4N42A 1TMQA 2ZUNA 4XZBA 3BAYA 1GVIA 1PZ2A 5CPSA 3AS2A 1W1VA 3KWXA 2WAGA 4YPJA 3CUHA 4XX6A 1EA9C 3MU7A 4AZGA 4AD4A 1MQPA 1UR1A 3SUWA 4LQ1A 1UYQA 2DDXA 5BXSA 3PZQA 1UWTA 1FH9A 3UESA 3WBAA 1XGZA 1BVNP 3VD3A 1KQYA 2WC7A 4FLQA 4XV0A 2XGIA 1C8XA 5A6BA 4W87A 2XGBA 3D3AA 4HA1A 4HMCA 1WKYA 5A2CA 1WDRA 2A3HA 3N04A 3ZO9A 1OT1A 4BA0A 1HP5A 2ZX7A 4M1RA 1VFFA 3AZSA 2EPLX 1W3HA 1XSKA 3ARVA 1US2A 2J7GA 4JFSA 1KFWA 1BVZA 2D0GA 1QOXA 1WP6A 5ABGA 3DECA 3F5LA 1GQIA 3VU2A 5CLTA 3U57A 3CBWA 5FKYA 5IXEA 2YKKA 3L4ZA 3BC9A 5DF0A 1UUQA 4CCDA 5CJ5A 4PMOA 3GM8A 4CVWA 1UKTA 3AS1A 3IJ7A 1ZJAA 1Q6EA 2VOTA 2CCRA 1GORA 4HOWA 2Y2WA 4EANA 4HPHA 1PX3A 1SMAA 2PWFA 3QOMA 1C91A 2DSUA 3ZSSA 3ARYA 1XC6A 1VAHA 2IXUA 4TXEA 3RCNA 2PB1A 1JYVA 1A3HA 1HJXA 1H4PA 3VDBA 2E8YA 4ACZB 4QFUA 1BYAA 3CUJA 4UFJA 3WF2A 1W9BM 3A3HA 2IXVA 5LYRA 2WM0A 5BXRA 2YOCA 1XCWA 4PMQA 3BAIA 1DWFM 3B8SA 5CG0A 3VGDA 3UEQA 4MB5A 1JD7A 1V6YA 4CCEA 3BCDA 2XHYA 2AMGA 3TOPA 2D20A 1CGXA 1Q4NX 2J8GA 4H8HA 2VZUA 1VFOA 1EO7A 4B16A 1FFRA 2WHLA 1LJYA 1PEZA 3KEHA 3RM4A 2ZICA 1UKQA 3DYMA 4UQ9A 5A8QA 1ZBCA 2XTKA 2YJQA 2PWEA 1BYCA 3BLPX 3AMGA 1CTNA 1E5JA 1GOKA 1QW9A 3ZIZA 2DSZA 3DHUA 4PN2A 3T0AA 5AC5A 3CO4A 4AISA 1Q6CA 3BMVA 5ABFB 4AD2A 2BVDA 2ZUVA 5JBEA 2Y8VA 1GNXA 1E3ZA 1FA2A 3APGA 1VF8A 4AD3A 1D2KA 2DT1A 1UR9A 5JIPA 1QI2A 3RM9A 4AZCA 2JEQA 5DEZA 4X9YA 1AQHA 3VIJA 2GSJA 1Q6DA 1BYDA 3BH4A 3B9AA 1HN1A 1RP9A 1OB0A 2NT0A 4RL3A 5A8MA 3POHA 3FNDA 3MANA 3T0BA 9CGTA 4PTVA 3EMZA 1CGWA 1YQ2A 3VGEA 4PSPA 2DSKA 1JF6A 1H41A 3SUTA 4JL1A 1DWAM 3RJXA 4AW7A 1LQ0A 4FF5A 3CHCA 3ARTA 1EIBA 2V5DA 1QPKA 3PTMA 1MFVA 4GQQA 4BQ4A 2WZEA 2ZX6A 3WDQA 4H2CA 3GXFA 4LX4A 1MVYA 4GI8A 4U2YA 1HNYA 1LWHA 2ZUMA 1EHAA 4CU6A 3M07A 2OLHA 1GHRA 2JF7A 2NT1A 1CZ1A 5CPQA 3AMCA 1BF2A 4WSKA 1B2YA 4PCTA 2XWEA 3WEMA 1XSIA 5E0CA 3ZR6A 2AAAA 2JE8A 3AIBA 1NWSA 3S2CA 5CGMA 1L8NA 5BXPA 1B3VA 3GTNA 5CLWA 5C70A 1ISZA 2WKGA 1GOQA 4AIEA 7A3HA 4PCSA 2O9TA 1F4HA 2X1IA 1V08A 2ZXBA 5D9MA 4V28A 5I23A 4HMDA 1H2JA 1B1YA 1ISVA 1UWQA 1HVQA 1XD1A 4PYSA 1UD8A 1IV8A 1GCYA 1UKOA 2W62A 5ABEA 3WD4A 3M7SA 1E6RA 4URIA 5EFFA 6TAAA 5EBAA 4IUGA 2VZSA 1K6AA 4Z2LA 3SCOA 2WMIA 2CPUA 1MQRA 1LL7A 1E3XA 4AZ7A 2GJXA 5I0DA 3SCWA 2XM2A 2EPMX 1CXIA 3L2LA 3OLEA 3QOKA 3W26A 3SCNA 2WBGA 2D3LA 2YA2A 2J7BA 1UH4A 3VPLA 1ZBKA 3TTQA 1JXJA 1KQZA 4MNLA 4LXFA 1R87A 2TAAA 4MPKA 1N82A 3BCFA 3GNPA 4UFIA 1NOWA 1W2PA 1TE1A 1QNPA 5D9OA 3VD9A 3AIEA 5DO8A 3MUIA 3WH9A 1EHNA 4CU7A 3WD2A 1I1XA 2YBUA 2G3NA 3VIOA 3AICA 3OLDA 1R85A 4AIOA 4P7LA 4UQCA 3K46A 4GINA 4EE9A 4H41A 1JFXA 4P7QA 1US3A 3CH9A 2VRJA 2X0YA 1PBGA 4V27A 4P7RA 3AMLA 1E72M 1WE5A 1J01A 1LF1A 1J0HA 1ESWA 2X2YA 4HZ7A 2WHKA 1WAWA 5EB8A 3RJYA 1OD8A 3ZT5A 3SUSA 4AXNA 2G3IA 2F8QA 1JIBA 4KMQA 4AWEA 3LPGA 1H1NA 3NDZA 1KGWA 2D23A 1E0WA 2EPKX 4QDMA 2VUYA 4J3WA 5LA0A 4ZE5A 4W8AA 5GNYA 3WNLA 1BHGA 2A3AA 4OKDA 4UFMA 2WVVA 1GONA 4N0RA 4U33A 1ZBWA 3AISA 5GPRA 1FH7A 4QLJA 1RH9A 3AS3A 4U3AA 2GJXB 3GXDA 1CIUA 3GNOA 1J12A 1QHZA 1NARA 2WMHA 1XRVA 5JUVA 5HBFA 3EBVA 2BHYA 4BCEA 3AXHA 1UKSA 4M24A 1HJSA 2BHZA 1V0MA 4AIUA 1B3ZA 2CBVA 2GK1A 4NZCA 4JHOA 2ZUSA 3WDHA 4EAMA 1GZJA 1VENA 2CETA 1IZJA 3U7VA 3W82A 1MXGA 1ISWA 3MV11 1H09A 3PZOA 3LPFA 1QNOA 2CEQA 3PZ9A 3CHEA 3NJ3A 3B9EA 1I75A 4PMRA 1XV8A 3GH4A 4WF7A 2XM1A 3WQVA 5I79A 1ZU8A 1OWQA 3F5JA 1B3WA 1KB3A 4MNJA 4IPNB 4KRTA 3L4VA 2PWHA 4PTXA 1CEOA 4D6CA 1UOKA 3CHFA 1BQCA 1WDSA 2X05A 1E40A 1H3GA 2YL9A 1BGGA 3EDKA 4D6DA 3VNYA 1WNOA 2ZX5A 4P7OA 1UD2A 1TG7A 2ZUTA 1QHPA 2XSAA 4UZSA 3O2LA 2W66A 4Z2KA 1PPIA 3BXWA 1ODZA 1OGSA 1B31A 1VFUA 1FHLA 1LL4A 1GOMA 3DC0A 2AOSA 1CLXA 5BXTA 1MFUA 1O6IA 1C8YA 3SCRA 3RDKA 2ZX9A 5CPTA 1GQLA 4H7VA 1WZKA 3CZGA 4HU0A 4AY1A 3KZSA 1OT2A 1V6UA 1ISXA 4PMUA 3FAWA 1VEMA 3VUPA 2WVVB 3UERA 4L4PA 4Z2HA 4UFHA 2DIJA 2ESCA 1GW1A 3WNKA 1UD6A 3N17A 2XVPA 1ITXA 2D0HA 4BF7A 4MB4A 1QI0A 2E9BA 3ZJ7A 2CESA 2BXZA 2XSBA 1U33A 3PTQA 3NUKA 2J78A 4XB3A 4X0VA 4RE2A 1G5AA 4W85A 4D1JA 4Z2JA 2GK1B 3AZTA 6A3HA 5IHSA 4YN5A 1V6XA 1NM9A 4NRSA 4OBSA 1JNDA 1GHSA 3BAKA 3JUGA 2UY3A 4GI9A 3WDJA 3TONA 5A2BA 3BAJA 1WZAA 4Y7EA 1BYBA 3MMWA 3L4XA 2VCBA 2BY2A 4AEEA 1NQ6A 4M29A 1UWIA 3EMQA 1KBBA 2J7FA 3QGVA 2DGAA 4YHEA 5IFPA 2E0PA 1B3YA 5LA2A 2Z1KA 2ZXAA 4LYQA 3WBEA 3PZGA 1DWIM 2XVGA 3I3BA 4MJ2A 2YL8A 5A8PA 4W5UA 1FP8A 4S3KA 3SEPA 4HPGA 4L4OA 2EPNA 3T2QA 1W9DM 4P8WA 3W28A 3NSNA 3WF0A 4U5KA 4M80A 2J47A 3PHAA 4WJXA 2WWDA 1NWTA 3UCQA 2D0FA 1KR1A 5GQBA 3RILA 2WW5A 1MW1A 3E1F1 4HMEA 3NSMA 3CTTA 3VX0A 2A3EA 5I24A 3N13A 1IT0A 1V3MA 2CHNA 1CLVA 4V2XA 1BPLB 4Q22A 1NOFA 3OIHA 3QHMA 1E6ZA 4KRUA 4P8UA 3HN3A 4QLKA 4P8VA 3WL1A 2EEXA 2XFFA 1PIGA 2ZIDA 3CMGA 1MXDA 3VIMA 2XG9A 2GFTA 1OD0A 4HOZA 1M7XA 4C7DA 3AHZA 5JIWA 1CECA 2QMKA 2E40A 4JFWA 5BROA 2VX7A 1AVAA 1R8LA 3WNPA 3WENA 1WB0A 2D3NA 4LPCA 2O9PA 4NF7A 1UQYA 4J3VA 2JEPA 4DWSD 1V03A 1U30A 5HPCA 1U2YA 2EJ1A 4F9DA 3L4UA 3WD1A 2JFEX 1H0IA 1H0GA 3O9NA 1VEOA 3AHTA 1HJQA 4J28A 1RPKA 4R27A 1CENA 1PZ3A 3FXYA 4GPNA 4W88A 3WQWA 2VQTA 1UWUA 4W7VA 3VMNA 1E4NA 4P8XA 2OSXA 1CGTA 5M3WA 3GZAA 1MW2A 4CUCA 3MS8A 1JI1A 2ZX8A 1E70M 3NCOA 4PSRA 2GJPA 2WC3A 3OZOA 1A47A 3WMSA 2E3ZA 1UH3A 1GOOA 3WKZA 1K9FA 2BY1A 4W5ZA 2QPUA 2VC9A 4TVDA 5JBFA 4PRWA 3VGHA 5GNXA 4UQEA 3WIJA 3EMCA 3AHVA 4GZJA 1JDDA 3WN6A 1UD4A 5CQ1A 5C71A 3SURA 3GDBA 1TR1A 4DM1A 5AC4A 1HIZA 2NSXA 1XD0A 3RM8A 3AMDA 2DH2A 3WNNA 1NH6A 1UKPA 4M81A 2UWFA 2VCCA 4D1IA 4W7UA 1JZ5A 3WMBA 1JYXA 1X6LA 3SUVA 4NI3A 3PBGA 2J25A 4RE3A 2WCSA 3IAPA 4TTGA 3AIQA 4W93A 1HKJA 1KR0A 2G3JA 5E0FA 3WUEA 1SR0A 2A3BA 4AMCA 3T0DA 1GJUA 1CDGA 1NOUA 1R7AA 4MNMA 4BQ5A 1MQQA 2BXYA 2J7HA 2ZUWA 4MB3A 3CIVA 2EXOA 1J11A 1CWYA 4D6JA 1QI3A 1XCXA 2JF6A 4E2OA 3SCVA 5HXMA 4FLSA 1VRXA 3WDRA 2XFRA 3WH7A 2VJXA 5HOSA 2XPKA 1V0LA 1UD3A 3KE0A 3VDAA 5BCAA 1L0PA 4GXPA 3WF3A 1X6NA 3L4TA 1KWGA 4AC1X 4PMXA 1BG4A 4F66A 3TTOA 2DEPA 1TA3A 1XHGA 2VZTA 4XZWA 1UWRA 5A1AA 3AXXA 4W86A 1W3JA 3IK2A 4JIEA 3VINA 4MTVA 1KXQA 4BZYA 1UHVA 4LGXA 2G41A 2IUZA 5I78A 1WDQA 1E0VA 3VNZA 1DEDA 5BRPA 2J7CA 1OBAA 1FH8A 2VURA 3EDFA 1EOMA 2HISA 3MO4A 2ZWYA 1PX8A 1Y7VA 4W8BA 3UETA 2WNWA 1HL8A 1JDAA 1GOWA 1E15A 5JBDA 4AZCB 2XVNA 2EO7A 4PTWA 3F4VA 2GDUA 2CNCA 3WEOA 3TTYA 2XYLA 3TTSA 5IDIA 3GH5A 1ZL1A 2J4GA 1JF5A 1QNSA 3VTRA 4CGTA 4CVUA 1H49A 2HVMA 3T08A 2D2OA 1AQMA 1D3CA 4WLCA 3W25A 3CZEA 1FFQA 3WDPP 4CN4A 1UA3A 4Z2GA 1QBAA 1KGUA 5EMYA 2YLAA 4ZFMA 2Y8KA 2EQDA 3AHYA 3VIPA 1GJWA 4UZUA 5FIPA 1OM0A 2XJ7A 1QBBA 2D24A 4J7RA 1F4AA 2PWDA 1QVBA 2XFYA 2E4TA 1W1YA 4TUFA 4B3LA 3VKKA 1V0KA 3AIWA 3PZVA 3VD7A 3SCUA 4ATDA 3UG4A 3RMEA 5E6ZA 1V6WA 4KGJA 1TVNA 5AYIA 2DH3A 5I2UA 2VT0A 4OOUA 3SCPA 3WUBA 7TAAA 1OINA 2C0HA 2C8NA 2VTFA 3MSGA 3G6LA 3OB8A 1B9ZA 1J9YA 3RO8A 3W0KA 1UR4A 3QHOA 1BG9A 1CPUA 1TA3B 3POCA 1B0IA 3CHDA 3MKKA 4LYPA 5IFTA 1UZ4A 2G3MA 2ZOXA 2D1ZA 2ZXQA 2BFGA 1HJUA 1C8QA 1JG9A 1UA7A 3OZPA 2WLZA 4DUXA 1CXHA 4DWSA 5BWFA 4OZOA 3K4DA 3L2MA 2CITA 1W2VA 3VGGA 2VZOA 2WCGA 5D9NA 1MYRA 1WDPA 1GPFA 4GIAA 4MADA 2WVUA 2DT0A 4U5IA 1KXVA 3PN8A 5A6AA 2WMIB 2VQUA 1VBRA 2ZUUA 4TTUA 5D4YA 5ECUA 2J62A 4HA3A 5E9AA 3WEZA 3CGTA 4AD1A 2Z1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NFG A;  5EU9 A;  2QF8 A;  4JKM A;  1OGG A;  2J7E A;  5EFD A;  3ABS A;  1LL6 A;  1OX4 B;  2IQD A;  1SO5 A;  4ACZ A;  3CUF A;  2A7R A;  1CXE A;  2XWD A;  3ALF A;  2E9M A;  4JFK A;  4ODR A;  3THQ A;  2WC4 A;  4UTF A;  3THD A;  3NNT A;  1VEP A;  1A5A A;  3BZJ A;  4JFU A;  3LXC A;  5J04 A;  4N42 A;  3MJY A;  1R47 A;  4XZB A;  4AC7 C;  1PZ2 A;  4B92 A;  3QQW A;  4ZOD A;  4YPJ A;  4C5Z A;  3QC3 A;  4AD4 A;  1UR1 A;  3OHI A;  1WAU A;  3SUW A;  3E12 A;  4DEL A;  3P7Y A;  4LQ1 A;  1UYQ A;  3RFW A;  5BXS A;  2OT1 A;  3SDO A;  1BVN P;  3DKL A;  2DZX A;  2WC7 A;  5A8G A;  4XV0 A;  2GGI A;  4RZ6 A;  1NSG A;  5CPN A;  1F5Z A;  2FZN A;  2QCD A;  3HBL A;  4HMC A;  1SO6 A;  3IJD A;  3GAK A;  5A2C A;  4NNA A;  2F6U A;  3SGU A;  3ZO9 A;  2M08 A;  3UYI A;  4DZA A;  1EEX A;  4LUI A;  5E0K A;  3WQO A;  2J7G A;  2PZN A;  3HQ1 A;  1AJZ A;  2D0G A;  1P6C A;  3F5L A;  3V4B A;  3W71 A;  5K7J A;  5CLT A;  1KFJ A;  2PC4 A;  1TWZ A;  4IUO A;  2YKK A;  3LCX A;  4ZQP A;  4ADT A;  1UUQ A;  3U9I A;  2VEI A;  1EJV C;  3CIW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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