4MAVA

Crystal structure of signaling protein spb-40 complexed with 5-hydroxymethyl oxalanetriol at 2.80 a resolution
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of signaling protein SPB-40 complexed with 5-hydroxymethyl oxalanetriol at 2.80 A resolution
rcsb
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mavA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mavA01
3KZSA 4GKLA 3L4ZA 1XH2A 1E0VA 1GQKA 1F4AA 2WMIA 1CGYA 3UG4A 3EMZA 1X1NA 4JAWA 3MUIA 2J7FA 1XYFA 1LL7A 2WANA 4HMDA 2W66A 3BAKA 3CHDA 1EQCA 5CZKA 5EBAA 2WLYA 1E55A 1ZBVA 4W5ZA 4TX8A 2DH2A 2ZWZA 3VNYA 3WBAA 1C90A 3UR7A 4BQ5A 4YHGA 1NQ6A 1QHOA 3ZSTA 4S3KA 1GOIA 3RCNA 2OWXA 2ZUWA 4F9DA 3VDHA 3BCDA 3UG5A 4BQ2A 4XUYA 4TX6A 5ABFB 2J4GA 2WVVB 4B9ZA 2VURA 4H7VA 2EQDA 4PMUA 4AD2A 3AIEA 4RE3A 2ZX5A 1CWYA 2J7HA 1UOKA 4BCEA 5C71A 4AD3A 1GJUA 1D2KA 1ZBWA 4B15A 4W5UA 5A69A 3VMOA 2CBVA 1QOXA 3CLWA 2CKRA 4QLKA 2VTFA 1C8YA 1V02A 2CESA 5AYBA 4PMVA 3BMWA 3U5UA 2WBGA 4P7RA 1JXKA 1DWGM 3NYDA 4A3HA 1ZL1A 2ZX8A 1XSKA 3EDFA 1EGZA 2AOSA 4OBSA 5FOOA 4Z2KA 3O6AA 4PTXA 2GFTA 1V6XA 1JZ3A 4ML4A 1GUVA 1CIUA 3LPFA 5GNZA 5HPCA 1J10A 2QLYA 4JKLA 1GHSA 3N17A 3GBDA 3SUWA 4MNMA 3OG2A 2D0GA 1C7TA 3MMDA 1WNOA 4C7DA 4AIUA 3T0DA 1HJWA 1Z32X 3NCOA 4ZE5A 2UY2A 2BY0A 3OZPA 1TG7A 3BCFA 3GH5A 1V0NA 4PTWA 2JEQA 1ZS2A 4RE4A 1J0IA 3CGTA 3A3HA 2O9OA 1TUXA 1QBBA 1QBAA 4FLSA 4TVUA 1JZ4A 2BXZA 1VB9A 3PZOA 4BF7A 3BXWA 1V6VA 1KBBA 4B3LA 2PBGA 3DYMA 2EPLX 4AZ6A 3F5JA 4J3UA 1E1EA 1TR1A 5BRPA 1V0LA 3CIVA 4TVCA 3ZT7A 4ACYA 1EIBA 3VIPA 3GNPA 4AEFA 4E4PA 1E5JA 2ZIDA 4HMEA 1UKPA 1HJQA 1DWFM 4AISA 1VBUA 3N1AA 5A2AA 4UQAA 4M8UA 1GQLA 3N12A 4AYSA 1E6RA 1MYRA 3OZOA 1MVYA 7CGTA 1SYTA 3BH4A 1K9TA 1FHLA 1QI0A 2OSWA 2VRJA 4AZIA 3K46A 4CU6A 5EB8A 4R5EA 2Y8KA 4ZEPA 1EDTA 1JDDA 3VIOA 2XVNA 1WB0A 1OM0A 1UZ4A 3AOFA 2XWEA 1ITXA 5FIPA 3VGHA 4AZCB 3WD3A 2JF6A 3TA9A 1M01A 3TOPA 3ZJ7A 4CD7A 1E5NA 4LX4A 4D72A 1BAGA 3RIKA 3SUTA 1KGUA 2J78A 4OJYA 4DM2A 3ARVA 4E2OA 1KR1A 3VIJA 2VZTA 4UFMA 5I78A 1UKOA 5CGTA 1Q6CA 1WKYA 2CETA 1VAHA 2CHOA 1NWRA 3AROA 2J47A 2BVTA 2CIPA 3CUGA 5D8WA 2EEXA 1CPUA 2PI6A 5HXMA 1W3KA 2J77A 3WD1A 2A3HA 4AZGA 1JIBA 1JAEA 2O9PA 1G1YA 4F79A 5HPOA 2JF7A 2YL9A 4HU8A 1FP9A 5CJ5A 4U5KA 1GHRA 3CTTA 3UG3A 1GOKA 1W9BM 2UY3A 3QR3A 1UD8A 3S2CA 4FF5A 4BZYA 1BYCA 2CBUA 3W81A 1MW3A 2G3MA 1CXHA 1YHTA 1OGSA 3W28A 3CHFA 1WZAA 1ZBKA 4DUXA 5BXSA 3CH9A 3AHZA 1UKSA 4AIOA 4C7GA 3AS3A 4QLJA 3GYCA 4UFHA 3RM4A 2XGIA 3G6MA 1GQIA 4UNIA 5BYWA 2Y2WA 3AZTA 2OLHA 1C7SA 1PPIA 3IK2A 1EA9C 5JH8A 4CCEA 1CXLA 1R7OA 1QI3A 2A3AA 1H0GA 2WMFA 3RJXA 1W9UA 3FHAA 2YKKA 1BFNA 3WMSA 4P8XA 5BCAA 4HZ8A 3T0BA 1FH8A 2PB1A 4L4OA 1EHAA 2X8RA 3WMBA 3VU2A 4D71A 1PAMA 1TVPA 4ATWA 2WVTA 2PF0A 2RGLA 1MQRA 2WYSA 3N11A 3ZR6A 2BXYA 4WIWA 3VO0A 1H49A 4CD4A 5D9MA 1K9DA 4JL1A 1GPFA 4D6GA 3QOKA 4JCMA 4J3SA 3WNOA 1UWQA 5A6BA 1LG2A 2D24A 5GPRA 4CN4A 4QAWA 1CXEA 3LPGA 1E3ZA 1GOMA 5IFTA 5IHSA 3SCNA 1K6AA 5FL0A 3CO4A 2V3EA 3WH8A 3PZ9A 1HJVA 3EBVA 4Q7NA 1OINA 5CG0A 2WC4A 3AICA 4UZUA 2D23A 4WF7A 3AS1A 5BWFA 5GQBA 4MJ4A 3NDZA 2DT2A 4HOXA 2EXOA 1ZU8A 3ARZA 8A3HA 3A4XA 3AISA 4UZSA 2WZHA 3MKKA 1WZKA 1WPCA 2J7CA 4M80A 1KCLA 2YDSA 1GQJA 2VQTA 4J3TA 3VM7A 1JAKA 1PZ3A 4M29A 2XVPA 4UQCA 2YL6A 3ZMRA 2CNCA 3K4AA 1HKIA 5JIWA 1HJUA 4MTVA 1HP4A 4AZ5A 1BQCA 4EAMA 4H8UA 2E9BA 4V27A 1B3YA 3SCSA 1RH9A 1JDAA 1VJSA 4ZFMA 1XD0A 3OIHA 3CHCA 1V08A 3N04A 1VJZA 2ZUSA 2XGBA 1RD6A 2VI0A 4OOUA 4S3JA 1B3ZA 4KGLA 1UD5A 2BY1A 5D9PA 5CLWA 4DWSD 4W87A 5AC5A 3FXYA 1GOQA 3B8SA 2ZXBA 3VIIA 1J0YA 3ZJ6A 1QNOA 4D6JA 3SEPA 1UHVA 3OGSA 1W9DM 2J7BA 3U7VA 4XZWA 5A6AA 3A47A 1OIFA 3LPPA 1UWSA 4GINA 4XX6A 4NZCA 1VFOA 3WQ5A 1UWUA 1LJYA 2D0FA 3BAWA 2DSUA 2GSJA 3WEMA 1B90A 2YIHA 2WLZA 1OT2A 1JF5A 1HVQA 2XVGA 5IXEA 2A3BA 3AHTA 4H8HA 1UR1A 5D9NA 7A3HA 5JBDA 2YL5A 4CU8A 4KH2A 4N42A 3WKZA 1FH9A 4Y7EA 1DTUA 3FW6A 2BNJA 3WH7A 4CCDA 1Q6DA 5D8ZA 2F61A 2MANA 5A8NA 3AMCA 3W37A 1G01A 4LQ1A 2QMKA 5E0FA 4JIEA 1XSIA 4ZE4A 2DGAA 3VD4A 5FD0A 3WUEA 2WSPA 1QHZA 4D6FA 1ODZA 1JZ6A 3PZMA 4PMOA 3VOCA 4Z2IA 1M7XA 3PTMA 3ARRA 1J0KA 2BHUA 3N13A 3AIVA 5ABHA 4U5IA 2WPGA 3IJ8A 4WLCA 4AC1X 1X6NA 9CGTA 3T2QA 2XWDA 4NRRA 4D6CA 1WDSA 1VFMA 2Y8VA 3CUJA 3WELA 4DUVA 1W3HA 1E6NA 2VJXA 4CCCA 2CEQA 4JKMA 1D7FA 3WSUA 2CYGA 4PN2A 2GDVA 1XCWA 1EDQA 3GZAA 2V3DA 4HZ7A 1JF6A 3WDIA 3MU7A 1BSIA 2X0HA 1ZB5A 2ZUTA 3GXIA 3CZJA 4J28A 4ACZB 4GZJA 4AZBA 5DT7A 3OLEA 1UR4A 1UZ1A 4CD8A 3U7BA 1TE1A 4NI3A 5A6KA 1ESWA 3TONA 1CYGA 3PHAA 4ZXOA 4WK9A 4EKJA 1MXDA 2EPOA 4U3AA 5ABGA 4TOQA 3OGRA 4JHZA 3BC9A 3PZGA 3EYPA 5DEZA 4MPKA 3MSGA 4D6DA 2VL4A 4B3KA 1BVZA 1O6IA 1LWHA 1V6YA 4TXEA 4L4PA 2BY2A 2WXDM 3OGVA 1QNRA 5E0CA 1C91A 2EBNA 3ARWA 4GI9A 3THDA 3W24A 3MUAA 1AVAA 4PTMA 5HNNA 1A3HA 3WH5A 3F5LA 4NRSA 1LQ0A 5EMYA 3TTOA 1KXTA 1CXFA 1I1XA 2W91A 4Z2GA 3VD7A 3IJ7A 2IXVA 1E9LA 1VRXA 2ZXAA 3EMQA 4J3VA 4P7LA 2YBTA 3AMKA 3AHVA 3IAQA 3F5KA 3SUUA 2YA0A 4W84A 1UD4A 5DMYA 3T08A 3ARTA 4A3YA 1CXKA 2X0YA 5JBEA 4ZXLA 3ZJ8A 3SCUA 2GDUA 3ARPA 2TAAA 2GJRA 2E0PA 1JZ8A 3NDYA 3HN3A 2ZICA 4CKQA 3BAJA 3NSXA 1NWUA 3WUGA 5I2UA 2XVKA 2DEPA 3IAPA 3PZNA 2G4FA 3WNLA 1R85A 4XV0A 5CLTA 4E8DA 1VF8A 1E72M 1CGVA 4TUFA 1XH0A 1B2YA 3W53A 2ZX6A 4F66A 1EH9A 3CZ8A 3DYPA 2JIWA 3CZLA 5I23A 3MV01 2X05A 3BLPX 5BRQA 3MANA 1BF2A 1UH2A 4U31A 3W29A 3MO4A 3LMYA 2VC9A 1GVYA 2Z1SA 1E73M 3GH7A 2Y24A 1C8XA 1MW2A 4J7RA 1H09A 2DDXA 1CLXA 4PUEA 4B9YA 2CXGA 2ZWYA 3WDHA 3MUZ1 4D6EA 5BXRA 3NUKA 4GQRA 3W38A 1UWRA 1CGWA 3APGA 1UA3A 4R27A 4IPNB 4CD5A 1G5AA 2C8NA 3PZQA 4IPLA 1VEOA 4IUGA 1KWKA 4M1RA 3NIYA 1R86A 2CERA 4KWUA 1E6ZA 1JD7A 1GZJA 5A6JA 1JL8A 2HVMA 3M6DA 4V2XA 1J12A 1F4HA 4LYRA 2ZOXA 1WDQA 2XPKA 3SURA 3KEHA 3KL3A 4YPJA 4TTUA 1GJWA 1ISVA 1W32A 4UQ9A 4HPGA 3HU7A 4HZ6A 5CPTA 2GJPA 3W26A 2JIEA 2ZE0A 1H41A 3WDJA 2G3NA 3J7HA 4PMDA 4AMCA 4UFKA 3K1DA 1UYQA 2VZVA 1BG9A 4Z2LA 1PX4A 4GI8A 1EQPA 3WNPA 1VIWA 1JZ2A 4U3CA 2W92A 4HA3A 2YLLA 4PTVA 3VKKA 1KBKA 5A8OA 5A2BA 4CGTA 3ARXA 5I0DA 1FFRA 3K8KA 3AIBA 4NSBA 2NSXA 1JZ5A 4AD5A 2XM2A 2WHKA 1HKKA 3K8LA 3WBEA 4CU7A 4CVUA 3SCTA 4N0RA 2E9LA 3WF2A 1C8QA 2BFGA 1EXPA 3L4XA 3KL5A 2WZIA 4HP5A 3PTKA 3ZJKA 3B9DA 1V6WA 2OYLA 1W1PA 1E4NA 1MWOA 2D2OA 2ZXQA 3VDBA 1FH7A 1DP0A 1SMAA 4D1JA 3AXXA 1Q6FA 3D5HA 3VIMA 4JKKA 3AMDA 2FGZA 3MUY1 4OIFA 2FH6A 1Y7VA 3WFZA 3VX0A 3UCQA 4GXPA 1V3HA 4H41A 5LA1A 2WC3A 3QHMA 3OA5A 2VNCA 1J0JA 4CVWA 1R87A 2WKLA 2D22A 4WKAA 1J0HA 2XFFA 3VTRA 3CZKA 2JALA 4H8VA 5KEZA 3WQ4A 2XIIA 1CZ1A 3AMLA 2XIBA 1QNQA 2O92A 1KB3A 1UR8A 1E15A 1QNSA 3ZIZA 1JYNA 4PMRA 3UERA 5M5DA 1WAWA 2F8QA 2OSYA 4MB4A 3W27A 2DT1A 4H2CA 2VCCA 2VQUA 3A6OA 3L4UA 3RM9A 2GK1B 5I79A 3B9AA 4XZBA 4MAZA 4KRUA 1R8LA 3PZUA 2XSBA 2XVLA 3VVGA 2VX6A 3S6TA 2FH8A 1JNEA 2Y5EA 4W88A 1GONA 3SCWA 3TTQA 4PMXA 1XGZA 4M82A 3UR8A 5E6ZA 3L2LA 2J7GA 2VX5A 3EMCA 3BSGA 5AC4A 1KXHA 3ZQ9A 3WQ8A 3GDBA 1CECA 5ABEA 3BAYA 2XM1A 3N18A 1HP5A 2V5DA 1CXIA 2Z1KA 4MADA 4GO9A 2J75A 1QI2A 2VOTA 1UA7A 4UOJA 3AI0A 2EPKX 7TAAA 1KXQA 3RILA 5D9OA 3WEOA 4WJXA 2DSWA 1UR0A 4DWSC 1JFHA 2YBUA 3SUVA 1BYBA 2X1IA 5A6BD 3VIFA 2BY3A 2XFYA 3QOMA 2ZX9A 4UQBA 1R7AA 4PMYA 3VGGA 1KWGA 2WK2A 4U33A 5A8PA 4OBRA 4M81A 3RJYA 1J01A 2X2YA 1L0PA 1M53A 2BHYA 2DSKA 1XRVA 3GBEA 1E0WA 4GIAA 3FY1A 1G94A 5M17A 1HN1A 2G3IA 3ZT5A 1UUQA 1C93A 2WB5A 2WHJA 1UD6A 5IHRA 1US2A 2YOCA 4C7FA 4QFUA 2VT0A 3CHEA 1E4MM 1CENA 3POHA 1TVNA 3O9NA 3I3BA 2VZSA 2GUYA 5ECUA 3AFBA 1K9FA 3WNMA 1QNPA 1BYDA 1PJ9A 3B9EA 1QW9A 4PRWA 3WDRA 4P8WA 4FLOA 3U5YA 2E4TA 2Q8XA 2WBKA 3I3EA 1EOMA 4JL2A 2JEPA 3GNOA 6CGTA 2ZUUA 3T2PA 3TP4A 5E70A 2GJXA 1TZ7A 5E6YA 3W4RA 1LF1A 1H2JA 1BG4A 4DM1A 3ECQA 3K4DA 4BQ4A 1W1TA 2VO5A 4CN6A 1LG1A 4JFVA 1MXGA 1HIZA 5A1AA 2VMFA 4DWSA 1MW0A 3L4VA 1H5VA 3WF0A 4CUCA 3BSHA 2ZUNA 3U57A 2WSKA 5KZ6A 1WE5A 2EPNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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