4MAVA

Crystal structure of signaling protein spb-40 complexed with 5-hydroxymethyl oxalanetriol at 2.80 a resolution
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of signaling protein SPB-40 complexed with 5-hydroxymethyl oxalanetriol at 2.80 A resolution
rcsb
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mavA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mavA01
1H41A 1JDDA 3WDRA 1WE5A 5IXEA 2PWGA 3WDQA 1BVZA 3WF0A 4HOZA 3AS0A 2UY2A 1EXPA 5A94A 1XCWA 3NSXA 4U3CA 3M7SA 3AXIA 1Q4NX 3B9EA 1NP2A 1XSIA 3W25A 1BGAA 4NF7A 5A6SA 1G9HA 3BAXA 2ZUNA 3VD7A 5JBFA 4XB3A 3BLKA 4J28A 4U5IA 1DWAM 3DYOA 3EMZA 3GNRA 1JYNA 1V08A 4BQ3A 2YBTA 1E4MM 3WDHA 4FK9A 2WVVA 3ARSA 4V28A 1ITCA 2WHKA 1V03A 1GJWA 5A6LA 1QW8A 2ZUUA 5A95A 1X1NA 3N1AA 4LYPA 1JXJA 1V3IA 4D1JA 3VGEA 4DWSA 1WZMA 4WIWA 3T0AA 3S6TA 1RPKA 2CITA 1E3XA 1JYWA 3T08A 3AMDA 2J79A 1JXKA 1OB0A 4R5EA 2EPNA 3AROA 4Z2IA 1C8QA 1V6YA 2GDUA 5AYBA 1R8LA 3VIMA 2VRQA 2VI0A 3WUFA 4Z2HA 1WDQA 3WFZA 4HZ6A 2YL9A 1QW9A 4MAVA 3BAJA 1E0XA 4XUYA 2J7GA 4AC1X 1V3JA 2YDQA 2F61A 1FP8A 1E5NA 5AC5A 3WH8A 3GTNA 3FAXA 1C91A 4IPNB 1H11A 1WKYA 2D20A 3VVGA 1E5JA 1K9EA 3SCRA 3VUPA 1QBBA 2O92A 1B9ZA 4E4PA 4ML4A 3A4XA 3KL3A 3MS8A 1EDQA 4MB5A 5D8ZA 3VIIA 3ALGA 3CZJA 2VR4A 1M04A 3L4ZA 1AVAA 2X8RA 1UKPA 2V3DA 2D2OA 5F7UA 4MADA 2WYSA 4LYQA 5TD4A 3PN8A 1G94A 2PBGA 2E0PA 1UR8A 1CENA 3M07A 2J62A 1NQ6A 1Z32X 4L4OA 4HU8A 1EGZA 5D9OA 1V02E 4UOQA 1WZLA 7CGTA 1FOBA 2PWFA 3RM9A 5LA0A 2CBVA 1GW1A 4FF5A 3B9AA 1MW1A 4URIA 2GSJA 2O9RA 1W1YA 3OLGA 2PWHA 3A6OA 2EQDA 3CPUA 3BCFA 4RE3A 4MNKA 3VGBA 1WO2A 5HXMA 3WBEA 4QLLA 3CZ8A 1SMDA 2AMGA 1TVNA 5D9MA 2W4XA 2UWFA 1JAEA 1U2YA 1M03A 5M3WA 4V27A 4DM1A 3WEOA 5FD0A 2GUYA 1MXGA 2WSPA 2GJRA 4UQDA 4JFVA 4KH2A 3AMLA 1JYVA 3AZTA 1EHNA 4OUEA 3THCA 7A3HA 1X6NA 1R85A 4GI8A 1E73M 1I75A 2WWDA 2X09A 3MMDA 1QNRA 1B3ZA 3LMYA 2J7BA 4EE9A 4BQ4A 2XTKA 2W91A 1TA3B 1TZ7A 3NUKA 2XFRA 1UH2A 1FP9A 1V3MA 2D3NA 1JFHA 1R7AA 2CKSA 2D0FA 2A3EA 2GJPA 4W8AA 1BAGA 2YJQA 4MB4A 1UG6A 2WZEA 4H2CA 5JBDA 3WNMA 1KXQA 5LA1A 3OZOA 1PX4A 3PZVA 3VKKA 4PEEA 4MTVA 1B3XA 1UD2A 2BNJA 1CLXA 3OLEA 5DO8A 1UR2A 3NSNA 5A6BA 3G6MA 1CGVA 2XIBA 1IT0A 1HX0A 4HP5A 3VX1A 3VIFA 3VIGA 2UY5A 4E8CA 3W0KA 2XVKA 4HOWA 1KGXA 1GOMA 4QP0A 4W5ZA 3G6LA 3U5YA 3OLIA 1HJWA 1UR1A 3AICA 2XGBA 4U2YA 2WWCA 1OWQA 1LLOA 1P6WA 4KRTA 3N9KA 1PEZA 4DUXA 1GJUA 1UD5A 3MV11 2CHNA 2OWXA 3DHPA 3ZM8A 4QAWA 3T2QA 3PTQA 3EDKA 4DWSC 1TFVA 5A6AA 2DIJA 2EPLX 3EBVA 3JUGA 2XM2A 5EBAA 4CUCA 4ATDA 1UWRA 3WNKA 5GNXA 1CEOA 4UQCA 1X6LA 3IAQA 3W26A 1UD3A 1KBBA 4MNJA 2BXYA 3NDYA 1W1TA 3PTMA 3L4VA 4W88A 4LYRA 2A3AA 2WCGA 4TTUA 2DH3A 5I79A 4D6FA 4HU0A 5IHSA 2WMFA 3VDCA 1JL8A 1CXHA 4PTMA 1GOOA 4X0VA 2D23A 3GXFA 5GNZA 2A3BA 1GQKA 4A3YA 3ZJ8A 1GPFA 1HP5A 1WPCA 1UQZA 2BFGA 4NI3A 2O9OA 1VRXA 2OLHA 4DWSD 1XCXA 3UR8A 2W62A 4R27A 3TTQA 1V3LA 3SEPA 1A47A 2NW0A 3ARTA 3WH6A 2WBGA 4QFUA 3WQWA 3WENA 4C7GA 1E72M 1CBGA 1QI2A 4JFWA 5DF0A 1MW2A 3PZIA 3OG2A 2VX4A 3AMKA 1W9XA 4CCDA 2WHJA 4UR9A 2VVSA 1FHLA 1NOFA 1J0JA 2BVDA 4CGTA 3BMVA 4W84A 4PMVA 2XVLA 3K46A 3AS1A 5HOSA 2QMKA 5BRQA 2WC7A 2DEPA 1H0GA 4AIEA 1FA2A 4J3WA 3SUTA 1UWTA 4J3SA 3AHZA 1YHTA 2EO7A 1UWQA 3O2LA 2A3CA 1LL6A 3SCSA 2D3LA 1J18A 2V3GA 1QOXA 1QNPA 1H1NA 5A2BA 1LG1A 3DECA 2O9PA 4AZ6A 1KBKA 3BLPX 1XGZA 2Y8VA 3NDZA 3GYCA 4ACZB 5BROA 3WD1A 1HT6A 4HZ7A 3SCWA 1HKJA 3EDEA 3GH4A 4P8VA 2E3ZA 1JZ5A 2C7FA 3PTKA 3ZQ9A 2BY0A 1B31A 4XZWA 4P7LA 4AZHA 1UKTA 3CHCA 1JD7A 3IANA 5HNNA 5I77A 1E6ZA 3GXMA 4N0RA 2XWDA 1V0MA 4ZXLA 1WAWA 1CNVA 1J11A 1NH6A 3RDKA 4JL2A 3BAIA 2E8ZA 1TG7A 2CIPA 2J78A 1G1YA 1KCLA 1KR0A 3VM5A 4TVCA 4W86A 2GJXA 2D0HA 2YL6A 5I78A 1UKQA 1V02A 3VINA 4UQEA 2PF0A 3CZKA 1HL9A 1XYFA 2J7FA 1AQHA 3N15A 1PJ9A 1OD8A 1M53A 2E9BA 4PTXA 3T0DA 3DHUA 2WW5A 2YA0A 5IHRA 4FLQA 4OOUA 4WK9A 1L0PA 3GBEA 3WBAA 5DMYA 1FFQA 4WKAA 2VL4A 1VEOA 1KFWA 1TMQA 4D6JA 1JZ2A 4HA3A 1JI2A 1NOUA 5A2AA 3WH9A 3MV01 3SCVA 2BY1A 4OBSA 5A6KA 2ZICA 2BHZA 3VGFA 1RH9A 3FAWA 1VENA 2G3MA 3TONA 2OWCA 1W9UA 3OA5A 1VIWA 2HISA 3HU7A 4CU8A 5FIPA 1EOKA 2OYKA 3SCTA 4BQ5A 3E1F1 4MJ4A 4J3XA 3VNZA 3ARVA 3IJ9A 5FOOA 3AMCA 2YLAA 3LPPA 3ARZA 4FLRA 1TCMA 1J10A 2CBUA 1UD4A 2J75A 3NSMA 4FMVA 2CXGA 3WF2A 4PSRA 2ZX7A 3M46A 1QVBA 2WKLA 2DT0A 3AIRA 4J3VA 1QI4A 1NWUA 3ZT6A 4K68A 4AEFA 4XZBA 4DM2A 4WSKA 3BH4A 4TXEA 2F2HA 1RD6A 1DEDA 4F9DA 5A6BD 1GOKA 1Q6DA 2VZSA 3CMJA 1OIMA 2IUZA 4AD0A 4UOJA 1U30A 1C3FA 2DT2A 2Q8XA 2YOCA 1OD0A 1E6PA 3N12A 4A3HA 1XH1A 1CLVA 2XG9A 5A3HA 2CBIA 3GM8A 1NP0A 4ACZA 2G4FA 1OT2A 2PWEA 4LQ1A 3AMGA 1W1PA 4M1RA 3T2OA 1E43A 1V6WA 2XM1A 3VD9A 2VTFA 4QLJA 1ISZA 2WLYA 3NIYA 1O7AA 3FW6A 3N11A 1E55A 1PZ3A 3AYRA 5A69A 4WJXA 3VIJA 5A6MA 1KQZA 1E1EA 1CIUA 2GDVA 4AYSA 1J0ZA 1I1WA 2QF8A 4Z2JA 2XHYA 1E1FA 4ATWA 4W5UA 4ZENA 1K9TA 1BYCA 4QDMA 2DSWA 3J7HA 5CPTA 4PYSA 4J3UA 1JNDA 2WZHA 3SCNA 3K4DA 2E8YA 4QCFA 3T2PA 1V0NA 3OZPA 1OINA 1ZBWA 3RCNA 4GZEA 4JKLA 3AFBA 1J0IA 1FH7A 2DSVA 1JF5A 4W93A 2J7CA 4DUWA 4F9JA 2FGLA 1HIZA 1KGUA 2XWEA 2J8GA 3MSGA 4TUFA 1UA7A 4CN6A 3VO0A 3QHNA 1NWRA 1BYAA 1E6NA 1WP6A 6CGTA 5I3DA 4PMOA 4W8LA 1CXKA 1H49A 2TAAA 4UCFA 5HBFA 2J7HA 3WQ6A 1WCGA 3II1A 1ISYA 1MFVA 5CGMA 1E15A 1CPUA 2CESA 1IV8A 1CTNA 2DDXA 4Z2LA 1Q6FA 4JKKA 5I23A 4IM4A 3SUWA 1JI1A 2ZXAA 2CERA 1QPKA 3UETA 3W37A 4NRSA 3ZIZA 3VMOA 5AY7A 5D4YA 1EIBA 2QLYA 1FFRA 1E9LA 5CGTA 3SUUA 2V3EA 4FLOA 3MKKA 4DUVA 3FY1A 3WF4A 1EDTA 2Y4SA 3GZAA 5A6JA 4UFMA 2J4GA 3W6MA 5JBEA 2JF7A 4KMQA 3KZSA 2VQTA 2WC4A 4IPLA 1GQIA 5CPSA 3ALFA 1MW0A 1UH3A 2Y5EA 1E0WA 4JHOA 1DWFM 3N17A 4GI9A 2WVTA 3WMCA 1VF8A 5I2UA 1NOWA 4RE2A 5BXSA 1PIGA 1VBRA 3I3BA 1JZ8A 1GQJA 2WMIB 1HJXA 1E6RA 2WVSA 5I5RA 4J27A 2E9MA 1Y7VA 1LG2A 2JEQA 3HMCA 4F79A 1NWTA 2ZUWA 3WN6A 1MFUA 4MDPA 4D6HA 3ECQA 2XGIA 1XD0A 1G5AA 4EK7A 3GDBA 1BG9A 3DYPA 1B3YA 2DIEA 3APGA 1D3CA 2WMGA 4OBRA 1UZ4A 4WF7A 2J7DA 2B31A 1J0HA 4H8UA 4AXNA 3RPMA 3VMNA 3CMGA 1J12A 1UOKA 2PBOA 1FHDA 1GONA 4WKHA 4WLCA 1QNSA 4GXPA 3WF3A 2F8QA 4NSBA 3L4WA 4CD8A 1MW3A 1B2YA 2Z1KA 1DP0A 1E56A 1QHZA 2DT1A 3AHVA 2BY3A 4Z2GA 1JD9A 4M81A 3PHAA 4AZCB 2V38A 4AWEA 1AQMA 4JKMA 4GO9A 2VX6A 2MANA 3A3HA 5JIPA 5CQ1A 3RM4A 4C7DA 1OGGA 1GVIA 4H04A 4TOQA 5GNYA 4UOZA 3WNOA 3UERA 1H5VA 5DEZA 1NM9A 4XX6A 3F4VA 3WUEA 4HMEA 3BXWA 4IUGA 2FH6A 2FHCA 4GZJA 5M5DA 4CU7A 2XPKA 1JZ6A 1W9PA 5CJ5A 1VFOA 3POHA 1D2KA 1C93A 5JH8A 1XSKA 3UR7A 3VGDA 4PMZA 1MVYA 3FHAA 3WH5A 1JFXA 2GK1B 3AHXA 3L4YA 3OGSA 3N04A 3A4WA 3TOPA 2Y24A 1KXHA 2HVMA 1BLIA 1O6IA 4H7VA 4GKLA 4GQRA 1CWYA 3WDPP 1JZ3A 1B0IA 1UD8A 4KRUA 4M80A 3SCQA 3D5HA 1UQYA 4KGJA 1WDSA 4W85A 1UHVA 1V3HA 4KWUA 4OZOA 4P8UA 2ZOXA 3QR3A 4F8XA 3BAKA 1BVNP 2VUYA 2VRJA 4U31A 4AZIA 2ZUMA 2NT0A 1ISWA 3RILA 3UG4A 2GFTA 2VVNA 2FHBA 1AMYA 9CGTA 3WL0A 1GVYA 4P8WA 1ITXA 4AZGA 2EBNA 1VJZA 2W92A 4JZ5A 2WBKA 5I0DA 1ISVA 4UZUA 2X2YA 4TVDA 3A4AA 1GHSA 3QHOA 1CGWA 1VEPA 2QHAA 1QI3A 4CD4A 4LGXA 2DSZA 3B9DA 2NSXA 3QOKA 4X0NA 4HPHA 1JDCA 1CDGA 3SCPA 4PN2A 4AMCA 4W7VA 1ZJBA 1BYBA 2J8FA 1G01A 2WMHA 2XUCA 1VJSA 2PB1A 4PUDA 1CGUA 1OCQA 1F4AA 3RM8A 4U5KA 2CHOA 5FCZA 4GZIA 1L8NA 5CLWA 3PZOA 5ABGA 3IJ7A 1TA3A 4M56A 4AIOA 1ECEA 1K9DA 2VCBA 4M24A 5D9PA 1OIFA 1Q6CA 3AIVA 3FHQA 3GBDA 1HVXA 3PZ9A 3U57A 1V6UA 2DQXA 3QGVA 4UZSA 3NYDA 5CXPA 3VDBA 5HPOA 3THDA 3VD4A 1EA9C 1N82A 4CCEA 4AZCA 2EXOA 3EDDA 1E6XM 5ABFB 3ARQA 2PI6A 3VM7A 1R7OA 5D8WA 4UTFA 3GXDA 6TAAA 2G3NA 1M7XA 1W9BM 8A3HA 2VZTA 1GOQA 3ARYA 1CXEA 1CXIA 2DH2A 4MAZA 1W2PA 3SUSA 1BPLB 1KCKA 3AISA 3GH5A 1B90A 3N18A 3M6DA 5KZ6A 2DSKA 2ZUSA 5DT7A 1HP4A 1E6SM 4BA0A 2WM0A 2YIHA 2WCAA 3OB8A 4E2OA 2BY2A 2WCSA 1WNOA 5ABHA 3WUBA 3W27A 1W3JA 1J0KA 1NARA 1JF6A 2ZWZA 1CGTA 2ZXQA 1HJUA 5ABEA 1C8YA 3CLWA 1JGIA 2Z1SA 1DTUA 5E6YA 1UR4A 4TX6A 2IXUA 2OYLA 2J7EA 4RE4A 5LA2A 4CVWA 3VIOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4H8H A;  5EFF A;  2V5D A;  2W67 A;  1GQL A;  2BHU A;  4YHG A;  1GNX A;  3UG5 A;  2YDS A;  5CG0 A;  4P7N A;  1LL4 A;  1J01 A;  4Q22 A;  3BSG A;  2G3I A;  3I3E A;  3NCO A;  4JFS A;  2JEP A;  2J47 A;  2QV4 A;  3S2C A;  4B9Y A;  5CSY A;  4U2Z A;  4OKD A;  1E6Q M;  1UR0 A;  3VIH A;  1W3K A;  5A8P A;  1HKI A;  4MPK A;  1VFM A;  5A1A A;  4M8U A;  1H0I A;  2JIE A;  1UWS A;  1LF1 A;  3GNO A;  1HVQ A;  5CSU A;  3VD3 A;  3PZT A;  2O9T A;  3K8L A;  3WQ8 A;  3VPL A;  3ZT5 A;  2VJX A;  2VCA A;  1V6V A;  1V3K A;  4JL1 A;  3VD5 A;  1JNE A;  1IZJ A;  3AHY A;  2YA1 A;  1C8X A;  4EAM A;  3CHF A;  1DHK A;  1TR1 A;  1MQQ A;  1LL7 A;  3AS3 A;  1VFU A;  3PZM A;  4NZC A;  5E0C A;  2WMK A;  3BSH A;  4WSJ A;  4KGL A;  4MB1 A;  4UFL A;  3KWX A;  1R87 A;  2YL8 A;  4W7U A;  2CCR A;  5AC4 A;  5IFT A;  1EOM A;  1C7T A;  3OIH A;  3WIJ A;  4HA1 A;  3CZG A;  4HZ8 A;  2PWD A;  1J0Y A;  4ATL A;  1ZBV A;  4PTW A;  1UUQ A;  2CET A;  1NWS A;  2WB5 A;  5I24 A;  3VDA A;  3UG3 A;  3WD2 A;  3WNL A;  4HOX A;  1BTC A;  1PIF A;  2J74 A;  5BYW A;  4GIA A;  2FH8 A;  3ZO9 A;  4F66 A;  4UFK A;  4ZXO A;  5JIW A;  3CGT A;  4Z2K A;  1B3V A;  3OGR A;  1GOI A;  4MB3 A;  3RJX A;  3AIW A;  1E71 M;  1CXF A;  2G8Z A;  1C7S A;  5ABF A;  2CYG A;  3MMU A;  3U5U A;  1H4P A;  4HA4 A;  1CEC A;  3VOC A;  1XRV A;  2DGA A;  2J77 A;  3QOM A;  1S46 A;  2WC3 A;  3CHD A;  4HPG A;  1TUX A;  2OSW A;  2RGL A;  4D6D A;  3SIM A;  3RIK A;  2D0G A;  4PMX A;  4D71 A;  3VIP A;  5E0F A;  4J3T A;  2FHF A;  2VQU A;  3WD4 A;  2XSA A;  4W89 A;  5IFP A;  2JE8 A;  4YN5 A;  3W29 A;  3ARR A;  1E40 A;  1UWU A;  1VFF A;  4CU6 A;  5A2C A;  1Q6E A;  3VIK A;  1QNQ A;  2JIW A;  3VNY A;  1ZL1 A;  3EDJ A;  4CD6 A;  1W9V A;  2UY3 A;  4JFT A;  3CUG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4ML4 A;  3C0J A;  3LSB A;  4XBK A;  1JGM A;  3TDB A;  2VEF A;  2VR4 A;  1E1C B;  3UJS A;  1M04 A;  5DIU A;  3L4Z A;  5F7U A;  2ETN A;  1P6C A;  1LRO A;  3GFZ A;  3M07 A;  4Q4K A;  1EBH A;  4Q8N A;  3SQL A;  1NQ6 A;  1Z9A A;  4DUO A;  1NDW A;  4WOQ A;  3LG3 A;  5E1Q A;  4JTC A;  2A7R A;  4PUL A;  3RM9 A;  2CBV A;  1S5W A;  1GW1 A;  3W1N A;  1GVF A;  2BTM A;  2GSJ A;  2ZAD A;  2O9R A;  4R85 A;  1QDS A;  3VA8 A;  4A2R A;  3UF8 A;  4RE3 A;  1FWD C;  4KS0 A;  4EAY A;  5HXM A;  1CX9 A;  4MKN A;  1F6Y A;  3CZ8 A;  1F74 A;  1HFB A;  2IQT A;  4XD6 A;  2W4X A;  2QII A;  3T4W A;  3BGJ A;  4NJK A;  4OT7 A;  2YCE A;  3HGS A;  3IRS A;  4HHH A;  3R5E A;  3L66 A;  3B7X A;  1NTH A;  3GU9 A;  3MJY A;  1JPM A;  3D47 A;  3HM7 A;  3S5Y A;  2VDH A;  2B5U B;  5FA5 A;  1KFJ A;  2W9M A;  1Q3N A;  3LGG A;  3N4F A;  1ZPT A;  1XJB A;  4LUI A;  3FGC B;  2RH9 A;  3UJF A;  2VR2 A;  1LT8 A;  2Z7K A;  1RXO B;  2X09 A;  5FJO A;  1AQF A;  2J7B A;  1KBI A;  4BQ4 A;  1FWJ C;  1FY6 A;  4JFJ A;  2W91 A;  3NUK A;  1LBM A;  1FP9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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