4ML4A

Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein from buffalo (spb-40) with tetrahydropyran at 2.5 a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein from buffalo (SPB-40) with tetrahydropyran at 2.5 A resolution
rcsb
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ml4A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ml4A01
4H2CA 1AQMA 2E9LA 2VCAA 3PZMA 2ZXQA 5I3DA 3B8SA 3T2OA 1UD3A 3SURA 3AMLA 3GXDA 1MQRA 1JYXA 1CXIA 4EAMA 3VIMA 2GJRA 1WNOA 4WSKA 1CENA 4AY1A 2D1ZA 2JF6A 3PBGA 3LPOA 3PN8A 3VGBA 3KEHA 3PZUA 3PZTA 3F5KA 1UWIA 4B3LA 2IXUA 1HKKA 4MAVA 5GNXA 3VM5A 2WMKA 1HJVA 4JL1A 3WDHA 1EDTA 1HL9A 2WZHA 2J77A 4WF7A 1ODZA 3BC9A 3AIWA 1WDQA 3NDYA 1XYFA 3TTSA 4LGXA 3ZJ8A 3ARRA 2ZXBA 3IJ7A 1CXHA 3OZOA 5JIPA 4H8VA 1GQJA 2J8GA 4WK9A 2ZUWA 3WF1A 3BAJA 4JKKA 1TE1A 1KQZA 2PWDA 1NWRA 4MB5A 1JDCA 2V5DA 3BCDA 1ISWA 3RO8A 4E8DA 2IUZA 4Z2LA 1E43A 5CQ1A 3N18A 1GUVA 1JZ4A 2FHCA 5A2BA 4AIEA 2J4GA 3SCSA 1AMYA 1BG4A 2V38A 1EO7A 4R27A 2NT1A 1W9VA 2YLLA 3WBAA 4UQEA 5HBFA 1G1YA 3TTYA 3MANA 4FF5A 4MDOA 2V5CA 3OB8A 1W9BM 4GI9A 3DHPA 5I77A 4E8CA 2XFYA 1XV8A 5HPOA 1QI3A 1ZB5A 1QNPA 2GDUA 4BF7A 5BCAA 1E3ZA 4J3XA 5A6AA 3DYOA 1W9UA 1B9ZA 1OCQA 4AZCA 4J3UA 2ZWYA 5GNYA 2BS9A 1QNSA 4B15A 2VX6A 3L4WA 3CHFA 2XVGA 2XTKA 5JUVA 4DWSB 2CEQA 2Y5EA 1MWOA 4P8UA 3BAWA 3RM4A 4M1RA 4CD8A 1KFWA 4ZXOA 5CXPA 3VD7A 1DWAM 1I75A 1H0IA 1UD2A 2CNCA 4AXNA 1XCXA 4PMDA 3M46A 3L4TA 3AS1A 1IV8A 4TTGA 1XGZA 3N12A 2D3NA 3APGA 3WDRA 4JFTA 1QHOA 2WCGA 4P8WA 5CJ5A 3AISA 1E1EA 1OIFA 4HA1A 5GNZA 1GVIA 1UD4A 1JDAA 3AS3A 4OOZA 3VDHA 4A3YA 3CHDA 1Q4NX 1LF1A 5I24A 2XFRA 4D6FA 1DTUA 3WY1A 3WF0A 2GK1A 3CZ8A 2DH2A 1EDGA 2A3BA 4PTVA 2F8QA 3CBWA 1PIGA 3ZM8A 3AIUA 3VD9A 4D6GA 4TUFA 1I1WA 4AD1A 1CBGA 4S3KA 1BSIA 4PMUA 3GM8A 5ABFA 5BWFA 4CKQA 2DT2A 4AYSA 1M53A 2XVNA 3VDCA 4U33A 1W1TA 2PI6A 1B31A 1UG6A 3AYSA 3SCVA 3UR7A 3WH6A 2PF0A 3VDBA 2E8YA 1UHVA 1JYNA 3ARUA 1LG2A 1GOKA 4CU6A 2BFGA 3OIHA 2JIEA 2G8ZA 1HJWA 2OWCA 4MNJA 3DYMA 2D23A 4WJXA 1R87A 4D6CA 4CVUA 1U33A 2D22A 4KGLA 3OGRA 3WQWA 5E6ZA 4OIFA 3BLKA 4GPNA 1JD7A 3ARPA 4QP0A 5AY7A 1RP9A 3MSDA 3WEZA 1Q6CA 4N42A 4JHZA 4UQDA 1OBAA 5BXTA 3O9NA 2AMGA 5ABEA 2WXDM 1E9LA 4QLJA 4GINA 1EGZA 1ZBCA 2BY3A 3NSNA 3VX0A 2GJXA 1GJWA 2YOCA 4P7RA 1W2VA 4NI3A 2YA2A 5FCZA 1OGSA 1Y7VA 2YBTA 3VGFA 2IXVA 4UZSA 1SYTA 3CZKA 3OLIA 1QW9A 1DP0A 2WVSA 4XZBA 3II1A 3VDAA 3WMSA 3WELA 1UR2A 4TX6A 5CPSA 1ZJBA 3WNNA 4W5ZA 1DWIM 3HMCA 3GZAA 1KBBA 3MU7A 3EMQA 4YHGA 1CDGA 4W89A 2XSBA 2VL4A 1JZ8A 1NWUA 3K4AA 5HOSA 1A3HA 2A3AA 1VEPA 2VNCA 1XRVA 4UFHA 2X0HA 2D0FA 1NQ6A 1E4NA 1E56A 3WF4A 3NYDA 4H41A 4HA4A 3ZMRA 3UEQA 4TTUA 3O6AA 1VBRA 1XSIA 2G4FA 1J01A 1E6RA 1J10A 3VOCA 1NWTA 1WDPA 3BCFA 2WVVB 1JXJA 2D2OA 1L0PA 2WKLA 3K8LA 1GPFA 3EDJA 1TVPA 1CXEA 2J7GA 4PMVA 1KR1A 1E1FA 3OBAA 1UD8A 4AD0A 5C71A 5LYRA 3VGGA 2WHJA 5D4YA 4CU8A 4A4AA 5DO8A 1CLXA 2OWWA 4BQ5A 5TD4A 3A4XA 3WUBA 2YJQA 1DWJM 1E5JA 3WD0A 1TUXA 2XM2A 4PCSA 4UQBA 1US2A 5JBDA 1JIBA 3UERA 3WBEA 1SFSA 1NP0A 1W3JA 4AZIA 4MB3A 1H3GA 3B9AA 1EO5A 2E8ZA 3L4YA 4IPNB 1W9DM 3CHEA 1Q6FA 2X0YA 4XV0A 1B1YA 3AS2A 4JKMA 2CKRA 4W84A 1VIWA 3AMDA 3AMGA 5IFPA 5M3WA 3LPGA 1EOKA 2VOTA 3TONA 2Y4SA 4AD2A 1ISZA 2X8RA 2WBGA 6A3HA 4J3SA 1ZU8A 4UR9A 2NW0A 4D6JA 4UCFA 4JFUA 3AXXA 1WDSA 1XH1A 2C0HA 1W2PA 5A2AA 3WN6A 1PIFA 5I0DA 1EHNA 3NSXA 2WCAA 5CLTA 3W24A 4QCEA 4D1IA 4ML4A 3F5LA 2FGLA 1E5NA 2FH6A 5EFDA 3BXWA 1TA3B 3WKZA 1UWQA 1Q6EA 1QW8A 2VC9A 2BXZA 4X9YA 2XWDA 4Z2IA 4UQ9A 2DSUA 1C7TA 4KWUA 1GOQA 2VRKA 4UFJA 2PBOA 3T0BA 4PEEA 2AAAA 3DC0A 2W61A 1WCGA 3SCWA 3SEPA 5I79A 4JFSA 4U31A 5A69A 5LA0A 2XUCA 4HPGA 2XVLA 3A6OA 4NZCA 3BMWA 4AD5A 3FY1A 5ECUA 2RGLA 3MSGA 3WD4A 1UKPA 1TMQA 2W62A 3POCA 3ARTA 3ZJ6A 1NH6A 2DDXA 4QDMA 3DYPA 1GOOA 1H5VA 1OT2A 1LQ0A 3JUGA 1NOUA 2ZICA 4B9YA 4MJ4A 1QVBA 2VTFA 1GZJA 1V03A 3AZSA 4GXPA 1Z32X 3VGDA 3MUZ1 1B3ZA 3GDBA 1JZ2A 2CIPA 2B31A 2X09A 3CLWA 5D8ZA 4D1JA 3AIVA 1QI0A 2EPMX 4QCFA 1AVAA 4B16A 3WNPA 1E0XA 1KGWA 1GORA 1E6ZA 4W86A 2Y24A 1GHSA 5A8QA 1HJSA 1J9YA 8CGTA 2MANA 1OGGA 5C8BB 2D0HA 3BAKA 5A94A 1UR1A 3WNLA 2W5FA 1HXJA 2BVYA 3RJXA 5E0CA 1BGGA 2ZX8A 4LYPA 2J74A 2VRJA 2CBUA 3ALGA 1NWSA 4AZ6A 4P7OA 3EDDA 1V6WA 1J11A 3AXIA 1PX3A 3IJ8A 2YL5A 4BQ3A 4CVWA 2XG9A 3WQ8A 4V2XA 2W67A 3W29A 1K9DA 5CGTA 4HZ8A 1EH9A 1H11A 1UWTA 3IJ9A 4KH2A 4B9ZA 4F79A 1KR0A 4ZEPA 3D3AA 3T0DA 3GBDA 4GO8A 4AEEA 4AZBA 4C7FA 4ZENA 4D6EA 2EXOA 2J62A 4W7UA 3ZT5A 1CXLA 3TA9A 4QLKA 1J0JA 3SUWA 3SCOA 3WUGA 1BAGA 4MTVA 3M07A 2YL9A 3AROA 1D3CA 2XVKA 3VNZA 5CSUA 5KEZA 4AIOA 3W37A 4X0NA 1XC6A 4L4OA 3VIPA 3ARQA 1BLIA 4B3KA 3T08A 3WQ4A 5HPCA 1QOXA 3ARYA 3N17A 2CKSA 2HVMA 1EIBA 1ECEA 1WDRA 3FXYA 5C70A 5DT5A 1FH8A 3QOMA 3I3DA 3N9KA 1J0HA 1ESWA 1WO2A 2VVNA 2CXGA 3B9DA 1GOIA 1QI2A 5IXEA 2G3MA 3UG4A 3VMOA 1H49A 4URIA 4ZE5A 5M5DA 3QOKA 5AYBA 4AZCB 4F66A 3WD2A 1B90A 1HJQA 4UZUA 4TXEA 5BXRA 1MW0A 4M82A 3M7SA 5IHSA 4ZXLA 4KMQA 3IK2A 4NF7A 5GQBA 4JFVA 4M81A 1E72M 3NIYA 3E1F1 3A3HA 4UFKA 3PZGA 1VFFA 4V28A 1EA9C 4GZEA 3VMNA 2VMFA 1LWHA 1UKTA 1CIUA 4H8UA 3K8MA 4JAWA 2V3GA 4OBRA 4EKJA 3SCQA 3GH7A 2DSZA 2QHAA 1QI5A 4AD3A 2WM0A 1QBBA 3GH5A 1GQLA 4OOUA 4UFLA 4W7WA 4PMNA 4Z2KA 3EMZA 2WYSA 5KZ6A 2WMHA 1XH0A 3BGAA 4IUGA 1E15A 2VUYA 2PWFA 1C91A 4LQ1A 1G5AA 4C7DA 5BRPA 1V08A 4LYRA 1DHKA 5ABHA 1BG9A 4ACYA 1TVNA 4OKDA 5E6YA 1KXVA 3F4VA 5A6BA 5EB8A 2WANA 1KCLA 2E0PA 3EDFA 3RCNA 2JF7A 4TVDA 4HOXA 2OYMA 4HZ7A 2A3HA 5ABFB 1WZMA 4TVCA 2WLZA 3ECQA 2WHKA 1E6SM 3AXHA 5A6BD 2OYKA 3PHAA 5IHRA 4QLLA 1V6VA 1LWJA 2XIIA 4AZ7A 1GHRA 2VZOA 5LA2A 3A4AA 1LLOA 3VU2A 5EFFA 3KL3A 5E70A 1FOBA 4LXFA 5A95A 5CPQA 3QHNA 1MYRA 1FP8A 3WENA 1W91A 2E9MA 2VRQA 3WDJA 1HN1A 2C8NA 3EDKA 3CUFA 7A3HA 1HP5A 2WC7A 1OT1A 2YBUA 2CITA 1JF6A 2FH8A 4MJ2A 4U2YA 1KCKA 3ARVA 3TP4A 2XHYA 3G6LA 3THDA 2X05A 1B3VA 1E55A 3G6MA 1KQYA 1SMAA 1IZJA 2A3CA 3UG3A 5M03A 2VI0A 5F7UA 4GI8A 1LG1A 2YDRA 4W87A 3VIJA 3VMPA 3VIHA 4UQCA 4OZOA 2J7BA 3BAXA 1P6WA 3MO4A 1V6UA 1JD9A 2GJXB 3LMYA 4Q22A 3WEOA 4QAWA 3WDPP 3T09A 2DT1A 4E4PA 1C7SA 1HF6A 1VRXA 1BGAA 5D9MA 1ZS2A 2WHMA 1QNOA 3VGHA 2ZUVA 2QLYA 4HTYA 3UETA 3ZO9A 2FHBA 4F8XA 5I23A 5CPTA 2EO7A 2ZUMA 2BHZA 1QBAA 2QMJA 1OM0A 2WB5A 4TVUA 3BSHA 4QFUA 4EE9A 4DUVA 1FFQA 3IAQA 4FK9A 4K68A 1J0KA 4Z2GA 4ATWA 1BTCA 2ZUSA 2WMIB 4FLSA 1G94A 4P7QA 2AOSA 2ZUNA 1W3KA 1UUQA 5E9AA 4BZYA 2J79A 3NUKA 2ZX9A 3RPMA 3GXMA 1FH7A 2OSXA 2PBGA 2ZXAA 4ATLA 1XYZA 1J18A 2JEPA 3POHA 4HOWA 1NARA 1JL8A 1MW2A 1VJSA 3MKKA 1PJ9A 1J12A 1UH2A 2J78A 1HNYA 3T2PA 3WDIA 1GQKA 2J7HA 2WBKA 1C90A 1PEZA 1FFRA 3LPFA 4AW7A 4C7GA 2EQDA 4DWSC 3U5YA 2YDSA 3AMCA 4X0VA 1X6NA 2EBNA 2WAGA 1RH9A 1UR4A 2G3NA 5D9PA 4DM1A 1JZ3A 1B2YA 1BYBA 3SCUA 1E6NA 5BXPA 2CERA 4EK7A 3MV01 4M56A 1R86A 3L2LA 3VIIA 1JYWA 5AYIA 3D5HA 3PTMA 4AD4A 3W25A 3QGVA 3ZOAA 1HKIA 1DWFM 2DH3A 4HU0A 4DM2A 1GONA 4KGJA 4GQRA 2OSWA 3A4WA 4UFMA 1JZ6A 4F9DA 1UWUA 2UY3A 3BLPX 1K9EA 1QNQA 1UQYA 1WZAA 2GUYA 4M29A 3O2LA 4ACZA 1UH4A 1IT0A 3TTOA 1E6PA 5IFTA 3VM7A 1H1NA 1JZ7A 3GBEA 5A3HA 4GZIA 4FLOA 3T2QA 1JI2A 5AC5A 3WL0A 2YA0A 1FHLA 2Y8VA 3AHXA 2O92A 3CMJA 1B0IA 4OBSA 3L2MA 3T0AA 2EPNA 4UOZA 1R8LA 4XB3A 2EPKX 3VX1A 1HJUA 1C3FA 3WNKA 1E70M 4J3WA 5JBEA 3VD4A 3RM8A 1TCMA 2YKKA 1UYQA 5CLWA 2DT3A 2XWEA 2J7FA 1UA7A 2YL8A 3CHCA 2YIHA 4WSJA 4CN1A 2VO5A 2Z1KA 1W1YA 1ITCA 1UWSA 3EMCA 4PMYA 3WUFA 3ZJ7A 1JF5A 4F9JA 2EPLX 2W92A 5CZKA 3VIFA 1XH2A 3AS0A 3AQUA 2J7CA 3SIMA 1CLVA 2WLYA 3N13A 3CMGA 1OWQA 2VQTA 5DMYA 4U5KA 1UR8A 2E40A 1UKSA 1KXHA 2WCSA 1JAKA 2W91A 3RM9A 4U3AA 2G3IA 1JAEA 1UQZA 5I6SA 2EEXA 1JG9A 2BHUA 2VCCA 1GVYA 2GVYA 3VPLA 3RJYA 2BHYA 4IM4A 2O9RA 4UNIA 2XVPA 1DEDA 4YPJA 2J47A 3OA5A 3W26A 4JKLA 1JDDA 3AIEA 4U5IA 4HA3A 1G01A 4AZHA 3S2CA 1UZ4A 1GCYA 5FL0A 1FP9A 2WK2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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