4MPKA

Crystal structure of the complex of buffalo signaling protein spb-40 with n-acetylglucosamine at 2.65 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of buffalo signaling protein SPB-40 with N-acetylglucosamine at 2.65 A resolution
rcsb
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mpkA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mpkA01
3OGSA 3M6DA 2D2OA 4AXNA 1GCYA 4UFHA 2YA0A 3N1AA 3WF2A 2GUYA 1JZ3A 1R7AA 4IUGA 1AVAA 1Q6FA 4PRWA 4NRRA 1WDPA 4XX6A 3QHOA 2CITA 1D3CA 4HMDA 1C8XA 2VC9A 2VQTA 1CGUA 3QOKA 3AMDA 3AS1A 6CGTA 1B3ZA 1ZBKA 3WDIA 2XM1A 2ZUVA 2VURA 3AZTA 1NOUA 5CQ1A 1VAHA 1V02E 4ACYA 4AD2A 3VGHA 2DH3A 3T0BA 1UD4A 3QR3A 3K8LA 4IPLA 4HMCA 1BF2A 3WKZA 3ARRA 4DUVA 3VIMA 4P7NA 3GXDA 1OGSA 1NM9A 4HOZA 3G6LA 2WPGA 1B0IA 2BS9A 5IFTA 4PBGA 5EFDA 1UWQA 4UQDA 1GHSA 2X8RA 3TTQA 9CGTA 3ARSA 2VCBA 3ZMRA 1JG9A 3MSGA 2GK1A 1VIWA 4ZENA 2JF7A 4U3AA 1K6AA 3PHAA 3DYOA 5FL1A 1HJVA 2QLYA 3SCVA 3A47A 1V0MA 1BFNA 4F9JA 2WMFA 3W6LA 5CSUA 3ALFA 2XUCA 1UQYA 3NYDA 1KWGA 4MAVA 1TMQA 2Y4SA 4JFVA 3W81A 3L4XA 1E71M 2J47A 3DHPA 3TTYA 3FW6A 2X1IA 4BF7A 1UWTA 2YL6A 1Q6GA 2CIPA 1XD1A 5HPOA 4B3KA 1XSJA 2O9TA 3VIFA 1ISVA 1E72M 1UD2A 1GOKA 2AMGA 1J01A 1HP5A 3WNLA 2GJRA 2ZUWA 1CECA 4X0NA 1UH4A 6A3HA 2A3AA 1BGGA 4U3CA 5E70A 5AC5A 2GJXB 4WIWA 1UKQA 4MNMA 3TA9A 1BG4A 2WKGA 1GQLA 3WUGA 1QI2A 2BFGA 1Z32X 2D23A 4S3KA 1ZBVA 1KB3A 5BROA 3MU7A 3W37A 2ZICA 2ZUUA 1CZ1A 3WNMA 2VZTA 4MNLA 2CHOA 5D4YA 2UY3A 1MFVA 4QDMA 2XPKA 4PTXA 1Q4NX 4D71A 2EPOA 1MYRA 1OCQA 5M03A 3DYPA 4MB1A 4PTVA 3ARXA 5D8WA 3PTKA 3GYCA 3U57A 3VM7A 4B9ZA 2GDVA 1VENA 1ISZA 2Y8KA 2XSAA 3IAPA 3VD4A 3M46A 1J12A 1FA2A 4M82A 2BY3A 3UG4A 2IXVA 2YJQA 1UUQA 2VO5A 1ITCA 1UR8A 1O6IA 1TCMA 2X05A 3OLEA 3GBEA 4FLRA 1LLOA 1TFVA 1HT6A 2Y5EA 4CVUA 1QNRA 3WEZA 4HPGA 2DT0A 2BXZA 2DIJA 1V3KA 2BVYA 4H04A 1WAWA 1OT1A 2VRQA 5CPSA 4IPNB 1YQ2A 5DFAA 5LA0A 1H1NA 2FGZA 1UH2A 5LA2A 1RP9A 4AZHA 1JZ8A 4M81A 3VGFA 3ARQA 4JL2A 4W7WA 3BGAA 1OM0A 3WEMA 3VX1A 1MW1A 3CHDA 3WMCA 1G94A 4D6EA 2ZUMA 3AZRA 5HOSA 2A3EA 1W3JA 3WD2A 3A4WA 2WWCA 1J11A 2W4XA 3UR7A 3WDRA 4DM1A 3L4UA 1V08A 3SUSA 5HDRA 1E3XA 3GNRA 4DUXA 5JBFA 5IHRA 4PMZA 3L2MA 4PSRA 4W7VA 2B31A 1HJXA 5GNXA 3OGRA 1K9TA 2O9OA 3BMVA 3THDA 3L4ZA 2VX7A 4GI9A 5E09A 1MWOA 1V3JA 3BCDA 4JZ5A 3ARWA 2J7DA 1WZLA 3UR8A 4B9YA 1V0LA 3VMNA 1E6QM 2XWDA 1JFHA 5BRQA 2X09A 2YDRA 4AEEA 1WZAA 1J0JA 4E8CA 3CMJA 2VRKA 3U7BA 2YKKA 4NZCA 5A6SA 3SUVA 1CXLA 1KGXA 5BRPA 1UWIA 3NIYA 3VM5A 3KE0A 5I24A 3ARTA 1UKOA 1VFMA 4Q7NA 1M01A 2FH6A 1UR1A 1VEOA 3AMCA 4E2OA 3CH9A 1QPKA 1GPFA 1PJ9A 4OIFA 3N13A 5AYIA 3T08A 1FOBA 4W8AA 4F66A 7CGTA 3POHA 3TTSA 1M53A 1E56A 2J62A 1JZ6A 1JNDA 1GZJA 3AISA 2AOSA 1E0WA 4V28A 4GINA 2XVKA 4MDOA 3ALGA 3AMLA 1E5NA 1PIGA 1QW8A 4UQ9A 3SCNA 2DT1A 1KBKA 3ZSTA 3CTTA 4M80A 4GI8A 4MDPA 4CKQA 4HZ7A 4P7QA 1TA3A 3OLGA 6TAAA 3WQ5A 1E4LA 4TX6A 3T2OA 1WDSA 2J7HA 3UG3A 1UKSA 1FFRA 2D0FA 5BCAA 4B3LA 4JKKA 1MQPA 1UG6A 2D3LA 3AIVA 4TX8A 1VJZA 3ZT5A 1JYVA 2WK2A 4M56A 5D9PA 2C0HA 1B30A 2CKRA 2F2HA 1E4MM 1HVQA 1PX3A 2XM2A 2QF8A 1HL9A 3NDZA 4N42A 2G3JA 3CHEA 4WLCA 2BNJA 1PIFA 3IANA 4CU8A 4JKLA 4D6DA 4DWSC 3WFZA 2VZVA 3AHXA 2E9MA 3SCRA 1B90A 4D6FA 2YDSA 5JIWA 3ZJ8A 1W9VA 1NOWA 3WDQA 4LQ1A 3EYPA 3MUAA 2W66A 4D6CA 1E40A 3A4XA 3VIPA 3VOCA 3CZ8A 4FLSA 1H5VA 1KXQA 2WXDM 1PX8A 3WDJA 2XFRA 2NSXA 5A1AA 3MMUA 4H8UA 1EO7A 3IAQA 3GH4A 4KH2A 4A3HA 2BHZA 1E9LA 3AIBA 3LPGA 3CUGA 1GNXA 2CBJA 1ISXA 4UR9A 1SMAA 3L2LA 4JCMA 4OJYA 2WVVA 4UOJA 4JFSA 3EDDA 1HKJA 3WL1A 2F8QA 1JDDA 2VZSA 4UQCA 5EMYA 1IV8A 1AQ0A 4BQ4A 2XGIA 1XSIA 3JUGA 3WD0A 3HMCA 3WDHA 1HKKA 4W7UA 3FAWA 3SUUA 2JFEX 3WH9A 4EAMA 2QHAA 5IFPA 1GQKA 4UFIA 1NWSA 3KL5A 1GJUA 1H0GA 5ECUA 1UD3A 2WSKA 3PTQA 4RL3A 2WMHA 5E6ZA 4HTYA 1C92A 4LX4A 3EDFA 3W4RA 4X0VA 3BAIA 2ZXQA 3TTOA 3W28A 1OIFA 5BXPA 3CBWA 1M7XA 3UEQA 3BAJA 1S46A 5LA1A 1QNSA 3PZOA 2EQDA 3RILA 4YHEA 1LG1A 5I23A 3CZGA 2WHJA 4W84A 2QV4A 5A8MA 2XSBA 1V6UA 2WANA 1W9DM 2HVMA 2WHKA 1E5JA 1B3VA 3WD3A 1UR9A 1E55A 2VVSA 5CXPA 2DPEA 1H41A 1HJSA 3SEPA 1B3XA 4D6HA 3GBDA 4C7FA 4AZ5A 1W1VA 1M03A 3VIKA 2O9RA 1K9FA 1QNQA 2JEPA 2UWFA 1V6WA 2G4FA 3WBAA 1C91A 3WFLA 3FHQA 2CPUA 3WQVA 4CD7A 1BPLB 1U33A 3WELA 1ODUA 4IISA 5BXTA 5EBAA 3ARUA 1I1WA 4CD6A 3VD5A 1KXTA 3CZLA 2PWEA 5DT7A 5CG0A 4JKMA 1LL7A 1JXJA 4HPHA 5CLWA 1CGYA 1CYGA 1QI4A 2GDUA 4MADA 1E0VA 2ZX9A 3BXWA 1XYZA 4M1RA 2Z1SA 1UR0A 4H8VA 1PBGA 1HN1A 2ZX7A 3VPLA 5A2CA 4J28A 1QHZA 3WNOA 1GORA 4Z2IA 2V5DA 4U2YA 4OUEA 4TOQA 3W27A 1E6SM 4CU7A 2WHLA 3RM8A 2CBVA 5BXRA 4TXEA 1HX0A 1MFUA 3VDBA 1UZ1A 2XGBA 2WZEA 3L4YA 1OSEA 3BAXA 2G8ZA 1GOWA 1HJWA 3BC9A 4AWEA 1AQHA 2TAAA 3QHMA 1VBRA 4FF5A 1DWFM 3N11A 1KXHA 4J27A 4PMDA 3VINA 3HN3A 3WMBA 1MW2A 3VU2A 3MMWA 2PWDA 4D72A 1BSIA 3AHTA 3WQWA 4MNKA 3SCPA 1W9BM 2W61A 3SCUA 1TVNA 4JIEA 4XZBA 3ZIZA 4AIOA 2XWEA 3W38A 4YHGA 2WWDA 3WH5A 5IXEA 3WSUA 1V02A 3K8KA 4YPJA 2XFYA 4CVWA 1NOFA 3VUPA 5CPQA 4GO9A 2ZX5A 1GOQA 2OWXA 5AY7A 2VX5A 5GPRA 4JL1A 1OBAA 3CPUA 4JAWA 1CGVA 3K46A 3J7HA 2Y2WA 1U30A 2ZIDA 1MQQA 1B2YA 1Y7VA 5M5DA 1NP0A 5BXSA 3VGDA 3TOPA 2DSVA 1Q6DA 3O2LA 2D0HA 5CGTA 3MUZ1 3AIQA 5A6JA 1M04A 2WVTA 4WSKA 3EDJA 5AC4A 2PBOA 3ZQ9A 2YL8A 2DIEA 3AIEA 4QLJA 4PUEA 1UWUA 4KGLA 1EHNA 1SR0A 4QAWA 4EANA 1KQYA 1EQPA 1BYBA 1X1NA 1J18A 2YLLA 2CCRA 2YA2A 2VX4A 1B1YA 1VFFA 1WKYA 3EMQA 1Q6CA 2IUZA 1TE1A 3WL0A 3ZT7A 5C70A 3VNZA 3DECA 5BWFA 2HISA 4AZ6A 3N15A 3VTRA 1VF8A 1I75A 4LYQA 1W9XA 1BYDA 1BVNP 2VQUA 2XIBA 2ZXDA 1GOIA 2J7FA 1W2VA 1W9UA 4CCDA 1EXPA 1GUVA 4PMUA 3OA5A 1KXVA 1EOMA 4F8XA 1FH9A 1X6LA 5A6BD 3GTNA 3T0DA 1ZJAA 5I5RA 3LMYA 4AD5A 5I79A 3T09A 2EBNA 3GH7A 2WM0A 5DEZA 1C3FA 5M17A 1E1EA 1LG2A 1HVXA 2CBIA 1C7SA 1JZ4A 1JAEA 3CZKA 3AXHA 4IM4A 1NWTA 2GJXA 3WENA 2JF6A 4CUCA 4P8VA 1D2KA 4GIAA 2OYLA 2BV9A 4AZIA 4CD4A 4AZCB 1JXKA 1KCLA 1V3IA 3GNPA 4KRTA 5AYBA 3VIIA 4AZGA 1LF1A 2BY2A 2XIIA 4BA0A 5A2AA 1IZKA 1EDQA 4QCEA 3ZO9A 1H2JA 1MXDA 4EK7A 5KEZA 2ZE0A 3OGVA 1FP8A 1JF5A 2V3FA 3WH7A 3T0AA 1KFWA 1QNOA 2ZXAA 4H41A 2XVGA 1G1YA 3F5KA 5DMYA 1JZ2A 3O6AA 1FHDA 4AISA 4V27A 3AYRA 3K4DA 4AEFA 4PMRA 4W87A 1WB0A 1GW1A 3VVGA 1JDCA 3GZAA 4XB3A 3KL0A 1JD9A 4UOZA 1WDRA 4P8UA 4LYRA 4PYSA 3AXIA 3A4AA 4GZEA 3OLIA 3VIHA 1L8NA 4AY1A 1QBBA 1R86A 2XVLA 4ACZB 3PZQA 2Q8XA 3QHNA 5CSYA 2UY5A 1C93A 3IJ9A 4FLOA 3II1A 4W93A 1CTNA 4P8XA 1J9YA 1VJSA 4ZEPA 1TVPA 3D5HA 1LL6A 3EBVA 2DSUA 2JIEA 2EEXA 2CXGA 3W82A 1DWGM 2MANA 3RJXA 1W91A 1CXIA 5DT5A 3SURA 1YHTA 3ZOAA 3VD3A 1H11A 4KGJA 1AMYA 5FKYA 3FAXA 3O9NA 4RE2A 1BVZA 3AHYA 1CEOA 2V3DA 1V6YA 5A2BA 4LXFA 5HPCA 2VCCA 1XH0A 4AD1A 3RO8A 1QHPA 2D20A 4PN2A 3CUJA 5D9OA 1BQCA 1WCGA 1EGZA 3PZNA 1EH9A 4ZXLA 3W26A 1RPKA 3RCNA 4W8BA 1CLVA 1H0IA 4KRUA 1E43A 1W3KA 3W25A 3THCA 5FOOA 4OOUA 5A8PA 3OG2A 3N17A 3CUIA 1O7AA 3RDKA 2WMGA 3CZEA 1C8YA 5EFFA 4PTMA 4UCFA 1BYCA 4Z2GA 4GKLA 1VFOA 3WDPP 3ZT6A 2DDXA 3PZUA 2WKLA 5A8QA 2WC4A 2CHNA 1OIMA 1GQIA 1H49A 1D7FA 3VIOA 1DWJM 3SCSA 4UFJA 3FXYA 3GNOA 4TTUA 4GQQA 3ZSSA 1PZ2A 2E9LA 1BG9A 2DH2A 5A8NA 2W63A 4J3WA 1CNVA 4OOZA 3WH8A 2CNCA 2G41A 3FNDA 3QGVA 2WHMA 3CHFA 3OB8A 1RD6A 4AW7A 1OGBA 5CLTA 1G0CA 1F4AA 2D0GA 3CZJA 5LYRA 1XC6A 3BAWA 4P7OA 4HOXA 4XV0A 3WQ8A 4WSJA 4OBRA 4MB5A 1BYAA 4PMNA 3L4TA 3NUKA 2IXUA 3AHVA 7A3HA 2VUYA 4P8WA 4UZUA 3GH5A 2EPMX 4AIEA 2J79A 3MO4A 1MQRA 1NH6A 1UD6A 1JYXA 1CLXA 2RGMA 4RE3A 3CUHA 3U5YA 2V38A 2YBTA 5BYWA 1WZKA 2WC3A 2WCSA 4UFMA 4CN1A 2OSYA 4WJXA 3POCA 5IDIA 1CXEA 1BTCA 3AS2A 2QPUA 3U7VA 4BCEA 1C7TA 2VT0A 4ATWA 2W92A 1LL4A 4PUDA 4BQ3A 4HA1A 8CGTA 4DWSB 1KWKA 3KEHA 2CERA 2VNCA 4PMVA 4MJ4A 1KGWA 3NCOA 3GXFA 3IK2A 2VZUA 1HKIA 1PAMA 2VX6A 3DC0A 5ABGA 4GPNA 1PZ3A 4BQ2A 3IJ8A 1EDTA 3NSXA 3W53A 1JZ5A 2PI6A 3PZ9A 3OBAA 1EIBA 5HBFA 4UFLA 3BMWA 1NP2A 1DWIM 1NWUA 3AIRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HXJ A;  2ZUN A;  2BVD A;  2DT2 A;  3FHA A;  2J78 A;  1HKM A;  1CXF A;  1ZL1 A;  2EXO A;  2BY1 A;  3WBE A;  2WZH A;  2BVT A;  3WF0 A;  2GJP A;  1JGI A;  3DYM A;  2ZOX A;  4F79 A;  4AZB A;  4MNJ A;  3MKK A;  1XSK A;  2WYS A;  3WUF A;  1VEP A;  1UD5 A;  5A8O A;  1W1P A;  4AMC A;  2YDQ A;  2BXY A;  1UYQ A;  1JIB A;  1IZJ A;  2GVY A;  1UOK A;  1EA9 C;  3SCQ A;  1G9H A;  3AMG A;  1HJU A;  1J0Z A;  2DSZ A;  2E8Z A;  1ZB5 A;  4F9D A;  4UOQ A;  3KZS A;  3T2Q A;  1CWY A;  5GNZ A;  3B9D A;  1UKP A;  1XH2 A;  2OYK A;  3ARY A;  2XYL A;  3N12 A;  2J77 A;  3AS0 A;  4W88 A;  3ARO A;  1VB9 A;  3GXI A;  1MW3 A;  3SCO A;  3GM8 A;  1BLI A;  2VVN A;  3EDE A;  4JHO A;  4PEE A;  3WF4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OIX A;  5DY3 A;  3N9R A;  3OGS A;  3IGU A;  3GAK A;  2W27 A;  3M6D A;  3CL8 A;  1GVE A;  2GUY A;  3UJF A;  3R11 A;  1JZ3 A;  1AVA A;  1EYE A;  4N9D A;  4H3D A;  4XX6 A;  1D3C A;  3WQP A;  4HMD A;  3M47 A;  4WEV X;  3WDI A;  2INZ A;  2QJJ A;  3T8Q A;  2VUR A;  5G5I A;  5CQ1 A;  1OJX A;  1LT8 A;  1VHC A;  4AD2 A;  1OC5 A;  1X38 A;  3VGH A;  1UD4 A;  3QR3 A;  3URA A;  3K8L A;  2G37 A;  4IPL A;  1XBV A;  3ARR A;  2O4M A;  1NEY A;  1POK A;  3SR7 A;  1G4E A;  2RAG A;  5HQL A;  3KLL A;  3G6L A;  2WPG A;  1B0I A;  3P93 A;  4PBG A;  1UWQ A;  7XIM A;  9CGT A;  2VCB A;  4K8G A;  2WQP A;  4ZEN A;  3O3R A;  4LVA A;  5D09 A;  4LW7 A;  1LQA A;  2M08 A;  2QLY A;  1AW2 A;  3A47 A;  1GTH A;  3W7R A;  1V0M A;  3BG5 A;  1BFN A;  4DPP A;  4F9J A;  1JPI A;  3E2V A;  1PTA A;  3PRD A;  3U9I A;  2BLE A;  3EOU A;  3C3N A;  4LAU A;  3FW6 A;  4MOZ A;  1YBQ B;  4DX3 A;  4H9X A;  5F2G A;  2YL6 A;  1ZP3 A;  3BGJ A;  4LUT A;  1SO5 A;  5DQP A;  1DJG A;  5LNR A;  2O9T A;  2W6R A;  3W02 A;  4RW5 A;  1ISV A;  1UD2 A;  2AMG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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