4MTVA

Crystal structure of the complex of buffalo signalling glycoprotein with pentasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Signalling Glycoprotein with pentasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mtvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mtvA01
3GM8A 3ZJ7A 1PX8A 4GZIA 3RIKA 1EA9C 1C93A 3I3EA 3M6DA 2ZX6A 3VX1A 1KCLA 1QI0A 3WMBA 3VD4A 2XIBA 1CGTA 3LMYA 1HL8A 1JNDA 2EEXA 1CXHA 2EPNA 1KBKA 4HPGA 3ZT6A 4AMCA 1J18A 1YQ2A 1ZJBA 3POCA 3WEMA 5I0DA 4UZUA 1AQ0A 3MANA 4UQBA 5M03A 3N13A 3N1AA 4MNJA 1ZL1A 5D9PA 2WVTA 3VGEA 4RE3A 4P7RA 2CNCA 2J7GA 2ZWYA 5HDRA 4A4AA 1J0IA 7CGTA 1JXJA 4JFVA 3WY1A 3T2PA 4BQ5A 1NWSA 4CCEA 3GZAA 3AHZA 1R87A 3GXMA 4NI3A 4H7VA 4W84A 3F4VA 4AYSA 3SUWA 3WSUA 4QCFA 1Z32X 2BY2A 4PTXA 1E5JA 1CXEA 1JFHA 2WKLA 3VGBA 1MXDA 1J0YA 2D3LA 4ACZB 4D6FA 4X0NA 4AZ5A 3DHUA 2QPUA 2HVMA 5LA2A 1V0NA 1WPCA 1HKIA 3W0KA 1V3HA 3BSHA 1WNOA 3GYCA 3B9EA 4AY1A 3WH7A 4AZCB 1XYFA 1HNYA 2WZEA 1MW1A 4GI8A 2ZXBA 2YIHA 4GZEA 3SCWA 3VKKA 3VNYA 2WWDA 3BH4A 4OKDA 4CD5A 2X0HA 5I24A 2WCAA 2VCBA 2BY3A 1B9ZA 1DWJM 3SUUA 4MAVA 5HOSA 2CERA 2VRKA 3WD1A 3WUBA 1Q6DA 5CJ5A 1FFQA 2WSKA 1J10A 4MDPA 5HNNA 3CZ8A 1VENA 2JIWA 4UQ9A 4EK7A 3AIBA 3PZ9A 1G9HA 1XYZA 1OWQA 1RH9A 2WVSA 4RE2A 2QHAA 3VIFA 1PIFA 1WZKA 3NCOA 1JAEA 3G6MA 5IFPA 4ZXLA 4E4PA 3W6MA 1ODUA 3AHTA 1ZS2A 3ARRA 3O9NA 2NW0A 3L4ZA 3WQ5A 2DT2A 1J9YA 1M53A 2CITA 4M82A 4EAMA 2CHOA 3ZMRA 2DDXA 4YPJA 5JIPA 4TVCA 4BQ2A 1MWOA 4J7RA 1QHZA 4P7LA 1W3KA 1MQPA 3M07A 3CUJA 3PTKA 4H04A 1UR8A 1IV8A 5EBAA 1X6NA 3WDHA 5A8OA 2G3MA 2EPKX 2XWEA 4B3KA 3AMCA 3OLEA 1RPKA 4AZ7A 4W8BA 2IXVA 1V3IA 3NJ3A 1E0XA 4M81A 5BXRA 1DWGM 5E09A 3ZOAA 5D9MA 2CEQA 2QV4A 3MKKA 4A3YA 4K68A 3EMCA 1DEDA 2XSBA 4KMQA 3VNZA 2WVUA 2WZHA 1VF8A 2A3HA 4PSRA 3VIGA 4W7WA 3VINA 3WH6A 3FHQA 3AFBA 5A6JA 3DYPA 5CSYA 1GW1A 3ZJ6A 4W86A 3SCTA 1UG6A 2A3AA 1UKPA 4JL2A 1MXGA 3VIMA 1E4NA 3ZQ9A 3BAWA 3OGVA 3NYDA 1CGUA 2W66A 5E0FA 3EDFA 3WEOA 1V3LA 2B31A 1JYNA 3I3BA 4M80A 2VZTA 2WW5A 4P8UA 1HJXA 1UWTA 2BHYA 2JE8A 4PTVA 3BXWA 1WZLA 2F61A 2ZUNA 1GNXA 3OBAA 4XV0A 3WUGA 1V6YA 1NOWA 4JIEA 4JKKA 2DQXA 1JD7A 3AYRA 1QPKA 4UNIA 4CUCA 4AWEA 2PWGA 1Q6CA 1BYCA 1R8LA 1PZ2A 1NQ6A 2O9RA 3J7HA 1WZMA 4U2YA 4MB5A 3BCDA 3GH4A 1PIGA 4WSKA 1OT1A 1BLIA 3AZRA 2J62A 3II1A 4XZWA 2RGLA 3GH5A 3W27A 4D72A 1NP2A 1QI5A 1WDRA 4JHZA 1GONA 2GFTA 3OB8A 1KQYA 4P8XA 2W63A 2CPUA 4JCMA 1U33A 3CUIA 1E6PA 3GDBA 4BS0A 1E4LA 1TZ7A 3GXFA 3VIPA 4PYSA 1KXTA 3VGFA 2BFGA 2OSWA 4PMQA 1V08A 4UFKA 1K6AA 1VFUA 2W67A 2VT0A 5A94A 5FIPA 1QNQA 3WD4A 5GPRA 4QLJA 3D3AA 3RM8A 3VD7A 1P6WA 5BRQA 7TAAA 5ABFB 1S46A 3KEHA 1H5VA 3EDKA 3QHOA 4Q22A 2VL4A 2QF8A 1HT6A 4H2CA 3KWXA 2J25A 4LPCA 1VEPA 3WNOA 3L4YA 1H0IA 2BXZA 1UA7A 1E15A 1KQZA 3AS2A 1EQCA 1E6NA 3GNPA 1JF5A 2VC9A 4UOZA 1K9TA 2E9BA 2J7HA 3BSGA 2WBKA 3K8LA 2OWXA 1V3KA 1JFXA 1CLXA 1QI2A 5DMYA 2D3NA 3BLKA 4X0VA 4AD5A 2YLLA 1FHLA 4TXEA 3FW6A 3AXIA 4AIEA 4ZXOA 2E4TA 3A47A 1OT2A 2YL8A 2WLZA 3L4VA 2V38A 4EKJA 4BA0A 1CPUA 3WQ8A 3MSGA 5LA0A 2DPEA 3T2OA 1QHPA 2GUYA 4H8UA 3NSXA 4H41A 2D1ZA 2XHYA 3VD9A 1E1FA 5M5DA 2VI0A 1H49A 1MQRA 2ZWZA 2ZUUA 4HMEA 4AD2A 3DHPA 2XM1A 3CHDA 1W9UA 2OWCA 4OJYA 3MV11 2BV9A 2OWWA 3TTSA 5A6SA 3QHNA 4QLKA 1R7OA 1TR1A 4AD0A 5A6BD 1E6XM 2XGIA 4UFJA 1XD0A 4TUFA 1FA2A 1EDQA 4ZFMA 2JALA 4GQRA 2D24A 4OZOA 3CTTA 3LPFA 1X1NA 3WL1A 3BGAA 1E1EA 3T08A 1NP0A 3SCQA 1KCKA 1ZBWA 4AW7A 5DO8A 4WF7A 3FAXA 5A8NA 1E5NA 1V02A 5IHSA 4P7NA 4V27A 1BGGA 3ARQA 4MNMA 1CNVA 3AIWA 1FH8A 1HJWA 3WF3A 2WM0A 1VFOA 3N04A 3VPLA 3WD2A 4V28A 3GBDA 5A2AA 1RD6A 4HU8A 1OCQA 2D0FA 1BG9A 3SCVA 1KXHA 2QPSA 3ALGA 5EFDA 2XVPA 1V3MA 3AMDA 4AXNA 2EO7A 3AOFA 2ZE0A 1SMDA 4U3AA 2E9LA 1W9XA 2YA0A 2WHJA 4GIAA 3WFLA 3ZR5A 5I3DA 2ZUSA 3ZM8A 1LG1A 3GBEA 4J3XA 3QOKA 1UD5A 1CIUA 1B31A 4E8DA 5D9NA 3RM4A 4ZE4A 3UG4A 5JBFA 3TOPA 2XFFA 4WK9A 2J7CA 3WIJA 4QDMA 1HIZA 4ATWA 3IAPA 1MQQA 1DHKA 3I3DA 4UOQA 4V2XA 5A1AA 1FP8A 3VMNA 2WC7A 2O9OA 3SURA 3EDJA 3VVGA 2WPGA 2W91A 4CD6A 4CCDA 2ZUWA 3UEQA 4HOWA 1HF6A 4FLQA 1CXKA 1CTNA 3VTRA 4TVDA 5ABHA 3BLPX 3RCNA 1X6LA 3N15A 2DIJA 1XC6A 1I1WA 1H0GA 1HP4A 3AZSA 2VX6A 4AEFA 2XG9A 3GNOA 5DF0A 3WDPP 3ARPA 2ZOXA 1UWIA 3WNPA 4F79A 3AXXA 1E72M 2ZUMA 2WMGA 4B3LA 4IPLA 2YBUA 1FH9A 2WC3A 3PN8A 3HU7A 3SCOA 2A3BA 1Q6GA 4D6GA 1E0VA 1GQJA 4W85A 5CZKA 2CYGA 1QVBA 4AZHA 3WBEA 1XSJA 1CEOA 2WHMA 7A3HA 3EMQA 4ZEPA 5E9AA 2WMKA 5CPSA 1VAHA 1TUXA 4PUDA 3PZOA 4JHOA 6TAAA 4HZ8A 2WWCA 1TG7A 2UY2A 1GOOA 2YA1A 2ZIDA 2OYLA 2E9MA 2Y24A 4PMUA 5I79A 4MAZA 2Y5EA 4B16A 2W92A 1UR1A 3O6AA 2DT0A 5JIWA 2BVDA 1WDQA 4D1IA 4QAWA 3L4XA 3WELA 3RM9A 1CDGA 3MMDA 4F8XA 5A6BA 3VGHA 4ACZA 1C8XA 4CN4A 2GK1B 1F4HA 2WBGA 2WLYA 3NUKA 3WQ6A 2EXOA 1C7TA 1CZ1A 4AZCA 4AZIA 2YBTA 4PMVA 1HJVA 1JZ8A 3CHFA 3NIYA 1UQYA 4ACYA 5KEZA 2X1IA 1E56A 1ISYA 3FNDA 2QMKA 1JZ4A 2OYMA 1HP5A 1FP9A 1PEZA 3CZLA 3VDCA 5FL1A 3ZT7A 1MFVA 3CZKA 1UZ4A 2ZX7A 2XSAA 1OGBA 1B3YA 4UR9A 1QNOA 3ZR6A 1ISZA 1NARA 1PAMA 4CD7A 1O6IA 4PUEA 3ARYA 3RJYA 2UY4A 4LYRA 3WNMA 1VJZA 3AMGA 1LQ0A 1OD0A 1BYBA 1V6UA 3UG5A 3AIRA 3ALFA 1JDAA 2G3NA 2C7FA 4DM2A 4D6JA 1QBAA 3A3HA 1EOMA 3BMVA 5FKYA 1OINA 5FL0A 4ML4A 4PTMA 2XPKA 1E9LA 4UOJA 2OSXA 4W89A 4MDOA 1L0PA 2CESA 1JZ2A 5D9OA 3BMWA 3CO4A 1CECA 3ARSA 2F8QA 4WKHA 1BGAA 1NOUA 4MB3A 1CWYA 3SCNA 3FY1A 4LYPA 3WMCA 2JIEA 2Y4SA 3IAQA 3MUZ1 5BYWA 4OIFA 5IXEA 3MV01 3G6LA 1E3ZA 3K4AA 4CU7A 3AS1A 1UD3A 2WMFA 1WDPA 2F2HA 2X09A 1TVNA 3EDDA 5A3HA 1W1TA 2WANA 4E2OA 1UZ1A 4NRRA 2VURA 2FHFA 1EQPA 3VIJA 2FH8A 5DT5A 1JYVA 3ZSTA 5ECUA 4J3WA 2HISA 4C7DA 4TX8A 2X05A 3WF1A 4A3HA 4J27A 3A4XA 1PJ9A 3BAKA 3CLWA 3VD5A 1QW8A 1UWQA 3U5YA 1E6SM 1U2YA 4BF7A 1J0ZA 4HU0A 3K4DA 3AHVA 1NOFA 2FDMA 2WMHA 3VOCA 3OGRA 1G0CA 3WF4A 1GQLA 2YJQA 4GO9A 5EB8A 1HVQA 2WZIA 3ZT5A 3ZO9A 3ARZA 1UR4A 3A4AA 1GOWA 5EFFA 2BNJA 1TE1A 2A3EA 3WL0A 4C7FA 4L4OA 5I77A 3APGA 1V02E 1E43A 1BVNP 4LYQA 6CGTA 2VTFA 1LWJA 1NWRA 2CETA 2FGZA 2PBOA 2WCSA 4N0RA 1NWUA 3CHEA 3KL0A 3LPOA 2D22A 5A6LA 3TTQA 1UA3A 4D6HA 2CKSA 1KB3A 3UR8A 1UHVA 2DSUA 2G8ZA 3OZOA 3VILA 1BPLB 1AVAA 2BY1A 3OLIA 1UD8A 1LWHA 3VD3A 3QR3A 1GQKA 3WDIA 1E55A 2W61A 1HKMA 5I78A 5ABFA 2Z1KA 1B3VA 3BAIA 1G5AA 1W91A 1IZJA 2CXGA 2VRQA 3WENA 4TVUA 4H8VA 4D1JA 3FHAA 3JUGA 4W7VA 4MADA 1M7XA 1F4AA 5C8BB 5BXPA 4BCEA 6A3HA 1ITXA 1CXFA 5C70A 1UWUA 4JKMA 1JZ6A 1CXIA 2PI6A 3TTYA 1JI1A 3CIVA 2YA2A 3VIKA 1VFMA 3WEZA 1D2KA 1ESWA 1DWFM 2XTKA 3AQUA 2C8NA 5E0CA 3WH5A 4NSBA 4MJ4A 1IT0A 4EANA 4HZ6A 3VIOA 3GXDA 1US3A 4U3CA 1J0HA 4UQEA 2ZX8A 3T09A 1ZB5A 2QLYA 4DUXA 1QNSA 2DSKA 2WMIA 4UTFA 4AEEA 3K8KA 4W88A 1H09A 1BG4A 3VU2A 4HMDA 2OYKA 4MB1A 4CU8A 1ZBKA 2VX7A 4J3SA 2JF6A 1ECEA 1JZ5A 1PX3A 4JZ5A 4XZBA 5GNZA 3TA9A 1WCGA 2J77A 1VB9A 1QOXA 1MW3A 1E6ZA 3M7SA 5CLWA 1UQZA 4W87A 2EPOA 3VDBA 3MU7A 1AMYA 2WB5A 3WH8A 1BHGA 2VQUA 3NSMA 2J74A 3ZSSA 1NM9A 1ISVA 1WZAA 8A3HA 5FCZA 1CLVA 4FK9A 2VVNA 1PBGA 4D6DA 2J7DA 3WQWA 5LA1A 3MO4A 2CBUA 3KL5A 1QW9A 9CGTA 2J47A 1B3XA 3AROA 3MUAA 4B9ZA 5I6SA 4JFSA 2O92A 5AYBA 3BCFA 5EMYA 1UH2A 1VFFA 3L4WA 4WKAA 3DC0A 1E0WA 1TA3B 4JKLA 1KGWA 1QBBA 2WMIB 2ZUTA 4MNLA 1H2JA 5A2BA 2VUYA 1UR9A 3OA5A 4NF7A 1EH9A 4HA1A 4CVUA 3PZIA 1G01A 4FF5A 3MMUA 2UY5A 3U5UA 1I1XA 1GQIA 1W2PA 3EDEA 4PEEA 1WP6A 1H41A 2XUCA 1WO2A 2CIPA 1EHNA 1GUVA 1H11A 2DT3A 4OOZA 3ZJKA 1GVIA 4WIWA 2FHBA 1FFRA 4GPNA 3W81A 3T2QA 1O7AA 3AHYA 3AYSA 3VIHA 1EO7A 1GHSA 1RP8A 3N18A 1B90A 1EXPA 3F5LA 2GDUA 2X2YA 3THDA 2DSZA 1FHDA 2G3IA 2V5DA 4P7QA 1MFUA 2EQDA 4TX6A 3DYOA 3U7BA 1KR1A 2E0PA 4UFMA 3VM7A 3WH9A 3CGTA 1GOIA 1UR0A 1KWKA 4WKFA 1C92A 1DP0A 2GDVA 3LPPA 1OBAA 2IXUA 3VM5A 1WDSA 1WKYA 4J3UA 4M8UA 1JAKA 1XD1A 4GI9A 1XGZA 4UFHA 5JH8A 3W82A 3RJXA 2W62A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VBH A;  2PDI A;  4QFU A;  1XFC A;  4N4Q A;  1SPQ A;  2Y63 A;  2E3Z A;  4LGX A;  1KFW A;  4Z1A A;  2GJX A;  5HXM A;  5DRI A;  3PUD A;  4LUT B;  4UQA A;  3TYU A;  2ZAD A;  2X1S A;  3I6C A;  1XIF A;  1YYA A;  2YDS A;  3PFM A;  3C2O A;  1J11 A;  1J2B A;  1EDT A;  3H26 A;  5GQB A;  2DUA A;  3IVU A;  4B5T A;  2MPH A;  3OA3 A;  4HBE A;  2B7N A;  1D7H A;  4HA3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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