4NSBA

Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein, spb-40 and n-acetyl salicylic acid at 3.05 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein, SPB-40 and N-acetyl salicylic acid at 3.05 A resolution
rcsb
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4nsbA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4nsbA01
4PEEA 3UG5A 2UY5A 2D20A 4AD2A 3IJ7A 1KFWA 3I3DA 1ITXA 1JDAA 2BHZA 2VX6A 1GQJA 3AIEA 1NWUA 2CYGA 1QNQA 2FHCA 1GW1A 4JCLA 4PMOA 3WD2A 5IFTA 1J0ZA 3QR3A 3RPMA 4WJXA 2XFYA 2E8YA 1DWFM 1RH9A 2CESA 5CJ5A 4X0VA 4BZYA 1S46A 3OZPA 5E0CA 2EXOA 2J7DA 1W1PA 2C7FA 2A3CA 1GUVA 1BGAA 1I1XA 4CD6A 3K1DA 3ZJ6A 3L2MA 4Z2HA 3WSUA 2WBGA 3E1F1 3PTQA 4HA3A 1F4AA 2WBKA 4W7UA 1UQZA 1BVNP 1EOKA 2NT1A 1GOWA 5BXRA 4HZ7A 2ZXQA 5EFDA 4B15A 3N13A 1KWKA 4TVUA 3GXFA 4P7OA 3BAYA 3U57A 3BXWA 1JXJA 1DWHM 4C7DA 5I24A 1C7SA 1DWGM 4P8XA 4TTGA 5EMYA 3BC9A 2HISA 1ODZA 1KGWA 1JAEA 4R5EA 2E9LA 4NRSA 3AYRA 1E72M 2YBUA 1DWAM 1UZ1A 5A2CA 1QOXA 1OT2A 2YA2A 4UQEA 4LGXA 5D9MA 2EPKX 1W3JA 1OD8A 3W6LA 2ZUTA 3IAPA 1H1NA 2CPUA 1HN1A 1M01A 3WD3A 4W8LA 3VGGA 1CGUA 4MB1A 2D0FA 1UWQA 4MADA 3W82A 1JYWA 4UTFA 1LG1A 2J7EA 1CEOA 4PTMA 1CXIA 3O9NA 4HZ6A 3WUBA 1UR0A 3BLPX 9CGTA 1VENA 4OBRA 4E4PA 3L4YA 2YDSA 3KEHA 4ZXOA 2BVTA 4M56A 5JBEA 3L4VA 4EE9A 4PMVA 5AC5A 1ZBVA 1Q6CA 1X6LA 5A6BD 2FH6A 7A3HA 3CGTA 5D8ZA 1BYAA 1V0LA 3VMOA 5ABGA 3WBAA 4FLSA 3ARWA 1Z32X 4MJ4A 2QLYA 3WELA 4JL2A 2J79A 3AIBA 2WC4A 2D2OA 3UETA 3PZIA 4AD3A 2DSVA 2O92A 5A69A 1A47A 3CZ8A 2Q8XA 1ZJBA 2WMKA 4C7FA 3OB8A 1NWRA 4Q7NA 1EHAA 4PCTA 4HOWA 3BSGA 3FHAA 1GNXA 4K68A 2YA0A 1J0HA 2XGIA 1FP9A 1UR2A 3GBDA 4LQ1A 4UNIA 1RPKA 4DUVA 5ABFA 3DHPA 2VMFA 4AZCA 2J8FA 2XVLA 1HL8A 1E73M 1KXTA 3OZOA 4H8VA 3GXIA 1UR8A 4M8UA 1TA3B 4Q22A 1GOOA 3W26A 4H2CA 3NJ3A 1PIGA 5DT7A 4JHOA 4HPHA 2WKLA 2RGMA 2WWCA 1UA7A 2CITA 4UQBA 1JI2A 1GOIA 5CPQA 5CGMA 5M5DA 3TONA 1TA3A 2BY1A 4AIEA 3WFZA 3VD4A 1KXHA 1Q6EA 1GJWA 1JXKA 4J3VA 1E6ZA 3L4UA 1KCKA 1Q4NX 2DH2A 3MV01 5CGTA 4XV0A 3NDYA 1FH8A 2J75A 5IXEA 1TVPA 3WH8A 3I3EA 2OLHA 4CN1A 1BG9A 3WNOA 5JBDA 3SCOA 4U5IA 4U3CA 4CCCA 3A6OA 1E6NA 3SCVA 4ZEPA 1B3WA 3N9KA 1V3KA 3RILA 1Q6FA 4W5ZA 2TAAA 2FH8A 3BAWA 5A6MA 3T2PA 4W87A 3GXMA 3ZT7A 1VEPA 1E15A 2ZX7A 2JIEA 1NM9A 1UD4A 2QPSA 3GH5A 3OGRA 2ZUUA 4GKLA 2NW0A 1UWUA 4P8VA 5JUVA 1W3KA 4NZCA 2BY2A 2OYKA 5I5RA 1J0YA 4TOQA 5HNNA 1QW9A 2YJQA 6CGTA 4F79A 2YL9A 3GH4A 2WHKA 4BQ2A 1QBAA 4GZIA 2W4XA 2E9BA 2V3EA 3FXYA 1N82A 2Y4SA 3LPFA 4UFIA 3U7BA 1UOKA 2WMJA 2DH3A 2DPEA 2XYLA 2ZE0A 2J78A 5E9AA 4LPCA 1EO7A 1DP0A 4JKLA 3VUPA 3VDCA 4OIFA 3ARSA 5FCZA 3FW6A 1UKTA 5CQ1A 8A3HA 3CH9A 3PN8A 4TXEA 1QW8A 1WZMA 4D6FA 5HBFA 2WSKA 4BQ4A 4DWSD 1MQQA 5M03A 1BSIA 1B90A 1HX0A 2OSYA 1E5JA 2EPOA 1V3JA 1H5VA 1CGXA 1K9DA 3SCNA 4MNKA 1Q6DA 3A4AA 1B1YA 4HMCA 1KR0A 1WCGA 2VQTA 3FAXA 2ZXBA 4JZ5A 3CUGA 1PX4A 1GONA 3AHYA 4QAWA 3KWXA 1GOQA 3RJXA 3AS2A 1FFRA 2O9RA 4PN2A 4ACYA 4FLRA 3ARRA 3ZT5A 2Y8KA 4PSRA 4F8XA 1RP8A 4BS0A 1W32A 2WW5A 4QFUA 3VIKA 2VI0A 2DT1A 4MB4A 2FHBA 1ODUA 1LL6A 1VFUA 2FGZA 4AEEA 4FLQA 2DSKA 5AYIA 4HMDA 4TX8A 3ZIZA 1VF8A 4GXPA 4E8DA 1EIBA 3MKKA 3VGHA 4UFLA 1CGTA 2BVDA 1EGZA 3G6MA 1QHPA 1E6SM 1C8XA 4P7LA 3OG2A 1F4HA 1V6XA 2GDVA 3A3HA 2WHMA 2XPKA 1US3A 5GNZA 3DYPA 3OA5A 2J62A 3WEZA 2BY3A 1ZBWA 4DM2A 1CGVA 4ML4A 3SUUA 2A3BA 3AJ7A 2J7FA 1QI0A 3CUIA 4AD4A 4M1RA 3WQ4A 5A6SA 4NRRA 5LA1A 5A8MA 3SCSA 2ZUNA 3MMWA 3GXDA 3VIJA 1UR4A 3I3BA 4JCMA 2WCSA 3BAKA 2WMHA 1PIFA 4DUXA 2D24A 3VD5A 1JG9A 2X1IA 2G41A 3WF3A 1G01A 1CXHA 3EDEA 1O6IA 5I77A 5BRPA 1JZ3A 1DWIM 3UESA 2A3HA 3IANA 3SUVA 3AISA 1E1FA 1QNRA 1J12A 3CO4A 3FHQA 2ZWZA 2WKGA 4TTUA 1V02A 4AC1X 1ISZA 4D6JA 5DEZA 3VNZA 1JIBA 4C7GA 3L4ZA 2JALA 1I75A 1UKQA 5M17A 5C8BB 1M03A 3VD9A 1HJQA 1ZBCA 2C8NA 2D22A 2GJRA 3N17A 2VUYA 3GNOA 4W85A 1RD6A 3MUZ1 1E56A 1JYNA 2VC9A 2VR4A 1TUXA 1WDSA 3WMCA 4D1JA 5HXMA 3KZSA 4P7NA 2G3MA 3UR7A 5E09A 3THDA 2ZIDA 4B9YA 1V6UA 1EDTA 1KBBA 5EFFA 4D1IA 1C90A 2X8RA 2J7BA 2XUCA 1OBAA 2VRJA 3TTQA 4PCSA 3CMJA 1ZS2A 3UG3A 1PX3A 2CBUA 3VINA 4CKQA 1KXVA 4PMXA 3WDIA 5JIWA 2XVGA 4CU7A 5LA2A 3CUJA 4UZUA 4MTVA 2IXVA 4JL1A 2VCCA 1W91A 2G4FA 1OGBA 1ISWA 5BXSA 2YL6A 3BGAA 4HPGA 1QHOA 3FY1A 1G1YA 4WKAA 4MJ2A 1QI4A 1XSIA 4AXNA 2DT2A 1ZBKA 2Y5EA 2WK2A 5CPSA 1JZ2A 1NP2A 3M6DA 2ESCA 1CBGA 1J18A 1D7FA 3OLEA 4S3JA 6TAAA 3MU7A 1H09A 1JI1A 3VM7A 1L8NA 1NQ6A 1KGUA 3SCPA 3AICA 3WF0A 4J3TA 2W61A 3ARYA 4MAZA 1JDCA 3MV11 4UFHA 4E2OA 3A4WA 3EMZA 2V3DA 5I2UA 3GNPA 1UWTA 1GQLA 1WDQA 5FL1A 1CTNA 2VRQA 3T2QA 1MXDA 1JGIA 1HF6A 3VGFA 4EKJA 1CGWA 1E0WA 1W9UA 1V6YA 1UKOA 4FK9A 3ZT6A 5I78A 1CPUA 3MUAA 2XIBA 5FIPA 2F61A 3PZNA 4PSPA 3RCNA 2CNCA 2E3ZA 3SEPA 3VPLA 4WIWA 2JIWA 1GOMA 3FAWA 3ZR6A 3QOMA 4JAWA 1GJUA 4PMRA 1W2VA 4AMCA 2VOTA 5FD0A 3BLKA 3GYCA 4JFSA 3DC0A 4CUCA 2VZUA 1BYCA 4L4OA 5AC4A 3EDJA 3WH7A 2ZUMA 3BAJA 1C93A 5FL0A 1C8YA 4AD0A 1ZJAA 3EMCA 1EQPA 1VB9A 3VGBA 2QPUA 4GO9A 4QLLA 4JFTA 3CUFA 3WEOA 1VFMA 3THCA 4BF7A 2W67A 1UWRA 4ZFMA 5LYRA 1QI2A 4PTVA 3WL0A 5E0FA 1BF2A 2G3JA 4XX6A 3ZO9A 5JBFA 2GJPA 4AZ7A 1VEOA 3J7HA 3L4TA 3VX1A 2ZUVA 1MYRA 2QMKA 1W1YA 4KMQA 3RM4A 1BHGA 2XFRA 4AWEA 2DSZA 2VX4A 2DT0A 2Y8VA 2CCRA 2NSXA 1HJSA 1BYBA 4OBSA 1YHTA 2BY0A 4CCEA 1OCQA 1E70M 2QHAA 1W1TA 3W4RA 1SR0A 3HJEA 1OD0A 1H0IA 4JFUA 3MANA 2YDQA 4J7RA 3OIHA 1K9TA 2OYLA 2WCGA 5FKYA 3M07A 3OLGA 1JNEA 1V6VA 4AISA 3WN6A 1DHKA 2VZOA 4AD5A 4MDOA 3SCQA 2E40A 3RIKA 1V03A 1NOFA 3W0KA 2BHUA 3AHXA 4Z2LA 3PHAA 1TCMA 3AXIA 5IHRA 5IFPA 5BROA 1SYTA 2PF0A 3AIQA 1KB3A 1OT1A 4PMQA 3ARVA 3ARTA 2WCAA 4Z2KA 3VM5A 3AQUA 4HTYA 4NSBA 2O9OA 1E0XA 1NOUA 3W29A 4IUGA 4W88A 4J3XA 1HVXA 1CYGA 1FHDA 3EBVA 3SCRA 1YQ2A 1OINA 1QHZA 4QCEA 4AIUA 2YLAA 4TVCA 3GH7A 4M80A 1QI3A 4M24A 3W53A 2DIEA 5FOOA 1GHSA 4ATDA 5I3DA 2EO7A 1V02E 4JIEA 4QLJA 4OJYA 4GI9A 3PZQA 2J74A 1JF6A 1B3YA 1OIFA 3VX0A 4UQ9A 1DTUA 3WQWA 4CD7A 4Y7EA 3TTSA 4PMUA 3AIVA 1W3HA 1U30A 1R7OA 5A95A 4N42A 2GUYA 2VZSA 4J3WA 4B3LA 2WC3A 5A2BA 1M53A 4H04A 1EXPA 1ECEA 4H8UA 2F8QA 2XWEA 1AVAA 4UZSA 5HPOA 5GNYA 3WBEA 5BRQA 4PMYA 3N04A 8CGTA 2QMJA 3ECQA 3VIHA 5A6JA 3ARQA 2E8ZA 5CLWA 3RMEA 1JYVA 3POCA 2J8GA 2EPNA 4KRTA 3SUTA 2VNCA 1E1EA 1E6XM 4HA4A 4IPNB 3SURA 3WF4A 3D3AA 4AY1A 4GQQA 4GZEA 4R27A 4AZ5A 1NWSA 3EDKA 5ABHA 3B9EA 1CXKA 1O7AA 1E4IA 5A8OA 3WDRA 3CZGA 3EDFA 4TUFA 4F9JA 4CCDA 3DYOA 1BAGA 2UY2A 2MANA 3AIWA 4CU6A 2FHFA 1IZJA 3ZJ7A 1VIWA 1FFQA 2J7GA 2AMGA 3CZEA 1WP6A 3WDHA 2G3NA 1MVYA 3K8MA 4KGJA 1E5NA 2W63A 3EYPA 2D3LA 1UD5A 1UR1A 3AHVA 4W5UA 1LWJA 4OOUA 4F66A 4JFVA 1G0CA 4UFKA 1UD8A 3AS1A 3M7SA 1EDGA 2X0YA 2Z1KA 1KR1A 2EEXA 2ZX5A 4M81A 4QLKA 4ATWA 1FH9A 2WHJA 3VGEA 3IAQA 1D2KA 1HVQA 1K9EA 2WVTA 1ZB5A 3QGVA 3T09A 5CG0A 4CD5A 4J27A 3VDHA 5A1AA 2VR5A 1NP0A 3VD7A 4FLOA 1OGSA 1MFVA 4XZBA 2PWGA 1W1VA 2WMIB 2HVMA 2OSWA 5I79A 2EPMX 4UCFA 1UKSA 3FNDA 2UWFA 5GPRA 3CZJA 1KGXA 2BHYA 3QHMA 3WNKA 1ZL1A 5JH8A 2WMIA 4DWSC 3RJYA 4CVWA 5HPCA 3M46A 3AXHA 3RO8A 3CHDA 2OWWA 1NOWA 3VIIA 2JF7A 1K9FA 5EB8A 1B3VA 2X09A 4LYPA 2WMGA 3ARUA 4WLCA 1UG6A 1OB0A 3AYSA 2XM1A 2QF8A 5A8QA 1GZJA 1PPIA 4EK7A 2CKSA 1CWYA 2VT0A 3T2OA 2VRKA 3T0BA 3ZM8A 2WC7A 4HP5A 1I1WA 3WNMA 3BSHA 1HJUA 3NUKA 2WZEA 4UQAA 1SMDA 1JD9A 4W89A 5CSYA 3WQ5A 1EH9A 1UD3A 4JKKA 1C92A 1X6NA 3VO0A 3AOFA 1H2JA 3WNNA 3OGVA 4MNJA 2Y2WA 4J28A 3VDAA 1VEMA 2OWXA 3MSDA 3UCQA 2BS9A 4JKMA 4H8HA 2O9PA 3IJ8A 5A94A 1UD6A 1MW3A 4LX4A 4WKHA 1WB0A 1J11A 2J7CA 3W38A 4WKFA 3ALFA 2WZHA 1JF5A 3CHEA 4NI3A 3WH6A 1QBBA 4D6IA 1D3CA 2VX7A 2ZWYA 5LA0A 1L0PA 2E0PA 1LF1A 1C7TA 4AZBA 3PTMA 3PZOA 3LPGA 3DYMA 3CHCA 1B0IA 2YDRA 5AYBA 4D72A 2ZOXA 1FH7A 2EJ1A 3APGA 4UOJA 1CLVA 3MO4A 1EOMA 1Q6GA 1UA3A 1JAKA 2ZXAA 3W28A 5A6KA 1CENA 1PZ3A 3DECA 3GZAA 1E4NA 3MUIA 3WF1A 1PEZA 5D9NA 2WSPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TZ7 A;  1HXJ A;  2J47 A;  1W9B M;  4CD4 A;  1GVI A;  1KQZ A;  4D71 A;  1UZ4 A;  3KL0 A;  4JHZ A;  3AI0 A;  1HJX A;  2X2Y A;  3ZST A;  3KE0 A;  2XSB A;  1QVB A;  4P8U A;  2BNJ A;  1J10 A;  1VFO A;  5JIP A;  3T0D A;  1GOR A;  1RP9 A;  1XC6 A;  2XVP A;  1XH0 A;  2VVS A;  6A3H A;  3WY1 A;  3ARO A;  4MB3 A;  2XSA A;  1FP8 A;  2YBT A;  2E4T A;  2CBI A;  1UH2 A;  3MSG A;  3WL1 A;  1W2P A;  3SCT A;  4B9Z A;  4Z2G A;  1WZK A;  4HOZ A;  4W8B A;  2YA1 A;  1XH2 A;  4ATL A;  1KQY A;  1WE5 A;  4W7V A;  2J7H A;  1EHN A;  2CBJ A;  1JYX A;  2PWF A;  4HZ8 A;  1HJV A;  3ZQ9 A;  1JDD A;  5DT5 A;  2IXU A;  3UER A;  4WSJ A;  2XHY A;  5C71 A;  3UEQ A;  2JFE X;  4AYS A;  1CZ1 A;  3WQ8 A;  3MS8 A;  3PBG A;  3WF2 A;  1H49 A;  5M3W A;  4L4P A;  2CIP A;  5CXP A;  1E6R A;  4GZJ A;  2XTK A;  3ZSS A;  5A2A A;  4PMZ A;  2CXG A;  7CGT A;  2WLY A;  3GM8 A;  3VIL A;  2D23 A;  3ARX A;  1BYD A;  3LPP A;  2WVV B;  1KCL A;  5CLT A;  4PUE A;  3AIR A;  1W9D M;  1AMY A;  1UHV A;  4U33 A;  1BPL B;  4KWU A;  3VMP A;  3TA9 A;  3WKZ A;  4CGT A;  2WVS A;  2G3I A;  2WVV A;  4M82 A;  4ACZ B;  2BXY A;  1BG4 A;  2PB1 A;  1PX8 A;  3AZR A;  4U2Y A;  1UUQ A;  1J0J A;  4TVD A;  3CBW A;  2X05 A;  2DDX A;  4KH2 A;  3KL3 A;  3CHF A;  1OM0 A;  4YHE A;  1UR9 A;  1WO2 A;  1VBU A;  4QDM A;  3F5K A;  2YL5 A;  2VJX A;  4ACZ A;  1W9X A;  4CD8 A;  1W9P A;  1E4L A;  2V3F A;  1K6A A;  1E4M M;  4GPN A;  1AQM A;  1OWQ A;  3PZU A;  3VOC A;  3A4X A;  1IV8 A;  1AQ0 A;  1Y7V A;  4PMN A;  1JD7 A;  3AMK A;  1IZK A;  3NDZ A;  3POH A;  3L4X A;  3WQV A;  4CN4 A;  1E71 M;  3SIM A;  5I23 A;  5BCA A;  2YOC A;  2DQX A;  3BH4 A;  4AEF A;  4OUE A;  1VJS A;  5D9P A;  4HA1 A;  1UWS A;  3O6A A;  5BYW A;  1ISV A;  5CPT A;  3WFL A;  4A4A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1G67 A;  2ZVR A;  4XO6 A;  1VFL A;  4PMN A;  4XIS A;  1IZK A;  1FKS A;  4J3Z A;  3WQV A;  2BOF X;  4M7T A;  3HGR A;  1FWI C;  2PMQ A;  3P82 A;  5I23 A;  1AH0 A;  1JCT A;  2Z26 A;  5BCA A;  1ECQ A;  3BH4 A;  2ZZ6 A;  4V1Y A;  3AC0 A;  4K8H A;  1VJS A;  5D9P A;  2TMD A;  3UWZ A;  3O6A A;  5D37 A;  2PLJ A;  1ISV A;  1YXY A;  4PBE A;  1XM3 A;  3WFL A;  1ZHA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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