4NSBA

Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein, spb-40 and n-acetyl salicylic acid at 3.05 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein, SPB-40 and N-acetyl salicylic acid at 3.05 A resolution
rcsb
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4nsbA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4nsbA01
1BYDA 4J3WA 1CWYA 1W9BM 4CCCA 4W85A 1XCXA 3T0BA 1OIFA 4OBRA 1M7XA 9CGTA 2JFEX 4J3SA 1LF1A 5D9MA 1F4HA 5ABFA 3AISA 2XYLA 4CD6A 1QOXA 3MUY1 1Y7VA 1FP9A 1B1YA 1PZ3A 4X9YA 3MANA 2E8YA 1E40A 5A8NA 3NCOA 1GZJA 2WVVA 5CPSA 3WDHA 2EBNA 4H2CA 3WNPA 3CZLA 4QCFA 5EB8A 3ZIZA 2VT0A 1CXHA 5A6MA 1AVAA 3WH7A 1XC6A 2W63A 1BG4A 4JFVA 4UQCA 1HJWA 5FL0A 2GFTA 5I78A 1SMDA 2NT1A 2QV4A 3VD7A 4KRTA 5A8OA 1E6PA 3HJEA 5D8WA 1HKKA 2JEQA 1K9FA 4ACZA 3U5UA 4H8VA 4PRWA 4U3AA 1Z32X 3WF2A 4JAWA 3SCOA 2UWFA 3VM7A 4RE3A 3VVGA 5CG0A 3ARUA 1W1PA 5FIPA 3AHXA 1HKIA 5A6SA 1GNXA 1BQCA 3KEHA 1NP2A 2XVKA 2XFRA 5ECUA 2WHJA 5I2UA 4K68A 1MQRA 2W92A 2W5FA 4KGJA 2VTFA 1TZ7A 3ZSTA 4NRRA 4TVDA 3THCA 3VMOA 3GNPA 2VO5A 1C7SA 3D5HA 4J7RA 2EPKX 3IANA 4MDOA 2YL6A 3GXFA 4E2OA 1OGBA 3W27A 3THDA 1KR1A 4GI8A 1O6IA 2BFGA 3CHDA 1KCKA 3IJ8A 5A8QA 1UHVA 3BSGA 4GO8A 3L4ZA 3A47A 3PTQA 5AC4A 5DMYA 1HF6A 4UQ9A 1W2VA 3VTRA 3PZNA 3AS3A 2VCCA 3AIWA 2DSWA 1W1YA 1NOWA 4UCFA 2EPMX 1XHGA 4C7GA 3WUGA 3WQ4A 1US2A 1NM9A 3WENA 4H04A 1FHLA 2J8GA 1UD2A 2ZXQA 1BTCA 3NSNA 2VUYA 4WK9A 4UOQA 1VEPA 3LMYA 8CGTA 5A2CA 2DSKA 4UNIA 1JL8A 4PMXA 4HZ7A 2ZIDA 5I24A 3AIBA 3GNRA 1BSIA 3CUGA 1WDRA 1UKSA 5EFFA 2F61A 2ESCA 2WVUA 1X1NA 1NP0A 1V0MA 1B3VA 2YBTA 3PHAA 4F66A 3ARWA 3EYPA 4D6DA 3PZTA 4AZHA 1VAHA 1JG9A 1ZJBA 2WVVB 4DWSD 3EDEA 2XVNA 1J12A 4ZE4A 2ZXAA 3F5LA 1E15A 3WNOA 4AD2A 1FFQA 5FL1A 3ZO9A 1V0KA 5BCAA 2VQUA 3WMCA 2XVLA 1H0IA 5LYRA 3WD1A 4AISA 4JKKA 4M81A 3BLPX 2WHLA 5M5DA 3POCA 1B90A 3WMBA 4M82A 5JIPA 2J74A 1C91A 2G8ZA 4PMDA 3GH7A 4ACZB 3VDCA 1QNOA 4OZOA 3AYRA 1W2PA 1EQPA 6TAAA 3K4DA 3RJXA 1JZ2A 4P7OA 2HISA 2PWHA 1V6VA 2EQDA 2GK1B 2ZX6A 1NWUA 1B31A 3AS0A 4UOJA 2RGMA 4MB3A 3AS2A 1UWRA 3TTOA 2WB5A 2YIHA 1CDGA 1Q6FA 2UY3A 1H11A 4RL3A 4P8UA 3WF1A 5CGMA 4AZCB 1J9YA 1HJSA 1GOMA 4D6CA 3CZGA 4QP0A 1E73M 3T2PA 4W5ZA 3QOKA 3M07A 3A3HA 2VQTA 2O9RA 5JBDA 2DGAA 1VBRA 1GOOA 3GXIA 2XIIA 1CTNA 2QMJA 4UFLA 4BF7A 5KZ6A 3ZQ9A 1WNOA 3K8KA 2GJXA 4PEEA 3AZTA 4GZEA 4W8BA 1CLVA 3K46A 4ZENA 3A4AA 3PZ9A 5I3DA 1CGTA 1UZ1A 4XV0A 3PTKA 1KGUA 3VDAA 3W28A 4JCMA 3PTMA 4HPHA 1XSKA 1I1XA 3K4AA 4NZCA 3MMUA 5EFDA 2YDSA 3GM8A 3PBGA 4QFUA 3W4RA 5CZKA 1JNEA 2ZUSA 2DIJA 3AIQA 3VILA 5IHRA 2W66A 3VNYA 6A3HA 4WKAA 1QW9A 4PMOA 1E4MM 3S6TA 3WH6A 4MNKA 1YQ2A 3L2MA 3RO8A 4J3VA 4WKFA 2ZXDA 4PMZA 4BQ5A 1RPKA 5TD4A 1G94A 1BYAA 5F7UA 5LA0A 1MW2A 2WMIA 1O7AA 2J4GA 1BGGA 4GO9A 3KZSA 4HA4A 4OJYA 3TONA 1BVNP 4BA0A 2F2HA 3WNLA 1OBAA 3VU2A 4LYPA 4M24A 4WSKA 1V6XA 1CGXA 3SUTA 3VGHA 3WQWA 3PZIA 4W8AA 3CTTA 3HN3A 3TTQA 4UZSA 3AJ7A 3FXYA 5DFAA 5DT7A 2CEQA 4ATDA 3EDKA 3ZT6A 3SCQA 3FHQA 2B31A 1VEMA 2ZICA 3WF0A 4UFMA 4B16A 2IUZA 1VJZA 3OBAA 2OSXA 2WAGA 3W81A 4PTWA 1MVYA 2CNCA 3K8MA 2IXVA 2X0YA 1QI3A 4HPGA 4Y7EA 1TFVA 4DWSA 4GQRA 1E6XM 5D4YA 3ALGA 1MFUA 4FMVA 3LPGA 2Y8VA 2EPOA 4XUYA 4BCEA 2VVNA 2GDUA 4F9DA 1I1WA 4W86A 3N18A 1VENA 5CGTA 2WMKA 4AXNA 1RD6A 3SCPA 1CIUA 3SIMA 3DECA 1CENA 3T2QA 2XGIA 3FN9A 2VMFA 4P7LA 5AC5A 1PBGA 1Q6EA 1VF8A 2E8ZA 3EMQA 1FOBA 1B30A 3CZEA 1C8QA 1KXVA 3HU7A 2VJXA 1GVIA 2WMJA 3BSHA 1KR0A 1UR9A 4W87A 3VIGA 4W89A 3ZSSA 4AZ5A 1KQYA 4GZJA 1E6SM 1NWTA 6CGTA 1FHDA 1E56A 2FGZA 4ZEPA 1WB0A 2YL8A 1WZMA 4J28A 1ECEA 2GJXB 3WF4A 4J3UA 3LPFA 1JFHA 3WFZA 1BGAA 1E0XA 3VIHA 1D2KA 1ZB5A 1E43A 1EQCA 2UY5A 3WD2A 1YHTA 3CZJA 3WMSA 3CPUA 2J7EA 2XHYA 3DHPA 4HA1A 5E70A 5I79A 1UR8A 3B8SA 2E9BA 2QPSA 1MWOA 2J7GA 2Y5EA 4OIFA 1OCQA 1DWIM 1KBKA 1GCYA 3ZT7A 1GOKA 3MU7A 2AOSA 5BRPA 1ODUA 2J7FA 2J62A 4MB4A 5GQBA 1J10A 4W5UA 3WSUA 3MMDA 1OT2A 2XIBA 3L4VA 2G41A 4KMQA 2VZVA 1UQYA 4U5KA 1H49A 4AY1A 2WMIB 3UCQA 3WL0A 1GHSA 3RJYA 4B9YA 1R86A 4PTXA 4ZXLA 4AEFA 3BCFA 4Q7NA 2X09A 1UWSA 4U33A 5GNZA 1EO7A 4E4PA 3ZT5A 4JFWA 1IZKA 5BXTA 4CN1A 4CGTA 4FLQA 2O9OA 4TTUA 1CXKA 4ATWA 1EHAA 5CLWA 4Z2LA 1JAKA 4HOZA 5D8ZA 1TA3A 2D2OA 1KXTA 1V03A 4MTVA 5KEZA 4P8WA 1JF5A 5A6LA 3BGAA 3VUPA 1G01A 5LA1A 1JD7A 4UFJA 4TX6A 2WC4A 4L4PA 5JIWA 3NUKA 1KB3A 1WKYA 4PUDA 5CSYA 1H0GA 1MXDA 1PEZA 3EMZA 1GVYA 3L4WA 3VIFA 1FA2A 3WN6A 5FD0A 1EH9A 4NI3A 1JZ6A 3AI0A 3E1F1 4J3XA 3DYPA 1EOKA 5HOSA 3AHVA 1SFSA 3DC0A 5JBEA 5BXSA 1JI1A 2WW5A 1LWJA 3SUSA 2WPGA 4GPNA 1H5VA 1QI4A 4EE9A 4GINA 1JIBA 1A47A 1QHZA 1QBAA 2G3MA 2WMHA 2V3DA 2BVDA 4HTYA 4M8UA 1EIBA 3WNMA 2ZOXA 2ZX9A 5M17A 7A3HA 3II1A 3WFLA 3A4WA 3ZMRA 3PZGA 3W24A 1CPUA 4HOXA 5GPRA 2D20A 4H41A 4JCLA 2D22A 4ACYA 2D0GA 2AAAA 3I3DA 2PC8A 3WQ5A 3N11A 1E71M 2YL5A 1ISYA 4GI9A 1EDTA 2J47A 1J0IA 1EDQA 1UWUA 4P7RA 1E0WA 1SR0A 1J18A 4DUVA 2WANA 1C7TA 4PMNA 1LWHA 1V3HA 2BY0A 3A6OA 4H7VA 3FAXA 1DWGM 1W3KA 3SUWA 5LA2A 4C7FA 3RM8A 1MW3A 4MB1A 1DP0A 2J75A 5I5RA 1E5NA 2OWCA 3T0DA 1V6YA 1U30A 3MV01 4F9JA 1V6WA 1CEOA 1GQJA 4QLKA 4MDPA 4B9ZA 2D0HA 2XSAA 2OWWA 1LG1A 3ARXA 3AXXA 4P8XA 2WKGA 1DWFM 3TA9A 5D9OA 1E0VA 1JZ8A 1GW1A 4OKDA 3EDJA 1MW0A 1D7FA 4UQDA 3CMJA 5DT5A 5JH8A 1M01A 1ZBKA 4AEEA 4UFHA 2JF6A 1E9LA 1ODZA 1K6AA 3AIVA 3VD9A 2XWEA 3MMWA 4R5EA 1ISWA 3SCWA 2PWDA 4W7WA 1V3KA 1F4AA 3ARYA 1LL4A 5GNYA 4YPJA 4JFSA 2CITA 3MS8A 4CUCA 1E4IA 1QPKA 1R7AA 1V0NA 2ZWYA 4LYQA 1WP6A 2ZUUA 3VD3A 3ZR6A 1QHPA 2FHBA 2O92A 4Z2JA 1E55A 4KWUA 2Y24A 3AHZA 1J0ZA 1XH0A 1KXHA 2D3NA 4H8UA 4OOZA 5A94A 2VC9A 1ZJAA 1U2YA 1N82A 4YHEA 3MUZ1 4IPNB 4QLLA 4UQEA 3K1DA 3I3EA 1DWHM 5E9AA 1JNDA 3D3AA 3VGGA 2WZHA 3OLEA 3ZR5A 2QMKA 4FLOA 3UG3A 1KWKA 3APGA 2YA0A 4F79A 2OSWA 3AFBA 1E72M 5A1AA 1E6ZA 1XD0A 4BQ3A 1DEDA 3KWXA 2CETA 1PPIA 2J7BA 2IXUA 1C90A 5EBAA 3POHA 4CD4A 1R85A 3MV11 2A3HA 3BAXA 4JL2A 2Z1KA 5ABFB 1ZBVA 1CNVA 3NSXA 1UUQA 3VIIA 2DSVA 2C0HA 4U5IA 4AIUA 1EHNA 1VJSA 1C3FA 2MANA 1TVNA 2V5DA 1M03A 1WPCA 1JZ5A 5HBFA 2EXOA 4DM2A 3ARQA 1UKPA 3T0AA 4QDMA 3ZJKA 4CVUA 4XB3A 2BHUA 2C7FA 4FK9A 3VGDA 2WSKA 1OD8A 1UR4A 4W88A 2ZXBA 3OB8A 3RIKA 3QHMA 4UTFA 1PX8A 4AZIA 1XH1A 4MNJA 2WCGA 1EGZA 3SCUA 3WD3A 2Y2WA 5DEZA 4U2ZA 1WDPA 4LQ1A 3NYDA 2OYMA 2J79A 1PIGA 4P7NA 3VPLA 2WWDA 3WD0A 3W6LA 1J0HA 1V3LA 4DUXA 2E9MA 2X1IA 5E6YA 2WK2A 4AD3A 3VMPA 3N13A 1W3JA 4D6HA 3AS1A 2WLYA 4X0VA 3G6MA 3EBVA 2DT1A 1UWIA 4AIOA 3KE0A 1LG2A 7TAAA 5M3WA 1HL9A 2VZSA 3WQVA 2J25A 2Z1SA 4Z2IA 2DSUA 2BXZA 4Z2KA 1NOUA 4AYSA 5A69A 1B3YA 4GXPA 1BYBA 2ZX8A 1L0PA 3K8LA 4EK7A 3UG5A 2A3EA 2W91A 2CHOA 3ARTA 3ZJ8A 2VX5A 3KL0A 3UR7A 1JZ7A 1JYVA 3VX0A 3BH4A 1C92A 2YLAA 4FLRA 2FHCA 4FLSA 5A2BA 1ZU8A 1J01A 4CVWA 2VX6A 3CZ8A 1E3XA 1W9VA 1HP5A 1R8LA 1TCMA 2J7DA 5IFTA 4AW7A 2DQXA 3U7VA 3BCDA 3SEPA 2AMGA 1C8YA 1V3IA 2BVYA 3WBEA 2VRKA 4UFKA 4CU7A 5I77A 3T2OA 2A3AA 2WBGA 2WYSA 3BC9A 4TVUA 2VRQA 4KGLA 1KXQA 1OB0A 1TVPA 3AICA 3O9NA 1GQIA 1G5AA 4AWEA 2CKRA 3PZQA 3MSGA 3CHCA 4GI6A 4YHGA 4JZ5A 2Y4SA 2C8NA 1QBBA 5E0FA 4D72A 1KFWA 3S2CA 3WUEA 2CIPA 4RE2A 1R7OA 2FDMA 2A3CA 4N0RA 1PAMA 3VIKA 3DYMA 4IPLA 1H2JA 1LLOA 5IHSA 2J7HA 4IM4A 4RE4A 2QPUA 3L4YA 4X0NA 5CJ5A 1WZLA 2W4XA 2VR5A 4HMDA 4XZWA 2BS9A 2WNWA 4XX6A 4EKJA 3PZOA 1JZ4A 4B3LA 3WIJA 3IAQA 3OZOA 1HJUA 2BHYA 2VZUA 3UETA 2FH6A 5BWFA 1W1VA 2E4TA 1EDGA 1SYTA 3OGRA 3VO0A 1V02A 1UD3A 4LYRA 2OSYA 4M56A 1J11A 3MUIA 3GBEA 3CBWA 4DWSC 2E0PA 4JHZA 1UQZA 4WSJA 1GONA 1NWSA 5IXEA 2CBVA 2D23A 2VZTA 1BHGA 1W9PA 1JXKA 3QR3A 1ITXA 1GPFA 1MFVA 3VIOA 3WY1A 3OZPA 3N12A 1EA9C 2BVTA 4HMEA 3U5YA 1V3JA 5DO8A 5JUVA 1GORA 4PMVA 5BXRA 3N17A 4NRSA 3DYOA 3VKKA 4UFIA 3EDDA 2YA2A 1H09A 1FFRA 5CLTA 4A4AA 1KWGA 1ZS2A 1MYRA 4AD4A 4FF5A 2ZX5A 4KRUA 4AC1X 3W25A 4D6EA 4NSBA 1V08A 4H8HA 3AIEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5CSU A;  1SMA A;  3WNK A;  3CH9 A;  2WKL A;  1W1T A;  1NQ6 A;  2NW0 A;  4D6F A;  4IIS A;  2DH2 A;  3CUI A;  4CU8 A;  1HNY A;  3HMC A;  2DH3 A;  2XG9 A;  4PN2 A;  3OIH A;  2WVS A;  5AYI A;  4AZB A;  2YOC A;  2WZI A;  2XM1 A;  2EPL X;  1CYG A;  1MQP A;  2DSZ A;  1BPL B;  1MW1 A;  3GH4 A;  1Q6D A;  1JZ3 A;  3UG4 A;  1QVB A;  5CXP A;  2W67 A;  2ZUT A;  3RM9 A;  5ABE A;  2D0F A;  2DT2 A;  3M6D A;  4AD5 A;  2DPE A;  3EDF A;  5HNN A;  3DHU A;  5A8P A;  3RCN A;  1UH2 A;  1UKT A;  1PJ9 A;  4WKH A;  1JDD A;  2VZO A;  5GNX A;  3U57 A;  1WZK A;  2GSJ A;  1WCG A;  4WJX A;  2WMG A;  5A3H A;  2VOT A;  4U2Y A;  5DF0 A;  3NJ3 A;  3ARP A;  4D1J A;  1Q4N X;  2ZWZ A;  5E0C A;  3B9E A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OEP A;  3RM9 A;  5ABE A;  3M6D A;  5CBJ A;  4CLM A;  3WQO A;  3COT A;  3DHU A;  3KS5 A;  4RNJ A;  4BF9 A;  3RCN A;  1UH2 A;  4ZQR A;  3JR2 A;  3MC5 A;  9XIM A;  1KBI A;  4PUU A;  4N6F A;  3UPW A;  1FKB A;  2GSJ A;  1RAK A;  3D3F A;  4WJX A;  2WMG A;  3VCC A;  5A3H A;  2AQW A;  2VOT A;  3MSR A;  4AHO A;  2W9M A;  1KT1 A;  3TCE A;  1U79 A;  3LI1 A;  2ZWZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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