4P8UA

The crystal structures of ykl-39 in the absence of chitooligosaccharides was solved to resolutions of 2.4 angstrom
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
total genus 129
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8uA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8uA01
4BQ5A 5E09A 3E1F1 3BSGA 1QI0A 1U33A 1L8NA 3AIVA 2VR4A 4J3WA 1HJVA 3CHDA 5KEZA 3QHNA 1MXDA 3TONA 2C7FA 1JD9A 2DIEA 2ZUUA 3WF1A 1M53A 1QI3A 3L4UA 2ZXAA 2XM1A 3SCUA 3WDHA 2BY3A 2A3HA 4PMDA 2VX4A 3W0KA 1VAHA 3TOPA 2E9MA 3EMZA 2WKGA 4TVUA 4W86A 1QI5A 1H0IA 2BS9A 3PTKA 4RL3A 1ZBWA 4Z2IA 1KGWA 3PZTA 4U2YA 4UFLA 2VCCA 2EPMX 3FN9A 5M17A 2W91A 3PZGA 4PRWA 3TTSA 1QI4A 2CXGA 3BCDA 3WNPA 3WH9A 4J28A 3WNMA 1G1YA 1M01A 4QP0A 2J62A 4UNIA 4XZWA 2E8ZA 4P7LA 3KEHA 1J0JA 3MU7A 2DSVA 3VX1A 1TVNA 1V0KA 4KRTA 4DUXA 4W7UA 1H4PA 1P6WA 3NSMA 3SURA 3CUHA 2VT0A 5AC4A 3VPLA 2V3EA 3WD2A 3WNNA 4UQEA 1MXGA 2XVLA 2JEQA 4W7VA 3WL1A 3T09A 2D3LA 1J0KA 3AYRA 2CKRA 4WIWA 1XSJA 1PZ3A 1H0GA 5A8MA 3AROA 3VUPA 2YIHA 4W84A 3WIJA 1E55A 1EGZA 3DYOA 1E40A 2G8ZA 1XSKA 3CO4A 4P8XA 3U7BA 1NWRA 3W38A 3BMVA 3VMPA 2XFYA 1EQCA 5ABHA 1X6NA 2CITA 3NDYA 5IFPA 3K8MA 4YN5A 1QNSA 5A6SA 2W5FA 5GQBA 2DT2A 4U2ZA 3UERA 2VUYA 5CJ5A 3M7SA 4Z2LA 4GZEA 1I75A 3WBEA 1CIUA 3CZKA 3II1A 2XFRA 2Q8XA 1W1VA 3SCQA 3WKZA 4TXEA 4CU8A 1NWTA 3UR8A 3VGHA 2E3ZA 2BVDA 1TVPA 3RJXA 4JFSA 2ZE0A 1H09A 1JYXA 4AEEA 2YOCA 2DSUA 4BQ4A 1GZJA 3CHCA 3NJ3A 1BHGA 5I23A 2D0HA 9CGTA 2ZUWA 3ZT7A 2BVYA 3CPUA 1SFSA 3IJ7A 1JYNA 2J4GA 3O6AA 4JZ5A 3S6TA 2ZWZA 3WNLA 1FH7A 2FGZA 1J01A 1B9ZA 2XSAA 4AZGA 1CECA 2PWGA 4E8DA 1B0IA 4PMXA 4B3KA 3MUY1 3N11A 1KBKA 4M82A 2E40A 2WC3A 1RH9A 1TA3B 4P7RA 1WDSA 3T08A 2YL6A 2FH6A 4OIFA 2EEXA 1BG4A 4F9JA 3W81A 1CTNA 3A3HA 2E0PA 5AY7A 2JE8A 3KL5A 1BFNA 3WN6A 2GK1B 3POCA 2WM0A 3A6OA 4RE2A 1HJUA 2ZUSA 1OBAA 1PAMA 3ARUA 1NP0A 3WD3A 3TTQA 2EXOA 2UWFA 4PTWA 1DWFM 1XH2A 1HXJA 5AYBA 1ZL1A 4NRRA 3MSGA 3QGVA 5DFAA 2PC8A 2VVSA 3TTYA 3W4RA 1WAWA 1FHLA 2WCGA 4D6GA 1DWAM 4P7OA 2VURA 1C8YA 2X0HA 3EDDA 2BHYA 4H41A 4AIEA 4CN1A 4YPJA 2GDVA 4CVUA 1KQYA 5CLWA 5BRPA 2WB5A 1GUVA 3KE0A 3PTMA 1MFUA 2JF6A 1GCYA 4GZJA 4H8HA 4ZEPA 4WKAA 1Y7VA 1C90A 4W5UA 4NF7A 4ACZA 4FLQA 4UQDA 3PZIA 5LA2A 1HL9A 5ABFB 3BAJA 3BSHA 1RPKA 2JIEA 2J7BA 2YDRA 4N42A 1JNDA 1ITXA 2XIIA 4GKLA 4JHOA 1KWGA 4KMQA 1LL6A 2BFGA 2GJPA 4AZCB 4WSJA 5EBAA 3ARXA 2DEPA 3GM8A 4P7QA 3OGSA 3SCVA 1EIBA 4GPNA 2C0HA 1V02A 1E43A 2IXVA 1HVQA 5I79A 1FP9A 2JALA 3WF0A 1OIFA 3IJ9A 3EMCA 2PI6A 2BNJA 4F66A 3CIVA 4AWEA 3WH8A 4TVCA 8A3HA 1WDRA 2BHUA 2ZX5A 3WDRA 2A3BA 4BCEA 3RDKA 4J3XA 3SEPA 4ZENA 3BGAA 1X6LA 3AQUA 1UWUA 1V3MA 1KFWA 2G3NA 1J18A 1UR2A 3GH5A 5IHSA 1O7AA 3SCOA 1ZBVA 4X9YA 3ZO9A 1B3ZA 3LPFA 5GNZA 3ARQA 2CCRA 1QHOA 2CHOA 3AXIA 5CSYA 2VQTA 2WZHA 1GHRA 2WVSA 4PTXA 1UWTA 1VRXA 1J10A 4PUDA 1W3LA 1ISYA 3AXHA 4FLOA 1G94A 5DT5A 2VZUA 2WVVA 1LJYA 4W8BA 3AIEA 2J47A 1KXTA 2ESCA 3ARVA 3G6LA 1FH8A 3VGEA 3N1AA 3AIBA 1A47A 1GJWA 2J7FA 4KGJA 4UZSA 3BMWA 1V3IA 1B3WA 2UY4A 4NSBA 3UETA 2CETA 1JZ2A 1G9HA 1W1YA 3WQ8A 1UR1A 2DSKA 2YA0A 5D8WA 1W9PA 5D8ZA 3GXIA 2XM2A 3QHMA 1JNEA 2ZOXA 1PIGA 3MUAA 1GPFA 1GVYA 4QAWA 2YBUA 4MAZA 1XD0A 2D23A 5E70A 1KQZA 4NI3A 1WPCA 4NZCA 4AIUA 1UWIA 4V28A 2CERA 3M07A 2D22A 4HU0A 3SCNA 3GNOA 1OWQA 1UKPA 1MW0A 1E6PA 1TR1A 2ZIDA 3UEQA 3BC9A 1OT1A 1DTUA 5D9NA 2ZXDA 1UKSA 3CUIA 1BSIA 3ZR6A 1HKIA 1PIFA 1XCXA 3AJ7A 2RGLA 3WNKA 2CESA 4MNLA 5EFDA 4AZBA 3VDHA 1XHGA 4W8LA 4Q7NA 5C70A 4QDMA 2UY2A 1V6YA 2VZOA 3BAKA 1UHVA 2TAAA 1XH0A 1Q6DA 3KL0A 3MUZ1 1E0VA 1OSEA 3WNOA 1ZJAA 4GZIA 1I1XA 4GI9A 1UYQA 1XGZA 3WBAA 2HISA 4AEFA 4AD2A 1WCGA 3PBGA 1KXHA 3FAXA 2DQXA 1EQPA 4C7GA 4MADA 5BXPA 4PSPA 3VGDA 2ZICA 4LYPA 4NRSA 2VZSA 2DH3A 1XYFA 3PZQA 1BAGA 1H3GA 3N04A 6A3HA 2ZXQA 1E6NA 1Q6FA 5AYIA 4CD7A 2BY0A 2XWDA 1OM0A 1E6XM 1C7TA 5CPSA 2WMJA 2DT0A 1IV8A 4K68A 1CXEA 2WC4A 2WAGA 2VQUA 3IAPA 2VO5A 3N15A 4BQ3A 1BYDA 4W93A 1JXJA 2WK2A 5A6JA 1RD6A 1BQCA 2VRKA 5BCAA 1FOBA 1JZ4A 2AOSA 3UR7A 4UFIA 4GI6A 4LPCA 1MYRA 4HOXA 5CGMA 3WMBA 1PX8A 2BY1A 2Y8KA 4JKLA 1GNXA 1KB3A 1E56A 4F79A 3RJYA 3K1DA 4XV0A 4CN4A 4IUGA 3W6MA 1NOWA 5C71A 2WMHA 3WDJA 3K46A 4HZ8A 1ISZA 4AD0A 4PTVA 1CLVA 2DDXA 3HMCA 3CTTA 1AQ0A 3I3BA 1QBAA 1EA9C 4H8UA 2GDUA 1RP9A 1UQYA 3GNRA 2XVGA 4F9DA 3A4WA 3OGRA 2ZUMA 1A3HA 2OWCA 3RMEA 4HTYA 4LXFA 5DO8A 1GHSA 2J7DA 1MFVA 1ECEA 2G41A 2XUCA 1E5JA 1KGXA 1E3ZA 4JL1A 1OGGA 4GQRA 2WSKA 1DWJM 2W4XA 3LPGA 1EOKA 1E0XA 1R86A 4W88A 1VBUA 5EB8A 3VNZA 2XHYA 2V3DA 4MJ4A 3WENA 4A3HA 1CGYA 4CCEA 3F5JA 3WDQA 1NP2A 4JL2A 1K6AA 1UA7A 4ZXLA 1WNOA 2ZX7A 3AS2A 4D72A 4PMRA 4GIAA 4ZFMA 3W6LA 2A3CA 5I24A 3K8KA 1WZKA 4AY1A 2QPUA 1J9YA 4AMCA 3AIWA 1HP5A 4HPGA 2EPKX 1HKKA 4R5EA 3U5UA 4QLLA 2ZWYA 2BVTA 1UWQA 1FP8A 2YL9A 3ZQ9A 2VL4A 2GSJA 2EBNA 5E6YA 3U57A 4AZCA 2J75A 1H49A 3L4ZA 3SUWA 2WBGA 2IUZA 1W1PA 1UH3A 1EO5A 1QVBA 5A69A 4P8VA 3AYSA 5HOSA 2BHZA 3BAIA 2W67A 2PBGA 3W26A 3FY1A 1QW8A 2VR5A 1LG2A 4AD3A 1B31A 4DWSC 4WKFA 4MTVA 3GH4A 4UCFA 5GNXA 2CHNA 1C91A 3VD3A 3OBAA 3W53A 3CUJA 4CD6A 3EDEA 1R7AA 1WZLA 1V6UA 4UQAA 4OOZA 4JCLA 3NIYA 5CPQA 1OD0A 6CGTA 2CBJA 2WYSA 1JXKA 1UUQA 5BYWA 3ARTA 1UKQA 2XVNA 3QHOA 5A6KA 1KCLA 5IDIA 1UD4A 4FF5A 4RE3A 3OZPA 1GQJA 4M80A 1ODZA 1E4IA 1QHPA 1KCKA 2E9LA 1SR0A 4C7FA 4AD1A 4BS0A 1V3JA 3EDJA 3GNPA 4ZE5A 1WZMA 1UKOA 1QOXA 3VO0A 2X09A 4MDPA 2JIWA 2O9PA 3VIOA 1C92A 3BLKA 3CZGA 1WZAA 5FCZA 3WD1A 3VM5A 3VIFA 4CUCA 1B30A 5JBDA 2BXZA 1L0PA 2OSYA 1D7FA 2BXYA 3L4XA 1CDGA 1B3XA 3L2MA 3GBDA 2F2HA 2XTKA 3WQ6A 3VIMA 2DH2A 1QNRA 1LG1A 2Y4SA 3SCSA 5ABGA 1GQKA 2J8GA 5KZ6A 2OYMA 3AHYA 4XZBA 3VD7A 2OWWA 4TVDA 3RM9A 1CWYA 1UWSA 3B9DA 1CXLA 1B90A 3ZJ6A 3ARRA 2GJXB 5A1AA 8CGTA 1BPLB 3NCOA 4DWSA 3A47A 4D1IA 2FGLA 2VZTA 5I0DA 1W9XA 3BAWA 2G3JA 3GH7A 4OOUA 3WMCA 4Z2GA 3ZM8A 2WMKA 3VIHA 3UESA 4D6HA 1GOQA 2PF0A 3PZMA 3VM7A 1CEOA 4DUWA 4MB5A 1UR8A 2VX7A 3VDCA 2HVMA 3AMDA 2D20A 2XGIA 3ARZA 5HDRA 1EDQA 1CZ1A 4PCSA 4DM2A 3PN8A 3CZ8A 4D1JA 3SUSA 3MMUA 2J7EA 4HA3A 3L4TA 3AMLA 1UH4A 3N17A 4V2XA 4IISA 5C8BB 3SCTA 1OCQA 3TP4A 1V6WA 4TTUA 3O9NA 3PZOA 5BXRA 2F8QA 3WELA 5HXMA 3PTQA 4IPNB 4D6CA 1G0CA 3FHAA 1VB9A 1CYGA 1M04A 1WDPA 6TAAA 3T0DA 4CU6A 1UQZA 2E8YA 4CKQA 4L4PA 3WF3A 3L4VA 2CPUA 2WBKA 3AZRA 1MQRA 5BXSA 3PZUA 4M1RA 1TG7A 3W25A 1Q6GA 3ZSTA 3F5KA 3OG2A 2YBTA 3T2QA 1BVZA 4B16A 3A4AA 2VX5A 1JZ5A 4LYQA 3ZMRA 4YHGA 1BYBA 5DT7A 4MB1A 4W7WA 4AZHA 1NWSA 5LYRA 2W61A 3OLDA 1UR9A 2OLHA 2F61A 3WUEA 3MANA 1K9TA 1OGBA 1MW2A 2WXDM 5D9OA 2WKLA 3VGBA 1EHNA 4UFJA 3VIGA 4HA1A 4WKHA 1E6ZA 2B31A 1LWJA 3WD4A 5AC5A 3A4XA 5M03A 3FXYA 4BA0A 2W92A 2WNWA 1HJQA 4H8VA 3I3DA 3DHUA 1CXHA 5FIPA 3BH4A 4BQ2A 1H5VA 3CLWA 3WQ4A 2J25A 1UD2A 3AS3A 2ZX6A 3VGGA 3GDBA 1TFVA 2EO7A 1R85A 1JYVA 4TTGA 1B2YA 1FHDA 2YA1A 2EPNA 5BXTA 3UG3A 3FHQA 2DT3A 3AMGA 1VEMA 1LLOA 2EQDA 4XX6A 2VTFA 4MNJA 2XVKA 2CBUA 4BZYA 1OIMA 2WHKA 4PN2A 4W8AA 1OINA 4OKDA 1JFHA 1JG9A 1VFFA 5CLTA 4CVWA 4IPLA 4PMZA 4AD4A 5E0CA 2YDQA 1MWOA 2ZUTA 3GXFA 3AXXA 1V6XA 3ZT6A 3O2LA 4MNMA 3L2LA 1MW3A 1MQQA 2ZX9A 2VCBA 4U33A 4E4PA 2VNCA 3WD0A 2QHAA 2AMGA 1H11A 3UCQA 2VVNA 3RCNA 3ARYA 4PTMA 1OD8A 1V03A 3CMGA 5HBFA 1W3JA 2V5CA 3WEMA 4J3UA 1CLXA 3RIKA 4A3YA 4GO8A 3D5HA 4OZOA 4P8UA 1XYZA 5JH8A 4U31A 5BWFA 4EK7A 4WJXA 4WSKA 4S3JA 1LL7A 3FNDA 4RE4A 3WUGA 5LA0A 2DPEA 2YA2A 3AMCA 3AHXA 1JI1A 4UOJA 2FHBA 1E3XA 3TA9A 1LQ0A 1V0LA 1EXPA 1VFMA 1W91A 4DUVA 4HMDA 3OIHA 1QNOA 2WHJA 1PJ9A 5A6MA 4HZ7A 2WHMA 2CBIA 1OB0A 5CZKA 4AISA 1E72M 1EOMA 3W24A 1GORA 2V3FA 1JDDA 3ZR5A 1BGAA 1JL8A 4PUEA 2QMJA 2Y24A 1KR0A 3MKKA 3THDA 7CGTA 1ISVA 3AI0A 1UR4A 1GOMA 5GPRA 1JZ7A 7TAAA 5A8NA 3CHEA 1SMDA 1Q4NX 2OSWA 4WF7A 1X1NA 1ZB5A 1DWIM 3ZOAA 1E6SM 5JBEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QGA C;  5MHB A;  4TW8 A;  1HL2 A;  3RN6 A;  1E55 A;  4GQG A;  2G8Z A;  5LIK X;  3CO4 A;  1D8W A;  3HA1 A;  4GGH A;  3BMV A;  3B03 A;  3KLK A;  5CCZ A;  4DI9 A;  4XO7 A;  2HK1 A;  1OF6 A;  4YN5 A;  2XZ7 A;  4QEH A;  4Y90 A;  3QXB A;  5A6S A;  4U2Z A;  5CJ5 A;  2VUY A;  3GZ3 A;  1XIN A;  4Z2L A;  4GZE A;  4JN7 A;  1JNS A;  1X6U A;  1IIG A;  3UZJ A;  1CIU A;  3CZK A;  5FJP A;  4A3R A;  2OR2 A;  4TXE A;  2EAW A;  2XIO A;  1DOR A;  4Q8T A;  2BVD A;  4FOJ A;  1XLI A;  1H09 A;  3H4X A;  5K9D A;  1GZJ A;  2W3Z A;  1IEW A;  3CHC A;  4ZS6 A;  3P6L A;  2D0H A;  3LHU A;  3DFY A;  2ZUW A;  3ZT7 A;  2BVY A;  4B2D D;  2J4G A;  3F2C A;  1M41 A;  1VBH A;  2FGZ A;  4L6D A;  1R2R A;  4DO7 A;  2PWG A;  3NZP A;  1B0I A;  4AX7 A;  4O15 A;  3U8G A;  4B3K A;  3N11 A;  4EF8 A;  4M82 A;  1QZ2 A;  3FDK A;  3WQE A;  3ITC A;  3BJS A;  1K4H A;  3T08 A;  5DN1 A;  2R91 A;  2ZBT A;  2FH6 A;  5HR7 A;  4N9E A;  4OIF A;  4DQW A;  3W81 A;  3NTY A;  5C9U A;  2E0P A;  4B92 A;  2J9X A;  3I6T A;  4LBS A;  4GNV A;  1A7X A;  3POC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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