4P8VA

The crystal structures of ykl-39 in the presence of chitooligosaccharides (glcnac2) were solved to resolutions of 1.5 angstrom
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
total genus 134
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8vA01
1V6XA 2J77A 2WCSA 3W6MA 1HVXA 3WNPA 4WF7A 2VQTA 3AQUA 3WUFA 4Q7NA 2PWHA 3AS2A 1J0JA 3T0BA 3WUEA 1ECEA 1LWJA 1MXGA 1VBUA 3WBEA 2EPNA 3GBEA 1KR1A 1MXDA 3VILA 4IPLA 3PTQA 3WEZA 2VX6A 1W9DM 2J8GA 2WPGA 1UH3A 1A47A 4EK7A 5LA0A 1KGXA 5I77A 3W82A 3SCRA 3AHVA 2YOCA 3POHA 4JKLA 2QF8A 3VD9A 1BVNP 3OLGA 5DT7A 4UOQA 3ZR5A 3VDCA 3ECQA 5JBDA 2ZUMA 2GJXB 2E9BA 4ACZA 1B3XA 3OG2A 1V3IA 3RILA 2J62A 3NCOA 4S3JA 3QOMA 1AVAA 4N42A 5CZKA 5KZ6A 4HOXA 2CETA 3QHMA 3ZM8A 1TA3A 2WSKA 1E1FA 4XX6A 3IJ9A 1P6WA 2FGLA 3VTRA 3VMNA 1B9ZA 4D6EA 5D9OA 3DC0A 3PZMA 2ZOXA 3CUIA 4TTGA 5TD4A 3VIFA 4ZXOA 5A6JA 1HKKA 1FH9A 4MNLA 4AZCB 3WD4A 2VT0A 1J01A 2WBGA 4HMCA 1NOUA 2A3CA 1JYWA 3N17A 3W37A 1EQPA 2V3EA 3RM8A 2UY4A 2WLZA 3AZSA 1MVYA 1BLIA 2VZSA 4JFWA 3FW6A 3WQ4A 2DGAA 5AYBA 1JZ6A 2CITA 5GNZA 1HT6A 3AZRA 1E3XA 1JGIA 2JEQA 1QNSA 2VI0A 3K8MA 4ACYA 1OIFA 2DIEA 4H2CA 4AIEA 3TOPA 2WMKA 5HXMA 3SCOA 1W9BM 3RCNA 2CHNA 5A6LA 4OOUA 4RE2A 3VM5A 3WNLA 1E6RA 2IXUA 1B2YA 1V02E 4GO9A 1TR1A 2XGIA 4WLCA 1JZ5A 1E15A 1NQ6A 4MB1A 1CZ1A 1RD6A 4W89A 3HU7A 3AIEA 3MMWA 4IISA 1V0KA 3WMCA 2DH3A 4W84A 3SUSA 4QDMA 1HJQA 1JZ4A 3VIIA 3WQ5A 1LQ0A 3WDJA 1BTCA 3GXMA 4J3VA 1F4HA 3WNNA 2Y8VA 2CBUA 2DT3A 2VRJA 1MQQA 1XYFA 1ISZA 5ABGA 1NOFA 2XVLA 2OWWA 3U5UA 1TFVA 3BSHA 1V3JA 5DMYA 1WNOA 1TMQA 1QI3A 2WHMA 1BF2A 4P8XA 1ZS2A 3WIJA 1CGUA 4M8UA 1PX4A 1VEPA 4U3AA 4A3YA 1E71M 1SYTA 5A6BD 2ZX7A 4XZBA 2E4TA 4LPCA 2BFGA 3CZKA 4UZUA 3NSXA 1CWYA 1VFFA 4PYSA 3PN8A 2EPMX 4QCFA 1V3KA 3CH9A 3RIKA 4BQ3A 1VRXA 2VR5A 3L4YA 2EQDA 4EKJA 3W25A 5AY7A 3BCDA 1WE5A 4WKHA 5M03A 1R8LA 6TAAA 1H4PA 5CPQA 2O9RA 4DWSC 1H5VA 3WF2A 1E4LA 2JF6A 3GNPA 4TVDA 1DWHM 4RE4A 2ZUSA 5BXRA 3N15A 3RDKA 4U2YA 2VRQA 1EDQA 4P8VA 2UY5A 2F8QA 4J3WA 5A2BA 4IM4A 4YHGA 2ZXDA 2GK1A 4Z2GA 3PTKA 3W0KA 4QAWA 2EXOA 4PTMA 1HKJA 1UR1A 2CESA 3SUUA 1E6QM 1HP4A 3MUAA 3AIQA 1TUXA 2OWCA 4DM1A 4EAMA 4N0RA 2VO5A 1E43A 1QNRA 1GW1A 4F9JA 1EHAA 3IJ7A 4ZE4A 4PRWA 3AICA 1GCYA 1H1NA 4CCEA 2GFTA 1HJUA 4J7RA 1V6WA 4HPGA 2E8YA 1E4NA 1JF6A 1FOBA 3UR7A 5GNXA 5FL0A 3SUTA 3LMYA 1CYGA 1ZU8A 4PMXA 2UWFA 1JNDA 3QR3A 3BMVA 1QHZA 5A8OA 4UFMA 4JAWA 3ARRA 3ZSSA 1QBBA 3II1A 2DPEA 3OGVA 4UQAA 3QHNA 4GKLA 1HXJA 3PZOA 1W9XA 2ZUTA 1HJXA 3TA9A 2VZVA 1FHDA 4DWSA 3ZOAA 1J0YA 3ARUA 2WC7A 5F7UA 2WHJA 3EDKA 4CCDA 4AEEA 1CXKA 4D6DA 2WLYA 3EMCA 2J7CA 1GOIA 1TVPA 2DT2A 1XV8A 2PWGA 3VDHA 4C7FA 2GJPA 1S46A 3DHPA 4D6FA 1FP8A 1K9FA 1CLXA 2Y2WA 2RGLA 1JL8A 2XSBA 5LYRA 3SUVA 2CERA 5M17A 1K9DA 4PBGA 1WB0A 1B0IA 4GINA 3WKZA 4JFUA 1XYZA 2J25A 4PUDA 4QLLA 4WKFA 1QPKA 3GYCA 4WSJA 1NWRA 5A6KA 4WK9A 2BY0A 3BLPX 3AIRA 2QMKA 2CEQA 1LL6A 2CBVA 4PMUA 1JZ7A 2FGZA 3F5LA 3AS1A 2XFYA 4JKMA 1HP5A 4FLQA 3T08A 1M7XA 4P7NA 2WM0A 4W8BA 5D8WA 1H11A 1G5AA 2D24A 1WP6A 1JZ8A 2DEPA 2WC3A 4JIEA 1HIZA 1CXHA 4V2XA 3IAQA 1H3GA 2YKKA 3EBVA 2CBJA 3CZEA 3KE0A 1TCMA 4X0NA 2XGBA 2G8ZA 3VD5A 2GUYA 1Q6GA 2VCCA 3N1AA 1V3LA 1QHPA 3WMSA 3WQ8A 4AIUA 4D6HA 1MW3A 4D1IA 3K46A 5EFFA 1R85A 1AQ0A 1ISXA 2OSWA 4KH2A 1H2JA 3OLDA 3CUJA 1U33A 4AISA 1GOQA 1V6UA 3VKKA 1VB9A 1FFQA 2XM1A 2VUYA 3AOFA 1EXPA 1B3ZA 5A8QA 3WH7A 3CTTA 1EQCA 1O6IA 3K8KA 4M1RA 2EPKX 4CU8A 1DTUA 4TVUA 4D72A 1H49A 3I3BA 2E3ZA 1UA7A 5M3WA 3PZGA 3IK2A 2XIIA 2J74A 4B3KA 3CIVA 2F2HA 4CN4A 2WNWA 4CD7A 5CSYA 3K4DA 4KRTA 2JEPA 3AMGA 1GHSA 3B8SA 3RM9A 3UEQA 1CENA 1GORA 3B9AA 2W66A 4GXPA 1CIUA 4W7UA 3GZAA 2J4GA 1BYCA 4WIWA 1B90A 4M29A 1HKIA 2BY3A 1BYDA 2ZWZA 3O6AA 1X6NA 4AZHA 1VFOA 1ITXA 1UQZA 4TTUA 2XVKA 4E2OA 3WF4A 1J9YA 2C0HA 1VF8A 1DP0A 3T0AA 2EJ1A 4M56A 2V5DA 3UG4A 1EA9C 2XFFA 4AY1A 2WHLA 3VGEA 1J0ZA 1C92A 4GZJA 2CKSA 6CGTA 3NSMA 2WCGA 4CKQA 2PBOA 1LL4A 3WQWA 3CUGA 1CGVA 3FNDA 5DFAA 1JDDA 2YIHA 2PF0A 3SCVA 3ARSA 1XH2A 3O9NA 1HN1A 1UWRA 3UESA 3VD4A 2WZEA 3SCPA 1N82A 4AZ6A 2J8FA 1WCGA 2E40A 1C3FA 2VTFA 3SCSA 4J3XA 4PMYA 2A3BA 1MW2A 4PMNA 1ISWA 3DECA 1NWUA 1GJWA 3CUHA 3WF3A 1GQJA 1J11A 3U57A 2OSXA 5JBFA 2J78A 3VINA 1V6VA 4HP5A 2X05A 1GQKA 1VFMA 4F9DA 1UZ1A 3MANA 2PWFA 4J28A 5C71A 3RM4A 3HJEA 1W2PA 3WD0A 1WDPA 3RPMA 5E9AA 1OM0A 1LLOA 3WFLA 5M5DA 4QCEA 1EIBA 4AD5A 4GQRA 3AIBA 5A2AA 1KB3A 1UR0A 1UR8A 1OT2A 2W91A 1UD6A 3L4UA 4P7QA 3KEHA 3VNZA 1BQCA 1KXQA 4DM2A 3A4XA 4ML4A 2W67A 3W28A 4ACZB 3M46A 3CHEA 4PN2A 1W32A 4PCSA 4HU8A 1TVNA 4B9ZA 1QI0A 1M01A 2VVSA 3WUGA 2XVGA 3GNRA 3GNOA 2BV9A 4W5ZA 3N18A 3OZOA 2JALA 3RMEA 1UD5A 2EEXA 3ZSTA 1XGZA 1OCQA 5A1AA 1JAEA 1WZKA 4QFUA 3CHDA 4IPNB 1J18A 2HISA 3VGHA 5CLWA 3W29A 2VJXA 4S3KA 2YLAA 1PX3A 4V28A 5E6ZA 2ZX6A 1NOWA 3EDJA 3KZSA 1SR0A 4AEFA 3W38A 1W3HA 5IXEA 4C7GA 4BQ5A 5I5RA 3LPGA 3BCFA 4UFIA 4CUCA 5BXPA 5I24A 3PZQA 2WMHA 4LQ1A 4WSKA 1ODZA 4LGXA 3I3EA 1OINA 1UZ4A 2WHKA 4DUVA 4AWEA 1M53A 1LG1A 3A47A 2V38A 2RGMA 4TVCA 3WL0A 2XIBA 1EGZA 1WO2A 2X0YA 2D3NA 1KXTA 1CEOA 8CGTA 3CGTA 3CZGA 1QW8A 4GI9A 4B3LA 2PC8A 4UFKA 4H8VA 1YHTA 1V0NA 1E6SM 1E4MM 4QLJA 2YL6A 4TOQA 2XG9A 3UG3A 5ABFA 3IAPA 2OWXA 4UQCA 4UFHA 3FN9A 5D8ZA 3UCQA 3VO0A 1LL7A 1V08A 3RJXA 3VGFA 5BCAA 3W4RA 1Q6FA 5A3HA 3S2CA 4TXEA 5AYIA 3WDIA 2A3AA 3WQVA 2F61A 5E6YA 3WNKA 2IXVA 2WANA 2G3JA 4PSPA 5ECUA 4PTWA 3VD3A 2G3IA 1NH6A 1J10A 3GXDA 3VDBA 2AMGA 3A3HA 1G01A 2Q8XA 3ARTA 4W93A 3APGA 1JXJA 3MV11 4GO8A 5JH8A 1FH8A 3L4VA 3WH9A 5I79A 2O9PA 4JKKA 3G6LA 1OD0A 2HVMA 3CO4A 1BPLB 3E1F1 3W27A 3KL3A 1FA2A 3PZ9A 3A6OA 1B30A 2E8ZA 3KWXA 2JF7A 2GSJA 3TTOA 1EO5A 1UKTA 2DIJA 3VIJA 5I2UA 3VNYA 4MNKA 1AMYA 1DHKA 3ZJ6A 5A6SA 4CCCA 1GZJA 4M81A 3QGVA 5FL1A 3K4AA 1AQMA 2CHOA 3QOKA 1NARA 1QNPA 3L4XA 4H8HA 3K1DA 2WMFA 5GNYA 2D0FA 1TE1A 4FLSA 3ZQ9A 4D1JA 2J7BA 4MTVA 4W8AA 3VGBA 4CD6A 2WVTA 3ARYA 5D9PA 3ZT6A 1NWTA 4PMDA 1X6LA 3AFBA 1C93A 4HA4A 1HJWA 2WMJA 4P7LA 1V6YA 5ABHA 4TX8A 4BQ4A 3ARZA 1GQLA 5HDRA 1PIGA 1MQPA 1MWOA 2TAAA 1JDAA 4D6IA 2D20A 2W63A 1HKMA 3MUZ1 3WF0A 2XWDA 1E6XM 1C8YA 1B3VA 1GPFA 1OGBA 4FF5A 1H0GA 1E72M 1K6AA 4JFVA 4JL1A 1KWKA 3NSNA 2XWEA 3GH5A 4OZOA 1GVIA 5C8BB 3OGSA 2G41A 1UD2A 1ESWA 1CXFA 4DWSB 9CGTA 4JFSA 3G6MA 3MMUA 1W9PA 1DWFM 4U33A 4M80A 4GI8A 1V02A 1WAWA 4HTYA 1KQYA 4NI3A 1UR9A 2VMFA 1BFNA 1NWSA 4OIFA 1UR4A 2VC9A 2A3HA 4J27A 3QHOA 4U2ZA 1EOMA 1G1YA 2O9TA 3CZ8A 3T2OA 1DWGM 4W7VA 2BVTA 5A69A 4MB4A 3TONA 3BC9A 1SFSA 3AYRA 3M6DA 2NSXA 3WSUA 2ZIDA 1W3JA 2V3GA 3A4WA 2AOSA 1WZMA 3CMJA 2FH8A 4J3TA 5EBAA 5IFTA 3BAYA 5HPCA 3AJ7A 3U7BA 4MJ4A 3IANA 4PSRA 3CHCA 4LYPA 1OD8A 4A4AA 2V3DA 1ODUA 1KBBA 4ATDA 1K9EA 4U5KA 5KEZA 2D23A 3AZTA 1CLVA 5BYWA 4UFJA 2OSYA 2FHFA 4H04A 1QOXA 4MDOA 1ZL1A 2ZX8A 3ALFA 1GOWA 1UWIA 4HZ8A 2BVYA 4JFTA 1JYXA 2GJRA 2VQUA 3WQ6A 1W1VA 2WVVB 4CVUA 1JDCA 3BAKA 1UA3A 1IZKA 1DWJM 3ALGA 5BWFA 3J7HA 5DEZA 1W1TA 1ZB5A 1E6PA 1UYQA 4W86A 4AD1A 2EPOA 1R7OA 2D0GA 3BSGA 2VRKA 1UH2A 2VNCA 3PZVA 3VVGA 1C7TA 5A95A 1Y7VA 4Z2IA 4PMVA 1HL9A 3GDBA 2YL5A 5BRPA 1E6ZA 2FDMA 5D9NA 3W24A 2WYSA 2PWDA 4P8WA 4UOZA 2ZUWA 3MUIA 2WMIA 1IT0A 4ZXLA 3VX1A 3SCQA 3SUWA 3MKKA 1CGTA 1W1PA 3FY1A 2J7EA 3UR8A 1OSEA 3WD3A 4AW7A 5IFPA 3MMDA 4JCLA 1GONA 1UKPA 4UQEA 1CXEA 5AC5A 1V0MA 1WZLA 2YLLA 1E4IA 2VURA 4GZIA 4TUFA 4Z2KA 3AIUA 4CU6A 4AD3A 3RO8A 1VIWA 5E09A 2OLHA 1R86A 1F4AA 1ISYA 1QI2A 3AHYA 2QPSA 1K9TA 1MFUA 4GIAA 4Y7EA 1PAMA 2FHBA 4NZCA 1UD4A 2ZICA 4HZ6A 3S6TA 2FHCA 1DWAM 3F5KA 2CBIA 4AC1X 3N9KA 1ISVA 4DWSD 2B31A 3MSGA 2E0PA 3LPOA 1EOKA 2QPUA 1QBAA 3UETA 3WH5A 3N04A 3ZT7A 3NJ3A 3POCA 2ZUVA 1MW0A 5JUVA 1ZJAA 3TTSA 4AD0A 1JNEA 2PI6A 2YL8A 1L0PA 4BA0A 4Z2HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HYR A;  4H7C A;  2WCS A;  1PIN A;  1HVX A;  4W4Q A;  1WYI A;  1ME8 A;  3DHF A;  2OTD A;  3DG3 A;  3WUF A;  3UZW A;  3G1A A;  4UTM A;  3R89 A;  4IIF A;  4US5 D;  1IT7 A;  1KR1 A;  3FFS A;  1OC6 A;  1MXD A;  3BGJ A;  3WEZ A;  2ZZ6 A;  4L1G A;  2ADA A;  2KZH A;  2J8G A;  4GVF A;  2YGY A;  4GD0 A;  4R9X A;  3F7J A;  2HXU A;  3BLF A;  2V63 A;  3W82 A;  3U48 A;  2C1H A;  3QPE A;  2BGQ A;  4H3D A;  5DT7 A;  3DES A;  1S2C A;  3IPW A;  4AMA A;  1EJS C;  1K8Y A;  3WJZ A;  2W79 A;  4IFK A;  1R3W A;  2V5L A;  1F6P A;  2VEI A;  2GJX B;  2YPI A;  3IUH A;  3NCO A;  3N29 A;  3GC4 A;  1AVA A;  4N42 A;  5CZK A;  4HOX A;  1FBA A;  3KHD A;  4JN7 A;  1S5T A;  3VI2 A;  3QHM A;  1ZAL A;  2E77 A;  3M43 A;  5G1T A;  3ZM8 A;  2WSK A;  1E1F A;  1TPU A;  1S2U A;  5FEZ A;  4D6E A;  3TC6 A;  2PDY A;  1FWR A;  3O05 A;  1FH9 A;  3TDF A;  2VT0 A;  1FCU A;  4DEL A;  1JYW A;  3RRX A;  1NDW A;  2QCM A;  3MWC A;  4AIB A;  1ZAH A;  2H3B A;  4UMA A;  4E2D A;  1XCF A;  4QG8 A;  2V9D A;  4ZO6 A;  2WSY A;  4JFW A;  2BOD X;  4KES A; 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 4DWS C;  1RJQ A;  5TQL A;  4ADS A;  1GJP A;  4AVN A;  5HUA A;  3PSW A;  4FEZ A;  4PUW A;  4WDW A;  1EYW A;  1O94 A;  2VGI A;  4IM4 A;  4YHG A;  4YCP A;  2ISW A;  3PTK A;  1A5O C;  2EXO A;  3MT1 A;  1UR1 A;  2FIQ A;  1HP4 A;  3GSM A;  4LAM A;  3AIQ A;  2YR1 A;  4NAF A;  1TUX A;  4N4Q A;  4LS0 A;  1R3R A;  2ZR6 A;  3IJ7 A;  4ZE4 A;  3LCF A;  3AIC A;  1VCF A;  2PTY A;  4JIQ A;  1GCY A;  2ZR4 A;  3MHG A;  2AKM A;  4J7R A;  4QIB A;  1HJU A;  4HPG A;  5BU6 A;  2E8Y A;  2HRW A;  4O0K A;  3DKL A;  2O4Q A;  1HO4 A;  1OZQ A;  1FOB A;  2PUR A;  5FL0 A;  2X40 A;  4QJ5 B;  1CYG A;  1ZU8 A;  2O0T A;  3CQ0 A;  3JVA A;  1JND A;  3MUX A;  3GHR A;  3ZSS A;  1QBB A;  2D9F A;  2DPE A;  4MZY A;  1KTC A;  3OGV A;  4UQA A;  1XLH A;  1HXJ A;  4MGV A;  1NIU A;  1AUS L;  4XAP A;  3TA9 A;  1HJX A;  4UTW C;  3PWA A;  3ZOA A;  4MWA D;  3S9I A;  1GVR A;  1UR3 M;  2WLY A;  3EMC A;  3AAL A;  3UZX A;  4XIA A;  5KMY A;  4HK7 A;  1GOI A;  3C2R A;  1XDJ A;  4C6F A;  2DT2 A;  2CLE A;  1VFT A;  4IG2 A;  3LY0 A;  1XBX A;  1K9F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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