4P8VA

The crystal structures of ykl-39 in the presence of chitooligosaccharides (glcnac2) were solved to resolutions of 1.5 angstrom
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 134
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8vA01
3SUVA 2OWCA 2WCAA 3QOKA 3AXXA 1WO2A 1U30A 2WMKA 1L0PA 3GZAA 3PZVA 3PZIA 1KCKA 2WMHA 1LF1A 1FHLA 2XG9A 3BAJA 2D3LA 3WF0A 1HJSA 3EMQA 3VIMA 1JZ7A 6CGTA 1KXQA 4TVCA 1WCGA 4BS0A 1B3ZA 2BFGA 3LMYA 1QNOA 4J27A 2ESCA 1E3ZA 4U5IA 1CTNA 2WC4A 1XV8A 4QLLA 3WQVA 1CECA 3T0DA 3FHAA 4ML4A 3ZJ7A 2VURA 3WD2A 3WMBA 1E6QM 3SUWA 1C3FA 1MFVA 2FHFA 3S6TA 3CZGA 3I3DA 4X0NA 1RPKA 2OYLA 1RP9A 1PAMA 3VIOA 3BLKA 3T2QA 3VD5A 4W84A 2RGLA 2G4FA 4IISA 1K9EA 1UWIA 4MB5A 1E6PA 4UNIA 4PMUA 3E1F1 3ARYA 5E9AA 3SIMA 3NCOA 4CN6A 1UWRA 3OB8A 3WNMA 1GOOA 3N9KA 4KGLA 1JZ2A 4JFUA 1OIFA 2OLHA 1NP0A 4LGXA 5I23A 3N04A 2B31A 2YL5A 4NF7A 2YA1A 3VDBA 3ARZA 1OGGA 3WQ6A 3GYCA 3DC0A 2G3MA 2CEQA 1FH8A 4HZ7A 1BYBA 4EKJA 3AIUA 4ACYA 2IUZA 1XH0A 1MXGA 4W8LA 2W67A 2VNCA 3ARUA 5EMYA 4CD5A 2XVLA 3WD3A 1JF6A 1E6XM 1C93A 5D8ZA 4AZ7A 2VJXA 3WELA 1V3LA 3MUIA 5IFTA 4KMQA 4MTVA 4UFJA 3VD9A 1V0NA 3L4ZA 2YL6A 2A3CA 2O92A 2DIEA 3GXDA 3VUPA 1GUVA 4GIAA 4L4PA 1ZU8A 1UUQA 5I0DA 1FFRA 3VGEA 2WWCA 1FH7A 2A3EA 1JI2A 5LA2A 3VDHA 4MAZA 1BYCA 1H0GA 4ATLA 2CCRA 1Q4NX 1JZ6A 4C7FA 3WFLA 2CETA 5A69A 1CGUA 3T09A 2DGAA 4U31A 4B3KA 4OIFA 4CD8A 1QI4A 4AD0A 1EQCA 2D0GA 4JKMA 1UG6A 3WD4A 1OSEA 3ZIZA 5A6JA 5HOSA 3TONA 2WMIB 3L4WA 3ECQA 5FIPA 2XHYA 3AZSA 3AS3A 2Y2WA 3ALFA 4V27A 3FAXA 1GOIA 3AJ7A 1V3IA 1HJQA 1CDGA 2EPLX 1QNQA 1VJZA 5BYWA 1H2JA 1GONA 3AYRA 5M5DA 1GNXA 4UOJA 2UY4A 4CD7A 5ABEA 1CGWA 3AI0A 5AYIA 2DIJA 1TZ7A 4OOUA 2DT0A 2VOTA 4UR9A 1MXDA 2QF8A 1HP4A 4AZHA 4AY1A 3GBEA 3RO8A 4TX6A 4H8VA 2X09A 2J7GA 2VZUA 1KGXA 5KEZA 1HKMA 4OJYA 4HMCA 1EQPA 2YA2A 3QOMA 3SCVA 1B9ZA 3QR3A 4E4PA 4J3WA 3WKZA 2D2OA 1DEDA 4Z2JA 4W8AA 5A6BD 4Z2IA 2DH3A 3AIRA 2FGZA 2WVTA 4U3CA 2DSVA 4AW7A 5A6LA 1QI5A 1WZKA 2XSBA 3T2PA 3KWXA 4MB3A 3FNDA 2VVNA 5JH8A 1W9XA 3VGDA 5I79A 1EHAA 3F5KA 4TUFA 4AD2A 2ZX5A 2DDXA 1PZ3A 4PMRA 3OA5A 4H8HA 1WP6A 1HL9A 1KBBA 5GPRA 4ZEPA 3HJEA 1HJWA 2VRJA 4BCEA 4UQBA 4NSBA 4W93A 1KR1A 2DT1A 3DYMA 3POHA 2ZXQA 4A3HA 3WF1A 4Z2GA 3ARWA 2QMKA 5CSYA 3MU7A 4XB3A 4FMVA 1NOWA 1JNEA 4GI8A 3VIPA 3QHOA 5CPQA 3WQ4A 2OWXA 3VIKA 1VFOA 3K46A 2BY0A 4HTYA 3N17A 1UH3A 4JZ5A 4DWSA 1W3HA 2BHYA 1MVYA 3L2MA 3AHVA 5IFPA 1B3XA 1UKSA 4M80A 4LYQA 5D9MA 3B9AA 1ISZA 4X0VA 3WDJA 4NZCA 1PPIA 2VQTA 3U7VA 1OCQA 9CGTA 5FKYA 4D72A 3VIHA 4UFKA 5D9NA 5JIWA 3B8SA 1UKQA 4J3SA 5D9OA 1VJSA 3K4DA 5HDRA 1FOBA 4PCTA 5FL1A 1GQKA 1QHOA 4M8UA 3CZLA 2XM1A 2WBGA 3VM5A 3N15A 2ZUVA 1ODZA 5A3HA 4UTFA 4YHEA 2ZUSA 2AOSA 4AZ5A 2CESA 4QCFA 3TTYA 1LG1A 4M24A 4BQ2A 2WMJA 1K9TA 3ZSTA 3FN9A 3M07A 4RE3A 4PEEA 3LPGA 2E3ZA 3VPLA 1FHDA 3BSGA 2CHNA 1JYXA 1PJ9A 3UR7A 2JALA 4DM2A 3N1AA 2UY3A 4TXEA 4FLOA 4JFVA 3WD0A 1E6RA 4GPNA 4AD3A 2VR5A 3KL3A 2YDQA 3EDKA 3KE0A 3HN3A 5FCZA 5A2AA 5CG0A 3FXYA 1C7SA 3NSMA 4AIEA 4D6GA 4EAMA 3PTMA 4U3AA 4P7RA 4IM4A 4KWUA 2VL4A 4N0RA 1QPKA 2VVSA 1W3KA 5A94A 3CHFA 3L4YA 1VB9A 1DWHM 1M53A 2O9TA 4D6HA 1BVZA 3VGFA 1D2KA 4DWSC 1F4HA 3AISA 1CZ1A 2VI0A 3VU2A 5FOOA 4JKKA 2WW5A 3MMUA 3AMGA 1BF2A 1I1XA 1JAEA 3CZEA 4CD4A 1UWUA 2V3FA 1H5VA 2V5CA 3MS8A 5A6KA 1BSIA 3VIGA 1CYGA 4PRWA 4OZOA 4AXNA 2EPOA 3SCQA 4DUXA 3FHQA 3W6LA 4KH2A 4JFWA 3MUY1 1KWGA 2V38A 4NRSA 1EDGA 4W89A 1HT6A 1W3JA 3AZRA 2CYGA 3BAKA 4A3YA 1JIBA 1NM9A 4PMNA 3WQ5A 1V0KA 4BQ4A 2EXOA 4A4AA 3TA9A 2VX6A 4MDOA 4E8DA 1JXKA 4AD4A 1C8XA 5HPCA 3RILA 1QI2A 3IK2A 3SURA 3KZSA 2RGMA 3M7SA 4HZ6A 2JEPA 2Q8XA 3WF4A 2D3NA 4JL2A 1CXKA 4Q22A 2YA0A 4EANA 3IANA 1JYNA 4PYSA 2ZX8A 1W32A 4UFLA 3N11A 5BXPA 2WC7A 4EK7A 3QHNA 2O9RA 5FL0A 4AWEA 2E4TA 3B9DA 2DQXA 4MADA 3OLGA 3WUEA 2VCBA 3KL0A 1WZLA 3G6LA 3WY1A 3RM8A 4HU0A 2DSUA 3SUTA 5CGMA 3EDEA 3THCA 3KL5A 4P7OA 5C71A 1Q6CA 1KQZA 2XFRA 2D22A 4CN4A 4QCEA 4NRRA 3AS2A 5EB8A 3UG4A 3B9EA 2YDRA 5IDIA 1ZS2A 3W24A 4JL1A 1ESWA 1E71M 1XYZA 2D1ZA 4XV0A 5TD4A 1UD5A 1WE5A 1UZ4A 2ZUTA 3PZOA 1EXPA 1FP9A 1A3HA 3WEMA 1MQRA 3EDFA 3WH8A 3AIVA 3VILA 4CCDA 4W7UA 1WAWA 3POCA 3W6MA 1UR8A 4R27A 1LG2A 1TMQA 3AHYA 3GXFA 1UOKA 3LPOA 2DH2A 2GJXA 3TTOA 5D9PA 4HMDA 3WL1A 3A3HA 4W87A 2D20A 4MPKA 1HNYA 4U33A 2WZEA 2C7FA 2BXZA 4JHZA 2YKKA 3BCDA 1SMAA 4J28A 4C7GA 4OUEA 5BRQA 3WNLA 1GVYA 1US3A 2ZUNA 4J7RA 3WDHA 3WD1A 4W86A 1TA3B 1R86A 4HPHA 3MV01 3HU7A 2XJ7A 1JDAA 2WHKA 5DT5A 1KXVA 3GH4A 2VRKA 1KBKA 5CPTA 1AQHA 5ABHA 1JYWA 4UQ9A 1XH1A 4AIUA 5JBFA 1V03A 3ZR5A 4Z2HA 3CUJA 4D1IA 2GDVA 1JFHA 5CQ1A 3TTSA 1M03A 4UQEA 3AMKA 5LYRA 1UR2A 3MMWA 3CUHA 4QP0A 5HPOA 4D1JA 1CGXA 1JZ3A 3VINA 3THDA 1ZB5A 5E0CA 1ISYA 1AQMA 3WF3A 4WKFA 1KR0A 4HA4A 5E6ZA 4AEFA 3DECA 5ABGA 4IPLA 3CZKA 3VIJA 2CPUA 1XD0A 1G1YA 2WZHA 4ACZA 1UKOA 3WDRA 2EEXA 4D6EA 1PEZA 1QI3A 1TFVA 3I3BA 5AC4A 1J11A 3WQ8A 4TOQA 2VT0A 3PZ9A 1KGWA 2J74A 3W81A 3PZUA 3U57A 4BQ5A 3F5LA 4MNLA 5A6BA 3ARRA 1VIWA 2JEQA 4AZ6A 3WNKA 2DT3A 1W1PA 4J3VA 4W88A 3VTRA 1C8YA 1GW1A 2VUYA 5E09A 4HMEA 4Z2KA 3VD7A 4GINA 1JD9A 1C8QA 5JBEA 5I78A 2BY3A 2XYLA 4MJ4A 3CZ8A 1CXIA 3PZGA 1DWGM 1JZ4A 4M56A 4W5UA 1ECEA 1MWOA 1WKYA 3N18A 4UQAA 4CVWA 3U5YA 2VX7A 5A2CA 2ZOXA 3A47A 2WCGA 1VAHA 2HVMA 4OBRA 1E1EA 3RM9A 3OIHA 5FD0A 2VC9A 2VRQA 3AZTA 2YLLA 3CHDA 3WSUA 2J8FA 2WKGA 3SCWA 3CO4A 1H0IA 1BGGA 1TG7A 2JF7A 2BNJA 3SEPA 3CGTA 1I75A 1G9HA 1TR1A 3BAXA 4H04A 4HOWA 1GORA 1U2YA 1HKJA 1OIMA 4TTGA 4HOZA 1R7OA 2GJRA 3WMSA 1E55A 5F7UA 1JDCA 3VMPA 2CERA 5A6SA 3VD3A 1YQ2A 3WF2A 3K4AA 3AQUA 1OWQA 2WSPA 2UY2A 2Z1SA 2Z1KA 3TP4A 1UA7A 4JFTA 1W9DM 2WVVB 3CH9A 1UR4A 4CKQA 1B31A 3EMCA 1HX0A 2PWDA 2EO7A 4MJ2A 3OZPA 1OT1A 2WVUA 2X1IA 4BF7A 1ZBKA 1DWFM 3WDPP 4ZE4A 4Y7EA 4WKHA 3AXHA 3VX1A 1VEPA 3AIEA 1V0MA 1WB0A 5ABFB 1EO7A 4URIA 1K9DA 1WZMA 1WNOA 1UD8A 1NWUA 4ZXLA 5A6AA 1DP0A 4PTWA 2WHLA 2X05A 4MB1A 4HU8A 2GK1B 1J0JA 1LWHA 2D0HA 1V6XA 4JFSA 1VEMA 1JZ5A 4M81A 4AZCA 1CNVA 2WM0A 1E0VA 1CXFA 3ZOAA 5KZ6A 1J12A 3S2CA 2CBUA 4CCEA 4LX4A 3WENA 2JIWA 1ZBCA 1CPUA 3ZM8A 1UHVA 5E0FA 1X6NA 1OM0A 1QW9A 1UKTA 3O6AA 4ZXOA 1XD1A 2XUCA 4UFHA 1E4IA 1JXJA 2VMFA 5LA1A 1KXTA 1TVPA 2C8NA 3NDYA 1DTUA 5E6YA 1CXLA 3AHZA 4E8CA 4QFUA 2W4XA 3WBAA 2ZX9A 4U5KA 3MV11 2EPNA 1J0IA 4LQ1A 3WH9A 4D71A 1OD0A 2W91A 1XCXA 3RDKA 5LA0A 1TCMA 4IPNB 1BQCA 3AIWA 4W7WA 1MQQA 3KEHA 2NW0A 1HJXA 1E70M 1V6UA 4FLQA 2WC3A 4DUWA 3MUZ1 1UR1A 3EDDA 2XWDA 4PTXA 3WEZA 1G0CA 1F4AA 3DYPA 1I1WA 1GHRA 1J0KA 2J79A 2PF0A 1H11A 4PUDA 1NARA 1HVXA 2FH6A 5I2UA 4R5EA 5BWFA 4QLJA 1E4NA 3TOPA 3TTQA 2WHMA 1HVQA 3CUFA 4PMVA 3VX0A 3K8MA 1BYDA 1BLIA 2XTKA 4WJXA 5EFDA 4HZ8A 3WH5A 4X9YA 1ZBWA 3VNYA 4LYRA 3NSXA 2PWGA 1OD8A 1V3JA 4UFIA 1CLVA 2J7FA 3VMNA 1EA9C 1XYFA 5DF0A 1M7XA 1QW8A 1V02A 3AICA 1XCWA 3WNOA 5A8MA 2FDMA 4LXFA 3PTQA 1EOKA 1W9BM 2QLYA 4Z2LA 2YJQA 4AISA 4TVUA 3BCFA 4D6FA 1H4PA 1E43A 1NOFA 2D0FA 1WZAA 2DPEA 4CUCA 1UYQA 7CGTA 1UQZA 3M6DA 3W29A 1BG9A 4MNKA 1J10A 2E8YA 4GZJA 1H41A 3ZJ6A 1W3LA 4WF7A 1E3XA 1EH9A 4GO8A 2QHAA 4QAWA 4AD1A 5GNZA 2GJPA 4Q7NA 1P6WA 2Y4SA 3SUUA 3SCOA 3WNNA 1FP8A 1UZ1A 2YL9A 2ZUUA 2BVTA 1JAKA 2XVGA 4AMCA 5CJ5A 4GO9A 3L4TA 1UWSA 3WUFA 2ZX6A 2AAAA 3NIYA 2GSJA 1B90A 1H3GA 1CGVA 4J3UA 4XX6A 3F5JA 1K9FA 2BHZA 1WPCA 4ATDA 5GNXA 1V08A 3VD4A 3OLDA 2OYMA 2XFFA 4FK9A 2WLYA 4HP5A 4UQDA 2CITA 2WSKA 4B15A 2Y5EA 1C90A 4ZENA 1ZL1A 1UR0A 1NH6A 1OGBA 1XGZA 2BY2A 4UOQA 1HIZA 3BGAA 3N13A 2WK2A 3T08A 3UESA 3VIFA 5AY7A 2ZXDA 5JIPA 1HF6A 1W91A 4M1RA 2VX5A 1KCLA 3NYDA 2W66A 1OB0A 4BQ3A 3PZMA 2VTFA 4CCCA 5A8PA 1GPFA 4PMQA 5DT7A 1RD6A 1VEOA 3WH7A 4DM1A 4PN2A 3SCUA 2G3IA 3MKKA 4GXPA 3AS1A 1W1TA 1M04A 3MMDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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