4P8XA

The crystal structures of ykl-39 in the presence of chitooligosaccharides (glcnac6) were solved to resolutions of 2.48 angstrom
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
SYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTVGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITWLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 2
publication title Structural and Thermodynamic Insights into Chitooligosaccharide Binding to Human Cartilage Chitinase 3-like Protein 2 (CHI3L2 or YKL-39).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 126
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4p8xA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p8xA01
3TTYA 3RM8A 4Z2JA 2Y5EA 3NDZA 4FLQA 4F8XA 1WNOA 3DECA 2ZX6A 2VZUA 2XJ7A 3WF1A 1NP0A 1SMDA 1UR9A 2CCRA 1WCGA 1E4IA 4QP0A 3O9NA 4GINA 1CPUA 4IISA 2VI0A 3VKKA 1OM0A 1V3JA 4NF7A 5I79A 1UD3A 3N12A 1BGGA 3VMNA 5M03A 4GO9A 4JKMA 2CESA 1JD7A 1JIBA 3ECQA 2ESCA 2J77A 2GSJA 5A8PA 1QVBA 3WMCA 1KGWA 1UR4A 1ISWA 2FH6A 3OIHA 3WUEA 4WKAA 1EO5A 4UOJA 1ISYA 2WCGA 3U5UA 3EMZA 2W91A 5I6SA 1CGXA 1KWGA 4TX6A 4ZEPA 1HXJA 3WL0A 1SFSA 4PMDA 1KXVA 2D23A 3WDIA 3THCA 3IAQA 4UOQA 1VIWA 3KL3A 2VX7A 1ESWA 1TFVA 1E72M 4HA1A 2QHAA 4QLLA 4AEEA 1Q6DA 3WN6A 1Q4NX 3CMGA 3WIJA 1M01A 4E8CA 1UWUA 2EQDA 2CBUA 4IM4A 4AD1A 1PBGA 1W91A 1XH2A 4GXPA 4U5KA 1UQZA 4ATWA 2WC4A 3QOMA 2J79A 1W9VA 4R27A 1XD0A 5JBFA 2XTKA 3AIWA 1DWGM 3HMCA 2VO5A 3RJYA 3BMWA 3MMWA 3VD3A 1KGUA 3PZOA 4UFJA 2Q8XA 3KL0A 1O6IA 5CGTA 4C7GA 5CGMA 5E6YA 4CN6A 1AQMA 1DWAM 3FNDA 1G9HA 2BY0A 4BF7A 1V3HA 1H2JA 1PEZA 3IK2A 5BYWA 1NOWA 3K4AA 1B3XA 3MSDA 4ML4A 4Z2IA 3AMKA 3A3HA 4PTXA 1GCYA 1H4PA 4CCDA 3VM5A 2OWWA 4RE3A 1KXQA 5BROA 2UWFA 3OGSA 1OWQA 2E9MA 2WHLA 5CPSA 1E0XA 3W81A 3VDHA 3PN8A 3A4XA 4H8UA 4LX4A 3T08A 3L2MA 4FLOA 3T0BA 1E71M 3VPLA 3TTSA 2DDXA 3IAPA 4NZCA 1UR1A 2GJXB 3VGEA 3WNOA 2WMKA 2WBGA 1UUQA 1FHLA 4IUGA 3SUVA 1BQCA 4J3UA 2YKKA 3L4TA 2WSPA 3BC9A 2WVSA 5GNYA 4LQ1A 4KH2A 5D4YA 2D2OA 4B3LA 3MSGA 1QNSA 2V38A 4Q7NA 3MUAA 3ARYA 1CENA 4GO8A 4UNIA 1R86A 2V3EA 1HL8A 2ZXQA 4W7VA 1ITCA 2VVSA 2VR5A 1JI1A 3EDJA 4MNKA 1B31A 2DH3A 4J27A 4AEFA 5A8QA 3DYMA 3MUY1 5DFAA 5C71A 4JFWA 3L4YA 2QV4A 3W29A 1FFRA 1BVNP 1VJSA 4DWSD 4WSKA 3ARUA 3RMEA 4X9YA 5IHRA 1BF2A 2WZIA 7CGTA 3NSXA 2BNJA 3FHAA 3AZRA 5HPCA 2UY4A 5LA1A 2ZXAA 4YN5A 2FHCA 3I3BA 4P8VA 1HP5A 3K4DA 4BQ3A 4DUXA 4CU6A 5A8NA 2DIEA 1TUXA 3WDHA 3ZM8A 2VMFA 4CU8A 2CBJA 3OZOA 2O9PA 2CITA 3WBAA 3L4ZA 4HOXA 4ZE4A 1XD1A 1WAWA 4EANA 5BXTA 1HKMA 1UKTA 1C8XA 1V02E 1CXIA 2ZOXA 4D6HA 1FHDA 1JFXA 4RL3A 3L4VA 1UKPA 4FF5A 2G3MA 4CD6A 3PTMA 1BSIA 4GZIA 4JKKA 8A3HA 1GVYA 2DT3A 2V5DA 1HVXA 4D6JA 3IJ7A 5F7UA 4MDOA 1JZ4A 1CECA 2XGIA 4HU8A 3SEPA 3LPOA 1HF6A 1B3YA 1B0IA 2J8GA 3EBVA 3WF3A 4R5EA 2AOSA 3SUSA 1UZ4A 9CGTA 3EDFA 3KEHA 3CHDA 3GDBA 1G0CA 4OZOA 3BAYA 1EO7A 4S3JA 3SCUA 1UR0A 4X0VA 2W67A 4AZGA 1I75A 1ITXA 1NWRA 3MUZ1 2RGMA 3CZGA 4JFUA 1KQYA 2UY2A 1HNYA 5A6AA 1GOKA 2WXDM 2CHNA 1E43A 3G6LA 4OKDA 3ZT6A 1B1YA 3POCA 4W5UA 4K68A 1GONA 3M07A 4PMOA 3AIRA 1QW8A 2AAAA 2WMJA 5A6BD 2J8FA 4MADA 1BFNA 4UFHA 3SCVA 2ZIDA 1JGIA 1R85A 4OIFA 1BG9A 2W66A 1ZBCA 2Y8VA 3AXXA 5IXEA 3WQVA 1HP4A 2O9TA 3WH9A 1XC6A 1PZ3A 3BSHA 5CSUA 2PWEA 3OGVA 1J0ZA 2C7FA 4D6DA 5BRPA 3PTKA 3BAWA 1GW1A 1MYRA 4KMQA 1E1EA 1KQZA 2GUYA 1E4MM 2XSBA 2VRQA 3KL5A 1I1WA 3UEQA 3I3DA 4ACYA 1IZKA 3AHVA 4WLCA 2TAAA 1DHKA 3VIPA 4HZ8A 2VX6A 4HZ6A 3N9KA 3AXIA 3F5LA 1G5AA 5C70A 2D22A 1IV8A 3SCTA 2WMFA 2VURA 1EOMA 4OJYA 3RO8A 1MXDA 2JF6A 4QLKA 5E0FA 2VT0A 5FL0A 3L4XA 3PZIA 5HOSA 3WFLA 4M56A 4BA0A 2CPUA 1V0MA 1CNVA 3AROA 2YL8A 4PYSA 3WUGA 1V3MA 1Q6GA 3WD3A 1QI2A 1SMAA 2F8QA 1C8YA 3T09A 2Y2WA 2FGLA 2O92A 1RPKA 1SR0A 1US2A 3AQUA 1C91A 2Z1SA 2CIPA 3AICA 3U7VA 1E0WA 4HMCA 2YLAA 3BAKA 1UR2A 4W87A 1EDTA 1OIMA 1TVNA 3VIJA 2VNCA 3LMYA 1MW1A 3VIFA 2XFRA 3LPGA 5HDRA 3VX1A 2GK1A 4HOZA 2XVLA 1JZ6A 3AMGA 3AMDA 1OD0A 5A6LA 5A95A 5I2UA 4AZBA 1E5NA 3RILA 2XGBA 3WEZA 3GNRA 3HU7A 4B16A 1UH2A 1B2YA 4RE4A 3WEMA 1JDCA 3GBEA 5FD0A 3T2PA 5EFDA 1NP2A 3BCDA 4W7WA 1TR1A 2OSXA 5JUVA 3TONA 2E9LA 4D1JA 1VEMA 3WL1A 3OLIA 3BSGA 5IFPA 3ZT5A 4AZ7A 5JBDA 4P8WA 3VO0A 2O9OA 4PSPA 4U2YA 1Q6CA 2ZUNA 4QAWA 4W8AA 3WQ5A 3W27A 1J01A 3A47A 1VENA 3VGFA 5E09A 1W9BM 2XVPA 4MJ2A 3RPMA 3THDA 1VEOA 4E8DA 2XIIA 2EEXA 1WDPA 2CYGA 1DWHM 2YDSA 3AFBA 3GH4A 2ZUSA 3GH5A 1KB3A 3AHTA 3RCNA 3SCSA 1QI3A 3GZAA 1UKSA 1W1VA 3K8LA 1Q6EA 4PMNA 3QGVA 4PEEA 4UQDA 4J7RA 4B15A 4TX8A 3PZGA 4AISA 4UQEA 4TVUA 2WKGA 3K8MA 2F2HA 1E9LA 1LL6A 1CLVA 2CERA 2YJQA 2G8ZA 4W89A 1JYXA 3KE0A 3ZJ6A 5BCAA 2BFGA 3BLPX 4N42A 3SCQA 3EYPA 3PBGA 3CPUA 3WUBA 1E40A 1F4HA 3QOKA 1JG9A 2DT0A 4OUEA 2G41A 3DYPA 1GQKA 2WCSA 2E8ZA 2XPKA 1CGWA 2D0HA 3WMBA 2EJ1A 3WF0A 4MB3A 1UD6A 5A6JA 4CCCA 1EQCA 3ZSTA 1XCXA 5DF0A 4HA4A 2E40A 4B9ZA 3M6DA 5BRQA 3ZR6A 3M46A 4CGTA 2XSAA 2W63A 2VC9A 1IZJA 4MDPA 4XB3A 4ZFMA 2FH8A 1NWSA 4B3KA 5CXPA 2EPNA 4UFLA 4X0NA 1QI5A 4JCMA 5GNXA 4CN4A 4AY1A 5KEZA 3VUPA 4TOQA 2XHYA 3T0AA 1UZ1A 2X1IA 1FH9A 4M80A 1ZU8A 3RDKA 4M8UA 1OGGA 1H41A 1QI0A 2D0FA 4Y7EA 3VMPA 4P7RA 5LA0A 1H49A 2YA2A 1KR1A 3LPFA 2OSYA 3CBWA 4HMEA 4AXNA 3WF2A 2BVDA 4W8BA 3GXIA 2D24A 2WHJA 4V2XA 1V6VA 2ZE0A 1WB0A 4CU7A 4JL1A 1J12A 3WUFA 1UYQA 1QW9A 3A4WA 3K46A 1EDGA 4U33A 3FN9A 1CWYA 5C8BB 1JXJA 3TOPA 1J18A 2W5FA 4XV0A 3ARVA 2DSWA 3II1A 2FHFA 1UWIA 4UTFA 1GPFA 2X0YA 4F9DA 1QHZA 1L0PA 1CTNA 3VNYA 1WPCA 3KWXA 3KZSA 4JKLA 1FH7A 1ZJAA 2DT2A 4WSJA 3WH5A 3WDQA 2ZX5A 1OGSA 3ZOAA 2D0GA 2UY5A 4EKJA 3IJ9A 4P7LA 2E4TA 3VVGA 2VZVA 4H2CA 2WB5A 2UY3A 1TVPA 3SUTA 3WBEA 4H7VA 2NSXA 2QPSA 2V3GA 1X6NA 1CXKA 3WF4A 1CGYA 1JDAA 3UCQA 4XZWA 5A94A 1LWJA 1V0KA 1UA7A 2C8NA 4DUVA 1E1FA 1J0JA 1HJVA 3LPPA 1YHTA 2ZWZA 3I3EA 3AOFA 4GKLA 1C7SA 4PTVA 2HISA 1E5JA 2X09A 5CSYA 1SYTA 1EDQA 3RM4A 2IXVA 3POHA 2WLYA 3CHCA 2GJPA 3AS2A 1CEOA 1D7FA 4CCEA 1GOQA 4AWEA 3GNPA 4PMZA 1EGZA 1OBAA 5E0CA 2XYLA 4W5ZA 2GDVA 2YBTA 1BAGA 3EMQA 2CNCA 3W25A 1K6AA 3CUFA 1ZJBA 3GYCA 1B30A 4D6CA 4BQ2A 4OBRA 1OIFA 1QNPA 4JFVA 5FIPA 4XZBA 1P6WA 1J0YA 4KWUA 1V03A 2VUYA 5GNZA 6A3HA 5A6BA 1E55A 5CPTA 3VIHA 1V02A 4ACZA 3W38A 1BYCA 1D3CA 3WD0A 4JFTA 2DPEA 4Z2HA 2JALA 3N17A 1V6YA 4AW7A 2VQTA 1V0NA 2EO7A 1BLIA 5M17A 1ZL1A 2DSVA 4AZ6A 3G6MA 5HXMA 3ARTA 3ARZA 5BXSA 4U3AA 4CD5A 5JBEA 2BXYA 3AZTA 1QI4A 1K9EA 3GXDA 1EIBA 5ABEA 5M5DA 4AD5A 3N15A 2A3AA 4CN1A 1A47A 1US3A 3FW6A 2G3IA 1GJUA 3CH9A 4FK9A 1JYNA 1BG4A 3WNPA 5A3HA 2OWXA 1VFUA 1WP6A 2GDUA 1WDSA 1E3XA 2NT0A 1UD5A 2GK1B 3AHYA 1VJZA 1HJXA 3MKKA 3MUIA 3UG5A 3AI0A 3DYOA 1OGBA 1JDDA 1MFVA 2WW5A 2CHOA 4PN2A 3OG2A 4AD2A 4PMXA 4LPCA 4U3CA 1EHAA 2CKSA 2XVKA 3MS8A 2CETA 3O2LA 3A4AA 3QHMA 5BWFA 1MFUA 1BYDA 3CZLA 4HU0A 3T2OA 4PMRA 4P8UA 4QDMA 1IT0A 4NI3A 4QCFA 2C0HA 1VEPA 3CZJA 1LQ0A 4MAZA 5ABGA 1U33A 4MB4A 3NSNA 1NQ6A 1J10A 4UCFA 3IJ8A 4W84A 3VTRA 1UHVA 4L4OA 4FLRA 4W85A 4C7FA 3BH4A 3CUIA 1XH1A 2YLLA 2XIBA 3CGTA 4FLSA 2DSZA 4W93A 2E8YA 1JAEA 4PBGA 4GI8A 1JAKA 3ARSA 1PJ9A 1JL8A 3F5JA 1GQLA 3MANA 4A4AA 3WH8A 1E6SM 1CIUA 2WZEA 4J28A 4TUFA 1MW3A 4YPJA 3VGGA 2PF0A 1LJYA 1UD2A 1W3JA 2J7CA 1KFWA 4LXFA 3WD2A 3CZEA 2BHUA 2DEPA 1EH9A 2ZUTA 4AZIA 2XVNA 1HIZA 1M7XA 4HPGA 3W6LA 5A2CA 4DUWA 3HN3A 3UESA 3AJ7A 1JZ8A 1MQQA 1MXGA 5AC4A 4A3YA 1Q6FA 1TE1A 1JNDA 3MMDA 3VIKA 3WELA 3N13A 4HA3A 1BPLB 5JIWA 4DM1A 5E70A 5CJ5A 1ODUA 1J9YA 1G94A 1TG7A 1XV8A 4URIA 4MJ4A 1VRXA 1V0LA 4PSRA 1C90A 2JF7A 2VX4A 4D6FA 3QHOA 1G1YA 1MVYA 1PAMA 1E73M 4P7OA 3PZMA 1V6UA 3ZMRA 4JZ5A 2XUCA 4D1IA 5ABFA 1VB9A 3S6TA 3CUGA 3B9EA 1WKYA 2J62A 2XWEA 3AYRA 1XH0A 2V5CA 3SCRA 1B9ZA 2A3BA 3ALFA 2EPOA 4BZYA 3WD1A 1B3WA 1WDRA 1WZMA 3FAXA 1CXLA 4TVCA 5I78A 1NWUA 2WWDA 2WVTA 2ZXBA 3AS3A 1BHGA 3WENA 2D3NA 1WZAA 5CG0A 4Z2GA 2RGLA 2GFTA 3WNKA 1WZLA 1B3ZA 1HX0A 2DGAA 3OBAA 2D20A 2IUZA 4AZCA 4GQRA 1H11A 2WYSA 1W3HA 1JF5A 2D1ZA 2CBIA 2WSKA 5I3DA 1UWTA 3PZVA 2FDMA 1BYAA 3VIIA 1AMYA 1MQRA 2BY3A 1MW0A 4U31A 4GPNA 4UFIA 3ZO9A 4W8LA 3DHUA 2WC3A 2WVVA 2EPMX 1PX4A 3AMCA 1KBBA 1UA3A 4KGJA 3VU2A 3EDKA 3BXWA 5A6KA 1MQPA 5CQ1A 1W9UA 1VAHA 3W26A 3VD9A 1UG6A 3L4UA 5A8OA 2J7BA 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 2ZUM A;  5EMY A;  4AYS A;  2BHZ A;  3T2Q A;  2DSK A;  2WZH A;  4UQB A;  3ARX A;  1XYF A;  2HVM A;  1W2P A;  3CZK A;  5DT7 A;  4GI9 A;  1UD8 A;  5E9A A;  1XSJ A;  4XUY A;  3B9A A;  2BXZ A;  4JIE A;  2ZUV A;  4UQ9 A;  4AIE A;  4PTM A;  1KCL A;  3QR3 A;  2J75 A;  1K9T A;  1VFO A;  3WY1 A;  2DQX A;  4WKH A;  5I23 A;  2XG9 A;  1JYW A;  1R7O A;  1W3K A;  2Y8K A;  3ZT7 A;  2GJX A;  4JAW A;  5I5R A;  4B9Y A;  3TTQ A;  4LYP A;  3K8K A;  4AD4 A;  4AMC A;  4UOZ A;  4AZH A;  2G3N A;  2VCC A;  2J7E A;  3BMV A;  2G3J A;  3VX0 A;  1MWO A;  4D6G A;  2QMJ A;  3PZT A;  4U5I A;  5BXP A;  2DIJ A;  4RE2 A;  1WE5 A;  5E6Z A;  1GOO A;  5CLT A;  1W9P A;  4M1R A;  2PC8 A;  4MNM A;  2XWD A;  2EBN A;  2FHB A;  1CLX A;  1QHP A;  2OSW A;  5GQB A;  5HNN A;  4GZJ A;  2WCA A;  1OSE A;  4H04 A;  2ZX9 A;  1XGZ A;  2VTF A;  1H0G A;  3S2C A;  1W9D M;  3VD7 A;  1H09 A;  2J4G A;  3EDE A;  2VCB A;  4ATL A;  4BQ4 A;  3BAX A;  4KRT A;  1DWF M;  1CGU A;  1M03 A;  2EXO A;  4OBS A;  2ZUU A;  2OYK A;  5BXR A;  1JF6 A;  3VIL A;  5I77 A; 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 4UZU A;  1DWJ M;  1OCQ A;  1GOR A;  2V3F A;  3U57 A;  2VZO A;  1B3V A;  4PMV A;  2PWG A;  1C3F A;  1QBA A;  1A3H A;  1RH9 A;  4XX6 A;  2Y4S A;  4UFM A;  1U30 A;  4W88 A;  1JFH A;  4CUC A;  1FP8 A;  1HJW A;  3RM9 A;  7A3H A;  1DWI M;  2DT1 A;  4E4P A;  1N82 A;  1RP9 A;  3OB8 A;  2OWC A;  1UR8 A;  2WMI B;  4D71 A;  4QLJ A;  1V3I A;  4J3X A;  5D9O A;  2J7F A;  3UET A;  1J11 A;  1UH3 A;  4CD4 A;  1E4L A;  1V6X A;  3GNO A;  4JL2 A;  1DED A;  2EPK X;  4N0R A;  2EPL X;  3AIV A;  4BQ5 A;  3W0K A;  3AIS A;  3VDB A;  1OD8 A;  2J25 A;  1GUV A;  2QMK A;  5A2A A;  1BGA A;  3DC0 A;  1H3G A;  3VGH A;  1R87 A;  3FHQ A;  4QFU A;  5GPR A;  3NUK A;  3W24 A;  1GQI A;  1V08 A;  1YQ2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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