4PTMA

Crystal structure of chitinase d from serratia proteamaculans in complex with n-acetyl glucosamine, a hydrolyzed product of hexasaccharide at 1.7 angstrom resolution
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
398
structure length
397
Chain Sequence
AHAASYLSVGYFNGGGDVTAGPGGDINKLDVTQITHLNYSFGLIYNDEKQETNPALKDPSRLHQIYLSPKVADLQLLPVLRKQNPELKVLLSVGGWGARGFSGAAATAESRAVFIRSVQQVIKQYHLDGIDLDWEYPVNGAWGLVESQPADRANFTLLLAELHKALDKGKLLTIAVGANVKSPQEWVDVKGIAPYLDYINLMTYDMAYGTQYFNSNLYDSKQWPTVAAADRYSANFVVDNYLAAGLKPAQLNLGIGFYGRVPKRATEPGIDWDKADAAKNPVTQPYFTARETAVFKAMGLDLTKDSYFKYNDIVSKLLNDPQRRFTAHWDSDAQVPYLTMKSAEGKPLFAISYENPRSVALKADYIKSKGLGGAMFWEYGADDNNRLAHQLAESLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycoside hydrolase family 18
publication title Crystal Structure of Chitinase D from Serratia proteamaculans in complex with N-acetyl glucosamine, a hydrolyzed product of hexasaccharide at 1.7 Angstrom resolution
rcsb
source organism Serratia proteamaculans
total genus 127
structure length 397
sequence length 398
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2014-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ptmA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ptmA01
3ZJ8A 2XM2A 4W93A 3AXHA 4PMYA 3WQ4A 2JE8A 2DIJA 4DUWA 1G1YA 1UKSA 1EDQA 1TVNA 1KWKA 4AD3A 1LQ0A 4UFMA 4UTFA 2IXUA 2PWEA 2CBUA 2J77A 1C92A 2WWCA 4W5ZA 4F66A 1YQ2A 3OZPA 5A94A 4PMRA 1X6LA 4TVUA 5I2UA 1KQZA 1JYNA 2E8ZA 3E1F1 3WDIA 4M8UA 1UH2A 2EO7A 2Y2WA 3PTMA 1E5NA 2VOTA 1GQJA 3ALGA 1X6NA 1EIBA 1ISYA 1V3HA 5DT5A 1KCKA 3CZEA 5CGTA 4N42A 3WDPP 4YHEA 3VDHA 1RPKA 4J3SA 4F8XA 1C8XA 5IXEA 4OZOA 4QLJA 5A8PA 1GUVA 5BXSA 3NDYA 2YBTA 3FXYA 1U30A 4OIFA 4HOWA 5BRPA 3TTOA 4MDPA 5DF0A 1BYDA 5ECUA 1NWUA 4NI3A 1UD2A 3WFLA 4XZBA 1VBUA 3WDJA 4YHGA 4MNKA 4AD2A 2W63A 1VFMA 1L0PA 3K8KA 2BY0A 2V38A 2DGAA 3A4AA 1D3CA 1QI4A 3TTQA 3WF3A 2XPKA 1CDGA 3WQ5A 4V28A 2MANA 1JZ8A 5A69A 1NOUA 2D1ZA 1ITXA 1WDQA 4LYRA 2E0PA 1HKJA 4CVUA 1W1PA 1US3A 4AD1A 5GNXA 5BXTA 5D8ZA 1WAWA 4UZSA 1H5VA 2BV9A 1W3KA 1WDPA 2E9BA 1KQYA 3GH7A 2D3LA 2VX5A 2XVLA 2ZE0A 2XYLA 4UFLA 2ZUWA 2XSBA 3ZO9A 1BG4A 3WL1A 1V6XA 2HISA 2D23A 1HJUA 3VO0A 1ZB5A 4AZBA 4X9YA 4CU7A 2YLAA 3NJ3A 5FIPA 4GPNA 3LPFA 5LA0A 2TAAA 4PMXA 3WBEA 2WKLA 1CXFA 1V6VA 3AIBA 2XFFA 4KGJA 3M6DA 3UR7A 4WJXA 8A3HA 3THCA 3B9DA 4UOZA 3D3AA 2ZWYA 1UQYA 1E6QM 5CQ1A 2WXDM 4WKFA 5JBEA 2Y8VA 3O2LA 1QHZA 1M01A 1JGIA 2FH8A 4GQQA 4D6EA 1JYWA 2A3EA 4AMCA 2G41A 3ZR6A 1WDSA 2CESA 3GH5A 2V3EA 4HMEA 1XSKA 3K8LA 3WNPA 1UD5A 3O9NA 1V3KA 3VGGA 1EH9A 4AIOA 3AZRA 2GFTA 3SURA 2VRJA 2W92A 1CZ1A 3M7SA 4R27A 3VKKA 2PBOA 5FKYA 2DQXA 5E9AA 3LPGA 4FLRA 2F8QA 3OLIA 3PZTA 3W53A 2BHZA 4Z2JA 3GZAA 1B3VA 4PTVA 3MMWA 1PPIA 4BQ3A 1WPCA 4UQ9A 1VEPA 1MW3A 4PMZA 4DUVA 1F4AA 2G8ZA 1FH9A 5EB8A 1JAEA 1E9LA 3IK2A 1GNXA 3VPLA 2OWXA 1FH7A 4D6IA 3WQWA 5C71A 1J9YA 3BGAA 3RMEA 1E43A 1VAHA 3W37A 1XCWA 1UHVA 4W86A 5KZ6A 3M46A 1OM0A 4PN2A 2E40A 4JFTA 3NUKA 3WQ6A 4CD5A 1E71M 5M3WA 1UD3A 1GOWA 3M07A 3I3EA 3FAWA 2CYGA 3CHEA 4CGTA 1JI1A 3DYOA 3CUGA 1R86A 2ZICA 4C7GA 1UA3A 1NP2A 3RIKA 1H0GA 3GNOA 3ARUA 2JEQA 3UERA 2BHYA 4MNLA 3VGEA 5AC5A 3OIHA 3UESA 5EBAA 1ZBVA 1OBAA 1OGSA 4H04A 4YPJA 1E0XA 1UA7A 4HOXA 1V02E 2J75A 4PUDA 4UFKA 4D71A 1AMYA 1CPUA 4A3HA 1TCMA 2AOSA 4RE3A 3B9AA 3WDHA 3GBEA 1DP0A 1W1YA 1JFHA 1E3XA 3SCVA 3ZMRA 1B3WA 2OYLA 4ZFMA 4DWSB 3UG4A 3EDFA 4FMVA 4UOJA 5A1AA 7TAAA 3BAKA 5IFTA 1QI5A 3A4WA 3JUGA 3OB8A 3TTYA 3HJEA 1GVYA 2JALA 3VTRA 2GVYA 1WE5A 3LPPA 4UZUA 5D9MA 3TOPA 1PZ3A 1RD6A 3PTKA 1ZU8A 1E6RA 3VNZA 3WNMA 3AROA 4QP0A 5HPCA 1CXKA 4JHOA 3VOCA 3WQVA 3B9EA 1Q4NX 1C8QA 4W87A 1OB0A 5GNYA 3PZQA 1G5AA 4MB3A 3T2OA 3ZOAA 1V6YA 2J79A 4TVDA 1VEOA 1MW1A 3HN3A 3U5YA 1GOQA 2X09A 2VNCA 3CHFA 4U5KA 4BA0A 1E73M 3ZT5A 2UY3A 4BQ2A 4AXNA 9CGTA 2J7FA 1OGGA 1NH6A 1ECEA 3K1DA 4TXEA 2X0YA 4JAWA 3PHAA 1W9BM 5I79A 2WVUA 1G0CA 4ATLA 2WB5A 2YKKA 4S3JA 3I3DA 2WVVB 1H1NA 2CHOA 4AY1A 1HVXA 2BHUA 4NSBA 3GBDA 1UR0A 4V27A 4H41A 3OGVA 3VIFA 2Y8KA 2WBGA 3AQUA 2VCCA 3UG5A 1R87A 2J78A 4U3CA 2G3JA 2YOCA 2BVDA 2ZX9A 1OD0A 1W3LA 5HBFA 2QPUA 5A8MA 4W84A 3FN9A 1SR0A 1CWYA 1BFNA 2XG9A 2J7DA 2ZUVA 4TTUA 3CMGA 2J7EA 3N9KA 3NSNA 1RH9A 1EOKA 1JYXA 3RM4A 4D1JA 2WMGA 2XM1A 4L4PA 3EBVA 1JZ3A 3BC9A 3N18A 1TMQA 1W9VA 1C7TA 1E4IA 5A8OA 4ML4A 5DT7A 4ATWA 3CUFA 4F9JA 1BVZA 3NDZA 4PMDA 4Z2IA 3AZTA 3QHOA 2X0HA 4CVWA 3RM8A 1QVBA 3MU7A 5JH8A 5E70A 3MV11 4Z2LA 5KEZA 1C8YA 3L2LA 2ZXDA 4HA1A 4PMOA 3POCA 1JIBA 4HP5A 4ACZB 2AAAA 3WD4A 4QAWA 2DPEA 3VDCA 3CTTA 4MB5A 2Z1SA 1XH1A 3FHAA 4M24A 4P8VA 1SMAA 3WMCA 3WMSA 1UUQA 4DM2A 1A3HA 2WMFA 1GJWA 4XB3A 5M5DA 3QOMA 4C7DA 2WZIA 3AIQA 2FHCA 1XSIA 2CPUA 3MV01 2PWFA 3DYMA 2DSWA 1VENA 2VQTA 3U7VA 1UKPA 2GK1A 1E5JA 2VZVA 4GXPA 2BY2A 5A6MA 5JIPA 2W62A 5D9NA 4KH2A 3PZUA 4U3AA 3VIIA 3WDRA 3T0DA 2GDUA 1EOMA 1JYVA 5A2CA 4QFUA 3ECQA 2Y5EA 1HXJA 4JL2A 3VGFA 3WNNA 2XHYA 5AYBA 5JBFA 5ABFA 1GZJA 3GNPA 4HA3A 4NRSA 2PI6A 1W2VA 2XGBA 2V3FA 3N1AA 2WCGA 1V3IA 1Q6CA 3VIHA 1NWSA 4UFIA 4MADA 4FLSA 1CGUA 3POHA 4UCFA 2VC9A 2IUZA 4M29A 3SCSA 4UFJA 3AXXA 1WNOA 3WD1A 1LG2A 3VM7A 1OD8A 4H8VA 1UR9A 2VX6A 1HJWA 4HZ8A 1E6PA 5I3DA 3GTNA 3QHNA 1LL4A 4X0VA 1H09A 5HOSA 2X8RA 2F61A 3F5KA 5CPQA 2EPOA 4XZWA 5CZKA 1ZJBA 3T0AA 3U7BA 3ZM8A 3EMZA 2ZIDA 3VGBA 1BF2A 3VMPA 4DWSD 4HPGA 4DUXA 3AJ7A 3ARRA 2V5DA 2OWCA 4GI9A 2WC4A 1KXQA 1E55A 2WMIA 3SCUA 1J01A 1NM9A 3VGHA 2WSKA 3K4AA 3AFBA 3N17A 3EMQA 3SCTA 1XGZA 2W91A 5AY7A 1WP6A 1KWGA 4A3YA 4EANA 4P7OA 4UR9A 4AZ6A 3A3HA 4DM1A 3ZJKA 3BXWA 1UR2A 1VJSA 4JFVA 3AICA 1W2PA 1DWJM 4HOZA 3W6MA 2WYSA 4U5IA 3CMJA 1JNEA 3SCWA 4PYSA 3CZ8A 3W24A 3HU7A 2WMJA 2XVPA 3UCQA 3WNKA 5LA1A 2J62A 1DWFM 4HZ7A 4P7LA 2XWDA 3EDJA 2VZUA 3J7HA 2WLYA 3T2PA 1UD4A 3UR8A 4ZE4A 4HTYA 2O9PA 4MNMA 1LL7A 1CGWA 2E3ZA 4BZYA 2O92A 4RL3A 2XWEA 2EEXA 4B9YA 1JDDA 3F4VA 4AD0A 3W0KA 2YL5A 4OKDA 4GINA 1QPKA 2WHKA 1TA3A 2UWFA 4KMQA 4D72A 3FNDA 3UG3A 3A47A 4B15A 4P7QA 2GSJA 1MQPA 1V3LA 3AS0A 3T08A 3CBWA 4CU6A 4HPHA 1JZ4A 5D4YA 1W9PA 3FHQA 1UH4A 2DH2A 2CETA 2E8YA 3UEQA 2ZX7A 5C70A 1PIFA 5ABHA 2DIEA 1W1TA 2VL4A 4BS0A 1CLVA 4IPLA 1JZ2A 1UWQA 3CZKA 1QHOA 1UZ4A 3WEMA 4ACYA 1JL8A 3AIVA 1K9TA 1PIGA 4W8LA 2DSKA 2WHLA 1V3JA 3F5JA 4WK9A 4MJ4A 2ZXBA 4PTXA 1OIFA 1GCYA 1H2JA 1XC6A 4HMDA 2PWGA 3AHXA 1CYGA 4H2CA 1UR4A 2BVTA 1QNQA 1Y7VA 3CZJA 3CHCA 3VIMA 5I5RA 5CG0A 4BCEA 3EDDA 4NRRA 3CPUA 3DHUA 3TTSA 1E72M 1B3ZA 1JG9A 4B3KA 1G01A 1UR8A 3AHZA 3DHPA 1ISWA 2J4GA 1RP9A 2OWWA 3OBAA 2XUCA 3NSXA 5M17A 4A4AA 4B16A 1V6WA 1DWAM 1J0KA 2EQDA 1QNRA 2Q8XA 3L4ZA 1BGAA 1QW8A 1E3ZA 4B3LA 2WWDA 1BPLB 2VX7A 4MTVA 1QNSA 3OA5A 2QMKA 1E0WA 5ABGA 4WSJA 1W32A 1FHDA 2VMFA 1NARA 3WF1A 3WDQA 2ZUTA 1UOKA 1CXEA 3BH4A 2EPNA 1CECA 4CCCA 1E1EA 1VIWA 1EA9C 3OGRA 2QMJA 3GXMA 1GOOA 1KR1A 2A3AA 3KEHA 4GZJA 3VM5A 2A3CA 3L2MA 3OGSA 4FK9A 1HJXA 1XCXA 3WMBA 1R7AA 1JNDA 4R5EA 1GQKA 1WDRA 5BROA 4OBRA 1H11A 2WC3A 3FAXA 2UY2A 4JZ5A 2PWHA 3BAWA 4P8WA 4AZ7A 1HN1A 4GI6A 1C91A 3OLDA 2PWDA 4J3TA 1MW0A 1GQLA 2DT2A 4PUEA 2D2OA 5TD4A 3EDEA 1UG6A 4MB1A 3WENA 3IAQA 4NZCA 1NWTA 3LPOA 5E09A 3VMOA 3W82A 2OLHA 4OUEA 3VD7A 2CBJA 1OGBA 3L4WA 3BMWA 5BRQA 1CTNA 1E6ZA 1K9EA 3ZIZA 1V08A 3TP4A 2YDRA 2D0FA 1SYTA 3W27A 4MAVA 4EAMA 1QI0A 2BY3A 2WKGA 3NIYA 2WLZA 3VUPA 2RGLA 1MWOA 1WZKA 4PTWA 3OLEA 4X0NA 1E56A 4PMUA 1KGUA 2NW0A 3KL3A 4P8XA 3MO4A 2VR4A 3WEZA 3WUFA 2D0HA 4HMCA 1V0KA 2OYMA 2VX4A 3ARVA 4LXFA 4JL1A 3VD9A 4LPCA 1V03A 3GXIA 4TUFA 1WKYA 3L4YA 3SUUA 1SMDA 3BMVA 3T2QA 5A6BA 4PCTA 4U33A 3WN6A 5E6YA 1FH8A 2BFGA 5D8WA 1U2YA 1HKMA 4Z2GA 3DECA 4OBSA 5I0DA 5CSYA 1HF6A 1UZ1A 3VD4A 3SCPA 1AQ0A 3L4XA 1LLOA 3KE0A 1ZBCA 1OIMA 2GDVA 4CUCA 4JFSA 1KBBA 4HU0A 4CU8A 1V6UA 1DWIM 3MMDA 3QGVA 1EHNA 1UQZA 1S46A 4LQ1A 1CXHA 3WELA 1B30A 1TR1A 4W8AA 2ZX6A 2VVNA 3WD3A 4PCSA 3WQ8A 1Q6DA 1HKIA 1CGVA 2F2HA 5M03A 3AIRA 4D6FA 1JF6A 5ABEA 1SFSA 4W7WA 5I78A 1BTCA 2VVSA 1MW2A 1GQIA 4S3KA 2DEPA 2GJRA 1UWSA 3VIKA 3GXDA 1IZKA 3SIMA 2NT0A 1UR1A 2XTKA 3AS3A 1K9FA 2X05A 3W6LA 2WCAA 3BAXA 1K9DA 4PMVA 3THDA 1DTUA 2J8GA 1ZJAA 1JDAA 2GJXA 5IDIA 2A3BA 2V5CA 5GQBA 4W8BA 4CN4A 1MFVA 2WSPA 1OSEA 3ARTA 4U31A 3RJYA 1EDGA 3MMUA 2GK1B 4ZEPA 3W26A 2CEQA 4BF7A 1C3FA 1IZJA 1E0VA 2YDQA 4Q7NA 1E4NA 3DC0A 1W9XA 5CXPA 1AQHA 4QCEA 4AZCB 1K6AA 4TTGA 3SCNA 3EYPA 4AZ5A 3N11A 4EK7A 5EFDA 2EPKX 4EKJA 3W38A 1E6XM 1OCQA 2VRKA 2YL6A 4NF7A 4OOZA 1UH3A 2NT1A 1EHAA 3WKZA 5DFAA 4AZIA 3APGA 4ZE5A 3O6AA 5ABFB 3AIUA 1HP5A 2Z1KA 2WZHA 1VBRA 3CH9A 1ISXA 2YA2A 4GZIA 1GHRA 3WD0A 2UY5A 4HA4A 5BXRA 3L4UA 4MAZA 1P6WA 2FGZA 4JIEA 1HJVA 1Q6EA 5GNZA 1XD0A 4GQRA 2JF6A 1JZ6A 1QI3A 1D7FA 2YA0A 5CPSA 4WKHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2E9L A;  5F7U A;  4LGX A;  5JUV A;  1PJ9 A;  1I1W A;  5D9P A;  2OSX A;  1CNV A;  3NSM A;  1CGX A;  1XYF A;  4AD4 A;  3BAJ A;  5FL1 A;  2WAG A;  4AEF A;  1CXI A;  1LG1 A;  1GOM A;  1C93 A;  3ZT7 A;  2PC8 A;  3ZST A;  4JHZ A;  2G4F A;  1W1V A;  1OWQ A;  1VRX A;  3AIW A;  3EDK A;  4ZXO A;  3RO8 A;  3AIS A;  1WZL A;  3VD5 A;  2WVV A;  1EO7 A;  3VIG A;  2BXZ A;  3D5H A;  3OLG A;  2OYK A;  1FOB A;  4KRU A;  2NSX A;  2AMG A;  3T09 A;  4FF5 A;  1R7O A;  3VIN A;  2WMK A;  4B9Z A;  3CUJ A;  2WM0 A;  2YJQ A;  3CIV A;  3KL5 A;  4H8U A;  3RIL A;  2XVK A;  3WL0 A;  1E6S M;  5DO8 A;  4YN5 A;  3MUY 1;  3VIL A;  1HJQ A;  3CZG A;  3ARX A;  1BYA A;  3LMY A;  3T0B A;  4TOQ A;  4WKA A;  3G6L A;  3W25 A;  3WFZ A;  1J0H A;  2GUY A;  4PEE A;  5E0C A;  4HU8 A;  3AMG A;  2VQU A;  2JIW A;  4GKL A;  4J3X A;  1ODZ A;  3PZG A;  5FD0 A;  5IHR A;  4JKM A;  4CD4 A;  4AZH A;  4MB4 A;  3WY1 A;  5A6B D;  5I23 A;  4AZC A;  1BSI A;  3A4X A;  1B9Z A;  2XVN A;  1B1Y A;  1M7X A;  2E9M A;  3GNR A;  1GPF A;  4D6D A;  4EE9 A;  5I24 A;  2FH6 A;  5HDR A;  2XII A;  3WD2 A;  2XIB A;  1VEM A;  4KRT A;  4UFH A;  1B0I A;  4MPK A;  4M80 A;  1WB0 A;  3WH8 A;  1UWI A;  4TX6 A;  5BCA A;  1I1X A;  2ZUM A;  3RM9 A;  3MS8 A;  5DEZ A;  5AC4 A;  4AW7 A;  3AYS A;  2J25 A;  2OSW A;  4ACZ A;  1J0I A;  3S6T A;  3PN8 A;  3RJX A;  4P7R A;  5A2A A;  1M53 A;  4H8H A;  3FW6 A;  5A6K A;  4M82 A;  4QLK A;  2YIH A;  1E70 M;  4N0R A;  5I77 A;  3W29 A;  3ZSS A;  2O9O A;  5CLW A;  3CGT A;  1E6N A;  1XH0 A;  1HVQ A;  1R85 A;  1H41 A;  2XFY A;  4KGL A;  1XH2 A;  4D6J A;  1KGW A;  2EXO A;  1UD6 A;  1W9D M;  4FLQ A;  2C8N A;  4JKL A;  1JAK A;  3TA9 A;  4AEE A;  4Q22 A;  4WSK A;  2VZS A;  1LJY A;  3WF0 A;  2DT1 A;  1J0J A;  2JEP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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