4Q7NA

Crystal structure of the complex of buffalo signalling protein spb-40 with 4-n-trimethylaminobutyraldehyde at 1.79 angstrom resolution
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Signalling protein SPB-40 with 4-N-trimethylaminobutyraldehyde at 1.79 Angstrom Resolution
rcsb
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 129
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4q7nA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4q7nA01
2BHUA 1HKJA 3K8LA 4AD0A 1E1EA 2XUCA 4GI6A 5A6KA 3GM8A 1PEZA 1GUVA 4V28A 1CPUA 2VZUA 4D1JA 4MNJA 3I3BA 4UQCA 3AS0A 1FFRA 3APGA 1BTCA 3WY1A 4J27A 1X6NA 3AMDA 2XHYA 4Z2GA 3VDAA 3GH4A 3NUKA 4PMUA 1ZS2A 1UWRA 1XH2A 5CSYA 1V03A 3CZLA 1H0IA 2X2YA 3T08A 3FHQA 5BXRA 3WD3A 3WNPA 1MW0A 1HP4A 4UR9A 4IUGA 1TG7A 1WE5A 4PMRA 1BPLB 4EANA 2XM1A 4RE3A 3S2CA 3VDBA 4OOZA 2VOTA 2BXZA 4HA1A 3T0BA 1E3ZA 6CGTA 5HXMA 2DIEA 3BCFA 4DM1A 3GXIA 1E73M 4P8VA 1NWUA 1V0NA 3AFBA 3VNZA 2CESA 2Y8KA 5D9MA 3CUHA 2C7FA 1GOKA 1Z32X 3RJXA 2IUZA 1VAHA 1C90A 2B31A 4UFLA 1KXHA 2XGBA 3BAIA 3N04A 1HJWA 1WDPA 2XVPA 2CIPA 2FGLA 1NWSA 2YDSA 1BVZA 1UKSA 4GPNA 4AD2A 2VCAA 1M53A 3WDRA 4L4PA 2BHZA 5AYBA 3FHAA 3ZT7A 1GQJA 2ESCA 1ODZA 3CLWA 1Q6GA 2DDXA 1VB9A 4DWSC 2ZUWA 3DHPA 2CHOA 3VGBA 4TOQA 4H7VA 4WLCA 3WQ6A 5CJ5A 2IXVA 3F5JA 4KMQA 5A2CA 2E40A 4J3UA 1DEDA 1DWIM 3ZJKA 1PX3A 4UFKA 3EMQA 1EO5A 3GNPA 5HPOA 1UZ4A 3VD7A 1UKPA 1ZJBA 5BCAA 1QNRA 2XSBA 4FK9A 4TTUA 5A6JA 1CENA 1MXDA 1CLXA 1SMDA 4CD6A 5LA0A 1HVXA 1UKTA 5I0DA 3BSHA 4F79A 3CH9A 3VUPA 2CETA 2ZXDA 4WKHA 4AZCB 3PZGA 1W3LA 2DH2A 1KGWA 3GH7A 1M04A 1PIFA 3HN3A 1ITCA 4W86A 1CGVA 3WNKA 4C7GA 3D3AA 1JYNA 3VNYA 3FY1A 2JF6A 3VDCA 4WKAA 4WIWA 1O6IA 1RP8A 1J01A 1CXHA 3ARUA 4QLLA 5A6BA 3B8SA 2X1IA 2PWGA 3QGVA 1Q4NX 1Q6EA 2D0GA 3MMUA 1XV8A 4AXNA 2D1ZA 3GXMA 2X09A 3AISA 3UCQA 2ZX6A 5IHRA 3WNLA 2OWCA 3GTNA 2ZX7A 3PTKA 1I1XA 4ATWA 1JZ7A 1IV8A 3PZVA 2G4FA 4WJXA 5C71A 5GPRA 3HMCA 1H2JA 4GZIA 1K9TA 1W9XA 2X8RA 1J10A 1JD9A 4HU0A 2WC4A 1V3IA 3SCUA 2WWCA 4Z2JA 2GK1B 1WDQA 1OGBA 4JCMA 3U7BA 3WEZA 2WVUA 2XWDA 1LJYA 1PZ3A 3EBVA 1JF5A 4QP0A 5CPSA 3WDQA 2XSAA 2WHLA 1H5VA 1OGSA 1H41A 4P7NA 1NP0A 3SUUA 1VFFA 2XVLA 1TCMA 3AIBA 1W1TA 3MS8A 2QV4A 3WELA 1QOXA 3VINA 2VL4A 4W8BA 3WUFA 6TAAA 1CTNA 3ZSTA 3ARXA 4W84A 1QNOA 1W9DM 4U5KA 1XD0A 1V6WA 4CU8A 3U5UA 3MUIA 4UNIA 3K8MA 5E70A 2JALA 4P7RA 1HJXA 3AMKA 5ABGA 5BROA 3UESA 1UH2A 3N18A 3L4VA 2VX6A 2ZWZA 1KCLA 2JEPA 5DT7A 3LPGA 5JUVA 2DT1A 1V3MA 5D8WA 3N13A 1UUQA 4J3XA 4HMDA 2W5FA 1JDDA 3F5LA 1CECA 4WSJA 4FMVA 1UZ1A 1E71M 3W0KA 2XIIA 1OINA 1W9BM 1KXVA 2BS9A 2ZOXA 4UFJA 2TAAA 2YA0A 3CUIA 2WKGA 1SYTA 1XD1A 1LF1A 4ZFMA 1MW2A 3KE0A 3N15A 1F4AA 1MFUA 3J7HA 5D9PA 2XFFA 1NOWA 1R86A 3VIKA 3ARTA 1OIFA 2VO5A 1WPCA 2RGMA 4GZJA 1MYRA 5JIPA 4JFUA 2ZUNA 1XH1A 5A8PA 2EPKX 2UY5A 4QAWA 2GDVA 4HOWA 5BXTA 3WF0A 2WC3A 4CN1A 3A3HA 1VJSA 4PMXA 2IXUA 3N17A 4QFUA 1UWIA 3TTOA 1Y7VA 4W8AA 4OBSA 4DWSD 2E8YA 5FOOA 4D6CA 3WQ5A 3D5HA 4A4AA 3A4XA 4Y7EA 2VMFA 3FAWA 5DF0A 1C7TA 1OSEA 3BH4A 1BG9A 3M46A 1GVIA 4JKKA 3ZT5A 1V02A 2O92A 1E6PA 3QHMA 4MB3A 2ZUVA 3CUGA 1AQHA 1VBUA 3L4YA 4A3HA 4OBRA 5GQBA 2C0HA 3VMNA 1E15A 1FH7A 3ARVA 1ISVA 1HF6A 3W25A 4HPHA 3WDPP 1AQMA 1NARA 3NIYA 2WW5A 3QHOA 3TP4A 3ALGA 2JIWA 3NDYA 2XPKA 4AIEA 3VIJA 3GXDA 1HN1A 3WMSA 2ZX5A 3CUFA 4AMCA 4PMVA 4U3AA 2EO7A 2G41A 5CPTA 1W9UA 4TX6A 3CZKA 3CBWA 1MW1A 1N82A 4BZYA 4DUVA 4KRTA 2PB1A 1B90A 3SCRA 1PX8A 3SCPA 1ZL1A 1CGUA 5IFTA 3SUTA 4AZIA 2VZSA 1UD5A 2Q8XA 4UQBA 5C70A 1V3LA 1WDRA 2WHMA 5KEZA 4OJYA 3AQUA 1J12A 2J7FA 4X9YA 2D22A 4GQRA 3VILA 1VF8A 2CYGA 1XSJA 2O9PA 4NRRA 3AZTA 2W66A 4F66A 2VCBA 3B9AA 2V3EA 3VX0A 3K46A 5FD0A 1ZBKA 3N9KA 1OT1A 2QPUA 4JKMA 2WBKA 3W81A 1KBBA 1CGXA 1ZB5A 1CDGA 5I79A 1UKQA 3MV01 3AXHA 5HDRA 2WAGA 4NRSA 1MFVA 1JZ2A 1KCKA 1NOUA 3DHUA 3IJ8A 1W1VA 1HKKA 7A3HA 1E6QM 4PMQA 4J3TA 1BHGA 2F8QA 3MMDA 5FCZA 2CPUA 1XRVA 1OB0A 1WAWA 1VEMA 3WBAA 2YLAA 1E0WA 4XZBA 1E6RA 1JZ8A 3SIMA 1EIBA 4B9YA 2UY2A 1U30A 1W3KA 1B1YA 1E72M 3OBAA 1TE1A 2W62A 1EDQA 2YBTA 3K8KA 1CLVA 3AXXA 4U2ZA 3WH9A 1JDCA 1BGAA 5BWFA 2WYSA 3VD4A 1WB0A 4DUXA 1JNDA 1NOFA 1EOKA 3M6DA 4E4PA 4PSRA 2YKKA 2ZXAA 1BSIA 2VCCA 2Y2WA 3TTYA 2FHCA 1FHLA 4LXFA 2EPLX 4JHOA 4ZE5A 1BGGA 3GXFA 1E6XM 2GSJA 2WSPA 1K9FA 2ZICA 3PZOA 2D20A 3RO8A 4CVWA 1QPKA 5M03A 4V27A 1HP5A 4XZWA 1MW3A 2WPGA 3OGSA 2A3CA 4M81A 1PBGA 2FH6A 4OIFA 1LL7A 3AMGA 1G1YA 2D23A 1ISXA 4HOXA 4WF7A 1QNSA 1IZKA 1VFUA 2WCAA 1E3XA 1KWGA 3TTQA 3ZM8A 4DWSB 1CEOA 3DECA 5FKYA 3GBDA 1JZ3A 4D6FA 4RL3A 2GJXB 4F8XA 1TFVA 2Y24A 2QHAA 3PZ9A 4AZCA 4P7LA 3BAYA 4ACYA 1FP8A 2UY3A 3FAXA 1UA3A 2A3AA 4Z2IA 3AMLA 3L2MA 3UG3A 1E5JA 2CBJA 4S3JA 5EFDA 2CEQA 2QMKA 2DSZA 1WZLA 1CGTA 3ZT6A 4V2XA 1DWAM 2ZXQA 3W6LA 1E40A 2WKLA 5A6LA 1JGIA 3ZJ6A 4D1IA 4M82A 4CCEA 3WDIA 2NW0A 1BYAA 2HISA 3PTMA 1K9EA 4HP5A 4Q22A 1DP0A 4H8HA 4C7FA 3AMCA 4PMZA 3ZJ8A 2WC7A 1NH6A 3IANA 1KWKA 5I78A 2DIJA 3NCOA 1QI3A 1UYQA 1LWJA 1E5NA 3A6OA 2WXDM 1US3A 3GBEA 1PPIA 3QHNA 2WZEA 5AY7A 3AZSA 1V0KA 4TXEA 2WWDA 4HZ7A 4GIAA 2GK1A 2FHBA 4PTVA 1EGZA 4GI8A 4KGJA 3AOFA 1JAEA 2DGAA 1WCGA 3PBGA 3WF4A 4GO8A 4CUCA 3DYPA 1KQZA 2J7BA 1A3HA 5HOSA 3CZGA 4OKDA 1G5AA 1GW1A 1E4MM 4UFHA 2XIBA 3EDEA 3CHEA 3RM9A 5LYRA 4UCFA 3SCSA 3BLKA 3CMJA 3MUY1 4H04A 1H1NA 1XYFA 1C91A 4W85A 1UWSA 3WEMA 2JEQA 3VIPA 3BSGA 3CZ8A 2ZUMA 2WVTA 4W7VA 1BG4A 4PMYA 4P8UA 4AZBA 2WLYA 4B16A 3EDFA 5CGMA 5ABFA 1GPFA 5A6BD 2ZE0A 3GH5A 1BLIA 1WZMA 1KR1A 1EHNA 1SFSA 2PI6A 1AVAA 1W1PA 1E55A 1V6VA 2EPMX 1UWQA 4MTVA 4HA4A 4HZ6A 3AHYA 1NM9A 1V02E 2DSKA 5CZKA 2VURA 4R27A 4BQ5A 1CWYA 4PTWA 4UZSA 2E4TA 2JE8A 3GYCA 3MSDA 1H49A 1XC6A 1QHPA 1VRXA 1GOWA 2YL8A 3VU2A 2AAAA 4CD5A 1HKIA 5A8OA 3RPMA 1OGGA 1E70M 2WHKA 2WK2A 4W89A 1XHGA 3BMVA 3OIHA 3NYDA 3VMOA 4BCEA 1IZJA 2V5DA 2A3BA 3AROA 1XSKA 2BVYA 1JI2A 4C7DA 1RD6A 2VX5A 3F5KA 1TUXA 4NZCA 2YL9A 4B3KA 3SCNA 1GQLA 4D6GA 4CU6A 2D0HA 3T0AA 1OIMA 3W24A 3AYSA 4AIUA 3RMEA 2BY3A 5CQ1A 1EXPA 2VR4A 3VGDA 3WUBA 3W26A 1DHKA 4BS0A 2J78A 3CZEA 2OLHA 2G8ZA 2YJQA 5CPQA 1G01A 2J8FA 3CO4A 3ARQA 2XGIA 3SUSA 5FIPA 3E1F1 4MAVA 1ESWA 1UWUA 4ZE4A 4ATLA 3RJYA 1KGXA 1AQ0A 2Y4SA 3G6LA 1V0MA 2GJRA 3N12A 5C8BB 1J18A 4ZENA 1FFQA 2YDRA 1BYBA 3OG2A 4LYQA 4FLSA 1QNQA 1ISZA 2PBGA 2VZOA 1BYDA 3DC0A 3EDDA 4FLRA 1K9DA 1OBAA 1PIGA 3WNNA 4XX6A 3UEQA 4QCEA 1EQCA 2GJPA 2ZIDA 2J47A 1R8LA 3WN6A 1DWHM 3NJ3A 5D4YA 4HTYA 4MNMA 2D0FA 3AS2A 2YA1A 3KL3A 4W8LA 3S6TA 1MQQA 3CIVA 1QW8A 2W61A 3T2OA 4DUWA 2DEPA 4LQ1A 5BRQA 3M07A 2CHNA 4M56A 2W92A 1H3GA 4TX8A 1MQRA 5JH8A 2OSYA 1X1NA 3AHZA 2E0PA 4W87A 3W27A 3SCQA 5I24A 3DYOA 4CGTA 3RILA 1ZU8A 2WZHA 1J11A 2YOCA 4AZ6A 5A6SA 2J4GA 4PBGA 3U5YA 3ZQ9A 4AZ7A 1KB3A 4UQ9A 5EB8A 1QW9A 3LMYA 5AC4A 1HJVA 1JNEA 1UWTA 2VJXA 4HU8A 5F7UA 1K6AA 1HKMA 1H11A 4PMNA 4EK7A 2ZUUA 3AIEA 3WF2A 4U3CA 1P6WA 4QDMA 4DM2A 2WMJA 5CXPA 5JBEA 2WMGA 5EFFA 4BA0A 1GHSA 5DMYA 2XJ7A 4PTXA 5I77A 4U33A 1HJQA 1EH9A 3WL1A 4RE4A 1CZ1A 1H09A 1GJUA 1JXJA 4N42A 1FOBA 4GZEA 1WDSA 1OWQA 1QI2A 3U57A 1MQPA 3FN9A 3ARYA 2QLYA 4Q7NA 3AS3A 3WUEA 1TR1A 2BY2A 4M8UA 5A94A 1SR0A 1WO2A 5DO8A 2CITA 4UFIA 1GJWA 1GHRA 3AIVA 1QI0A 3LPOA 4PUEA 2BFGA 1UR9A 1UD6A 1HXJA 2OWXA 3SCOA 1V3JA 2BXYA 3POCA 4B15A 2EEXA 3SCVA 1BF2A 5M17A 1KR0A 2J74A 2VZVA 1KBKA 1WZAA 4D6EA 3II1A 4TUFA 1V6UA 4D6IA 1ZBVA 4X0NA 1C7SA 1V6YA 3ZJ7A 3W28A 4CCCA 3G6MA 3BLPX 2WVVB 3CGTA 2J77A 3UR7A 2FGZA 1G94A 5A6MA 1M01A 4TVCA 4PYSA 4IPNB 5D9NA 4M1RA 1EHAA 2V38A 1GOQA 8A3HA 2ZUTA 3SEPA 3NSXA 1QBAA 4JCLA 5BXPA 1AMYA 2E9BA 3LPPA 4ACZB 4MB1A 4GQQA 2OWWA 4ZXOA 4S3KA 4WK9A 1GZJA 4PUDA 2DQXA 4CN6A 3TTSA 4GO9A 3KL0A 2FH8A 3TA9A 2W67A 4DWSA 1HL9A 5A69A 4IISA 4D6JA 1W3JA 3AIQA 5CSUA 1UR0A 1UKOA 3OLDA 2E9LA 4KH2A 5CGTA 5I23A 3VIIA 1TA3B 4OUEA 2CBVA 3PZNA 3WF3A 2GJXA 3FNDA 3BC9A 5D9OA 3ZIZA 3AYRA 5E6ZA 3HJEA 3WKZA 2E9MA 2J7CA 2XVKA 2DSUA 3L4TA 3WQ8A 1PZ2A 5HBFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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