4S3KA

Crystal structure of the bacillus megaterium qm b1551 spore cortex-lytic enzyme slel
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
433
structure length
429
Chain Sequence
GGFAQIYTVKAGDSIYSIAKQFRIDAGKIIRANELPNPNQLVIGQSMVIPINGTYYTVKAGDTIWKVGRKLGVSYQAIANANNVSVTAPLTPGRRILIPPSPNKRNGEFLGYVETSNRKITPQTEKMINQNAKYLTYLGPANFEVQKDGSLKAPPLNNLGSIAKENDVIFLMVLANIENGAFSDEVGRAILNNKDVQDTLLNNIVKTAKEQNFRDIHFDFEFLRPADKEAYIAFLQKAKKRLQDEQLLMSVALAPKTSRDQKGKWYEAHDYKAIGEIANFVVPMTYEGGPPMAVSPIGPVRDVLEYAVSEIPSSKIIMGQNLYGYDWTLPYKPGGEYAKAISPQRAIELAARYKVAIQYDNKAQAPFFRYKDEQQRTHEVWFEDARSIQAKFDLIKELKLRGMAYWKLGLDFPQNWLLIEDNFKITKRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Spore germination protein YaaH
publication title Structural and functional analysis of SleL, a peptidoglycan lysin involved in germination of Bacillus spores.
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus megaterium
total genus 142
structure length 429
sequence length 433
ec nomenclature ec 3.2.1.-:
pdb deposition date 2015-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
A PF01476 LysM LysM domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4s3kA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4s3kA02
3GXMA 2XVNA 5CQ1A 3PTKA 1GORA 1TVNA 1FH7A 3VIKA 1XC6A 2WZHA 4LYRA 1WCGA 4DM2A 1QW9A 4D71A 4UQCA 3N18A 1DWJM 2J7GA 2UY5A 4W8LA 1ZJAA 2BS9A 2YIHA 4GQQA 4S3KA 1E15A 4D1IA 1J18A 1Y7VA 3ZJ7A 2VX4A 5CGTA 3AXIA 4IUGA 1VENA 4GZJA 4TVCA 1H3GA 1HN1A 4IM4A 5KEZA 3PZIA 3T09A 4MB1A 4D6IA 2J74A 4UZUA 2ZUUA 1EA9C 2C8NA 1E9LA 2EEXA 3AROA 2FDMA 1L8NA 2X0YA 5BWFA 2UY2A 3KL3A 1BAGA 1E0VA 4L4OA 4PTWA 2VO5A 4MNJA 1N82A 4WKFA 1ZL1A 3FN9A 4PUEA 2X8RA 3WKZA 2J7CA 2Y24A 4HZ7A 5AYIA 3UG3A 3WMSA 1UD6A 4AMCA 3CZGA 1YHTA 2GJPA 3GH4A 4HA4A 4ZE5A 3SCVA 1E56A 3AS0A 3O6AA 4NRRA 2VX6A 1QI5A 4PMNA 4UFKA 1B31A 2WWDA 1CGUA 1E1FA 1ZB5A 2Q8XA 1UWRA 1W2PA 4B9ZA 1KGXA 1JF5A 3W53A 3VIIA 4LQ1A 5E09A 1B3XA 3QR3A 5I0DA 3W24A 3ARTA 4PRWA 3VIOA 3POCA 2WMIA 3N12A 4H8HA 3K4AA 3UESA 3RPMA 3RMEA 1ISVA 3GBEA 1M04A 1E4IA 2YL6A 2GK1B 2JALA 2WPGA 3AHYA 1OSEA 1J10A 4MAZA 4P7OA 1V3HA 2BXYA 3WDPP 1KWGA 1LL6A 2ZXDA 1NARA 1QNOA 4WLCA 3POHA 3GNRA 4BA0A 2FGLA 4PMUA 1J0YA 2VVSA 3HU7A 4WKHA 4XZWA 2CPUA 5GNZA 2E8YA 4PTXA 2A3CA 1YQ2A 2ZUNA 3PZGA 3ZQ9A 3W29A 2YL5A 4LPCA 2DH2A 4R5EA 4AZCA 1X1NA 2EJ1A 4ACYA 3ZJ6A 1WZKA 1XSIA 1B3ZA 4EAMA 3KE0A 3WD2A 1XGZA 3GBDA 3PZOA 5D9OA 4CCEA 4U33A 3VGBA 1HNYA 3AZSA 3GDBA 2YLAA 2CHOA 2A3HA 3TTOA 2BV9A 3VO0A 1GHRA 2CBJA 3OZPA 4AXNA 3CZJA 3WUEA 4M1RA 3N1AA 5FKYA 1NOUA 4IPNB 5DFAA 3FNDA 4PEEA 1MWOA 1UQZA 3EBVA 5FL0A 5HPOA 3NIYA 1ZU8A 3WDJA 3S2CA 2JEPA 1E6QM 4PYSA 5DMYA 3AMLA 2CBUA 1QI2A 6A3HA 1AVAA 1UR8A 1XYFA 3HMCA 3WFZA 1QPKA 4KRUA 3SURA 3HJEA 3FAXA 1VB9A 5E9AA 1GW1A 2W61A 1MW2A 4D6CA 1HP4A 3E1F1 3T08A 1LQ0A 2F8QA 4PN2A 4XX6A 3L4WA 4ZXOA 1H1NA 5HOSA 3W37A 3SCPA 4CU8A 1IZJA 1V08A 4ZEPA 5I6SA 5M5DA 5M03A 4B3KA 1CGXA 4J3TA 5CPQA 1W1VA 1OT2A 1TA3A 1JD9A 1XCWA 3GZAA 1CXFA 3VGGA 1HP5A 1U2YA 1UKPA 4QCEA 4CN4A 1R85A 2VC9A 1XSJA 1Q6CA 1XH1A 2BHUA 3PZTA 4CUCA 4YPJA 4HMDA 4AD2A 1H2JA 4CD5A 4JFWA 3CZKA 3VGHA 1ZBVA 2WC3A 1BG9A 1CDGA 2NT0A 4TXEA 2WC4A 1U33A 1CEOA 4HOZA 3N15A 4PMZA 4UCFA 4CD6A 2NT1A 1KXVA 2J78A 1GVIA 2YDSA 2AAAA 1RP8A 3AHZA 5CLTA 1EIBA 2GJRA 1OBAA 5ABFB 3CUJA 3DYPA 3MUAA 5BCAA 1JZ7A 1WP6A 1CTNA 4W8AA 3VTRA 5A6BD 1PJ9A 2WZEA 1NP2A 1PEZA 3U5UA 1TR1A 1GJUA 3KZSA 3SEPA 5A6JA 2VZTA 1PAMA 3VMOA 4AZGA 4P8VA 3MUIA 4GI9A 4UOZA 1JDDA 2YLLA 3U57A 1I1XA 1DP0A 1DWHM 1CENA 4W93A 4M80A 4DUVA 4H2CA 2XVKA 1V0LA 3WENA 2XFFA 4JL1A 3ZMRA 3SUSA 5A8MA 3EDKA 1SYTA 4C7DA 2VQUA 1E6ZA 4E8CA 3AOFA 1V6YA 4KH2A 4MNLA 1JZ3A 3OZOA 1C91A 5TD4A 2CEQA 4M81A 3THCA 3OLDA 3LPOA 4U5KA 3VM7A 4JHOA 2VCCA 2VCAA 4AW7A 3AYRA 5GPRA 2D0HA 3NDYA 1WAWA 1C8QA 3BMWA 3PTQA 1W3HA 5BXTA 3CLWA 1ISXA 2V3EA 3WQ6A 3TTQA 1GONA 4D6HA 2XGIA 1TMQA 1D2KA 3UG4A 3AXXA 5BXSA 1ZS2A 1QI3A 1UWUA 1H0GA 1E6XM 3WF2A 3WH9A 4MDOA 3ARRA 1DEDA 4FLQA 2XG9A 1JZ5A 3UETA 3CBWA 4Q22A 3WNPA 4GO8A 4A3YA 4F8XA 2ZWZA 1XRVA 2EPNA 3BSHA 5A2CA 3EDDA 3QHNA 3TOPA 3ZJ8A 2GVYA 4E4PA 3JUGA 3L4ZA 1EDTA 1UWIA 2ZUTA 2MANA 3RCNA 1WPCA 3QGVA 4UZSA 1JZ8A 4AZ7A 2C7FA 3WEZA 2TAAA 1JFXA 1H49A 3CHCA 4BQ5A 3VX0A 4X9YA 1K9EA 1GHSA 1MQPA 3WH7A 3W38A 5HPCA 5ABHA 4GXPA 9CGTA 1VJZA 2WMFA 3VDAA 1RH9A 3WF1A 4HA3A 2ZE0A 3VIHA 3WQ8A 3GNPA 5C70A 1BGGA 2PWHA 2E9BA 2WHJA 4CU7A 3CUHA 3ARYA 1GOWA 1BVZA 4RE4A 1LG1A 2DSVA 2VTFA 1UOKA 1VJSA 3SCQA 1NM9A 2J7FA 4QLKA 1IT0A 3AIWA 2O92A 1EHNA 1PIFA 4UQ9A 1B1YA 1E71M 3MMDA 3B8SA 2C0HA 1UH2A 2GJXB 5BRPA 3N04A 1OCQA 3AZRA 4DWSD 1NWRA 2OYMA 1GZJA 1H11A 3TTYA 4ZE4A 3M7SA 3VINA 1FHLA 3A47A 2W66A 3RM4A 1AMYA 3II1A 2ZXBA 4MPKA 2BY3A 4ACZB 3TONA 1BYBA 1QHPA 1MXDA 3WDHA 1W2VA 3VX1A 4H7VA 3WSUA 4BZYA 3AIEA 1WDQA 2CITA 2OWXA 1VFMA 4ZFMA 3GNOA 1JXKA 2ZUVA 3MMWA 2E8ZA 1LWHA 4AD3A 3NSNA 1C93A 1FHDA 3ZM8A 5IHRA 4Z2KA 2BY2A 1CLVA 1G9HA 4CD8A 1EO7A 1CGYA 4BQ2A 3WNNA 4CGTA 1UKOA 2W67A 4DWSB 3N17A 5A94A 3IANA 3AICA 1TG7A 4W7UA 1QI0A 2J7DA 1VBUA 1OIMA 1WKYA 2X1IA 3VMPA 2W5FA 1OB0A 1E6NA 1QNRA 7CGTA 4PMRA 1UKSA 3QHOA 5CG0A 1LL7A 1C8YA 3AMCA 5HDRA 2IUZA 4A3HA 3ZSSA 5LA2A 3L2LA 4UR9A 4DUWA 2O9RA 5LYRA 2ZXAA 4H8UA 3AIBA 2YDQA 2D1ZA 4PMOA 1Q4NX 1FOBA 1CBGA 4PSPA 4OBSA 2QMJA 2JIWA 1IZKA 3B9EA 3L4UA 3MSDA 3IJ9A 2NW0A 4AWEA 2WW5A 1MVYA 3WBEA 1QW8A 2G3IA 3ARXA 1E73M 1R87A 3AZTA 3RO8A 3UR7A 2CXGA 5HBFA 4ZENA 3VDBA 3BLKA 1DWGM 4XV0A 3MSGA 2VX5A 5E0CA 1EOKA 1B30A 3AMKA 8CGTA 3WL1A 2GK1A 3KWXA 4MDPA 4QAWA 1CPUA 4JFSA 2ZX6A 3SCNA 3MV01 3OIHA 2D24A 3GTNA 5ABEA 2XUCA 4U5IA 1HXJA 1JDCA 2WAGA 4P7RA 3WD3A 4J3SA 5JH8A 1OT1A 2CBIA 5JBFA 1UR9A 2YA1A 4EK7A 2A3EA 2XWDA 4PMVA 5EFDA 2WMJA 3WUFA 1VBRA 4JKMA 1EDQA 3DYOA 3BAXA 2G8ZA 1W3KA 3GH5A 4C7GA 4QCFA 3AQUA 2V5CA 2OSYA 1JI2A 4UFHA 3CMGA 4MTVA 1CNVA 3PZUA 4KMQA 3GXIA 3K46A 2DDXA 1KWKA 2YKKA 1W1PA 3CZ8A 4ATLA 2EQDA 2Y4SA 1CIUA 1BG4A 1W9UA 3VVGA 1V0NA 4RE3A 1I75A 1K9FA 2FH6A 2D2OA 2XYLA 4D6EA 3OLIA 1J0IA 4WF7A 3W6MA 1H5VA 4D1JA 1JYVA 4LYPA 1ITCA 1NOWA 2BXZA 1W9DM 4DM1A 2JE8A 5JIWA 1LJYA 3CGTA 4NZCA 1CXHA 3AMDA 3ZO9A 4PMXA 3EMQA 3MANA 3VIPA 1CGVA 2ZIDA 3VOCA 1QBAA 1ZJBA 3TP4A 2YDRA 1BSIA 1HVQA 4UQDA 2XM1A 4M82A 1TFVA 2DH3A 1NWSA 4AZIA 3WMCA 5IXEA 2VVNA 3AISA 3AXHA 3WELA 1H0IA 1X6LA 1B9ZA 3F5LA 1QVBA 1V03A 3WN6A 1Q6FA 1H41A 3AS3A 4AIUA 1B3YA 4TTUA 1OIFA 4AYSA 2E40A 2CBVA 2WSKA 3F5KA 3W82A 1XCXA 2E3ZA 1QNSA 3CO4A 5D4YA 1L0PA 2W4XA 1GQIA 3OLEA 5A8NA 3WQ5A 3APGA 1TUXA 3PZVA 4PCSA 4Z2JA 2UY4A 3AIQA 4R27A 3MMUA 2VZVA 1WE5A 3VIFA 1CGTA 1KGWA 2OYKA 1I1WA 1BGAA 4AD0A 8A3HA 2CERA 3ARQA 3IJ7A 3A4WA 4B15A 1HKJA 2WLYA 1UH3A 3WDQA 1BQCA 5E6ZA 4AZ6A 2FHBA 3SUVA 1MW1A 3W25A 1ITXA 5AC4A 3NUKA 3GYCA 3BAWA 3W0KA 2PF0A 4RE2A 1M7XA 1HKKA 1WNOA 1R8LA 1VEPA 1FP9A 3AS1A 1J01A 4OUEA 5CSUA 2B31A 3EMCA 4AEFA 1H4PA 1W9XA 3NDZA 1GOKA 1E72M 2D3LA 4J3VA 1RP9A 3I3BA 2DPEA 1V6WA 1UR4A 3M07A 1E0WA 1QI4A 1ESWA 4OOZA 3WQ4A 1B3WA 2VR4A 3CZEA 2GSJA 1PX3A 2ZX5A 1B3VA 1JDAA 1NWTA 3W28A 1VRXA 2Z1SA 4YN5A 1EOMA 5HNNA 3M46A 3VD5A 2F61A 1QHOA 3OGRA 4WSJA 4AD5A 1J11A 3K8MA 4FLOA 5M17A 2DSWA 2PWGA 3KL0A 1GCYA 2BNJA 4JKLA 4S3JA 5A6BA 2GDVA 4KRTA 2PWEA 2VZSA 3G6MA 3EMZA 5DT5A 1BFNA 4TX8A 4J3XA 3IJ8A 1HF6A 2QLYA 4GKLA 1W1YA 3MU7A 5EFFA 3T2OA 4CVWA 1TVPA 1XHGA 2X05A 4ZXLA 2WHKA 2CETA 2WMIB 4J3UA 1M53A 4MB5A 2WNWA 3AHXA 1G1YA 1JAEA 1W9PA 2AMGA 5KZ6A 2PI6A 4FMVA 4UOJA 4M24A 3A4XA 1E0XA 1R7OA 4CVUA 1UZ4A 1BTCA 1EO5A 2D22A 2CIPA 4UTFA 5A8PA 1PBGA 2OWCA 2WMKA 5FCZA 2OSWA 3M6DA 1HL9A 1NQ6A 1GOIA 1HJXA 1GOOA 2OYLA 1E1EA 1XV8A 1XH2A 3EYPA 5DF0A 3DC0A 2VR5A 2ZX8A 2WCSA 5IFTA 3ALGA 1D7FA 3AIUA 2OSXA 1J0ZA 2XIIA 3VKKA 1JZ4A 2ZX7A 2CESA 1PIGA 5A6SA 1MQQA 1ODUA 3WH5A 5FIPA 1UA3A 4H04A 3CUFA 1XH0A 3PZ9A 5CGMA 1E4LA 2DQXA 3ECQA 2O9OA 4IISA 2CNCA 3WEMA 6CGTA 4PTMA 5FD0A 4QLLA 3SCOA 4CN1A 4BCEA 5A6LA 1HJQA 1MXGA 1DWIM 1O7AA 4Y7EA 1LWJA 5DEZA 2VRKA 3N9KA 3WD0A 2XM2A 4OBRA 4W86A 4ATWA 4NRSA 3WNLA 1TE1A 4EE9A 2XVPA 2EPOA 3MKKA 3T2QA 4GPNA 4U2YA 4PSRA 3MUZ1 4QDMA 5DT7A 2WWCA 1A47A 2WCAA 2CKRA 3CTTA 3MUY1 4ATDA 1UR0A 3AIRA 4ML4A 4E2OA 3D3AA 4UNIA 1G0CA 1EQPA 2WVSA 4U31A 4HU0A 4ACZA 2VURA 3WH8A 1FFQA 3AMGA 1KXTA 3W27A 1ODZA 4HZ6A 4HMCA 3MV11 4PTVA 2XPKA 1JNDA 2YA2A 2NSXA 3VPLA 3RIKA 4LYQA 4Z2IA 1BYAA 3I3DA 1BHGA 1GQLA 1F4AA 2YJQA 1H09A 1W1TA 3TTSA 1W9VA 2WVVA 4W5ZA 1DHKA 3ZT6A 2FH8A 4OIFA 4UQBA 3WY1A 3ZIZA 1G5AA 5FL1A 4OJYA 4WK9A 3A4AA 3WBAA 4UFIA 2ZX9A 4BQ4A 4YHEA 5A95A 1UKQA 2PWDA 3U5YA 4OOUA 1M01A 2GDUA 4EKJA 1Q6DA 4H8VA 1V3JA 3FY1A 3ZT7A 1GJWA 2HVMA 1VEOA 4W84A 1C90A 3AIVA 4CU6A 3ARWA 3U7BA 3VNZA 2XWEA 1F4HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ICS A;  2JAL A;  2HS8 A;  1Z44 A;  3AJX A;  2WPG A;  4JFM A;  3ELF A;  4IMG A;  1V3H A;  1US0 A;  4JX6 A;  3WDP P;  4QXI A;  3SY1 A;  1EUN A;  3R7M A;  2A1Y A;  4DBE A;  4WLC A;  3FA3 A;  3POH A;  4RZ4 A;  3GNR A;  2YDA A;  1TPF A;  4KCW A;  3QW4 B;  2Q09 A;  3Q2D A;  1NFP A;  3HU7 A;  1Z48 A;  2E8Y A;  2A3C A;  4INF A;  3W7M A;  1P4C A;  1KKR A;  2HSA A;  3V75 A;  3QQ0 A;  3FST A;  1AW2 A;  2FVL A;  4RDV A;  4R5E A;  4ZMG A;  3LQL A;  1X1N A;  4O1C A;  4LY8 A;  2GQ3 A;  4C1N B;  1XSI A;  3T44 A;  2W79 A;  4EAM A;  1XGZ A;  1DJQ A;  5D9O A;  4U33 A;  3STC A;  4HNN A;  3S4T A;  3GDB A;  1QAT A;  1OYA A;  2CHO A;  1QCW A;  3VO0 A;  2RAG A;  3LCW A;  1F6Y A;  3NO3 A;  1R9X A;  3KLL A;  2PTY A;  1YXC A;  1RVG A;  3N1A A;  4IPN B;  4US5 D;  4PEE A;  4QE5 A;  3GAY A;  3M0H A;  5T8G A;  4G7F A;  1KCZ A;  3TJI A;  1FKI A;  2JEP A;  5DMY A;  4JEQ A;  3OVP A;  1XYF A;  3U3H A;  2M2A A;  4O19 A;  4JDB A;  3V1H A;  3USZ A;  1VB9 A;  2A21 A;  2QQ6 A;  1MW2 A;  2G5W A;  4OGZ A;  3T08 A;  1T96 A;  3IVS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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