1E9LA

The crystal structure of novel mammalian lectin ym1 suggests a saccharide binding site
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
YQLMCYYTSWAKDRPIEGSFKPGNIDPCLCTHLIYAFAGMQNNEITYTHEQDLRDYEALNGLKDKNTELKTLLAIGGWKFGPAPFSAMVSTPQNRQIFIQSVIRFLRQYNFDGLNLDWQYPGSRGSPPKDKHLFSVLVKEMRKAFEEESVEKDIPRLLLTSTGAGIIDVIKSGYKIPELSQSLDYIQVMTYDLHDPKDGYTGENSPLYKSPYDIGKSADLNVDSIISYWKDHGAASEKLIVGFPAYGHTFILSDPSKTGIGAPTISTGPPGKYTDESGLLAYYEVCTFLNEGATEVWDAPQEVPYAYQGNEWVGYDNVRSFKLKAQWLKDNNLGGAVVWPLDMDDFSGSFCHQRHFPLTSTLKGDLNIHSAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Crystal Structure of a Novel Mammalian Lectin, Ym1, Suggests a Saccharide Binding Site
pubmed doi rcsb
molecule keywords YM1 SECRETORY PROTEIN
molecule tags Macrophage secretory protein
total genus 106
structure length 372
sequence length 372
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2000-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1e9lA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1e9lA01
2CXGA 1EOMA 1XH1A 1V3KA 1CLXA 1V3HA 1EGZA 4LYPA 2XTKA 5BXPA 1M01A 3A4WA 1GOKA 5LYRA 1UH4A 3N1AA 2WB5A 1RH9A 3IAQA 3G6MA 4RE2A 4MADA 2BY2A 3AIVA 5JBDA 2V3FA 2DPEA 2GUYA 1MXGA 3AIBA 4MB1A 3U5YA 3RPMA 3GH5A 1UG6A 1G01A 1W1VA 3WD0A 4UR9A 3VX0A 4CN1A 3NUKA 1R8LA 2IXUA 3NSXA 3RDKA 5DFAA 2XUCA 2CHNA 3WH8A 3DECA 4H04A 1OGSA 1ISYA 1GQLA 4MJ2A 1CYGA 3EDJA 1JAEA 1UD2A 2OWCA 1JDCA 1ZBCA 3A47A 4DWSD 1YHTA 2FGZA 3QHOA 3AHYA 5A8MA 2YKKA 4GZIA 3AYRA 3MV01 4PMZA 1C90A 2CPUA 4Z2LA 1GQIA 1ZS2A 2PWDA 1R86A 1ZBVA 1GCYA 1V02E 3NSMA 1QW8A 4ATLA 4UCFA 5E6ZA 4AZCA 4ZE4A 2YLLA 3RCNA 3ZJ7A 2QHAA 1XV8A 5FL0A 5E09A 5GQBA 2XSAA 3CBWA 1WE5A 3AICA 4CKQA 2WVVA 2FHFA 1CPUA 2PI6A 3W82A 5EBAA 4UFHA 1CXKA 1Z32X 4WLCA 3WMBA 4HA1A 2VCBA 1UWIA 3WELA 3VIPA 4MNMA 1ITXA 1UYQA 1HVQA 2F61A 5KZ6A 3CZ8A 2WHMA 4M81A 3ALGA 1JDAA 3KL0A 4JCMA 1M04A 2J7DA 3WH7A 1TE1A 4NRSA 3WIJA 3KWXA 2VMFA 3TTSA 4UQDA 1MVYA 3G6LA 4GQRA 3L4UA 2BHYA 2D1ZA 4IPNB 4EANA 1QI4A 3O2LA 3VIHA 1VAHA 5A8OA 2CITA 1G9HA 4RE3A 3HU7A 1BGAA 4Z2IA 1KCKA 1QVBA 3VD3A 2W67A 4WK9A 3ZT5A 1AMYA 4LQ1A 4NRRA 2EPKX 1B9ZA 4N42A 1W3JA 1HJUA 3BLPX 1H0IA 1E73M 1E6NA 3K4DA 5AC4A 4U2YA 3IANA 1E0XA 3DHPA 3W27A 1HXJA 1UQZA 1BYBA 5JIPA 1GOIA 5A8NA 5FKYA 5JIWA 3BAJA 4HOXA 4CCCA 3WQ6A 3NYDA 4IPLA 4J3VA 5A3HA 1BTCA 1CGTA 1KCLA 1MW2A 1NQ6A 2YIHA 2WHLA 2VRKA 5I78A 1R7AA 3LPGA 1BLIA 4Q22A 3RJYA 5E6YA 4PMQA 5I6SA 2ZX6A 1CTNA 4J3SA 2UWFA 1GOQA 3DYPA 1GOMA 4LXFA 1ISXA 1B31A 1D3CA 2W91A 2XGIA 4PYSA 2OSYA 2W63A 1UD3A 2WXDM 1E70M 1B30A 3CZKA 3M6DA 1ISVA 5E9AA 4JAWA 4D6JA 3O9NA 3PZQA 4P8WA 2XFFA 1JYNA 5A94A 2YL5A 4PMUA 1E0VA 1PBGA 1U30A 4JKKA 4WSKA 2WLYA 3GTNA 3L4WA 2JF6A 1C3FA 3ZJ6A 1ODZA 4JKMA 5BROA 1TZ7A 1R7OA 2J4GA 2XVKA 3AIRA 3SIMA 4F79A 2PF0A 2WZHA 4HPHA 5IFPA 1GJWA 3W38A 4MDOA 3SUVA 3ARXA 3VIMA 1GONA 2DSZA 4ML4A 1H3GA 4UOQA 1QW9A 2BXZA 3BAYA 1OD0A 4ZEPA 3OZOA 5BRPA 5A6MA 5A6BD 1MW3A 3A3HA 3CPUA 3FHQA 1OT1A 2E8YA 4IM4A 2GDUA 2WYSA 1BYDA 1XSJA 4H8UA 3HMCA 5F7UA 4PSPA 2FHCA 1V0MA 4X0VA 2Y8KA 5LA0A 3I3DA 6TAAA 3GH4A 5D9OA 3AIEA 2J8FA 1UH3A 1H1NA 4P7OA 5ABGA 4DWSB 3F5LA 3BCDA 5LA1A 3L4XA 1KGXA 1UZ1A 2GJXB 2ZUVA 4EKJA 3QOKA 4YHGA 3NCOA 2VTFA 3VIJA 4UQEA 5I3DA 3OIHA 3VIIA 1JIBA 1ZJAA 3SCUA 1KWKA 1LF1A 1E40A 3WQWA 5I5RA 4BS0A 1GQJA 1KXTA 1B90A 3VO0A 1OBAA 3GNRA 4DM2A 2PWFA 3PTMA 3ZR5A 4HPGA 1PAMA 4P7NA 2XWDA 4AZHA 4LX4A 1U33A 2Y4SA 1J9YA 1EHNA 4MAZA 2D0GA 3CHFA 2J7GA 2X2YA 3T0AA 3B8SA 2XG9A 5HXMA 3ZSSA 3IJ7A 2QV4A 4GPNA 3A4AA 4K68A 2AOSA 4AZBA 2W62A 3WKZA 5A6LA 3WDRA 1UR4A 2E0PA 4E4PA 3CHDA 3GXFA 3NJ3A 1W2PA 4ATDA 5DMYA 2XVPA 4GKLA 1JZ8A 1B3ZA 3CH9A 1OGGA 3L4TA 2UY2A 4W7VA 4Q7NA 3AXIA 2YDSA 1UR9A 2X1IA 1GOOA 2J7EA 4HTYA 3UEQA 4P8VA 1JNDA 2EEXA 4XV0A 2CKSA 1HKJA 1JAKA 2BXYA 1MQPA 2F2HA 1NWRA 2X0HA 1EO5A 3MKKA 3ZQ9A 1RP8A 1VENA 5M3WA 4UOJA 4HA3A 3AHTA 3W6LA 3AHZA 4HOWA 3T09A 5C70A 4MTVA 1V03A 3BLKA 3T2PA 2X8RA 2GFTA 1CXHA 1V6WA 2Q8XA 1UWQA 4RL3A 1RD6A 1DWIM 1ZJBA 3T0BA 8A3HA 5DO8A 2X0YA 3K4AA 3RM9A 1FFRA 3CUGA 4UQ9A 4UQBA 5ECUA 3EDDA 2W61A 3L2LA 2Y24A 3SCQA 3WQ4A 3EDFA 3RMEA 3ZT6A 2WVVB 4W89A 4IISA 4W7WA 7TAAA 4XX6A 4PMOA 1LWJA 1E4LA 3VIFA 3POHA 3TP4A 3EBVA 3WD3A 2ZX5A 2VC9A 2GVYA 3VNZA 1W1YA 4CGTA 3II1A 3VM7A 3M07A 1DTUA 1CNVA 1VEOA 5M5DA 2ZUNA 1CBGA 4AIUA 3CHEA 2CBJA 4W85A 1R85A 1UR1A 2CIPA 3ZJ8A 1DWHM 2WKGA 1V6VA 3BXWA 4P7RA 3FXYA 3F5KA 1ZL1A 3D5HA 2E9MA 2WBGA 1JFXA 2BY3A 2YL6A 4FK9A 3VUPA 2CHOA 3N12A 4GI6A 4NI3A 1BGGA 1NWUA 2ZX7A 2WCGA 4JKLA 1SMAA 4PN2A 4BQ5A 4U33A 2DT3A 3UG3A 2EBNA 1TUXA 1DWAM 4YHEA 5FOOA 3CGTA 1XCWA 4OOUA 5BRQA 5BXSA 4U3CA 2Y2WA 4XUYA 3K8KA 2WZEA 4D6EA 2W66A 2WMHA 2DT1A 2WVTA 1IZKA 4CN4A 3ZM8A 5HNNA 4L4PA 1J0KA 2RGMA 2V3GA 3ZR6A 2DH2A 4AC1X 3GXIA 3A6OA 4OBSA 4ZFMA 3VMOA 4AD1A 1JYWA 4JL1A 1X6NA 3AHXA 3K8LA 3WDHA 4OKDA 4AWEA 5A2BA 3OA5A 4UFLA 5DEZA 2E9LA 4NZCA 3W81A 3SUSA 1OIMA 1OM0A 2Z1SA 5M03A 1MQRA 1JZ6A 1UD8A 3CHCA 3AIWA 1QNOA 3CZLA 3AFBA 1QBBA 4DWSA 4PUDA 4JHZA 1MYRA 4KRTA 1B3YA 2WMIA 4GQQA 1W9UA 1QI2A 4U31A 1E1EA 4MB4A 3WEZA 1DEDA 2EPMX 3NDZA 1JG9A 3WQ5A 3POCA 5C71A 1JL8A 1H09A 4CU6A 2V5DA 5CGTA 4PMNA 5CJ5A 1JNEA 4HOZA 4U3AA 4BQ2A 2WMJA 1HNYA 4A3YA 1JGIA 1K6AA 3EMQA 3RM8A 3MANA 2Y8VA 4AZGA 1UR0A 1XHGA 1WAWA 1B1YA 2WMGA 1E4MM 1B3WA 4D72A 5JBFA 4QP0A 1H2JA 1V3IA 1NOWA 4TTUA 1HKKA 1PIGA 2ZX8A 3UESA 4URIA 1FFQA 3WY1A 4AISA 1AQ0A 2J7HA 3IK2A 2WPGA 1E3XA 5CPSA 1WDPA 2QF8A 2D20A 2QPSA 1DWFM 4H41A 1EXPA 1SFSA 2DDXA 3WSUA 3EDKA 2WVUA 2WHKA 1RP9A 3CUFA 2ZXDA 5CSUA 4LPCA 1HF6A 2YDQA 3ZO9A 4HP5A 4Z2HA 2HISA 2WWDA 1C8XA 1CIUA 3WN6A 1OIFA 3WEOA 4PTVA 2BV9A 3OZPA 4DM1A 4RE4A 1UWRA 2G41A 4HA4A 4UQCA 2DSVA 1JF6A 1XD0A 3VX1A 1LL4A 2NSXA 3HN3A 4AD4A 4AD2A 1HP4A 1BG4A 1EIBA 1L8NA 3RILA 1I1XA 1B2YA 2BNJA 4WKHA 1G0CA 5CQ1A 1OCQA 3CLWA 1XSIA 2VZUA 1ISZA 2VO5A 1MWOA 2EJ1A 1WDQA 3VMNA 1E15A 3PZNA 4ZE5A 3AIQA 3N04A 1C93A 3K8MA 5CPTA 1Q6CA 3MUY1 2ZUWA 1W32A 2XYLA 3A4XA 1KB3A 5IHSA 4TXEA 3VIGA 4D1JA 4F8XA 2FHBA 3SCPA 1TMQA 1KXQA 1H0GA 3DC0A 4DUWA 3FNDA 2WSPA 4GZEA 3AZTA 3I3EA 1XH0A 3SCTA 5CXPA 5JH8A 1NARA 4CD7A 4OUEA 3WNMA 1UKQA 3QR3A 3BMWA 1CWYA 1BFNA 4KWUA 2OWWA 4OOZA 3MU7A 4CU8A 2VRJA 1G1YA 1V02A 5A6BA 3FY1A 3WBAA 1CZ1A 5IDIA 2HVMA 5I0DA 2VCAA 1WNOA 2JALA 4KMQA 3NDYA 3IJ8A 1QNRA 3CUHA 3MSGA 1J18A 2O92A 1DWGM 4KH2A 3PHAA 2PWHA 4M80A 1J0IA 2E9BA 5C8BB 2FDMA 1UUQA 1VJZA 4JFVA 1WP6A 4M29A 2JIWA 2ESCA 3AMGA 3TTQA 4V27A 3CUIA 1Q4NX 3OLIA 2Z1KA 1V3MA 1E6XM 5A6AA 5CSYA 4M56A 4QAWA 3OBAA 2E3ZA 3AS0A 3AROA 4GINA 1ZBWA 4EK7A 1E56A 4UFJA 4HZ8A 3BAXA 2BHUA 4FLQA 1VFUA 3B9DA 3BMVA 3K1DA 1CGWA 1J12A 4AW7A 1UA3A 2ZXBA 2VT0A 3VDHA 5I77A 1EOKA 2DH3A 1NOFA 3ARYA 2GJPA 2YL9A 3HJEA 3WD4A 2J62A 3VKKA 1UD4A 5BXTA 1NOUA 1BYAA 1VEMA 3F4VA 1CENA 2PC8A 1W3KA 4MAVA 3UCQA 1GHSA 3FW6A 2CNCA 5A1AA 2G3NA 1EHAA 1W9VA 3UR8A 1H41A 3AXXA 5A8PA 1PPIA 1XSKA 3MMUA 1BVZA 1K9DA 3VPLA 4UQAA 2J7FA 1DWJM 4QCEA 2A3BA 2WK2A 3ZJKA 1V08A 3OB8A 2G4FA 1TG7A 1N82A 4A4AA 1LQ0A 2BVYA 2WVSA 1JZ2A 1CGYA 4GI8A 2G8ZA 1E72M 3J7HA 2RGLA 4DUVA 2ZUTA 1XCXA 1HJVA 2DQXA 4MDPA 2ZUSA 1WZMA 3IAPA 2VR4A 3L4YA 1K9EA 1VFFA 3AS3A 4JIEA 3LPOA 1QHOA 2WMIB 3PN8A 4AZ7A 2E40A 3VU2A 1PZ2A 3W53A 1UH2A 2VL4A 3I3BA 3WMSA 2VX6A 3AZRA 3L2MA 3QOMA 4C7GA 1ZU8A 1E5JA 1V3LA 2TAAA 1CGVA 4GXPA 2YDRA 2J7BA 4PTXA 3U7BA 3F5JA 5GNYA 1F4AA 1WDRA 1NWTA 2CBVA 4XB3A 1W9DM 3ARUA 2WM0A 1K9FA 9CGTA 1LL6A 1E9LA 1FHLA 5FD0A 1JYXA 1JD9A 1KBKA 1TCMA 4PSRA 2XGBA 1JZ5A 1AVAA 2CCRA 3W28A 4H7VA 3MUAA 1LG2A 2V3DA 4W87A 1QHPA 5A8QA 1C8YA 1Y7VA 1WZKA 3AMKA 3WFZA 1NM9A 4D71A 2W5FA 4B3LA 2VX4A 4FMVA 3N11A 5FCZA 4WSJA 2A3AA 1ODUA 4GI9A 4W86A 1O6IA 1BVNP 2A3EA 1A3HA 2A3HA 4B9YA 2J7CA 2C0HA 3N13A 5KEZA 2BY0A 3ZOAA 6A3HA 3ZSTA 1W3HA 4B15A 5A2CA 4GIAA 1X6LA 4D1IA 1C7SA 2DIEA 4R5EA 4KGJA 2D23A 1WDSA 1XYFA 3WH5A 1XRVA 2ZOXA 2ZE0A 4CN6A 2CBUA 1FP9A 4CU7A 4UZUA 4AZ5A 2AMGA 2WKLA 1I1WA 3QHMA 5ABEA 2WCAA 3GDBA 3AS2A 4JZ5A 1HT6A 1OGBA 1W2VA 2YA2A 5AYIA 1V6UA 3WD1A 4TX8A 2BS9A 4J7RA 3W6MA 1UWTA 1IT0A 1UKPA 1UR2A 1WPCA 5ABHA 2ZIDA 3BC9A 3KL5A 4UTFA 2VZOA 3FN9A 2WWCA 1W9XA 2WBKA 2O9TA 2O9RA 2VVSA 3WL1A 3N17A 1TA3B 2E4TA 3BAWA 4A3HA 5HBFA 2WCSA 3VM5A 2YL8A 3VINA 3VMPA 3BSGA 4AZ6A 1ISWA 1UWUA 4Y7EA 3W24A 4CD8A 3WFLA 1HJSA 2WNWA 1XC6A 5CLWA 1CGXA 3WDJA 2VRQA 1PX8A 1IV8A 1HJXA 2XVGA 2NT1A 1P6WA 3BCFA 4MPKA 1E6QM 1L0PA 4C7DA 4WF7A 2EO7A 1KXVA 4AZIA 2CBIA 1E43A 1XYZA 4LGXA 1C8QA 5BYWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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