1VHN | Genus

Total Genus 110

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	110
sequence length	305
structure length	305
Chain Sequence	VKVGLAPMAGYTDSAFRTLAFEWGADFAFSEMVSAKGFLMNSQKTEELLPQPHERNVAVQIFGSEPNELSEAARILSEKYKWIDLNAGCPVRKVVKEGAGGALLKDLRHFRYIVRELRKSVSGKFSVKTRLGWEKNEVEEIYRILVEEGVDEVFIHTRTVVQSFTGRAEWKALSVLEKRIPTFVSGDIFTPEDAKRALEESGCDGLLVARGAIGRPWIFKQIKDFLRSGKYSEPSREEILRTFERHLELLIKTKGERKAVVEMRKFLAGYTKDLKGARRFREKVMKIEEVQILKEMFYNFIKEVE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The 1.59 A resolution crystal structure of TM0096, a flavin mononucleotide binding protein from Thermotoga maritima. pubmed doi rcsb
molecule tags	Structural genomics, unknown function
source organism	Thermotoga maritima
molecule keywords	putative flavin oxidoreductase
total genus	110
structure length	305
sequence length	305
ec nomenclature
pdb deposition date	2003-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01207	Dus	Dihydrouridine synthase (Dus)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.1200.80	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A	Putative flavin oxidoreducatase; domain 2	1vhnA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vhnA01

2Y89A 4AXKA 4UUIA 1KM6A 3NZ1A 3P80A 4WQ6A 1A53A 3TW6A 4BI5A 3P84A 3WJSA 3IRDA 3S5OA 4GC4A 4KFOA 1TPEA 1H1YA 1ML1A 3O1NA 1GYLA 3ABOA 2WV8A 1ME7A 4GBUA 1JQVA 4M6QA 5TQLA 4RKAA 3NNTA 1EP3A 2GVGA 2VEKA 2OT0A 1KM2A 5DCBA 4HT3A 1O5KA 4RZ5A 3PBWA 4NQ1A 3GK0A 3R8RA 2YX0A 1I8JA 3OVPA 3L9CA 1LLWA 3EX4A 3NVTA 5DY2A 1OG0A 3B05A 3G1DA 3W87A 1M5WA 4HHPA 1A5SA 2H8XA 4K8HA 3IVSA 2RKXA 3W2JA 3MJYA 5FESA 3QMTA 4OT7A 3GNNA 5D05A 1JCNA 3UY7A 3OBKA 3B0UX 2NXHA 3EX2A 3WJWA 3LOTA 4WXZA 3TXZA 4FO4A 3TAKA 1GTEA 5CPOA 2DZVA 4JTTA 5EKYA 2YSWA 1WDWA 1UB3A 4DO5A 1FCUA 5HUPA 2DZUA 4ZVJA 4XUGA 1EX5A 4MUZA 3HF3A 3F4WA 4AWTA 3GKAA 1LCOA 3SGUA 3S42A 5I3KA 4M6PA 1X8FA 4QAIA 5LZLA 3L5LA 1XDMA 2ZRZA 4CQ9A 4DF1A 3BLIA 3OG3A 4P2VA 4TX9A 3CT7A 1KFJA 4CQ8A 3MWAA 2I1OA 4CQAA 5CPLA 4DBEA 2Y6ZA 3NGJA 5G2IA 4NZJA 3W7EA 2YR1A 3M9YA 1AW1A 4ADTA 3TR2A 1T96A 3LDVA 2H6RA 5FEWA 4UCGA 4Z1BA 1BKSA 1R2RA 3CLMA 2C18A 3L2IA 3FA5A 1B57A 1YPIA 2PC4A 3C2OA 1W1ZA 3B8DA 3BO9A 1ONRA 3Q58A 4TMCA 4OWGA 3W1LA 1G4EA 4YCPA 2NX9A 4UFMA 3N2MA 5D2WA 1T99A 2YYTA 2ZCGA 3L5AA 4N4PA 6TIMA 5KZEA 2V5LA 5KTLA 4OV4A 3S5ZA 3BLFA 4K8EA 3WJYA 5I3GA 2NUXA 3RMJA 3W73A 5DBTA 1CI1A 2J88A 4UTIA 1O95A 1XL9A 1TMHA 1HFBA 3IIOA 3TSBA 1PVNA 4NXSA 3SJ3A 1G7VA 4OQVA 1FWSA 2VEPA 2WNZA 2ZTKA 3FOKA 2WPBA 3MBFA 2V2HA 1S5VA 4DPPA 3PUOA 3HIJA 3DH7A 2O7SA 3UZJA 4WY0B 1TRIA 3TC7A 3W86A 1JQXA 1ICSA 4IMEA 4WD0A 2NWRA 1N7KA 1JCMP 5HJLA 3GAKA 3I7RA 4QNWA 4L4MA 1OK6A 5HMSA 1TTQA 1W31A 1HG3A 2DU2A 4GXMA 3O06A 5AYXA 3TMQA 3CPRA 1XKYA 2EGZA 4A3UA 1EIXA 5EMUA 4LVBA 1TTIA 3CEPA 1YDOA 2XFWA 4GRSA 3MUXA 3P7YA 4TR9A 4B5NA 4AWSA 4RK8A 5LNSA 2CWNA 3RLVA 5HWNA 2Z0IA 4UFIA 3GVGA 1F7BA 4IPIA 2Y61A 3NQ7A 4UC5A 3QW4B 1G4PA 1LBFA 2Q8ZA 2A1YA 1F6PA 1ICQA 1Y0EA 1XCFA 1RD5A 1OFRA 1L6YA 2YGYA 1P4CA 3UWQA 1GVQA 1OFAA 2DZWA 3NL6A 1JCJA 4JTUA 3C4UA 2TRSA 3A5VA 4H6KA 3G1FA 4JIQA 3EX3A 4MZ1A 5BNKA 3TA6A 4ZQCA 1TPDA 1I45A 3IV3A 4MYXA 1AG1O 2CW6A 2C16A 3E9AA 4GFSA 2YFOA 4Y90A 5F1VA 4FX7A 4M7SA 3IIZA 4IMGA 2NLIA 2CLHA 3W7QA 3ATZA 3S1VA 3PSVA 1WXJA 1F5ZA 3SECA 3G0UA 3PAJA 5U7SA 3DI0A 3G1VA 2A21A 1IIHA 2QCMA 3QPZA 2PURA 5HNRA 2B7QA 1PIIA 3QMSA 3M5ZA 3P5YA 4JYEA 3GXPA 4WXYA 1FDJA 3G18A 5HWJA 1Q6QA 2NXIA 1TREA 2ZRUA 3A22A 4MY8A 4IMFA 1R2SA 2WOQA 3DZ1A 1JUKA 3NQMA 4I7UA 4HPJA 1VJIA 3C52A 3QRHA 1VQTA 4BR1A 2ZYFA 3TW7A 3PBVA 4DELA 4C1KA 3AO0A 1TQJA 3LXBA 3EB2A 3WFAA 3PWAA 2GJNA 1I2OA 5D30A 4N9CA 4EIVA 1K8XA 4MLJA 4PODA 5G2HA 2QF7A 2QKFA 2GQ8A 3U2OA 1LROA 3HG4A 3JRKA 3ZS4A 4O1AA 1XUUA 1AMKA 2YYUA 3NM3A 3DFQA 1WA3A 1YTKA 4AEOA 1F2JA 4N02A 4ORIA 3LBCA 2QCLA 4NJIA 3DGRA 3M5VA 1N8FA 1WBJA 3TQVA 1LP6A 3KRUA 3G0XA 2YW3A 1YADA 3FKRA 2QEZA 2CZFA 1ZAJA 4WUIA 2EF9A 3A5FA 1PE1A 3ABQA 2FIQA 1CX9A 1KFKA 2EAWA 3G1HA 1ZFJA 3GB6A 4AAJA 2BTMA 4AHPA 3G1AA 4Y96A 1DVJA 1WBHA 2X1SA 3MI6A 2LLEA 1ADOA 5DXXA 4MJMA 5K9DA 1TTPA 3F4NA 4M19A 3W7KA 1XBYA 3O16A 1UBSA 1JUBA 4RZ6A 5LNVA 3TX9A 2CU0A 3IIXA 3PBUA 3UQNA 5EPDA 1LOLA 2CLLA 3SY5A 1XC4A 3TFCA 4ORMA 3O6CA 5C6MA 1ICPA 3V75A 2A0NA 2VFGA 4NXKA 1MO0A 4J9JA 3C2RA 3L68A 5F2LA 3WK3A 4Z0SA 2FQIA 3NQ6A 1AK5A 4FB7A 1TPVA 1TB3A 2DP3A 3TSDA 4NJHA 4FXSA 4TIMA 1I2QA 3GXNA 4K39A 1QO2A 2FJKA 1B9BA 3DAQA 4FX8A 1ZAIA 3NQFA 5LGZA 5D2TA 3BG9A 3MW7A 3W22A 3LERA 3T40A 1UASA 1BEUA 3O07A 4ALDA 1K7FA 1GTHA 5K9CA 4UTLA 2NZLA 3NL3A 2NWSA 3LB0A 3QC3A 3C61A 1SO3A 2V82A 4JTSA 3DFPA 1U83A 3B0VC 3W88A 3LHUA 1FQ0A 5KZDA 3TH6A 3NG3A 3HGOA 3TFXA 1K03A 3FKKA 3KAOA 3R2GA 4PCFA 3LHWA 1TPC1 4PH6A 4UFHA 3W23A 1KLYA 1H7NA 3OVRA 1EB3A 4A22A 3H54A 4BWLA 1KA9F 6ALDA 1J4EA 3DENA 3NXFA 1YDNA 4FNRA 3W7OA 2VENA 3FYPA 5D09A 1YPFA 3BGGA 1TYGA 3BG5A 4ZQRA 3P5ZA 3RF9A 1LM1A 5E1QA 2WNNA 3G1YA 1S5TA 3W7PA 5FF0A 3LCGA 2WO5A 4HIBA 3W76A 3KHJA 4LV4A 4QNEA 3W9ZA 2VKZG 3VE9A 3YPIA 1FCQA 5DXYA 3MP4A 2BLEA 5G2WA 3TMLA 3QFEA 3QF0A 2X16A 1QPQA 4JEQA 4Y8FA 1JR1A 4LS1A 2YCEA 4LWWA 1LBMA 3GDRA 2A2IA 2BZNA 4A29A 1QPRA 4GE8A 1NEYA 1HUVA 2GJLA 1J2WA 3PB0A 2PE4A 3EWZA 2ZQ0A 2YDAA 2NX1A 4LY8A 4FXRA 3E96A 4QIUA 5F2IA 1QPNA 3PR2A 1SFLA 1KTNA 4DF2A 3L0KA 1FWRA 1RR2A 3THAA 1QDSA 5LHFA 3EKLA 1W5QA 3C3NA 4AWUA 3LXCA 3STGA 2ZRVA 1H7XA 3BK0A 3F1QA 3O15A 2Y7EA 1OVDA 5AHNA 5AN7A 2X1UA 1H1ZA 1XUZA 4KFPA 2QUVA 3DKJA 5E93A 1OX5A 3W1TA 4UTJA 5D2XA 5CSRA 1SW3A 4MJZA 2HS8A 4LVDA 4UMBA 4PFMA 1FWWA 2CFFA 2GPTA 1MEWA 2Q3OA 4MFEA 1PL9A 2J27A 2E6AA 4JY8A 4O53A 1MEHA 2A6LA 2NXGA 1TSIA 3QM3A 3ZWTA 2C19A 4AF0B 5MHBA 4XKYB 4CNPA 1X1OA 3TJXA 3W07A 2TYSA 5BMWA 4FNPA 1VYRA 3LHYA 1UCWA 1LZOA 4MZ8A 1C29A 1D3GA 3M43A 1DKWA 1QOQA 3GDTA 2E77A 3CHVA 1ZAHA 3KX6A 3W3OA 4O19A 5F4XA 1ME9A 4O8RA 4KWWA 3NQ2A 4LC8A 1EP2A 3GKFA 4YCOA 1H5YA 1XI3A 3KRSA 4MOZA 2QCGA 4ZZ9A 2AQWA 4DBDA 4A2SA 5BRBA 1B4KA 2V5BA 1KTCA 4OHQA 2BSLA 4O1BA 5AYZA 3RFAA 2ZBTA 3LI1A 1QMLA 5DY3A 3LTYA 4FNUA 3A21A 1VPXA 1B4EA 2AGKA 1Z42A 2B7PA 5F2MA 1XBXA 3D0CA 3QJAA 3CWNA 2VFHA 2QJGA 3AJXA 5K4XA 1P1XA 2XN0A 3MI2A 5L9FA 2WSQA 1LOSA 1YXYA 3NYZA 1MEIA 3P8JA 3S6DA 2ZZ4A 4UNLA 1OFBA 3Q2DA 1TV5A 3L0NA 5AC7A 2V81A 5F2GA 5DCDA 1LORA 3A23A 4FIRA 4R7JA 1GVFA 3NZRA 3EXRA 1SO6A 4OGZA 5HINA 1KM0A 1TPFA 4TU1A 5D02A 1SSGA 1WX0A 1FX6A 1H7WA 2VOMA 3W2UA 4P61A 1JJKA 1KW1A 3GX9A 1KFBA 1SR9A 4JD4A 3P81A 4I7VA 1DBTA 3CIXA 3Q37A 4ML9A 4NJKA 1C8VA 1QR7A 3KOFA 3MHGA 4PL1A 2VC6A 3W2KA 3GAYA 4LTSA 4RR4A 3EX1A 2QCEA 3SZ8A 4N9EA 2WKJA 2Y7DA 2X1RA 3LTPA 5AB3A 3RU6A 2J9YA 4AH7A 1EWEA 2ZZ3A 4XWUA 4AB4A 3UWZA 3PF3A 4E2DA 3W2NA 2ALDA 3ELFA 4UTHA 1EP1A 2X1TA 2VFFA 4LC6A 3USBA 1KBIA 4CCDA 2QCDB 4O0ZA 4G1KA 5D2YA 3PUDA 4GUFA 3TAOA 1MSSA 4X3ZA 4QJ1A 3MHUA 4JNMA 3TQ0A 3GR7A 4JGDA 2ATSA 1KLZA 4DF0A 3TNOA 4LVFA 5TIMA 1VZWA 5C2XA 2G97A 1A5BA 1PV8A 4LW7A 4ZMGA 2JBMA 4O1DA 5KMYA 1K8YA 5LNUA 1ZY9A 3LCWA 4JDYA 3NL2A 2A7PA 5A8GA 3CEUA 1V7YA 4HNNA 3W2MA 4RX0A 5AC6A 1T8XA 1G4SA 3P82A 2I9EA 3WJZA 4O11A 2C14A 2H8ZA 1OF6A 3O63A 3R89A 1VHCA 4Z08A 3FJLA 4ZQMA 3VNDA 2PRHA 4HPXA 4IPJA 4YWIA 3T44A 3LHZA 5F4WA 1QAPA 4JTHA 4ADSA 1FY6A 2A4AA 5D33A 3BW2A 2QAPA 1DQWA 2ZA1A 2E6DA 2P10A 1OX6A 2OZ0A 4QITA 2JK2A 1F6KA 4JTLA 2ZRXA 2E5DA 5FI8A 2HTMA 3OEXA 5LGXA 4O18A 3MP3A 2UV8G 4K37A 3OVQA 1DV7A 1VR6A 3UXAA 3NL5A 1QPOA 4UTMA 4TMBA 4UR8A 3IVUA 5CZTA 5HQEA 1G6CA 2HS6A 3S5YA 1SW0A 1L6WA 3KVKA 3NM1A 4N6FA 3R13A 4M5PA 4CLMA 1RQHA 1G7UA 3N19B 5CZ0A 1VCVA 4MZYA 3P67A 1JCXA 5U4NA 1KM5A 4HKPA 3SR7A 1VRDA 4O12A 1Q45A 3IGUA 2QDHA 2CZEA 3HG3A 2A5HA 4BI6A 3LCIA 1KFCA 4GUGA 4C1LA 2H3BA 1HO1A 2FDSA 2ZFAA 1UJPA 4PTNA 3NQAA 4Z0JA 1JCLA 3NEVA 1VYSX 1EUAA 2Y7GA 1L9WA 5G4WA 3UPWA 3M16A 5D2VA 4RJEA 4K38A 1N55A 4S2BA 2E68A 2ATMA 3C2FA 1WOAA 5FF7A 1ME8A 2J6XA 4IOTA 4KKXA 2JKPA 4GWEA 4QSHA 4PC8A 1VCGA 1AL7A 3KVLA 4OV9A 2E09A 3P8IA 2GVLA 1Q3NA 3IVTA 4E38A 3OIXA 1NF7A 3EEGA 2QCHA 3CB8A 2ZZ1A 1TQXA 3UWWA 2YFNA 4GUIA 2CLOA 5J5RA 2Z2UA 4JN6A 3SW6A 4EF8A 5I3HA 3SFKA 5HWMA 3QYQA 1GPWA 5EA9A 3QW3A 4HSNA 3W7NA 2DZPA 3MYPA 2V0TA 3E49A 4RZ4A 2YPIA 3CTLA 2J9XA 3I7SA 3OHIA 1QO5A 2D73A 3S5NA 1WV2A 2V30A 4XTIA 1VHNA 4LS0A 1I2RA 1NVMA 3N14A 2TPSA 3INPA 5G4EA 3ABRA 3W7MA 2B4GA 1I4NA 7TIMA 1Q6RA 2GUUA 2OCZA 1F76A 1OJXA 1XM3A 3S0CA 3G1XA 3NQGA 1R46A 3HGSA 5CZJA 3PBYA 1A5AA 1L6SA 1FBAA 3O6YX 3L65A 1S3HA 3G22A 3W6YA 3M0ZA 2A6NA 1W0MA 5FF4A 4HNVA 2DORA 1KV8A 2ISWA 3SI9A 1DJNA 3BLEA 4YMZA 2RHGA 3O8AA 5LSMA 4IX0A 2DJXA 4UFLA 3DXIA 2FPYA 4DO4A 5A5WA 1GVRA 2H3DA 4LNYA 4XZ9A 3RLUA 3PULA 1S5WA 3T7VA 1KM4A 3THQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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Chord Diagram

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