1GPFA

Chitinase b from serratia marcescens in complex with inhibitor psammaplin
Total Genus 163
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
publication title Psammaplin A, a Chitinase Inhibitor Isolated from the Fijian Marine Sponge Aplysinella Rhax
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
total genus 163
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2001-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1gpfA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1gpfA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gpfA01
3KEHA 1GJWA 4UOZA 1DEDA 3NIYA 5BXRA 1B3YA 3G6LA 3GXFA 3TTQA 3WEMA 5HNNA 4CVWA 2YL6A 1OCQA 3VX1A 1CECA 1CWYA 1EO7A 1HN1A 3UG3A 1M7XA 3M6DA 4HU0A 4S3JA 3UCQA 3BSHA 1BF2A 2UY5A 1R7OA 1L8NA 3OLGA 1GUVA 4HOZA 1QNOA 1TR1A 1KB3A 2WCSA 5I2UA 1H09A 4F66A 1NH6A 1GHRA 1UH2A 1GORA 5BYWA 4UNIA 2J7CA 2G3IA 1WCGA 1Q6CA 3KWXA 1VBUA 1CXLA 1QPKA 5D9PA 5D9NA 1EOMA 1JFHA 2C0HA 2G3MA 4GZEA 4AC1X 2NSXA 5C8BB 2J25A 1G94A 5JBFA 3VIFA 5I0DA 4D6EA 2A3BA 3DECA 5E9AA 1CGWA 1E0XA 2ZICA 1CGUA 2VVNA 4MB5A 3AIRA 2CYGA 1R85A 4CD6A 4PMRA 1W1VA 1QBAA 2D3NA 3IJ8A 1IV8A 4DUWA 1E4LA 2BY1A 4RE4A 4CN6A 3BGAA 1OT1A 3WQ4A 4A3YA 3B9EA 3CZLA 3OIHA 1UZ1A 1GCYA 1LLOA 1UH4A 4WKFA 1FOBA 5IHSA 1DP0A 1PX8A 1Q6FA 4AZIA 4OOZA 1MQRA 1PAMA 3AIUA 4DWSB 1PZ3A 4GO9A 4W8AA 4WSJA 4HMEA 1JI1A 2ZXDA 3F5LA 3W6MA 5A2BA 5A6JA 1I1XA 1QI5A 3WUGA 4UFJA 1B90A 1JD9A 3NDZA 1GNXA 1ZBVA 3NSMA 4UOQA 1M53A 1TA3B 3VIOA 1V0MA 3AZRA 4W86A 2NT0A 2XFYA 4M81A 4QLKA 2XG9A 1BVNP 1EXPA 3ARZA 1MXDA 3SCTA 3TOPA 1FH7A 2DIJA 1WPCA 4PMOA 1J9YA 2D20A 1E4IA 3FW6A 1CGTA 4UOJA 2CERA 4QCEA 4AISA 3EDFA 1ISWA 2D3LA 4JFUA 2BXYA 2CBJA 4JKLA 1HJXA 2F2HA 2WZIA 1BSIA 3AIBA 1WAWA 1J0YA 5FL1A 2XM2A 4E8CA 4HA3A 4B16A 1H0GA 4MPKA 3WH7A 4TUFA 3WH6A 1OGGA 1UD2A 4TX8A 3F4VA 1JZ2A 4QCFA 2YL5A 2VX5A 4BQ3A 3A47A 1CEOA 1LWHA 1HVQA 4TOQA 3WDQA 1CBGA 2CBIA 2J7HA 3MMWA 1E4NA 3WUFA 1OWQA 2W63A 3VKKA 1BQCA 4HMDA 3ZSTA 1V02E 5A6KA 4A4AA 1VF8A 2GJRA 4H8UA 4W8LA 1HP5A 3THDA 4HMCA 1DWJM 1K9DA 4W84A 4WJXA 1JZ7A 3GBDA 4RE2A 4CKQA 1VIWA 1E70M 3LPGA 1W3HA 1KBBA 2WCGA 4Z2JA 1JYVA 1JNDA 1V3HA 2GK1A 3PZ9A 2YL9A 5A6LA 2VQTA 1HJWA 3W28A 2CKSA 1AMYA 5I6SA 1E0WA 3ZQ9A 4P8XA 2YDSA 4U5IA 2BS9A 2DH2A 1JYXA 3PN8A 1EO5A 4W87A 5E0CA 3AS2A 2VZOA 5ABEA 1WZKA 3EDEA 2BVTA 4AYSA 3VIGA 3O9NA 4Z2LA 2WHLA 2ZUUA 2OYMA 2XUCA 2D1ZA 2VRQA 8CGTA 1J10A 2UY3A 3PZNA 1JZ3A 3EDJA 4UFIA 2WPGA 2Y24A 3FHAA 4KH2A 2VR4A 4EKJA 3VGHA 3W82A 1FA2A 3PZMA 3GZAA 4QAWA 3WMCA 1NP0A 1EHAA 4PRWA 4X0VA 1C7TA 1UKTA 1JFXA 2YL8A 2MANA 3WF2A 4U3CA 1E1EA 3VMNA 3QGVA 6CGTA 3G6MA 1CLVA 4URIA 4AZCA 3EBVA 1AIWA 1LF1A 2DT2A 4FF5A 4BS0A 5JUVA 4RL3A 2J74A 3WKZA 2DQXA 4ZEPA 1U30A 1OD8A 3ARYA 1TZ7A 3OA5A 2Q8XA 3AMCA 4E8DA 4FLRA 3OLIA 2CCRA 2QMKA 3POCA 1BYCA 3NCOA 2OLHA 2G4FA 1IZKA 2ZXBA 4BF7A 2ZUWA 1XSJA 2EQDA 2DIEA 7CGTA 3BAYA 4YPJA 1HKJA 2XSAA 2WMKA 4R27A 1W2PA 2EPLX 3CHCA 1W9PA 1V3JA 3W26A 3AFBA 3W0KA 1FP9A 2C7FA 5E09A 2YIHA 2PWHA 3OBAA 3AI0A 1H4PA 2DPEA 1UA7A 4P7QA 3BCDA 1MYRA 1C8QA 3VINA 3WNOA 3WSUA 3GTNA 3BAWA 1W2VA 3WF3A 2CEQA 5FD0A 5FL0A 3VDBA 1SMDA 1GQIA 5HOSA 1BLIA 2WVSA 4DWSD 1ECEA 3AXXA 2V38A 3U7BA 3AHVA 4HOWA 1ZJAA 3N11A 2W66A 4PMVA 2ZX9A 3FAXA 1CXEA 4B9YA 1GW1A 3BH4A 5HDRA 3NJ3A 5BWFA 1W9BM 3QHNA 3WD3A 4F9JA 2YOCA 4MJ2A 1XH1A 4LYRA 4BQ2A 4D71A 3QHMA 4H8HA 2OSXA 3OG2A 3L4ZA 2VX6A 4V28A 3WQWA 3AZTA 1RP9A 1FH9A 1E6XM 4H2CA 4HPGA 1VAHA 1OINA 5CLTA 5FIPA 2VO5A 3WNLA 2WWCA 3MMUA 5HXMA 4MNLA 1MQPA 1JZ8A 4J3TA 2FH8A 2VT0A 3BLKA 1XRVA 2YBUA 1JG9A 1GZJA 4FMVA 1ZB5A 4W85A 3MUAA 1EIBA 1CIUA 7A3HA 3W24A 4GI6A 3TONA 4DWSC 2CPUA 2GSJA 2FDMA 4V2XA 2HVMA 1UQYA 1QI4A 4HZ7A 2VNCA 2WMGA 4JKKA 3GNPA 1JNEA 5A1AA 2G3NA 5CSUA 2CXGA 3WUBA 1W32A 3WL0A 3OLDA 2YJQA 3VMOA 3QOMA 4CU8A 4F8XA 1I1WA 4NRSA 3WQ5A 4U2ZA 4M1RA 3RDKA 2VI0A 4GINA 3GH7A 1Q6EA 4L4OA 3VD5A 1V3MA 4P7RA 1CXHA 4PUDA 1UD5A 3W38A 1E3ZA 2G3JA 4AIOA 4BCEA 3AS0A 2B31A 2XPKA 4MDPA 4D6GA 1UWQA 1FFQA 1J0HA 2CHOA 5E6YA 1K9EA 5E0FA 2WKLA 1KQZA 3L4XA 3UEQA 2J8GA 2YLAA 4WSKA 3U57A 3WDHA 1C91A 3A3HA 1F4AA 3VIJA 1JYNA 5A8OA 4IUGA 4HTYA 1W3LA 1GQJA 1TMQA 3BSGA 1IZJA 3ALFA 1VFMA 4PSPA 1BYDA 3GDBA 3JUGA 1VJZA 3WD4A 3L4UA 4AZHA 1CZ1A 2BVYA 1JYWA 1KCKA 4PMDA 1UQZA 2EPMX 3FXYA 3SUWA 3QHOA 1BTCA 3CIVA 1E6NA 2WBKA 2O9TA 2ZX8A 3SUTA 4UCFA 4PN2A 3AMKA 4PTWA 3L4TA 1HJQA 1RD6A 3RM4A 1UD3A 3VIMA 1ITCA 2DSWA 4J3WA 4LYQA 4PCSA 1E5NA 3WNPA 3CUHA 1B2YA 1VEMA 1XH0A 3SCNA 5AC4A 4V27A 2GVYA 4ZENA 3MO4A 2FHCA 2E9BA 4ATLA 2X05A 2WVTA 3CH9A 1OBAA 5JBDA 3AS1A 2D22A 2VRKA 3E1F1 3UR7A 1ZBCA 1EDGA 1OIFA 2W92A 4KGLA 5DFAA 1UUQA 4ACYA 4Z2GA 4D1IA 1FP8A 1C8XA 4MNKA 1DWFM 1OIMA 3HU7A 3L2MA 3ARRA 5EB8A 1VENA 3EMQA 1J01A 1G9HA 1E5JA 2CIPA 3VIIA 2CNCA 3WH8A 2J7DA 4CN1A 2J77A 1QHZA 3OGRA 2WZHA 4XV0A 4CCDA 3ZT6A 3FY1A 4HA4A 1E9LA 3GH5A 2YDQA 2WC4A 4CN4A 3CLWA 1UD4A 1ISYA 1LJYA 1HVXA 4JFVA 3N17A 5E70A 4U2YA 2WWDA 1UOKA 5BXPA 1UA3A 5IFTA 5CPQA 4LXFA 3UESA 2O9PA 3O2LA 1FFRA 1E0VA 2J62A 2PWGA 3VDAA 3WNMA 2ZWZA 5CG0A 3RJXA 2CITA 1B3WA 2W67A 4UQBA 3FHQA 2XWDA 3ZR5A 2FHBA 1W9VA 4P8UA 3AYRA 1EH9A 4PCTA 1EGZA 4QLJA 3W29A 2WM0A 4HZ8A 5FKYA 1UR1A 4C7GA 2X0YA 2XHYA 2XIBA 4XZWA 3ARQA 1E73M 2CESA 1QVBA 2NT1A 4UFLA 1CXIA 1TFVA 1R7AA 3GBEA 1BGGA 2VZTA 5I3DA 3PZUA 3K4AA 2BV9A 3WDRA 4F9DA 4JL1A 2YKKA 1HF6A 5AYBA 1UR9A 2J4GA 1SR0A 2ZOXA 2HISA 4U5KA 2XM1A 3OZOA 2WNWA 1W1PA 1PZ2A 2DSUA 4X9YA 1CPUA 3WN6A 3AJ7A 1EA9C 3PTMA 2ZX6A 3B9DA 1ZBKA 1C7SA 1QI0A 1QNPA 3T0AA 5BXSA 3ZR6A 1HKIA 1VJSA 4JFSA 2ESCA 3CUIA 4D72A 3WQ6A 2ZUTA 1PX4A 2VCBA 4W8BA 4K68A 1B9ZA 4JFWA 4WLCA 4AZCB 1R86A 1A47A 3AQUA 1CNVA 3AXHA 4ACZA 1V08A 5CZKA 1LQ0A 1WB0A 3O6AA 2XWEA 4UR9A 5A3HA 2WMFA 3W81A 5A6BA 2ZX7A 5E6ZA 3A6OA 1ISZA 1LG1A 1KXHA 2QPSA 1HP4A 2YA2A 1HX0A 3OZPA 1GOQA 3OGVA 3N9KA 4YHEA 4W7UA 3UG5A 2OYLA 2VZUA 3BAJA 1HT6A 2ZIDA 2D0HA 4UQAA 4H8VA 4OBRA 4M24A 3U5YA 2FGZA 4LX4A 2WMIA 3ZIZA 4D6JA 3ARSA 1UWSA 1G5AA 4UQCA 3VO0A 2A3CA 1OSEA 4TTGA 3SIMA 2UY4A 2VMFA 4XB3A 4DUVA 2O92A 2XFRA 2JEQA 5BROA 2XSBA 1V3IA 3CTTA 3WF0A 1V0NA 3KL3A 3MANA 1CGYA 1XV8A 4UFHA 1GONA 2WHKA 3WFZA 1NOFA 2QF8A 1K9TA 4XX6A 1H3GA 4AD2A 1WZAA 3SCWA 1UKSA 1W9XA 1WKYA 1HL9A 5HPCA 3F5JA 1H0IA 4D6CA 2J7BA 5GQBA 3BMWA 4ZXLA 2DSZA 2BXZA 2G8ZA 3WH5A 4F79A 4MTVA 1VB9A 3MS8A 4OOUA 1US2A 4MB1A 2VQUA 1FHLA 1OB0A 2ZE0A 2VUYA 5D9MA 1C92A 3AHTA 4NRRA 3TP4A 5I77A 2DT1A 5CSYA 2ZUVA 1E40A 4OJYA 4AEEA 3ZT5A 3MV01 4J3SA 1BPLB 3D5HA 2Y4SA 2CHNA 4PTMA 1MFVA 3KL0A 2Z1KA 5AC5A 4AZGA 1WDRA 4OKDA 4N0RA 4CVUA 4GZIA 3WIJA 2OSWA 1W9UA 4CD7A 4PMXA 2FHFA 3CMGA 1H2JA 3RCNA 3CUFA 1XYFA 2PI6A 1WDSA 4P8VA 3ECQA 3ZJKA 4IPLA 2QPUA 1HNYA 3VNYA 3EYPA 1HKKA 4B15A 1QW9A 2ZWYA 4TVDA 3W27A 5A8PA 1KGUA 3WNNA 1V6WA 4KRTA 3GM8A 1DWHM 3AYSA 2V5CA 3WD1A 1ISXA 3VM5A 2G41A 1QHOA 5DMYA 1GPFA 1OD0A 3PZQA 5GNYA 3S6TA 3LPFA 4UFMA 2BY3A 2JEPA 4EANA 3ALGA 3VNZA 5ABFB 1MW0A 3WDPP 5D4YA 4JL2A 4HZ6A 1CGVA 5A6SA 3EDDA 3AROA 2ZUSA 3LMYA 3WH9A 1AQ0A 1QW8A 3VGDA 4M29A 1GOOA 3HJEA 1B0IA 2XGBA 4B3LA 4UTFA 5JIPA 1ED7A 4D6HA 3SEPA 3POHA 3MUZ1 5KZ6A 5A8QA 5D8WA 1OGSA 5CPSA 2OSYA 1NOUA 1UKOA 1XCWA 1V03A 1F4HA 2JIWA 3WD2A 2W4XA 1KXQA 1E4MM 1JIBA 4J3VA 4AW7A 3BC9A 4W89A 3RPMA 2O9RA 3CUGA 5C70A 3WBAA 3AHXA 3F5KA 3PTQA 1E56A 2J7FA 2WYSA 3MV11 1LL4A 5I24A 4PTXA 3U7VA 1JXJA 4MADA 1HXJA 4P7LA 4DM1A 2XVKA 2VC9A 3VDCA 2J75A 2WSPA 4GKLA 1TVNA 1YHTA 3KL5A 1DWIM 4PYSA 5FOOA 1PIGA 2VJXA 5M17A 3AIVA 2EJ1A 2GJXA 2VURA 1Y7VA 2V3DA 3N15A 4J3UA 4WKAA 3K4DA 1KQYA 2DDXA 2X2YA 1JD7A 1RP8A 4U3AA 1J11A 5JBEA 3IANA 1NWUA 3VTRA 4OBSA 1WP6A 3K1DA 3I3DA 5DO8A 1IT0A 4W88A 3U5UA 3SCQA 3VVGA 1BYBA 1E6QM 1SFSA 3CZGA 1GQLA 4QLLA 4FLOA 1NWRA 4KRUA 2J8FA 1HJVA 2BY0A 3T2OA 1O7AA 3FAWA 4DUXA 5I78A 1HL8A 3SUVA 2VVSA 3VGGA 1CDGA 3VILA 2QV4A 1KWGA 3N18A 1W9DM 3AMLA 4MJ4A 5GPRA 1JDCA 2J47A 3IJ7A 3EMZA 4QP0A 2UWFA 4B9ZA 3VD3A 2D24A 1S46A 1D2KA 2XVLA 1QNSA 2XVNA 3CUJA 1UR4A 4C7FA 1C93A 1H5VA 3MUIA 4EE9A 4XUYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3BAI A;  3UG4 A;  3PZT A;  2CBV A;  1EDQ A;  4W93 A;  4LPC A;  4QDM A;  2Y2W A;  3SCP A;  1JAK A;  1BFN A;  1GOW A;  3RIK A;  1UWR A;  2E8Z A;  3CZJ A;  4DM2 A;  3HMC A;  5A6M A;  4ZE5 A;  1W1T A;  3CHD A;  1J0J A;  3AIW A;  2E8Y A;  1VEO A;  1JL8 A;  2VZS A;  5DT5 A;  5I79 A;  2WB5 A;  3RO8 A;  3N1A A;  4AD4 A;  4YN5 A;  5LA0 A;  1B1Y A;  3A4W A;  1W3J A;  2D0G A;  1H49 A;  2WVV B;  5JIW A;  1MQQ A;  2PBO A;  2XTK A;  2GJP A;  2AOS A;  2CET A;  4CD8 A;  4RE3 A;  4N42 A;  1WDP A;  4MNJ A;  4PMZ A;  2FH6 A;  1M03 A;  4Y7E A;  3THC A;  1KR1 A;  5GNZ A;  4MDO A;  1BG9 A;  5CJ5 A;  1K6A A;  2J78 A;  2OWX A;  4UQD A;  3OB8 A;  3SCR A;  3WEN A;  3M46 A;  4ATW A;  3PZG A;  2VL4 A;  1MWO A;  1LL7 A;  1CGX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EF3 A;  3WDJ A;  2VR5 A;  5HUO A;  4HPX A;  2JK2 A;  4L64 A;  3T09 A;  3M7P A;  1XYM A;  2PB1 A;  1ITQ A;  3LGD A;  4L6D A;  2GUB A;  2NWR A;  2PUR A;  2NQZ A;  5AHM A;  3IVU A;  1UHV A;  1A5A A;  3MKK A;  2ZXA A;  1V6Y A;  2P3E A;  3ANY A;  3GU1 A;  1C90 A;  1LM1 A;  2PPO A;  2A3H A;  3GVR A;  4JTJ A;  2BHY A;  1N55 A;  4XD5 A;  4Q7N A;  1XHG A;  2WXD M;  3VM7 A;  4ZQN A;  2AAA A;  3GFY A;  3MU7 A;  2FJU B;  5CXP A;  4WK9 A;  3A4A A;  4JZ5 A;  3KBJ A;  4JKM A;  2I57 A;  3QQ0 A;  4MZ8 A;  1E6Z A;  2Y2N A;  3L4W A;  5LGZ A;  3BTN A;  2BFG A;  1XPG A;  2ZR5 A;  4MWA D;  2BZN A;  2HNE A;  3E3H A;  4W9O A;  1C8Y A;  4PMU A;  1G01 A;  4I8Y A;  1F5Z A;  4QJ1 A;  1KBL A;  2Y2L A;  3LCX A;  2RJG A;  3OEX A;  1PKM A;  1VBR A;  4DX3 A;  4R53 A;  4H6R A;  4QE4 A;  2ZA3 A;  3AS3 A;  3CMJ A;  3RIT A;  2VOT A;  4PUW A;  4QEE A;  2NXI A;  4H6Q A;  4DO5 A;  3VCC A;  9CGT A;  1GHS A;  4H9Y A;  4WGH A;  3WML A;  3F4N A;  5ABF A;  4LEF A;  2D49 A;  3W85 A;  6REQ B;  3RJY A;  3LCW A;  1UG6 A;  1PTA A;  2PWE A; 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 5JU6 A;  3SCR A;  3M46 A;  1PSC A;  2ZR6 A;  5EMM A;  1CGX A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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