1OGBA

Chitinase b from serratia marcescens mutant d142n
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
STRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDINWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the D142N Mutant of the Family 18 Chitinase Chib from Serratia Marcescens and its Complex with Allosamidin
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
total genus 172
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2003-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1ogbA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1ogbA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ogbA01
1JXKA 4B9ZA 3BLKA 5IFPA 2XTKA 4P8WA 1JNDA 2VURA 4U5KA 2VX6A 3WQ8A 1LWJA 1MQRA 1G1YA 4PMZA 4PMUA 4GKLA 4PSPA 1E6XM 3WD0A 3GXDA 2F8QA 3AHTA 1W32A 3WQ5A 3ALGA 2O9RA 3AXXA 3EDJA 1QNSA 1CYGA 4HP5A 1V6XA 1WZLA 3AICA 4MDPA 2DH3A 1F4HA 2PBGA 3N04A 2YIHA 4UFHA 4W7WA 1CXEA 1O7AA 3OBAA 4FLQA 4J3UA 1E6QM 1KCLA 4WLCA 2WAGA 5DF0A 4N0RA 4W93A 3M6DA 3PZTA 1CXHA 2EPLX 3WDHA 4CCDA 5JH8A 1H1NA 3BC9A 3VUPA 1HJWA 2D0FA 4X0VA 3VIOA 2OYLA 8CGTA 5M03A 5JUVA 3CGTA 1KWKA 1VIWA 5A8OA 1W1YA 3AIUA 2YA0A 3AIBA 1CECA 1V6WA 2X0YA 1ODZA 4EAMA 1EA9C 5A2CA 2ESCA 3GXIA 3K8KA 2OWCA 2WVVB 5A3HA 4UR9A 1TE1A 1KGWA 4KGLA 2V3DA 3GBEA 3WDRA 3NDYA 3OLEA 3KL3A 1QI5A 3TTYA 4DWSD 5E6YA 4PMXA 5A6SA 3AYRA 1TA3B 1EDGA 4QP0A 3AZRA 4F66A 4BCEA 3DYMA 2D3LA 1C90A 3EMQA 5M5DA 2ZUNA 3PHAA 1HIZA 2YBUA 4C7DA 5BXPA 3WF0A 4W8LA 5ABEA 1C7SA 4PTMA 4W85A 1JFXA 2DSZA 1MFUA 4D1JA 5E09A 1ECEA 2J78A 1E70M 3IANA 5D4YA 2WKLA 1SMAA 5JIWA 4CKQA 4C7GA 3RIKA 4WSKA 1VBUA 2F2HA 5ABFB 1E9LA 2GDVA 1UWRA 5A1AA 3WNPA 1TMQA 3BLPX 4UFLA 5DFAA 1JAKA 3RO8A 5ABFA 2ZE0A 4JFWA 3ARSA 2WZIA 3PZ9A 3WD4A 3F4VA 1UQZA 1UUQA 4TVUA 1KXTA 5A8MA 3U7BA 3WUFA 4BA0A 1EIBA 1SFSA 2V3FA 2VZUA 1K9TA 2EJ1A 4Q22A 3SCNA 1V0NA 2J62A 2ZUWA 1UYQA 3ZJKA 4FLRA 1ISWA 1Q4NX 2YL8A 3BSGA 4UFJA 3CMGA 1Q6GA 4KMQA 2JEPA 1JG9A 2YDSA 3VD5A 1E5JA 3WF3A 3AMKA 3N15A 2WMIB 4U5IA 4CU7A 1JF5A 4HZ8A 5I5RA 3VPLA 2QF8A 1ISZA 1GORA 2OSYA 1LLOA 3RM9A 1J01A 4TX8A 4KGJA 2ZUTA 4CD5A 3WDIA 3WENA 4U31A 3CMJA 3CIVA 1E0XA 2VOTA 1JYWA 4AIOA 4M24A 1G5AA 1XCWA 2BVTA 3VGGA 1CTNA 3BAIA 3WH6A 1CZ1A 1MW2A 4MAZA 1Y7VA 4ACYA 1LL4A 4CU6A 1VEPA 5CPQA 3VILA 2XVLA 4JAWA 5A6BA 1FHDA 4DUVA 4HTYA 5I2UA 2VX4A 3T0AA 3K46A 5A8NA 1PPIA 2ZX8A 3BAKA 3AI0A 2CITA 3ZSTA 3CZ8A 1P6WA 1GPFA 1BF2A 3PN8A 1GVYA 1BGAA 1VJZA 2DPEA 1UD5A 4N42A 1XD0A 6CGTA 3CLWA 3VM5A 4R27A 2WK2A 5KEZA 4B9YA 1XH1A 1F4AA 4ML4A 1V6VA 3CO4A 5E70A 4UZUA 3EDDA 1TZ7A 1AQMA 2VX7A 2GFTA 4H8HA 1OSEA 3PZIA 1G9HA 1PIGA 4TX6A 2ZICA 2WKGA 3U5YA 5EB8A 3CZEA 4UFIA 3II1A 1JZ4A 7CGTA 1Z32X 2ZWYA 1KFWA 2WPGA 3WKZA 4ZE5A 4UQDA 1EQCA 3DHPA 1EGZA 3EYPA 2WXDM 5A6JA 4C7FA 3EDFA 4AISA 1LL7A 3AMDA 1UH3A 3VU2A 1YQ2A 2G3IA 4GPNA 2VCCA 3VD9A 4JHOA 3MO4A 2WM0A 3W82A 1E6SM 3UG3A 2VZTA 3ARXA 5M17A 1HF6A 2XFFA 4W5UA 3W4RA 1CGTA 1R86A 4M82A 1JL8A 1HP4A 3OLGA 4PMNA 1HX0A 1N82A 4W5ZA 3TOPA 2WLZA 1KXHA 2BY1A 1O6IA 1UQYA 1BHGA 1BVZA 2GJRA 2EXOA 3AIQA 4XZBA 2QLYA 1HXJA 1US3A 2V38A 3AS0A 4WSJA 1VFOA 4PTXA 3BSHA 3TP4A 1JZ2A 2J47A 3APGA 2G8ZA 5AC4A 2YJQA 4UNIA 5CZKA 3ZIZA 5EFFA 1UWTA 5E0FA 3MUIA 1MQQA 3VIPA 5EMYA 4KWUA 2C0HA 1ISYA 3CHDA 3W26A 3OZPA 3VD3A 1B3YA 1PJ9A 5HPCA 4PUDA 2D0GA 2Q8XA 1BLIA 2ZX9A 4UCFA 4JFSA 2G3JA 2GK1A 3SUTA 2J8GA 4QDMA 1V3JA 2ZIDA 2WSKA 1PEZA 2WMJA 1BFNA 4GO8A 1E3XA 1UA3A 2JIEA 2QHAA 4XX6A 1X6NA 3W81A 3WDJA 3CHFA 3AHVA 1GONA 3L4WA 1B30A 1G0CA 2ZUMA 2DT2A 5HPOA 1H3GA 1VFMA 4ATLA 3SEPA 4FLSA 4H8VA 4D6DA 4GZJA 1IT0A 2DT3A 1W1TA 1DHKA 1UR4A 1XCXA 3AMGA 4CVUA 4CN6A 1YHTA 5A8PA 4QAWA 1WDRA 1HVQA 5GNYA 1B90A 4BQ3A 3CUHA 3NDZA 1HVXA 3TTOA 1E5NA 1GJWA 2DH2A 1GOKA 1RD6A 3WQ4A 5HDRA 2GJPA 1VAHA 4NRRA 2D1ZA 1MYRA 3GH7A 3NUKA 1CXIA 3CUJA 2E0PA 1CENA 4AZIA 1RH9A 4PYSA 4W8BA 1WO2A 2V3EA 4HA1A 1AIWA 1HL8A 3IJ8A 2NT1A 2VNCA 3TTSA 1FFRA 3WH8A 1J10A 1DEDA 2O9PA 3VIGA 3B9DA 4MNJA 3WNNA 1SMDA 1ZJBA 2FDMA 1W91A 2J74A 1UZ4A 1KR1A 4PTVA 4CN4A 1D2KA 2VRJA 1UD2A 4LPCA 3DYPA 2DIEA 3SCWA 3HJEA 2J77A 5JBDA 3VIMA 4HA4A 1G01A 1R85A 1J0KA 2CBUA 2UY3A 4AZCB 2VCBA 5A6MA 3WF1A 1HT6A 5IDIA 3AROA 1L0PA 4GZEA 1GOIA 3FAXA 1GOMA 3POHA 1QNQA 4H7VA 1HJUA 3RJXA 1NARA 4LYPA 1UKQA 1ITCA 3VDCA 5JBFA 1ED7A 1UG6A 1J0YA 4JCLA 3O2LA 1I75A 4A4AA 1H49A 3CUIA 4OJYA 3QR3A 1UR9A 4U3CA 2QPSA 1EHAA 2VL4A 1UKSA 4CUCA 4AWEA 4CD4A 5AY7A 3CUGA 4YPJA 5A2BA 4UTFA 1NP2A 2CKSA 3THDA 3LPFA 1A3HA 2CESA 4WKFA 4Y7EA 3A6OA 1MW1A 3L4ZA 3MU7A 1XRVA 1Q6EA 3NSMA 1KR0A 1GOQA 3KZSA 3SURA 4HMEA 2O9OA 2D24A 2WHKA 2A3HA 1QBBA 1UD4A 1FH8A 4NZCA 2XVPA 2UY4A 3CPUA 3VMNA 2GUYA 5A94A 3UG5A 1OGSA 4ZXOA 2FH8A 3BCFA 2HVMA 3ZT6A 3WD2A 3RM4A 1E1FA 5GQBA 6A3HA 3W53A 1J11A 3UG4A 1GOOA 1GHRA 5CQ1A 3A47A 1JZ5A 2IXUA 3VGBA 1JYVA 2QMJA 4DWSB 1E15A 7TAAA 3RDKA 2VZSA 1FH7A 3ZJ8A 3CHEA 3N11A 2VO5A 2RGMA 3LPOA 3VGHA 1S46A 4DWSA 3OG2A 2CERA 1FP9A 4JL2A 1UD8A 1ZBKA 4AEEA 1NOWA 3MSGA 4ZEPA 1UOKA 1E6NA 1JFHA 1K9DA 3VX1A 3MV11 1UD3A 1MWOA 4M80A 3SIMA 2JF6A 1ZJAA 1BYCA 4OOZA 1DWHM 1ZBWA 1NP0A 4OBSA 1NM9A 1W3KA 4PMDA 5IFTA 5CSUA 3QOMA 1E4NA 2ZXBA 4HPHA 2V3GA 4PRWA 2WHLA 1SR0A 2WVSA 1GVIA 3AFBA 4QLLA 1OB0A 2PWDA 5GPRA 5EFDA 1UWSA 3MANA 2WCGA 2J75A 1CXFA 1A47A 2AOSA 2XHYA 1B3VA 2E40A 5FD0A 5FIPA 4EKJA 3WNMA 1W9DM 1C8XA 1QHZA 2PWEA 2PWHA 4MADA 3WBAA 1NQ6A 3WNOA 1LG1A 3FN9A 4HPGA 3AHZA 3N12A 2CBIA 4D6HA 1HKJA 4E2OA 1V02E 3MUAA 1UH4A 2VTFA 4ATWA 3F5JA 1HJSA 5CLTA 5JBEA 3GM8A 4AZHA 3UR8A 1EHNA 4X0NA 1UKTA 5C71A 3L2LA 4S3JA 4PUEA 1RPKA 1CGVA 1MVYA 3LMYA 2XWEA 2NSXA 3RPMA 5KZ6A 4U2YA 5CSYA 3PZVA 3W37A 4CVWA 2WMKA 4JKMA 3ECQA 1PX3A 5I78A 1HJXA 2A3CA 3WELA 4W84A 1WAWA 4K68A 1H4PA 1ISVA 3WY1A 3ZOAA 4AD1A 3L4VA 4KRUA 1CGXA 2D20A 3VTRA 3AYSA 3T2OA 1C8QA 4KRTA 1KBKA 5D8ZA 1WE5A 3EMZA 3GNRA 1AVAA 1FOBA 4LGXA 5TD4A 1JZ7A 3AISA 4WF7A 3VDBA 3EBVA 1VENA 2W4XA 3BMVA 1X6LA 2CYGA 4ZFMA 4UQBA 5A2AA 4AZBA 3B8SA 4E8CA 4P7NA 1QNRA 4GI9A 2WWDA 4OKDA 1OBAA 3CH9A 1JI2A 1HKKA 2JE8A 5I24A 3PZQA 2ZUUA 1OGBA 1E73M 4PSRA 1GW1A 1JZ3A 3L2MA 2J8FA 2J7EA 4KH2A 3RILA 1DTUA 2XYLA 2TAAA 5CXPA 2EPMX 1KWGA 4AZ6A 2VCAA 1KB3A 3IJ7A 1FH9A 1OD8A 1DWGM 2ZX5A 4P8XA 4JIEA 5BRQA 1ZL1A 1XV8A 4D72A 4CD8A 1J0IA 2BXYA 1EH9A 3QHMA 2ZOXA 1ESWA 2ZXDA 5FL1A 2FHFA 4MDOA 4V27A 4XB3A 4B16A 3WN6A 3AS1A 4HOZA 1BG9A 5I23A 4D1IA 3NCOA 5A6AA 2ZWZA 1E55A 1VFUA 3BH4A 4MB5A 5I3DA 1WPCA 1V3IA 2XPKA 5DMYA 3IAQA 2WVTA 3WNLA 1XSKA 3WH9A 2O92A 4BQ4A 3FXYA 3N1AA 1WDPA 2JIWA 1FFQA 2ZUSA 2EBNA 4LQ1A 5CGTA 4IM4A 3DYOA 2Y8KA 1JDAA 1J0JA 1V6YA 3OLIA 3W24A 4Z2GA 4D6EA 3AIRA 4M81A 5D9NA 4JKKA 3VD4A 1V3LA 4LXFA 1X1NA 3CTTA 3ZMRA 4TTUA 1GQKA 1NH6A 1B3XA 1PIFA 5BXRA 3QOKA 5I77A 1ZS2A 4UOJA 3KWXA 5LYRA 2XGIA 1K9EA 3KL5A 5CPSA 2XVKA 1WZKA 3VGEA 9CGTA 3T0BA 2OYKA 2XG9A 3WIJA 4YN5A 2XVGA 3OGSA 4OUEA 4HOXA 3WDQA 3L4UA 3WD1A 4WKAA 1J0HA 2NW0A 3VNZA 2DSUA 1OGGA 5CPTA 3GH4A 1HKMA 1BPLB 4DM2A 2HISA 2QMKA 4P7QA 3WMCA 2YL6A 4CGTA 3IAPA 1XD1A 1TVNA 4D6JA 1QI3A 3NSNA 3AJ7A 1QBAA 3ARWA 1HP5A 3U5UA 3WQWA 4GQQA 2VVNA 4AMCA 2CXGA 4JFTA 1JYNA 3ZJ6A 4UFKA 2F61A 4A3HA 4PMQA 4F9JA 1V08A 5I6SA 3K8MA 3SCTA 2W5FA 4FLOA 3DC0A 3SCSA 4GQRA 3JUGA 1VBRA 3OLDA 2VC9A 1K9FA 1ZBVA 2BS9A 3WF2A 2NT0A 2EEXA 2FH6A 2J7GA 3GXMA 4W89A 1UR1A 3M46A 2VX5A 3ZQ9A 4UQ9A 3ARVA 5LA0A 1BTCA 1EDTA 3AHXA 4AC1X 1H09A 3WH5A 1V3HA 4PTWA 5BXSA 3MUY1 3N17A 5C70A 3F5LA 2FHCA 3UERA 5A69A 2GK1B 5C8BB 2BHYA 1AMYA 4PCSA 1PX4A 2J7HA 3WL0A 3SUVA 3WEOA 1OCQA 2WMHA 2OLHA 1C7TA 2WMFA 4AD0A 4WJXA 4UQCA 1OT1A 3PZGA 4ATDA 1ZU8A 3VDAA 4M1RA 4A3YA 3N9KA 2YL9A 4AD2A 4DUXA 1B3WA 3N18A 3KL0A 2DSWA 5HBFA 3G6MA 3AXIA 1XSIA 4AYSA 4D6FA 1CPUA 4DM1A 1WNOA 1E6ZA 1WB0A 2W62A 3ZO9A 2UWFA 2PWFA 5LA2A 1U33A 2J79A 1J0ZA 1CXKA 3BGAA 5EBAA 5A95A 4CN1A 4EK7A 1V0KA 3SCQA 3M07A 4B3LA 5AYIA 1B1YA 5BWFA 5JIPA 2XVNA 3ARUA 3GXFA 4UQEA 3BAYA 3WF4A 4TXEA 1BVNP 3UR7A 1GOWA 3I3EA 1E4LA 4QLJA 5E6ZA 1W9BM 1C8YA 4UZSA 2DDXA 4UFMA 5A6KA 3UESA 2E9BA 3W27A 1W3JA 3OZOA 3N13A 3RCNA 1JGIA 3VIIA 4J3XA 3T2QA 2ZX7A 3D5HA 3WQVA 3SCPA 5CJ5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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