1OGGA

Chitinase b from serratia marcescens mutant d142n in complex with inhibitor allosamidin
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDINWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the D142N Mutant of the Family 18 Chitinase Chib from Serratia Marcescens and its Complex with Allosamidin
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
total genus 164
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2003-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1oggA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1oggA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1oggA01
3ZSSA 2J25A 5GNXA 4UFLA 1K9EA 3MU7A 4J3XA 2XWDA 1EGZA 1O7AA 1E71M 2WVVA 3WH8A 4RE3A 1JZ3A 2Y8VA 2E9LA 2BHYA 4H04A 3IAQA 1EXPA 3UG5A 4GO9A 5IFTA 1WAWA 3VX0A 1UKPA 4WLCA 3EMZA 1CXHA 3U57A 1QNQA 3EDEA 5A8NA 3WF3A 3CZEA 3AJ7A 3PZGA 2Y24A 3CTTA 1JFHA 1KBKA 2VMFA 2B31A 5BRPA 1QW9A 1U33A 1GOMA 2FHBA 3CZGA 4AIEA 4HTYA 2GJXA 2PWFA 3WL0A 1ODUA 4HOXA 3ZMRA 1X1NA 1B9ZA 3AXHA 4M82A 3DECA 4ACZB 4JKMA 4A4AA 3PTQA 1JG9A 2CEQA 1K9DA 3VIKA 4W84A 2PWDA 3EDJA 1GW1A 3GXIA 2WC3A 3NSMA 1DP0A 2VZVA 3ZQ9A 1V6WA 4MTVA 1EOMA 1FH9A 2WVSA 2ZXAA 4PTXA 2UY4A 1TUXA 1VBUA 4X9YA 2CNCA 2E9BA 2DEPA 1TVPA 1BPLB 4PMQA 2JEQA 3SCUA 4ZE5A 3SCRA 4AD5A 3SCPA 3L4UA 1CWYA 1HVQA 3VM5A 5A2CA 1EDTA 4TX8A 3LPPA 5AC5A 3WBEA 1ZBKA 1JD7A 1AMYA 1EHNA 2ZUVA 1E6RA 2BV9A 1BFNA 2ZUNA 1E0XA 1HJSA 2D1ZA 3NCOA 1C8XA 3CGTA 5CPQA 4W85A 5CGMA 3SIMA 2WMIB 3L4VA 3NJ3A 4U5KA 5CGTA 2VTFA 1DWAM 1GVYA 1IV8A 3BSGA 3RMEA 1R87A 2WCSA 2E40A 3WDRA 1FHDA 3RCNA 4H41A 2Z1SA 3FHQA 5BRQA 4B16A 3OB8A 4RE4A 3F4VA 2DT2A 1HJVA 2EPOA 3K8MA 3N11A 4KH2A 2VCAA 1YHTA 4AZBA 2YA2A 1JYXA 2XHYA 1GQLA 3NYDA 3VILA 2OSWA 4AD1A 2ESCA 5LA1A 1FH7A 3W6MA 4F79A 5AC4A 1LL7A 4LYQA 2JFEX 1UYQA 7TAAA 1C92A 2OYLA 1HF6A 2QLYA 1WO2A 2Y2WA 5CLWA 1VFOA 1K9TA 3M7SA 3GNOA 2E9MA 4Y7EA 2XSBA 2XVKA 5A8OA 2WZEA 1SFSA 5A2AA 4GI8A 4JCLA 2DSUA 3UESA 1BGGA 1LQ0A 5F7UA 1E0VA 4JFSA 3A47A 1NARA 1EO7A 1Q6FA 3SUSA 1BAGA 1OGBA 1WP6A 3A3HA 1BYCA 2BS9A 4PMZA 1JXKA 1XD0A 4CU6A 1MQPA 1G9HA 4C7FA 5BXTA 1HKJA 1X6LA 4N0RA 1CENA 1GCYA 1WZKA 3B9DA 3VD7A 4JAWA 2TAAA 3BAYA 2W5FA 2YDQA 3TP4A 3VDAA 1O6IA 4ML4A 4OIFA 3AIQA 1J01A 2ZUUA 4MB3A 1UA7A 2VX4A 1R7AA 1CNVA 4EE9A 2ZUTA 4H8VA 4WJXA 3T09A 4XB3A 2VI0A 3AIUA 1VEPA 4UNIA 3FNDA 2EPMX 1XCXA 3TTQA 2AMGA 1LWHA 4M8UA 3N15A 2A3HA 2V38A 2RGLA 1AQHA 3EBVA 4JFUA 3BSHA 3W27A 4GZEA 4FMVA 3W6LA 1JGIA 2QMJA 3AMDA 2PF0A 1Q6EA 4UQAA 1JL8A 4Z2LA 2YLLA 4WKHA 1HP4A 4NI3A 1JZ6A 2YBUA 2GJPA 3U5YA 1JF5A 4QDMA 1NOWA 2D3NA 4GO8A 1E72M 2YOCA 1W9DM 4D1JA 2BNJA 4IPLA 1UWTA 2EJ1A 4WF7A 4PMDA 3AMGA 1ZB5A 3VX1A 3G6MA 1J0JA 1LG1A 3MS8A 4QAWA 2WBGA 1UKSA 1XSKA 4ATWA 3T2QA 2J4GA 4R5EA 1W1TA 3L4XA 3DYMA 3CMGA 4DM1A 4LPCA 1TZ7A 3AXXA 4UFKA 3ARTA 4NRRA 4D6JA 5I6SA 2BY2A 2F8QA 4HU8A 3WQWA 4FLRA 2DSZA 2ZXDA 1MXDA 1RH9A 3RO8A 1HL8A 3AHZA 4UQCA 5I5RA 5CZKA 1CEOA 3ZR5A 2GSJA 5BCAA 2XVGA 4PUEA 3WNKA 2WCGA 1BYAA 4PMOA 3G6LA 3A6OA 4TUFA 4OOUA 4B3LA 6TAAA 1XC6A 1HP5A 2E8ZA 4WKFA 3HJEA 4UFIA 3BGAA 2VQUA 1E55A 2GK1B 4BQ3A 5A8QA 4UOZA 3J7HA 1GOWA 2G8ZA 1FA2A 2XVNA 2FHCA 1ECEA 3PTKA 1NOUA 5CPSA 4JHZA 2A3EA 3GNRA 3UG3A 5M5DA 3AIBA 4HA3A 1PPIA 1R7OA 2NT1A 1CECA 1PJ9A 4EKJA 1W1VA 3WH7A 2VRKA 2VOTA 1KQYA 1EOKA 1KXQA 4D1IA 2VCBA 3SUUA 1LLOA 3FAWA 1DWJM 3ARXA 1C8QA 2D3LA 4ATLA 1CYGA 1KQZA 3WKZA 1J18A 4AZCB 3OGSA 1UD3A 2XVPA 3AMKA 4E8DA 5DO8A 1JAEA 3IAPA 2JE8A 4R27A 1JZ2A 1PZ3A 1DWGM 1D2KA 1BSIA 3CH9A 2W92A 1HJXA 1HKKA 2WW5A 3NUKA 4ZXOA 2XFYA 2CBVA 5FCZA 4UZUA 4AEFA 3FW6A 1OT2A 4JCMA 2VT0A 2UY5A 1A47A 2G3NA 3T2OA 5FL0A 5I23A 3W38A 1E0WA 1H3GA 9CGTA 4U2YA 2W62A 5A6AA 1JI1A 3KL0A 3WQ4A 1B1YA 1IZJA 5I77A 2G41A 2DQXA 4W8BA 2J7DA 3ZR6A 4ZXLA 1TA3A 1E6NA 2ZIDA 1EQCA 1FFQA 5M17A 3THCA 3L4YA 4H2CA 4ACZA 2VURA 2JEPA 4PEEA 2EEXA 3MKKA 3WD2A 3VIMA 4D6FA 1M03A 1UD2A 1NOFA 1OM0A 1JI2A 2XG9A 3N18A 1IZKA 5EMYA 3MUIA 3ARUA 4UTFA 4HA4A 5AYBA 3CLWA 3OZOA 3ARZA 1XSIA 3VIHA 1V02E 4WSJA 1C90A 3NSXA 1DWHM 1CGUA 1UD5A 8CGTA 2UY3A 2WMFA 4ZEPA 1G1YA 3M46A 4UR9A 2QF8A 5A1AA 4BA0A 3HN3A 1GHRA 2NT0A 1QNSA 4D6GA 3VKKA 3KWXA 4GQQA 1V3JA 5HNNA 3KZSA 3MO4A 1ZBVA 3BAKA 5HPOA 3I3EA 5I3DA 1J11A 3WH9A 1GQIA 1GJUA 3PZMA 1C7TA 4OJYA 2WMHA 3AIEA 1WDQA 2WMIA 2YDSA 4JHOA 5DF0A 1CIUA 1R86A 3AHTA 4AZGA 3CZKA 1XH1A 3UR8A 4E8CA 3FY1A 3TTSA 3VTRA 3B9EA 2G3IA 2VUYA 3WF1A 1UUQA 5DFAA 2CBUA 2D24A 2YIHA 3PN8A 5D8ZA 2J7HA 2BVYA 3AOFA 3THDA 1KGUA 1KFWA 1BLIA 4YPJA 2V5CA 4MAZA 1JYWA 2E0PA 5CPTA 4AW7A 1W2PA 4OZOA 2WYSA 1ZJAA 2V3EA 3U7BA 3ZOAA 3SCOA 4LGXA 2EPNA 3IJ7A 3W53A 1PAMA 2VVNA 2DGAA 4JFWA 1CGVA 2Y4SA 1QOXA 2D23A 5HBFA 2WZIA 2O9OA 1NH6A 1KGXA 5HXMA 1QNPA 1H0GA 2VVSA 2WSKA 1V6YA 4CN4A 2W61A 1U2YA 2WC7A 3AIWA 1E6ZA 3VVGA 3ARYA 3KL3A 3CZ8A 2XPKA 5CJ5A 4PCTA 3ZIZA 1TFVA 4NRSA 4D6DA 1QBAA 1F4AA 2O9RA 5LYRA 3ARQA 5C71A 4W7UA 4HMEA 1NWUA 2XTKA 1TE1A 1ESWA 4B15A 1JNEA 2D2OA 2HISA 2F61A 4MDOA 3VD4A 1ISZA 4D6IA 4M24A 1MVYA 3ZT7A 3OLDA 1OD8A 3AFBA 1TR1A 3CUHA 1VENA 3EDFA 1B30A 1B90A 1OIFA 2WKGA 1ITCA 3IK2A 3CPUA 5DMYA 1UG6A 4GPNA 4C7GA 3RILA 3PZOA 4B9ZA 1V3HA 2VNCA 2D20A 1SR0A 1UOKA 2YL5A 2X05A 3IJ8A 1QNOA 3FAXA 2XIIA 2ZUWA 1G0CA 4AZ7A 5A69A 3WNMA 2WZHA 4DUXA 2XUCA 4JZ5A 1C8YA 4HOWA 5JH8A 2WWCA 2D0HA 3D3AA 1AIWA 3W81A 1VEMA 4UOQA 4MNLA 1JNDA 4JFVA 5ABEA 2PWGA 3SURA 1JAKA 1GORA 3AYRA 2EQDA 3A4XA 4LYRA 1V08A 4HU0A 2CITA 4KWUA 5IHRA 8A3HA 1E4IA 1CLXA 1UZ4A 3QR3A 1D3CA 2J75A 2XFFA 3N12A 2CESA 5I24A 2WM0A 4HZ8A 4UOJA 2VJXA 4PMXA 4UZSA 3CZJA 3L4TA 5JIPA 5HDRA 3CUIA 1YQ2A 4LQ1A 4ZE4A 3SCVA 1WDPA 2NW0A 1JD9A 1GQJA 3F5JA 2J47A 1W1PA 4FF5A 2F2HA 3O9NA 5FD0A 3WBAA 2DDXA 2X0YA 3ARSA 5D9MA 3B9AA 4AZHA 5A6SA 2CIPA 3K4AA 1WNOA 2C0HA 4PSRA 3AMLA 2FH8A 1E70M 4QLJA 4FLOA 4U31A 5AYIA 2JF6A 2A3BA 2WHJA 3K8KA 3WD1A 2WHLA 3N9KA 3TOPA 5IXEA 1TCMA 2GK1A 3WEZA 1VFUA 4TX6A 1DTUA 3I3DA 4KMQA 4QCEA 4AD4A 1ISWA 1M7XA 4PMVA 1UR4A 4AIUA 4JFTA 2BY0A 1J0YA 2RGMA 3BMWA 4GZJA 1UWUA 2ZOXA 3SCQA 3DHUA 1HJWA 4PBGA 1CXEA 4W87A 2RTSA 2QHAA 1E6QM 3MV01 1FH8A 4J7RA 2D49A 5BXRA 1E15A 4GZIA 1QHZA 3BC9A 1E4MM 4AZCA 4Z2KA 3RIKA 3GM8A 2YL6A 1US2A 2YJQA 4GIAA 1ED7A 3F5LA 4P8UA 1DEDA 1VJSA 4OUEA 4TTUA 2W66A 3ARVA 1JDAA 3WMSA 5M03A 1GOIA 1CLVA 3WEMA 1QI2A 2VRQA 3SUTA 3WQ5A 3VIIA 1E3ZA 2QV4A 4MNMA 3OLIA 1V3IA 4JKKA 4CU7A 3WSUA 3VMNA 2UWFA 2ZX7A 4W93A 1VIWA 2DIEA 1PZ2A 3AHXA 2FHFA 1S46A 1BGAA 2V3GA 4W7WA 2BHZA 2J7FA 1UD4A 1UR9A 2WMGA 4MB1A 2C8NA 1WZMA 1ZL1A 3VD3A 3VGHA 1BYBA 1LF1A 2DSVA 3VINA 1E1FA 3F5KA 1SMAA 2DSKA 2GFTA 5DT7A 3L2MA 3AZRA 1L8NA 1M01A 5C70A 1XRVA 4PMRA 3T0DA 5EB8A 4MDPA 4QCFA 2ZXBA 3CO4A 4HMDA 2WLYA 2GJXB 1J12A 2J7EA 3MSDA 3GDBA 2JIWA 2CBJA 1K9FA 4DUVA 1RP8A 2OWCA 3WUFA 1VFMA 4V2XA 4H8HA 2XFRA 1VFFA 2W63A 4P7OA 3QOKA 4PTMA 4XUYA 4Z2GA 5GNZA 3AMCA 1QI5A 1UH3A 5KZ6A 5JBEA 1RP9A 1WZAA 3E1F1 1KCLA 2CXGA 1PX3A 3LMYA 5GNYA 4EK7A 4J3UA 4P8VA 4BF7A 3FHAA 1UR0A 2PC8A 3OZPA 3WH5A 5FKYA 4CVWA 1BTCA 2E8YA 5EFFA 3WELA 4W5UA 2EXOA 3GXDA 4CD4A 1UA3A 3MMDA 3VIGA 2YA0A 1H1NA 3A4AA 2BY3A 4OBSA 1XD1A 5GPRA 3AIVA 3POCA 4GI9A 2WB5A 2O92A 2CPUA 1V0LA 1W9PA 3AS2A 1JIBA 3VGFA 1B3VA 3APGA 1E4LA 2PBOA 4H8UA 3KL5A 1B2YA 1BG9A 1QI4A 4Z2JA 1UWQA 4AMCA 1H41A 2OLHA 1TG7A 2CKSA 1OD0A 4Z2HA 1BHGA 4PYSA 5JBFA 1UD6A 1UKOA 3EDDA 5A6BD 1G5AA 1VEOA 3WNOA 3ARRA 3EYPA 5CSUA 1X6NA 2X0HA 4X0VA 1W1YA 1H09A 2WAGA 1GOQA 4FLQA 2DT1A 1E5NA 3VIFA 4AYSA 4MJ4A 1HKIA 4PUDA 1JF6A 3DYOA 3VGBA 1GOOA 7CGTA 4GINA 2VQTA 1OINA 1UR1A 3BAXA 1HT6A 1QNRA 1ITXA 1E9LA 4LYPA 3AICA 1B3YA 2O9TA 2XWEA 2XYLA 1FP9A 3PHAA 3KEHA 2EPKX 3WENA 3AQUA 3AZSA 5EBAA 2ZWZA 1I1XA 1W91A 3WDJA 2OWXA 3PZVA 5D8WA 5IFPA 3PBGA 5JBDA 1NWTA 2J7BA 3PZQA 3T2PA 5E0FA 1R8LA 2XSAA 4D6EA 1E40A 1E6SM 1V03A 4P8XA 4CUCA 3VGDA 5BYWA 1KWKA 1HX0A 4D71A 1MFVA 1R85A 2G3JA 4BQ2A 4DM2A 2W91A 2XGIA 1HN1A 1UH2A 4U2ZA 3VM7A 4FK9A 4M80A 2E3ZA 2A3AA 2ZX8A 4N42A 1PBGA 1V3KA 2CYGA 3SUVA 4Q22A 1DWIM 1KXTA 2YA1A 3RM9A 3WDHA 2IXVA 1GQKA 4XX6A 3W24A 4UFHA 1JFXA 1W9VA 4HA1A 5D4YA 3POHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4L4P A;  1NQ6 A;  3S1U A;  5DCD A;  1W9B M;  1ODZ A;  4W8A A;  1OFA A;  2HBV A;  1LQA A;  3NQV A;  4JTU A;  4L9Y A;  3RFA A;  4F0L A;  3I7Q A;  3GU2 A;  3W25 A;  3PZU A;  3AI0 A;  4G50 A;  4F66 A;  1WB0 A;  3T0A A;  3TUU A;  5T26 A;  4C1L A;  3KDO A;  4YWS A;  1OJX A;  4KBX A;  1K03 A;  4IMD A;  3WMC A;  5C6M A;  1OCJ A;  2F9R A;  1B31 A;  3VGG A;  1Q6U A;  4DEF A;  1J4H A;  4ORI A;  5AOU A;  1JYN A;  3PBV A;  1HL9 A;  1QHP A;  3TN3 A;  1CZ1 A;  2GYI A;  2HPM A;  2PWH A;  5GQB A;  3TR2 A;  3RLU A;  3TA6 A;  3MCO A;  2X1I A;  2R1N A;  1Y0O A;  4QG8 A;  1R9Y A;  1I2O A;  1XGZ A;  1AA1 B;  1ISV A;  1KBJ A;  1XQL A;  1X6U A;  2C16 A;  3CK5 A;  3SI9 A;  2XH4 A;  2RHG A;  3KWS A;  1F5Z A;  4EXQ A;  2OZ8 A;  1NY1 A;  1S2A A;  1YPX A;  4I9J A;  1GNX A;  3S9I A;  1XP3 A;  1U30 A;  2CCR A;  1CXK A;  5F1V A;  3T08 A;  1XIG A;  2A1Y A;  4FLS A;  3LGG A;  4AZ6 A;  2FPY A;  2JKA A;  4Q32 A;  3OLE A;  1N82 A;  1NDW A;  4GVH A;  4XV0 A;  4BQ4 A;  2GPT A;  3IAR A;  1EZW A;  3IIZ A;  4D6H A;  4R33 A;  1S5V A;  3WK1 A;  1LWJ A;  2J74 A;  1MQR A;  3LLD A;  2W9M A;  1EGV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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