1UR8A

Interactions of a family 18 chitinase with the designed inhibitor hm508, and its degradation product, chitobiono-delta-lactone
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Interactions of a Family 18 Chitinase with the Designed Inhibitor Hm508 and its Degradation Product, Chitobiono-Delta-Lactone.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
molecule keywords CHITINASE B
total genus 165
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2003-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1ur8A03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1ur8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ur8A01
2V38A 1QNRA 3GNOA 5A8QA 1CLXA 1UZ1A 5CJ5A 2CHNA 1W1YA 4CN4A 1PAMA 1B3VA 3SCVA 1JF5A 1GHSA 3VO0A 1JXKA 2YL5A 1BG4A 2WW5A 1TVNA 2JF7A 5I2UA 5I6SA 1FP9A 4JL2A 3VVGA 2J7GA 4AIEA 4ML4A 1E6XM 2J7DA 4MAZA 4M80A 2XTKA 1E15A 4JFVA 1UKQA 5I3DA 2G4FA 4AIUA 1I75A 3AHZA 2ZICA 1UD6A 1NARA 2CESA 1WDSA 3CHCA 1HNYA 4NRSA 1KQZA 3BC9A 4Q22A 5C8BB 5M17A 4B3KA 3VPLA 3VM7A 1QI4A 3AIQA 3ALGA 3GH5A 4X9YA 1B3WA 1G0CA 1E6SM 4WLCA 5EB8A 1QBAA 4UR9A 1ZJAA 4PMRA 3MANA 2ZXBA 1K9TA 3FW6A 1GQLA 4JZ5A 4P8VA 1Q4NX 2DIJA 2MANA 2J4GA 1CYGA 3W24A 3K8KA 6CGTA 2YJQA 1XH0A 2O9TA 1UR8A 3WF1A 4XV0A 2EPKX 4UFKA 4TTUA 1MW2A 1PIFA 2CBJA 4W7VA 3AFBA 1L8NA 3W29A 3BMWA 3FHAA 1ITXA 5GNYA 3RPMA 3GXDA 4C7DA 4PTWA 4MJ4A 4J27A 4PMNA 5E9AA 2WMKA 3APGA 3K1DA 1QHOA 3MMWA 4J28A 4HOXA 2DT3A 2C7FA 5KZ6A 4AYSA 1XC6A 1CXFA 1UD2A 5LA1A 4W84A 1EO7A 2RTSA 4MTVA 1FFQA 1E56A 1V0MA 3WUBA 4YHGA 1W9XA 3VX0A 3EDKA 3MKKA 1NP2A 4U2YA 4UFIA 5A94A 1GOKA 2VVSA 3LPFA 5M5DA 4U5KA 5IFPA 1J12A 1V3JA 3UG4A 3FAXA 2GJXA 1KCKA 3ZO9A 1XD0A 4H7VA 1C8QA 2WWDA 3VIJA 4UOJA 3QR3A 5CGTA 3ARTA 3F5LA 2WCAA 5DF0A 3VNYA 4PN2A 3AS3A 4KRTA 3WKZA 3WH7A 3U7BA 1W3KA 4KGLA 1CENA 2VRJA 1BPLB 4JKKA 1B30A 3CUJA 2G3NA 4X0NA 4CUCA 1WZLA 1NH6A 1E55A 1V0KA 3PTQA 3F4VA 4MB3A 4ZFMA 1UWTA 3FXYA 3SCUA 3EMZA 1UR2A 3TTSA 2XPKA 1DWAM 3L4XA 5FD0A 1BGAA 1MFVA 3N12A 3GH7A 3IANA 1R86A 3WIJA 1H0GA 1UKPA 1HT6A 1E4NA 2V3EA 2WAGA 1VFMA 2W67A 1ZBCA 1R85A 4D6GA 2D20A 4OOUA 1W9UA 5JBDA 4Z2JA 2ZX7A 3WSUA 1XV8A 3ZJ6A 2WSKA 3T2OA 1DWFM 1JIBA 4TX8A 1B1YA 1V3HA 1EXPA 1UWIA 3PZQA 4BQ3A 4D72A 2PWFA 3G6LA 1CWYA 4OBSA 4JFSA 1X1NA 5JIWA 3II1A 4J3XA 3QHMA 5GNZA 2VL4A 1K9EA 3WMSA 1NQ6A 1AIWA 2B31A 4V2XA 1C90A 1OT2A 4PMOA 2O9RA 3VD4A 1LWHA 3GXIA 3WDHA 2WLZA 2CEQA 3RJYA 1VB9A 3ARYA 1JFXA 6TAAA 1EQCA 2OSXA 2ZUWA 1EQPA 2X1IA 3ARUA 4HA1A 2Y4SA 2XG9A 1E40A 3VOCA 2XIIA 2VC9A 4AD0A 1B3ZA 3TOPA 2IXUA 3VGFA 5I79A 3VGEA 3NIYA 1AQMA 4MDOA 3K8LA 3W0KA 3CPUA 4AZCA 1HF6A 4WJXA 3TP4A 4AXNA 3VIMA 2J7BA 3WD0A 3RDKA 1V6WA 5DO8A 2PWDA 3SCSA 4B3LA 4M1RA 3TTOA 2ZUSA 4AIOA 1JFHA 2VMFA 1V6UA 4C7GA 1V3MA 3CHFA 6A3HA 1XCXA 3ARXA 2NT0A 3O2LA 4GINA 2X0YA 4W7WA 5BROA 1XYFA 2VOTA 1NWTA 3ZSTA 2XFYA 4E2OA 4EAMA 2FGLA 1H5VA 2WMJA 1BAGA 4ZEPA 3ARPA 3AISA 2CKSA 3AXHA 4F9JA 2EO7A 1HJVA 5BRPA 3A4WA 1QNOA 2CPUA 1XSKA 3WEMA 4FLSA 2FGZA 5DFAA 1TUXA 5CPSA 1EOKA 3JUGA 3WH8A 2GK1B 5A6JA 1SR0A 3GXMA 3WUGA 1W91A 1UWUA 3DHUA 1DWJM 4KGJA 4BCEA 4HZ7A 2OWXA 3WQ8A 1E9LA 2WMIB 5BCAA 3QHNA 1CECA 3WF2A 3T2QA 3UESA 2WXDM 1VEPA 5ABFB 1G5AA 1GOOA 3EDEA 3NYDA 1QW8A 2DQXA 1E4MM 4HZ6A 2JALA 2WVVA 3O6AA 3OGSA 5DMYA 1PX3A 3M6DA 3EDFA 1E3ZA 1CDGA 4BS0A 1J0JA 4CD4A 5D9NA 3I3BA 3VDCA 2E0PA 1H3GA 1KGXA 1V08A 3WNNA 4UZSA 2XWDA 3MU7A 1WDQA 1E0VA 5BXRA 4PUDA 1WE5A 5CXPA 2XGIA 4W86A 1LL6A 1E5JA 2AOSA 4MNJA 4DM2A 5JUVA 4U3AA 2V3FA 4XUYA 4AD3A 1E70M 1EDTA 2WLYA 3CZEA 4JFTA 2XFRA 2W92A 2QMJA 3BAJA 4YHEA 2JIEA 1EIBA 4H2CA 4OKDA 2C8NA 4WKHA 4CCEA 3VD7A 2G41A 1K9FA 2WC4A 3HU7A 4LXFA 1W9PA 2VNCA 2XJ7A 2VR5A 1HL8A 1RD6A 4TX6A 4F66A 1NWRA 1UH4A 2ZX5A 3NDYA 3WDJA 1JDCA 3RO8A 4FMVA 3VMNA 2J79A 1QHPA 1QI5A 1QNQA 2YA2A 1EDGA 1CGVA 1JYWA 3GXFA 1UR1A 1KWKA 1QHZA 3D5HA 4UQBA 4U5IA 3ARZA 2VI0A 2E8ZA 1VENA 2DSWA 1ISWA 2DSUA 1V02A 1LG1A 3AYSA 1H41A 3SUWA 4NSBA 2WB5A 2FHCA 1QOXA 4CCCA 5BRQA 3AIEA 1W9VA 3SUSA 3UEQA 1LG2A 2GFTA 3VMOA 3AHVA 5BXPA 2E40A 4JHZA 3AHXA 4AMCA 2W4XA 5HOSA 5A3HA 1J0YA 3IK2A 2D23A 4A3YA 2D0HA 1BYCA 2BV9A 2WVVB 2F61A 1UYQA 2EJ1A 4J3VA 3SCQA 3VIFA 3MUZ1 4UOZA 2CBIA 2VVNA 4LPCA 4OBRA 4GQQA 4P8XA 1WO2A 3W25A 4UCFA 5EFDA 5A6BA 4AZGA 3L4WA 4JIEA 1UR9A 1BTCA 3KEHA 1O7AA 3WD3A 4IPLA 4XZWA 1JXJA 5CZKA 2RGMA 4UNIA 4BQ2A 1OINA 3DYOA 4E4PA 5I5RA 4HA3A 1GJWA 4E8DA 1FH8A 1B0IA 7CGTA 1EOMA 2PBOA 1LL4A 1CBGA 2WVUA 5D8WA 1E4IA 4D6JA 4W5UA 3PTKA 3ZJ7A 3PZTA 1HVQA 2WMHA 2QPSA 1VEMA 4GZIA 2D49A 1U33A 3IAQA 2OSWA 2X8RA 1TCMA 4F9DA 2QF8A 3WY1A 1WAWA 1ZS2A 5EFFA 2WMGA 5A8NA 2OSYA 1BYDA 1GJUA 1UG6A 2WYSA 3EMQA 3K8MA 1C91A 3T0AA 2WSPA 3EMCA 4JKLA 1M03A 3SUTA 2CXGA 1JYNA 4PTMA 1HXJA 1KQYA 4JHOA 1ODUA 3SEPA 1C93A 5HPOA 4AY1A 4CD6A 1NWUA 2WMFA 1JZ5A 5CLWA 3CHDA 1UR0A 1B2YA 1Y7VA 2NW0A 3OLDA 3WNKA 2G8ZA 3T08A 3LMYA 2BXYA 5I0DA 3SIMA 1LQ0A 1OM0A 1E6ZA 3BAKA 4H8UA 5FOOA 2J7FA 3WQVA 5E09A 3OLIA 3CZGA 5E6YA 1BF2A 1MFUA 1UH3A 1AMYA 2BY2A 4U2ZA 2HVMA 4HOZA 1OGSA 4ATLA 2YKKA 3TTYA 3VIPA 3RMEA 4PTXA 1V3KA 3WH6A 2OYLA 4QP0A 1PZ3A 4HTYA 1QNSA 1BHGA 4OZOA 1V03A 3SUVA 2X05A 1UR4A 3CH9A 2G3JA 1W2PA 4PMVA 1JYXA 3PZOA 1E4LA 3EDDA 1NWSA 4L4OA 2DSVA 1Q6CA 1LJYA 1H1NA 4JL1A 2QV4A 4J3TA 3WQWA 2BY3A 3NCOA 4P7LA 3SCNA 2QPUA 1RPKA 1YQ2A 4GPNA 3DYPA 3BAWA 1MQPA 4CD5A 1J01A 1R7OA 4P8WA 2BY1A 3D3AA 3VIOA 3F5JA 3POCA 4CN1A 3WDQA 2OWCA 1WB0A 3J7HA 1B3YA 4TOQA 3CZJA 3T09A 4M56A 5CLTA 1FFRA 1W1PA 1QI0A 2VTFA 4D6EA 3LPOA 5A2CA 2ZUVA 3MMUA 1ZBVA 2YA1A 3L4YA 5BXTA 4FLQA 2YDSA 2DSZA 1JGIA 4BF7A 3TONA 1MXGA 3UR7A 4MNMA 1KFWA 1ZL1A 2VCCA 1MW1A 1V6YA 3DYMA 1HL9A 3K46A 2GVYA 5JBEA 2IXVA 3W81A 4AD5A 3ZJ8A 4IISA 2CBUA 2VT0A 2JIWA 2YBUA 3WQ4A 1YHTA 3WL1A 3BLKA 4QAWA 3AZSA 2CHOA 2ZUUA 4P7OA 1HJWA 3OG2A 2VRQA 4Q7NA 3AIRA 2EQDA 4UFHA 4OOZA 2XVGA 4ZXLA 3CZ8A 4TUFA 1H11A 1JYVA 1KGWA 3AJ7A 3MUAA 1HKJA 3B9AA 4PCTA 3UG5A 4BZYA 8A3HA 1ODZA 2TAAA 4ZE4A 4FF5A 1BGGA 3SCOA 2YLLA 1M01A 3EDJA 3NSXA 5HBFA 2E9LA 5DT7A 3WNLA 5ECUA 2CBVA 2BVYA 2E9MA 1VBUA 1HP5A 3WENA 1D2KA 1H49A 1BLIA 4DWSD 2YLAA 4UTFA 2BS9A 1UOKA 3MUIA 1JI1A 5A95A 3BH4A 5JBFA 3N15A 4QDMA 1JD7A 1JZ3A 1QBBA 4Z2IA 2VX7A 4A4AA 1ISZA 2YDQA 3VIGA 1G94A 1Z32X 2A3CA 4DWSA 1VFFA 1XD1A 1J18A 5A1AA 1UD3A 3B9EA 4W8BA 2JE8A 3OGRA 4HOWA 4Z2LA 2D1ZA 1V0LA 5FL0A 1MW0A 2XVKA 4AD2A 3VD9A 2YA0A 3IJ9A 4NF7A 1PPIA 1RP8A 4CU8A 2DIEA 3OB8A 3PZUA 4HPGA 1FHLA 4AZHA 3ZIZA 2RGLA 3QGVA 4UQ9A 3WDRA 1W1VA 1K6AA 2GJXB 3AS1A 2UY2A 2QHAA 1OD8A 1Q6EA 5KEZA 1EHAA 4PMXA 1XH1A 4WKAA 4B9YA 2ZXQA 1FHDA 4PMUA 4MNLA 2XYLA 3M07A 4S3KA 3ARWA 5A8MA 1UHVA 4BQ4A 4AZ6A 3ZT7A 2CKRA 4AZ5A 1E6RA 1WZAA 1LF1A 3ZJKA 3W4RA 1E0WA 2W62A 5LA2A 1GOMA 4UFLA 5DEZA 3RILA 2WC3A 4W87A 5IDIA 4IM4A 4TVDA 2VCBA 3DC0A 1C8XA 2UY5A 4ATWA 3RIKA 1M7XA 2BFGA 2BHUA 4MJ2A 1KXTA 2UY4A 3CZLA 4TTGA 1US2A 3TTQA 1IT0A 1CZ1A 4NZCA 2EPNA 3ZQ9A 5CSUA 5AYBA 3WD4A 2J47A 4FLRA 3O9NA 3ZM8A 2FH6A 8CGTA 3U57A 3UERA 4H04A 1OSEA 1V02E 2W5FA 1B90A 4ZE5A 4WKFA 3WBAA 4M29A 3AYRA 5JH8A 3CUIA 4PMZA 4UQEA 4Z2HA 3GTNA 1W9DM 5E70A 3RM9A 3AQUA 4AZ7A 1CNVA 2XVPA 1V3IA 3W6MA 1D3CA 2DT0A 2WK2A 4JFUA 2Y8VA 1TVPA 1J0ZA 5HPCA 1ITCA 2D22A 1FP8A 1FH7A 2O9PA 5A6KA 3FAWA 4LYQA 2EPMX 3FNDA 4WSKA 4N0RA 1OWQA 4F79A 1BG9A 2VX5A 4CKQA 4MNKA 3CGTA 2YL9A 1LWJA 3GBEA 4PEEA 1JF6A 3POHA 4BA0A 3OIHA 1HJQA 2AMGA 4JAWA 4WF7A 2J25A 1PX8A 2ZWZA 1PBGA 1J0KA 1WZKA 1WZMA 1HJUA 4UFMA 2FH8A 4L4PA 4R27A 3U7VA 4HZ8A 4JCLA 1JZ4A 3KZSA 1GPFA 3ALFA 4AZCB 2Y5EA 3F5KA 1ZB5A 4CD8A 1XCWA 3AIBA 1DWHM 2BY0A 2WCGA 3BCFA 3L2LA 4MDPA 1W3HA 2Z1SA 2VZSA 2XWEA 1WDRA 2V3DA 4PMYA 2DH3A 5C71A 3W28A 4D6DA 3DHPA 3VINA 1J9YA 2WZIA 3VUPA 2OYMA 2Y2WA 3HN3A 3N17A 4UQCA 4D6IA 2FDMA 2DEPA 3BAIA 1MYRA 4V28A 3N18A 1UKOA 2WZHA 4AWEA 3W27A 4AZIA 2VURA 1CGTA 3SUUA 3T0BA 1UH2A 1JI2A 1KGUA 4XX6A 3VDAA 2PBGA 1IV8A 4HMDA 1J11A 4D6HA 1SMDA 4B16A 4HU8A 4UZUA 3VDHA 2DSKA 3AXIA 2PWGA 1GQKA 3DECA 3NJ3A 3ZR6A 2CERA 3N13A 4A3HA 4W8AA 5EMYA 2ZX9A 3ZT6A 5IXEA 1KBBA 3BCDA 2CYGA 1VAHA 3ZMRA 3HJEA 1XH2A 4ACZA 3T0DA 3BSHA 5D9PA 3I3DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3AYV A;  2XN2 A;  4PUK A;  2OG9 A;  4DF1 A;  1UPP A;  4RW5 A;  4D8Z A;  5GNY A;  3RPM A;  2VC5 A;  3GXD A;  4EPE C;  5BU9 A;  5E9A A;  2WMK A;  3APG A;  3K1D A;  1DV7 A;  3NPW A;  4HOX A;  2VGI A;  4XAP A;  1VFL A;  3O5F A;  1MDR A;  3BK0 A;  4LEQ A;  4O1C A;  3TAO A;  4W84 A;  1TZZ A;  2UBP C;  1VGA A;  1RQE A;  4FXJ A;  1FFQ A;  4L9Z A;  3LER A;  3WUB A;  4GX8 A;  1KC7 A;  3QMT A;  1OC5 A;  4UTJ A;  3N6J A;  4UR7 A;  1Z42 A;  3W1X A;  3EDK A;  3MI2 A;  3MKK A;  1NP2 A;  4UFI A;  5A94 A;  1CXW A;  4XD3 A;  1GOK A;  4U5K A;  4IMC A;  3UG4 A;  3O8A A;  4IL2 A;  4GJ1 A;  3ZO9 A;  1XD0 A;  2ZA3 A;  1RVG A;  4LS0 A;  3W7M A;  4NZ5 A;  3QR3 A;  5CGT A;  3F5L A;  2WCA A;  5DF0 A;  2YX0 A;  4PN2 A;  4KRT A;  3U7B A;  4KGL A;  3URB A;  4EPB C;  2HXT A;  3DCP A;  1MEI A;  4IFK A;  4CNT A;  3FS2 A;  4IPI A;  1NH6 A;  2UV8 G;  3NZP A;  1S39 A;  1DOR A;  3JW7 A;  1UWT A;  3FXY A;  1G7V A;  1YNY A;  3RN6 A;  2Y78 A;  3L66 A;  1BGA A;  1MFV A;  3SDO A;  1DXE A;  1R86 A;  3WIJ A;  1UKP A;  5EA9 A;  1HT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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