1UR8A

Interactions of a family 18 chitinase with the designed inhibitor hm508, and its degradation product, chitobiono-delta-lactone
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Interactions of a Family 18 Chitinase with the Designed Inhibitor Hm508 and its Degradation Product, Chitobiono-Delta-Lactone.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
total genus 165
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2003-10-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1ur8A03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1ur8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ur8A01
1W91A 5A3HA 5LA0A 1IZJA 4JFVA 2ZX8A 3O2LA 3WMCA 4ACZA 1CGYA 2PBGA 5A8PA 1XHGA 5ABFB 3B9AA 4XUYA 3ARTA 1I75A 2BY2A 2DT2A 1XD1A 1ZU8A 4GKLA 2ZUTA 5A6LA 2FHFA 1CXEA 1K9EA 1JYXA 2XFYA 1OD0A 3AXXA 4GI6A 3UR7A 4JL1A 5A8MA 2WCSA 4WSJA 2XFRA 3DYPA 1B3YA 1CECA 4PMOA 4DUWA 2JEPA 4U2YA 2J7GA 3VIJA 4UZSA 1UR4A 4JFUA 3N17A 3AS2A 3WMBA 4MDOA 3WDRA 4MB1A 1ESWA 5IFPA 1J0IA 4AD5A 2YDRA 4AZIA 1BPLB 4OKDA 1C92A 4B9YA 2X05A 1HIZA 2VCBA 3KWXA 1E6RA 3WNMA 3T09A 3T2OA 2ESCA 3K46A 2W62A 2YDSA 1DHKA 4Q22A 3GXIA 4ZENA 5I23A 3W81A 3EMQA 1ZBWA 2WMGA 3UR8A 1LL7A 1H11A 3F5KA 1HKIA 1ODZA 3WDHA 5HNNA 3TTSA 3BC9A 3BMVA 2VR4A 2GDUA 4KGJA 4C7GA 3T08A 2BFGA 1KGUA 3GXDA 4V2XA 4AIOA 4HOZA 5BRPA 4GINA 3LPOA 3M7SA 4LYQA 2UY5A 3KE0A 1VFUA 3DYMA 4BZYA 3OA5A 4F8XA 2QMKA 3CUHA 4QCFA 1B3XA 3HN3A 1GONA 1U33A 3WDIA 3OGVA 4CU6A 3AYRA 3A6OA 1GCYA 4OUEA 1EHNA 3IJ9A 3TONA 4W7VA 2WCAA 1DWHM 1UKSA 1PZ2A 3WBAA 2EBNA 1TA3B 3UEQA 1JZ2A 1E6PA 3KL5A 1V6YA 4AIEA 5M5DA 5I0DA 2DSZA 4H8HA 1ZBCA 1GJUA 1OBAA 1UWUA 2CCRA 1FH9A 5I79A 2E9MA 5GNZA 4CGTA 3NCOA 3EYPA 1C93A 3ZSSA 3CUJA 1B9ZA 1UG6A 4E4PA 3GBEA 3MMUA 1V3LA 5DFAA 3W26A 2VC9A 4R5EA 3SUSA 4QCEA 2VX5A 3AMDA 3WQ5A 2WHJA 2J4GA 4TTGA 3VGDA 1E5JA 4NZCA 1PX3A 5E09A 2ZX6A 3JUGA 4F9JA 3VGBA 1BAGA 3FXYA 2VUYA 3FNDA 2YA2A 3PZ9A 3APGA 2WVVA 1ZBKA 1B3VA 2WVTA 4RE3A 1WDQA 1YQ2A 5I2UA 2NT1A 3L4TA 5AYBA 3AHYA 1UD2A 2DIJA 3WDJA 4TX6A 1Q6DA 1OT2A 1JZ3A 3M46A 2WHKA 2YL5A 1WKYA 5ABEA 1U2YA 3L4VA 3SCQA 2VL4A 1Q6FA 1IT0A 4WKAA 3OBAA 3ARQA 1H5VA 1WZAA 4B3LA 4RE2A 2XUCA 1QW9A 4NI3A 4H04A 2BVTA 5HXMA 3AS3A 1V6XA 1HT6A 1I1XA 3FAXA 3WBEA 1BYBA 3CHCA 1CGUA 4W8LA 3WH9A 4JKKA 3WUGA 3SUVA 1PPIA 1D2KA 1MQPA 1E1EA 1UWSA 3LPFA 1YHTA 4OBSA 4TOQA 3ZJ8A 2DDXA 4LGXA 2EQDA 1ZS2A 5EFFA 2QHAA 2QPUA 1DTUA 5A8OA 1JDCA 5FD0A 3K8LA 3THCA 1HXJA 2E8YA 4GIAA 3ZT7A 1UD4A 3CUFA 4HA1A 4MJ4A 1W9DM 5C70A 1LWHA 4ZFMA 1O6IA 2ZXQA 2VX4A 2W92A 5KEZA 1V0NA 4AZ5A 1L8NA 2J7DA 1CXIA 4AZ6A 4KWUA 2VZTA 2WMKA 4EANA 2D24A 1P6WA 4CU8A 1RPKA 1W3HA 2JE8A 3U7BA 2V38A 4MAZA 4JCMA 3U5UA 3AISA 1D3CA 3OZPA 1HJSA 2PWFA 1C91A 3L4ZA 3KZSA 4M82A 1H41A 2HISA 2EJ1A 2W67A 1HJUA 2E0PA 4TVUA 4C7DA 1TE1A 4ZEPA 1NP2A 2XPKA 1E4MM 4W87A 2ZXBA 5A6BA 3PZVA 1KXQA 3L2LA 1CGVA 1R86A 5FKYA 1SR0A 4W85A 3VO0A 2BV9A 4UQDA 3ZT6A 1QBAA 1CYGA 1MXGA 1OWQA 5CQ1A 1X6LA 3WNNA 4X9YA 2F61A 3AJ7A 3WL0A 1EHAA 1K9TA 2GJXB 2V3FA 2VCCA 4HMEA 1UHVA 3NDYA 5BRQA 3CHDA 2VRKA 1E6ZA 1FHLA 3VGEA 1BTCA 3B9EA 2CIPA 1PAMA 5GNYA 2OYMA 2DT0A 4HU8A 2G3IA 2YIHA 3WFZA 1LL4A 3IJ8A 3IANA 3BSGA 2CNCA 1QNRA 2D22A 2DGAA 2RGLA 2Y8VA 1BVZA 1HKJA 2O9RA 4PMVA 1JFXA 3DHPA 3WF0A 4CU7A 1DWJM 3WD4A 4CD8A 2BXZA 4BQ2A 2IXVA 2CKSA 3F5LA 2V3GA 1GOWA 4E2OA 1V08A 5FOOA 1C7TA 1M04A 4PMNA 5EBAA 4H41A 2WMIA 1VFOA 3L4XA 3PZMA 2WWCA 1OIFA 1GVYA 5IFTA 3WUBA 2E3ZA 3VIPA 3PTKA 1EXPA 2G4FA 3AIVA 4XZWA 3VGGA 4AY1A 1TVNA 4YHEA 2CEQA 3MSGA 3EDEA 4ZXOA 3CZGA 3SCTA 3MUAA 3RILA 5I77A 1EDTA 3ZIZA 4PMZA 3HMCA 4IPLA 2NT0A 2O9OA 1Q6GA 1NP0A 4BQ4A 1OGGA 2YLAA 3ARXA 1UKQA 3WD0A 3MUZ1 1NH6A 4AISA 1WZLA 2UY3A 1GHSA 3SCNA 3OLDA 1A3HA 3BAKA 1OCQA 4WSKA 1WB0A 4W5ZA 4AD2A 3MKKA 1W1TA 2J74A 6CGTA 4KH2A 1HKKA 3WH5A 3EDFA 4D71A 3BMWA 3DHUA 2O9PA 1HKMA 1Q4NX 3NDZA 4KRTA 3RM9A 1JXKA 2WANA 5A69A 3KEHA 1G01A 3MV01 4R27A 1GVIA 1J01A 2ZWZA 1KB3A 1E4NA 2XVKA 4EE9A 1CTNA 1ITCA 4ML4A 2ZOXA 4GZEA 1Q6CA 4A3HA 1FH8A 4CD6A 1XSJA 5CG0A 4PMYA 4F66A 5M17A 1HX0A 4J3SA 1HJVA 3DC0A 4P7QA 2ZUUA 4GI8A 4U33A 4MNKA 2HVMA 1HVQA 1VB9A 3E1F1 4CUCA 1HP4A 4UZUA 3PZIA 2ZE0A 3MSDA 3WD2A 3ECQA 2C7FA 5CZKA 2VZSA 2G3NA 2J7EA 4M8UA 4WJXA 4E8DA 4OIFA 1C8QA 1H2JA 3AIEA 3VMOA 3WH6A 1W2VA 4RL3A 2E9BA 1BGAA 1V3MA 5BXPA 1V3KA 7TAAA 2D49A 3J7HA 4MNJA 3AZTA 5LA1A 1GPFA 3TA9A 4P7RA 1V0MA 4PYSA 3WUEA 2G3MA 1WE5A 3VGFA 2J75A 1B2YA 3ZJKA 1UWQA 1TR1A 1D7FA 1LJYA 5HPCA 2GDVA 3K8MA 2D23A 3EDJA 1E55A 4CVUA 4IISA 4PTMA 2WMJA 2Q8XA 3EDDA 2XWDA 2Y24A 3VILA 1ISWA 2W91A 4FK9A 4LYRA 1NQ6A 2DH2A 3IAQA 1JZ5A 1E15A 7A3HA 1WNOA 4OOUA 3N15A 3WD1A 1E6NA 2DSKA 1Q6EA 3AS0A 4JHZA 1XH2A 2YL9A 4UQBA 3G6MA 1MFUA 4UQ9A 5KZ6A 1QI3A 1UKPA 3I3DA 3ZJ7A 2OWWA 4TVCA 4H8UA 1HJQA 4CN6A 1GHRA 2CERA 3ZQ9A 3A4AA 3EBVA 1CXLA 1W32A 1MQRA 1UR1A 3BAIA 1ISVA 5A6KA 7CGTA 2WZIA 3VNZA 3SCPA 4UFKA 2VJXA 3BCFA 4U3AA 1UWIA 2ZUMA 4D6IA 2ZICA 1CPUA 3K4DA 3VKKA 3A4XA 2PF0A 1UA7A 2CITA 5GPRA 2VVNA 2OSXA 3ZJ6A 1BG9A 2EPMX 3SCSA 1CZ1A 3W6MA 1AQ0A 4W7UA 2ZXAA 1V02E 5D9MA 4F9DA 2XVPA 2ZUSA 1JXJA 3BAXA 3ARRA 3A47A 4P8VA 1HL9A 2CHNA 2QF8A 4W86A 1NOFA 1BVNP 4Y7EA 2FGLA 1GQIA 5EB8A 4UOZA 5HPOA 4Z2IA 2WLYA 2JALA 2CPUA 3SCRA 1XGZA 1VF8A 5JBDA 3RPMA 2F2HA 1OT1A 2UY4A 2W61A 2CBIA 5I3DA 1KGXA 2B31A 2CKRA 1S46A 1JNEA 2YBUA 1W9UA 3AHTA 3GBDA 5A2AA 3MS8A 2E8ZA 2WAGA 5CJ5A 1AQHA 1WP6A 4CCCA 2WVUA 1ISYA 1NOWA 3WY1A 2VURA 5A6BD 1GZJA 3AXHA 2BNJA 4J3UA 1G94A 2RTSA 4F79A 2WWDA 1DEDA 5DO8A 2BXYA 2XG9A 1W1VA 2VQUA 4D6HA 2VT0A 3BSHA 2D0GA 2GJPA 3VD3A 3RM4A 4QFUA 3MO4A 3WQ8A 2CBVA 4DM2A 1OGBA 4PCTA 1SFSA 3BCDA 2XWEA 1E4IA 3K1DA 5ABHA 2Y5EA 1PIGA 4ZXLA 3WN6A 3NJ3A 3MMWA 1NWRA 1ECEA 1H3GA 4PTWA 9CGTA 1SYTA 3GH5A 4H7VA 1J10A 4CN1A 4AEEA 1TA3A 1JAEA 4J7RA 1JYWA 5FCZA 2GK1B 2XTKA 1EGZA 3GNPA 1KBBA 4PTVA 3L2MA 3DYOA 4AZCB 4UFJA 5BCAA 2PC8A 1GUVA 1UUQA 1W9XA 3FN9A 4W8BA 3SEPA 4B9ZA 2ZUVA 3SURA 2VVSA 4X0VA 2PWDA 2G41A 1ZL1A 4BQ5A 2YBTA 1E3ZA 5CGMA 1TFVA 2XVLA 4D1IA 1JI2A 4AMCA 1LQ0A 2TAAA 2GUYA 1VEOA 2XM2A 3VIIA 4NSBA 4CD4A 2WK2A 2WMHA 3VPLA 4PMXA 3WUFA 2W5FA 2Z1SA 2V5CA 2WVSA 1PZ3A 3PN8A 1QNPA 1UWTA 3WNLA 1EQCA 3UERA 1BG4A 3THDA 3ZT5A 3AHZA 3N13A 2XJ7A 3ARPA 3BGAA 2YA1A 1US2A 1R8LA 1KQYA 4X0NA 4AEFA 4GO8A 4HP5A 3WQ4A 5A6MA 3W38A 2VMFA 4QLLA 2WBGA 4BQ3A 5A6AA 1TCMA 2PWGA 4QP0A 2VRQA 4ZE5A 4IUGA 1GQLA 4J27A 4AD0A 4N42A 3GM8A 1E4LA 4AD1A 2C8NA 2J25A 1LG2A 2WM0A 3CMJA 3BAWA 1MFVA 4DWSB 2X0YA 1FP8A 2DSVA 1KXTA 1PEZA 1UZ4A 2BVDA 2FHBA 2WCGA 1FHDA 1HN1A 1MW0A 3WF1A 1JG9A 1ITXA 1EOMA 3O9NA 1F4HA 1UD5A 1BLIA 1BQCA 1E0WA 5LA2A 3OGRA 2JF6A 3CZEA 5A2BA 4U5IA 1LF1A 3AOFA 3AI0A 1X6NA 2W4XA 5HBFA 2YKKA 2EO7A 3PZTA 1KR0A 4JFSA 4QDMA 4YHGA 3U57A 4RE4A 1VAHA 4MB5A 2DQXA 4U5KA 3UESA 3VD5A 3B9DA 2JIEA 1HNYA 1VJZA 2V5DA 1G0CA 2D0FA 2O9TA 3CLWA 1R85A 3AIRA 3OZOA 4JL2A 3BLPX 1B30A 1UR8A 1C8XA 1PBGA 1BF2A 3CO4A 3UETA 4D6GA 1K6AA 1JFHA 5D8WA 1GW1A 2PB1A 2YL6A 5JIWA 3L4WA 2Y2WA 4C7FA 2VCAA 1TMQA 1JF6A 4PMRA 4UCFA 2PBOA 3PTMA 2V3EA 2WZEA 1EDGA 1UD3A 1E0VA 4GXPA 4UNIA 2CETA 3MU7A 2QMJA 2VZUA 3RO8A 2E4TA 4UFLA 2F8QA 1UD8A 5ABGA 1EDQA 4XX6A 1V0LA 3VOCA 4GO9A 2YLLA 1EH9A 4B15A 4D6EA 1E70M 3AQUA 3GXMA 1MW1A 2GJXA 4CCEA 1CNVA 3WQWA 1GOMA 1E40A 2JIWA 4FLOA 2CBUA 1BSIA 4M56A 1QI0A 5AY7A 3II1A 3WF2A 4GZIA 3VIKA 3NYDA 3VMPA 3W4RA 2VO5A 1K9FA 2YOCA 1R7AA 4TUFA 3AS1A 4S3KA 2E9LA 3ZMRA 2G3JA 1B90A 2J7HA 1KWGA 3W28A 3SCOA 4PMDA 3VGHA 4J3WA 4FLQA 4Z2LA 5BXRA 3WF4A 5TD4A 1VFMA 8CGTA 3VDAA 3VIOA 3SCUA 4MDPA 2NW0A 3NSNA 3W24A 3VD9A 2VZVA 4ATDA 5CGTA 3BAJA 2DSUA 2UWFA 4XB3A 1KQZA 4KMQA 3S2CA 1CLXA 1JAKA 1KXVA 3VMNA 1E6QM 1AVAA 3CBWA 1GOOA 3K8KA 4PCSA 5JH8A 4D6FA 2OLHA 4OBRA 1TZ7A 3KL3A 3G6LA 4LX4A 5I78A 1CXHA 5EMYA 1RP8A 2E40A 4FLRA 2WBKA 1JZ4A 1ZBVA 5EFDA 1VJSA 3OIHA 2OYLA 3GH4A 1LG1A 1DWIM 2UY2A 4W84A 2WMIB 5CLWA 1XH1A 4HPGA 4JFTA 4GQQA 1BHGA 1O7AA 4YN5A 4BS0A 1JZ7A 3PZOA 3OGSA 2FH6A 2W66A 5DEZA 4PSPA 3N04A 1QI4A 2WZHA 3W29A 3CGTA 4M29A 3VIFA 4TX8A 4AC1X 3AZSA 4N0RA 5BWFA 1FA2A 4TVDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3PZQ A;  4M24 A;  2ZID A;  4D1J A;  1W3L A;  4D6C A;  3U7V A;  1B1Y A;  5D4Y A;  1UWR A;  4PSR A;  2YL8 A;  4JFW A;  1VBU A;  3QHM A;  1E1F A;  4DWS D;  1JYN A;  2WC7 A;  3AHX A;  2QV4 A;  2GJR A;  1B31 A;  3WF3 A;  2EEX A;  3VIG A;  4JIE A;  2BY1 A;  3VNY A;  4URI A;  1V02 A;  2XYL A;  1GOR A;  2CBJ A;  1HL8 A;  4HU0 A;  3HU7 A;  4L4O A;  4V27 A;  2XHY A;  3W37 A;  1IV8 A;  1WCG A;  2DT3 A;  1ZJA A;  4FMV A;  4AIU A;  2DT1 A;  5IXE A;  1EO5 A;  1V3J A;  3MMD A;  2EXO A;  1V0K A;  2D3L A;  2VX7 A;  4PEE A;  4MB3 A;  3DEC A;  1EQP A;  4JAW A;  1X1N A;  1CXF A;  3OB8 A;  4HMC A;  2BHY A;  1V3H A;  1QI5 A;  1HVX A;  1B3W A;  2WC4 A;  4PBG A;  5CPS A;  1US3 A;  4M1R A;  4NF7 A;  2AOS A;  1DWA M;  3O6A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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