3WD1 | Genus

Total Genus 162

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	162
sequence length	497
structure length	497
Chain Sequence	STRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPAARTKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTIADGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKITNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPNADYWLVGCDECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__38662434550569724__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__38662434550569724__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WD1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__38662434550569724__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"38662434550569724","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WD1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__38662434550569724__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Serratia marcescens
publication title	Observation of the controlled assembly of preclick components in the in situ click chemistry generation of a chitinase inhibitor pubmed doi rcsb
molecule keywords	Chitinase B
total genus	162
structure length	497
sequence length	497
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2013-06-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.10.10.20	Mainly Beta	Ribbon	Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)	Carbohydrate-binding module superfamily 5/12	3wd1A03
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	3wd1A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3wd1A01

2YKKA 2JF6A 1OD8A 3RPMA 4UOQA 1UR8A 1KB3A 3EDKA 3BMWA 1WDPA 1DWFM 1H4PA 2BHZA 3PZUA 5IFTA 4HMDA 3AMGA 4KGLA 1H3GA 3AIQA 2IXUA 5A8OA 2XSBA 1B9ZA 2Y8KA 5BRPA 2PWFA 4F9JA 3W81A 3CZ8A 3N18A 3VIIA 4WJXA 5CG0A 5BRQA 3BMVA 3PZIA 1B2YA 1TE1A 4KGJA 4IISA 4CU7A 4FF5A 3RMEA 9CGTA 3WUGA 2GDUA 5GNZA 2PBGA 1AMYA 4XB3A 1MXDA 3IJ8A 3AMDA 1HVQA 5AC4A 2YBUA 1JF6A 3WQVA 3GH5A 1RPKA 4UZSA 2ZXAA 3AYRA 4AY1A 4DWSB 2OSWA 2V5CA 4OBSA 2WSKA 3ZR5A 1W1VA 3GYCA 4B9ZA 4DUVA 2O9RA 3MMWA 4QFUA 4Z2LA 1UYQA 1JDAA 2VO5A 1E1EA 3OZPA 4W89A 3THCA 3PTMA 1WB0A 3CZEA 3MO4A 3PZMA 3WDRA 5D8WA 3VGHA 2XM2A 1V3KA 4PSRA 2AOSA 3ARUA 4GQQA 2OWWA 2F2HA 2Y24A 3SCQA 5JH8A 4W7WA 1ZS2A 1EHAA 3VDCA 1JYNA 3FN9A 1BYDA 1W91A 4TTGA 1JDDA 4QDMA 5GNYA 3BAIA 4GPNA 2WVVB 2E9LA 5EMYA 2CBJA 1UA7A 3BAJA 2BHUA 4URIA 4AD2A 1JIBA 1V3MA 1PX4A 4J3TA 3JUGA 1B3VA 2A3AA 3W27A 1UG6A 1DTUA 2D3NA 4J3XA 3MSGA 3UERA 4A3YA 3W25A 3RJYA 1CWYA 3CBWA 4E8CA 1R7OA 1VJSA 1SYTA 3WF3A 3DHPA 3W24A 1XYFA 1R8LA 2WAGA 1J10A 1TA3B 1MQQA 2BVYA 3FAXA 2J79A 4W8BA 3TTSA 3BAKA 1ITXA 1BYBA 2C8NA 5ABFA 4FLQA 1E40A 2VJXA 3ECQA 1HT6A 1O6IA 3ARSA 1UD4A 5ABHA 4PMOA 1OT1A 1JYVA 4JHOA 2XJ7A 2ZICA 2E9BA 2PC8A 4BZYA 5I6SA 3DECA 4CCDA 3GNPA 1CECA 4ATDA 1US2A 1V0LA 5EBAA 3WSUA 2VCAA 3ARQA 3J7HA 3L4VA 1AQ0A 4QLKA 2WHKA 4ACZA 1W3LA 1MQPA 3I3BA 1BVNP 1EQCA 2PB1A 3RM8A 1DWAM 4LGXA 1MFUA 3MV11 1UD3A 2EO7A 4Z2GA 5BXSA 3CUIA 5E70A 1ITCA 2NSXA 3GNOA 3CUHA 1E73M 1K9FA 5I24A 1B0IA 2ZUMA 3A3HA 4H2CA 4DUWA 5TD4A 1P6WA 3KL3A 1HJWA 1B3YA 4JHZA 2D3LA 1OM0A 1KFWA 1KCKA 3RJXA 3RILA 5JUVA 1JZ7A 4GZJA 4J3UA 3WNPA 5HOSA 4CD4A 4MB3A 1U30A 2QHAA 2VURA 3WD0A 2J78A 4MNJA 1K9EA 2WMJA 2Z1KA 4CD6A 3BXWA 3BC9A 3WF1A 4J3VA 8CGTA 1W9UA 2ZX7A 2VTFA 3POHA 4PMDA 4N0RA 1CPUA 1EGZA 4AD5A 2E9MA 4Z2JA 3WUEA 4CN4A 5HPOA 1JZ4A 1OWQA 4W7VA 2O9TA 4PBGA 1OGSA 4PSPA 2Z1SA 2DQXA 4FLSA 3OG2A 1XH1A 2EPNA 1R85A 1M53A 3UEQA 1E70M 1FP9A 1U33A 1W9DM 1JZ6A 2ZOXA 1FFRA 3ZSSA 1RP9A 2BXYA 1QHPA 1XH0A 4LYPA 5IHRA 2NT1A 4LYRA 5A6BD 2XVKA 1NP2A 1JZ3A 2MANA 1EDTA 1MFVA 3ALGA 1YQ2A 2J74A 4QCFA 1ZBVA 4PEEA 3W6LA 1HJSA 2BFGA 2XG9A 2OWCA 2D24A 5I78A 4U3AA 3VILA 4JKMA 1JFXA 2X0HA 5CPSA 3G6LA 3U5YA 3WMCA 3BLKA 2J7DA 1UD2A 3W26A 4HOXA 3AHXA 5FOOA 2E8ZA 3AZTA 3ZJ6A 2WCAA 2BVTA 1JAEA 1UR2A 3CHDA 3VD3A 3OLIA 3EDDA 4R5EA 5E0CA 5A95A 5KEZA 1GQLA 4NI3A 3MANA 4ZFMA 1Q6DA 3HMCA 4H8UA 5CZKA 1BQCA 1NARA 1ED7A 4JFSA 4V2XA 4EAMA 3NUKA 4DWSD 1EH9A 1J0IA 3VX1A 2G8ZA 3IAQA 4MNMA 3DYPA 4MTVA 2WC3A 1WPCA 3NJ3A 5LA0A 3WD1A 1UOKA 4CVUA 3WNNA 4XUYA 3BSHA 2W63A 4JKLA 2G3NA 3PZOA 2VOTA 4B9YA 3WMSA 2J7HA 2XVPA 3SEPA 3WDIA 3PZQA 1HF6A 3M6DA 4LXFA 1W2PA 3WF0A 4UCFA 1C7SA 1UD5A 5CLTA 2VX7A 3U57A 1XD1A 3VMOA 3WF4A 3CIVA 1Q6CA 1A47A 2VL4A 1E4MM 4PRWA 1VJZA 1GJUA 4BCEA 4X9YA 3II1A 1UKQA 3DHUA 1V02E 1JNEA 1WP6A 2ZWYA 3MV01 5JIWA 4AIOA 3AIVA 3I3DA 4BQ3A 5A6JA 1CEOA 7CGTA 1MVYA 3VMPA 1GORA 2CPUA 4KMQA 1ISZA 2OLHA 4P7RA 3E1F1 4OOZA 1IZJA 4QLJA 4PYSA 1SMAA 3WH5A 5DT7A 2EPKX 4HU0A 3WH8A 4JFWA 1CIUA 2J7GA 3A4AA 1QBBA 4QAWA 5A8MA 3GXIA 4M80A 2YDQA 5EFFA 3CHFA 4CU6A 1LL4A 1SR0A 5EFDA 2OYLA 1LL7A 1E5JA 2VT0A 2JEPA 4HPGA 4B3KA 1E1FA 2QLYA 1PZ3A 3KL0A 4D72A 3WF2A 2D20A 3W4RA 1W9PA 3CH9A 2CETA 4OZOA 1JD9A 5AY7A 1ODZA 3SCSA 1PPIA 3UG5A 2YA0A 1B90A 2YL8A 4D6GA 3N13A 4JL1A 1G5AA 2VRJA 4TOQA 4B3LA 1ISXA 3O9NA 1RD6A 2YIHA 5AYBA 1GONA 3SCOA 2UY3A 5E09A 6CGTA 3WUFA 4AEEA 3WL1A 3K8KA 3VIOA 3VDBA 2Y5EA 1V02A 5CSUA 4H04A 4KH2A 4M8UA 4Z2HA 4JFTA 3UESA 4V27A 1NOFA 4IPNB 3KL5A 3DYOA 3B9AA 1KXQA 2FHFA 1ZJBA 4MB1A 5E0FA 3EMQA 2CITA 1OIFA 2HVMA 4GO8A 4C7GA 5HDRA 4TVCA 3AIEA 1VFOA 1UKOA 1H09A 4U2YA 2JEQA 1UWSA 4HPHA 2VC9A 1VBRA 1WE5A 3VIFA 3GBDA 1B3ZA 3PHAA 2GFTA 3WUBA 2FH8A 1JZ5A 3AIWA 1V6XA 2XIIA 1F4AA 1C7TA 3VDHA 3ARRA 3N12A 1HKKA 2XVGA 4GI9A 2ZUUA 4AZBA 4M1RA 1UH4A 1FH7A 1UWQA 4GXPA 1PAMA 1J0ZA 1HJVA 2NW0A 3WNOA 2J7FA 1BPLB 3A4WA 3RCNA 1XGZA 4AZCB 4BQ5A 1MYRA 1LG2A 1ECEA 2WMIA 1C8XA 1PX3A 1R7AA 4W5UA 3AHVA 3WEZA 1PIFA 1BVZA 2EPOA 3ARZA 4TVDA 3FHAA 3MUZ1 3MUIA 3W53A 2DIJA 2V3DA 2ZX9A 3ZOAA 2DSKA 2CKRA 3F4VA 5A94A 3MU7A 1Q6FA 5I2UA 1OCQA 4YHEA 2QF8A 1XV8A 5A8NA 2WBGA 1ZBCA 2FDMA 2WHJA 2WWDA 2GK1A 1QVBA 4CU8A 4ZE4A 4UOJA 1QI2A 2EQDA 4KRUA 2VX6A 2E0PA 2ZXDA 4AZ7A 1UR0A 3WNMA 1LJYA 3WD3A 4LYQA 2XSAA 3N04A 4CGTA 1DWIM 3TTYA 4GZEA 1C90A 1Z32X 2DT0A 3WEMA 2G3IA 2PWEA 2E40A 5ABFB 4HA4A 3K4AA 2WW5A 2ZE0A 3QHOA 4B15A 1V3JA 2FH6A 5A1AA 1ZU8A 2JIWA 1JZ8A 1WZMA 2PWHA 1NM9A 2CCRA 4P8UA 4D71A 1UD6A 1KQZA 3WDHA 3BAYA 3W37A 2WM0A 4S3JA 5A2AA 2F61A 3ARYA 5CPTA 2DPEA 1KGUA 3M07A 5IHSA 4W86A 3VIMA 1RH9A 1E6SM 4WLCA 4TX6A 4ACZB 3BCFA 3W0KA 1KXVA 2YJQA 1WDRA 1XYZA 1MW0A 3VIJA 3CZGA 3K46A 1G01A 4W7UA 1D3CA 1VEPA 4BF7A 2WSPA 1GPFA 2NT0A 2VVSA 4WKFA 1H0IA 1E6ZA 1H1NA 3N17A 1QBAA 4J3SA 4U33A 1VAHA 5HBFA 3ZM8A 4A3HA 1UR4A 1JAKA 2WKGA 3CHEA 1H41A 4GI6A 1C8YA 4LX4A 3MUY1 1IZKA 1PJ9A 1W2VA 5A6LA 5CGTA 2BY0A 1G1YA 3AIBA 4UR9A 2DSZA 2ZUWA 3L4WA 4NRRA 1EOKA 3CLWA 3BSGA 3T0AA 3GDBA 3WH9A 3MS8A 3TTQA 5FKYA 1K9DA 2XIBA 2J8FA 3RM9A 5A6BA 3KE0A 4HZ7A 3TTOA 1VEMA 3VIKA 2D0FA 1TUXA 3L4XA 1WDQA 3UR7A 5C71A 1HX0A 2QPSA 3AIUA 3PZ9A 4D6IA 3EYPA 4AW7A 2ZX8A 1V3LA 4CD5A 2DSWA 1JG9A 3ARPA 2CBVA 3GNRA 1HP5A 4FK9A 3CO4A 2XHYA 2X1IA 2YLLA 4JFVA 3QHNA 5IXEA 4MAVA 3FW6A 4AZ6A 1QNOA 5BROA 1W9BM 3O6AA 4H8HA 4BQ4A 4F9DA 5DT5A 3AMLA 1V3HA 3F5LA 4PN2A 2D0HA 1FP8A 4J3WA 3IK2A 5I23A 4AD3A 3HN3A 4XV0A 5LA2A 1E55A 1I1XA 4KRTA 2A3CA 1FFQA 1XCXA 1YHTA 1BG4A 2XVLA 2CXGA 3POCA 1W3KA 1TG7A 2WCGA 1NWSA 3UCQA 5JBDA 1Q6GA 3WNLA 2YBTA 3TONA 3GXDA 3AS2A 4HOZA 1E6QM 1QHZA 2WCSA 2WMGA 4PMQA 3FAWA 1KXHA 4C7FA 3GH4A 1CGWA 1FA2A 1OIMA 3WQ8A 4K68A 3B9DA 1G9HA 3AISA 3PZGA 4AEFA 4M81A 4J7RA 4Z2IA 1UZ4A 4AZIA 1OGGA 3UG3A 1UQYA 4QLLA 1HIZA 2CHOA 2X2YA 1J18A 2XGIA 4UFJA 2WKLA 4YHGA 3THDA 2YL9A 4TTUA 4OKDA 1QHOA 2V38A 3VGDA 1FHDA 3AXHA 4GIAA 5BWFA 2WLYA 1MW1A 4AZHA 3U5UA 1GOOA 3AS1A 1S46A 1CGYA 3VM5A 3HU7A 5CGMA 4ZENA 4RL3A 5FL0A 1QNQA 3CPUA 2BY3A 5A8QA 1W3HA 2VQTA 5E6YA 3VIHA 3ZJ8A 3OLDA 1KGWA 3VIPA 3VGEA 2IXVA 3AI0A 3PZTA 7A3HA 2YDRA 1GHRA 4D1JA 1TA3A 3WDPP 3T2PA 3VIGA 1BGAA 3WY1A 5A69A 1VEOA 3LPFA 1IT0A 4W85A 2YLAA 4OBRA 4U5KA 3SCNA 4D6DA 4DM1A 4N42A 1H5VA 2ESCA 1BG9A 3BGAA 4L4OA 2WMFA 5GNXA 4Q7NA 4UQEA 3SCTA 1JNDA 1FOBA 4Q22A 3QOKA 1L0PA 1I1WA 1WKYA 3FHQA 1GNXA 5DEZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1QI5 A;  4PMV A;  2DGA A;  3AHY A;  3AXX A;  2FHC A;  3WBE A;  4GO9 A;  3SUV A;  1J0Y A;  3BH4 A;  1EO7 A;  1NOW A;  4BS0 A;  5EB8 A;  4V28 A;  2AMG A;  3OB8 A;  1CXF A;  1OB0 A;  1CDG A;  5C70 A;  3AHT A;  5D9N A;  2VQU A;  3ARV A;  1PBG A;  1QNS A;  3TP4 A;  2E4T A;  1DWJ M;  5LYR A;  1BAG A;  1V08 A;  3W82 A;  2OWX A;  1XCW A;  1TR1 A;  4M56 A;  2WBK A;  4JL2 A;  5ECU A;  1CGT A;  1Q4N X;  2XFF A;  3CMJ A;  3SUR A;  4D1I A;  1E6X M;  2DSV A;  1ZJA A;  1WNO A;  3WQ6 A;  2VZO A;  2G3J A;  3RM4 A;  2VUY A;  3VTR A;  1WDS A;  2VMF A;  3VU2 A;  1ZL1 A;  2UY2 A;  5I0D A;  1HN1 A;  2EPL X;  1LL6 A;  2BXZ A;  2EJ1 A;  1UWT A;  2VI0 A;  3NCO A;  2WZE A;  3CGT A;  1HJX A;  2XM1 A;  2DEP A;  3L4Z A;  1W9X A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HJX A;  3EEG A;  1YU3 A;  4IQC A;  2DEP A;  4EWJ A;  2PGE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WD1A

Total Genus

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Chain Sequence

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